4NLBA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
359
Chain Sequence
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
total genus 117
structure length 359
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlbA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlbA01
4O3MA 3SAHA 2E1EA 2CPRA 1GO3F 2RRDA 1D8BA 2KV2A 1WUDA 4QIWF 2E1FA 2HBJA 2RHFA 4QJFB 4CDGA 2HBLA 3CYMA 3SAFA 4OO1J 4NLCA 5C0YA 2DGZA 1YT3A 2HBMA 4CGZA 4NLBA 3SAGA 2MA1A 2HBKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4L8RB 1REVA 3H3OB 2D8CA 1LW0A 1RNHA 5KFSA 2CPRA 5GTHU 5KFWA 3FZHA 4QS7A 4PL2A 1BHLA 3DWLA 3B0XA 5AQKA 2ASDA 2BHNA 2XCPA 5B66U 4HCBA 2VCPA 3OS1A 4FL9A 2D0BA 2VJ4A 5ALQA 4F5OA 5M1FA 3DOLA 5C24A 4K25A 1HQEA 1N60A 9ICFA 1RT4A 4MEXA 3RB3A 1NKCA 4CF3A 3AA2A 4YDUC 4CZIA 5CR0A 2NRTA 3MX2A 1B4FA 3VQ7A 4EHTA 2KNJA 5ALXA 3D2QA 5ALFA 1A76A 4DQRA 3TFSA 4BGDA 4PL8A 1SXEA 5J2AA 3HM9A 3WK6A 2GWSA 1ED1A 3M9MB 4ED7A 3C6AA 2IVOA 3O5BA 1CEZA 2B21A 9ICNA 1KL9A 3O8MA 5AM2A 1NJXA 4MLEA 3MECA 1WBBA 3JSMA 1ZJMA 5IIMA 3C1ZA 1BIUA 1V4SA 3RJIA 2QWQA 1PUZA 2ZUDA 1HPZA 2A3ZA 3D2FB 3ONNA 5I42A 3TR8A 1KAYA 4EIAA 2JMGA 3LVVA 5DG8A 1U9LA 3QU7A 5J2FA 3C28A 4E1JA 1FFVA 3UMCA 2V9WA 1HMVA 1WOQA 1JUDA 4JKEA 3S9HA 4RQ4A 2VGNA 4R5PA 4AM7A 1Q8IA 5M1PA 1NMNA 4FE3A 4GXIA 1ZQBA 3FGUA 3RR7A 4QWBA 2W3RA 3AMZA 1LVHA 3RMDA 4CEZA 3C21A 3GIMA 4GVEA 1YAGA 3AL0B 1JCFA 2QTDA 3SQ1A 4FJ7A 9ICTA 1MWKA 1TAUA 3C5GA 4M7YA 4KN7A 4NCAA 3PSTA 2W9AA 4F2RA 3HZ6A 2DFHA 5KG7A 5JLHA 4OPJA 1N56A 3OYGA 4QS8A 5J1EA 1MDUB 4FSVA 1KAXA 5DBCA 2E2PA 3NVMA 3SUOA 3WXJA 2AGPA 1WSEA 1Y64A 4K42A 5KFCA 3VPZA 4DQIA 1NGHA 9ICJA 2H3ZA 2E8OA 1BA0A 1BU6O 5HP1A 3BEXA 2K8AA 3AUOA 4Y2JA 4BDYA 3RH5A 2MUTA 3KKSA 5EOYA 3NRZA 1BI4A 2E88A 3WU2U 3OYJA 5KAIU 2YMQA 3UXOA 5KI6A 5JICA 4CGDA 4Y2VA 4BWMA 3FR0A 4JN4A 3HPHA 3V1OA 2KJ8A 3J7YP 4FZMA 3CCRN 2N1RA 2EAOA 3K75D 5JUMA 2A3VA 3CMAN 2W42A 1HJRA 3EN9A 1VSEA 4Y1DA 1DEJA 4FVMA 5ALDA 4AP9A 2BTFA 1BDGA 3A8YA 1OXJA 1BPEA 3F5AA 1RTJA 1WWVA 5ADXA 5KFRA 2IBKA 1CZ9A 3LANA 1K73O 4B9NA 2P9KB 5ALNA 5AQFA 4B3SK 2WB1F 1N33K 1JLEA 3V7KA 2JEJA 4CBUA 3N28A 4ZTJA 3KHYA 1UT5A 3H46O 3ZX2A 4A62A 3C2MA 4NO7A 1RG6A 2ASMA 2F3NA 4FOIA 1X40A 5AHXA 1DK2A 1J9AA 1IXRA 3WKEA 2G08A 2QKKA 4DFMA 3AA5X 4YN4A 3BUZB 2EAPA 3DLLL 4FZZA 5SZTA 4B9LA 8ICTA 2G8VA 1X6IA 2KSOB 5KG5A 2I9GA 2RQ5A 4ELVA 1UA1A 3SUNA 2OZMA 4KLEA 2A41A 3H4BA 4OKEA 4LF5K 1NK0A 2B5JA 4J8FA 4UB6U 2F1JA 4EEYA 3SQ4A 1SUQA 8ICUA 3H7IA 1ITGA 4ILHA 4CFBA 4CK1A 3IN5A 3M8RA 4JWMA 4BX9C 1IJJA 2GO7A 4JKFA 2E5SA 5AKJA 5GAHP 9ICIA 2OM6A 3VCBA 3QFUA 1C0TA 4DTXA 1K1QA 2OA8A 5J2EA 4LF7K 4FVUA 2HOFA 3THXB 1S77D 3L2RA 2YHBA 4FJKA 3T1AA 9ICEA 3M8QA 4Z0UA 4DV6K 3P1GA 3JPRA 3I1YA 4GKJK 2WHEA 1SZHA 3PY8A 4JRPA 2FLNA 3AVKA 4M3YA 3MN6A 3L2VA 3KFUF 2FPLA 1HPMA 1Q3VA 2JZBB 2R8HA 4CF8A 2PFPA 4JWNA 1SV5A 3RJJA 4FO0A 4YHHK 4DQ8A 1IBMK 1C0UA 4CGIA 3L4PA 8ICNA 1S1TA 3VETA 4RQ1A 3L3VA 4F3TA 2ITMA 2QB0B 4DU3A 4W5NA 3OYHA 5CEHA 4J9SA 4IEIA 5CY4A 3WNEA 2D0AA 4F4YA 1NNEA 2UXCK 1ZQHA 3SMPA 3CJ7A 3V6JA 4JYAK 1Z00B 4UAZA 5AKHA 4DR4K 4YCXA 4OJ6A 4P2HA 3OVNA 1QCKA 5AQOA 4FM1A 2O8FA 2O8DA 1HLUA 1L6NA 1RPLA 1K8AO 5AJ3K 3OYBA 7ICJA 3THYA 3OGUA 3ZDCA 3PSFA 1PK1B 2I5HA 4FPAA 3OTOK 3IMXA 1T94A 4CVNE 1W2BM 2K89A 3A5OC 5AZIA 3HOTA 2ZWHA 2GELA 4M3RA 3NE6A 4DL2A 3OYEA 3A5LC 5AQMA 5C2DA 5LJWA 1FIQA 1SKSA 3AAQA 3QE9Y 4BR7A 4ISGA 4YFUA 9ICMA 1RYSA 5CZ2A 2RDIA 3OYLA 3Q8PB 5DQGA 1COKA 4EYHB 3ZDAA 1K8KB 1OVYA 4O5BA 5F1XA 3G25A 3PUFA 3PMLA 2HI0A 1NJZA 4Q43A 5ALVA 1VQKN 4MO5A 3H0RB 2OEHA 4RW6A 5BOMA 4H0XB 1HYSA 4N41A 5AI8A 8ICQA 4RCHA 4C1NI 2DPIA 1ZXIA 5T14A 3KHGA 5AI5A 4A59A 4OKJA 3Q7BA 1J5OA 4NJ8A 5J0OA 4O4GA 2GOLA 1NZBA 3HKZF 3MX5A 3WXLA 4IRDA 1RBRA 2F8KA 3I8BA 2IHNA 3K1ZA 3WK8A 5JU5A 4F5PA 1X9JA 4ZHRA 4IQWA 5DM6L 4M3TA 3MWTA 4US8A 3VA0A 1XC3A 5AK4A 4QZEA 3LYSA 4IO8A 3ALYA 1SGGA 1RZTA 2ZTEA 4HYKA 1J54A 4DS5A 5D4BA 1ECWA 4FJLA 1EWQA 2E1YA 4IO9L 2Q0RA 4KTWA 1RTIA 4M63C 5AI9A 3HX0A 4OJLA 3ZSVA 3H8MA 3F5TA 1A5VA 5KG1A 2JEFA 1G99A 4OVLA 4YOTA 1EXNA 2CGLA 4ECSA 4TQRA 3H8JA 4M2YA 7ICLA 1LWEA 3V9ZA 4DSLA 2ZXHA 2BCUA 1S1VA 3QBWA 1T3QA 4CCHA 2XHBA 3C6HA 4DU1A 4FLWA 4I2IA 1HJOA 1JI7A 3MN7A 4BC5A 5HOOA 1SB3C 7ICIA 2QARB 1XUPO 1D9DA 4GIBA 1ZXOA 3V9XA 3JPQA 3N4QA 1Q3UA 4OPKA 2F1HA 5J0QA 4P4OA 4DR2K 4RNOA 4ECZA 1B0XA 2GUPA 3KZXA 3TI0A 3E58A 3NGZA 3M9OB 1WNSA 3TAGA 2J6TA 1JXEA 1NGFA 1YUWA 9ICSA 3SLCA 1B22A 1BNPA 2A6AA 4B9SA 3UM9A 1FFUA 3FAHA 4LF6K 4KHSA 4I2PA 4B08A 3Q8QB 1YZ7A 4FW1A 4CFCA 4J9PA 7ICRA 4CJ5A 2DFFA 5AKZA 4JKGB 4M3UA 5I9EB 3AGRA 4BJQA 4CK2A 3RRHA 4FWKA 2P51A 3AV9A 4I2FA 2JGUA 2GEMA 4Y1CA 4NLNA 2C22A 2ASLA 1U04A 4H4OA 4E7HA 2IHMA 1BCOA 3G0ZA 3EYZA 4BWJA 2DL0A 4J9KA 4WJ3B 2EWSA 4YORA 1S72N 4Y2XA 4MF2A 2PYJA 5JRTA 1KRPA 4GW6A 4E1MA 1Q18A 3C7NA 3CG7A 4G1QA 2D0PA 4JS5A 3IG8A 3AVBA 5CZ1A 2H5XA 1XSNA 2CN1A 4FJ5A 1UCVA 1FKPA 2I7PA 3QEBZ 2E6LA 4DR7K 4FLYA 5EWGA 7ICPA 1QHAA 3WK7A 4DV3K 1MU2A 4LSLA 5JS1A 1R59O 1TKDA 5KFLA 5KAFU 3TARA 1GLEG 4JI7K 4QZGA 2W6KA 3DMJA 2O8EB 4LD0A 3LZJA 2WFBA 3DLBA 1NU0A 4TUSA 3NTUA 4M3XA 1T05A 4JD2A 4GFJA 3LALA 4H0PA 3FDSA 1Z05A 4HAIA 4IBNA 1X42A 4YR3A 1VQMN 2O4GA 3CFPA 2DFLA 1RT7A 1QTMA 1VHXA 3HK2A 4JK9A 2KHQA 3NVKA 3NRWA 1R0AA 4I2DA 3TFRA 2VJ5A 2MRLA 2ZJ8A 1BISA 2Z1GA 3AU2A 2JV3A 2A1AA 4XA5A 5ALYA 4XH4A 2A1JB 1Z25A 1U48A 3C65A 1XMQK 4YXMA 3PZPA 4KLUA 1BQNA 3BQ1A 2KVSA 4FPBA 3KD5E 4QW8A 2KKVA 3S6JA 1ZOLA 1WCNA 4ID5A 4DTOA 1ZQCA 3M3ZA 1VLBA 3ISDA 4KLIA 4DV4K 2G07A 5C15A 2EZZA 1KKXA 1ZQSA 4M3WA 1HUOA 1VQ7N 2J4RA 4UASA 3O1WA 3AEVA 2B6AA 3C23A 4CE6A 3Q8SB 3C5FA 1RYRA 4P0PA 3TSPA 3VQDA 3UKUA 2P9NA 2JXJA 3OJSA 4F5QA 1MA7A 4B1UB 1WAFA 4HTUA 1RQNA 3TANA 8ICZA 1TL3A 2VWKA 4XQ8A 4M9JA 3AVHA 3IFRA 4N76A 1NBWA 5AQZA 5C0YA 2FLOA 2JH7A 3OYMA 2UVUA 3QU2A 1C1BA 4I6MA 1L7PA 2ZUCA 3TTFA 1WAJA 1JRPA 4FBUA 3PO4A 5J2JA 1KLNA 1MSWD 3A0IX 5AZJA 2KK0A 3N7SC 4QZAA 5KFOA 2Q31A 1ZBUA 8ICOA 4Q0BA 4EZ9A 2XY5A 1HQUA 1ZD5A 4DO9A 1NGEA 2K8BB 4MF8A 1BPBA 2I5JA 2NRVA 4LJXA 1HIWA 4PKGA 3VQ8A 5AKIA 4CHNA 3CCQN 4FM0A 4QZIA 3CQYA 4Q44A 2OTLN 7ICVA 4DU4A 4JI8K 3CP8A 5AKYA 2HF3A 4K41A 3H8SA 3MR5A 1N8RO 4IQUA 8ICMA 2HCFA 3HYFA 1G15A 3LDQA 4AYBC 3O3HA 3CCUN 3TQ1A 2HHWA 2YX6A 1NGAA 5KT3A 2RE2A 9ICGA 8ICPA 5EX5A 3AO1A 4PHAA 4NYFA 3H0MB 4KLGA 1U45A 1XU4A 2BDPA 2VYPA 1CLQA 5KT7A 2E8AA 3DM2A 3MEEA 4J2DA 4BE0A 2PFUA 4YMMA 7ICFA 4TQSA 5KGWA 4CF0A 1Q81O 1TYQA 2G5HB 4EX7A 4N56A 2E2NA 5CYQA 2LYBA 2HOQA 1VSJA 2VG5A 4FCYA 4AHTA 4UBBA 2ESEA 1WYGA 4NXMK 4I2JA 1SWVA 4IDHA 2NZTA 4CJLA 1ASWA 3MWPA 5T7BA 4EYIB 3AO5A 1VDVA 2KIWA 4WQ5C 4N47A 2W43A 3MGVA 3LP0A 2CXYA 3ICXA 2NO5A 4O3OA 1QE1A 3T1YK 2ZIUB 1F5SA 3GBTA 3ZSRA 2QWMA 4DOBA 4AHCA 3H3NO 1ZQIA 2NYVA 3PV8A 1CUKA 5LJVA 2F96A 4IQVA 2XICA 8ICHA 1IG8A 3ZT1A 3UMGA 5GIPA 3VQ5A 1QQ5A 2FPKA 5CJ7A 1ZQJA 1RBTA 2XO7A 2CGJA 4BR9A 2LSNA 4F3OA 3DXMB 5LY3A 2P35A 1KQSM 3ETLA 3I55N 5J2MA 3U6FA 1ZYQA 1PK3A 2EANA 3SQIA 1LKYB 1KDHA 5KFUA 4MQ3A 2GWKA 2G8IA 3QUQA 1JL2A 4DCCA 3TADA 2W7OA 4M9LA 4Z4CA 4P0QB 3PIOL 3SUQA 1N62A 2W55A 1X9XA 3QIPA 5BN8A 1T3NA 1N5YA 7ICEA 1JJ2M 4RPZA 4YVZA 5AM5A 5DBAA 2AGOA 3SAHA 3FE1A 4CJUA 2OZSA 4JMUA 4JI3K 5AQVA 3J7ZO 5ALHA 4IXCA 4JI1K 5ALJA 1QQ6A 1ILYA 4CHZA 1L7OA 3T3FA 4ECTA 2Y0SF 4KHUA 4MLHA 4X62K 2IC3A 2FE9A 3M6KA 5GADP 4XEIA 1LWFA 2KJ5A 3BZCA 4FWPA 2GH1A 7ICNA 3ALRA 3D6JA 1EWRA 4JHDB 4K8ZA 4DR6K 2AJQA 3WNHA 3JPTA 1TVRA 3VGMA 2YMPA 4XUSA 1IBKK 4DSKA 2GLEA 4OKKA 4RW9A 4C1NK 1U2VB 4O0IA 2P6RA 1BVSA 3QMLA 5HHIA 3SENA 1RBUA 3PX0A 3U3GA 2Y1IA 3TABA 2YMMA 1NOZA 3THWB 2C2DA 1LAWA 4QIWC 3HM8A 2BUPA 2RDJA 4F5NA 3DJCA 4YFKA 3CI5A 3QEVA 3EW9A 4IQTA 3G10A 4CBXA 4ECUA 4E89A 4C7YA 4CHYA 3D2EA 1V85A 4DUZK 4ED0A 3UKRB 4Y2YA 3MDAA 2WOMA 3TPQA 1FW6A 5KG4A 4XRHA 3L3FX 4RUCA 4CEQA 3MR6A 3B9JA 1HNVA 1ZQKA 4JEPA 3D6RA 3QLHA 4RTFD 3DAWA 5KT2A 3IUCA 3N4PA 3BF3A 4E19A 1Q7YO 1O03A 2QEXN 1T6CA 2LM1A 4DLEA 5FPNA 1KCFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4O3M A;  3SAH A;  2E1E A;  2CPR A;  1GO3 F;  2RRD A;  1D8B A;  2KV2 A;  1WUD A;  4QIW F;  2E1F A;  2HBJ A;  2RHF A;  4QJF B;  4CDG A;  2HBL A;  3CYM A;  3SAF A;  4OO1 J;  4NLC A;  5C0Y A;  2DGZ A;  1YT3 A;  2HBM A;  4CGZ A;  4NLB A;  3SAG A;  2MA1 A;  2HBK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5KQ8 A;  3CER A;  2WF8 A;  1JIH A;  1S8O A;  5CB1 A;  4RQ2 A;  4YR0 A;  1T6D A;  1S22 A;  3KHH A;  2KN7 A;  2Y9T A;  3SNN A;  5IIJ A;  2OH2 A;  4BRM A;  2G09 A;  4CHP A;  5L9X A;  5DDY A;  1U2V A;  4RPX A;  3TAE A;  2DFE A;  3CJ9 A;  3VER A;  3PIP L;  4KAZ A;  1JX4 A;  2I6X A;  1JLB A;  2PFQ A;  2HVH A;  3THW A;  5KPZ A;  3T5K A;  4UB1 A;  2GWJ A;  3MGH A;  3CC2 N;  3Q8K A;  2ATL A;  3EEQ A;  1EET A;  1ZJN A;  1SV4 A;  2CGK A;  4FOE A;  4A61 A;  4EP4 A;  4C80 A;  2EAM A;  3CJA A;  5CYM A;  3KLH A;  4BRA A;  1IKV A;  2P5G A;  2KG5 A;  1DK3 A;  3UKR A;  4F50 A;  3HIL A;  4BQZ A;  4CIE A;  3AU6 A;  5FPM A;  2OXO A;  3WNF A;  1RM6 C;  3RB4 A;  4CEA A;  4UAR A;  4MDB A;  1RDC A;  4F93 B;  4CZJ A;  4H0Y B;  4YY3 K;  1IG9 A;  1ZBS A;  2BPG A;  4HVJ A;  1EKE A;  5AQW A;  3DRP A;  2JWK A;  3J7A P;  4C7Z A;  5IWA K;  2JLE A;  1NJW A;  4CEB A;  3ETR A;  4E7J A;  2VAN A;  2NLX A;  3GL1 A;  4FWM A;  4H8K A;  3SR6 A;  3NVY A;  2LM4 A;  1NGC A;  4LY7 A;  4IJN A;  4LFA K;  4Z4E A;  5ALI A;  3VEY A;  4RT3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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