4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex component RRP45
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
1YT3A 4CGZA 2HBMA 2E1EA 3CYMA 2HBLA 3SAHA 4O3MA 2MA1A 2KV2A 5C0YA 4NLBA 1GO3F 3SAFA 2RHFA 4NLCA 2HBJA 2HBKA 1WUDA 2CPRA 4OO1J 2E1FA 4QIWF 4CDGA 4QJFB 2RRDA 2DGZA 1D8BA 3SAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
9ICOA 3C6HA 3CFRA 2HHQA 4RQ2A 7ICQA 1X9WA 4DL6A 4LFCK 3CIPA 1L7MA 4OJLA 3VQ7A 2PMZC 4BRFA 1Z1BA 3HYFA 2ISOA 3J81O 3EE8A 4GNIA 4UBBA 1G99A 1X3MA 3K4GA 1VSEA 4FK2A 2LYAA 3SV4A 2E2PA 4G1QA 4L8RB 2K60A 4CD3A 3SYZA 1LKYA 3FYHA 3BQ1A 2YNFA 5BREA 2O8BB 2N1RA 3TAPA 4KHNA 5A2QO 4P2HA 1Z19A 1F5SA 5ALHA 2HHVA 1ED1A 3BS5A 3HPOA 4CE6A 1JCFA 1RQNA 3MEEA 5AFUA 2I6XA 4DTUA 5CZ2A 2V7YA 2MUTB 4M6WA 1KN5A 5KG1A 1T4GA 1NNLA 4UAVA 1UOCA 1QQ6A 5EVZA 3OA9A 3ETRA 3WK8A 4CIGA 7ICLA 3LP1A 1DXSA 1OKJA 3QNNA 2KHOA 4F4ZA 3CI5A 3TSQA 4M3TA 4GXJA 2HDOA 5F9NA 4ECWA 2KIVA 1FO4A 3VQ8A 4QZ9A 5C0YA 3L2VA 1UWBA 1HNXK 1HPZA 4K42A 3S9HA 2BGWA 4FJMA 1BVSA 4UAUA 4LVSA 2VWKA 1RFQA 3U6FA 3CCRN 4B9VA 1REVA 1ZQWA 4Q43A 1W0HA 2P5GA 5D4BA 2OANA 1X9XA 5ALLA 2VANA 1ZQJA 2D6FC 1CZ9A 4F5RA 2BH1A 5KFXA 2E6LA 2C28A 3NFAA 4Z4HA 4RUAA 3ZETA 4BRGA 2NRZA 4NYFA 3OY9A 3LZIA 3RMBA 2F8LA 4B3TK 2QARA 5ALUA 5KFAA 1XC9A 3O4QA 4CIFA 4CJUA 2OPSA 1XMQK 5ALNA 4HTUA 1E4GT 4BDYA 4DL5A 4FZXC 2I7NA 4UB2A 1V4SA 3NF8A 2UVVA 3SQ1A 2PFPA 1NK4A 1WSGA 4JEPA 3ZX3A 2HNDA 2LI6A 4YR3A 2E88A 3OYNA 4PHEA 1QSYA 2CGJA 5AQXA 5LL6Z 5J2PA 7ICVA 2YHWA 1JXEA 4JHDA 4OPAA 3QEWA 4RT3A 5KAIU 3DWLA 3CJCA 3D2EB 3OYIA 1NG9A 4A59A 3WKDA 2GEMA 2HOIA 4PGQA 4KLMA 2IOFK 5EOYA 2ODGA 2P9UA 3V1OA 3M9NB 1JN3A 3SEIA 4F91B 5CZ1A 4JK1A 4JS4A 4NYNA 4Z6FA 3WKCA 4DSJA 9ICHA 3KWGA 1YJNN 4RW6A 3LDQA 4F5QA 2IOHA 2RHFA 2JEIA 1ZQXA 4XA5A 1LW2A 4B3OA 4JD2B 3H6EA 3EWAA 4F4XA 3CMAN 4IKFA 5DBAA 3BQ7A 3C2MA 1N5WA 2O8DA 3SUOA 3C6UA 4ID1A 4R64A 4C8OA 1O13A 4B9TA 2BE2A 4DOBA 1OH6A 2C22A 4FWLA 3J80O 1VRTA 2GV9A 1Y64A 2HBMA 3I1YA 4CNQA 4FWSA 2R7YA 1NJXA 4CGIA 4IOCL 4K41A 1WG8A 1ZYQA 3L2WA 3RBDA 4BROA 4CK3A 4CJFA 1A6SA 4KB0A 2WBNA 2A1RA 2H3ZA 1A5VA 4AHCA 4KO0A 2KZMA 4Y2TA 4U6PA 3ZT0A 4KLLA 5FRMA 1CLQA 3AVHA 1TKDA 2Q3SA 3CJAA 3CCJN 2YQEA 4CJWA 1EQYA 1JJ2M 4KFBA 2VJ5A 2QWOA 2MU2A 2RDIA 2HOEA 1JXLA 1S1TA 5ALMA 4OJ6A 2ZIUB 2Q97A 4IOAL 3QU4A 2GOLA 5ALGA 3GIMA 2Q1NA 2IIRA 1KSPA 3GV7B 4B3MK 1N5XA 3ZD9A 3T79A 2HVHA 4YOTA 4DTRA 4H0TB 3VA0A 1COKA 5DK5A 1YUWA 4MFAA 3MDQA 3GIIA 1ZOLA 3C1YA 3DJCA 1XC3A 2ZIVB 5AQHA 2UXDK 3EEQA 3PV8A 1ZD2P 3NF9A 4GVEA 4BDPA 1QQCA 3DYAA 2A3ZA 1T3NA 4RW4A 2ZIXA 4Q45A 4WQ5A 1AQ6A 1C7YA 3VQ4A 1JIHA 4HWIA 1ZQKA 3TSPA 1ZQQA 2BCSA 1IG6A 1NNEA 2XY5A 1T03A 5C12A 4Q0BA 4ECYA 3C0BA 1VJ5A 2X6NA 1WBBA 5HR6A 1MU2A 4Z0UA 3AA2A 3MX5A 4I2AA 2YX6A 1VQ4N 3BZKA 4F3TA 4G9ZA 4DQIA 2G5IB 4FJ5A 4CGDA 3QBWA 5ALDA 1HNWK 2YNGA 1TVRA 3JSMA 4MFFA 4QZDA 4B8AB 1NKEA 4O3PA 3BZCA 1IKWA 5AQPA 5DGAA 5HP1A 1MWKA 2Q31A 2KP7A 4FLZA 5TISU 1IH7A 3CCMN 4YP3A 3TI0A 3BQTA 3OYEA 2E6MA 4FZMA 5J2GA 4BE1A 2UU9K 3O5BA 2O8CA 2WHEA 2HHSA 1IG8A 4U7BA 4CW7B 4JYAK 3NS1A 1IBMK 4YMNA 3IFRA 3SJJA 4PKHA 4OLAA 4KHWA 1ZBFA 1ASVA 2FSNA 5CP2A 5KTQA 2E20A 3A8YA 4R8UA 4B1WB 3AU2A 2YTUA 4DL7A 8ICPA 3G25A 4BWJA 2VQFK 5CHGA 1Q18A 4FCYA 3DLKA 1TVAA 3P31A 2L5YA 2YMMA 2R8JA 1VAZA 4IG3A 3H1QA 1TUYA 3WU2U 4KREA 3V72A 5JLHA 5GAGP 3JPQA 5HRRA 2E5SA 4F92B 4RNOA 5EXWA 1JCEA 4I2JA 5E79U 1TK5A 5FLXO 2YHAA 3CYMA 5AQWA 5KFBA 3PO4A 2EQYA 2DPJA 5KQ8A 3CJ7A 2HHUA 2XICA 3RH6A 1MC8A 4A5AA 5HRSA 1ZJNA 1W9HA 3TARA 4I27A 4Q5VA 1SL1A 2P9IB 3UKRB 4DR3K 4GY2B 1WBDA 4FJ9A 5JRTA 3C94A 4I6MB 3OPXA 4FWMA 1ZQIA 4MFCA 1W97L 3P83D 2ALZA 3F53A 2DWQA 3R9PA 2F1HA 3PX4A 4HYKA 2YJFA 5KFHA 4AH9A 3AVBA 1K73O 3M8QA 3UB5A 2D3DA 3WK6A 3WNEA 1GLJO 3L2QA 1RILA 1YJ9N 5IINA 1RM6C 3I76A 4NJ8A 5FPNA 4ECUA 5L1JA 4PA1A 2PXIA 3AVIA 3E66A 3K9KA 3H0MB 3LAMA 1DLOA 2K8AA 3P4IA 4OKEA 1CZAN 1SQKA 1YI2N 3KLFA 4LSLA 3M5RA 3WKAA 3VGLA 4AQYK 3IM1A 2P9LB 5D3GA 4EYHB 4BXOB 4J9LA 5AQKA 5AZJA 5AK6A 2FF3B 1RT2A 4PJ0U 1RT5A 4HCBA 1KTQA 2E8MA 4OJ5A 4KH4A 3D45A 4P0QB 4ED2A 3PSPA 5KRSA 3KWIA 3QICA 2NRTA 3C6TA 4IL6U 3J7ZO 4AHTA 2AU0A 2F7TA 3D6RA 4MEYA 2G8VA 2PYJA 1SWWA 5BN8A 1GO3F 3OW2M 4KB1A 4JI1K 1T3VA 3Q8MA 3RJEA 2O8EB 2HI0A 3B9JA 3T1YK 1HR0K 4ECVA 1ZQCA 1C20A 1L3UA 4M41A 1ZQMA 3AEVA 3PMNA 3BQ2A 3ZSVA 1FJGK 3E9LA 4CHPA 4C4TA 4KV8A 1IIPA 1ZQVA 3LDOA 4U7CA 5AQUA 2XCAA 1RZTA 5KPRA 3T7ZA 4CE9A 2BANA 4NO7A 1RT7A 4BC4A 4PHTX 4C8LA 5ADXA 2R8GA 4W5RA 4LFBK 2QB0A 3VGKA 2KTQA 4BY9C 1HUZA 5DKWA 5AM3A 3IG5A 2QWMA 1SXDA 2R8KA 4OKKA 3UMCA 5HRNA 4BVOA 3MXIA 2GELA 3KHLA 3KHYA 4MHVA 3ZDDA 3NVZA 9ICVA 4FFDA 4K4GA 1ECWA 1VSLA 1WYGA 1JLGA 1LVHA 2P9PB 2F44A 2JH1A 3QZ7A 3F73A 5JLFA 1K1QA 4FJGA 7ICEA 5MLCQ 2BKEA 1NGDA 3THWB 4BUGA 4B9LA 8ICRA 3Q7BA 2XCPA 2BCVA 5BOMA 4BE0A 3F5EA 3TACB 3TABA 4OX9K 3RF9A 4DV6K 5KPTA 3HXMA 3QUQA 1TAMA 1MN8A 5IIKA 3WEEA 4B9QA 4DTNA 2YHYA 1KBUA 5AM4A 1DK2A 1WOQA 1PK1B 5AI6A 4IEIA 1ZQEA 4H5NA 4BR7A 2E1EA 3LYSA 4C1NK 3CQXA 1SGGA 1K1SA 3EKUA 3SMVA 4CJLA 4YOXA 4YHHK 5DM7L 5EU7A 5AQLA 1B4FA 2I5JA 4DQ8A 3D2FB 1M1KO 3LDNA 2JZBA 4YOYA 9ICTA 4HAIA 2W8KA 4O3SA 4M47A 4Y2SA 5E41A 2HBKA 3K1ZA 2K4IA 3T5KA 4I2CA 2Y0SF 4O3RA 2B5JA 3THYA 3VOVA 3VEYA 4J9QA 3C2KA 5KI6A 3K9JA 1V9PA 2GX9A 1U9LA 3L4PA 3HL8A 1RT1A 2Y1JA 1NK6A 2P66A 5HROA 4YOUA 3PW5A 2FPKA 4NL9C 4JV2A 2G0AA 4YDUC 5AIBA 4FL9A 3KVGA 4CJVA 3NDKA 7ICGA 5JICA 4F50A 4Z4GA 1BNPA 3CJ9A 5J0XA 1URJA 1PVQA 3CF5L 2ZIWB 3CC4N 1EKEA 2F9WA 1ZC6A 1UT5A 3UXPA 4DQRA 1J6ZA 1NLVA 1S10A 4DG1A 4O9MA 3ZSQA 4PZOA 5J0QA 2CGKA 3BEXA 1X9JA 1NJYA 3G6XA 5KFYA 3RJKA 3KD5E 1ZQZA 3G6VA 5AQIA 4MLHA 5EOZA 1S1UA 1DKGD 3T5JA 4CHYA 3P39A 3U9ZA 3MABA 4YCXA 1RDCA 4BC3A 1YZ7A 3H08A 3HRGA 3VF4A 3OS0A 2QTDA 1NGJA 3CCVN 4IJNA 3RAXA 2DFFA 4XH5A 4ECQA 1SV0A 1S72N 4RW9A 2JWKA 4CF1A 1M90O 3H8MA 1WLJA 4B08A 1UAXA 3DMJA 5CY4A 3I33A 1S6QA 1S22A 1XNQK 4X66K 1S9GA 4DFJA 5ALSA 3NHGA 3C28A 2B6AA 3NVMA 4H5WA 3ULDA 3C29A 4KX3A 4K4IA 4DF8A 4CF5A 4QAGA 3V9SA 1JLBA 2W41A 1ESVA 4QZAA 2P9KB 1YHQN 2QKBA 5KG0A 5ALVA 9ICPA 5AQTA 5BRFA 1ZBLA 5C2DA 1FIQA 1UHUA 3D2NA 2IVOA 1TGOA 5KFJA 4J9RA 1TK8A 3G6EN 2HBLA 3ATUA 3SAHA 4TUSA 2AGQA 1L3VA 4O0JA 5B8HA 2FMSA 1KQQA 3FZLA 1TV6A 4JKDA 4WFAL 3L5KA 1QZ5A 5ALRA 2A19A 1EWRA 3TAGA 3SCXA 4JRQA 5CHIA 4P0PB 1HX1A 2FXUA 2RHKA 5M1FA 3UQ0A 3I55N 4O5KA 2WUSA 3E1YA 1VQ5N 2DQNB 2G09A 4FZLA 3V4IA 4ISGA 3Q8KA 3TAFA 3JPOA 1E4FT 1D8LA 1T8EA 5DM6L 5IIJA 1U47A 5AQGA 3O9TA 5C25A 4ED6A 4KMOB 4QWCA 2PYLA 1BHLA 2QM1A 3DXMB 1C6VA 1BOTO 2E2QA 1MA7A 3A0BU 3IDHA 4CZGA 1Z26A 4YY3K 4C4SA 1RT4A 4NLKA 4GXKA 5B5EU 3C5GA 4JI3K 1S0NA 2F8TA 4KLQA 4QWDA 2QWNA 3D7EO 2HHXA 3QEPA 3THVA 2EH9A 3CFOA 3DV9A 2WB1C 4QCLA 5L9XA 5M1OA 7ICTA 1HJRA 4BRMA 2E5LK 5A0LA 3K0SA 5CYQA 5DB9A 1OVQA 2ZUDA 3MFHA 1ZRMA 1J2NA 1NWKA 3ENHA 4AHRA 4DU4A 2NRRA 4DEZA 3NBPA 3E58A 4JV0A 4TUPA 3WNHA 8ICUA 3HILA 4EBDA 2F3NA 3VQDA 3KKAC 2E1ZA 3AL0B 3F9KA 3FC4A 3ZX0A 2KFNA 4BGBA 4CJ7A 1YJWN 2VA8A 1XSNA 1Q8IA 1LAVA 4RQ5A 3FFIA 3K5OA 4RQ6A 2HCFA 4KHQA 1RXVA 2G07A 1ASWA 3W3DA 3OHBA 2LM4A 2KIWA 9ICXA 1JLAA 2Q0UA 3Q8PB 5JU5A 3VQCA 1ATNA 1QQOA 3HX0A 3NCIA 4US8A 2F1IA 4GC6A 5DDYA 3MECA 1QVGM 4B6JA 3OBWA 1GLBG 3V81A 1KL9A 1TK0A 5D49A 3O9UA 1TAQA 2KEYA 3V6KA 3CFPA 4FLTA 1U6ZA 4E7IA 4CEZA 3GU3A 1A5WA 3Q8LA 1C1BA 3ASMA 3LDPA 4YD2A 4R66A 4RW8A 3ZEUB 4DSIA 3OYLA 2W43A 5HNKA 1TKXA 3O9SA 5BRDA 4DOCA 5FRNA 2E8PA 4RCHA 5KFCA 2H3IA 3SQ2A 2HOQA 4DSLA 3KLIA 1K8KA 1JLEA 3N7SC 3RB3A 4F2RA 2DKXA 3ZSOA 3WK4A 4XH1A 4FM1A 2BDUA 1WCNA 4CF3A 3MCAB 4N41A 3MXMA 5C2FA 4JS5A 4CHNA 2ASOA 1XI1A 4O55A 4I2FA 2FPLA 3KD1E 4RUCA 4M9GA 2KZ3A 2ZJPL 4I2EA 2XVTA 4XRHA 4KLDA 2GH1A 4JI6K 4CGHA 1Q9XA 1VQNN 5AM2A 3L6QA 3MX2A 1XNRK 3SJHA 2WF5A 3O4NA 1Z25A 4O3QA 1ZQPA 2XIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT3 A;  4CGZ A;  2HBM A;  2E1E A;  3CYM A;  2HBL A;  3SAH A;  4O3M A;  2MA1 A;  2KV2 A;  5C0Y A;  4NLB A;  1GO3 F;  3SAF A;  2RHF A;  4NLC A;  2HBJ A;  2HBK A;  1WUD A;  2CPR A;  4OO1 J;  2E1F A;  4QIW F;  4CDG A;  4QJF B;  2RRD A;  2DGZ A;  1D8B A;  3SAG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3IV6 A;  4F5N A;  4NM1 A;  3ED5 A;  3OSN A;  2C2E A;  4FJK A;  1HRH A;  4DLG A;  2QA4 N;  2KSO A;  2JXJ A;  3JPN A;  3HM8 A;  1N6Q A;  4WQ4 A;  1T6C A;  3Q7C A;  2EAP A;  4IR9 A;  9ICC A;  1HYV A;  2J4R A;  4CF9 A;  1CI4 A;  5KG5 A;  2KV2 A;  2BR0 A;  5K14 A;  4F5P A;  1RXW A;  3O3H A;  3N7P D;  2F76 X;  1SV0 C;  4FJ7 A;  1GLA G;  2ASD A;  2DUY A;  3I8B A;  4NY8 A;  4WCE L;  4JV1 A;  4RPZ A;  2YMQ A;  2CPR A;  4M9L A;  3ZSZ A;  4DV7 K;  3KK7 A;  3B8A X;  4MO4 A;  3F9M A;  2QXL A;  4LF7 K;  3C7N A;  5G5G A;  4QOZ B;  3QZ8 A;  1R0A A;  2KE7 A;  4JKC A;  4JKE A;  4JKH A;  3ZX2 A;  1G15 A;  4M7X A;  1WWU A;  1NBW A;  3NH2 A;  3AVG A;  3MN9 A;  1J5O A;  5KT5 A;  5H1S Q;  4EP5 A;  4H0Y B;  3LDL A;  4CZF A;  1S6P A;  3CG7 A;  2BCR A;  5HHH A;  4ILH A;  7ICJ A;  3THX A;  4QS7 A;  3MFI A;  4HTL A;  1HNZ K;  4L3Q A;  4FYD A;  4ILG B;  3T5H A;  1ZD4 A;  2WAQ F;  1QTM A;  3M6K A;  5DGB A;  3ATV A;  3L2U A;  3GV8 B;  9ICU A;  2E1F A;  4AM6 A;  4OJO A;  3GL1 A;  4IC9 A;  4N5S A;  4IBN A;  2RP5 A;  3RSE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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