4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/rna
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex component RRP45
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
4OO1J 2CPRA 3SAGA 4CDGA 3SAHA 1WUDA 2E1FA 1D8BA 4O3MA 2MA1A 4NLCA 1GO3F 4QJFB 4QIWF 2HBJA 2HBLA 2RRDA 2DGZA 4CGZA 2KV2A 2HBMA 5C0YA 3CYMA 2E1EA 1YT3A 2HBKA 2RHFA 4NLBA 3SAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RYUA 4EFHA 1HQEA 3LZIA 3M1FA 3VGLA 4DFPA 5ALUA 4A2AA 4QW9A 4E7IA 2YNFA 4GXJA 4WQ4A 4QZGA 3SYZA 2HOFA 1ATRA 1KAYA 3NF6A 3OYAA 4HUEA 4PKHA 3RWUA 4J2BA 1VQKN 3WK8A 3GV5B 2B5JA 4WF9L 1HRHA 5HR7A 3CJBA 3UKRA 2EZZA 1DXSA 1Q7YO 1IM4A 5HMMA 3V9XA 1RZTA 3KBBA 4IQWA 3S3OA 2LYHA 8ICRA 4FOEA 4ED3A 2D8CA 1MA9B 5J0RA 4MQ3A 3WXKA 3BQ1A 1D9FA 3D6RA 3BF3A 3GE1A 3K2PA 5KPRA 5LL6Z 2VG5A 1JMSA 5D49A 2W8KA 2DFFA 4CEZA 2G5HB 3R9KA 4M7XA 3T1AA 1S0MA 3WKAA 3FZMA 4PL8A 4YFKA 5CY4A 1WUDA 2ZUDA 4M45A 4BR4A 3NAEA 3L4IA 4DKWA 1ZQ1C 1WAFA 4FBTA 2RDIA 1JLCA 9ICGA 3NGDA 2W41A 3DLEA 2G06A 5ELZA 3VQDA 2ZJRL 3V7LA 3THYB 5LMUK 4NWIA 3HPHA 5KFLA 4CECA 4RTFD 1Q9YA 2OZSA 1UA0A 1ZQVA 1GLDG 2DFEA 1ZRMA 5KFSA 2C22A 1ZQIA 5AI6A 4FE3A 4BC5A 2KKVA 3RB4A 3JPQA 1TVAA 1V4TA 3ZT4A 1YJNN 3PMNA 8ICUA 4UAWA 5CE3A 1WCLA 1X9XA 1QSLA 5EE9A 4P4PA 3SUQA 3AA5X 2ZIWB 2KN7A 4H5TA 3U6FA 1V97A 5AKGA 3AQFA 4EYHB 1X9MA 2E1YA 1VQ6N 1SWVA 5IT9O 3D6JA 2BUPA 4HYKA 1KSPA 4NCBA 1XU4A 2EZXA 3PSIA 3K4GA 4QWCA 1XS9D 4FLXA 2FI1A 4FJ5A 2F44A 1Z26A 5DBCA 3CETA 3THXA 3VA3A 2Q0ZX 1N8RO 1M1KO 9ICOA 2QW9A 3CW2C 1S9FA 4FWOA 2ZIVA 1OVQA 4KH5A 2IOHA 1NK8A 3AVNA 1JLFA 3E01A 4IEEA 1E4FT 4CJVA 1Q18A 3AM9A 4FJGA 4MDBA 1VDVA 2E5LK 4K8ZA 1CUKA 3OSPA 3LALA 2UVWA 3MEGA 3ZT3A 2KV2A 3VEVA 4CHQA 4NO7A 5AQVA 5KFAA 1ZD5A 4FM1A 2FLPA 3IHQB 3ZX3A 3EEQA 4HCBA 1WSGA 3B0YA 3FDSA 3AARA 4PKIA 2QKBA 4DSIA 2JWLA 2VWJA 4ISEA 3QYPA 2FSJA 1RQLA 3H7IA 1U4BA 4CEQA 3I76A 2QWQA 2ETJA 3K58A 4MO5A 3ISBA 4FO0A 1XNQK 1ECWA 1BVSA 3PX0A 1ZQAA 4DSJA 4FWQA 2HF4A 5C42A 1RYSA 2B0CA 3PW2A 4JV1A 3PW5A 3I8DA 3H4BA 1JXBA 4FWMA 1UPHA 3KLHA 3UMCA 3P39A 2NO4A 4ELVA 3GBTA 5CR4A 3O9UA 4DV7K 4C0ZA 3LK9A 2FPMA 4O3MA 3THYA 3K9JA 3J80O 1IXRA 3A8YA 1K1QA 4YOTA 1RGIA 4PY5A 5BPMA 4JI6K 2RQ5A 1X42A 5IIOA 4CK3A 4QZHA 2ZIWA 2K8BB 4FK2A 3L2VA 4O9MA 3CMEN 4EZ6A 4TUQA 5CYMA 3CNHA 4WCEL 4FPBA 3O4NA 3AO5A 1S77D 4KMUA 4QAGA 4MDAA 5DM7L 8ICNA 1VHXA 1RXWA 3OBWA 4IR1A 3C6AA 4H0XB 1D8BA 4HTLA 5ALPA 1BPXA 2JEIA 2I7NA 1KFSA 4F8RA 2HBLA 1M90O 1SL1A 3TARA 3WU2U 2R8GA 3ZT0A 4BRKA 1HKBA 3B6OA 4H5VA 4BC3A 4KB1A 4X65K 3GFKB 4C1NI 3VERA 2JH7A 5D4BA 3KTQA 1ZQOA 4CGHA 1HR0K 3M6KA 3GIMA 4DSFA 1NKCA 3WNFA 5CJ7A 5J0WA 1IBLK 1YIJN 5M1OA 4KLSA 3OSNA 3C1YA 8ICYA 2FF3B 2QXFA 2VG7A 3F2KA 4YOUA 1HYSA 1XSPA 4FWRA 5HP4A 1VSDA 4J8FA 1CI4A 1BU6O 4DEZA 8ICJA 1LW2A 2W7OA 3QMLA 3OYMA 4DL2A 3VEYA 3IDHA 3QEVA 1NKBA 3C0BA 4E7LA 5KG0A 1LOTB 3UKUB 4CJRA 2VKQA 2Q0RA 1B22A 5J0SA 4JS5A 4JKFA 1WAJA 3CF5L 4O3OA 1BL3A 1XO1A 1QQ5A 4B1ZA 3DAWA 1V38A 2E88A 1N6QA 2IS3A 1KW4A 4AHUA 2MU2A 5AKEA 3K5MA 3NVVA 1FEZA 4LZGA 3F73A 3CERA 1WNSA 2C2DA 2KFNA 1SUQA 1F0MA 3TI0A 2BQ3A 1MQ2A 4U7BA 4MF2A 3QE9Y 4E1MA 1SZHA 1PK3A 3GIJA 5JICA 2HCFA 2GELA 1NGBA 2KZMA 4M0AA 4I2GA 3MGIA 1NK0A 2LBOA 1DOQA 4M3UA 2MUTB 2A41A 4W5OA 1NJYA 3AAQA 2XIDA 4GXIA 3AV9A 1HJPA 5FDLA 3C1ZA 3N4QA 2ITGA 2JZBB 4GW6A 3HRGA 4IQVA 2QLTA 4C23A 3JSMA 1SKRA 3DLKA 2PI5A 5M1NA 3DLLL 5DLGA 2AHOB 3OGUA 1UWBA 1ZQLA 2RN2A 3AAPA 4H0OA 2PAVA 5J2MA 1IKWA 4B9QA 4I2QA 4ZTFA 1HNZK 1B0XA 2YJFA 3ULEB 5KQ8A 1YHQN 3I33A 5C5JA 1XSLA 4FW2A 1S9GA 3SMSA 3VTIA 7ICHA 3P4IA 4KTWA 4AM7A 2LPEA 1EXNA 4IRCA 2D0BA 5GAEP 5KFWA 2PYJA 5AM3A 2CGLA 1Q3VA 5EE1A 4MEXA 2RPIA 3L3FX 3O4QA 3TSPA 3VA0A 4KLJA 5J0XA 4DUYK 3VQAA 4TUPA 4AP9A 3HW8A 3EWAA 4US8A 4LC9B 4DLGA 1N32K 2O6KA 2DPIA 2ISPA 5AK4A 1N5YA 3NFAA 2XCAA 4GKKK 4Z4CA 5EU7A 1KD1O 4WFNL 4O5CA 1RT5A 4JI2K 3WK6A 3QIOA 1A77A 1KAXA 5HBMA 4DF4A 3PW7A 1HPZA 3M9NB 4CFDA 2ITMA 4O5FA 5CZ2A 4DOAA 7ICEA 3SBTA 1R0AA 3ICXA 4DQRA 7ICTA 3OY9A 1RFQA 2EH9A 1VSFA 3UKUA 5J0YA 3C2MA 3VQBA 1BHLA 1N61A 2YN4A 1N5XA 3QU4A 1S10A 2HVIA 4B1VA 1GLBG 1QQ7A 1SXDA 1JLEA 4CHOA 4OJPA 3AO2A 3ALRA 3AMZA 5ALIA 3ZD9A 3NGYA 4H4MA 2BGGA 1L5UA 4KX3A 2HHXA 1EP4A 3L2UA 2GUPA 4OCZA 4JI8K 4HCCA 3OYJA 4CGIA 5HRRA 3ATUA 1P90A 7ICKA 5AQRA 4DQPA 1KC8O 2ZIXB 1ZC6A 2OPRA 5AQTA 7ICOA 1BIUA 2NLXA 3SR6A 5KGWA 5AZJA 2MUTA 4RZRA 2WB1C 3MGHA 3VTHA 1RCHA 4G9ZA 2H3ZA 5KT3A 1RT3A 5AQIA 4F5QA 4Z6CA 4PGYA 5AQQA 4Z4GA 3LVVA 3IKMA 2JZBA 1DK3A 5DB6A 4FCYA 3V9WA 4B9SA 4P2HA 2HVHA 3MXJA 4KHPK 2CRXA 4JMUA 4NM2A 3DRRA 1COKA 2RF2A 4Y1DA 4KX5A 3FC4A 2LM4A 5KFHA 5CHGA 2Y9TA 2G8IA 3ETRA 3L4QA 3FZKA 3WT0A 1Q8IA 3QU5A 3ULEA 4XIUA 5FPDA 5KFGA 3OS1A 5BN8A 4F91B 2KTQA 2KG5A 1LCUA 2WF5A 4NLCA 4W5QA 3RMBA 4FLVA 2HF3A 2EWSA 4PH5A 3TTDA 1WSIA 1JCFA 5DDMA 1TL1A 2RHKA 2ALZA 2YMQA 3TPQA 3O9TA 4ILGB 5L1MA 5AK6A 3OYFA 3SQ2A 2R7YA 4IFVA 3VQQA 3PR4A 1RDBA 4MO4A 2HHWA 1YAGA 1JI7A 4KBOA 2O8DA 1OH6A 4KLEA 5HR6A 2ISOA 4C80A 1CZBA 4NXMK 4YOYA 4KN7A 2PY5A 5AM5A 4DR5K 1N33K 5AQJA 1C1AA 2P5GA 4CZIA 2VYPA 2M0NA 4DQSA 4UAUA 2G8WA 4GKJK 2OXOA 2WFBA 3KKSA 1T3VA 4RQ6A 4O8KA 1HYZA 8ICMA 2D1KA 3LWMA 3PVXA 3QUCA 4MFCA 1QCKA 2P9NB 3CM6A 5AQUA 1RDAA 3P1GA 3OJSA 1YXQA 1SGGA 2OWOA 3HP6A 3C5FA 3ZDAA 4RNNA 5KFYA 1C1BA 3OHBA 4KLQA 4AM6A 3KD1E 1KXPA 4JKBA 7ICNA 1S72N 4I7FA 3TACB 4LVSA 4M63C 3LYSA 3RMAA 4GVEA 2XY7A 4P4MA 4DSLA 3DXMB 2DTUA 4A59A 2ZIXA 2PMZC 3PR5B 1BGXT 4K43A 4F9OA 2W7PA 3THWB 2HW3A 1W9HA 2BCVA 3FE1A 4JI1K 4LF9K 3E9PA 3MDQA 5ALJA 7ICUA 2ZJQL 3U3YA 4QCLA 3JYTA 4QWDA 5L1IA 4DFMA 2W6LA 2ASMA 1N56A 3AVKA 1J6ZA 3L2QA 5JU5A 3TAGA 2Q31A 2EHGA 4EELA 5EWGA 5CWRA 4CF0A 1NGAA 4B3MK 3MXIA 5ALTA 3SJHA 1BPEA 3UQ0A 4JV0A 4Y2XA 1NJZA 2P9SB 5CR0A 5JRTA 2OANA 2HI0A 3FAHA 2ZJAA 2NRWA 2GH1A 3UE5A 4CBXA 4M9GA 5AR0A 3L8BA 1WLJA 7ICGA 2AXTU 5JUMA 1N34K 3DEEA 4LJXA 4HUFA 3TAEA 3BS5A 4HHTA 1V4SA 1WN7A 1NK7A 1ZQQA 4I2EA 4O8UA 4CD1A 5C2DA 2FBXA 3AVCA 1BNOA 4BE1A 2I1QA 3W0LA 1X9SA 4O5KA 2E8AA 4DR2K 3LAMA 3KWIA 4CF3A 3O4WA 4MFBA 3ZT2A 1U9LA 4DR3K 4M6WB 4UAVA 1ZQHA 4BRPA 2FMQA 1I39A 5KAIU 4WYBA 4FFDA 4KHNA 4WFBL 4CDGA 2QARA 3O3GA 1RT4A 2GWKA 1JL1A 1N62A 3I55N 3DOLA 4CZJA 2ZE2A 4QS8A 2XRIA 3B8AX 4B9UA 3CPEA 4UB6U 4N47A 1BI4A 4WFAL 4DV6K 3F5TA 3L2RA 2P9NA 3H1VX 3OYLA 3TFRA 2QM1A 3A0IX 2V9WA 3QICA 3H0MB 2IIRA 3L0QA 1NM1A 4F3OA 3Q7BA 5DGBA 4BVOA 2HDOA 1OH8A 1S1TA 5ALVA 4RQ0A 1SS6A 2QK9A 4CJKA 3CD6N 3LDPA 3A0BU 3TTCA 4K4GA 3F2DA 1ED1A 3M8PA 3CCVN 3M6GA 1KN5A 1KDHA 3DXMA 4TQRA 3PO5A 4V19S 2UUBK 5J0QA 2JGAA 1ZRNA 3OYCA 4I2CA 1T05A 3QFPA 2CN1A 2PFOA 2ZTDA 8ICVA 3A5LC 3AVBA 2QKKA 1P7DA 1PK1B 5C10A 4CK1A 2G08A 4DTXA 4I28A 5J0TA 4CZLA 4E0DA 1NGIA 5LMNK 2ZUBA 1HIWA 1Q3UA 2A42A 4CEDA 3N7PD 2I5HA 1BPYA 1K8KB 1AQ6A 1FIQA 1IJJA 2W40A 4ECUA 3NS1A 1AROP 9ICVA 1HJOA 5KFQA 4WE1A 2P9SA 4DFJA 1HNVA 2W54A 3SEIA 5J29A 1RBRA 1WSJA 1IV0A 2O8CB 4EX6A 3RRGA 2YHWA 4IDHA 4EEKA 4QJFB 4B9TA 3QNMA 2WB1F 3RH4A 4EEYA 5G5HA 1ASUA 5AQFA 4UASA 1UA1A 1A5XA 1QSYA 2O8BB 1T6CA 5ALMA 1VJ5A 1LWFA 4MFAA 3R3LA 4Y2TA 4BRFA 1QHAA 3ENOA 4CHNA 3VF4A 2VWKA 4DR4K 1MA7A 3C65A 3SCXA 4M6WA 4RPYA 5GIOA 3RH6A 3L2WA 5AKLA 5J2PA 2Y9UA 3RH5A 4FZYA 3KK2A 3O1WA 2P51A 3C6UA 4DB3A 2VQEK 1Z00B 4IQUA 4M3XA 2W6KA 1L3SA 1NWKA 1RDDA 4JD2B 2WONA 3V7JA 1ZD4A 4EX7A 3LDOA 1XHXA 4O3SA 3R8EA 3NHGA 3MWPA 2JWKA 2F2AB 2LKYA 4Z4EA 5FPEA 1E3MA 4ZHRA 2RLTA 1ZQDA 2A1RA 3SQ0A 3OYGA 4JLHA 2FLOA 3HYFA 1EWQA 1LVHA 4ED6A 4KITB 4K41A 4IOAL 1RTDA 1KRPA 9ICPA 4RW4A 1WG8A 3C29A 1KVAA 4PGXA 1I94K 9ICFA 3NUQA 4I2AA 3NF8A 4RWTA 5J0OA 1ZYQA 4Y2JA 3SMPA 2DKZA 3ID8A 4QZDA 1E4GT 2KHVA 4ACOA 5BN9A 1HNXK 2ZG6A 1BQMA 4L8RB 4M3ZA 1VQON 1S0NA 8ICSA 4FVMA 2E5SA 4FLUA 1XC9A 3WKBA 5D46A 4N41A 1ZQEA 5ADXH 3EL2A 4KREA 3OYHA 1Z1VA 4DWIA 1QQOA 8ICBA 2KJ8A 3G6YA 1K8KA 2R8HA 2E2QA 4DS4A 1ZQUA 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4CZGA 1ILYA 2HBMA 3IMXA 5AQZA 5AQSA 2A3ZA 2CH6A 4GY2B 5C2FA 5JVHL 3PIPL 2NRTA 4BRAA 4ILHA 4A8EA 1NGHA 1PVRA 2F7TA 5AQGA 3UKRB 3HOSA 3E0FA 3CC7N 2KEYA 3TSQA 4FWKA 3UB5A 3KZBA 3SAGA 2N1RA 3CPWM 4FZNA 1VQLN 2XVTA 2JH1A 2JMGA 5C15A 4C1NK 3DXKA 4H5WA 3PSPA 2NZTA 5LY3A 1HKGA 4IO8A 2ZXIA 4BRQA 3CYMA 3MN5A 3CCRN 4QS9A 2RHFA 3I56N 2ZGYA 1VAZA 4IOXA 5F1XA 2ZIVB 1NGFA 4MLEA 1VQ7N 2K4IA 4BROA 2E1ZA 4JAXA 4B1VA 3A5MC
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OO1 J;  2CPR A;  3SAG A;  4CDG A;  3SAH A;  1WUD A;  2E1F A;  1D8B A;  4O3M A;  2MA1 A;  4NLC A;  1GO3 F;  4QJF B;  4QIW F;  2HBJ A;  2HBL A;  2RRD A;  2DGZ A;  4CGZ A;  2KV2 A;  2HBM A;  5C0Y A;  3CYM A;  2E1E A;  1YT3 A;  2HBK A;  2RHF A;  4NLB A;  3SAF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1A5V A;  3KZB A;  3KKA C;  2DKX A;  3SAG A;  2N1R A;  3CPW M;  4FZN A;  3RBD A;  3VQ8 A;  1CLQ A;  4N5S A;  4PGQ A;  3UMB A;  3KKR A;  4DTO A;  1VQL N;  2XVT A;  2JH1 A;  4B3O A;  1NK6 A;  2JMG A;  5CA7 A;  5J2E A;  3NBP A;  3ITH A;  4FW1 A;  5C15 A;  3NDK A;  5III A;  4C1N K;  1ZQF A;  2LSN A;  3DXK A;  4H5W A;  4LF4 K;  3PSP A;  5AK5 A;  2NZT A;  3WK7 A;  4RQ1 A;  3S9H A;  2IA6 A;  5LY3 A;  1HKG A;  1N2X A;  5ALL A;  4RQ2 A;  3VQ5 A;  4O5E A;  1DGS A;  4B9V A;  3GV7 B;  4I29 A;  4IO8 A;  2ZXI A;  4BRQ A;  3CYM A;  3MN5 A;  1G15 A;  3Q8Q B;  3OYE A;  3CCR N;  1ASV A;  4QS9 A;  2RHF A;  3H8M A;  4DL3 A;  2YHA A;  1V85 A;  2F1I A;  3MEC A;  3I56 N;  4B3T K;  4KN4 A;  5DB8 A;  4ED2 A;  4O0I A;  2ZGY A;  3QIP A;  2BR0 A;  4DTP A;  1VAZ A;  5EE0 A;  4IOX A;  4LY7 A;  4CJ5 A;  3OTO K;  4AHS A;  3GV8 B;  3GII A;  3DM2 A;  3UXP A;  5F1X A;  2E8O A;  3THX B;  3RB0 A;  2KP7 A;  2ZIV B;  1NGF A;  5AI8 A;  1CXQ A;  4MLE A;  1VQ7 N;  5DKW A;  4O55 A;  3AN1 A;  4GIB A;  3B6P A;  2K4I A;  2DY4 A;  3VQP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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