4OO1J

Structure of an rrp6-rna exosome complex bound to poly(a) rna
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
501
structure length
493
Chain Sequence
MVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVNLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna
molecule keywords Exosome complex component RRP45
publication title Structure of an Rrp6-RNA exosome complex bound to poly(A) RNA.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 117
structure length 493
sequence length 501
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
J PF00570 HRDC HRDC domain
J PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4oo1J02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4oo1J01
2HBMA 3CYMA 4CDGA 2HBLA 4OO1J 2RRDA 2E1FA 2MA1A 2KV2A 4NLCA 4NLBA 1WUDA 3SAFA 2HBJA 2RHFA 3SAGA 4QJFB 5C0YA 2CPRA 4O3MA 4QIWF 1YT3A 4CGZA 1D8BA 2DGZA 2E1EA 2HBKA 1GO3F 3SAHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BI4B 4KO0A 4HUGA 1Q86O 1JLFA 1C1AA 4GY2B 1EP4A 3TARA 1YVUA 2ZIUB 2Y0SF 1A5VA 3EKSA 1ZBUA 1ZQSA 5AQFA 4CF0A 2NV3A 1ATNA 3P83D 1Z25A 3L2VA 5JMVA 3K5MA 1Y88A 2KHQA 4F8RA 3SUQA 1VQPN 4L8RB 4OLBA 5F9NA 3JS6A 3SD7A 2F44A 1OKJA 1WSHA 4LD0A 5DGBA 4RT2A 3TPQA 1IBLK 4FWNA 4GFJA 2D0PA 4OPJA 3NGZA 3VTIA 3AU6A 3P4IA 2ASMA 5J2NA 3DRPA 4CGHA 1J5OA 3EPIA 1JLAA 2MAXA 3VETA 3SQ4A 2EHGA 3RRGA 4EBEA 2C2DA 1UT8A 4EBCA 3UMGA 1QQMA 3HX0A 3DLKA 4I7FA 2OTJN 4FZYA 1ZOLA 2GUIA 2DBYA 4RQ1A 1MC8A 1DEJA 3MXJA 1SV5A 4RPXA 4DL3A 1ASVA 3LP2A 1LWCA 2BGWA 1VAZA 4ED8A 5C15A 3AGRA 5L1LA 1QSLA 4DR6K 4ZHRA 3R1XA 4IOCL 1FJGK 1OVQA 3I55N 3ZDAA 3KLGA 2X74A 3VN5A 2V7YA 1Q7YO 2YJEA 3FLCO 3HPGA 9ICQA 1U45A 4PUOA 2D0BA 3N4QA 1SIJA 2X78A 2XVTA 1Z26A 2YNHA 1ZRMA 3KD1E 4KB1A 1BCMA 3HSCA 4KBOA 3VEXA 5AZIA 4CHYA 3M1FA 4XH4A 5IILA 3D2QA 5ALOA 2HHWA 3EO3A 1QVGM 3M6GA 3Q7CA 3ZETA 5HHHA 2ITGA 1COOA 3KHYA 3R8EA 4O55A 2YB4A 5J0UA 3KKAA 5B5EU 5AIBA 3BQTA 1WAJA 4KLEA 3KHRA 4Z6EA 4CEEA 4FK4A 3LPUA 2N1RA 2P9PA 2B5JA 4CIEA 3H46O 5M1NA 3RBDA 4KH5A 4LH4A 3QBWA 4OKEA 5GAHP 5AKYA 4CF5A 1GOBA 1BUPA 3B6OA 4WQ5C 4QWBA 5DGAA 1JLBA 3THXA 3T1YK 1RBVA 2RE2A 5KFOA 3RFAA 3Q8SB 4ED7A 3PY8A 3ZSVA 5AQQA 4B9NA 3O3GA 3TSPA 4JI1K 2P9KA 3BQ7A 4RW9A 3PIPL 4E7JA 1JALA 2BCRA 4HYKA 1F21A 2P9LB 3I56N 2CH6A 3OYEA 1SV0A 4CDGA 4DO9A 2B6GA 1ZQRA 3OYCA 4AF1A 3AA2A 3SUOA 3FAHA 4H5RA 1QH9A 5KG4A 3TAGA 3VMFB 1U49A 4DG1A 4IBNA 3AQEA 4BDPA 3FGUA 3BQ2A 2G8WA 1KD1O 2PY5A 1LCUA 3MX2A 3NVWA 4M45A 4BRCA 9ICGA 1IH7A 4FPAA 4KH4A 5BR8K 1K8KB 2NLXA 2L5YA 4Y2TA 3C28A 3RB3A 5KT7A 1ZD4A 3CJ1A 3L3UA 3EWAA 2F7TA 3DOKA 5KFJA 2UVRA 3RAXA 1N60A 1L3SA 8ICFA 3PW5A 3HKZF 2O4GA 1ZQWA 3NTUA 2IVNA 1J5EK 1QCKA 3DXKA 4CF3A 4EENA 3NUQA 3ETRA 5CR0A 2AQ0A 4NXZA 3JPRA 5IWAK 2AXTU 1Z19A 3CPWM 5ALYA 1NI3A 3H8SA 5CWRA 5TKWA 4QZAA 1IV0A 2ZXHA 3QNNA 2W8LA 3VQAA 4YD1A 4DSIA 2DQNB 1Q3VA 4UASA 5KFNA 2BQRA 1ZBFA 2P35A 4ELUA 8ICGA 4UB5A 3MEGA 3OJSA 1N34K 4JI8K 1TVAA 2D4WA 4KFBA 2B6AA 5CZ1A 4O5CA 2NO4A 2JLEA 5KL1B 1BG3A 4KTZA 4DTXA 2HBMA 1EWQA 5DLFA 1JMSA 1W2BM 2GLEA 1UQVA 1NLVA 4I2PA 3KK1A 4JRQA 3IM1A 2Y9UA 2OPSA 2UYTA 4JLHA 1C0GA 2FC0A 2JEGA 4N5SA 5JLHA 2W55A 2D0AA 1F44A 2KZMA 1U9LA 3GDQA 4UB4A 4KPYA 4FK2A 2IBKA 5KQ8A 5KFAA 1Y97A 1URJA 5ALIA 8ICCA 1ZD5A 4FZLA 4N56A 3T1HK 1T44A 4IOAL 2QM1A 4M3WA 3J80O 2B4JA 1YAGA 2C2RA 1RQNA 2CGLA 4NCBA 3GBTA 5EX5A 1VQMN 5EE0A 3L4PA 2KOBA 2W9CB 4BRNA 1MDUB 2W04A 5KG1A 4MFFA 3M8PA 2EQYA 3MN7A 1HYZA 2BPGA 2IC3A 4EEYA 4I2IA 1ILYA 4FWLA 3QUQA 3OVNA 3HI0A 1X9JA 4YHHK 5AK5A 4DUZK 3ZDDA 1YVNA 5DG9A 3SYZA 4NLBA 4X5VA 3WXMB 2NNWA 1QQ6A 1NNLA 4RPYA 2HOIA 4KAZA 2K8BB 4XIUA 4C4RA 2VQEK 1VSEA 4PHPA 1I39A 3T3FA 1KTQA 3VEVA 2VCPA 4P0PB 4Y1CA 2VIXA 1AQ6A 4O3OA 2VA3A 2Q36A 3EUB2 3M8RA 3DLGA 2V52B 4H0XB 2Z1HA 4LC9B 1J9AA 1RDCA 3SMVA 3H7IA 3VF2A 4JI7K 5H1SQ 3J7ZO 4YD2A 3IFRA 5CYQA 5HMLA 4IEIA 2FSKA 1LKYA 3AO4A 5J0PA 4WF9L 4KI4A 3PV8A 5KFTA 2R8IA 1RT2A 3VQ8A 2LKYA 3IS9A 9ICKA 4JAXA 3QEIA 1IKVA 4DQ8A 1BGXT 3V9WA 1RBUA 5AKEA 4B1YB 4FJLA 4F2RA 2VQFK 5KPZA 1TGOA 1I3AA 1D8YA 1YITN 3KBBA 4M6WB 1S9FA 4BC5A 5KFCA 1DK3A 7ICLA 1RBTA 2Q31A 4LH5A 4LFCK 4JK9A 1S22A 3RB6A 1MSWD 5F3XB 2GWKA 1ZQYA 5AKKA 2EAPA 2WB1F 4UW9A 1ZQHA 2G08A 1J97A 1YIJN 1NK0A 1WOQA 4CFDA 3UIQA 4KLGA 3FZFA 3FFIA 1BPZA 2X6NA 2YHXA 4FWRA 2E4LA 4TUQA 2ASOA 1HYVA 2O8FA 1ASWA 1WUDA 1WSFA 5AQYA 3A0IX 2KEYA 3VCBA 4ECQA 3O9TA 3QB0A 2P5GA 4W5NA 5GTHU 4BE1A 5IT9O 4WQ5A 1L7PA 4C4TA 3GL1A 3DEEA 2HHUA 3D45A 5ALKA 5TKYA 5J2EA 4CZLA 2ODGA 3DV9A 5HMMA 4CHOA 2RDIA 3OPXA 1ZBSA 3UKUB 2DKXA 3MXIA 5JVHL 3LPTA 4JMUA 1VSHA 3C2MA 2HMPA 4QZEA 4KLSA 2IIRA 5LMNK 3A5OC 4QOZB 2W8KA 1BHLA 1BPDA 3UXOA 4C80A 3H6EA 4ECRA 2HOFA 3THYB 5ALWA 4YCXA 4I2EA 2GX9A 3ULEB 4QNLA 2OH2A 4K4IA 4O3SA 4HVJA 3CCRN 7ICRA 3U6FA 2KZZA 1CXQA 1D9DA 3VQ9A 2EZZA 4G1QA 5TZVA 3PX6A 3S6JA 4DF4A 1XSNA 4UAWA 4DSJA 2YNGA 5CY4A 3V9XA 3PR5B 4CEDA 2OZSA 3L2RA 5ALXA 4M3YA 2BGGA 3H4DA 3QEVA 1NJXA 2DGZA 4WJ3B 2CGJA 3SJHA 3SZ2A 3WKBA 4IR9A 3ED5A 4H5VA 2XI9A 4A62A 2W7PA 1NGCA 4AILC 3QU9A 1C0FA 5GINA 2NRZA 4V19S 3QBXA 3THXB 3RMBA 4DEZA 1CUKA 4DLEA 3CQXA 3ID6A 4Y2XA 2GTDA 5KT4A 1X9XA 1HIWA 4C1NK 3H45C 4JD2B 2FPMA 4YN4A 3L4QA 3OYFA 1LAVA 3ATUA 4CVNE 1S0MA 3LP1A 3NMUA 3U3YA 2KIVA 1NGAA 4CF8A 1B92A 2NYVA 4R63A 3O0FA 1D4XA 2HHTA 3FYHA 5H2FU 4B3SK 2HHVA 4M3ZA 4U67L 1HQEA 1O03A 3AVHA 1JXBA 2XCPA 3G10A 1N5YA 5ALMA 1VQON 1F5SA 2WBNA 2W54A 2EX3A 5J29A 4WCEL 2QA4N 4HTUA 5CJ7A 2HNYA 3VOVA 4KHWA 4HHTA 2ZJAA 4LJXA 4PJ0U 1TAMA 2A1AA 1S72N 5AQOA 4DTOA 5EE9A 5AM5A 4R65A 2D5RA 4FJMA 2FBXA 2FDRA 4H0VB 3LDQA 1SKSA 5BPMA 2XY6A 3CD6N 4FWKA 5AKIA 3IG8A 5JTIA 3EL2A 4LVSA 4O5FA 4MDBA 5K14A 4YFUA 5CB1A 1J2NA 3JPPA 3RJKA 1WNSA 7ICPA 4MLEA 5AQIA 2KFNA 2FF3B 3B0YA 4ECYA 4CGZA 2KZ3A 4C8NA 3VF4A 1N2XA 4MLHA 1KL9A 5ALQA 1IXRA 4KLJA 4M3XA 4GKJK 1NKCA 5J8YC 5IIKA 4MFCA 2F96A 3E66A 2P9NA 3K1RB 3L4IA 3TAMA 1JJ2M 3ZSRA 2B0CA 4A8EA 4P4PA 3TAFA 3F9MA 4JWNA 7ICHA 3FZLA 2WUSA 4KX3A 2BHNA 5J2HA 4ED1A 4JK7A 1JROA 1T03A 3AAQA 3VQEA 3ALYA 3HK2A 2KV2A 1QVFM 4I2DA 4RUAA 3CMAN 1MU2A 2YV0X 5A2QO 2K4EA 3U26A 4OPHA 4F4XA 3F2BA 2ZD1A 3E9LA 4PL8A 2QWOA 3CJ9A 3PO4A 2XY5A 1SAZA 3PUFA 3DWLA 4IEEA 3ZX0A 2BPFA 2KKVA 3D2EB 3R6MA 3SPYA 1TK5A 4Y2YA 8ICMA 3Q8PB 2JXJA 5CP2A 4NLZA 1HPZA 5AQGA 5BPCA 3AVBA 2QLTA 2WONA 1M1KO 5BN9A 3KKRA 3QEPA 3TABA 2IGIA 3VQ6A 3R9KA 1WBDA 1VJ5A 5JLFA 4ICAA 2IHNA 4DTNA 3TAPA 5EU7A 1ZXOA 3DXMA 5ELZA 2RHFA 4O5KA 2UVWA 3CJCA 3NASA 1DK2A 4DMNA 3JYTA 4B6JA 3IDWA 5JS2A 2QB0A 3WK6A 3VQCA 4TSXA 3NH1A 5J2PA 2PFPA 1T7PA 4KHSA 4DTPA 4TQSA 1NOYA 3DLBA 4F5QA 4B8CA 2KE7A 4L3QA 1GO3F 5ALEA 4ECTA 4B1ZA 1OH6A 4I2BA 3ZSXA 4LZDA 3CHWA 2YJFA 4IKFA 4BE0A 3HM8A 1N5WA 1IBKK 5ALPA 2Q97A 2GWJA 2J4RA 2E2PA 3WEEA 4KHPK 1VHXA 4FJJA 4WFNL 4UAVA 5KFLA 3WK4A 1U4BA 3C1ZA 4B9UA 3HL8A 3KWGA 4K25A 4WFBL 1SGGA 4QZCA 1NJWA 4J9KA 4BXOA 7ICGA 4DL2A 2O6KA 4QZBA 2BANA 1YT3A 3QUBA 4IO8A 5EY4A 4CZHA 4BE2A 8ICPA 3E01A 4JKGA 3MGVA 3KWIA 1S6PA 4O8KA 1ZQVA 8ICKA 4YORA 2JV3A 1ZXIA 4CF9A 2W3SA 4U7BA 5DQIA 2P9IA 3O6WA 2Y9TA 4KMUA 3GFKB 3F73A 2FLNA 3WQUA 3OYAA 3L2UA 2XHBA 3MCPA 1UPHA 3T79A 2AGPA 1QHAA 3HSTB 4Q8FA 1S3XA 4JN4A 2X6SA 1BPXA 3QEWA 2XGQA 4DQRA 5ADXA 2W9BB 4JV0A 3MDQA 1X40A 4IOXA 1C1BA 4UAUA 2VJ4A 8ICRA 4FLUA 1A0PA 4DFPA 2YMPA 2GUPA 1L6NA 1RT4A 5KFXA 1RT3A 3ISNC 4R66A 4JYAK 3CF5L 3AV9A 5AQXA 4CE9A 1ZQKA 3SK3A 4XUSA 3P1GA 2O8FB 4BACA 3EEQA 2A6AA 2O8DB 2YI1A 5F1XA 4EX6A 2UXDK 1LAWA 4KB0A 3TANA 4M47A 1ATSA 3LP0A 4X62K 4Y2SA 1B9FA 5F0XA 3RH5A 1RTIA 1AROP 1RZTA 4NV0A 3QICA 2NRHA 1EQYA 5FRNA 2BTFA 4LSLA 4C8KA 2E2QA 4FLWA 2AU0A 4BUGA 3K5NA 4W5TA 9ICHA 1HPMA 4EEKA 2R8GA 5KPRA 2KMDA 4CEAA 3THWA 2O8BB 3RWUA 4IG3A 3AAPA 4YOXA 3CFPA 4CGJA 4Z6FA 1JXEA 1ZQTA 4PKIA 4DR4K 1X9WA 4FVMA 4IFYA 4DTSA 2E3TA 3ASMA 5L1MA 1NGJA 3VEYA 3E2EA 3SPZA 3LVVA 5E79U 1QS4A 1TYQA 2VG5A 2YKMA 1N36K 3SI6A 3ETLA 1UT5A 4PL2A 5GTIU 4PGXA 1W9HA 1XSPA 5DM6L 5L1KA 3TFSA 2DPIA 3L2WA 3SUPA 1IG8A 5KG2A 2HSZA 1G15A 3RJHA 4A57A 3CCJN 2VGNA 3KZBA 5KNIA 3O3HA 3QZ8A 1J6ZA 3UKRB 4BC2A 3DI6A 4JS4A 1HUOA 5ALRA 2MUTB 2JZBB 2C2EA 3K9JA 4Z4GA 2WF8A 4FJ8A 4YMNA 1RBSA 1SKRA 1S10A 2F1IA 4C7YA 3OSPA 1TV9A 4RW8A 3SV3A 5IINA 3L5KA 1T3NA 4M0AA 5KFZA 5J8YA 1GOCA 3EE9A 1SV0C 4K42A 4QCLA 2F2AB 1ZQIA 3K5OA 4RTFD 3CCSN 1T6DA 3NVZA 4CECA 2YY6A 3WNHA 4ELVA 1V38A 1WG8A 4KITB 5KG0A 5HL7L 5I3UA 5HBMA 5L1IA 1RTHA 3GV5B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBM A;  3CYM A;  4CDG A;  2HBL A;  4OO1 J;  2RRD A;  2E1F A;  2MA1 A;  2KV2 A;  4NLC A;  4NLB A;  1WUD A;  3SAF A;  2HBJ A;  2RHF A;  3SAG A;  4QJF B;  5C0Y A;  2CPR A;  4O3M A;  4QIW F;  1YT3 A;  4CGZ A;  1D8B A;  2DGZ A;  2E1E A;  2HBK A;  1GO3 F;  3SAH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DS4 A;  4CJE A;  4KLD A;  1JLE A;  4CEB A;  4CFB A;  2QW9 A;  4F9O A;  3CCV N;  3VEN A;  2I9G A;  3QET A;  4JI5 K;  3U4L A;  4DOA A;  1C0M A;  1SQK A;  2QTD A;  3I8D A;  4CGD A;  5AKG A;  2BCS A;  1BL3 A;  3C23 A;  3F2C A;  3RRH A;  4OJL A;  4CJT A;  1Q81 O;  4LF7 K;  3OHR A;  3M9M B;  2Q3S A;  4UAZ A;  8ICN A;  2GEM A;  3I33 A;  3CCQ N;  1N56 A;  3P39 A;  3OS1 A;  2Q0U A;  4BX9 C;  3O8M A;  4AM6 A;  3KD5 E;  1NOM A;  1V9P A;  2XIC A;  3O9R A;  2E8P A;  2O8E B;  1O13 A;  3LAK A;  4FFD A;  4BR9 A;  5L1J A;  1COK A;  4WQ4 C;  1RYS A;  3PR4 A;  2BDU A;  1L7N A;  1VLB A;  5I9E B;  2FLL A;  3MWT A;  4C23 A;  4QZ9 A;  3ZCM A;  2RRD A;  2K60 A;  3ZI4 A;  9ICR A;  1IG9 A;  3NCI A;  4DFJ A;  1GLF O;  5CEH A;  3IAY A;  2B21 A;  4ED2 A;  2W9C A;  2CGK A;  4DTJ A;  1KEJ A;  2A5X A;  4GVM A;  3SJJ A;  4GKK K;  2PI4 A;  3ALR A;  2OAN A;  3OYM A;  2Q1N A;  1DLO A;  3C5G A;  2ASD A;  4FOE A;  2WB1 C;  4TUP A;  4FLZ A;  3UXN A;  3C2L A;  2E1E A;  4PGQ A;  3LDA A;  1Z1B A;  1A5W A;  3QES A;  1ZQO A;  4PGY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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