4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
50100150200250300350400450020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
50100150200250300350400450400300200100
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H2 (275-277)EMPTYTVIII3 (268-271)S3 (250-257)TI11 (243-246)TI1 (131-134)TI12 (246-249)S2 (234-242)TI2 (132-135)AH2 (219-230)TVIII1 (136-139)TVIII2 (144-147)TI4 (164-167)TI5 (172-175)TIV4 (270-273)TI14 (271-274)AH1 (183-189)S4 (262-266)TI6 (193-196)TI13 (258-261)TI10 (208-211)TI9 (207-210)S1 (213-216)TIV3 (267-270)TIV2 (266-269)S5 (287-290)AH3 (278-282)TIV6 (290-293)AH4 (295-304)TIV7 (308-311)AH5 (314-321)AH6 (328-335)AH7 (356-383)TI16 (348-351)TIV8 (344-347)TIV9 (351-354)TI17 (404-407)TIV10 (403-406)TVIII6 (408-411)S8 (415-416)TIV11 (412-415)TVIII8 (417-420)AH9 (424-432)AH10 (438-454)TIV12 (435-438)AH11 (460-463)AH12 (466-475)TI3 (133-136)3H1 (162-164)S6 (311-313)AH8 (385-398)TIV1 (155-158)TVIII5 (323-326)S7 (400-401)TVIII9 (421-424)TI18 (454-457)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex component RRP45
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
4CDGA 4QIWF 1D8BA 2KV2A 2RHFA 2MA1A 2HBKA 2DGZA 3SAFA 3SAGA 3SAHA 2E1FA 4CGZA 4NLCA 1WUDA 4QJFB 1YT3A 2HBLA 2HBMA 4NLBA 3CYMA 2RRDA 4OO1J 2CPRA 2HBJA 4O3MA 1GO3F 5C0YA 2E1EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PFPA 3C28A 1KCFA 2YN4A 5J2DA 1SL1A 3RMAA 1ZQZA 5EE0A 1L5UA 9ICHA 2K60A 3SQ2A 2Q0ZX 5DGBA 2GTDA 3VF6A 2F1HA 5J2GA 2H3QA 2QARA 4BVPA 4DTUA 1XU4A 5IWAK 5KFAA 9ICLA 4FJMA 5EE3A 2FSJA 3T5JA 3FLCO 1M6YA 1J5EK 2V4QA 2E3TA 3ED5A 4J9KA 1OH5A 2ISOA 3Q8QB 4DL4A 3RJIA 1XHXA 4RW6A 4Y1DA 4QNLA 4KLTA 3CYMA 3R9PA 4DFPA 3IHQB 1T44A 3W0LA 2E1YA 8ICLA 2IOFA 3GE1A 3O0FA 3TTCA 3QEIA 4LVSA 1BGXT 3IV6A 1NBWA 2HNZA 4EEKA 5BN9A 4AHCA 1M1KO 1YZ7A 2JZBA 9ICWA 3O6WA 1X42A 4KH5A 4HCCA 4ECQA 2XY8A 7ICOA 3FYHA 1Q8KA 1O08A 2ZUBA 1L3SA 2FSKA 5CEHA 2RF2A 1X6IA 1VQKN 2O8CA 4DL2A 4U7BA 4M3XA 3QEVA 5ALGA 2P9IA 4Z6DA 2VA3A 8ICQA 4DV5K 1VSDA 4OGCA 3SENA 4B9NA 5KFTA 4HYKA 4M47A 4R64A 4M45A 1JCEA 1MWMA 1A5XA 1HJRA 2YNGA 2NRZA 2VG5A 2FPLA 1NK8A 4BR7A 5LY3A 3UIQA 2BTFA 3E9PA 3N4QA 3HM8A 3QXGA 3AVIA 1A5VA 5ALVA 2W41A 4YFUA 5J0WA 3F73A 5AIAA 5ALEA 4FJHA 4KTWA 4ECYA 3OYFA 3H8MA 4RQ1A 3TKAA 5J8YC 2X78A 4Z0UA 2NRRA 2ZIVA 8ICWA 1PVPA 3F9MA 4HWIA 1BPXA 3G25A 3K9JA 3RH6A 4GV9A 4MO5A 4F93B 5KFEA 3F2DA 2RHKA 4GV3A 3GIIA 1DTQA 4XEIA 4FJ7A 3HT3A 4JB3A 1KTQA 2LI6A 1HMVA 3G0ZA 3RF9A 5J2PA 2HVHA 2JMGA 5AM1A 1XSPA 5J2CA 4WJ3B 4B3SK 1A6SA 5ALZA 3A5MC 4CE9A 3S3MA 3HL8A 2ESEA 3V9WA 3CXCM 1KC8O 4X66K 3HW8A 1N36K 2EHGA 2EQYA 5AKEA 1UWBA 2RKIA 1YIJN 4QWDA 3KD1E 1TYQB 2NRTA 3L4PA 3HX0A 3PX4A 2QB1A 5KT5A 3CRXA 1V4SA 4NLCA 3OJSA 2Y1IA 5E79U 2I7PA 4JK8A 2ODGA 4CEAA 4HUEA 2WF5A 3R9KA 1SZHA 3ZD9A 5BOMA 1KRPA 3RJFA 4M41A 3U4LA 2GWSA 2MSNA 2XY6A 3VCBA 4I2BA 4EYIB 4HUGA 1N61A 4HVJA 4Z4CA 4Z4HA 4I2QA 1SKWA 1RXWA 1ZRMA 1TAMA 2KVCA 5CR4A 3MXMA 4FBUA 4JKAA 4O5EA 5AQTA 1ATRA 3K5MA 4DHYA 5DB8A 3M6ZA 4NV0A 2MUTB 4UB4A 2QKKA 1NGCA 2FF3B 3BP8A 3GDQA 5J2EA 3EEQA 3SBGA 1S76D 7ICLA 3T19A 4I9QA 4MF2A 2V9WA 2M0NA 4BR9A 4QZHA 1Z4NA 1OUQA 5CYQA 1J54A 3VQBA 2BQRA 1HNIA 2D4WA 4G1QA 4KB0A 7ICRA 3OPXA 4YR0A 7ICTA 4CJWA 4NXNK 1X9XA 2DKXA 3BQ7A 3LWLA 4GVMA 5KG7A 1VJ5A 3LK9A 3G10A 5J0SA 1JUDA 2V7ZA 5HHIA 4KHWA 3LALA 1BO5O 3M8RA 4O3NA 1QS4A 4F91B 2W42A 3D2NA 5KFQA 2K4EA 4FSVA 1RILA 3CCRN 3PY8A 3KHLA 3PO5A 1X9WA 3OS1A 2ITGA 3KBBA 2EX3A 2HHUA 2LPEA 2QXLA 2VG7A 3ITHA 4CGGA 3SEIA 3UKUA 4CJVA 5JU5A 1Z1VA 1RDWX 4KB1A 3AAPA 5DKWA 2AHOB 4YOVA 1ZQDA 3TR8A 5AQLA 5F2RA 1ASWA 1KBUA 3KOOA 4OCZA 5AQOA 2QB0B 4CGIA 3DLRA 3DOKA 2X6SA 1RDDA 4YY3K 1ZQYA 2UU9K 3CC4N 2VKQA 5ALDA 1SXEA 2FLNA 3NF9A 3OYAA 1JIHA 3CM6A 5AKXA 1RZTA 2X74A 5KFKA 1Z4OA 5J0RA 3Q8SB 4I27A 5GADP 2KP7A 5AZJB 3IG5A 1DTTA 4RNMA 3KD3A 4RZRA 3CCMN 2NUBA 1X6JA 4LD0A 1H38A 3AL0B 4H5RA 4CD1A 2YMQA 7ICEA 2NNWA 4DR4K 4E7KA 3JXUA 2V7YA 4JRPA 4Z4IA 2QXFA 2P5OA 4MO4A 1TV9A 5B5EU 5KTQA 1ZQQA 4Q5VA 2C2EA 5C25A 2HMIA 4EBDA 1IBLK 3OA9A 1WSGA 2YJFA 5KG5A 2R7YA 1RPLA 2FSNA 3HILA 3E58A 3MK6A 1ED1A 3VGLA 4EP4A 4KO0A 3VEWA 4N76A 2FDRA 3HXMA 3RSEA 2Q3SA 5AK4A 1SWVA 3H7IA 5KT2A 4RQNA 2ZQBA 5LJVA 3NDKA 2DY4A 1TL3A 5J0OA 5AK6A 4FW1A 4LSNA 1QH9A 5M1OA 3LP0A 2ZG6A 5AQHA 2J6SA 4KN4A 1XO0A 2QI2A 2W3SA 4FZNA 2IAJA 2WB1F 3B6OA 3QMLA 2D0AA 8ICPA 4FK2A 1FEZA 4KLGA 4FLYA 3H1VX 2KKVA 4M9NA 4CERA 5IT9O 2P1JA 4ED7A 1NJZA 4BRGA 4RPZA 2BPFA 2WF7A 3HSTB 1SV0C 3TFSA 2A1AA 2EZZA 1S3XA 1VSKA 4AP9A 4OJ5A 1HEKA 4CESA 2Z7JA 4LF5K 3SAHA 3LP2A 3VQDA 4GLXA 4JV0A 2UYTA 1BPDA 1D9FA 2WOMA 4AHRA 4K8XA 2LKYA 3R8EA 2ZJPL 2ZIWB 3C6HA 3NHGA 5IIMA 4X5VA 3HBTA 3OYDA 3PW7A 4OPHA 5AHXA 1C7YA 3NE6A 3PSPA 3TADC 3WXKA 4ELVA 1BI4A 1FK9A 1T8EA 4A57A 3OS2A 2RQ5A 3SI8A 2FBVA 1WNSA 1JLEA 3U8XA 4DSEA 2A19A 3L0QA 4B1YB 1QQNA 3ZCMA 2HMPA 3PLAA 4RPXA 1JX4A 2KJ5A 2YX6A 3MN6A 4B1WB 8ICEA 4UQGA 1ESVA 3GBTA 4KHUA 1HJOA 3GL1A 3N4MB 1Q8IA 3OYHA 3LDAA 3DRPA 4BC2A 4QZBA 1YF5L 4GXJA 5J2KA 3EPIA 9ICKA 1R59O 2ASOA 4JK9A 3CNHA 3RSEB 1NZBA 1J53A 1RDFA 2O6KA 1S97A 4O3PA 2Y1JA 1Y88A 3ZSWA 3V7KA 2ZWHA 4QIWC 4ECXA 3P39A 5GTIU 4H0PA 2GV9A 1PUZA 4KMOB 4RWTA 8ICAA 1XUPO 2YV0X 9ICAA 4BXOA 1HLUA 4FK4A 1KEJA 4DR5K 4QS7A 4PKIA 3EE9A 2JH7A 2ZE2A 4CEZA 2ZIUB 2DL0A 3NF6A 4CEOA 3ZDEA 4H0YB 3U9DA 4PGYA 4P2HA 3M5RA 2YNFA 4CVNE 5AQKA 1HNXK 4CZMA 4I2AA 2F44A 3L3FX 1MC8A 5IIIA 4RQ6A 3MFHA 2OA8A 4KLJA 1HNVA 4BRHA 3N28A 1ZD3A 2BE2A 1NGGA 2W9BA 2JH1A 3FZKA 1VSLA 1MWKA 4FLVA 5DLGA 4NCGA 2O8DA 1VSMA 3SQ0A 3QIOA 3DV9A 3BQ0A 1IIPA 3WU2U 2BDUA 2ETJA 3QDKA 1J9AA 3VGMA 5IIJA 4DCCA 3OYMA 4F4KA 3QX7A 2B6AA 4G9ZA 4ILGB 1RBRA 1T3VA 4M63C 2ZF5O 4YDUA 1SL0A 3BJYA 3O3FA 4IKFA 1JLQA 4XRHA 5BPMA 4GXKA 5HRNA 3IKMA 4Y0WA 3DDHA 4WE1A 3TABA 2JEGA 4CDGA 1BCOA 2A6AA 3C1ZA 1U9LA 3LAMA 4CBUA 1HKGA 5DBBA 3JYTA 3QUTA 5EWFA 4YR3A 4DS4A 1QQMA 8ICSA 5D3GA 3NVZA 1TKTA 3DOLA 3ZSZA 5EU7A 3OHRA 4Y2SA 4H0TB 1BIUA 3DXKA 5FRNA 4N5SA 1RXVA 1NG9A 1V38A 2BZFA 3ULEA 1G99A 2LHTA 5AQSA 4QW9A 1JLAA 2IVOA 2PXIA 1NKCA 4QZIA 1QQ5A 4G9BA 3U26A 1WN7A 3E1YA 4F5QA 1JLGA 4QW8A 3UPQA 2M9NA 3C29A 3H40A 2C28A 4CJSA 1IM4A 2PMZF 1TL1A 3IMXA 3I0RA 2W7OA 1PZNA 2H5XA 4IJNA 5J1EA 1E3MA 3O4QA 4TUPA 1QVFM 5KFZA 4B1VA 4R79A 1Q18A 4BDZA 3T1YK 1W2BM 2BPGA 3OYNA 3TWHA 2VGNA 4AHTA 1J6ZA 1G15A 3H46O 1NM1A 1HPZA 1N56A 4F5PA 1CRXA 4I29A 3CM5A 3HPGA 4FS2A 4AHUA 3WKCA 3B6PA 4ICAA 2B6GA 4XH1A 3V7LA 1WSIA 3C7NB 1E4FT 3V6HA 3MC1A 3WKBA 4IRCA 1ZXIA 1HQEA 2A42A 4H4MA 5FPMA 4CJ3A 4WFAL 5DG8A 4H4OA 1JLCA 2G07A 7ICVA 4FVUA 1GOCA 3C6UA 4LH5A 3ENHA 1RFQA 3VEOA 4J2BA 3G4SN 5K14A 3KHGA 1BPEA 3KTQA 3AO5A 3ZDAA 4CECA 4W5RA 5BOLA 3S3NA 3LDQA 5T7BA 3KLEA 4IFEA 2E6LA 4GW6A 2EAPA 5KFNA 5KFOA 5KG1A 3PSIA 4N47A 1EXNA 1TKXA 3H8SA 5AI8A 1BQMA 2GUIA 3MEGA 5FPNA 3SUQA 3NAEA 2LM1A 3RH5A 3AVNA 1LOTB 3EKSA 4CF1A 1L7NA 5ADXH 3RBDA 3AVKA 3QFUA 3KK1A 4CFCA 5C12A 2AXTU 4H5WA 2MAXA 2E1EA 1RTIA 7ICMA 3PUFA 5AQRA 3TACB 2I6XA 3E9OA 4GIBA 3ICXA 3UXOA 1MSWD 5CR0A 2FBXA 1I39A 2P9LB 1N8RO 2KE7A 2O8FB 5AI0A 4ISEA 9ICVA 1EP4A 2EZYA 5J0QA 1S6QA 3V6KA 2XGPA 4ECUA 3R6MA 4RQ8A 2WC9A 5J2FA 3J8AA 5AKYA 2LMRA 1Q81O 5AM5A 4J9QA 8ICHA 3DLLL 4I2FA 4DU3A 2A1JB 4RQ0A 4JEPA 5J2MA 4BWMA 1SWWA 5KRTA 4OPJA 4LJXA 4B1XB 5KG0A 2W9AA 4YP3A 3CCUN 4BRPA 7ICKA 5JLFA 4Y2YA 1PVQA 1JL2A 2A1RA 3L8BA 3QEAZ 3CETA 5AK5A 1WWUA 5DB7A 3THXB 3CD6N 2KZ3A 4LZDA 4Y2TA 4JAXA 3L4QA 4CGDA 1XHZA 9ICIA 3CFOA 4BE0A 3SLCA 3CMEN 3AVHA 4GV6A 5T14A 2VWJA 4UW9A 4QZAA 2B0CA 3FC4A 2D8CA 5BREA 3DEEA 1N62A 4GC6A 3RJGA 2EWSA 1XWLA 2BCQA 4YVZA 3VQCA 3SI6A 1C0FA 5KT7A 1RCHA 5DQIA 4B9VA 3IFRA 2PY5A 5CA7A 4H5NA 4UAVA 2PFQA 3ATUA 1K5OA 4DOCA 5J2NA 1RT5A 1ZBFA 4PY5A 4USAA 2FJ6A 1HQUA 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2OTLN 3ZETA 4P0PB 2NRXA 3EO3A 4M7XA 1YITN 3K1ZA 1HIWA 5EY4A 1SS6A 2G5HB 4PL8A 5KQ8A 3VENA 4IO8A 3QICA 3D2SA 3IG8A 2Q36A 3UKRB 3MGVA 4C23A 5ADXA 2Q97A 5AQXA 1P7DA 1ATSA 1ZBSA 2OM6A 2Q4TA 3QBXA 3C7NA 4A2BA 1VAZA 4CGZA 2ASPA 1EQYA 1GLBG 3AGKA 3H45C 4FWOA 2OTJN 2N1RA 3NUQA 2JGAA 4KX5A 4OJ6A 3VESA 3A5NC 3O5BA 1HUXA 1OVYA 2FXUA 3WXIA 5AQWA 1VQNN 3ZETB 1SZ2A 1ZXOA 4YDUC 4CZGA 5GAHP 2QWPA 4JD2B 3NRWA 3HOTA 2NRWA 1WOQA 2P9LA 4JMUA 2HSTA 5EXWA 4Z94A 2LBOA 4FPAA 5A0LA 4JKDA 1YJWN 2KICA 4PKGA 1ZQ1C 2GWJA 5AQUA 1YVNA 4EIAA 4FOEA 3TPQA 4QS8A 1SQKA 1NGIA 4B1UB 2NZTA 3G6EN 2XICA 3Q7BA 3ONNA 3H0LB 3DAWA 4OJPA 2VJ5A 5GIOA 4YOTA 4A61A 2QWOA 1T94A 4BUGA 4BC4A 5AQNA 3LDNA 3CIPA 3FE1A 3CPEA 2CGJA 3RFAA 1XNSA 5AFUH 4K43A 2DGZA 3TSQA 2RE2A 2ZJQL 2CGLA 2WFBA 5CE3A 4C0ZA 4KH6A 4YOXA 2A40A 3MWPA 2P9PB 3CPWM 1K8KB 1GLLO 4A62A 5AZIA 1HPMA 5B8HA 2KJ9A 5M1FA 1Y64A 4JKBA 3LL3A 4A8EA 1M90O 1IJJA 3K9KA 3KWGA 2KNJA 3M6GA 2P9KB 2K8BB 3EKUA 5HL7L 3FZMA 2VGMA 3SJHA 1MA9B 5EOYA 1MDUB 4CZJA 3F5TA 3H3OB 4IEEA 3ALRA 4AF1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CDG A;  4QIW F;  1D8B A;  2KV2 A;  2RHF A;  2MA1 A;  2HBK A;  2DGZ A;  3SAF A;  3SAG A;  3SAH A;  2E1F A;  4CGZ A;  4NLC A;  1WUD A;  4QJF B;  1YT3 A;  2HBL A;  2HBM A;  4NLB A;  3CYM A;  2RRD A;  4OO1 J;  2CPR A;  2HBJ A;  4O3M A;  1GO3 F;  5C0Y A;  2E1E A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4O3M A;  5EVZ A;  3HM9 A;  3VPZ A;  2Q2R A;  4PWD A;  1ARO P;  4WQ5 C;  3AVF A;  2E2P A;  3K5O A;  4JKG B;  4CF0 A;  3BS5 B;  2BGW A;  5KFM A;  4FWN A;  2F1J A;  3RR7 A;  4BRF A;  5JLH A;  4ED0 A;  2B21 A;  1KKX A;  1IKV A;  2FLO A;  4CEQ A;  1W9H A;  1TVR A;  4ICL A;  1BCM A;  4YQW A;  2UVR A;  1XNQ K;  2QEX N;  4JHD A;  1BQN A;  4K25 A;  5IIL A;  2KLA A;  4FCY A;  3D6R A;  3E2E A;  1ZQW A;  1ZYQ A;  3O1B A;  2KIW A;  4RQ3 A;  4FWK A;  4B3O A;  3HP6 A;  4CHZ A;  3MR3 A;  3NMU A;  3V1R A;  2FC0 A;  4FK0 A;  3NVV A;  1O13 A;  2YCH A;  5KFW A;  4KRE A;  2E5L K;  2DTU A;  1ECW A;  2E2N A;  4DFJ A;  3M8P A;  2MRL A;  3WEE B;  4XH4 A;  4JI7 K;  1NJY A;  3CHW A;  2IIR A;  5DK5 A;  5TKW A;  5KPR A;  4CZH A;  5GIN A;  2HHV A;  1JI7 A;  4US8 A;  4F4Y A;  4IQV A;  5F9N A;  5DM6 L;  3RJE A;  4PL2 A;  4N56 A;  4FZZ A;  1ASU A;  4RT2 A;  5KGW A;  3UMC A;  1OW5 A;  4ECS A;  5HML A;  4NL9 C;  4YHH K;  3ZT1 A;  1AQ6 A;  4CGF A;  1B22 A;  3ENO A;  4FWS A;  1KQS M;  5TZV A;  1RT7 A;  3A0I X;  4H03 B;  1E4G T; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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