4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
1GO3F 3SAGA 3SAHA 1WUDA 2DGZA 4NLBA 4QJFB 4QIWF 4OO1J 3CYMA 3SAFA 4NLCA 2RRDA 2HBMA 2MA1A 4CDGA 5C0YA 2E1FA 2HBJA 4O3MA 2HBLA 4CGZA 2E1EA 2CPRA 2KV2A 2HBKA 2RHFA 1D8BA 1YT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FYHA 3D2SA 4BC2A 4WYBA 5F0XA 2GWSA 5JS1A 4AP9A 4DOAA 3HOSA 3VTHA 2WAQF 5AQZA 2V4RA 2ESEA 4DO9A 3PW7A 3KLGA 3HJEA 2VKQA 4DU3A 1QSLA 2O8DB 4JEPA 4DTPA 5KPZA 2W9CB 4K4IA 1LAVA 3H1VX 1PVPA 1ZD3A 1RT5A 2BPGA 5TISU 4NM1A 3LP0A 3MXIA 5K4LA 4CIFA 3PSIA 4CGFA 3VGKA 4CF2A 3R9KA 3E9LA 4W5QA 4Q5VA 2E4LA 2OXOA 1VSMA 2AHOB 4I29A 4QS8A 2BHNA 3VQAA 4CJ5A 1S0OA 3CJ1A 3EUB2 4Z0UA 5FLXO 4WFBL 2W43A 2D1KA 3AVAA 2EAPA 3DLLL 4O9MA 1VQLN 5EWEA 1NZBA 3VGMA 1X9XA 4C8NA 4F92B 3OVNA 4AHUA 4BRHA 1MC8A 4CJ4A 2ZJPL 4RWTA 1Q81O 5AQLA 4BC4A 3F53A 4IQUA 3WKAA 5IIOA 1VDVA 1S0MA 2NYVA 2WAQC 2Z1JA 3G0ZA 2Q0UA 2FBTA 5J2IA 3AVHA 4KLOA 1ZQHA 3OGUA 2OTJN 2A1JA 2KMDA 4A62A 8ICUA 4KTZA 2B6GA 3JPOA 4JUZA 4L3QA 1SUQA 4FWQA 3MFHA 2HW3A 1RT6A 4B6JA 2W7PA 3NH0A 3KLEA 3J7ZO 1TVRA 3DRSA 3AVCA 1WCLA 1EWQA 3LALA 5CR0A 4R8UB 1U04A 1DTTA 3FDSA 1RT4A 2KSOA 1ASWA 5C12A 1QS4A 4F91B 1VSFA 3H8WA 1S97A 2KKZA 1JRPA 3U9ZA 2FLOA 4I27A 1OKJA 4NO7A 1GOAA 4FZXC 5KG6A 2O8FA 3NBPA 3HYFA 4RQ5A 4JS5A 1C20A 5AK5A 3FZKA 1SQKA 1GO3F 3NVMA 3J7AP 4UW9A 1D8LA 4CJUA 1C0UA 1Y97A 3QETA 2EZZA 1R0AA 3MGVA 3MGIA 2HCFA 1RYRA 3MEGA 2DKZA 1RDFA 4YMOA 4TURA 1NGJA 4DCCA 2UU9K 5IILA 1JLCA 3HPHA 3F9KA 1VRTA 2KKPA 1RTJA 2N1RA 4UASA 2W41A 5JVHL 4B3MK 3I8DA 1ZJMA 2WF6A 2EAOA 1IG6A 3E2EA 5KFOA 1J53A 1OH7A 1HIWA 3MWTA 2F7TA 3O80A 4FVMA 2PXIA 3UKRB 3THXB 1HJRA 3ZT1A 4EYIB 1FFVA 4AF1A 1X3NA 2A42A 1N36K 2OYQA 1HPMA 1VJ5A 4KX3A 4J9QA 3QEXA 4CFAA 1ZQJA 3U3GA 1S9GA 2QEXN 4AQYK 1IXRA 3H4BA 1ZRNA 2YNIA 1J5OA 3LAMA 3DWLA 5JMVA 4FJMA 2XRIA 2PYJA 5AI4A 5AQWA 1N63A 3HOTA 3ULEA 4BRLA 3TFRA 1D5AA 5JTIA 1OW5A 1Z3EB 3KHRA 3D2FA 3DI6A 1B43A 3ZDDA 4DKWA 3MAQA 3CCLN 1G99A 2ALZA 5DBCA 3SUOA 2ASJA 1IIPA 2FF3B 1ZQZA 1JXEA 4MEXA 3KZXA 3QERA 4J9PA 2PBDA 1QCKA 5AM3A 1T7PA 3VF2A 4KMOB 4Z6FA 5KFLA 4CBXA 4CGJA 1DEJA 4KLGA 2QARB 4DL6A 3PNCA 2NO4A 5DB8A 2D6FC 2QKBA 3OYLA 1X9JA 4Z4HA 2F8SA 3E0FA 3HX0A 7ICQA 3AO5A 4JI3K 4I9QA 4FVUA 1S77D 4M41A 1JL2A 3FM9A 2FBXA 1KVCA 4L8RB 1K6YA 5AI0A 2KZ3A 3KLIA 2L5YA 4BR0A 2MSNA 5FRMA 4RTFD 5J2QA 5AM2A 4IQTA 2XGQA 5KFBA 5CE3A 3IFRA 1NZPA 1IKYA 2YJFA 3MECA 2BR0A 5AR0A 3H1QA 3VENA 4ECVA 3Q8MA 5D3GA 5AFUH 4RZRA 3ONNA 3KWGA 1D9FA 1LKYB 3HTVA 4WF9L 1T4GA 4FSVA 4DV3K 1Y88A 2KG5A 4NL9A 1B92A 3CW2C 2ATLA 2XY5A 5CR4A 4WFNL 1RBVA 1SV4A 5M1KA 3PSPA 2ZM6K 1BI4B 3C94A 1S6QA 1PK3A 1Y64A 2HBLA 3MR3A 5DQHA 2JGUA 2GX9A 4UB3A 4W5OA 1HR0K 2UXBK 2NRTA 2BQ3A 4BREA 5J8YC 4FXDA 5J1EA 4PHAA 2YHWA 4JKEA 3VQCA 5ALIA 3SYZA 3THWA 1BPBA 1NGIA 5AFUA 1JIHA 3QZ8A 2VG7A 5I9EB 4K8XA 3TI0A 1JLBA 2O4IA 4WE1A 4AHRA 4PH5A 1S5LU 3TADA 3WK5A 1JXLA 4OKKA 2E8NA 4JI8K 3VEVA 4CEDA 1D4XA 4TUQA 5ALVA 5ALKA 3P39A 4MLEA 5JS2A 4NLCA 2RQ5A 3T5KA 2Z1HA 5LMNK 5DQGA 1LWCA 2JWKA 5J2HA 2OANA 3QFUA 4OPJA 2Q3SA 1U49A 4GKKK 5CP2A 5GINA 2G5IB 3H3NO 3AN1A 1WSJA 3VERA 2DPJA 1BCOA 3GIIA 4Z4GA 1UT8A 3OYJA 4RG8A 4IZ9A 3IG1A 4CHOA 3CP8A 3O5BA 4LZDA 3T79A 3NS1A 3IKMA 4MFBA 4CECA 4E7KA 1J2NA 3DLRA 1NK8A 5FPMA 2V7YA 4DV7K 2NO5A 5J2BA 4Y2JA 2DPIA 1HQEA 2W40A 4DSEA 2ZD1A 3AGKA 5AQFA 1JN3A 4CRXA 1HLUA 4N5SA 5EWFA 4GY2B 1S1XA 5T7BA 2K4IA 5EY4A 1KFDA 3CFOA 4JI1K 5SWMA 4EELA 4GNIA 1T6DA 5DB6A 3WNGA 4US9A 8ICJA 4Z4EA 4KBOA 2RHFA 3C2KA 1NNEA 3GU3A 2VA3A 4JV2A 2KZMA 1WSIA 2EX3A 4ILGB 5AM0A 1NK5A 4RW8A 4O8KA 2WFBA 5J29A 4B1WB 3B0XA 4JKFA 4B9QA 2ZTCA 1Q8IA 1IBLK 4O3OA 4GV3A 3C95A 3M8PA 3CQ8A 2ZGZA 2FSJA 2JEGA 1KKXA 3ASMA 4BROA 2ZIVA 8ICVA 2HBJA 1ZQSA 3EE9A 2JMGA 3EKUA 3MMVA 3QFPA 2C2DA 3MXJA 1K1QA 3O9UA 3RJHA 4F93B 9ICUA 4R5PA 4ILJA 3N28A 2FDRA 9ICSA 2QWNA 3B9JA 3QU2A 2ZJAA 5EE1A 1NJZA 4FJIA 2J4RA 1C0GA 1BUPA 2OZMA 1KC8O 2VGNA 1Z05A 3ZX2A 1Z00A 1W97L 5AKIA 3UKUA 4QWCA 3VESA 1QHAA 1JI7A 2D0PA 3RBEA 4ED3A 3AY9A 3CETA 3C29A 2YHAA 2ZTEA 4M6WB 1ZQQA 1TK0A 4NYFA 4CEOA 2K60A 4M2YA 3GIMA 3KWIA 2FE9A 3M6ZA 4IR9A 4LC9B 4YFKA 4IFYA 2FMSA 1NBWA 2CGLA 4P2HA 4HCCA 4N47A 4BRFA 2KV2A 2W9BB 4CZHA 3OYGA 3IG8A 1CRXA 2O8CB 3SV4A 2ASDA 3TKAA 4FWOA 3QIPA 3DLBA 3C23A 4MFFA 2V4QA 1VSHA 3QO9A 3G6XA 7ICHA 3T7ZA 4XA5A 2A6AA 4B1UB 4CIEA 3LVWA 4KHWA 5KG1A 1HUZA 4JI6K 2I6XA 5BPLA 4B9UA 1BIUA 4JAXA 3E01A 4I2IA 4YMMA 4K0KK 3DOKA 4B9NA 3SBTA 3DLHA 1XHZA 3VQEA 1SS6A 5GAGP 4ECQA 9ICAA 3NVYA 3KK1A 4ZTJA 3V7LA 3P31A 1QTMA 4QWDA 1WSHA 4FLUA 5AQXA 2J6SA 4B8AB 4J03A 3WQTA 1SV0A 4KTQA 4QZAA 5BN9A 5DM7L 5J2PA 3WXLA 5B8HA 1COKA 3LDLA 4BQLA 3JSMA 3KVGA 1N5YA 1BQMA 2VYPA 3WQUA 2BPCA 4QZDA 1NLVA 3HRDD 3RJEA 3CERA 5MLCQ 1XS9D 3NF7A 3I0RA 3E9PA 4CJVA 3ZSYA 1NK7A 5DG9A 1BIZA 1ZBFA 4NLGA 5HRSA 4A61A 1S1UA 5HL7L 2HNZA 2Y0SF 2QWMA 4PGXA 3D6JA 8ICGA 1R59O 2AP1A 3T5LA 3F9MA 2LI6A 4CEFA 3CF5L 1MN8A 3ZDCA 4DTJA 5J2CA 4M9GA 2X74A 1X9WA 3PLAA 4KLLA 4DSKA 5ALRA 2VQFK 5HBMA 3TARA 1TVAA 2FSKA 3CMEN 4QAGA 1JLQA 1XC3A 5LY3A 5L1KA 3CMAN 5J2DA 4AILC 3GV7B 3QBXA 1L8LA 4K4GA 5ALOA 4NCGA 5KI6A 2ETJA 3I0SA 1IG8A 5JRTA 4HVJA 3MN7A 2DKXA 2KTQA 1T6CA 2KK0A 4KHNA 5KG2A 4I2AA 4FPAA 1DOQA 2P9LB 2BPFA 4ED2A 2E2NA 4DS4A 4ICLA 5ALSA 1ZQ1C 4W5NA 3OYKA 1NKCA 1KVBA 9ICLA 2FSNA 1UWBA 1Z25A 2JR5A 2DFHA 4P4PA 4A57A 3VQ5A 1L7NA 2ASPA 2OPQA 2QA4N 2W3RA 4QZHA 9ICVA 4JRQA 3G4SN 4FJ8A 3IMXA 3O4WA 1SKSA 1H38A 7ICRA 4BRKA 5JVGL 3RAXA 4A8EA 5AM5A 3DRRA 3J8AA 4RW9A 4KO0A 2E8AA 4FW2A 2GUPA 4OPAA 4CVNE 4FYDA 1V38A 4IQWA 1ZBSA 2I7PA 3L2RA 4RNMA 2P9PB 3TAEA 5J0YA 3SAFA 2A41A 3ZYYX 4EX6A 4UAUA 4CIGA 3ENBA 3KFUF 5L1LA 4J9RA 1GLEG 8ICEA 4KV8A 4LZGA 3VF6A 3WKDA 1XNQK 2D8CA 2KNJA 4KLUA 1ZXOA 1ZBLA 1SWVA 1BPEA 3SEIA 2O6KA 4EEKA 3AUOA 3K5OA 1NKBA 2MU2A 1J6ZA 1A76A 1T3VA 3IS9A 1K9MO 4Y2RA 1ZQYA 5KFFA 1CZ9A 3SCXA 2XGPA 4FWKA 4NM2A 3SAHA 4BVPA 1CUKA 5HP1A 4CEBA 3L3VA 5F2RA 8ICPA 3NF9A 3VQ8A 1S5JA 2OM6A 4EAHD 3C1ZA 4YOVA 1WYGA 3EO3A 5ALMA 1N5XA 2KJ9A 4H0OA 4I2GA 3KKSA 2LMRA 1WAJA 3MDQA 4DFPA 2HB5A 3L0QA 4FOEA 3OYHA 3K58A 4HHTA 3THYA 1K8KB 4AHTA 4Y2PA 4CK2A 1N56A 3PIPL 4BE1A 1EP4A 4JYAK 3GL1A 3K75D 4Z4IA 4DR7K 5F9NA 3KLHA 1QQCA 1YJNN 1NGEA 2JZBB 4KLIA 3F73A 4CK3A 3MC1A 3UMBA 2EHGA 4YOWA 4XQ8A 1RZTA 4A5BA 3S9HA 1Q3UA 4IRCA 1HNWK 3D2NA 2Z7JA 5AQKA 4H0PA 3KHHA 2M0NA 1E4FT 3WUHA 2XICA 4DQQA 4MFCA 3OA9A 3VQ9A 4Z6DA 3M6KA 2BCSA 1O1WA 1Q18A 3C7NA 3P4IA 5EE3A 4DTRA 3O4NA 5BRDA 1TK8A 4CEQA 3ZSVA 4BACA 3S3NA 2BCVA 5KFSA 5K14A 5CJ7A 4BR4A 5KFWA 4IWVA 3RFAA 4R79A 4F3OA 3NHGA 3BQ0A 4BWJA 1JX4A 3DMJA 4F8RA 3TAGA 4NXNK 4OJRA 1HX1A 1T44A 5HOOA 1OUQA 3QUBA 3RH4A 3SQ4A 1SZPA 3A0HU 3MN5A 1UT5A 5M1OA 1JLFA 3H7IA 4M3WA 2G8HA 4JMUA 5CA7A 1RFQA 1X3MA 2DL0A 3ATVA 1YZ6A 3BQTA 4DSFA 1NK6A 2P51A 3GDQA 3NH2A 4RQMA 4MF8A 4B9SA 7ICJA 2G8FA 2E1FA 4KH6A 4GKJK 1LWFA 4BXOA 3LK9A 2MAXA 4DFMA 3DLEA 4H4OA 5EU7A 2B4JA 2GWJA 3AVGA 2W8KA 4GC7A 2VQEK 1PK1B 4FLVA 4Z6EA 2VA8A 4DF4A 4CF9A 8ICLA 3ZEUA 4BR2A 4JKDA 2VJ5A 4KTWA 8ICOA 1TYQB 3BP8A 1ZQDA 2VGMA 2PFUA 1RDCA 3SBGA 3T1YK 1YI2N 1IO2A 5D49A 8ICIA 3M1FA 5BREA 4CZFA 4RPXA 4KLEA 1N48A 4JK7A 3ZETB 3K4GA 1RXWA 4PWDA 1D9DA 2JWLA 3OHAA 3JPNA 3A5LC 4FWNA 2PY5A 2AH5A 3L5KA 4C8OA 1HNIA 5EVZA 1Q82O 3KZBA 1VSJA 2ZUCA 7ICKA 3RRHA 2QLTA 3BF3A 1B9DA 4O5BA 4BE0A 3AEVA 1TV6A 5J2JA 4MLHA 2PMZF 3OSNA 2H5XA 3RH6A 1KVAA 1W9HA 4BRMA 3V6KA 3ZX3A 3I8BA 4DTOA 3F2CA 5DG8A 5EWGA 1ZQOA 1C6VA 2X78A 5AQPA 4EBCA 4Y2VA 1NGHA 3H3OB 4J2BA 4IFVA 2QW9A 2G8VA 5AK3A 4U67L 3TTFA 2R8HA 1WG8A 3ETLA 3J81j 5GIOA 2KIWA 5DLFA 1ZJNA 1O13A 2F9WA 4O3MA 4JI2K 5AZIB 1QH9A 2RKIA 4M6WA 3HK2A 1VQ5N 3TANA 3NVZA 4IJAA 2W42A 1NJIO 2FBYA 4C8MA 5AQTA 5ALZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GO3 F;  3SAG A;  3SAH A;  1WUD A;  2DGZ A;  4NLB A;  4QJF B;  4QIW F;  4OO1 J;  3CYM A;  3SAF A;  4NLC A;  2RRD A;  2HBM A;  2MA1 A;  4CDG A;  5C0Y A;  2E1F A;  2HBJ A;  4O3M A;  2HBL A;  4CGZ A;  2E1E A;  2CPR A;  2KV2 A;  2HBK A;  2RHF A;  1D8B A;  1YT3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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