4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
1GO3F 3SAFA 4NLCA 3SAHA 2E1FA 2HBLA 1WUDA 4O3MA 5C0YA 4CGZA 1YT3A 2HBKA 2RHFA 4QIWF 2CPRA 4CDGA 3SAGA 2RRDA 4NLBA 2MA1A 4OO1J 2HBJA 2E1EA 3CYMA 4QJFB 2KV2A 2DGZA 1D8BA 2HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GO3F 4FJMA 4DR7K 3G0ZA 3KZIU 2CGKA 2YNGA 1X3NA 4DQ8A 4X64K 4FJ7A 4M3ZA 1LWEA 7ICRA 3QNNA 5KFEA 1Z00A 2E8MA 3P38A 3TAFA 2G8HA 2W9AA 4K4HA 4EHTA 1T05A 7ICJA 3K58A 3H1VX 2ASDA 5DKWA 2O8FB 1U47A 2HHWA 2RRDA 2QKKA 4HCCA 1A0PA 2HHTA 3C7NA 2GH1A 1EX4A 3N4QA 5IIKA 1HX1A 2ZXHA 4IS7A 2KTQA 4Q43A 1RBUA 3PNCA 2Y1JA 4HAIA 3GE1A 4OD0A 4DQRA 1S10A 3ZDBA 4AYBF 4LVSA 3MR6A 1TYQB 5J2GA 2FPKA 1RYRA 3ULEB 1BL3A 3I0RA 5AKLA 4KLGA 4IEEA 4RQ3A 3G6YA 4YOVA 4CFCA 3CNHA 1ESVA 3DRRA 4I2JA 5IINA 4OLAA 5AM5A 4K4IA 1IKWA 4DR3K 3WXMB 1U04A 4DL7A 2W43A 2QI2A 2WB1C 4KX3A 5KFTA 1C0GA 1L7PA 4MF2A 4QWDA 4IJAA 3HVTA 3ATVA 4DUYK 1BPEA 1T7PA 2J4RA 5C10A 1YIJN 4Z4FA 4DTJA 4A62A 2F3NA 3DLBA 2P35A 2RN2A 4FJIA 2IS3A 3KK3A 3NVVA 3L2RA 1NK5A 1C0FA 1JJ2M 1EWQA 4NLNA 2PY5A 4PHAA 3SEIA 2G8IA 5G5GA 3RJFA 4J9OA 1D9DA 4W5OA 3QU5A 2PFOA 2PFNA 1BDGA 4NCBA 4G9ZA 4DR1K 4ECRA 3VMFB 3V1QA 4QWCA 4FM1A 1XNRK 5CHIA 3WKDA 4FZMA 4MFFA 2O8FA 4DCHA 2D8CA 3MX5A 4BRFA 5LMNK 4HUGA 4I2HA 5BOMA 3SV4A 4H4OA 1S1VA 3ATUA 2I5JA 1YHQN 5KFGA 4PKGA 4AH9A 4UB5A 4CEZA 4JI3K 3HSCA 4RW9A 4YDUC 5CWRA 1ZQDA 4KHWA 1TYQA 4FO0A 2FJ6A 3MGVA 4GXIA 2A1AA 5F1XA 2AQ4A 1ZBUA 2H3ZA 1BPXA 3ALYA 3OYNA 2OZSA 4EENA 4E7JA 4AYBC 3UXOA 2GWKA 3BP8A 2G8KA 3KHLA 4LF6K 2PBDA 4CGJA 4LFCK 3DLLL 2H3VA 4PL2A 4JI7K 3CETA 2EAMA 1ZQQA 4B9NA 2QXFA 4UY8O 1NLVA 2BPFA 1VQLN 4JN4A 3K5NA 3SNNA 4O0IA 3TSUA 4FK4A 3TADA 4OGEA 4LF7K 2ZGYA 2OZMA 3QUTA 1OH8A 2ZIVA 4F5PA 3B6PA 3OYGA 4C8OA 1JALA 1JL2A 2OPPA 4JV0A 5DGBA 2RDJA 2G08A 2VGNA 4UASA 3E66A 1ZQAA 1MA9B 4NJ8A 1MC8A 4GC7A 4YOWA 5AM1A 4WFAL 3UMBA 1X9SA 3SUQA 1UT5A 2EAOA 1YXQA 4B3MK 4DFKA 3C6HA 2QARB 1U2VA 4GLXA 4ELUA 3MDQA 3ZT4A 4ED2A 4J9QA 5AKKA 4U7CA 1TK5A 4C23A 4NB4A 3UKRB 2O6KA 3GIIA 3OYDA 3O5BA 4CI6A 2DBYA 3HWTA 4UB3A 2WOMA 2C2DA 3EW9A 4FJHA 5CHGA 1Z1BA 1XHZA 3ALRA 5AK4A 1K9MO 2KP7A 1LKYB 2F2AB 3K4GA 1EWRA 4Q0BA 1BI4B 1HKGA 3JSMA 2DTUA 2PKEA 1XO1A 2W9BB 2NV3A 3OYFA 5JU5A 4JI5K 1ZD3A 1YTUA 4CF1A 4IBNA 1L3UA 4I28A 3IRUA 1NZPA 1RQLA 5AHXA 5BPCA 3ZT0A 3TWHA 1R0AA 2QWQA 4R79A 5KFXA 1LWCA 4EZ6A 3MR2A 3ZT3A 4HUEA 3FYHA 4YR0A 3CC7N 3MC1A 3NGDA 4F2RA 1VSFA 3A5MC 3VQQA 4CHQA 3DOLA 4B1WB 2JMGA 1XNQK 4IDHA 4DSJA 1XC9A 4YD2A 3VGLA 5F0XA 4RW8A 2MAXA 2O8EB 4RNOA 5L9XA 4QZEA 5HHIA 2W9CA 4IZ9A 5JVHL 3K75D 5DQIA 1QHTA 2ZIUB 2ZIWB 3NVZA 2FI1A 2KIVA 4W5QA 1YVUA 1VQ8N 3MX2A 3ETRA 4J2AA 2N1RA 4B3RK 4B8CA 3VEXA 3NGIA 8ICBA 3OW2M 8ICFA 3MWTA 3W3DA 1N56A 2HHQA 5J2FA 2P66A 3EL2A 4FZZA 8ICPA 2Z1IA 2HOQA 2R8JA 3AVKA 3WQUA 4F91B 1ZRMA 3NMUA 9ICQA 3C5GA 4PKHA 2JV3A 3H8WA 3E01A 4DV0K 4F5NA 3C6UA 4KPYA 3UKRA 4Q44A 1NBWA 4ZTFA 3O4QA 3AO3A 1TUUA 2LHTA 5J0PA 3J7YP 5AR0A 5KGXA 3ASMA 1NNEA 1GLJO 1KCFA 1LAVA 3M3ZA 1BI4A 2HHSA 4CZFA 2E8AA 3VERA 4O5CA 2XO7A 3V81A 4LY7A 4O5BA 2V4QA 4CF2A 3RB4A 5C2FA 4N76A 1NK4A 4CJRA 5KG3A 2NLXA 1ZD5A 4BRQA 5BR9A 3HM9A 3BF3A 3U8XA 5J2HA 4CF9A 1E3MA 1DK3A 3CJ1A 2VKQA 1BPDA 2QKQA 4J2EA 1LVHA 4F93B 5KG7A 1NMNA 4XQ8A 5GADP 2KSOA 3L0QA 3V9ZA 1RCHA 3C1YA 2CGJA 2LSNA 2IOFK 1NGIA 3R3LA 2O8EA 2JZBB 1HUXA 2K89A 3CCLN 4M45A 3OYEA 3VETA 3N28A 2B5JA 2CH6A 4F50A 4C8LA 2ZIUA 2ZIWA 4Y1CA 3LVWA 3VA3A 4E7IA 1JLFA 5J0QA 5AM2A 1ZD2P 2GWSA 2G09A 3PX4A 2WBNA 5J2EA 2VJ5A 2DWQA 4JB3A 4KLMA 4BRDA 2HI0A 2W40A 1JLCA 4BUGA 3JPPA 3AVNA 1SS6A 3T5LA 1G99A 2Y9UA 2VQEK 3AO2A 2AGOA 1SL2A 1G15A 3Q7BA 3J7ZO 1KLNA 3CFOA 4JKBA 2GTDA 2HCFA 2VANA 5BRDA 2AU0A 4CF4A 2YB4A 5EWFA 2HNZA 4GKJK 3NASA 2M9NA 5BN9A 3O3FA 1HYVA 5DB9A 3QEPA 1L8LA 1NGCA 1XQSC 3MEGA 4MLEA 3CPEA 4FJXA 3VQ4A 4KHNA 1KW4A 1T4GA 1C0UA 2K4PA 1SIJA 4YR2A 3WKCA 3LWMA 4GC6A 2BQ3A 2F8KA 5KT5A 3O08A 1YJ9N 3ZSWA 3U26A 3NFAA 5AK6A 4QAGA 3TSQA 1RT7A 1C1CA 4BGAA 3LL3A 3AO5A 2VCPA 2W11A 3V9WA 3VTIA 1TL1A 5ALTA 4F9OA 1BUPA 2DFLA 2LM1A 1YF5L 1MQ3A 2KHVA 4DOCA 2BCSA 4JWMA 4M9JA 4KKOA 3WXJA 5HLFA 3VQ9A 1NGGA 3ZLJA 3RR8A 4RW4A 4HVJA 1ZQUA 4KLEA 5AZIB 1PZNA 4CEDA 1SZPA 4KHUA 4PA1A 3N7RC 2AJQA 1HYZA 4BR0A 3NH0A 1X42A 2DL0A 2E88A 1BQMA 2ASMA 3VGMA 3PZPA 2HMXA 2QWMA 2ZGZA 2OPRA 3AY9A 4KLFA 2ZUBA 2NRZA 1BCOA 5GIPA 5C12A 1M1KO 2EDUA 2W7PA 4NCGA 5CA7A 2KNJA 2YNHA 1NG9A 5TISU 2BDPA 2FLNA 3ZCMA 3DLHA 4PZOA 1N60A 4GFJA 2FF6A 1OVQA 2YHXA 2FPLA 4IRCA 3FE1A 3BQTA 1QSYA 5AQFA 3J81j 2V7YA 2A1RA 1C1BA 4JI6K 4RT2A 4DL6A 4EX6A 1RT2A 3VN5A 1QQCA 1OXJA 3R9PA 3PO4A 5DBAA 4RT3A 3QEBZ 5KG1A 2ZWHA 3TPQA 3WXIA 3SK3A 7ICGA 3ORYA 5J2NA 3L4QA 1FO4A 1SWWA 2OANA 4ZH4A 5ALRA 5F9NA 2NZTA 2EZZA 2KKVA 4B9SA 1SV0C 2QWOA 2ITGA 3HO1A 3M8PA 5M1PA 1TKTA 3SI6A 3OTQA 1NI3A 1KAXA 1JLGA 5K4LA 2HBKA 4F8RA 4Q8FA 2IDOA 2QXLA 5HRRA 4TUSA 3Q8SB 4KTWA 3S3MA 4BRKA 1Q9XA 4YN4A 2YTUA 2IVNA 4YNQA 1N32K 3V9SA 3CJAA 5EWGA 1XMOK 4B3SK 1CLQA 4I2PA 8ICOA 4FWRA 5KG0A 2YMLA 4EEKA 2OEHA 2QTDA 1RDFA 5AZIA 1S1XA 1RT3A 3PR5B 2KD1A 1KVAA 5J0TA 1DGJA 4EX7A 4CJ7A 1ZBIA 2O4GA 3G6XA 2BHNA 2E6MA 1SL1A 5DM6L 3KD1E 1IIPA 4BC2A 2K8BB 2E2PA 2G8UA 8ICMA 2E2NA 3JPNA 4CHYA 2OTLN 4W5NA 1YVNA 1JLEA 5CJ7A 5AKYA 3QUBA 3HP9A 1BNPA 3J7AP 2KFNA 3WQTA 1MA7A 4EBEA 5AI9A 3TFSA 4WJ3B 1TAQA 3EWAA 4KH6A 2HBJA 1K8KB 5HRNA 4ZTJA 4H5TA 1D8LA 3L3FX 2IHNA 4CHZA 1RTIA 4BRAA 3QETA 4KHSA 1ZJNA 5DB8A 1ZQLA 4NY8A 4CIFA 4NYFA 3M9MB 3JPSA 3SAHA 4H4MA 3LDLA 3CQXA 1XS9D 5AFUA 3P31A 3VC8A 3QZ8A 3IV6A 3DXKB 2JEGA 3PSIA 4CEBA 3SMPA 4CHOA 4YD1A 4XH4A 1S6QA 5KFIA 4RQ2A 3C94A 4Q8EA 5HR7A 4Y1DA 2F8TA 2KG5A 2LM4A 2VIXA 3TTDA 2VA2A 3DRSA 3CM5A 4BWMA 1WNSA 1S5JA 3FZLA 4CIGA 3V72A 1B0XA 1YZ7A 5J2AA 3RF9A 2W8KA 4I6MB 4QZ9A 3VEVA 4GMJB 1Q81O 4Z94A 3UXNA 1J5EK 1OH7A 3MR5A 4M7XA 4MFCA 3LVVA 2ASPA 2WAQF 4Y2JA 1XSLA 4JS4A 4J9RA 2PI5A 5IIJA 2PMZC 4MO4A 3K1ZA 3AVMA 4AHCA 1JLBA 2YN4A 5KG6A 4J9LA 1DRGA 3DEEA 3C2LA 1X3MA 3EPGA 4M6WA 4ECUA 2GELA 3T1HK 4I2QA 3AVAA 4WQ5C 4AM6A 4K0KK 4BRGA 2D6FC 1RBTA 1RTDA 5F3XB 3G6VA 1Q82O 2R8HA 4DLEA 3OY9A 1CI4A 2LYBA 1JI7A 1X6IA 2BPGA 4OJLA 4ID5A 5J0XA 4NM1A 2YI1A 3KFUF 4FK0A 2RF2A 1SXEA 1ZXIA 3QU2A 3IKMA 4R64A 1F21A 5J1EA 3OS0A 3ZD8A 3LP2A 5AICA 1CXQA 1WBDA 1YZ6A 1S22A 2RP5A 3Q8PB 5FRNA 3RTVA 1K1SA 3C2MA 3O8MA 3M8RA 4HHTA 3KHGA 3SQIA 4FXDA 2W9MA 1VAZA 1PVQA 4PKIA 3PIPL 2Z1GA 5KT2A 4BG9A 2KOBA 3K59A 4QW8A 3RH4A 1JX4A 3SR6A 4O9MA 1UA0A 3DXMB 3J8AA 4U6PA 2GUPA 3KWGA 3IP4B 2G0AA 5AQMA 2OTJN 2MUTB 1V85A 4L3QA 4JHDA 3CD6N 2ZIXA 4ISGA 2Z7JA 1KQQA 3CP8A 3ONNA 1IM4A 3HTVA 4LD0A 2YHAA 4CGZA 9ICEA 1NU0A 1ZQIA 2ZUCA 5ALEA 2ZF5O 2WHEA 2QB0B 3FZFA 3IUCA 1CEZA 7ICQA 5C15A 3O9UA 5ALGA 1WSHA 2F1JA 2PFUA 1BG3A 4F4YA 4DR4K 4J2DA 3AQFA 3GG4A 4IO9L 4XIUA 2WFAA 2IOFA 2NYVA 4B9TA 9ICTA 4ISFA 4XUSA 1UA1A 4K43A 4JKDA 4DR6K 8ICKA 1O13A 4H0TB 1HJRA 5AQXA 2PI4A 2HOEA 3S3NA 4MEXA 1REVA 4FLXA 1CRXA 2ITMA 4KREA 2P9KB 2H3FA 2E3TA 4QZBA 1ZQJA 4O3SA 1RDUA 4JKCA 4OPAA 4JRPA 3WNHA 3OHBA 4GV3A 2ZUDA 5J0SA 1IKYA 3QERA 2HNDA 5BPLA 4C0ZA 2PFPA 1HIWA 2QWNA 4C7ZA 5LY3A 5KL8B 1NKEA 3H46O 3OHAA 4DFPA 4QWAA 3CM6A 1HYSA 3JS6A 4O3NA 3HSTB 3SMSA 5KFMA 3HKZF 3OYMA 1FIQA 2OM6A 4DOAA 4M7YA 5C24A 5ALQA 1JLAA 1VSKA 4AQYK 1HNXK 4FJNA 5J0UA 4FZNA 3Q8LA 4A2BA 4CJUA 4UAUA 1HNWK 3VEWA 3DXMA 4FLWA 3SCXA 2E2OA 5HP4A 5AQIA 2OHFA 1NMDA 4JI2K 3TARA 4Y2UA 2BR0A 4ED0A 3P4IA 1ZQSA 4BR9A 5IILA 2E5LK 1L7NA 4UBBA 1TAUA 1VQ5N 2K4HA 3MECA 3L8BA 3MN5A 3N97B 1J5OA 2X6NA 3QU7A 5ALYA 4FWLA 2BANA 5C42A 3VEZA 3BJYA 2O8BB 1BPBA 4IR9A 4P0QB 2AQ0A 2ZE2A 4FVMA 3RWUA 3GQCA 1YJWN 3Q8QB 4DFMA 4BDZA 1ZQFA 4O3QA 1GLCG 4FPAA 3SQ4A 2R8KA 2W03A 3QE9Y 1KL9A 5EE1A 3EEQA 3THXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GO3 F;  3SAF A;  4NLC A;  3SAH A;  2E1F A;  2HBL A;  1WUD A;  4O3M A;  5C0Y A;  4CGZ A;  1YT3 A;  2HBK A;  2RHF A;  4QIW F;  2CPR A;  4CDG A;  3SAG A;  2RRD A;  4NLB A;  2MA1 A;  4OO1 J;  2HBJ A;  2E1E A;  3CYM A;  4QJF B;  2KV2 A;  2DGZ A;  1D8B A;  2HBM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2LPE A;  3CER A;  3N7S C;  1QSL A;  4CJQ A;  1MN8 A;  1Z00 B;  3A0B U;  1V38 A;  1RXV A;  3H40 A;  1S1U A;  2OH2 A;  9ICL A;  2Q3S A;  4DMN A;  2BE2 A;  1NK7 A;  4ZOH C;  5HRS A;  4FOE A;  4C1N K;  3WU2 U;  7ICH A;  4R65 A;  1GLD G;  1XC3 A;  1KAZ A;  3D2F A;  1NJI O;  1JN3 A;  2DPI A;  1ZBF A;  3RMD A;  4G3I A;  4HUF A;  4WQ4 A;  3WEE A;  4A5A A;  2WTU A;  3D2E A;  2A19 A;  1X9M A;  3HI0 A;  3O1B A;  1X9J A;  3AA3 A;  4JK8 A;  3SUN A;  1J9A A;  4DV2 K;  2E8O A;  3T79 A;  1I3A A;  2XY5 A;  3KVG A;  4FCY A;  3U4L A;  4NV0 A;  2Q36 A;  4F5Q A;  3ZX3 A;  3C29 A;  5DDM A;  2DY4 A;  4EBC A;  2P5G A;  3OJU A;  4BRI A;  4YMO A;  1VQ9 N;  3E58 A;  4F4Z A;  4IOC L;  1U49 A;  5KQ8 A;  1WYG A;  3RB6 A;  4CEE A;  4O3R A;  4DSF A;  4JK9 A;  3CPW M;  1HKB A;  2WB1 F;  4PWD A;  3O4N A;  2A1J A;  4K8X A;  2JLE A;  3H0M B;  4DV6 K;  4ED7 A;  2FMQ A;  2ASO A;  3FFK B;  2CPR A;  1RT1 A;  2B0C A;  3QEA Z;  1S0O A;  1DGK N;  1WUA A;  4MLH A;  4CJ5 A;  4IDK A;  4BC5 A;  4CZJ A;  3TAQ A;  1E4G T;  4F72 A;  5L1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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