3SAGA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome component 10
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sagA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sagA01
2KV2A 4NLCA 4QJFB 4CGZA 1GO3F 2CPRA 2E1EA 2E1FA 1WUDA 2HBKA 3SAFA 3CYMA 4NLBA 3SAHA 4CDGA 2RRDA 1D8BA 2HBMA 5C0YA 2HBLA 4O3MA 4OO1J 2HBJA 3SAGA 4QIWF 2RHFA 2DGZA 1YT3A 2MA1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HIWA 4AHVA 1N63A 3SZ2A 3TADA 1B9FA 1QE1A 4KO0A 5AK3A 3MR6A 3LP0A 2XCPA 3TSQA 4KHYA 1UHUA 1RT4A 4C0ZA 3E9OA 4FVUA 3QXGA 3MXIA 2E2NA 3O3HA 1N56A 1M1KO 4UASA 5DB9A 3EZWA 4I6MB 5HLFA 1T3QA 1Q3UA 2YMPA 8ICYA 4DTSA 1MWMA 2IVNA 4PGQA 3U9DA 3PX6A 4J2BA 4PKHA 1N5WA 4TUSA 2WB1C 2YMLA 1N48A 1O13A 2FC0A 4UB5A 2YNHA 3O08A 4LFAK 4B8AB 3PW7A 4X66K 4I7FA 2QKQA 4JN4A 4W5QA 3C5FA 2VJ5A 4P4MA 2AA4A 1S10A 4IG0A 4IJAA 3OW2M 1N8RO 5JS1A 3CJBA 5IIOA 3TAPA 4K42A 4JKEA 2UXCK 2ASDA 1O08A 1BQMA 1V85A 3S9HA 1PZNA 1U47A 5AQLA 5AQOA 3B6OA 2UVVA 2G08A 3CPEA 1SB3C 3L4PA 4RPYA 3PUFA 5AFUA 1YJWN 4UB4A 3M8PA 2ES6A 3QFPA 1RBUA 3KWIA 2K4EA 4ICAA 2BQ3A 2AH5A 2E8MA 5AQRA 3K9KA 4IO9L 2IS3A 2O8FA 3ASMA 1T6CA 1BNPA 2GV9A 4F2SA 4KN7A 4RW9A 2G8IA 5F9NA 3PW4A 3EEQA 3O8MA 5JVGL 1ECWA 4BRGA 2AGOA 1XUPO 3THVA 3O9SA 4M9LA 2VYPA 1TAQA 2G5IB 3NVWA 3HKZF 4PUOA 4IWVA 4CZKA 4RW4A 2P1JA 1UAXA 4WQ5C 4ACOA 1BPYA 4CJVA 1YITN 8ICFA 4MLHA 2G8KA 1MN8A 3QLHA 3JPSA 5KG1A 1RM6C 2G8UA 4JB3A 3NF6A 4BRCA 4Z4GA 8ICAA 3KBBA 3LDNA 3VENA 3KHYA 5GIPA 3AY9A 4NWIA 3WXIA 4LF7K 1VQPN 3EPIA 4AYBF 4BQZA 3AO5A 3H08A 4Y2SA 4RUCA 4KB1A 2KD1A 1J2MA 2MSNA 2BTFA 4C8KA 5J2QA 2CXYA 1BPDA 2FSJA 4HWIA 5BN8A 2KE7A 2HHTA 5AQTA 1K6YA 5KT7A 2BCSA 3MABA 1S6PA 7ICGA 3M1YA 4B3TK 2Z7JA 1L3VA 5EY4A 1Z4OA 2HHVA 4YR0A 3RJEA 5BN9A 2KP7A 2E2QA 4CJ7A 3H0MB 1UOCA 2PYLA 4WQ5A 3AEVA 1DK3A 3UIQA 4K4IA 3KK1A 1LVHA 1VQKN 2V4RA 3QYPA 2ATQA 4FOEA 4UARA 1S22A 3WNGA 4NLKA 4BRKA 1A5WA 3ITHA 4JKHA 5AQKA 3U4LA 2RRDA 3OS0A 5CZ2A 5KFZA 3VEXA 4AF1A 2YMMA 3TABA 2E5LK 3CCEN 4IKFA 3F2DA 2A3ZA 5AQVA 1B22A 4OLAA 2HBJA 1S1TA 3FZHA 3J80O 1NGAA 2OM6A 4NL9C 3MDCA 3M8SA 4O4GA 2QB0B 9ICOA 1VSDA 1PK3A 3PSPA 4BWMA 2KLAA 2ZE2A 4CGIA 4E89A 2QARA 4FBTA 2UYTA 3ZSZA 2FPKA 2QKKA 4C80A 3CFOA 3A0BU 2KHQA 5ALWA 4F5OA 2KHOA 3J7ZO 4I2BA 3NHGA 1RT6A 3CQYA 1KFTA 1CXUA 2A6AA 4H0XB 4KLGA 4X62K 1NZBA 3KLGA 4FM2A 2UUAK 3C6UA 2C2RA 3B0YA 4OJ5A 2MU2A 2PI4A 4Y0WA 3C2LA 3UQ2A 3NBPA 3K5MA 4DSEA 4NLBA 4EIAA 2P51A 4QZDA 4QWDA 1NMDA 2DPIA 1ZQYA 2JEGA 1DLOA 4NYNA 3GU3A 4JS5A 4KHSA 3QUTA 2DY4A 1QSYA 1TK5A 3BZKA 2YHYA 4N5SA 4XA5A 4NCGA 1VRTA 4MLEA 1FFUA 4IOXA 2F2AB 4KLQA 1LWFA 5AJ3K 4NXMK 4FLTA 2OWOA 4IC9A 3C7NA 4CJWA 2IC3A 4KX5A 3TAGA 3PW2A 2WUSA 1C0GA 1VSMA 3ZT3A 1VQNN 2DKZA 3OJUA 3DV9A 3HO1A 2QTDA 1WNSA 5G5HA 5EE3A 2P35A 4IL6U 1KQSM 5GIOA 1L6NA 4Z4HA 4KTZA 2OXOA 3PSFA 3TR8A 1SZPA 4J2AA 3V6HA 2BCUA 2BANA 1C0TA 3LP2A 2ZWHA 4QS7A 2ZUCA 3CCJN 1NGCA 2W6LA 3L2QA 4CZGA 2J6SA 1RGIA 3IDWA 1JJ2M 1NOMA 3CCLN 1YTAA 4BC5A 2GH1A 4AH9A 4EHUA 1GLAG 2BCVA 3AVNA 3SJJA 5ALXA 1HUXA 1RYUA 5KFRA 5JTIA 2H3FA 4F5QA 3D2NA 3A5MC 3F2KA 3BZCA 4ED3A 1EQYA 5AI6A 2I7NA 3CQ8A 3EE8A 2KIVA 3FAHA 3NS1A 2Q2RA 4CNQA 4H0OA 5ALOA 3DOKA 3D2SA 1GOAA 4GMJB 5HR7A 5TKYA 2P9KB 2XHBA 1JMSA 4E1JA 4PZNA 4IQTA 3SR6A 3SAHA 3FZLA 5JU5A 4RQMA 3NASA 4PL2A 9ICGA 1ATNA 4BR9A 5FLXO 4CJSA 1WBBA 1X42A 4M2YA 9ICXA 3H0LB 4LF5K 1RTHA 2VGMA 3BQ2A 1ZQOA 4H4MA 4JI6K 2LM1A 4FSVA 1IH7A 3T5LA 2K8CB 1SV4A 3GOIA 4DU3A 3RAQA 2K8BB 2QWMA 4IFYA 4CK3A 2GUIA 5JMVA 4OPAA 4UBCA 3VQ5A 4C7YA 4I9LA 3RMDA 4AM7A 3DLEA 8ICBA 1C20A 4FJLA 1F5SA 5BOLA 3M1FA 1KVCA 4CBXA 2ASMA 1N60A 2JXJA 1WUAA 4BRLA 4CE9A 4KLJA 8ICWA 4UAVA 4ELTA 8ICSA 2Q3SA 4JK7A 3WUHA 1ZQWA 3PIPL 2JH1A 1TVRA 2RKIA 3LDPA 4ED0A 2E6MA 1KAXA 2EWSA 5ALIA 1TKDA 1RYSA 4WFAL 3SD7A 3KKRA 2K4IA 2GWSA 4ID5A 4LH4A 4EZ9A 3K4GA 4PZOA 2Y0SF 5SWMA 4PL7A 3L2UA 3F2CA 1JLCA 5KG3A 3LDOA 1T94A 1RT1A 4R66A 3RSEA 4IRCA 9ICHA 1ZD3A 3LDQA 1V4TA 5DBBA 2FLOA 1SKRA 5CYMA 1LWEA 3BGRA 4O3RA 1KTQA 2BDPA 5B5EU 3ZT0A 1JUDA 3VCBA 4CK1A 3K58A 5H2FU 5KFFA 4JLHA 4RQ1A 3UM9A 3L3FX 4CIFA 5DG7A 2W9AA 2KKPA 1IKXA 4QIWF 1X9JA 4NM2A 3QU7A 1XSLA 3IS9A 3PV8A 5L1MA 5F9LA 2EAPA 2VWBA 2B5JA 2JEIA 3NF9A 1TL3A 3MN9A 2QB0A 1WLJA 2IOFK 4ED7A 1HR0K 4GXIA 4CJLA 4F4XA 3U3YA 1TV6A 4Y2RA 4RQ3A 2EHGA 4B9QA 4H5NA 2UU9K 5HHIA 5AM3A 4H0VB 3E01A 3C28A 3QESA 3DXKB 1HPZA 3OVNA 4CJPA 4RU9A 4ECTA 2VIXA 1XMQK 2ODGA 4NV0A 4RWTA 3RJHA 3NRWA 4DTNA 3RMAA 4NXNK 1E4FT 3HVTA 1W9HA 3CFPA 3SI6A 4Z6CA 3EYZA 3QEPA 2WBNA 4FK2A 2O6KA 1C0MA 5A0LA 2EZXA 3QZ8A 3VEZA 4JK8A 4QOZB 3WQTA 5SZTA 3A0IX 5EWFA 2VA8A 1T7PA 4DKWA 1BVSA 3BQ1A 3V7KA 5E41A 1SWVA 2I5HA 1RTIA 3ETRA 2W41A 3KLFA 1Y97A 4KHUA 4G3IA 5KT3A 9ICCA 1VJ5A 1SV0C 4DSKA 1IKWA 2ZQBA 3C6TA 4FLZA 1BCMA 3CF5L 1KDHA 3K75D 4F3OA 3A5OC 3CCSN 4BDZA 1XNQK 5J0XA 2JRZA 2D1KA 4ISFA 3R9KA 3PLAA 1U2VB 1SWWA 1L7PA 2I5JA 2D4WA 1XHZA 3WXKA 3KFUF 4E7IA 3QZ7A 1JLEA 1NJXA 1KL9A 3BQ7A 4CF2A 3E9PA 3K5LA 4KB0A 4PA1A 3ATVA 2BH1A 2E1EA 2YJEA 1S8OA 9ICLA 4DUYK 1T05A 4Z6DA 2EANA 4FZLA 4CIGA 2RQ5A 1ZQFA 3DRRA 2Z1GA 4IRKA 4CZHA 3MEDA 1DOQA 1YUWA 2P9KA 4IQUA 2YTUA 2VG7A 2VKQA 4Q45A 1HKGA 2A40A 1DXSA 3S3OA 4QZ9A 4PL8A 4YOXA 4PKGA 1L7MA 5J0WA 1SUQA 4BR5A 3NVVA 4J9MA 4OGEA 4LF8K 4DCHA 1U6ZA 3HI0A 2CH5A 1RT3A 1NWKA 1VQ9N 4NJ8A 3HRDD 8ICXA 1SV0A 3AGRA 4G1QA 4ILHA 3HRGA 1W97L 3Q8QB 1ZBSA 5AI4A 4X5VA 3HSTB 3PX4A 3CC2N 5KFKA 4BXOA 4OJLA 1U48A 4DTRA 3D2FB 2WTUA 3SNNA 5EWGA 3CNHA 1YVNA 2HMXA 1EP4A 4ZTFA 3LAKA 3NFAA 2DBYA 3F5AA 4CJEA 4CD1A 3SEIA 4KTQA 3THXB 4JWNA 4B1WB 3C29A 4FWQA 3ISBA 1RYRA 1KXPA 1U9LA 3TU5A 2WF6A 2YB4A 3C2KA 4RW8A 4BRNA 1C0UA 4F9OA 1EO1A 3LPUA 4A5BA 4CERA 4I29A 3UB5A 5LMUK 4CF8A 1VAZA 3UMBA 3BJYA 2KTQA 1BIZA 1LW2A 4FJNA 4MFCA 2HI0A 1ZD4A 5KFYA 4RT3A 3MBYA 4A57A 2K4PA 2PYJA 2HHQA 1JCFA 1NGBA 3MDQA 4C8OA 3H6EA 5AQMA 3RRGA 4YXMA 1P90A 4UATA 4KH6A 2Z1HA 3AVIA 4HVJA 3CYMA 3V72A 1XO0A 1KCFA 3MMVA 2UXDK 3HPGA 4B1YB 4DO9A 3ZD9A 4NCAA 4RZRA 4YG2A 4DL4A 2D6FC 3WNHA 3CPWM 4WF9L 4M3UA 9ICQA 5HRPA 3AAPA 1NGGA 3VGKA 4Y2UA 1X6JA 4FLUA 3MFHA 4FWLA 5HOOA 2QEXN 4NLCA 5KAIU 4LJXA 5J2CA 4BX9C 1NOYA 3L2VA 3RF9A 2ZIUB 4KV8A 3HYFA 3H8WA 4BR4A 1WCNA 3WK8A 2PXIA 2JWKA 3FZMA 4C8LA 3AO1A 5F3XB 2F8KA 4UBBA 4FZNA 4KLLA 5KFBA 7ICLA 4R65A 1OXJA 3A0HU 3QBWA 1IBKK 1N5YA 5CA7A 3NRZA 4RG8A 1OH7A 3ISNC 4J2DA 4B1UB 3OYAA 5DBCA 1XMOK 3FDSA 3I33A 4UB2A 1VSIA 1GLBG 5AM1A 3DLBA 4A59A 2ISOA 2Q36A 3MCPA 1NK0A 2E88A 3K9JA 4IEIA 4DTJA 1T3NA 1KSPA 2JV3A 2IIRA 2OCEA 3CJAA 4FWKA 1Z00B 4KLDA 1VQ6N 1E3MA 1MA7A 4CEFA 5LMNK 3EE9A 3FYHA 2W9CB 4I27A 2OPPA 4FK4A 1GLDG 2YNGA 3L0QA 1CZBA 3DRPA 5AQWA 4DQ8A 3K0SA 1HLUA 3N4QA 7ICTA 4CECA 1HNXK 1B92A 2E2PA 4FLVA 4UB1A 2GBZA 4BR0A 4DL5A 4ZOHC 1RQLA 3OYCA 2KVSA 1W0HA 1XO1A 3DMJA 4JKDA 2VG6A 4UAUA 3ISCA 1S1XA 3P38A 3FM9A 4I2FA 3BF3A 4OJOA 3PMLA 4FW2A 4ID1A 2WF8A 1U2VA 1X9WA 1CUKA 2R8JA 5C24A 4DTXA 5DQGA 4ECQA 2KICA 3U26A 3A5LC 1RBTA 3KD1E 5EOZA 3FZKA 4FZXC 5JLHA 1GLJO 4EEYA 1BPBA 4O55A 1P7DA 4JKFA 3NH1A 1TV9A 4FPBA 4DR2K 4WFNL 2YJFA 4FZMA 4LSLA 3OYDA 4KHPK 3C21A 5BPCA 4BJQA 4X64K 3CC7N 3BQ0A 4DFKA 4GY2B 3M7DA 2F1HA 4O5EA 3OYNA 1RBVA 4PGYA 2RHFA 3OYJA 2FJ6A 4QWAA 4B9TA 4DQIA 4UAWA 3QBXA 5J0YA 5TISU 4JRPA 3O3GA 4J9QA 4B9VA 4CRXA 1NK8A 2FE9A 1RXVA 1NKEA 1IO2A 3DAWA 4ECWA 1H1VA 1IG9A 2XGPA 5K14A 3ZSRA 2KNJA 4QW9A 1PUZA 4UB3A 4ED2A 2V9WA 5AQNA 1KEJA 4EEKA 2WOMA 4FJGA 1DRGA 4W5RA 4C8NA 1T4GA 1L8OA 2QWNA 3D2FA 4QZAA 4CEBA 4CJKA 2HF3A 2GX9A 1IV8A 3KZXA 1KAYA 2YKMA 4B3MK 3AMZA 4K4HA 8ICUA 1EWQA 3SAGA 3A2FA 4CJTA 3VGLA 3GQCA 3WK9A 2XY8A 4GC7A 3DDHA 3ZD8A 3RH6A 4KKOA 4KH5A 5J0SA 4Q44A 1RQNA 2KZ3A 1V4SA 2HHHK 5KFQA 4LH5A 4ED8A 4QZ8A 4K41A 5I9EB 1XSPA 2OA8A 4H03B 2A1SA 3DXMB 2B0CA 3E66A 2FPLA 3VQ7A 5C12A 1OH6A 4BGAA 3QB0A 4DSJA 4I2CA 4IXCA 5GAEP 2HOIA 2JZBB 8ICVA 1A77A 5M1FA 2J6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KV2 A;  4NLC A;  4QJF B;  4CGZ A;  1GO3 F;  2CPR A;  2E1E A;  2E1F A;  1WUD A;  2HBK A;  3SAF A;  3CYM A;  4NLB A;  3SAH A;  4CDG A;  2RRD A;  1D8B A;  2HBM A;  5C0Y A;  2HBL A;  4O3M A;  4OO1 J;  2HBJ A;  3SAG A;  4QIW F;  2RHF A;  2DGZ A;  1YT3 A;  2MA1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ATR A;  4DSL A;  4RPX A;  2ASO A;  4W5O A;  4BC2 A;  5KFT A;  2QB1 A;  3MXJ A;  3IMX A;  2W43 A;  5AKE A;  3FE1 A;  3DI6 A;  4JV1 A;  2DFH A;  4DV2 K;  2KN7 A;  3AVF A;  1U49 A;  5CR4 A;  2XY6 A;  1SL0 A;  5F2R A;  2OYY A;  3QER A;  2F76 X;  4FJI A;  5DKW A;  2VWK A;  5T7B A;  3QU2 A;  2IVP A;  1ZBH A;  5DDM A;  1ZQC A;  3KK7 A;  5AK6 A;  1VSE A;  2H3V A;  5KRT A;  3IV6 A;  2KMD A;  4LY7 A;  1RDB A;  3OSN A;  3L4Q A;  3ALR A;  4BRM A;  2QXF A;  3NTU A;  1XSN A;  4H8K A;  3TAD C;  4JMU A;  3NF8 A;  4FM0 A;  3OSP A;  3CRX A;  5GAD P;  1Z1B A;  3MN7 A;  1X1P A;  2WF7 A;  2J6T A;  2KK0 A;  4GFJ A;  5J8Y A;  3T1A A;  2MA1 A;  4J9O A;  4FWP A;  3OYB A;  1IBM K;  2PY5 A;  2HDO A;  8ICJ A;  2V52 B;  5AM5 A;  1WSE A;  4AHT A;  3SQ4 A;  2LM4 A;  3QX7 A;  3BY5 A;  4DUZ K;  3AA5 X;  5AI9 A;  4ILJ A;  3SUP A;  1B43 A;  2AHO B;  5C2F A;  3G4S N;  3DOL A;  3LDA A;  3WK7 A;  1BDG A;  2O4G A;  3MK6 A;  5C2D A;  4QZH A;  3QEI A;  1FFV A;  4F91 B;  1OUQ A;  4EX7 A;  1SXE A;  2FBY A;  2NLX A;  4YNQ A;  1YVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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