4NLBA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
359
Chain Sequence
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 117
structure length 359
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlbA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlbA01
3SAFA 2E1FA 2HBJA 4QJFB 4NLBA 2HBLA 4NLCA 4QIWF 1D8BA 2RRDA 4O3MA 2HBKA 4OO1J 2HBMA 2CPRA 2RHFA 3SAGA 1YT3A 1GO3F 2DGZA 2E1EA 4CGZA 3CYMA 4CDGA 5C0YA 1WUDA 2KV2A 3SAHA 2MA1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 4Z4FA 1ZD5A 5KFCA 1TAQA 2I5HA 4I29A 3OYDA 1HNWK 3IKMA 3IG1A 5GIOA 4HUFA 2HHUA 3ETRA 4KMOB 4A59A 3F53A 5HROA 2ZGYA 3O4NA 3C7NB 4I2DA 1COOA 4NWIA 2F9TA 2O8BB 3CCSN 4OKJA 4RQ2A 5F2RA 1W7AA 1EXNA 1LAWA 3CC2N 3KD1E 1KN5A 1BHLA 5AKZA 2WF9A 1WN7A 2PAVA 4G1QA 2VWJA 3H8JA 5JVHL 1RDFA 2UXCK 3TAQA 3ASMA 5EE0A 4EBEA 7ICMA 4BQZA 3RR7A 2RDIA 5HRSA 2F1JA 1PZNA 3ZSWA 3SPZA 2EAOA 3C23A 4FJNA 4GV3A 4WFNL 4U6PA 5AQFA 1GOCA 2P1JA 3OGUA 3QFUA 4B9VA 4EELA 2BKEA 2JV3A 3KLHA 4CGHA 5EWEA 2XI9A 2P9NA 1NJXA 1ZQAA 3ONNA 3AO1A 4P4MA 3CG7A 3B9JA 2YMLA 2HOEA 1P8ZA 5HP4A 1K1QA 1BWFO 1SGGA 2Q31A 3RB4A 3RR8A 5J0PA 3AA2A 4Z4HA 2QW9A 4EHUA 5AQZA 3ATVA 3ZSOA 1T3QA 1BA0A 1KLMA 2ZTEA 1DGSA 3D2FA 3VQQA 2KEYA 4UAZA 2E1ZA 3UXPA 1NGCA 3E66A 3VMFB 1HKCA 4RQ8A 4CEFA 4JS4A 2CH6A 3RBDA 3BQ2A 5J0QA 3PO4A 2UXBK 4I28A 1L7OA 5KGXA 4FLYA 3N28A 3QUTA 3NHGA 5ALQA 1U48A 1B9DA 1VSDA 4W5QA 3AVKA 3HPHA 4ZH4A 3SBTA 3MX5A 7ICIA 3LANA 4AHRA 2BGGA 3D2EB 3O9SA 2X74A 4LH4A 5SZTA 3ZDEA 4Y2XA 4NY8A 2VA3A 4LSLA 1HIWA 2BE2A 3K5LA 1Z00B 3EYZA 4E89A 4DWIA 4UB2A 3RH4A 2AU0A 3NVZA 5ALNA 4PZNA 2OCEA 3OHAA 1NK5A 5JRTA 4KLIA 1BUPA 1GLAG 2PZSA 4JI7K 1L3SA 1IG6A 7ICHA 2I7NA 2X78A 1EXQA 4B08A 1NGEA 3DJCA 5KPRA 1VHXA 4CJUA 3QMLA 4NCGA 2C2DA 2UUCK 3LWLA 5FP0A 3OBYA 1CRXA 5AZIB 3ICXA 5HP1A 5F1XA 3I76A 4CF8A 4AHTA 5IT9O 4OKEA 3THVA 3TSQA 4I2EA 3SAGA 3GDXA 5C2DA 5BRHA 2LHTA 1NK6A 2E2OA 4Z4EA 2Z7JA 4J9RA 4JV0A 1SL1A 3EE9A 3VGLA 4K8XA 3QNMA 4JKDA 3DLRA 2KHOA 4IO8A 2FPMA 3OHBA 1XNSA 2YNHA 1BNPA 5AQOA 3ZYYX 2F8TA 3U9DA 5DDYA 4RW4A 1NOZA 1N5XA 4BG8A 4R5PA 4CZJA 3PW4A 3N7PD 3HXMA 4USAA 2YI1A 2D6FC 8ICVA 5J8YC 3EL2A 2NUBA 2JEIA 4IBNA 4DR5K 3QEXA 4E7IA 2A6AA 3W3DA 2VGNA 4FL9A 4RW9A 5HLFA 4YHHK 4TURA 3TADC 5BN9A 4RPXA 4CJQA 4FK2A 2KJ5A 3QIPA 4KN7A 2QEXN 3QDKA 3L2QA 3EPIA 2A1JB 5SWMA 2UXDK 3VEVA 2Y9TA 3TFSA 3KVGA 5ALGA 3ISCA 1IBMK 1BQNA 4O8UA 5KFRA 4FWOA 5TISU 1JROA 3NRWA 3LVWA 3ZSZA 3CXCM 3SENA 4JKFA 3R9PA 3SK3A 4RT3A 7ICSA 3PMNA 1D9FA 4M9GA 1Z19A 1VQMN 4JI3K 1UCVA 2PXIA 4PQUA 2LYBA 5KFGA 5DGAA 3N97B 1TYQA 4RNMA 5ALEA 1ZQ1C 2FF3B 4KV8A 1ECWA 3GIMA 2HF3A 3CCLN 3S6JA 5AKGA 3WKCA 1NZBA 1T05A 5GTIU 3SQ2A 3HSTB 1RPLA 1RT3A 3IS9A 2HBJA 1AQ6A 4NM2A 5KFQA 4FJJA 4BY9C 3AV9A 1TVAA 5HBMA 3PW0A 3KZBA 2UVVA 4C80A 1VSJA 5GTHU 2OA8A 4M3YA 1TL1A 4YMNA 5J2EA 4AQYK 3GG4A 5AM0A 4MDAA 4YMOA 2ZJAA 2W9MA 1Q3VA 1WWUA 4UB1A 4OCZA 8ICWA 2V7YA 1VDVA 5KAIU 4K4GA 3C95A 2P6UA 2W9BA 4JRPA 4B9UA 5J2MA 2A19A 2BPFA 1XU4A 1XQSC 4WYBA 2PMZF 5DDMA 1JN3A 2GX9A 1Q86O 5F9NA 2UUBK 4H4OA 4Z6CA 4R64A 1IKWA 2RPIA 1T8EA 4O3PA 1DLOA 4JI6K 3J7AP 3WT0A 3AM9A 2BCUA 4EX7A 5KFVA 1QSSA 5JICA 3RJIA 1DGJA 4B1ZA 1HKGA 4OJRA 4J9LA 4ID5A 1PVQA 4FVUA 4ILHA 2EAMA 3MABA 2PMZC 3K1RB 2CRXA 3CJAA 3G6YA 1XNQK 3EE8A 4PGQA 5CA7A 1NK7A 1NU0A 1A6SA 2B6AA 4RG8A 4EFHA 3AVGA 4DSJA 3VEWA 3TADA 1WB9A 2ZUCA 1QTMA 4IJAA 2WONA 2FLLA 2K89A 1RG6A 4BE2A 3VQPA 5KFAA 4BR2A 5F0XA 4Z4GA 4LJXA 4FBUA 4GW6A 1HR0K 1KW4A 2ODGA 3KFUF 3KLFA 3D45A 3DLBA 1V85A 4J03A 2ZG6A 2IAJA 4DMNA 1I39A 3LVVA 2GUIA 4ID1A 1B9FA 4FM1A 3Q8PB 2G09A 3O3HA 4B9SA 1JLBA 4FZZA 2Y1JA 2E5SA 3QU9A 4F91B 1SV0C 2P9NB 2QARB 3H4BA 2HBMA 4TQRA 4UBBA 3SJHA 5AK6A 2GWJA 4F3TA 3IDHA 2OTJN 3UKRA 4HVJA 3DOLA 2P9SA 4Q5VA 1TUYA 3A5LC 4BRPA 9ICOA 2YMPA 3D2FB 4PGXA 1NMNA 1FKPA 1HRHA 5J0XA 2YHXA 3WKAA 3L3VA 3GE1A 3MXJA 2HHWA 3VQ5A 3SAFA 2FC0A 3QEAZ 4ED3A 5I42A 3BZKA 4YVZA 3DYAA 2BQUA 2G8WA 1O08A 2E8NA 2FBYA 1XO1A 3ZSQA 4FE3A 2HCFA 5KNIA 3LWMA 4FBTA 3LP2A 5L1KA 5KQDA 1V4TA 1ZQIA 4PHDA 1VLBA 2M0NA 3O5BA 4YOVA 8ICPA 4E7KA 2YN4A 1BDGA 2DQNB 1NKEA 3QUCA 3LP0A 3NVMA 2O8CA 1WCNA 2FJ6A 4DL7A 3L4QA 4EYHB 4PL2A 4XEIA 2RLTA 4GY2B 4KHNA 2JH7A 3ZD9A 2QA4N 1XHXA 5C0YA 1KSPA 3AQFA 4X65K 3Q8MA 3DRSA 4JB3A 5KL1B 2IHMA 7ICJA 3S3NA 2G8VA 4RQ7A 1X6IA 4CESA 2GUPA 2KZ3A 2WF5A 5AQWA 3WNEA 3THXA 2AHOB 2G5HB 2VQEK 2Z1JA 1ILYA 2Z1HA 3R9KA 1QVFM 1F5SA 2KSOA 4Y2RA 4AP9A 3UQ0A 1BI4B 1ZQOA 4IEEA 3GIJA 4KLUA 1J2MA 3F9MA 4Q43A 1U6ZA 3H08A 4NL9C 4G9BA 4US9A 4BGAA 1UA0A 4IR1A 3VGMA 9ICHA 3BZCA 1L5UA 2OPSA 4B9NA 3L2RA 2IOHA 7ICLA 2D0AA 4OPKA 1UWBA 1W2BM 2MA1A 1LV5A 1HJOA 3SUOA 2GWKA 1VQ4N 4V19S 4FLXA 1C6VA 3N7SC 3P31A 4CEEA 5KPTA 4DFPA 2YNIA 4XQ8A 1B4FA 4CBXA 4ISGA 2RRDA 1QSLA 1HYZA 4FW2A 2O8DA 4MFCA 4UB6U 1BPXA 1Q8KA 1LW0A 1ZJNA 3OBWA 4F4WA 1SKWA 4EENA 1HKBA 1UAXA 1JLQA 5AQGA 2NNWA 4IL6U 5AQSA 4BRHA 3K57A 3SJJA 3DDHA 4BWJA 2ATLA 4U67L 3DEEA 1IM4A 5KFFA 1SKSA 1S9EA 4DHYA 4DQ8A 1ZD4A 2KV2A 1X9MA 3ZDDA 4NM1A 4JNEA 2RE2A 2NYVA 4NXMK 1VQNN 3DMJA 4E7JA 1C20A 2YV0X 2XY8A 2F8SA 4FWRA 3KHYA 3HYFA 4CK2A 1VAZA 1KFTA 3I0RA 3UMBA 3D6JA 1JXLA 1HPMA 3H46O 1JCGA 1TYQB 4E19A 5ALSA 3AU2A 3OYBA 2PYJA 4FLUA 3CM5A 1WAJA 2ZJ8A 2DPIA 3K5OA 3QBWA 1RT6A 4OKKA 3HRGA 3V9ZA 4ZTFA 2WUSA 3TTFA 5G5GA 3LM2A 5IWAK 4OLAA 2A41A 3A5OC 4BGDA 3GILA 1BPEA 3C29A 1T3VA 5J0YA 1BA1A 3MCPA 5AQMA 5CRXA 3HM9A 2X6NA 1ZQNA 4J9MA 3ISBA 3A0HU 2WF6A 9ICBA 1Z26A 4BRDA 1L7MA 2MUTA 3AUOA 2OYQA 3KKSA 4NL9A 4GMJB 2B4JA 2K4PA 2W9BB 4FCYA 1GO3F 1N63A 1GOBA 4O5FA 1ZD3A 3QICA 3NF7A 4FJGA 4BRCA 2EANA 2JEFA 1Q46A 4TUSA 3BY5A 4HTLA 3KWIA 1HUZA 5GAHP 2AP1A 1SXDA 4M7XA 2XVTA 5DB6A 4W5OA 4DSKA 5TKYA 2DFHA 4JI1K 4BRGA 4KLQA 4YOXA 3JPQA 4C7ZA 7ICGA 3KK1A 5KAFU 4KX3A 1OXJA 2P66A 2ZE2A 2ASPA 4PA1A 3AO3A 5AK5A 3AVLA 2O8EA 3C6TA 2BGWA 3C21A 4XUSA 1TL3A 5C24A 4BDYA 1PK1A 3KLIA 4MEXA 2WTFA 2BH1A 4EAHD 2XC9A 3CJ1A 4JI5K 4FM0A 2DGZA 3CETA 8ICYA 9ICGA 1S5JA 4NO7A 3RSEA 2G8FA 3B0YA 3WEEA 4LD0A 3MEDA 1DK2A 2HDOA 3WU2U 5ALTA 3DLEA 4CBUA 1MQ3A 1DTQA 4CHNA 1FXXA 5J2FA 1ATRA 4UB8U 3E1YA 1ATNA 1N48A 4ECSA 2HOIA 2F96A 3P38A 3K1ZA 3WXMB 3OYHA 4OPAA 3AGRA 1U04A 3RJKA 2DF4B 3LDOA 4CJ3A 1NK9A 1WSGA 4IFVA 4M47A 3NDKA 1KVAA 3KTQA 3SV4A 4B1XB 4P0QA 5J2NA 1VQON 4Z4CA 1BISA 1Z6RA 3SQ4A 3OS2A 3UKRB 4F9OA 4FYDA 1FKOA 2P9SB 3SUPA 2E1EA 2E3TA 5AR0A 4F71A 3T19A 3WNHA 3SCXA 8ICSA 2V51B 5BR9A 4PHEA 9ICMA 4XA5A 3WXLA 3GIIA 4KBOA 4MO4A 1X9WA 4KMUA 3MR6A 1JX4A 4CZIA 5KL8B 4BWMA 2DPJA 1Z05A 3OS1A 1OVYA 4FFDA 3A5MC 3VQ9A 2QK9A 3O1WA 2DFLA 2QKBA 4CGIA 5EWFA 1OUQA 4CJWA 5J0TA 4TSXA 5AQIA 1H38A 3TTCA 3QEVA 2IDOA 4XH4A 4PJ0U 3DAWA 4CJ7A 5KFOA 3M1YA 1QQ6A 1TFRA 1SV5A 5ALUA 1EKEA 4IEIA 3BQ7A 3HW8A 4M7YA 2O8CB 4CF4A 4CJKA 1JUDA 4NLNA 3HL8A 3A2FA 4K42A 4RUCA 5I3UA 4CZKA 1VQ5N 4DCCA 2E6LA 4CI6A 3H45C 2P9IA 3MECA 1KFSA 2BCVA 1S1TA 4BJQA 3CRXA 3AU6A 2W9AA 1L7NA 4KX5A 4LY7A 3THXB 4I2HA 4RQ5A 4Y2SA 1N8RO 1X66A 2W04A 3WK8A 3MN5A 4NLGA 2KSOB 3ISNC 4DV6K 5HR6A 3O9UA 4LH5A 3A0BU 4KHQA 3MFIA 2FLNA 1ZBSA 2E4LA 2XGQA 4R79A 3N4MB 4OPHA 1IG9A 3RWUA 2WB1F 4YOWA 1BGXT 4RNOA 2J4RA 4KLLA 4F5QA 4DTJA 1WG8A 4DL4A 1SKRA 4ISEA 5IIJA 9ICFA 3UMCA 5KPZA 4ISFA 3T3FA 1S10A 3CQXA 2WB1C 1LWFA 1X9XA 2HHHK 1ZQSA 1D8BA 2IVPA 5BRFA 3CPEA 3L2VA 3L3UA 1W9HA 2O8DB 2VG7A 5J2QA 2O4IA 3NF8A 3BS5B 5ALDA 1C0FA 4CZLA 1VSMA 3EKSA 4OLBA 4DR2K 5EVZA 2K4IA 4RUAA 2FXUA 3M8QA 3DLKA 2YX8A 4BRFA 5AI6A 2GOLA 3ENBA 2OEHA 1CXUA 1KXPA 2FSJA 2PBDA 5AFUH 4CK1A 1VSKA 4KLHA 4NYFA 3RH6A 1MDUB 5JMVA 4K0KK 1EO1A 2JZBA 3BJYA 1QQNA 4NCAA 1S0VA 1PUZA 2AGOA 4PKIA 5KTQA 1K5OA 4I2QA 3M7DA 4JD2A 3K59A 3BQ0A 3PV8A 4RW8A 3I8BA 4DV2K 4BRAA 2PI5A 5KG6A 2RKIA 5EU7A 5MLCQ 3NMUA 3LAKA 4G3IA 3EPGA 3DRPA 3CCJN 4KN4A 3MEGA 4FXDA 2AGQA 4CBWA 2KVSA 4QZAA 2ZJ5A 2ALZA 1ZC6A 2DWQA 2D0BA 9ICNA 1HEKA 3I1YA 2ZIUA 1RT4A 4MFBA 4CGJA 1V9PA 4M3UA 1VSHA 1DT9A 4JHDA 3NASA 3MN7A 5JUMA 1X2IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAF A;  2E1F A;  2HBJ A;  4QJF B;  4NLB A;  2HBL A;  4NLC A;  4QIW F;  1D8B A;  2RRD A;  4O3M A;  2HBK A;  4OO1 J;  2HBM A;  2CPR A;  2RHF A;  3SAG A;  1YT3 A;  1GO3 F;  2DGZ A;  2E1E A;  4CGZ A;  3CYM A;  4CDG A;  5C0Y A;  1WUD A;  2KV2 A;  3SAH A;  2MA1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VQQ A;  2KEY A;  4UAZ A;  2E1Z A;  3UXP A;  1NGC A;  3E66 A;  3VMF B;  1HKC A;  4RQ8 A;  4CEF A;  4JS4 A;  2CH6 A;  3RBD A;  3BQ2 A;  5J0Q A;  3PO4 A;  2UXB K;  4I28 A;  1L7O A;  5KGX A;  4FLY A;  3N28 A;  3QUT A;  3NHG A;  5ALQ A;  1U48 A;  1B9D A;  1VSD A;  4W5Q A;  3AVK A;  3HPH A;  4ZH4 A;  3SBT A;  3MX5 A;  7ICI A;  3LAN A;  4AHR A;  2BGG A;  3D2E B;  3O9S A;  2X74 A;  4LH4 A;  5SZT A;  3ZDE A;  4Y2X A;  4NY8 A;  2VA3 A;  4LSL A;  1HIW A;  2BE2 A;  3K5L A;  1Z00 B;  3EYZ A;  4E89 A;  4DWI A;  4UB2 A;  3RH4 A;  2AU0 A;  3NVZ A;  5ALN A;  4PZN A;  2OCE A;  3OHA A;  1NK5 A;  5JRT A;  4KLI A;  1BUP A;  1GLA G;  2PZS A;  4JI7 K;  1L3S A;  1IG6 A;  7ICH A;  2I7N A;  2X78 A;  1EXQ A;  4B08 A;  1NGE A;  3DJC A;  5KPR A;  1VHX A;  4CJU A;  3QML A;  4NCG A;  2C2D A;  2UUC K;  3LWL A;  5FP0 A;  3OBY A;  1CRX A;  5AZI B;  3ICX A;  5HP1 A;  5F1X A;  3I76 A;  4CF8 A;  4AHT A;  5IT9 O;  4OKE A;  3THV A;  3TSQ A;  4I2E A;  3SAG A;  3GDX A;  5C2D A;  5BRH A;  2LHT A;  1NK6 A;  2E2O A;  4Z4E A;  2Z7J A; 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 2FMP A;  2DPN A;  4QZG A;  2JGU A;  5DB7 A;  4ACO A;  3ZEU B;  3F2K A;  1FIQ A;  2A1J A;  3FE1 A;  3BP8 A;  4B3S K;  2NLX A;  5AKX A;  1ZQG A;  2KP7 A;  4PL1 A;  2E1F A;  3MBY A;  3WUH A;  2K8A A;  5AM5 A;  4RNN A;  4JK8 A;  3VQ6 A;  2KJ9 A;  1N32 K;  2ITG A;  3VEZ A;  5J2K A;  5AJ3 K;  1VQL N;  3T5H A;  3PW7 A;  1G15 A;  1GLF O;  1ZQJ A;  1J5O A;  4J8F A;  4DO9 A;  3AVI A;  5L1L A;  3SNN A;  1M6Y A;  3ENH A;  1YVN A;  4FLT A;  1P7D A;  3ED5 A;  2O4G A;  3WKE A;  2YJF A;  1ZQY A;  4JKG B;  5J2D A;  3GU3 A;  1TE2 A;  3SR6 A;  2XCA A;  1C0G A;  1S3X A;  1YZ6 A;  4O3O A;  3TFR A;  1J9A A;  4QZB A;  4W5T A;  4C1N K;  3ZET B;  1I94 K;  5AKI A;  1ZQZ A;  4R8U A;  2W55 A;  2HOF A;  2Z1I A;  4FWL A;  4U7C A;  3R3L A;  3SBG A;  1RZT A;  5FRM A;  3EW9 A;  3QZ7 A;  1RT2 A;  2YHY A;  4O5B A;  4C4S A;  3O4W A;  1S76 D;  1U47 A;  1L3T A;  2LM4 A;  3HZ6 A;  3TTD A;  2R8K A;  2BZF A;  2E8P A;  3H8S A;  1HNV A;  2HNY A;  4RZR A;  5FPE A;  5GAD P;  5AHX A;  2RQ5 A;  4KTZ A;  1ASV A;  2W03 A;  4CF9 A;  2FMQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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