3SAHA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with y436a mutation in the catalytic site
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
409
structure length
377
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVDLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSAARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome component 10
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 377
sequence length 409
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sahA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sahA01
1YT3A 2KV2A 3CYMA 2HBJA 1D8BA 2HBLA 4O3MA 2HBKA 4QIWF 5C0YA 4QJFB 2E1FA 4NLCA 2MA1A 3SAGA 1GO3F 2HBMA 3SAFA 4OO1J 4CGZA 4NLBA 2CPRA 3SAHA 2RRDA 2RHFA 2DGZA 2E1EA 4CDGA 1WUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ELUA 3QIPA 4QZ9A 4PA1A 2G8HA 2F1IA 2ZIUB 3H8JA 2YY6A 1VQ8N 4DFKA 4DTSA 4FM0A 1S1UA 3T69A 4Z6EA 2GWSA 1RTJA 2E1YA 2X74A 4LF9K 1GOCA 2DWQA 1ZJNA 3D45A 5C0YA 3T5JA 2R8GA 1JUDA 5J0XA 4RPYA 3DLKA 1PVPA 4DQ8A 3K1RB 3MXIA 4YOYA 1SWWA 3P31A 1J6ZA 2D0BA 2J4RA 3H0RB 3NH2A 3CC2N 3C1ZA 1YHQN 3KKRA 4BVOA 4R63A 3KLFA 4EEYA 3KK7A 3THWB 2HVIA 3NRZA 3EW9A 3W3DA 4C23A 4FLXA 3WEEB 3A5NC 4LFBK 5KFKA 2FI1A 4DO9A 2UXBK 3Q8SB 2EWSA 2R7YA 1XO0A 4CBWA 2JXJA 3C29A 2OANA 1NNEA 2W55A 4FWLA 8ICHA 3PSIA 5AQMA 1HIWA 1GOAA 1U04A 4QZFA 4IOAL 5KFQA 1ZQKA 1C1AA 2B4JA 2DTUA 4ELVA 4M7YA 1FFUA 2ZTEA 4MDAA 4NJ8A 1EKEA 1HJPA 5AKHA 4M9GA 1SS6A 2DF4B 3KOOA 2O8FB 4O5BA 1HUXA 3GFKB 4IBNA 3M6GA 4IL6U 5AQWA 2HOEA 3C6AA 4Z4IA 3EY1A 3DWLA 4YNQA 1GLLO 4ECUA 1TFRA 2RE2A 3O1BA 3KHHA 4KX3A 2KKPA 1RDCA 1EXQA 2ZE2A 3Q7BA 4JS5A 5B66U 1Q46A 1EX4A 3V6HA 4PKGA 4OJLA 1YITN 4E19A 5I9EB 1J5EK 2PKEA 4B6JA 3H6EA 5KFIA 3V7KA 3KHGA 4DTXA 3R8EA 1E4GT 4QZGA 2RRDA 5B5EU 4US9A 2E1EA 2E5LK 1NJZA 1DXSA 1CEZA 4EAHD 3WK9A 4B1WB 3U6FA 4FK0A 3OTQA 3NVWA 4O3SA 3ONNA 5LMUK 4M3ZA 2Y0SF 4OJPA 2PXIA 2YKMA 5K14A 4N41A 2KE7A 3NVVA 4OPKA 1B4FA 2H3GX 3WNHA 2P6RA 3ZEUB 2QA4N 3TARA 3UXOA 2YX6A 5J0UA 4FK2A 3KD3A 4JK9A 1T94A 3ZSZA 3F5EA 2DKXA 4J9RA 2ZJRL 3S3MA 4JWMA 1O1WA 5M1OA 4CW7B 1VQKN 3O5BA 3SV4A 4BR0A 9ICXA 2E3TA 4HTUA 1RILA 9ICKA 2F8TA 1WSEA 4B9QA 3TFSA 3J7YP 5J8YC 2VGMA 2MUTA 3NMUA 1N32K 4K4HA 2QM1A 1VQPN 3ICXA 2CRXA 4IFYA 2P9LB 1MU2A 4B1YB 2ATLA 3HM9A 1X3NA 4BRFA 4MO5A 5AQSA 3GV5B 1XU4A 4CF8A 1NMNA 2ZJAA 1MDUB 2E4LA 1BVSA 1KCFA 2HSTA 3V6KA 2VJ4A 2BR0A 3O1WA 4O55A 3CJAA 1WG8A 4R64A 9ICQA 4ISFA 2O8EA 5CP2A 4FM2A 1TVRA 5I42A 2W6KA 3MN5A 2Q0ZX 3QINA 2OM6A 5D46A 4P0QB 4CGDA 5IT9O 4B9LA 5AI4A 4N56A 1TKXA 5ALDA 4LZGA 3SNNA 3DLLL 2KKVA 3BQ0A 1KEJA 4M3RA 4GC6A 4FZZA 5ALIA 2HOQA 4O0JA 1NZPA 1HUOA 4EBDA 4WFNL 4YXMA 1A76A 1VRUA 3U8XA 4RG8A 1HYSA 3WKEA 1ZQSA 2UVWA 2BHNA 3RFAA 3J7ZO 2RHFA 5TISU 4I27A 4KBOA 4N76A 2KKZA 2ZJ5A 3VTIA 3C0BA 2JWKA 2J6UA 1UAXA 1ZC6A 2KICA 2EAPA 1T3QA 3VF2A 4O8KA 4CGJA 4KLHA 4UAVA 2D4WA 3AO1A 2VA8A 1FKPA 4G1QA 4YY3K 8ICMA 2KJ5A 1RCHA 4DR1K 3LVWA 4DL2A 1SV4A 5BOMA 4H5RA 1VDVA 1V38A 3AY9A 3GU3A 3SQ0A 1YZ6A 2IBKA 4H8KA 3O6WA 1NGFA 4QWAA 2HF3A 2A6AA 4FZXC 1UA0A 3MXJA 5DKWA 4MFAA 4IZ9A 5AM4A 2XCAA 1LAWA 5AI6A 2FMPA 5BR8K 2PFUA 4CVNE 2HMPA 4RQ6A 3O4NA 4XQ8A 2D1KA 4UY8O 2F76X 2G06A 5IILA 2FC0A 3IM1A 4JRPA 2WFAA 2QB0A 4NLZA 2PYJA 5KRTA 4ILGB 1JI7A 1KSPA 3DRRA 3KHRA 3KLHA 1ZQZA 1VAZA 3ZYYX 4IS7A 4EHUA 5KRSA 4DOBA 3O3HA 5KFZA 4DTUA 3OPXA 3K1ZA 2FSNA 5J8YA 1Z1VA 1NJIO 7ICEA 2K4IA 3BS5B 4AM6A 3OTOK 3ATVA 3TABA 3LDOA 1S5LU 3I8BA 1VSJA 4DLGA 3L2RA 2AJQA 1S1XA 4CGGA 3IG1A 1KFDA 3SAHA 2ZTCA 4Y2JA 5IIIA 4BX9C 2KFZA 4QZ8A 3TTCA 8ICJA 3QNNA 4KHUA 5KT3A 4IRCA 4P0PB 5HRRA 3PO5A 4YDUC 2IVPA 3THVA 1ZQJA 2G8VA 3QLHA 3HPGA 5AQIA 1KFSA 3AVMA 3DXMB 2W6LA 5AQYA 3HK2A 1EO1A 4KMUA 9ICMA 4FLWA 2ZIVA 1LCUA 4IG0A 5AKYA 2IGIA 8ICWA 1J9AA 3ASMA 3I8DA 3AAPA 5AKIA 5ALYA 4Z6FA 3NF6A 4JD2A 4JI3K 3ULDA 4BJQA 2JZBA 2MA1A 5C25A 4MFFA 4UAZA 1L3VA 3LZJA 4KLIA 4JHDB 3WXLA 4CGZA 3HZ6A 2Y0SC 1RBUA 5BRFA 4KB0A 5EE3A 3SMVA 2VG5A 3SMSA 3BJYA 4KO0A 3R3LA 3SLCA 4LF7K 1ZXIA 4CEBA 1TK0A 3JPRA 3UE5A 5J2NA 1FEZA 3EUB2 2ZJPL 1HKGA 2O8DA 3OYAA 4CZKA 2XRIA 4I2DA 3ZX2A 4JB3A 5ADXA 4XRHA 4CJKA 1P90A 1SWVA 4I2AA 4AHCA 3NE6A 3ZSOA 5EWGA 1RBSA 3GV7B 1BWFO 4E1JA 1SL0A 5ALWA 3CJCA 3WUHA 5KGXA 3BQTA 5IWAK 3ISDA 4YD1A 3F53A 4PL1A 5KAFU 2GWKA 4FWOA 4JEPA 4J9QA 1VSFA 3CJ7A 1SQKA 2KTQA 4J9NA 3V6JA 3AVIA 3MR5A 1KFTA 2ZUDA 2UXDK 2BTFA 7ICUA 4ED3A 2KOBA 1D8YA 3CI5A 3QFPA 4JKCA 1BNPA 4YOTA 2R8HA 9ICOA 1ZQIA 1OVYA 1NKEA 3CFOA 4I9QA 1NK7A 2HNZA 3OGUA 3OYHA 3TAQA 2D5RA 4JNEA 1Z00A 4B3RK 2KK0A 1Q82O 1ZQTA 3J81O 3C5GA 3KBBA 5ALEA 3CFRA 5C12A 5HRSA 2G5IB 5GIOA 2BPCA 3DYAA 2WC9A 4NXZA 3T19A 1WOQA 4ILHA 4FOEA 4KHPK 1OW5A 3TACB 3JPPA 3O9SA 3N4QA 5M1PA 3WXJA 4O3PA 3KKAA 2J6TA 1B0XA 1LWCA 4EELA 4M9NA 1S9FA 3QFUA 5EWFA 3QEPA 3QYPA 2K8BB 2NYVA 5J0SA 3WQUA 1VQ9N 1GLEG 4O3MA 4YDUA 4CJUA 5KNIA 5AHXA 1BNOA 1ZQDA 1QH9A 3OSNA 1N5WA 5JLFA 3V9XA 5ALXA 5KT6A 1MA9B 3CPWM 1RGIA 4QWEA 1F44A 3AVKA 2ZIWA 2I6XA 4YN4A 1TK8A 1IM4A 3SEIA 3VQPA 3ISCA 2P9UA 2RQ5A 3LAMA 1SB3C 3BQ2A 1S6PA 1RDAA 4KTWA 3G25A 3H45C 3OYLA 3TAPA 2D0OA 3CYMA 2BCSA 5EY4A 3EZWA 2E2NA 2W40A 3ZETA 3ZI4A 4F50A 3ZDCA 5BN9A 3VF6A 4J9KA 3K5NA 4PKHA 3OYCA 4DV1K 2XGQA 1NGHA 4CD3A 4FJ7A 5CWRA 4B1ZA 5KG0A 2JR5A 4NLGA 5JVHL 4FWPA 1D5AA 2IVNA 1YZ7A 3RMBA 3DJCA 1ZD5A 1XMQK 4B8AB 3S9HA 2WF5A 3K4GA 4JK7A 1WAFA 4K4GA 4KI6A 3FYHA 4CE9A 2KVSA 1PUZA 4JV1A 2HHVA 1NMDA 2YNFA 1CI4A 4F93B 4ECVA 1UHUA 3AA3A 2DUYA 3UQ0A 3UKUB 4DCHA 3MC1A 1GLAG 2QI2A 5EXWA 4NWIA 4ELTA 3B6PA 5J1EA 2Q4TA 1KQQA 1ATRA 4DTJA 1N61A 3MCPA 4G9ZA 8ICIA 5AQFA 4FPBA 3QU9A 1QQMA 2CH6A 1QS4A 2A19A 2P5OA 1KAZA 4F71A 3D6RA 4B9TA 3O8MA 4DSJA 2EDUA 5JTIA 3MGVA 4QS8A 4GIBA 3T1YK 3V81A 2BGGA 2K89A 3AQFA 9ICRA 4JI4K 2VANA 5J0RA 4RTFD 3V9SA 5HLFA 3C2MA 3ZX3A 3B8AX 4NXMK 4GVEA 3UMBA 3L6QA 2V51B 2F3NA 3WT0A 2RF2A 3PX0A 4K8XA 1DTTA 4CJWA 1WUDA 3WXKA 4LF6K 4IQWA 3TANA 1S97A 1U6ZA 3NFAA 3WNGA 1NOYA 2W3SA 1ZYQA 4MEYA 2D3DA 4YOXA 3PNCA 5DDYA 5D49A 2G8KA 3LP2A 3NUQA 1UQVA 2HBLA 2FF3B 1CLQA 5GIPA 2DPIA 1ZQXA 3UQ2A 1X6JA 8ICGA 4Y2QA 9ICHA 3VC8A 3MECA 3T5KA 1QQCA 3ZCMA 3HP6A 4GV3A 3HVTA 4BDZA 2KG5A 1RNHA 3J81j 4ED8A 2WF8A 3NCIA 3PZPA 4IR1A 3K0SA 5KG1A 4J2BA 1ZQRA 5KG5A 4CF3A 4RQ4A 3AL0B 4EX6A 8ICRA 4RWTA 5F2RA 5DG9A 2IHMA 1ITGA 1JKHA 2MRLA 4I6MA 3QIOA 4AM7A 1MSWD 1WYGA 1T05A 2Q97A 1HX1A 4PL8A 3N7PD 4W5TA 4X64K 3CNHA 4DFJA 1ZQLA 4AHRA 3VENA 1NGEA 3C23A 3NGDA 4IEIA 3K58A 2KEYA 3C2LA 3VOVA 1ECWA 2KJ8A 4ZHRA 5KFCA 2HVHA 1DOQA 2YHWA 3TAEA 5EE9A 2W3RA 1LVHA 4FO0A 2PY5A 8ICZA 2LM4A 5FP0A 1HQUA 5AQZA 4FJ5A 3Q8LA 2AQ0A 1RYRA 4IJAA 4J9SA 1WSIA 4PHTX 3QU5A 5AQOA 3QERA 5KG4A 1KL9A 2A3VA 1KVBA 3GL1A 1C1BA 4OJOA 5KT4A 1E3MA 5DBAA 1ESVA 1XUPO 2WBNA 3H3OB 4IDKA 4GXKA 5CYMA 3IFRA 2B0CA 5CZ1A 4DR6K 4FJ8A 1TE2A 1G15A 3MR3A 3L3UA 4C4RA 1GLCG 2FLNA 1A6SA 4FLVA 4OX9K 5DB7A 3EL2A 4EEKA 3CCRN 3ZSWA 5DM7L 1JRPA 3OA9A 2ZG6A 3HI0A 4LFAK 1L3SA 3EKUA 4R66A 4NXNK 3IP4B 5KG2A 1L7NA 3M8QA 3H8SA 1X66A 3HBTA 1JLFA 5M1QA 4FWSA 4DSKA 1PVQA 3KHLA 4CZFA 2KIWA 4CEZA 2PZSA 3SK3A 1RYUA 4KX5A 1A5XA 1Q9YA 3OBYA 4JWNA 5GAHP 5DQIA 4DTMA 4KPYA 4E0DA 2IOCA 1ZBIA 5BPCA 4I29A 3A5OC 1YIJN 2I9GA 3WKBA 3F2BA 1XC9A 4C4SA 4IRKA 2YCHA 3VQ7A 2YJFA 4Q5VA 4B1UB 4BRQA 3H8MA 3LPTA 1VSMA 1YTAA 2OZMA 2K8AA 4BRCA 2P9PB 4Z6DA 1M1KO 7ICMA 1QHTA 3SI8A 2KIVA 1QSYA 3V7LA 2JLEA 5DB8A 2C2RA 3IUCA 4OJ5A 1K5OA 5EU7A 3CMAN 1S5JA 5KFDA 3MEGA 5KFXA 4C8KA 3TAFA 4F91B 1CUKA 3LK9A 4FVUA 3QZ7A 4EBEA 1N48A 4Y2XA 3FFIA 4FM1A 2FPKA 4KH5A 5AICA 3THYA 3IMXA 1BU6O 4CHZA 4NY8A 3CHWA 1ZQBA 2HHXA 2GTDA 5IINA 3H46O 3LDQA 2F8KA 8ICNA 2YX8A 1WSGA 3BY5A 4FXDA 4FJNA 3ZT1A 3PMNA 1ZQYA 2NV3A 5IIOA 2BPGA 1W0HA 5HROA 5FRNA 2F77X 4CF2A 2H3IA 1KKXA 2E88A 3T1AA 3I0RA 2PYLA 4FLZA 4UAWA 5J2MA 4B1XB 1MA7A 5AZIA 3LDPA 1Q3VA 1N34K 2H5XA 3UMGA 5JMVA 4RQ7A 4HAIA 5AK3A 2N1RA 3V72A 3H4BA 1XSPA 4NL9C 3NGIA 4USAA 1JLBA 3QNOA 1NJXA 1NK6A 3B6OA 2BCUA 2OPSA 3QMLA 2ASDA 3OYBA 4A8EA 3AO2A 2EQYA 4PHAA 3I56N 2XGPA 4Y2RA 3PW0A 1W9HA 2FMQA 2AQ4A 2BE2A 2D0CA 3CG7A 4CF4A 4Y2YA 1ZQHA 1WSJA 2WTUA 2JV3A 5F0XA 3NDKA 4KTZA 4Y2VA 5HP4A 7ICGA 4M9HA 1IV0A 2NRVA 2Y9TA 4JI6K 3PR5B 3WXMB 4YD2A 4FS1A 2P51A 1GLFO 1KTQA 3E2EA 1VSEA 4DHYA 1ZQCA 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1NGCA 5FPNA 1QHAA 3I33A 4FE3A 1TYQA 2F9TA 2HBMA 4OO1J 3JXUA 1VQ6N 3VEYA 3F5AA 3LM9A 1MWKA 4CDGA 2LYBA 4WFAL 3ID8A 4OPHA 3TTDA 2FLOA 3TSUA 4CD1A 1BUPA 2CGLA 3FZLA 4IOXA 4I6MB 3ENBA 2W7PA 3C6HA 3KWGA 1YJWN 3R9PA 3CCJN 3BUZB 4LC9B 4EFHA 1CZAN 3IG8A 1KQSM 5KPRA 2VKQA 2QWPA 2H3QA 2CGKA 4A5AA 3HOSA 2CGJA 1KAXA 4NV0A 1NZBA 2BUPA 4BGBA 3E66A 2ZGZA 3ENOA 5AQLA 4BQLA 2F9WA 5AQGA 4QIWF 2QEXN 5AQRA 3IG5A 3AQEA 3TSPA 3VGLA 4BGAA 1HKCA 4XH4A 3A5MC 4BR2A 2QTDA 4BRKA 1YUWA 2VWBA 3D2FA 2I7PA 1YAGA 4GV9A 3E1YA 1QZ6A 3VPZA 3KHYA 3U9ZA 2IIRA 1NGJA 2ZJQL 1YJNN 1KD1O 4YORA 5CRXA 3O08A 1QVFM 4JAXA 5AZIB 4BRHA 1W2BM 4A57A 2ZWHA 4FZNA 2VYPA 1Z6RA 1C0FA 3K9KA 4BR5A 4U67L 3H0MB 5BRDA 4ISEA 4JKHA 2GX9A 2VGNA 3KZBA 1EQYA 5C15A 4WF9L 3O9TA 4JMUA 3PIPL 5BN8A 2OXOA 3MX2A 3EO3A 3SMPA 3E0FA 2F7TA 4H0XB 5AQVA 3CJ1A 3UKRB 1K73O 4BREA 2P9NB 2Q31A 3RF9A 1ILYA 5AZJA 4CBUA 1NGIA 3F2CA 2D0PA 4L3QA 3C7NB 1NGAA 1K8KA 3LDNA 2ZIXB 1T3VA 3KVGA 1YXQA 3C65A 3DEEA 2CN1A 3AGKA 5KQDA 4Y0WA 2NRRA 3NVMA 1Z05A 1A0PA 3VEVA 4H5NA 1HEKA 4A62A 1IJJA 3CPEA 4FOIA 1Q81O 3DXKB 2YB1A 4BY9C 3RSEA 2E8AA 2BH1A 3ENHA 1T44A 2GH1A 2P9SB 3G4SN 3BF1A 1YJ9N 2QWMA 2JGAA 3N4PA 2NRTA 1S22A 3GE1A 2A5XA 2RP5A 4XH5A 1Z19A 3L3FX 2NRHA 3DAWA 3SBGA 1VQLN 1BG3A 4NLCA 5EOYA 2WB1F 3A0IX 4FWKA 3MN9A 4QNLA 4C1NK 3NRWA 3BF3A 1YF5L 3N7RC 4A61A 1HJOA 1WUAA 4H0TB 4R79A 3ULEA 3GDQA 1BOTO 4BR7A 2PMZF 3MN7A 3PLAA 4ACOA 3D2SA 2QWNA 1Q7YO 3AAQA 1V4TA 2P9KB 5AFUA 4IO9L 4CI6A
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT3 A;  2KV2 A;  3CYM A;  2HBJ A;  1D8B A;  2HBL A;  4O3M A;  2HBK A;  4QIW F;  5C0Y A;  4QJF B;  2E1F A;  4NLC A;  2MA1 A;  3SAG A;  1GO3 F;  2HBM A;  3SAF A;  4OO1 J;  4CGZ A;  4NLB A;  2CPR A;  3SAH A;  2RRD A;  2RHF A;  2DGZ A;  2E1E A;  4CDG A;  1WUD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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