4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex component RRP45
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
4CDGA 2KV2A 2RHFA 4QJFB 1WUDA 2DGZA 1D8BA 2HBMA 3SAHA 3CYMA 2MA1A 2E1FA 2HBLA 2RRDA 2CPRA 3SAGA 4CGZA 1YT3A 2HBJA 4O3MA 5C0YA 4QIWF 1GO3F 3SAFA 4NLBA 4NLCA 4OO1J 2E1EA 2HBKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EY4A 1X9SA 3HI0A 4B1XB 2YNHA 3BQ2A 2O8BA 1O1WA 4FWPA 1DGSA 3NGIA 1KFTA 2W43A 4M9GA 3M9MB 2WTFA 3TTDA 5ALRA 3NVMA 1ED1A 3CM6A 4F4WA 2ZQBA 2XGPA 2E8NA 4RQ3A 4BR9A 4EZ9A 1LOTB 3CD6N 1IG8A 5CP2A 4NCGA 3OYBA 4FM2A 4M9NA 2YN4A 2BCUA 4KLLA 3M8PA 2CGJA 4BGAA 1NGAA 5AI4A 5IILA 4YOVA 2P6RA 4OPAA 5J2MA 2W9AA 2R8HA 3LDNA 2HMXA 3AQEA 3RB3A 9ICLA 4TSXA 2ZJAA 4JHDB 3D45A 4E7IA 3T69A 2F4VK 1RDWX 4BGDA 4EZ6A 4M04A 4CDGA 3WK4A 4ISGA 4HTUA 3R9KA 4DTJA 4HWIA 5AM0A 5KT7A 8ICVA 3AA4A 3RR7A 4CIFA 3C1YA 1SV4A 1BPEA 2C2DA 2KFZA 5C5JA 3V6DA 3I0RA 3SENA 4I2EA 4F50A 2P9IB 1YITN 4OKJA 3KKRA 3UPQA 1WSJA 4WQ4A 4CEQA 2CPRA 3CHWA 4DQQA 4RW6A 4DR4K 2KIWA 3I55N 5DLFA 2P9UA 2W9CB 3HP9A 4UB1A 3ITHA 2FLNA 4DOAA 4ZHRA 2G8KA 1JLFA 4Z6DA 4PGXA 4PPXA 5AQNA 3ENBA 2WTUA 2F2AB 4CERA 2XHBA 4JWMA 4DUZK 2A1AA 1JL2A 4O4GA 2YMMA 5ALNA 3PIOL 2ZXIA 1ZBUA 4Z4CA 3SQ1A 3BP8A 3C5FA 2PFQA 4UQGA 1KAZA 2XY8A 3B6OA 3CC7N 3HJFA 1NK9A 1JX4A 4CZJA 5J2QA 4CD3A 3QZ8A 1E4FT 1NK6A 1J6ZA 2VIXA 3A0IX 4N41A 1QQMA 4PKHA 3KHLA 2HSTA 4FOIA 4F2RA 2WF6A 3MR2A 3DEEA 1HQEA 4DR3K 4CNQA 1LKYA 4XIUA 1SL0A 3IDHA 4JRQA 2HHHK 1NZBA 2DQNB 3NTUA 3OW2M 2F1IA 5TKYA 2RF2A 3DJCA 5M1OA 1UAXA 4ED2A 4K41A 5M1QA 3VQDA 1JCFA 3TARA 4ECXA 4EP5A 3TSUA 3THYB 1WCLA 2ZGZA 7ICRA 3FM9A 3ZSOA 4UY8O 1WUAA 2RLTA 3RJKA 4CE9A 5HR7A 4DV0K 4FOEA 5AFUH 3VERA 3F5TA 4W5TA 8ICSA 2A40A 3F2KA 2FPLA 3H1QA 2VYPA 4U7BA 2BDPA 2FPMA 2NRXA 4MO4A 1TUYA 1YJNN 3RSEA 1HNXK 1BWFO 2HSZA 3C6TA 4ILHA 5AK3A 3QYPA 2P9PB 4I2JA 1TKXA 2K8CB 3QETA 5G5GA 3WKAA 3M6KA 2QARA 2NO5A 3QICA 3D2EA 1HNZK 3SQIA 1FKOA 4BRPA 4KLJA 1RT1A 4OGEA 3NF7A 3QNNA 4K4GA 3V1QA 3LM2A 2P1JA 3CRXA 2DFHA 2P9KA 1HR0K 3MECA 3Q8KA 9ICOA 5BR8K 5DM6L 2VA3A 1LCUA 3AVLA 4KH4A 2IVPA 1KLNA 3JSMA 3AL0B 5AKGA 3GDQA 4Y2QA 3CM5A 2LPEA 3TTFA 1ZRMA 2G8VA 5KFIA 3QNMA 4P0PB 4DF4A 2AU0A 4QW8A 1UT8A 2W8KA 3T5LA 4QZCA 3LDPA 1B9FA 3MABA 2Q4TA 4ZTJA 1N36K 2FJ6A 4TURA 5DM7L 1M90O 9ICXA 4F93B 3AGRA 3EKSA 3VF6A 1KAXA 3M9NB 2OPQA 4CHQA 1UOCA 5DQHA 3AVHA 2JHDA 1YJWN 8ICMA 1Q18A 3EPIA 3HZ6A 3QNOA 1FW6A 4FFDA 4Y2XA 1RYSA 4B9TA 1C0FA 4M7XA 3ALRA 3J80O 3WK9A 3TAGA 5B66U 1SL2A 2E8PA 2FC0A 3HSTB 2OEHA 4BRLA 3D0PA 1D8YA 3QU9A 1HIWA 2P66A 3A5OC 3KWGA 3MC1A 4BRHA 1MU2A 5KT2A 2FLOA 2PFOA 1TKTA 3G4SN 8ICGA 3WQUA 2QWQA 9ICQA 1RTIA 4BVPA 2BPGA 3DLKA 4ED3A 3G6XA 2ATQA 5AQGA 4U7CA 3KHHA 1COKA 3NE6A 2K4EA 4B9LA 5JLFA 1ZYQA 5DKWA 1YAGA 2H3VA 2O6KA 3ZSZA 4QZ8A 3HK2A 4RPYA 4XEIA 2WAQF 3C7NA 2JZBB 3OPXA 1Y97A 2XCAA 1GLLO 4QZ9A 3HWTA 1TUUA 4KMOB 1WOQA 9ICFA 4J9KA 4M9LA 3TADC 4DSEA 1NK4A 1QHTA 3A2FA 3G6YA 1N5WA 3RJIA 1BPYA 5I9EB 4JI5K 1N56A 4OLAA 2WONA 3IG8A 2ZF5O 1HYZA 4PZNA 4NL9C 2E1ZA 4TUPA 5AK6A 3FFKB 4ECZA 2BHNA 2JGUA 5LY3A 1NGJA 4JI0K 1S77D 2B21A 1VSIA 4Z4FA 3PO4A 5C42A 7ICTA 1NMNA 3V7JA 2VQEK 5KFDA 3M3ZA 3F5AA 4EX6A 7ICQA 3NGYA 4CZGA 5GAHP 3NH1A 4Q44A 3EYZA 3QESA 4F3TA 2QKBA 4MQ3A 2ISOA 2HB5A 4JKAA 3C1ZA 3FZLA 4JRPA 8ICIA 4P0QB 3AAQA 3AV9A 3I1YA 5F2RA 4KLQA 2KNJA 4DSIA 3A0HU 4FZMA 3NVYA 3EO3A 4R64A 1VSDA 4HHTA 2LYHA 2UU9K 3VEXA 4C23A 1VSKA 5KFQA 4F4ZA 4B3RK 2FXUA 2VG5A 3L0QA 4XH1A 4ECUA 2ASPA 4FLWA 3V9WA 1EWQA 5HHIA 3F2DA 2LM1A 1COOA 1S6PA 3P1GA 2FE9A 2WF9A 3C23A 5AHXA 3WK6A 2ALZA 4YG2A 3DOKA 5ALLA 9ICVA 4FJNA 3FZKA 3CETA 4N56A 2XIDA 5ALIA 3A5MC 5KAIU 1JKHA 5C12A 3LAKA 5KQ8A 1JLQA 4DTMA 3N28A 4GLXA 4F5PA 3QIOA 1XU4A 1AROP 1JI7A 1T3NA 3T5HA 5CB1A 4HCCA 2JEGA 4C8KA 2KP7A 4LSNA 4BRAA 4FZXC 5KFLA 1RBVA 4JKBA 4RW4A 4FS1A 1CUKA 4JV5K 2VJ5A 4PHEA 1SAZA 5FLXO 1XMOK 4CEAA 3B0XA 4NM1A 2B0CA 1XO1A 4DKWA 4FXDA 5ALJA 5EE0A 2Q3SA 1D9FA 3HYFA 3CQXA 4BR0A 5AI8A 2HCFA 4OJ6A 2OWOA 1FFUA 1ZQFA 3OYNA 1X66A 3GU3A 1WUDA 9ICPA 4Y1DA 5KFAA 2FLLA 4IEEA 3QEBZ 1HPZA 4IG3A 1ZRNA 2YJFA 4EX7A 4FWOA 1NOMA 4I2CA 1BIUA 1D9DA 3RMDA 3IHQB 3CCRN 4RNNA 1RT6A 4YY3K 1IV0A 5AQUA 4B9SA 2ZIWA 1VQMN 4HUEA 2QB0B 4A2AA 3ZT1A 5GADP 4BE1A 1S5LU 4FS2A 2QWLA 5DBCA 1WSGA 4NLZA 1S76D 3LP1A 2GELA 5KNIA 4O5FA 4CJQA 1OH6A 2E1EA 1VQLN 5AKXA 4FO0A 1ZQKA 2EH9A 3BGRA 4MLEA 1Q86O 5EVZA 4FK2A 3HILA 2E2PA 3NBPA 1N62A 1S9FA 3WK7A 4IXCA 3T1AA 5KG0A 2A1RA 1Q9XA 4CEZA 3V6JA 3KK3A 5EWGA 4H8KA 3M8SA 1SWWA 3E9OA 4FZYA 2Y9TA 2PMZC 4ILGB 4GXJA 3LK9A 1Z3EB 4ECVA 3NMUA 3RJFA 3H7IA 1B22A 1KN5A 4JMUA 3IKMA 5KI6A 3ZSXA 1JLEA 1FO4A 2GH1A 4JB3A 5J2NA 3VQ4A 5FPEA 1NJZA 2BGGA 4E1JA 1ZQEA 1ZQGA 1PUZA 4WCEL 4NJ8A 3AVAA 1HYSA 1X9WA 1NGBA 5AQZA 4RZRA 5BOLA 1SKWA 4FSVA 4M3TA 3IMXA 3IG5A 3C21A 1KD1O 3DOLA 1N32K 1GOAA 2BPCA 1IKVA 1PK3A 1Z05A 3CPEA 2W9BA 4FLXA 2UVVA 4PHDA 3BQ0A 1JLAA 3D2SA 2E88A 5D3GA 1KQQA 4KI6A 4C1NI 2NRVA 1RCHA 2LYAA 3HSCA 3NF9A 4MO5A 1PZNA 4XH5A 1L3TA 3T7ZA 4Z4GA 4I29A 3C6AA 4JK8A 4TQRA 3PLAA 8ICAA 4H03B 3VEWA 4J03A 3VOVA 2F8KA 4W5OA 4NYNA 3AA3A 3GZFA 4KN7A 1WLJA 3BUZB 5F3XB 4CBUA 5J1EA 1HNVA 3TKAA 5IIIA 4TUQA 1L3UA 4AILC 1BU6O 4BXOA 3BY5A 4YDUA 3O3GA 3CC2N 1HMVA 2W42A 2E6LA 2D6FC 3LM9A 9ICUA 3TU5A 4M3ZA 2PFUA 5ALPA 2XICA 4C7ZA 2ASMA 2BDUA 1EKEA 3ZX0A 2GO7A 2KHVA 5H1SQ 4MFCA 4K8ZA 2ZTCA 3AO2A 3VQQA 3SEIA 4DWIA 1U6ZA 2MUTB 3VEOA 2UVRA 4CGFA 5F1XA 4YR2A 4H0PA 4F92B 1ZQIA 3MMVA 2DFEA 1TFRA 2EDUA 2ZG6A 4IC9A 3CW2C 4OPKA 1OUQA 1MQ3A 4F4YA 4DV3K 4EIAA 1ZXOA 1UA1A 4PHTX 4DV6K 2OYQA 5E84A 1OH5A 3RB4A 1LWCA 3L8BA 3OTOK 4CFBA 3V72A 4I6MA 4WQ5A 3VQBA 1V9PA 1JXLA 3HPHA 1D5AA 1XNQK 4I2PA 4QOZB 2E4LA 3LPTA 9ICSA 4F4KA 3DRPA 5KFOA 4DL2A 2KICA 1HPMA 4JS4A 3TTCA 4NM2A 5JVGL 1NU0A 4K4IA 5JLHA 2ZTEA 4O3RA 4DTPA 3WNGA 1U9LA 3PW5A 3FYHA 5CHIA 3PMNA 1CI4A 4WJ3B 4R8UA 2D1KA 2HMIA 3M1YA 4A5BA 3PSIA 3TAQA 2D5RA 2JLEA 4B3SK 4B3OA 1V97A 2NRTA 1ZBFA 1NNLA 3SV3A 3HRGA 1REVA 3BS7A 3SZ2A 2CN1A 5KFWA 5EOZA 5JTIA 5ALXA 1V85A 4MLHA 2DGZA 3MX5A 3V9ZA 4GVEA 4JI8K 4JD2B 1YTUA 1S0OA 3PW0A 2ZWHA 4GY2B 8ICTA 5ALHA 3ATVA 2KHQA 1QQCA 5FP0A 5J0PA 3TQ1A 1IG9A 1SS6A 1K8KB 2KJ5A 1ZQRA 1RTHA 4F5QA 4GC7A 1C1BA 4DOCA 4NLBA 3KKAA 2ASJA 1SV0A 1EWRA 3AU6A 3CJ7A 4NXNK 1X9JA 2PYJA 1WSEA 4FW1A 4EFHA 4NY8A 5KPRA 3H3NO 4JEPA 4ECSA 3O4WA 1VLBA 5J8YC 4FWRA 4K25A 2A42A 2GWKA 4DU3A 2IOHA 8ICJA 3IFRA 2R18A 4P4MA 1YI2N 3UKUA 1J5EK 4AHVA 2UUCK 1Z4OA 1TK8A 2PKEA 2K8AA 3GILA 4CEBA 1SKRA 5FRMA 4DTRA 3PSPA 9ICIA 2IOCA 3NH0A 4NV0A 2YHAA 3EL2A 4DQ8A 4KHYA 1CXUA 2HHQA 2Y0SF 1HUXA 3V1OA 4BREA 2VCPA 4AQYK 3KLHA 3EUB2 4CF9A 3LANA 3THXB 3RJHA 4CI6A 4UAZA 1QHAA 3WXJA 4KB1A 2OCEA 3BQTA 4QJFB 3HPOA 3VA3A 3SUNA 4FVUA 4IQWA 3QBWA 3UB5A 4DQRA 3T1YK 2VWJA 4DS4A 5ALQA 5AK5A 3AVBA 2HNDA 1DXSA 4CJFA 3PX6A 1KVAA 3MGIA 2YJEA 3J81j 2PI5A 4DFPA 2P9LA 3AVJA 2WF8A 4I2DA 2YKNA 5KG2A 4N5SA 2JWLA 5F9NA 4DQIA 1W0HA 3ZETA 2HOEA 4PUOA 4QIWC 1D8LA 3ETLA 3ULEA 2QEXN 4DR6K 2W8LA 2ITMA 4IG0A 4EHUA 3G6EN 3RB6A 2C2RA 2O8FA 4HAIA 1TV6A 4PL8A 1OKJA 2VWBA 3J7ZO 4BRGA 4AH9A 3O0FA 1BNPA 3DYAA 5KFMA 4DQSA 4H5TA 3JPNA 2ZIUA 4OD0A 4MDBA 4DR5K 1R0AA 1IIPA 4H5WA 4FWNA 2FF6A 1DEJA 4OCZA 3OSNA 1Q3UA 3TFSA 2C22A 2G8FA 4WQ4C 2JWKA 1T94A 4NWIA 2BCSA 1XNSA 3D2FB 4XA5A 4DL4A 1Z26A 3JS6A 1TAMA 3SR6A 3NAEA 4PL2A 2FDRA 4I2IA 3QUQA 3RB0A 4ELUA 4M42A 3MGHA 2O8DA 2XRIA 1NKCA 3PSTA 1J54A 3J7AP 2GBZA 1X40A 5K14A 3ENOA 3M5RA 3U26A 4IR9A 4N76A 4B1YB 1RDAA 4AHRA 4KLHA 3KD1E 3C28A 1N6QA 4UAVA 5KFVA 5EU7A 5GIPA 1ZETA 1TVAA 4YOXA 1IBLK 4ELTA 1SZHA 3SQ0A 1JRPA 4I9QA 2RE2A 4G9BA 4J8FA 4JI3K 5KG7A 1U04A 1E4GT 4J9NA 8ICUA 2OA8A 2IAJA 1RPLA 1U45A 3THWB 1T8EA 1GLAG 4JI1K 2WB1C 4GFJA 1L7MA 1ZQDA 1O08A 1S97A 4FBUA 4JKHA 4JNEA 4BRMA 1TVRA 3E0FA 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1QQNA 5BR9A 3RF9A 3ZEUA 3F2CA 2AP1A 3B8AX 4LC9B 1KC8O 3MN5A 4FWMA 2E2QA 3S41A 3OBWA 3H3OB 4EHTA 3TSPA 3E66A 4JKGB 4QIWF 2NNWA 4NLCA 1T44A 3SMVA 4RWTA 2ZJQL 5C2FA 3PSFA 1GLFO 3CCEN 1NGDA 1PVPA 2HF4A 4BRCA 1QZ6A 2KKZA 3O9SA 4WFBL 4CZIA 1P7DA 1GLCG 4BRFA 3LDQA 2P9NA 3GL1A 5AQYA 5JICA 1NBWA 3G71N 5AQJA 4GNIA 4YOWA 3HBTA 2GOLA 5BPNA 5AQHA 3HM8A 5ADXH 2WB1F 5AZJA 4GV6A 2LKYA 1YJ9N 5KQDA 1P8ZA 4BQZA 2H3GX 3L6QA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CDG A;  2KV2 A;  2RHF A;  4QJF B;  1WUD A;  2DGZ A;  1D8B A;  2HBM A;  3SAH A;  3CYM A;  2MA1 A;  2E1F A;  2HBL A;  2RRD A;  2CPR A;  3SAG A;  4CGZ A;  1YT3 A;  2HBJ A;  4O3M A;  5C0Y A;  4QIW F;  1GO3 F;  3SAF A;  4NLB A;  4NLC A;  4OO1 J;  2E1E A;  2HBK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1PVP A;  3BJY A;  3PY8 A;  2HF4 A;  4BRC A;  4IQT A;  4UB5 A;  1QZ6 A;  2KKZ A;  1IBK K;  1L5U A;  3O9S A;  1HYV A;  4WFB L;  2I6X A;  4CZI A;  1P7D A;  3RMC A;  3GQC A;  1GLC G;  1F21 A;  1LAV A;  5AKY A;  4CF3 A;  4BRF A;  3L2V A;  3L5K A;  2KZM A;  3LDQ A;  4CFA A;  2I9G A;  1JLB A;  1K1Q A;  2P9N A;  3GL1 A;  2FLP A;  2W11 A;  5J2D A;  5AQY A;  3FAH A;  5JIC A;  1NBW A;  1S8O A;  3G71 N;  1EET A;  3VQP A;  3QO9 A;  4MFB A;  4KMU A;  1NK0 A;  5AQJ A;  4GNI A;  4CIG A;  1X1P A;  4YOW A;  2QK9 A;  4IR1 A;  1MSW D;  3NAS A;  3VQ7 A;  1BCM A;  4MHV A;  3ZD9 A;  3HBT A;  2GOL A;  1A5W A;  7ICE A;  4CJV A;  1PK1 A;  1NJX A;  1WNS A;  1S0V A;  3IRX A;  4LH5 A;  4DSK A;  5BPN A;  5AQH A;  3OY9 A;  3HM8 A;  5ADX H;  5J8Y A;  4CEE A;  2WB1 F;  5AZJ A;  4GV6 A;  4Q8E A;  1QQ5 A;  3ORY A;  2LKY A;  1YJ9 N;  1X9X A;  3NFA A;  2HW3 A;  3LPU A;  2O4I A;  5AK4 A;  5IIO A;  4CW7 B;  3KBB A;  4QZB A;  3NH2 A;  4RW8 A;  3TFR A;  1TGO A;  5KQD A;  4RQN A;  1P8Z A;  1TAQ A;  5TIS U;  3GV7 B;  3KLG A;  7ICM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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