4NLBA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
359
Chain Sequence
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
total genus 117
structure length 359
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlbA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlbA01
2MA1A 1D8BA 2HBJA 4CGZA 2RHFA 2RRDA 5C0YA 4QIWF 3SAHA 3SAGA 4O3MA 2HBMA 3SAFA 1YT3A 4QJFB 4CDGA 2HBLA 2E1EA 2CPRA 4NLBA 4OO1J 3CYMA 2HBKA 4NLCA 2DGZA 2E1FA 2KV2A 1WUDA 1GO3F
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJNA 2FMQA 3CPEA 4H0XB 3R9PA 3A0BU 3WXKA 4GFJA 4DV0K 3OS0A 2Y9UA 4NXZA 4DKWA 4I2EA 1K6YA 1OW5A 4GXKA 2KKVA 1NGAA 1YVNA 8ICJA 4OJ6A 4M45A 4CK3A 1WB9A 2G8UA 1ZQXA 4NL9C 4WYBA 4B1WB 4OX9K 2Y1JA 2FLNA 3C6TA 3C65A 4OKEA 2HDOA 4ELVA 5DDYA 4DS5A 2D0CA 1KCFA 4CZMA 2NV3A 4Y2YA 1NZBA 2FSJA 2EZXA 5AQLA 1YITN 4DUYK 4PA1A 2WFAA 3MBYA 3O9SA 4FK2A 2W42A 2QLTA 4MFAA 5BN8A 5SWMA 1BIZA 3Q8PB 1HPMA 4JKDA 5J2JA 5J2AA 2HF4A 5AKLA 4M3TA 5FPEA 4AM7A 4EX6A 3UMCA 2XCAA 5KG7A 4DR4K 9ICMA 3NAEA 1J2NA 5AKIA 4IDHA 3HILA 2F76X 1ZC6A 1TK5A 5MLCQ 3S3MA 2RRDA 3RWUA 9ICPA 4GV3A 1SGGA 4AH9A 4CGFA 5ALMA 2NRZA 2G06A 4DR2K 7ICLA 4J2EA 4R66A 4YR3A 4Z6EA 4EEYA 7ICIA 4IOCL 2DPIA 1CUKA 1SKRA 5C2FA 1O13A 4Y2PA 2DUYA 4FWQA 3U6FA 2CXYA 2RHKA 3SQ1A 4RT2A 4EYHB 4ED0A 1KRPA 4JKEA 3ULEA 3C5GA 5KFUA 1S5LU 5KRTA 1OUQA 1RTDA 3VQ5A 1XNRK 1NGHA 3RJJA 1C0TA 5F9NA 3HXMA 4PKGA 3F2BA 1GOAA 5CWRA 4K4HA 4YR2A 2J6SA 3RBDA 5KFVA 2BCSA 2WB1F 1E4GT 1W0HA 3AO3A 3OYGA 4DF8A 3IUCA 4EX7A 5DB8A 1NZPA 2P9SB 3HPGA 4C8KA 3VESA 1WBDA 3RJKA 5JS1A 1VQLN 2YX6A 3QUTA 4FJ5A 2NRVA 3THWA 3CD6N 3ATVA 1A6SA 4PGXA 1UAXA 3D2SA 3UKRB 4RQ4A 3L5KA 3R1XA 2H3FA 4OGEA 2W03A 1HPZA 2JGAA 4X66K 1W9HA 9ICJA 3ZT3A 4C8MA 2YMLA 1RDBA 2NO5A 4FPAA 4GVMA 4F9OA 5KFIA 4A5BA 5KFYA 2QB1A 4WFAL 3H4DA 1TL1A 4US8A 4JI4K 1NOYA 5J0RA 4IKFA 4ID1A 2A40A 2P9SA 2HBLA 4BWJA 3HP9A 1IG9A 3MGVA 3RMCA 1V9PA 2P35A 5D49A 3KK3A 3CFOA 4OJOA 3UKRA 1J6ZA 3V9WA 5FDLA 3U9ZA 4B9SA 3MDAA 2IC3A 4O5EA 5B66U 5TKYA 4M3RA 2B6AA 3IDHA 3OPXA 1QHTA 3CJBA 3MR5A 4HVJA 3TAEA 2OYYA 4CIGA 3FM9A 4RQ1A 5EU7A 4M7YA 2M0NA 2BZFA 5EWEA 1JXBA 1BU6O 8ICFA 1DTTA 1I3AA 4CEBA 1KEJA 4B8CA 3SAFA 4KLEA 2UUBK 3J80O 1ZBUA 2LPEA 2HHWA 5JU5A 3L2RA 1JKHA 4JV1A 5ALQA 3WK4A 4UBBA 2E2OA 3MN6A 3QEVA 4PH5A 2P9KB 3OTQA 1AROP 4FE3A 4FSVA 3ZT4A 3V7JA 3WKCA 4GC6A 3CCUN 3SZ2A 8ICIA 4AILC 4O8UA 2G8IA 4RQ2A 1C0GA 1SXDA 2YV0X 3QDKA 1FIQA 4H4OA 4ID5A 5DM6L 3O80A 1S10A 1QVFM 1GLFO 1Q8IA 3V9ZA 4O55A 4CJLA 5KFLA 4CHOA 1KC8O 3PV8A 4IG3A 5HRRA 3GV5B 4B9UA 3AAPA 1RYUA 3C1YA 5AQXA 5KFOA 2HBMA 3AVLA 5DLFA 4IEIA 1W2BM 3TPQA 1KQSM 1JN3A 3ZT1A 2F3NA 3O9QA 4CVNE 1HJRA 2ATQA 2P9KA 5C15A 3V4IA 1T4GA 1RT2A 2IVPA 5BPMA 3JSMA 2W54A 5AM0A 4M3UA 3H0LB 3Q8LA 1Z19A 3ETRA 4LZGA 3CC2N 4ECSA 1Q3VA 1KFDA 4DQSA 4MEXA 1YVUA 4DL5A 3G0ZA 2ZIXA 3BZCA 3LVWA 1L7NA 3C0BA 3LALA 3VQCA 4PHTX 5DQIA 2KQ2A 4F8RA 4JKGA 3FZFA 4J2DA 1EXNA 1N56A 2KMDA 4LF8K 1IKXA 4YOUA 3EE8A 1PVQA 5DBCA 4KLOA 2YNFA 4JV5K 3PY8A 4HYKA 3NS1A 3O9TA 4HUFA 2ASDA 2N1RA 1UA0A 2JEGA 5BOMA 2IHMA 4B9VA 1A0PA 5KPRA 2A41A 4BRHA 1KDHA 2P9PB 4DR5K 4Z94A 4GMJB 3OYMA 5AM3A 3NH1A 4ED8A 1HIWA 4QWEA 2FF3B 3UKUA 4JK8A 1U04A 4KTZA 2E2QA 5KGWA 5M1KA 1VQ9N 1Q3UA 1XQSC 4FVUA 1ZQOA 5BR8K 4UB2A 1KKXA 3E9OA 2ITMA 3RB3A 1ZQIA 5KFKA 4WCEL 3G6EN 5B8HA 4CGGA 1GLBG 4QJFB 5KG2A 3DYAA 3UQ2A 4Y2QA 3D7EO 3ISBA 3ULDA 3QEXA 3SUQA 1N8RO 4UY8O 3PMLA 4OO1J 3VGMA 4B3RK 3AVGA 4W5TA 3SJJA 2BGWA 5EWFA 1C1AA 4XUSA 3N4PA 5AK4A 2W9BA 2YHWA 2Y0SF 5BREA 2YX8A 5AICA 3ZX0A 2F8LA 4DV4K 5F0XA 1IKYA 4CIFA 1ZRNA 2YTUA 3ORYA 1D4XA 1SQKA 2YB1A 5IINA 1ATRA 3HK2A 2Q97A 2IHNA 3ZDDA 8ICTA 5AK3A 1XHXA 1PUZA 3KD3A 2HNDA 4TUPA 1RQNA 4G3IA 2E6LA 4FLUA 4NB4A 5L9XA 4BVPA 1Z3EB 2WUSA 4Y2XA 4EP5A 1BWFO 2WFBA 3RH6A 1TUYA 2K4PA 3DV9A 4R64A 4CK2A 4NCAA 3CQYA 4J9NA 1TKXA 3K1ZA 3V1RA 2ZM6K 3NBPA 1JCFA 1DGJA 1FK9A 2E2PA 5AQGA 3SJHA 3H40A 2PZSA 2LKYA 4DUZK 4PHAA 4XQ8A 1NGEA 5FPDA 5M1QA 4UQGA 4B3SK 5T14A 3DLKA 1OXJA 1PZNA 3E2EA 1MWMA 2KG5A 1RT6A 2VG7A 3J7YP 3J81j 1C7YA 4B1ZA 3AO2A 1QSLA 3HI0A 4EHUA 4CF3A 2V4QA 1GOBA 1REVA 1IXRA 3IN5A 4B3MK 3OSNA 1VQ4N 2HI0A 4M9HA 2AH5A 4DLGA 3WKDA 5J2FA 4QZHA 2IOCA 3ZD9A 4M6WB 2PMZC 4R8UB 4DF4A 1ASUA 2RKIA 4JI3K 1IKWA 5C5JA 2D4WA 2PKEA 1S22A 1T6DA 3G25A 4KN4A 3T19A 3OY9A 4V19S 3NF9A 5D4BA 1ZJMA 4DR6K 1U47A 4KO0A 3O3FA 3CCSN 1Z00A 2G07A 4IRKA 2DFFA 2EANA 3DM2A 4RT3A 5HR7A 5FRMA 3ID6A 5J0PA 2VA3A 4A57A 1RDCA 1S6PA 1DTQA 2NNWA 4R63A 3BS5A 2D0BA 3E1YA 4CBXA 2KOBA 3NVZA 2CRXA 4BREA 4FWKA 1K9MO 1GLCG 4F3TA 8ICAA 2BANA 4JKHA 4PHDA 1ESVA 1QZ6A 2WTUA 4M6WA 4R8UA 2F8TA 3DLRA 1S1TA 3QXGA 3OJSA 4KHUA 3K1RB 1J9AA 4FJMA 1RDWX 3MCAB 2QWMA 3QLHA 4M9JA 3KZXA 1KLNA 3H8WA 4IJNA 3C21A 1A5VA 3K0SA 2W8KA 5KT3A 3FE1A 3VQPA 1WWUA 2YNIA 8ICNA 3LDQA 1P90A 4N76A 4I29A 3A5NC 5J2KA 1R59O 4HUEA 3IG8A 1XWLA 3NVYA 1WSHA 4YXJA 4DSIA 2XY8A 4JI7K 3RRHA 3I55N 2MSNA 1K8KB 3K59A 2UUAK 3MEDA 1HUXA 2K8AA 4XRHA 4CNQA 1ZQGA 1ZRMA 2NRRA 4FJ9A 2IVOA 3T5LA 2Y9TA 3PMNA 2XCPA 3CHWA 5ALRA 3SMVA 4OPJA 4M9NA 3T79A 4EAHD 1D5AA 1HUOA 1V97A 4DR1K 2QTDA 4JS4A 1DT9A 9ICUA 3CQ8A 4CD3A 4JI8K 4BRLA 2XVTA 3PO5A 1SAZA 5CYMA 2RLTA 4FJXA 4FK4A 3WK7A 1WUAA 3O9UA 5CE3A 3VEYA 5JTIA 1BPXA 3PR4A 5LJVA 4KI4A 4UW9A 1K8KA 1U49A 3C2KA 1ZQTA 4YOTA 5CR0A 4M9GA 4O3PA 2KFZA 1TL3A 5KFEA 1VSKA 3U3GA 3H8SA 4QZAA 5HHHA 4O5FA 4H5RA 2E88A 3F5TA 4QWDA 3KVGA 3AU2A 2Q3SA 4FJ7A 4BROA 2CPRA 2KHVA 4CCHA 5JLFA 2GLEA 3GV7B 2Q31A 5J0WA 4RW4A 4F5OA 3S9HA 5AKZA 2P9LB 4M41A 4JD2B 4Y2JA 5ALPA 3WKAA 1Q8KA 4C7ZA 3QEAZ 5AK6A 5IIKA 1EKEA 3PW5A 1L7MA 2ZWHA 3AN1A 1ZQWA 3RJIA 5KT7A 4F4ZA 3HYFA 4FOIA 1SKSA 2B5JA 2H3ZA 4I28A 3F5EA 2JEFA 5KTQA 2HSZA 5AQOA 4QZ9A 1ZQFA 2P6RA 4Q44A 5AR0A 3BDPA 3ZSVA 1Z6RA 2IOFK 3CERA 2VWJA 2F1HA 4FJKA 5J2NA 2P9LA 1D8YA 4JD2A 3PW4A 4Y2VA 4QZBA 1L5UA 4CEFA 4IOXA 5TISU 1RPLA 2FPLA 4EFHA 3OYAA 3G4SN 3ZSXA 1MA7A 3F73A 3OYCA 2FSKA 3L3FX 3AM9A 1RBRA 2KEYA 3GOIA 2JWLA 1IG6A 1NGIA 2B6GA 5L1LA 3OYBA 1HQEA 5DG9A 5KFXA 4Q43A 4IFYA 1XO1A 3LZJA 3TSUA 2G8WA 8ICVA 1BL3A 2VCPA 3HX0A 4OPAA 2FDRA 2UVVA 3ZEUB 1BHLA 3OJUA 5J0TA 4BDYA 5DGBA 4RPYA 9ICTA 3J81O 3TADA 4QZ8A 2Z1HA 3EKSA 3DXKB 4XA5A 1RILA 4FLWA 3F9KA 3M8PA 1VQ5N 5IIJA 5KFJA 3LP2A 2A6AA 3K58A 5IILA 1CZ9A 4Y2TA 4QZIA 5I9EB 5DK5A 1WN7A 4CZLA 4FOEA 1BNOA 5AQWA 1NK6A 2AHOB 2B21A 4IXCA 3NGZA 5KFDA 3CJAA 2QXLA 5ALDA 4CE6A 1UQVA 3ISNC 1Z26A 3BP8A 3HJFA 1SV0C 2E2NA 1UT8A 4CF0A 4NV0A 1QQ6A 4CJEA 2DKXA 2ZIVB 3UXOA 3QZ7A 4YG2A 2XY6A 2ASMA 4H5TA 4K4GA 3PW0A 1C6VA 4LD0A 3DXKA 1EO1A 4ED7A 5KG3A 4FBTA 4PGQA 1U2VA 3NUQA 3TANA 4E7JA 3QEIA 4FXDA 5B5EU 9ICXA 3HL8A 4CECA 3QNNA 2H3QA 5ALXA 2AA4A 3L4QA 5M1PA 1IO2A 3IMXA 4YY3K 1WLJA 2I9GA 2QKKA 1OVYA 1XC3A 3FDSA 1COOA 2Y1IA 1GLAG 1FJGK 1QS4A 3MWPA 5HNKA 3G6YA 5ALTA 1TUUA 3BF3A 4Y2RA 3HKZC 2I7PA 3FZMA 4B1VA 4CFAA 3JYTA 4RUCA 4DV2K 4ED3A 3D2EA 4FS2A 1ZQJA 3LM9A 3EPGA 2ISOA 2O6KA 4FYDA 3TSPA 3PX4A 4ECWA 3ZDEA 8ICOA 1MDUB 1H1VA 4XH4A 1YHQN 3B0YA 3LPTA 1XS9D 2OH2A 1LWCA 2FPMA 4C80A 3A2FA 2W9AA 1IM4A 9ICWA 3SPYA 3T69A 1HQUA 3A5OC 2K60A 4HTLA 2Q1NA 3KK2A 3QESA 1HYSA 1MC8A 3IHQB 1FO4A 1S9GA 4CHYA 4FJJA 5LMUK 4DTPA 2F96A 3O08A 1ZQQA 5KT4A 4M9LA 2HHSA 4E1NA 1ZXOA 4F5PA 4CIEA 3CC7N 1NKCA 4IO8A 2IOFA 3CMEN 1NU0A 7ICRA 1RBTA 2OPSA 1M1KO 1NK7A 4RNMA 4CF1A 5F9LA 3AVNA 1A5WA 5GAGP 2PI5A 4Z6CA 1ZBIA 3LK9A 3JPNA 2EQYA 1TFRA 1MQ2A 4YFUA 1ZQRA 4B9LA 3K9KA 3QEPA 3RJGA 5L1IA 1EETA 4CZFA 4Z4CA 4YVZA 4BG9A 2FBYA 3WNEA 1VSIA 3CJ1A 2P9IA 3MABA 3IS9A 1BA1A 4FW1A 2OYQA 3Q8KA 4RW6A 1SL2A 4H0VB 4I7FA 3DMJA 4CJWA 1L6NA 4FWPA 1KTQA 3VQEA 4BR4A 5ELZA 3THVA 5KFPA 1CXQA 2FC0A 3PX6A 3BQTA 3MR2A 3O4WA 3O9RA 4CFBA 2ZJAA 3LAMA 3NF8A 2XI9A 5EVZA 3W3DA 2E8MA 1S0NA 2LYAA 1HKBA 2GELA 4OGCA 3QICA 1X2IA 5ALJA 2X78A 4MEYA 4CGHA 1TKZA 1HKCA 4H5NA 4ACOA 4KFBA 4RQ3A 3P83D 1IH7A 3EUB2 1RG6A 2F44A 5EXWA 1DOQA 2EAOA 4KLGA 1URJA 3EW9A 9ICCA 5EOYA 1KL9A 2P9UA 2LM4A 4MF8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MA1 A;  1D8B A;  2HBJ A;  4CGZ A;  2RHF A;  2RRD A;  5C0Y A;  4QIW F;  3SAH A;  3SAG A;  4O3M A;  2HBM A;  3SAF A;  1YT3 A;  4QJF B;  4CDG A;  2HBL A;  2E1E A;  2CPR A;  4NLB A;  4OO1 J;  3CYM A;  2HBK A;  4NLC A;  2DGZ A;  2E1F A;  2KV2 A;  1WUD A;  1GO3 F; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4Y2P A;  2DUY A;  4FWQ A;  3U6F A;  2CXY A;  2RHK A;  3SQ1 A;  4RT2 A;  4EYH B;  4ED0 A;  1KRP A;  4JKE A;  3ULE A;  3C5G A;  5KFU A;  1S5L U;  5KRT A;  1OUQ A;  1RTD A;  3VQ5 A;  1XNR K;  1NGH A;  3RJJ A;  1C0T A;  5F9N A;  3HXM A;  4PKG A;  3F2B A;  1GOA A;  5CWR A;  4K4H A;  4YR2 A;  2J6S A;  3RBD A;  5KFV A;  2BCS A;  2WB1 F;  1E4G T;  1W0H A;  3AO3 A;  3OYG A;  4DF8 A;  3IUC A;  4EX7 A;  5DB8 A;  1NZP A;  2P9S B;  3HPG A;  4C8K A;  3VES A;  1WBD A;  3RJK A;  5JS1 A;  1VQL N;  2YX6 A;  3QUT A;  4FJ5 A;  2NRV A;  3THW A;  3CD6 N;  3ATV A;  1A6S A;  4PGX A;  1UAX A;  3D2S A;  3UKR B;  4RQ4 A;  3L5K A;  3R1X A;  2H3F A;  4OGE A;  2W03 A;  1HPZ A;  2JGA A;  4X66 K;  1W9H A;  9ICJ A;  3ZT3 A;  4C8M A;  2YML A;  1RDB A;  2NO5 A;  4FPA A;  4GVM A;  4F9O A;  5KFI A;  4A5B A;  5KFY A;  2QB1 A;  4WFA L;  3H4D A;  1TL1 A;  4US8 A;  4JI4 K;  1NOY A;  5J0R A;  4IKF A;  4ID1 A;  2A40 A;  2P9S A;  2HBL A;  4BWJ A;  3HP9 A;  1IG9 A;  3MGV A;  3RMC A;  1V9P A;  2P35 A;  5D49 A;  3KK3 A;  3CFO A;  4OJO A; 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 5FRN A;  1L3S A;  1L7O A;  1NMN A;  3GE1 A;  4KLQ A;  3T1H K;  1L7P A;  1EX4 A;  3KHY A;  4CW7 B;  1VQ8 N;  5KG0 A;  2PFQ A;  2ZUC A;  3PW2 A;  3MAQ A;  5F3X B;  1BIS A;  3M8R A;  3MX5 A;  2ZJ5 A;  5AKH A;  3BEX A;  5C25 A;  4JI1 K;  2WF7 A;  1GOC A;  1TVR A;  5BRD A;  1KAX A;  5DBB A;  3B9J A;  3I8D A;  1LKY B;  1ZQZ A;  4K25 A;  9ICE A;  4BWM A;  4HAI A;  1GLL O;  4CF9 A;  3O6W A;  4J9P A;  1ZBH A;  3J7A P;  4JMU A;  4DG1 A;  3P38 A;  3L8B A;  4YD2 A;  1F5S A;  4H0Y B;  1NLV A;  3MDC A;  2CH6 A;  3E66 A;  1WUD A;  2I6X A;  3H4B A;  5DB7 A;  5IIO A;  1RDU A;  1KFT A;  4KIT B;  2C2R A;  4IQW A;  2NRT A;  2HOI A;  4CJS A;  2KFN A;  2QK9 A;  4AP9 A;  5FRO A;  1WSG A;  4YN4 A;  4IWV A;  3ZT2 A;  3QB0 A;  3VGK A;  3KBB A;  3BQ1 A;  4I2C A;  1RTH A;  1DRG A;  4OPH A;  1VK0 A;  1VSE A;  4Z4H A;  3GZF A;  3PZP A;  2ETJ A;  1VQ7 N;  8ICK A;  3FFK B;  4DTM A;  1KW4 A;  1YT3 A;  4JEP A;  1LKY A;  3F2C A;  2W43 A;  5HP4 A;  3FC4 A;  2ZGY A;  3AU6 A;  3OYE A;  4B3T K;  3U9D A;  4FJ8 A;  4Y1C A;  2O4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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