4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
2CPRA 5C0YA 2KV2A 3CYMA 2RHFA 2E1EA 3SAHA 2RRDA 4NLCA 2DGZA 2HBMA 1D8BA 2MA1A 3SAFA 4CDGA 4QJFB 2HBLA 4QIWF 1GO3F 1YT3A 1WUDA 2HBJA 2HBKA 4NLBA 3SAGA 4O3MA 4OO1J 4CGZA 2E1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KSOB 1Q8KA 3ULEA 3AU6A 3TSPA 3GV5B 4IBNA 4PZOA 3ZT2A 5L9XA 1NK4A 3HOSA 4TURA 2XRIA 1EO1A 3GV8B 4LFAK 2KD1A 3GU3A 4I29A 1G99A 3A2FA 3ONNA 9ICWA 2QLTA 1T6DA 5KT7A 3V6HA 9ICUA 2JWKA 4JAXA 5KI6A 3K5NA 2UYTA 3K0SA 4PWDA 2YKMA 3ZDAA 4J2EA 1UAXA 3O9TA 5KT6A 1HMVA 4MFBA 4JI8K 3IUCA 4QWEA 1SS6A 1T7PA 3G10A 4AM7A 5J0PA 3V9WA 4BACA 4OKKA 5KRSA 4FLUA 4C8NA 1NJXA 2BGWA 1D5AA 1T44A 1ZBFA 3VQ7A 4FJ5A 3AMZA 1RBSA 4BDPA 1UT8A 2ASMA 4CFDA 1RT7A 4IS7A 2F8TA 1QHAA 5DKWA 2IVPA 4KH5A 1S0NA 3M9OB 2NLXA 4M2YA 1KAXA 3C23A 3SQ2A 2BCSA 1UWBA 3D2FA 1ZQBA 4WCEL 4FM0A 3L2RA 4QW8A 1ZQJA 1JCEA 3NH1A 3U9ZA 4DTJA 3BQ1A 4DV1K 4KLQA 1HUXA 2E20A 5KT5A 5KT3A 3T1AA 3FLCO 1HNWK 3KLGA 3ISBA 3C6UA 1JN3A 4DU4A 3MGHA 1HRHA 3L3UA 2PZSA 2NRWA 3GDXA 3QEBZ 1RDAA 2EANA 2YHWA 3VEVA 1L6NA 2VG6A 4UASA 4IDHA 5EE3A 3EE9A 5AQLA 4H8KA 3V9SA 1LWCA 4YCXA 4I2BA 1N48A 2KZMA 1SZ2A 3ZDBA 3V7JA 2W8KA 1KFSA 1G15A 1DGKN 3LVVA 2C22A 5AI9A 4JKFA 2MA1A 3ZT3A 4HUEA 4CRXA 1ILYA 5CR4A 2D0CA 3RSEA 4DB3A 2KE7A 2OM6A 4C4SA 3MWPA 5HRRA 3NVVA 3OY9A 4Z94A 4RW9A 3MR5A 1IKYA 4IRDA 4O3RA 3DLEA 2P9KB 3HL8A 2Q4TA 3IN5A 4NLGA 4MO5A 3CETA 1GLDG 5FP0A 4ECRA 2WC9A 4FZMA 5J2BA 5HMLA 1C1AA 3H0LB 5ALSA 2PFOA 4M3YA 2PFPA 2GX9A 3FZKA 3FZMA 4EEKA 3EE8A 2M0NA 3D6JA 3BS7A 2P6RA 4A61A 4EELA 4DV5K 4GC7A 3DXKB 3I28A 4I27A 3H8JA 4KMUA 4KLIA 2ATQA 3CHWA 3RJIA 4X65K 2FJ6A 1N5YA 1VQKN 3E1YA 7ICGA 2K4EA 1MWMA 2OEHA 3AO2A 3AAPA 3BP8A 4UAVA 5SWMA 3AAQA 3C21A 1HUOA 7ICRA 5KQDA 5L1JA 5HMMA 4CHZA 3S3MA 3ZETA 1U2VB 4M42A 2LYHA 4H0XB 1QH9A 2FI1A 2I5JA 3KZBA 5ALTA 4ICLA 4XH4A 4IFVA 1F21A 3GIIA 2D3DA 3CJ9A 4M9NA 5KPRA 2E6LA 2HNZA 3EWAA 4HYKA 4Y2JA 4FCYA 5EWGA 1NG9A 2HHUA 3AVNA 1S77D 3TAGA 1IH7A 2N1RA 3QZ8A 4EZ9A 2DUYA 3AVFA 5I9EB 3C28A 4DL2A 5JRTA 3VA0A 2PBDA 2ZUDA 3D6RA 3R6MA 4BR7A 3VF2A 3RFAA 5K14A 3AY9A 4H4OA 3MFHA 3U4LA 2G8HA 1BVSA 3VOVA 3OYNA 2J4RA 4YXJA 2G8KA 5J2AA 4FWRA 3Q8RB 2EZZA 5J2FA 2JEGA 2KHOA 4DUYK 2AH5A 5HROA 1X3MA 3G25A 2B6GA 3IHQB 4DTXA 4R65A 1Z19A 3HYFA 1SV0C 3LM2A 4O5FA 1RT2A 2F77X 2P6UA 3OHAA 1HKBA 2Q2RA 3B8AX 4QCLA 1XMOK 4RQMA 3ETLA 1SQKA 3EW9A 4V19S 2KVCA 3SZ2A 1JX4A 4WQ4C 3CCMN 3FAHA 4PY5A 4RNNA 5EXWA 2BCQA 4P0PA 2BKEA 2DPIA 3QU7A 2UUCK 3GIKA 1V85A 3KOOA 3NTUA 1EETA 4E1JA 5J2KA 1D8YA 4KLMA 4OJ6A 5AKKA 4IKFA 4BC3A 2ASPA 5C2FA 1JXBA 3JYTA 4DL5A 1LWEA 2IOFA 9ICIA 3RJEA 3H6EA 1CRXA 3QEAZ 4X62K 2NYVA 1YVNA 1REVA 3I8BA 4I6MA 3LDPA 2FSJA 1S1WA 4O3OA 2GLEA 5J0XA 4MFCA 3SMSA 3DLRA 1SKSA 2RF2A 2RKIA 4DSJA 5C42A 4DUZK 3OTQA 4F92B 1L3VA 5KFMA 3HX0A 2HNDA 4FJMA 4YOXA 4K0KK 1KBUA 5TKWA 4LF4K 1GO3F 2XIDA 2VKQA 8ICHA 1WOQA 5FPEA 2A1SA 2OPSA 3OYCA 5KFUA 3ICXA 4HTUA 4M3WA 4BWJA 4IO8A 1KVCA 4PUOA 8ICWA 1FJGK 5AQWA 1TAQA 3AGRA 5J0OA 3NF7A 3KHGA 5M1PA 2G8WA 2UU9K 2YX8A 2Q0RA 3RJHA 4JI3K 1X9JA 2A41A 1L5UA 4M3XA 4E7JA 2A3ZA 1VSDA 1JI7A 1IV0A 3CP8A 4U6PA 3NASA 4MLEA 3TQ1A 1Z3EB 2G8FA 4CEFA 3RMAA 4PKGA 2UVWA 5AK4A 4I9QA 3OJSA 3NVMA 4FPAA 3QU5A 3EPIA 4O8KA 4O3MA 1PK1A 3OBYA 4JLHA 3QEIA 5KT4A 1LAWA 4A5BA 4WFBL 2LPEA 9ICOA 3C0BA 1WAJA 3TU5A 2CPRA 3RH5A 4BRIA 1HEKA 1BNPA 2KG5A 2KZZA 3HI0A 4BR0A 3DXMB 1SKWA 5ADXA 2YJFA 1DGJA 4Z4HA 2ZJAA 3Q8PB 3SD7A 3C6AA 5AI8A 3O5BA 1QLNA 3IM1A 4RQNA 2W7OA 5KGXA 4DO9A 1T03A 1RDWX 5A2QO 2EZXA 1RPLA 1YTUA 3A5MC 1ZQNA 3KHLA 4IRKA 2YV0X 2KKVA 4C4RA 4PGQA 4U67L 5C24A 2E2NA 1JXEA 5AM4A 5HP4A 3IKMA 1U9LA 1BWFO 4QNLA 1R0AA 4DQSA 2LYBA 3LAMA 3PIOL 4F4YA 4DR5K 3KKAA 5HHHA 4YN4A 4AILC 1ZQRA 1BNOA 5AM2A 5AI6A 5J2CA 4CBXA 4JI0K 3HILA 4JI6K 1TV6A 1QS4A 4LFCK 4Z4GA 4DSIA 2D6FC 3SAHA 5CJ7A 4PHAA 1DLOA 3MCPA 5KFDA 3ZCMA 3B6PA 1QQCA 4FLVA 1GLEG 1HQUA 5AKIA 1JLFA 4YNQA 1CZAN 1ZD4A 1SL0A 1NKCA 4A62A 1SXDA 5ALHA 2Z1IA 4E89A 5AKXA 4O3SA 1XNRK 3HT3A 2I9GA 2WF7A 4YMOA 2QB0B 3L2UA 4USAA 2I7NA 4RQ8A 2CGLA 1K5OA 4M6WB 3FDSA 3HVRA 3ALRA 3TPQA 2GH1A 1CLQA 5KFAA 5KG0A 3E9LA 2YHXA 2W9CA 3NRWA 2ZGZA 3ORYA 2KVSA 5KFXA 4LVSA 2W43A 3BEXA 1NU0A 3CCQN 1L7PA 3THWA 4B08A 5DG9A 1HPMA 1LKYB 3PVXA 2BE2A 3VGMA 3G4SN 4C8MA 3DLLL 3T1YK 3RMBA 2BHNA 3AVKA 4Y2QA 2QEXN 5DB8A 3IMXA 5AK6A 2Y9UA 1SV4A 3AA2A 3M9MB 4YY3K 3ZDEA 1SL1A 2W3SA 2QB1A 1TL3A 5AQSA 4KHUA 3CC7N 5ALKA 2BCUA 3ZD8A 4QZ8A 3SJHA 4GKJK 4FJHA 4Q43A 4JWNA 4FWLA 3P39A 4B1XB 5HRNA 1RBTA 1J54A 2P1JA 4B9UA 4WF9L 3ZSQA 1N61A 2D0AA 3ITHA 2E1FA 3M9NB 2KW4A 2O8EB 3CCVN 3QLHA 1PZNA 2GWSA 2ZIUB 3MCAB 3HVTA 4DR7K 4J2DA 3U8XA 4KREA 2D4WA 4CNQA 1RDFA 1J6ZA 4IRCA 4KI4A 1B43A 2QWNA 3DOLA 3HP6A 4UBCA 3V7KA 2IIRA 2P9PB 4CZIA 3NGIA 4CD1A 1DEJA 4DTUA 3EPGA 8ICFA 4M3TA 1YAGA 3M6KA 5KTQA 1S1VA 3M6GA 4C8OA 1XQSC 1VJ5A 3IP4B 3KKSA 4J2BA 2P9IA 2AHOB 4BVPA 2VGNA 3WXMB 4RUAA 1VQ9N 4IL6U 3OSPA 2VYPA 1PVPA 2QTDA 2PXIA 2LBOA 1HR0K 3OS0A 2DFLA 8ICYA 3TARA 2CGKA 5KFVA 4LSLA 4TSXA 4JYAK 4FK0A 2Y0SF 2BGGA 4CJ7A 3PNCA 2CH6A 2WAQC 1EX4A 1ZQAA 4LH4A 3VQQA 2VWJA 2W40A 1ZXOA 1RZTA 2WFBA 4NYNA 3SBTA 2WF5A 2JH7A 3GFKB 5ALUA 4Z6DA 5DQGA 9ICVA 5DG8A 5AJ3K 2CXYA 4OD0A 3ZX0A 4F2SA 4FZZA 1A76A 2ASOA 4B9TA 4BRLA 5JTIA 2HVHA 4JS5A 1XU4A 4G9ZA 3T79A 1ZQPA 1V4SA 3M8QA 4B9QA 3H7IA 4YOUA 2H3GX 5HOOA 2XGPA 5ELZA 4KTWA 3BQ7A 4RCHA 2ZIWA 5ALXA 3BY5A 3WT0A 5KGWA 1IO2A 3UE5A 4PL7A 4EX6A 1NGCA 5M1NA 4B3OA 2QI2A 3UIQA 5DGBA 4FZYA 1K73O 1QSSA 1XSPA 1JALA 3BS5B 4AYBF 2BCRA 4JNEA 3ZDDA 3H0MB 1NGEA 4CZEA 2ZJ5A 1LB2B 3JPNA 3LK9A 1A5VA 1ASVA 5TKYA 4BQLA 2F9TA 3NGYA 3L2VA 4ZTFA 3VQBA 3SCXA 2X74A 1TKZA 4NYFA 2W55A 3HOTA 3TFRA 2B4JA 1Q8IA 2QM1A 4GXJA 4HWIA 1U48A 2A1RA 1N32K 1KEJA 2ZIVA 5AQPA 3U9DA 5DM7L 4DR1K 1VQON 1SKRA 4IEEA 5CP2A 1JLBA 1Z4OA 1TK8A 4H5TA 4YDUC 2MSNA 3H1VX 1VSFA 1ZC6A 3EUB2 3OA9A 3DDHA 4EYIB 1X3NA 2ATLA 3ZD9A 2BTFA 2O4GA 4CIGA 5MLCQ 4ILHA 3PX6A 5ALEA 3THXA 3VQ9A 4LF6K 2V4RA 3TANA 3SQ4A 4CDGA 2YNIA 2WBNA 2ZUCA 4JKHA 1BPZA 3NGZA 2QARA 3EL2A 4NXNK 3HPOA 2B0CA 3DAWA 2QA4N 3K9JA 4HUGA 3M8PA 4JI4K 3ZSYA 2W3RA 1ZQXA 4J9RA 3SUQA 4M47A 4A57A 1UPHA 5AK5A 4ED7A 4CJWA 4CJQA 2XY7A 3QZ7A 3KD5E 1M90O 4DL3A 4CJ5A 1QHTA 2FLLA 4DS5A 1Q7YO 1IG8A 3L4PA 1JCFA 2EWSA 3K2PA 3WU2U 3QU9A 2G8IA 1IXRA 2BUPA 5AZIB 1OUQA 4CJRA 3FC4A 1YJNN 1TYQA 2KOBA 2BDUA 4QWDA 1S1TA 3VEYA 3VEWA 3U6FA 4FJNA 5AHXA 3QFPA 3Q8QB 4JKEA 4BE0A 1A77A 2E8OA 4O9MA 3CJBA 4GW6A 2FMSA 5F9LA 1U4BA 2EAMA 4ILGB 2FF6A 5C0YA 3MECA 3TADC 3PX0A 1KSPA 3PW7A 2E5SA 4J9LA 4FO6A 8ICNA 3RH6A 1WNSA 4IZ9A 1V4TA 4BR5A 4O0JA 1C0MA 2O8DB 2E8PA 3HZ6A 2GUPA 4RW7A 2K89A 1LVHA 1VQ7N 4DOCA 4I2GA 4DFMA 1S6QA 4FWMA 1CUKA 2FBTA 4HCCA 5CYQA 4CJLA 3WNGA 3G6EN 2NRRA 5AQMA 3OYGA 3JPRA 2OWOA 1BQNA 2BR0A 1ZQCA 1WWVA 4A59A 1SV5A 1NK0A 3ENOA 4W5OA 1IV8A 8ICPA 3NAEA 4ID5A 3WEEB 1E3MA 2KK0A 4JKGB 4KX5A 4P0QA 4R8UA 1TK5A 2R8GA 1K8KB 3A5NC 2F2AB 4BE1A 1OW5A 3ETRA 5KG3A 5EOZA 5DMRA 1YI2N 4MFAA 3GV7B 3AO4A 1L3TA 2E1EA 1Z05A 4DCCA 4KTZA 1FKOA 4F2RA 3ENHA 2Q1NA 4FS2A 3BZKA 3QNMA 3GOIA 2G5IB 3B9JA 4EX7A 1D8BA 1NK6A 5AQTA 3CFPA 3CCEN 8ICCA 4FK2A 1RT1A 2CGJA 1GLCG 2KQ2A 4CI6A 4B9VA 1ZETA 1LWFA 3SMPA 4FE3A 2EZYA 3MMVA 5ALPA 3H8MA 3K57A 4RW4A 1O13A 4TUQA 2CRXA 4Q8FA 1J5EK 1D8LA 4KBOA 4GXIA 2XCPA 4PHPA 4LFBK 4JK7A 2DPNA 1WN7A 1JL2A 2FPMA 3AGKA 3V6JA 4LSNA 4DTMA 5KFBA 1FK9A 3QE9Y 3DLKA 1RYUA 5AQZA 3CM6A 4MQ3A 1TGOA 2VIXA 3B0YA 4KLEA 3VESA 3TAPA 3VEXA 2F1IA 1ASUA 3C2KA 4IWVA 5AKHA 3D2EB 4FOEA 2P5GA 5J2QA 2G0AA 4UB2A 4L3QA 4YFUA 1ZBUA 2UVRA 5KFTA 2QWOA 2Y0SC 4I2PA 3V9XA 2ES6A 4JI5K 1TKTA 2EHGA 4A8EA 4JK8A 3TSUA 4K8ZA 4Y2TA 4I2IA 4FBUA 1IKWA 1PK3A 1KXPA 4M7YA 5FROA 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2YB1A 3H1QA 2GWKA 4BREA 2HBJA 1NGJA 5AFUA 3EKSA 2F8LA 4H0VB 3CI5A 1T6CA 1NGDA 3VGLA 3R3LA 3EO3A 5BRDA 3FZFA 1YHQN 2JMGA 3VEOA 4OPHA 4H0PA 4MDBA 4BGBA 5FPNA 3KWGA 1TAMA 2K4IA 4EAHD 1Y64A 3QMLA 4MDAA 2A40A 1XO0A 2K8CB 1QZ6A 4IOAL 1IIPA 1T3VA 3HBTA 3PSIA 4BC2A 2NRTA 5EOYA 3CF5L 4AYBC 3QBXA 3O9SA 2VWBA 3EN9A 2KJ9A 3KHYA 2W7PA 4QIWC 2HOFA 3M7DA 3C6HA 3W3DA 2XVTA 3A5OC 3SQIA 3QICA 5M1OA 4DCHA 5FPMA 1XUPO 1Q18A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CPR A;  5C0Y A;  2KV2 A;  3CYM A;  2RHF A;  2E1E A;  3SAH A;  2RRD A;  4NLC A;  2DGZ A;  2HBM A;  1D8B A;  2MA1 A;  3SAF A;  4CDG A;  4QJF B;  2HBL A;  4QIW F;  1GO3 F;  1YT3 A;  1WUD A;  2HBJ A;  2HBK A;  4NLB A;  3SAG A;  4O3M A;  4OO1 J;  4CGZ A;  2E1F A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DU4 A;  3MGH A;  1HRH A;  3L3U A;  2PZS A;  2NRW A;  3GDX A;  3QEB Z;  1RDA A;  2EAN A;  2YHW A;  3VEV A;  1L6N A;  2VG6 A;  4UAS A;  4IDH A;  5EE3 A;  3EE9 A;  5AQL A;  4H8K A;  3V9S A;  1LWC A;  4YCX A;  4I2B A;  1N48 A;  2KZM A;  1SZ2 A;  3ZDB A;  3V7J A;  2W8K A;  1KFS A;  1G15 A;  1DGK N;  3LVV A;  2C22 A;  5AI9 A;  4JKF A;  2MA1 A;  3ZT3 A;  4HUE A;  4CRX A;  1ILY A;  5CR4 A;  2D0C A;  3RSE A;  4DB3 A;  2KE7 A;  2OM6 A;  4C4S A;  3MWP A;  5HRR A;  3NVV A;  3OY9 A;  4Z94 A;  4RW9 A;  3MR5 A;  1IKY A;  4IRD A;  4O3R A;  3DLE A;  2P9K B;  3HL8 A;  2Q4T A;  3IN5 A;  4NLG A;  4MO5 A;  3CET A;  1GLD G;  5FP0 A;  4ECR A;  2WC9 A;  4FZM A;  5J2B A;  5HML A;  1C1A A;  3H0L B;  5ALS A;  2PFO A;  4M3Y A;  2PFP A;  2GX9 A;  3FZK A;  3FZM A;  4EEK A;  3EE8 A;  2M0N A;  3D6J A;  3BS7 A;  2P6R A;  4A61 A;  4EEL A;  4DV5 K;  4GC7 A;  3DXK B;  3I28 A;  4I27 A;  3H8J A;  4KMU A;  4KLI A;  2ATQ A;  3CHW A;  3RJI A;  4X65 K;  2FJ6 A;  1N5Y A;  1VQK N;  3E1Y A;  7ICG A;  2K4E A;  1MWM A;  2OEH A;  3AO2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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