3SAHA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with y436a mutation in the catalytic site
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
409
structure length
377
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVDLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSAARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome component 10
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 377
sequence length 409
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sahA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sahA01
2HBJA 2HBLA 4NLCA 2E1EA 3SAFA 1D8BA 3CYMA 2CPRA 2MA1A 2E1FA 2RRDA 5C0YA 4O3MA 4CDGA 4QJFB 2KV2A 1WUDA 4OO1J 1YT3A 4QIWF 2HBMA 1GO3F 2DGZA 2RHFA 3SAHA 3SAGA 4CGZA 2HBKA 4NLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KT7A 3JPRA 1JX4A 4QZFA 4KMOB 4XQ8A 4M3RA 4F50A 4CJ7A 4MEYA 1HMVA 2FBYA 3N4MB 4DSIA 1BIZA 3S3NA 2Z7JA 1VQ8N 4UAVA 3L6QA 4GVMA 1S1TA 4PH5A 4CBXA 3C0BA 4C4TA 2W6KA 2WFBA 2J6SA 4Z4IA 2ZIXB 3EZ5A 4FSVA 3T1AA 4JI0K 2I9GA 4LF6K 5B8HA 4B08A 2ALZA 3IDHA 5AQNA 2QK9A 4DL5A 5I9EB 4KFBA 5SWMA 2FSNA 1I94K 3C5FA 4O0IA 3ID8A 2ASMA 4FO0A 1L7NA 1WSGA 3TANA 4KRFA 5GAEP 4FM1A 1FO4A 3JPPA 2EZZA 3HK2A 1N48A 2W7PA 4USAA 3EL2A 3C21A 2R7YA 3THYA 2P9IB 5T7BA 4DSKA 1NGBA 4J9RA 4K4HA 1P8ZA 4FPAA 1RT7A 1KQQA 3JYTA 1BG3A 1NZBA 2KKPA 1SXDA 1LWFA 4PL1A 2O8BB 5AK3A 1PVQA 3ISNC 3ZDCA 2DPIA 4FWOA 4P4MA 5EOYA 3M3ZA 4GVEA 1GLCG 4H4OA 2OYQA 4K8ZA 4DR7K 1YJ9N 3QZ8A 4WF9L 3ZT0A 4CD3A 5ALMA 4FBTA 3GV7B 1T3NA 4RQ5A 5FDLA 3QU2A 2A3VA 4CF4A 1IKXA 2P35A 2DQNB 2B21A 5HNKA 3N7RC 1T3QA 3LVVA 1TGOA 2FBVA 2C28A 4FZYA 2D4WA 4BY9C 4QIWC 3KHYA 2NYVA 2M0NA 5BRFA 4J9SA 4JD2A 2HSZA 3ZSVA 2OZMA 4DSFA 3PO5A 1Z25A 4BVOA 5E79U 3ZDAA 1CZAN 4Q8EA 1CZ9A 2YKNA 1SUQA 3HRGA 2IOFA 1Z00B 3ZLJA 3TACB 2V7YA 3D6JA 3SI8A 2WUSA 3S41A 4DF4A 2AH5A 3TAFA 2PYLA 4JV1A 4EBEA 5AQSA 4EBCA 2HBMA 3MC1A 5AK6A 5B66U 4CECA 2Q2RA 4BE1A 4RQ1A 2ZQBA 1TYQA 4M9JA 4ID1A 4CI6A 9ICWA 5C24A 3ULEB 3P31A 5D3GA 1AQ6A 5CEHA 1TAUA 3ZSWA 1EP4A 4UB4A 1D9FA 1JLQA 4U7BA 3MR6A 1D8BA 3MDQA 4Y2QA 4OKEA 2K8AA 1U47A 2WOMA 1TE2A 2D0PA 3U26A 5KQDA 1JKHA 3QIPA 4M41A 5L1LA 2LYBA 3H8JA 3NHGA 2ZXHA 1YI2N 2BANA 3VQ6A 4ECYA 3L2QA 2JEGA 4FLVA 4IEIA 4PGYA 2VJ4A 4UAZA 2MSNA 1ASWA 1RQLA 3DAWA 4AHRA 4FS1A 2F44A 3WEEA 4I29A 3ENBA 5CYMA 2D0CA 3AA4A 1X2IA 5M1FA 2RKIA 4V19S 4P0QB 1WSFA 1K1QA 1COKA 2FXUA 2G07A 5AQTA 5EE1A 1SV5A 5AQIA 2WHEA 2EWSA 1ZQ1C 2OHFA 5AQQA 4OD0A 4Y2PA 2IA6A 2F77X 4YQWA 2WTUA 5F9NA 4J9LA 4M7XA 2QB1A 2Y1JA 3CC4N 1JN3A 2Q4TA 5DG8A 4MQ3A 3KKAC 1WSIA 1TUUA 1ATSA 2KLAA 2E3TA 3CD6N 3WNFA 4DOAA 2FLPA 1S3XA 4EIAA 3QU5A 4LFAK 1BNOA 2F76X 5IIIA 4CE6A 5IIOA 5J0OA 4WQ4C 4KN4A 1N6QA 4BC3A 2XCAA 4JLHA 3A0HU 9ICHA 5KGWA 4B9MA 2FLOA 4FS2A 4L8RB 3C23A 3TSQA 4UB6U 2UXBK 4AP9A 1DK2A 3QU9A 5JS2A 2KOBA 3KLGA 4FM0A 1HX1A 2HNDA 8ICHA 3WXIA 1EQYA 4X66K 3HOTA 4A5BA 2ES6A 4FE3A 3EN9A 4DTUA 2QWRA 5ELZA 3UE5A 4H0TB 1NGAA 3EY1A 1BCMA 5CY4A 1HPZA 3RWUA 8ICLA 4GV9A 4GKJK 3JSMA 3CF5L 1TUYA 4M3XA 4NJ8A 1WUAA 1IKWA 4LSNA 1C0FA 4LF4K 2I6XA 3C29A 3MDAA 4O0JA 1AROP 4CK2A 3O3GA 4FL9A 1XHZA 4BDPA 8ICZA 1S6PA 3CJBA 2OZSA 4NXZA 3MR3A 4JK9A 1XO0A 3CMEN 2E2NA 2F8TA 2P9NB 3SMVA 1RYUA 3OBYA 1TK0A 5IIMA 5DKWA 4RQ2A 3EE9A 5AQFA 3MMVA 3OY9A 4KHUA 2W9CB 3AV9A 2YHBA 5I42A 2W42A 3IUCA 1Q8KA 3OYCA 4HUGA 3NH2A 1LKYB 2IOHA 4QNLA 5DQHA 4MO5A 2UUAK 3PO4A 2QXLA 4PJ0U 4RPXA 1XU4A 1ZQLA 1D9DA 1Z1BA 4F3OA 3EW9A 2Z1IA 4X64K 3G4SN 3G71N 2ZUBA 1SZHA 4BGDA 3GIJA 4KLMA 4CF0A 1TFRA 3TR8A 3EWAA 1UT5A 2IDOA 3UMCA 4MFCA 3MN6A 2HHVA 4KN7A 4DUZK 4DV5K 2RRDA 3B0YA 5J2FA 4A57A 4FK2A 3RMAA 2W11A 3O9SA 4JS5A 3SQ2A 5L1MA 1ZRMA 1HJPA 3UMBA 5J0TA 4QWBA 3KWIA 4QZAA 1JLFA 4KX5A 3T79A 3DMJA 2W9AA 2IOCA 8ICFA 4KLQA 3ULDA 3CG7A 2XY8A 2BHNA 3V9UA 5KT6A 4R8UA 2FBTA 4AH9A 2QARB 5KFRA 1J2MA 5AQZA 3IV6A 3O5BA 3LP3A 4BRQA 3L0QA 5IINA 1JLEA 3QB0A 1HJOA 4M3ZA 4C1NK 5LJVA 3NE6A 3A0IX 4PL2A 5FPDA 5AZJA 4DQSA 4JUZA 4K41A 2AQ0A 5HMLA 1KVAA 3QZ7A 4QJFB 4KO0A 3AVKA 4GW6A 3PW2A 2A42A 4M04A 4CHNA 2F1JA 2KEYA 2UXDK 1VQ9N 3PY8A 4Y2UA 3AVJA 4W5NA 2ZJQL 1DGSA 8ICSA 4M6WB 3UKRA 5BR9A 5AIBA 1A5XA 4BGBA 3WK5A 2UVRA 3F73A 4NCAA 3LVWA 3NS1A 5HLFA 2F1HA 2DFFA 3PSTA 1KTQA 3G6YA 1ZXOA 3RSEA 3DXKB 3Q8RB 4E1NA 4B1UB 1D8YA 2G5HB 4KTWA 1VSFA 3KVGA 3ZEUA 1VQ4N 2QKQA 2ZIVB 3VEWA 4I6MA 2YHWA 2WB1C 4DFDA 1NGEA 4KAZA 5EE0A 2O6KA 1RYRA 3NAEA 4Z4CA 1U48A 1ZQZA 4M7YA 2WFAA 3I0RA 4RW4A 2A1RA 1M90O 3O80A 2I1QA 1ASUA 1QTMA 1HNZK 3B9JA 4EYHB 4FPBA 3S6JA 5AK4A 4XH4A 1HUZA 4DV6K 3U9DA 5FPNA 4CE9A 4ACOA 3G6VA 3QU7A 9ICCA 4PWDA 5HP4A 4NM1A 1OW5A 4CESA 3RB0A 4EFHA 2HHHK 1JL2A 1SQKA 4NL9A 2W03A 4I2QA 3GIKA 2V51B 3VN5A 3SPZA 3SK3A 3I56N 3SNNA 4KI6A 1RTHA 2E1ZA 3V9SA 4KH6A 4CF2A 3ETRA 1HRHA 4US9A 3HYFA 3DXMA 1XSNA 1NGJA 2ETJA 4ISGA 4CFDA 4I2GA 2QWQA 2FLLA 1T4GA 3KWGA 3OYLA 3GE1A 2IVPA 2QM1A 3K58A 2ZJ5A 4AYBF 3PV8A 2P9SA 4IEEA 3I28A 4QZEA 1QSYA 4K42A 4NYFA 4HCBA 3SAFA 2Q1NA 2E4LA 4JS4A 2ZJ8A 4KPYA 5AM2A 4ED1A 4BX9C 4NY8A 3C5GA 3ICXA 3H46O 3H6EA 1S76D 2VWKA 4FM2A 1N61A 1QQ5A 5KFVA 2VG7A 4E7HA 3QESA 2GWKA 2ZG6A 1FKPA 2AXTU 3ZT1A 4JI5K 3EE8A 3VEYA 1BI4A 5DM6L 3UB5A 5EOZA 3CETA 1U9LA 2WAQC 3QEBZ 2P9PB 4E7LA 2UYTA 1VQPN 3VQ7A 1SV0C 3R3LA 1SXEA 1B92A 1YVNA 3NVZA 5DB6A 1LCUA 3W3DA 4UARA 2QKBA 3QE9Y 5AM3A 5AKEA 3QICA 5J0SA 5AQJA 2UUBK 4RW9A 5CA7A 5HRNA 2LI6A 1UAXA 4KHSA 4PY5A 1VQON 2QLTA 5GTHU 1JXEA 3F2BA 2ZF5O 3HZ6A 2BTFA 3VEOA 4ZTFA 3WNEA 5E84A 4MFBA 2E2OA 5T14A 5DM7L 3D0PA 5ALJA 2YCHA 3D2EA 2A6AA 3LK9A 4CGDA 3M7DA 4JKGA 3LPTA 4RQMA 3CPWM 5GIOA 1ZD4A 1JCFA 4QZGA 1K5OA 3RAQA 3V7KA 2MUTA 4I2HA 2RE2A 2GOLA 5AQMA 1B0XA 3VQDA 1HKCA 2IIRA 9ICRA 4MF8A 2DKZA 3AU6A 9ICFA 2O8EB 5J0YA 1KAXA 3J7ZO 4C23A 3WK6A 3SUNA 1REVA 3MN5A 3BZCA 1YHQN 2KZMA 3VQAA 2AU0A 4R79A 3AA2A 4YD2A 2DL0A 3NVYA 5KFZA 3TADA 1SKRA 3BJYA 1LAVA 2ZM6K 4J03A 4PL8A 4IRDA 3SAGA 3RH5A 3O8MA 5J0UA 4UW9A 4HAIA 2QWLA 4YDUC 1JXBA 3PSFA 1A76A 4HUEA 2HHTA 3ALRA 4U7CA 1T7PA 3SQ0A 1ZBIA 1QVFM 4DU3A 4FYDA 3DYAA 4JI3K 4UB3A 3K9KA 3EUB2 4O3NA 4ELUA 1NGFA 2I5JA 4PL7A 3NF6A 4BRPA 3LAMA 4EELA 3DLHA 5HHHA 1S8OA 5B5EU 2BQRA 3BQ0A 1ZQRA 5AIAA 4F2RA 1ZQFA 4CGGA 2VWBA 4PPXA 9ICOA 3C2LA 3VQQA 5J1EA 1RCHA 4F4KA 4I9QA 5IWAK 2HHWA 4FJ5A 1FIQA 5KPTA 1A6SA 5JLFA 2FPLA 4PHPA 2MAXA 3PSIA 3LYSA 2C22A 3UIQA 2RDIA 5L1IA 3ITHA 4ZHRA 9ICXA 3DRSA 3AU2A 2YJFA 1NGIA 2YNHA 4JKCA 2ZIUB 4BXOA 2CH6A 2LM4A 5G5HA 4QZDA 4MFAA 3CCQN 3NVKA 4ISEA 1RG6A 3ZSYA 5ADXH 2I7PA 2R18A 3O6WA 3JPTA 5C10A 4HTUA 4FLZA 4U6PA 4NM2A 4QZ9A 3VOVA 1KAYA 1ZYQA 3ZCMA 4OPJA 2W6LA 2XY6A 1NMDA 3E66A 5J8YC 4C4SA 3T5KA 3L4IA 5TKWA 2P9LA 2ZIWB 1ZQUA 1J6ZA 1WYGA 2H5XA 4CFCA 1QQNA 2YTUA 3VTHA 7ICGA 3OYMA 4F4ZA 5DMRA 2F96A 4YXMA 4GLXA 2PKEA 3L2WA 1BOTO 1DLOA 1ZXIA 4NV0A 2RF2A 3H0MB 3V72A 1ZBLA 4DR3K 5AQYA 3RF9A 4Q8FA 4CEZA 3UXNA 3V7LA 1LV5A 1RT3A 3ENHA 1ZQMA 1N2XA 4B8AB 4KMUA 2A41A 4E7JA 9ICEA 4B6JA 3RRHA 4H5RA 3CM6A 4EHTA 4ED6A 1RBRA 4H03B 3QX7A 3T7ZA 5KNIA 1X3MA 2EX3A 5HROA 3SUPA 3BEXA 3TPQA 5KFBA 3K75D 1TVAA 2KTQA 1S0MA 2HMXA 1SL1A 4KI4A 1NJYA 4DL2A 4OKKA 4RW8A 1SKWA 1H38A 3BDPA 2HF4A 2H3IA 3RJEA 4O5KA 1JLAA 4IZ9A 4DSEA 1HKGA 7ICEA 5AKGA 2C2RA 5CYQA 4JNEA 2OANA 5AQUA 5J2AA 4JKBA 3SQ1A 1QH9A 1O03A 2AQ4A 4CZJA 4UATA 4KHYA 4JN4A 3VA3A 1T94A 2DKXA 4CVNE 2PXIA 4TQRA 3IG1A 5KFKA 3O3FA 3L4PA 3WKCA 4JKHA 3WKBA 1ZQYA 4JI8K 4UAWA 3FFKB 3MEDA 3AL0B 5ALNA 2ESEA 4MO4A 3RR7A 1CRXA 3HRDD 2O8DB 3KKSA 4EHUA 3F9KA 8ICXA 1L8OA 7ICFA 4ECRA 1ZQCA 4BRIA 4Z0UA 4A59A 5KL1B 9ICVA 3D2FB 1IXRA 2OWOA 3MWTA 3WXMB 1U45A 3LDQA 3IFRA 4NCGA 2GBZA 3WU2U 3VGMA 5EWGA 2FDRA 3NBPA 2KQ2A 3HPGA 3M6GA 4EEKA 4YN4A 2GWSA 1F21A 4FWRA 4M45A 3NASA 4DOBA 4DWIA 3C6AA 1WOQA 3UKUB 3RJGA 3K2PA 4CJLA 5C5JA 2IGIA 2DWQA 4PHDA 4YR2A 2BCUA 1MWKA 2OYYA 3VERA 4FLXA 5J29A 2OTJN 4CZHA 4JKAA 1X1PA 2HF3A 4H8KA 2K4IA 3C1ZA 1K6YA 2MA1A 3ENOA 4JV2A 1ZD3A 4DL3A 4W5QA 3V9XA 4KLEA 2NRRA 2BCQA 2A3ZA 4FLTA 4IDKA 1NK5A 1E4GT 3VQ5A 3R9PA 8ICWA 4PKGA 3DM2A 2JGAA 2P9KA 3HX0A 4G1QA 4NXMK 4CZEA 2O8CA 4YD1A 3CJCA 1OH6A 2E2QA 4PGQA 3O4NA 1BL3A 4WQ5A 4QW8A 3TFRA 2Q0UA 3DXMB 1T3VA 3H1VX 5J0WA 4LY7A 1LB2B 5J2NA 4IXCA 2E8PA 1GOBA 3VMFB 1ZRNA 3M9OB 4CCHA 3UPQA 4OPHA 1X66A 1BQNA 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3C28A 3K9JA 3F2CA 1ED1A 2F9WA 4BQLA 3CRXA 1JJ2M 2YHXA 5CRXA 2ASPA 2KIWA 5EX5A 5A0LA 3EO3A 3F5TA 1QVGM 2E5SA 2WB1F 1U2VB 3P38A 3I8BA 5AZIB 3P39A 2KVCA 3O9QA 3WQUA 3PLAA 4WYBA 1IIPA 3FE1A 2KV2A 3W0LA 3AAPA 3CC2N 4BR5A 5AQRA 2RHFA 1K73O 1Q86O 1K8KA 2QWPA 3C65A 4JHDB 2JH1A 4ISFA 2D6FC 2BH1A 2DPNA 5AFUH 1URJA 3OBWA 2ZGYA 4MDAA 5F0XA 4H0VB 3F2DA 3DJCA 5JMVA 4BRKA 2QW9A 1M1KO 3CCLN 1NGDA 3H0RB 1T6CA 4CBUA 1Q18A 2E1YA 4CZGA 1IG8A 4MDBA 2WAQF 4P0PB 4FWKA 3O4WA 3FZMA 4IOAL 3BF3A 3VF2A 3TTDA 3HKZF 1Z05A 1YF5L 5AQPA 5C2FA 2ZJPL 3VEZA 2VGMA 3VEVA 3LDOA 4BC2A 3R8EA 1VQNN 2IVOA 2IVNA 4BC5A 3CJ1A 4AM6A 2HMPA 5BRDA 3VESA 1P90A 2QTDA 3AQFA 3O08A 2KKZA 1MA7A 4FWQA 1HIWA 2W40A 4BR9A 1QZ6A 5C2DA 1Q3VA 3CCUN 3CHWA 3M5RA 3CIPA 4B9QA 3RVCA 4B1YB 5BN8A 4DHYA 4BJQA 2NV3A 2K89A 4BG9A 3CJ9A 3CJ7A 3O9UA 2Y0SF 1S22A 4OPAA 4JKFA 4PKIA 1BO5O 4BUGA 3ATUA 2Q31A 3VGLA 5HR6A 4BROA 4J8FA 3ZX2A 3A5OC 3F2KA 2CN1A 2XI9A 3VC8A 3GL1A 3C7NA 2OXOA 4AF1A 2PBDA 4WFBL 4IFEA 4KH5A 4JK7A 4BRCA 4JK8A 2NRZA 4BRAA 4RWTA 4BR7A 3O1BA 4CBWA 3BP8A 3IN5A 4B1WB 4A8EA 3N4PA 5KPZA 2HOQA 5HOOA 5M1OA 3TU5A 3KZBA 1T6DA 3ZETB 5E26A 3VF6A 4IC9A 4H5NA 1RDWX 2E8AA 3HI0A 1ATNA 5AQKA 3H1QA 4JEPA 4GY2B 4YOYA 3CCJN 4QS9A 3ONNA 2E88A 3KFUF 2ZXIA 4OJ5A 1VQKN 1YAGA 3MN9A 3PIPL 5F1XA 1SZ2A 1XC3A 1HLUA 5H1SQ 2P9UB 3SQIA 2NRVA 5FPMA 4NWIA 3R1XA 5AQVA 2QI2A 2OM6A 4YOUA 4A62A 4KBOA 1Z19A 3FZKA 3BF1A 5BN9A 1YITN 3CQXA 1PVPA 1GLBG 4FWNA 2VCPA 3A5MC 5AR0A 4BG8A
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBJ A;  2HBL A;  4NLC A;  2E1E A;  3SAF A;  1D8B A;  3CYM A;  2CPR A;  2MA1 A;  2E1F A;  2RRD A;  5C0Y A;  4O3M A;  4CDG A;  4QJF B;  2KV2 A;  1WUD A;  4OO1 J;  1YT3 A;  4QIW F;  2HBM A;  1GO3 F;  2DGZ A;  2RHF A;  3SAH A;  3SAG A;  4CGZ A;  2HBK A;  4NLB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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