3CYMA

Crystal structure of protein bad_0989 from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
429
structure length
415
Chain Sequence
EPKLLAEPREGVPNVIDTLPAFRDYCSELASSHGSLAADAERASGFRYGHEDWLVQFKRDGAGIGLLDPQALAAAGADWNDFNRAVGDAVWILHDSLQDLPGFDELGMEPQRLFDTEIAARLLGLKRFGLAAVTEHFLGLTLAKEHSAADWSYRPLPRDWRNYAALDVELLIELETKMRAELKRQGKMEWAQEEFDYALKEGLGPRKEHLIPWMHVSHITEVMRDRQALAIVRALWTRRDELAREYDIAPTLLLSDSSIIEVAKRKPHNAAQFRSIRSINERVRIHTDSEQDKMFERYAPIQRKIKPSMWKNIIQDALALPPSEWPDSAPKSIRVWKERYPERLQVLNRVRKAVSQIAEDTRTPVEIVIKPQYLRNLCWTDEPRKRDVARFLSEQGARDWQVSLVAESVSRAIEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH7 (161-188)S1 (6-7)EMPTYTI1 (11-14)TII2 (62-65)3H1 (99-101)S3 (36-45)AH12 (293-306)TII1 (46-49)TI3 (153-156)S4 (55-63)S5 (66-70)S6 (93-96)TVIII1 (128-131)TIV4 (96-99)S8 (143-144)TIV5 (147-150)TI2 (149-152)AH8 (190-205)TIV8 (397-400)O1 (205-207)TVIII2 (212-215)3H2 (215-217)TVIII4 (255-258)TII3 (219-222)AH10 (259-268)3H3 (222-225)TI4 (225-228)AH9 (229-249)3H5 (325-327)3H4 (253-255)AH11 (273-278)TI5 (280-283)TI6 (281-284)TVIII5 (306-309)AH13 (310-322)3H6 (400-402)AH15 (358-378)AH17 (388-395)AH16 (382-385)O2 (395-397)AH1 (22-34)S2 (18-19)AH2 (72-78)AH3 (82-89)AH4 (102-109)TII'1 (89-92)S7 (115-118)AH5 (119-126)TIV7 (279-282)AH18 (405-412)TIV6 (156-159)AH14 (350-356)AH6 (133-141)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
publication title Crystal structure of protein BAD_0989 from Bifidobacterium adolescentis.
rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein BAD_0989
total genus 150
structure length 415
sequence length 429
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
A PF18305 DNA_pol_A_exoN 3' to 5' exonuclease C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3cymA03
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3cymA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cymA01
5CY4A 1LWEA 3NH0A 3K58A 1EP4A 1S1XA 1T8EA 4ZTJA 3G0ZA 2Y1JA 1RBSA 1WNSA 4DTRA 3THVA 2X74A 1KFSA 1WAJA 4KI4A 2RRDA 3A2FA 4AHVA 3AO2A 4B08A 4DTSA 4ELUA 4H8KA 5KRSA 3WNFA 3S3NA 2OA8A 2VG6A 1IKWA 2HB5A 3QO9A 4ZHRA 4HVJA 3P5JA 1KSPA 1U48A 2HHUA 4LD0A 2R7YA 4FLYA 4I2QA 2HBLA 4OLBA 2P51A 4CEZA 3HP9A 1TKDA 1ZYQA 1VSEA 3LPTA 1SL0A 1TAQA 4CJ3A 3KLFA 1RT5A 2VG7A 4O44A 1LV5A 1U45A 4E0DA 1HPZA 1JXEA 2GBZA 2PYJA 1SUQA 3ZCMA 4DF8A 5C0YA 3SQ4A 3RMAA 3HL8A 2P1JA 1IKYA 3HPGA 3AA4A 1RTDA 1YT3A 1I3AA 1T7PA 4WE1A 1BCMA 1LW0A 4I9LA 3SJJA 2E1FA 1EX4A 4KI6A 5KRTA 1JLAA 4CEOA 4CJQA 4Z0UA 4DS4A 3SQ1A 2YHBA 1NKCA 2PYLA 4Z4EA 4FZZA 2HHQA 4M45A 5I3UA 4BDPA 1ASVA 2IOCA 3CFOA 3QINA 1RBTA 1A5WA 2XY7A 4GMJB 4DSIA 4O0IA 4XIUA 2HHVA 3SV3A 1VSDA 4CK1A 4OPKA 2FBTA 1NKBA 1VSLA 3QEWA 5C42A 5T7BA 4R5PA 4OO1J 4N5SA 3HM9A 1NOZA 1BCOA 1NK9A 2FBXA 3SUPA 3T19A 2JLEA 2B6AA 1EKEA 1WSFA 3EY1A 1NJWA 2O4GA 3L2VA 4LH5A 3ZSRA 4DU4A 3OS1A 1FKOA 1RDCA 1C0MA 4FK4A 1CLQA 3AO1A 4CE9A 2QKBA 1RT6A 4OKKA 3OJUA 3SQ0A 1NJYA 3U6FA 2HHSA 3TR8A 1S1UA 3LWMA 4CGFA 3KLIA 4AILC 2KZMA 3F9KA 4CF9A 4DQQA 1QTMA 3AVBA 3MECA 1WSHA 1NK7A 4HUEA 4BACA 5J2QA 5J2PA 1TK0A 1BI4B 2IS3A 1XHZA 3TAQA 2HVHA 3MAQA 3S9HA 3DYAA 4KB0A 4DFKA 3QLHA 3V81A 4CJPA 4I9QA 2DY4A 4GVMA 4DS5A 1CXUA 5HRPA 5J2NA 2BANA 1XC9A 3AO5A 5C25A 3ZSYA 1HQUA 3K5LA 4NYFA 3RWUA 4H4MA 1BQNA 1L3UA 5J1EA 4DSKA 3AVFA 2KW4A 1TL1A 4W5RA 1WLJA 2OPPA 1BHLA 4CDGA 4KREA 4M3RA 4FJ5A 4CJLA 5HRNA 3VN5A 4CIGA 1QHTA 4FCYA 3UIQA 3ULDA 3V1OA 3C6UA 1BIZA 4DSFA 1XI1A 3HO1A 4PWDA 1HYZA 3AVMA 2PY5A 3OYDA 4BE2A 2ATQA 1ASUA 4F3OA 4FJLA 2RF2A 4B9LA 1S5JA 4CESA 3LAKA 4M3WA 3LP2A 4CJRA 3K5MA 3QEVA 1NJZA 1WN7A 1X9SA 4FJ8A 2IGIA 1NK6A 1L3SA 5FRNA 3I0SA 3KLEA 5HROA 1RILA 5FROA 4M3YA 3ZT1A 1B9FA 3NF8A 3S3MA 1KLMA 1RT1A 3OYKA 3KK1A 2ITGA 2RN2A 2E6MA 2WONA 4FLWA 3VA3A 3DLHA 4IG3A 2D0BA 1RDBA 2BDPA 4OKEA 4NCAA 3B6OA 4CGZA 1W9HA 3AA3A 4DFJA 1ZBLA 5I42A 2YNGA 4M3TA 1BIUA 4NLCA 1GOBA 4YFUA 3CFRA 1NK0A 2HMIA 3RTVA 3K59A 3ZT3A 1VRUA 3SNNA 4KHWA 3DLGA 3TARA 4C8NA 4K8ZA 1Q9YA 1C1CA 4CCHA 2F8SA 4Z4FA 4QJFB 4ZTFA 1ZBHA 3PV8A 4ID1A 4O55A 1IH7A 3VQ8A 1QE1A 4FJXA 1ZBIA 1C0TA 1RBVA 4CJKA 2Z1JA 1U04A 3PY8A 4Z4GA 1XHXA 4AH9A 3ALYA 4FW1A 4YNQA 3NAEA 2F8TA 3LAMA 1NJXA 3OVNA 4GW6A 3O4QA 4FJGA 3NF6A 1U49A 3DLBA 3TABA 4FJMA 1RT3A 4CFDA 2Z1HA 3SAHA 1YTAA 2ZQBA 4CGGA 4C8MA 4EP4A 3SV4A 4NYNA 1UA0A 3DI6A 3QETA 1A5XA 1REVA 3TAGA 4N56A 3O3GA 2OYQA 3DRSA 1S9GA 3K2PA 1UWBA 4B9NA 2QK9A 4C8KA 1S6QA 2HNZA 1RCHA 1TKZA 4KHYA 3HVTA 4DTMA 1Q8IA 2Z1GA 1RTIA 4OPJA 4OVLA 4BDYA 1N5YA 4M41A 4CGJA 4DTUA 3QERA 4MQ3A 3KKSA 3LP3A 3O3FA 2W42A 3IAYA 1HRHA 1YVUA 3VA0A 4DTXA 4EZ9A 4F2SA 4KHNA 3AO3A 5FDLA 4Y1DA 4DMNA 3HYFA 3TAPA 4FM1A 2KFNA 1B9DA 2RPIA 3HVRA 4RW8A 3NCIA 3V9WA 3RR7A 1D9DA 4CF2A 5KTQA 4AHRA 4MFBA 4B8AB 4PY5A 4FLTA 4CGIA 4FM0A 4FW2A 1UA1A 4B9UA 1A5VA 1HJRA 2LSNA 2OPSA 1C1AA 1WUDA 4F2RA 4DSJA 4W5OA 1VSFA 2BGGA 1VSMA 4M3UA 3LZJA 3CFPA 4PQUA 3T3FA 4CF1A 4L8RB 4O4GA 4FZYA 2VWJA 3VQQA 3LDSA 1RT2A 4RW4A 3HP6A 4CF0A 3DOKA 4CGHA 3NH1A 1JLCA 5HP1A 3IG1A 3ZT0A 1VK0A 4E89A 1JLEA 2PZSA 3ZT2A 3PX0A 4ID5A 1RDAA 4CJSA 3NF9A 3ZSWA 1NK4A 1KLNA 2XY5A 4CJ5A 1T03A 2JGUA 1YTUA 2G8HA 4O3MA 1L5UA 1S9EA 4HCCA 2XY8A 1JL1A 4Q0BA 2KQ2A 3DLRA 3HJFA 5JS2A 4FJNA 1S1VA 5SZTA 3OYIA 3SYZA 3M8RA 4E3SA 4FLXA 1VSIA 2HBKA 2IDOA 4Z4CA 3DLKA 2F96A 1NK5A 1RT7A 3VQEA 1O1WA 1RTJA 1DTQA 1ASWA 3TAEA 4KTQA 4ELTA 3AVCA 3OJSA 4E7LA 2GUIA 3PO4A 4OJRA 1KRPA 3WNEA 3OYNA 4BE1A 1L3VA 4OGEA 3KTQA 3RRHA 1DTTA 3AA2A 2A1RA 3ZT4A 4K8XA 1WSGA 3KK3A 4KPYA 1TL3A 5EU7A 3SCXA 2D0CA 2I5JA 3QEIA 3S3OA 2D0AA 1TK8A 1SKWA 1WSEA 1KVCA 4E7KA 3RR8A 1NKEA 4B9VA 4M3XA 2RHFA 4BWJA 1X9MA 1D9FA 3L2QA 4CJ4A 4G1QA 5E41A 1BL3A 1WSIA 4KKOA 4OGCA 4IDKA 3V1RA 4W5TA 3TI0A 1ZBFA 4KFBA 4Z4HA 2DGZA 4B3OA 3HPHA 4RW7A 3U3GA 1BQMA 2X6NA 4DQRA 4CF8A 3OY9A 1JKHA 1RNHA 5HBMA 3RRGA 3FFIA 3EZ5A 3NDKA 3DLEA 4O0JA 2CPRA 2P5GA 4M3ZA 1BI4A 4NLBA 3AV9A 1Y97A 1HNIA 4CJWA 4CK3A 3OYFA 2KTQA 4IFYA 3ZSZA 3BDPA 4HHTA 3QEXA 4I7FA 3LALA 3K57A 3OYLA 3PUFA 3L8BA 2O4IA 4BE0A 3KD1E 1EETA 3JSMA 3WNGA 2KZZA 4AHCA 3NFAA 4C8LA 2YNIA 2IC3A 2DTUA 3KLHA 3QEPA 2HHTA 4KHSA 3SQ2A 2E4LA 2FBVA 3LP1A 4FVMA 3LWLA 4FJHA 4KB1A 4KHQA 1NK8A 1C1BA 3M8QA 4JRQA 3L2UA 1IO2A 5CZ1A 3VQBA 3OYJA 4HCBA 1TVRA 4CEFA 4RW6A 4LSNA 4KHUA 4FXDA 4H4OA 1IKXA 2KV2A 1QSYA 4CGDA 3DM2A 4IBNA 3SI6A 3ZSQA 4FZXC 2A1SA 3DMJA 3CG7A 4CEAA 1LWCA 2VWKA 1Q9XA 2G8WA 4B9SA 3D45A 3F73A 2G8IA 3C94A 1SKRA 1VSKA 1KVBA 3SUOA 3NH2A 4KV8A 3MEDA 5CYQA 3VQAA 4CJFA 2D5RA 1LWFA 3E01A 4KTZA 3OYMA 4B9TA 4E1NA 4PUOA 1SL1A 4W5QA 1UAXA 1KCFA 1J5OA 1HQEA 1CZBA 3AVAA 3OYCA 3IS9A 2X78A 3SAFA 3OYHA 1T05A 4QAGA 5KGXA 4CFCA 2G8FA 1FK9A 4JLHA 1RDDA 1KFDA 1X1PA 3WNHA 3ZSXA 1QS4A 2QKKA 3QIPA 4CHZA 1QSSA 3L3VA 1SV5A 2XRIA 3AVJA 1EXQA 3KKRA 4FLUA 5DK5A 2AJQA 4CEDA 4CHQA 2VG5A 4JRPA 1LAWA 3H08A 3PX6A 3LZIA 3HT3A 1L3TA 5K14A 4KAZA 5C24A 2YKMA 1X9WA 1WSJA 2HBMA 4DLEA 3AVLA 4O5BA 1GOAA 3CM6A 2G8VA 2NUBA 4DSLA 2HHXA 1FKPA 3SZ2A 1MU2A 5SWMA 3C6TA 1BGXT 3M8SA 2E1EA 1JLFA 3P83D 3V9ZA 4E7IA 1IG9A 3VQPA 3NGYA 3VQ5A 1IKVA 1U4BA 4EZ6A 4QOZB 3NE6A 3D0PA 4Q5VA 4AHTA 2HHWA 3ASMA 1TKXA 1CXQA 2OZMA 2HBJA 3CYMA 3V4IA 2XHBA 3AVNA 4J2AA 3KK2A 3HK2A 2MA1A 2Y1IA 5HRRA 4ELVA 4DQPA 4QCLA 5DMRA 4CJVA 4DLGA 3U3YA 1UOCA 4DWIA 4F4KA 4CEBA 3QESA 2HNDA 1VRTA 4KTWA 3NBPA 4I2PA 4DTPA 1C0UA 1JXBA 1HMVA 2G8KA 5FRMA 2YNHA 4N41A 4CHNA 2P5OA 3V9UA 3G10A 3TWHA 3EYZA 3K5NA 4AHUA 1RTHA 1LW2A 2OPRA 3VQDA 2YV0X 1S1TA 2XO7A 4CJUA 1RT4A 1VSHA 4LSLA 3QIOA 3O4NA 2Q3SA 4CFBA 3V6DA 4B9MA 4FYDA 3DRRA 1I39A 4CFAA 3OS0A 4FM2A 4DU3A 3LPUA 4IKFA 1TKTA 3TAMA 2B5JA 3MEGA 4B8CA 4DG1A 3OYAA 1JL2A 3VQ4A 1U47A 3MXIA 2DFHA 2WOMA 2OZSA 3KJVA 4E7JA 3LP0A 2ZE2A 3OYBA 4F8RA 1JLBA 3V9SA 4PA1A 1W0HA 1Z26A 1Z25A 4IFVA 1RBRA 5KI6A 3VQ7A 3OYEA 4FJ7A 3I8DA 4NCGA 1GO3F 3LANA 4UQGA 4FK0A 4LY7A 4FLZA 1TGOA 1B92A 1NOYA 3MEEA 1SL2A 4F3TA 4DF4A 1D8BA 1ITGA 1D8YA 4HTUA 4QIWF 2GV9A 3VQ6A 3SPZA 2DFEA 3V1QA 2YHAA 3CM5A 5HRSA 2HW3A 1TAUA 3HXMA 3B6PA 3MXMA 4CHOA 4E7HA 1KVAA 4DQSA 4CK2A 4J2DA 3PO5A 4KO0A 4NCBA 2FC0A 4CJTA 3TAFA 2HVIA 4Y1CA 4CEEA 5D3GA 3ISNC 3L3UA 3O3HA 4CHYA 2B4JA 4FJKA 2YNFA 4IG0A 3AO4A 3OYGA 3SPYA 1R0AA 3KLGA 4CEQA 4J2EA 1SKSA 3OS2A 1C6VA 1XWLA 4E1MA 4RG8A 4C8OA 4DTJA 4DSEA 4FJ9A 3HPOA 1FXXA 4N47A 3PX4A 3QNNA 1ZBUA 2Z1IA 3RMBA 5HLFA 3L2WA 2EX3A 3AVKA 4ICLA 2HNYA 3ITHA 4DU1A 2BE2A 3CQ8A 4AHSA 4RW9A 2G8UA 3K5OA 4CIFA 4JS4A 1G15A 2X6SA 1LAVA 4E19A 4N76A 2XY6A 1F21A 4DFMA 1JLGA 4BDZA 4OLAA 1J54A 3ZSVA 3ZSOA 4TSXA 3SAGA 2YKNA 4DTNA 1VSJA 1JLQA 3I0RA 4CJEA 4J2BA 2IAJA 1S6PA 4OKJA 1GOCA 1KTQA 3VQ9A 4EP5A 1HNVA 2EHGA 3IRXA 3RMDA 3AA5X 4FJIA 4FJJA 2OPQA 3RMCA 3MXJA 2FBYA 1J53A 3QNOA 4Z4IA 1K6YA 1QQCA 1WAFA 4JS5A 5KGWA 4DFPA 3DOLA 3C95A 4CIEA 3SUQA 4KRFA 1HYVA 3M8PA 4FLVA 1N6QA 3KIOA 5CZ2A 1QSLA 4CECA 3V9XA 3NHGA 4LH4A 2DFFA 3AVHA 4CERA 3SUNA 5J2MA 1TK5A 3BGRA 5CYMA 3T1AA 3JYTA 3HSTB 2E6LA 3AVIA 4BWMA 2QXFA 1S1WA 4FK2A 4W5NA 4DQIA 5JS1A 3TANA 2KFZA 1BISA 2RKIA 3VQCA 1TV6A 1J9AA 2ETJA 4HUFA 1HYSA 4HUGA 3L2RA 3KD5E 3DRPA 1RBUA 3NF7A 4CHPA 3NGZA 3NGIA 2ZD1A 1DLOA 4M42A 4DTOA 1CZ9A 1D5AA 3AVGA 3P1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CHP A;  3NGZ A;  3NGI A;  2ZD1 A;  1DLO A;  4M42 A;  4DTO A;  1CZ9 A;  1D5A A;  3AVG A;  3P1G A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XWL A;  5DM6 L;  1T6C A;  4C80 A;  4Y2J A;  4DL6 A;  5CWR A;  2HOE A;  5J0X A;  3AAR A;  5CHG A;  1ZBU A;  1SB3 C;  1V4T A;  3QNN A;  4BXO B;  2HNY A;  3VEN A;  2BE2 A;  4CIF A;  2WHE A;  1A6S A;  1WBD A;  1QVF M;  5ALR A;  4N76 A;  4DFM A;  1SIJ A;  1JLG A;  4JK8 A;  4BDZ A;  1FIQ A;  1ZQN A;  4UAT A;  4OLA A;  3ZSO A;  4TSX A;  2BQU A;  5M1Q A;  4DTN A;  3I0R A;  1JLQ A;  4CJE A;  4J2B A;  4PZO A;  1FFV A;  2IAJ A;  3VQ9 A;  1E3M A;  1NGB A;  3RMD A;  2XIC A;  4EHT A;  2OPQ A;  3O5B A;  2FBY A;  3EPI A;  5G5H A;  1J53 A;  1K6Y A;  4JYA K;  2Q31 A;  1WAF A;  4DFP A;  2QAR B;  4KRF A;  2D6F C;  8ICA A;  2BGW A;  3KIO A;  2IHN A;  1QSL A;  4CEC A;  4O9M A;  3CXC M;  3C6H A;  2DFF A;  3AVH A;  3KHH A;  4RQ5 A;  1TK5 A;  1XSN A;  4JEP A;  3EKS A;  3THY A;  4EYI B;  2F8L A;  3EE9 A;  4EBD A;  2ZIV B;  3AVI A;  3KVG A;  2I5H A;  4B3R K;  4FK2 A;  4W5N A;  5JS1 A;  3VQC A;  1HUX A;  3D2S A;  3K1R B;  5ALQ A;  1J9A A;  3WEE B;  1JXL A;  2FF3 B;  5D4B A;  3VEW A;  5I9E B;  5KFM A;  4EYH B;  2ZGY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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