3SAGA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome component 10
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sagA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sagA01
3SAHA 2KV2A 4OO1J 1D8BA 5C0YA 4NLBA 2HBLA 3SAFA 4O3MA 1YT3A 2DGZA 2CPRA 4QIWF 4CGZA 2HBJA 1GO3F 2E1FA 2HBKA 4QJFB 2E1EA 3CYMA 2HBMA 2MA1A 4CDGA 4NLCA 3SAGA 2RHFA 2RRDA 1WUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZUCA 2C2DA 1Z1VA 7ICJA 4A57A 2VIXA 4GKKK 1BCOA 3H46O 4JKGB 3J81j 3SI6A 1HNZK 4XH5A 5KFMA 5CR4A 1HUOA 3GIMA 4GC6A 1N63A 1FK9A 4NCGA 1SZHA 4Q5VA 2P1JA 3THXA 4BRMA 1TKXA 5SZTA 5D3GA 2HBJA 1ASUA 1VQKN 2K8CB 2YN4A 2ASJA 4R65A 2D0CA 3SV3A 5HROA 4V19S 2O4IA 3SZ2A 3NVZA 3UKUB 3K1ZA 4EX6A 5GAGP 1FJGK 4O5EA 1ZJMA 4O5CA 1Z6RA 5GINA 1D9DA 2HVHA 5C2DA 1S8OA 5KQ8A 3QEVA 2NNWA 1VQ5N 1JALA 4EYHB 2W3SA 9ICRA 4CBXA 3MN9A 5ALTA 4BRAA 3TTFA 5C10A 4FJ9A 1RXVA 1C6VA 2E2QA 3LDSA 2G8IA 2F44A 3GIJA 3C7NB 3RBEA 4UAWA 3QB0A 3HOSA 4RT3A 3QIPA 4FWKA 2ZXIA 3D2QA 2P9SB 5CYQA 2NRXA 2IVPA 1KAZA 3AU2A 2JXJA 3H0LB 4BRFA 4RPXA 1N33K 1RGIA 3F5TA 1EWQA 3MEDA 1HNWK 4KPYA 1WCNA 3L2QA 1OH7A 4JD2A 4ECZA 2R8KA 3Q7BA 3UKRB 3C1ZA 2Z1HA 2G08A 4RG8A 4UB8U 4FO0A 2HB5A 2E6MA 4Z4IA 1SL1A 3KOOA 2HMXA 2FSJA 3WXJA 1WOQA 3A0IX 1UA0A 3T19A 2J6SA 1CUKA 1CXQA 1K73O 1GO3F 4DFKA 1XMOK 2H3ZA 2JEIA 1VSJA 2XC9A 2E1ZA 4KLGA 1IKXA 2RN2A 5JVGL 1HNIA 2K89A 2HHWA 3QX7A 1U2VA 1EP4A 4KH4A 3OS2A 2IA6A 3KHYA 5CZ2A 2ZTCA 3A0BU 1NK9A 1BO5O 1CZAN 2V7YA 5KG2A 4EBCA 2KFZA 4NYNA 4QS9A 5AQSA 2UXCK 5KFKA 4CK2A 5EU7A 4DL3A 3S3MA 4K25A 3CMAN 4FLYA 5DQHA 2KD1A 2NV3A 1EKEA 1TVAA 4JHDA 1KVCA 3VETA 4CHPA 5AQHA 3KBBA 3JPRA 4M47A 1GLBG 4KX5A 2RP5A 3MGHA 3C95A 3S3NA 4DS4A 2MSNA 4BRGA 4J9MA 4KTWA 3CC2N 2I1QA 3PR4A 2P66A 5AQKA 4WFNL 1FO4A 4U6PA 4QZ9A 7ICIA 7ICEA 3NVKA 2KJ8A 2ZGYA 5G5HA 3CXCM 3KTQA 1MA7A 4FJNA 1KFTA 5BR8K 4CE6A 4DF8A 1RTHA 4CJQA 3LWMA 3MN7A 4QZEA 4F3OA 4BREA 2V9WA 3KLFA 4DTJA 2I5HA 4J8FA 3TAEA 4M3ZA 3FM9A 3QERA 1T3QA 3O9RA 4N76A 2P6UA 2ZIUB 4N47A 2IC3A 3M7DA 4BRPA 2MRLA 3HRGA 3U4LA 3MAQA 5J8YC 1CEZA 2XO7A 1YUWA 3IP4B 3WK8A 5M1FA 2ZJRL 2W7PA 3QU4A 2QKBA 8ICBA 1C1BA 2VGMA 4F92B 3Q8LA 2YJEA 2W9MA 4FJ8A 3F2DA 5J2KA 3R3LA 5KT4A 3Q8KA 3AGRA 1EXQA 1GLJO 1RDAA 3JS6A 3M8RA 8ICVA 4CEZA 3V9WA 2UVVA 1RT3A 1WAFA 2YMQA 3HJFA 3V7LA 3ISDA 1RT7A 3UXNA 3J81O 4XIUA 4O5KA 3BQ2A 3KJVA 3OHRA 4JLHA 4RUCA 5J2MA 2HSZA 5ALZA 3ICXA 3GQCA 9ICKA 3MWTA 3TI0A 4I2AA 1ZQAA 3RB3A 2RDIA 4YDUA 1E4GT 5EXWA 2FF6A 3SQ4A 3DXKA 4DQ8A 9ICVA 4EBDA 1YJNN 3PW2A 2P9SA 4BRIA 2P51A 3E1YA 4H5WA 1SUQA 4O3MA 3KK3A 4U7BA 2W8KA 3EO3A 5AQOA 4DUYK 4K4HA 4DTUA 5AQMA 2XCAA 7ICTA 9ICUA 4UAUA 3AA5X 3EYZA 2G8VA 3QESA 3QEXA 4CGFA 4FWLA 2AGOA 3C65A 3UKRA 3VQ5A 3WQTA 5AK5A 5AFUH 2NZTA 4R64A 1NI3A 4Y2TA 1U04A 2EZYA 3FZLA 4NXNK 3DV9A 5JS2A 5CR0A 3MCAB 1HYSA 3C28A 2RRDA 2J6TA 1NBWA 2ODGA 1QHAA 5GAEP 3QZ7A 4IQWA 3H6EA 3EEQA 5KL8B 4NWIA 4QWEA 2BZFA 1RCHA 2B6AA 1TYQB 2R18A 4DOAA 1LV5A 1BPBA 1UT5A 4DTSA 1JCGA 5KFUA 2X74A 1UHUA 2DF4B 2BANA 4GLXA 3F2CA 3MX2A 4I2DA 2F1HA 4F5RA 1KD1O 4Z4HA 3T1YK 4J9KA 5AI8A 2P9PB 4CEFA 3S41A 4KHYA 5AQRA 2DTUA 3ENOA 3HSCA 3LM2A 3H4BA 1UAXA 4CGDA 4CFBA 3AVIA 1DXSA 4JNEA 4FWSA 3LVVA 4Q0BA 4Y2VA 4BDPA 3G6EN 2YMLA 3K4GA 3C2LA 3HM8A 4W5TA 3T3FA 3WK9A 4E7JA 5KG0A 1JLGA 2K60A 4F5OA 4JS5A 3ZI4A 4KHPK 2OYQA 3V9ZA 5AI9A 3CCEN 3SQ0A 4IRKA 1IKWA 1ZC6A 5IT9O 3KLIA 4LSLA 1VQ6N 3CJ9A 1Z19A 2EWSA 4WQ4C 2E5LK 4GVMA 1H38A 1X9JA 1N62A 2H3QA 4HWIA 5KG4A 4KH5A 3O9TA 3BJYA 2ZIXB 4C4TA 1XSPA 4DF4A 3RFAA 4PUOA 3CC7N 5DBBA 3RRGA 2MAXA 3EPGA 3NE6A 2JR5A 1X9XA 3HO1A 2HI0A 2O8CB 3NRWA 3ZSZA 3MFIA 2A40A 3Q8MA 3H40A 4NXZA 4DQQA 4DQPA 2G8UA 4QZDA 1ZQSA 4ECQA 1WAJA 3T79A 4FBTA 1RDBA 4NY8A 1FXXA 1NGHA 4UB6U 4JV2A 4DUZK 4IJAA 4RQ2A 3CCLN 1QHTA 2V52B 1RBSA 4E3SA 2E8AA 2CN1A 3CIPA 4AILC 1BVSA 2HHSA 5AKZA 3ENBA 3F2BA 3N97B 5JU5A 2HF3A 4JI1K 2GOLA 3O3GA 3HKZF 5AQPA 4LF5K 3G6YA 1ZQGA 4NB4A 5J2IA 4PKIA 3AVMA 1QCKA 1S5JA 1C20A 4CJFA 2A19A 5BN9A 3K5LA 2A1AA 1RT6A 2Q97A 4NL9C 5AQLA 3SK3A 3C5GA 4E7LA 4O44A 5AQNA 5DMRA 1A5WA 1K9MO 1XNRK 1XC3A 4YMMA 4DSJA 1V4TA 5J2AA 3RJEA 1R59O 5HP1A 4GMJB 2QW9A 3DAWA 4PHPA 3RJKA 2HVIA 8ICAA 3MGIA 3O0FA 1S1TA 4I7FA 3CP8A 4CEDA 2A1JA 5KFDA 1S6PA 3MDCA 2AGQA 4O8KA 1BU6O 5JICA 1WUDA 1BPYA 3J8AA 2FF3B 1JI7A 3SMPA 3C6UA 4LC9B 3V1OA 3AL0B 2WF6A 1RTJA 1U49A 1RQLA 3DLGA 1HEKA 4EENA 3DOKA 4YY3K 4ZH4A 3V1RA 5AI4A 2IOFA 3OPXA 5JMVA 4CHZA 4UARA 5T14A 4KHQA 1N61A 3KKRA 1J54A 1K6YA 3KLGA 4MFCA 4PKHA 5DBAA 2MUTA 3G25A 2ZUBA 4QZGA 4FWMA 3JSMA 3RWUA 2DFLA 2IS3A 1IH7A 4CBWA 5ALEA 4OKJA 2UUCK 2VQEK 4NLCA 4OJ6A 3SAGA 4P0PB 3SPZA 3F9KA 2PI4A 1TGOA 4C8KA 3OW2M 3VQAA 3HK2A 1SL2A 2K4HA 2AP1A 4XUSA 4B1VA 4CF0A 3K59A 4C7ZA 4GV3A 2GX9A 3QMLA 4LF6K 9ICXA 3L0QA 1ZQIA 4UBCA 2W9CA 2ASLA 2C28A 1BOTO 4J9PA 4B1ZA 2E6LA 4CD3A 4ZTJA 4CZKA 1Y97A 3FDSA 4Q8EA 3TSPA 3ETLA 4KO0A 2MA1A 2RKIA 2YNIA 5DBCA 5KT7A 2IVNA 2B4JA 5CB1A 4JWNA 4L8RB 2VA2A 4F4WA 3BP8A 3BZCA 3MDAA 4PGXA 4E7HA 2Q1NA 3ZSYA 1SIJA 1LOTB 2O8FA 3ETRA 4QZIA 3HBTA 1XWLA 1KAXA 2P9LA 3IRUA 2EZZA 1VRUA 2WF5A 3DM2A 4H5RA 5L9XA 3KWGA 4R66A 4QCLA 1BI4B 3LDQA 4E19A 3LAKA 3JAMO 2DFEA 2N1RA 2ZE2A 1NM1A 3NMUA 3V7KA 3VOVA 1ILYA 4CIFA 2GUIA 4NYFA 4CJ4A 2WFAA 3UMCA 1UQVA 4YOUA 2YQEA 4M3XA 4RW4A 2RHFA 4DSEA 2E8PA 1ZQOA 1C1CA 2PXIA 5J0PA 2D0AA 4CESA 1KC8O 2BGWA 4WYBA 1B9FA 8ICMA 3DRSA 4EEYA 3LAMA 4UBBA 3LALA 4O8UA 4UATA 2YB1A 3KD3A 2KKZA 3CM6A 4F9OA 1W9HA 3EE9A 4EX7A 5KFBA 1JJ2M 4PGYA 1UA1A 1NU0A 3ATUA 3A5LC 3OSNA 2RLTA 3RSEB 9ICNA 2K8BB 5KFRA 4I28A 2GUPA 5AK4A 5CJ7A 4PKGA 2BKEA 2WC9A 5FP0A 3WEEB 3ZCMA 4GXKA 1SXDA 3AVGA 5FRNA 2K4PA 2JRZA 4Y1DA 4LZGA 3BZKA 1UOCA 3BQ1A 3ZSQA 5J2DA 3NFAA 3O3FA 4RW6A 4RPYA 3ZX0A 4F2RA 1NLVA 4FZZA 5EE9A 4UASA 3H45C 4U67L 3OS0A 2ASDA 3KKAA 1MA9B 4J9SA 4JYAK 5M1PA 2VJ5A 3L2WA 3GU3A 4DLGA 1TK0A 4CW7B 4FLTA 3A8YA 5AK6A 4WF9L 2WAQC 2FJ6A 5ALWA 1C0UA 5BPLA 4ECVA 3JXUA 4O3QA 4BGAA 1XI1A 4FE3A 3UQ0A 1Z26A 4ZTFA 2FBVA 2HMIA 3SR6A 4EP4A 2ASPA 5J2JA 8ICYA 4CDGA 1RFQA 4PQUA 4XRHA 3RR8A 3VEOA 5EWFA 1ITGA 3IDHA 4FPAA 3BQ0A 5KFXA 3M9NB 3TQ1A 4DV5K 5ALMA 1CZBA 1N56A 5E41A 2Z1GA 2EAOA 5BOMA 3C21A 2E2OA 4FJJA 1VQNN 3SYZA 3LDNA 3QUTA 1BGXT 4JKCA 4BRKA 3F2KA 4BRNA 1KCFA 1JN3A 2V51B 1ATNA 1IKYA 9ICAA 4QW9A 2V4QA 2OZSA 5AKJA 4P0PA 1SZ2A 4U7CA 1J2MA 2AJQA 2QLTA 2IBKA 4JB3A 4GXJA 2P9NA 4YXMA 3O4QA 3NCIA 3JPSA 3NVWA 5KT2A 3DOLA 4RW8A 4E7KA 5AI6A 4MDBA 1NJZA 1DTTA 2HHVA 4FW1A 2HDOA 3PVXA 3ZSOA 2OYYA 1WWUA 1N6QA 1IV8A 3ZDAA 1DKGD 1RM6C 2JZBB 5HRSA 2A42A 2QARB 4CZLA 2P5GA 3SJHA 3ISBA 1XQSC 3F9MA 4OJLA 4K8ZA 1JUDA 5HL7L 4B3OA 4P0QB 1FIQA 4CHNA 4M9HA 2P9UA 3K2PA 9ICBA 1U4BA 1M1KO 1BNPA 1PK1B 4CGHA 4W5QA 4FLZA 3TAPA 9ICPA 4USAA 5KFVA 4M63C 3R6MA 1VSMA 4ED2A 3DXMB 1NMDA 1B22A 4B1WB 8ICOA 5LMUK 8ICZA 4CEBA 5GIPA 3FAHA 1ZQQA 4JI6K 9ICCA 1Z25A 4X66K 2JH7A 3QUCA 5B8HA 5C12A 3AA2A 1L6NA 3QYPA 3OHAA 1Y64A 4B1XB 2W9AA 1Z1BA 1YF5L 3RJHA 2XRIA 4FJKA 1BI4A 1OUQA 4CF9A 2CH5A 4PHTX 5J0SA 4JAXA 7ICHA 5HP4A 5LMNK 4FLWA 5KFCA 4AHVA 1WLJA 2HOQA 1RBTA 3VENA 3AM9A 5GAHP 3ZDDA 3UMBA 4F4YA 3EL2A 1WB9A 3OVNA 1Z3EB 2OEHA 2OXOA 1QQ5A 2HBMA 4MF2A 1S22A 2BTFA 2RPIA 2HW3A 1UWBA 2IAJA 4KX3A 3DLLL 3T1AA 1ZQFA 1UPHA 1C0MA 1NGAA 1C7YA 2QXFA 3HWTA 5I42A 2H3VA 1F44A 1X9SA 2VANA 4O3SA 3Q8QB 1URJA 3AO1A 4CZEA 3VCBA 1S0MA 4J2EA 1X1PA 2BPGA 3RB6A 1VQON 1O13A 4LF9K 3K57A 3HILA 9ICTA 4H0TB 3B9JA 3C5FA 1VQLN 3VC8A 4KLUA 4CHQA 4DU4A 2R8GA 3FZFA 1A6SA 3BY5A 3SBTA 4BC5A 3NS1A 3MFHA 1COOA 5AM0A 1YHQN 4QJFB 4ISEA 2OPSA 5HNKA 3PX4A 2JV3A 4M7XA 4WCEL 3H7IA 2WF7A 2F9TA 1TL3A 1JXBA 5F3XB 3VF6A 4JI3K 1SV4A 3OYIA 3ASMA 3C94A 2KSOA 1JRPA 3V4IA 2GTDA 5HRNA 2WB1F 2RHKA 2BPFA 4AF1A 3PZPA 1OH6A 3DLKA 4FK0A 4BR7A 3SNNA 1RZTA 4R63A 2LKYA 3SV4A 4DL4A 3PR5B 3PMNA 2KHOA 1NK4A 1WSHA 5E84A 3ZETB 3AARA 3GG4A 3NH2A 1ZBUA 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1N8RO 3PSFA 3K9KA 2KHQA 2HMPA 3F5AA 5AQGA 1QQOA 1RDUA 3M6GA 3O1BA 3VEXA 3FZKA 3H1VX 3O9QA 5LY3A 5ADXA 4AYBF 3IUCA 4B1UB 1U2VB 5BPMA 3WXMB 5C0YA 4FWNA 2KIWA 2QWPA 3CJBA 3CERA 5KQDA 2OTJN 2HF4A 4RCHA 3ENHA 4KBOA 3CYMA 3R8EA 3BF3A 1IJJA 2FXUA 1G99A 2JHDA 1Q18A 2A5XA 3KVGA 4BQZA 2KKPA 2ASMA 3LL3A 3GOIA 1YJWN 4M7YA 1QVFM 4QIWF 3KFUF 3C6HA 4IXCA 3G4SN 2A3ZA 1PVQA 3MCPA 3OBWA 1ZQ1C 3BUZB 3RVCA 4GY2B 2NRHA 1JCEA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAH A;  2KV2 A;  4OO1 J;  1D8B A;  5C0Y A;  4NLB A;  2HBL A;  3SAF A;  4O3M A;  1YT3 A;  2DGZ A;  2CPR A;  4QIW F;  4CGZ A;  2HBJ A;  1GO3 F;  2E1F A;  2HBK A;  4QJF B;  2E1E A;  3CYM A;  2HBM A;  2MA1 A;  4CDG A;  4NLC A;  3SAG A;  2RHF A;  2RRD A;  1WUD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4AYB F;  3DI6 A;  3IUC A;  1JMS A;  4B1U B;  1KN5 A;  1U2V B;  5BPM A;  3WXM B;  5C0Y A;  5ALN A;  4FWN A;  1JL2 A;  4RNM A;  4LY7 A;  1PZN A;  2KIW A;  2NYV A;  4F72 A;  1S1X A;  2QWP A;  4HYK A;  2GO7 A;  2ZD1 A;  2KFN A;  3CJB A;  3CER A;  5KQD A;  2OTJ N;  3QO9 A;  1RYU A;  2HF4 A;  4RCH A;  5CZ1 A;  4OKE A;  1ZRM A;  4LVS A;  3ENH A;  4KBO A;  4OKK A;  3CYM A;  5ALG A;  3TFR A;  1IJJ A;  3AVL A;  3BF3 A;  1VSL A;  2FXU A;  1X9M A;  1D5A A;  3R8E A;  1G99 A;  2JHD A;  1Q18 A;  2A5X A;  3KVG A;  4BQZ A;  1VDV A;  4ED1 A;  4KLM A;  4G3I A;  5JS1 A;  2KKP A;  3I28 A;  1QE1 A;  5KFO A;  4QWD A;  2NUB A;  1ZET A;  2ASM A;  3LL3 A;  3QU7 A;  2G8W A;  3GOI A;  1HNX K;  4CIG A;  5AKX A;  2QB0 A;  1YJW N;  4M7Y A;  2UXB K;  4IFV A;  4DR7 K;  2UXD K;  2HNY A;  1QVF M;  1TAQ A;  3THY B;  3QU5 A;  4QIW F;  4CF4 A;  7ICO A;  3KFU F;  1J5E K;  3C6H A;  1QQC A;  5ALO A;  4IXC A;  3G4S N;  3VQP A;  2A3Z A;  1PVQ A;  3MCP A;  4KLF A;  5H2F U;  3QNM A;  1HRH A;  3NGD A;  4ED3 A;  2AU0 A;  3OBW A;  4UB3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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