5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
1GO3F 2E1EA 2HBJA 2HBMA 2HBKA 5C0YA 4OO1J 2HBLA 3CYMA 4CDGA 1WUDA 3SAGA 4QIWF 4QJFB 4O3MA 2RRDA 1YT3A 2DGZA 4NLCA 2MA1A 2CPRA 1D8BA 4NLBA 3SAHA 2KV2A 4CGZA 2E1FA 3SAFA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9QA 2IGIA 4QAGA 7ICEA 4NB4A 2ALZA 5IWAK 1QZ5A 3OYCA 5CZ1A 4CNQA 1P90A 1Z3EB 4DFPA 1M1KO 5HR7A 4J9NA 1L8LA 2VGNA 4LFAK 2P9KB 4BACA 3TR8A 4JV5K 5T14A 2FLLA 2ETJA 8ICQA 4PUOA 2HHSA 2NRZA 9ICPA 3S3MA 1HEKA 4DFDA 2ES6A 3NH0A 2RRDA 5J0XA 1X3NA 4CE9A 4RWTA 1JMSA 3L4PA 1BDGA 1IG9A 2NO4A 1ZRMA 3PSTA 1NJWA 1C0MA 1WN7A 3EKSA 3L2QA 4RQ0A 2NYVA 3ZDBA 1X9JA 3NVVA 3CC2N 4GKKK 2W54A 3E9LA 4AYBF 1WSIA 2IOHA 2KHVA 4M9GA 3I28A 4B9QA 1VQMN 1TE2A 2J6SA 5KPZA 3WK8A 4BRQA 2JH7A 1LW2A 1B0XA 1QQMA 3CQYA 2FXUA 2YMMA 5EVZA 4B3SK 2H3GX 3MN9A 4QJFB 1QSSA 2FPMA 5L1KA 4FYDA 1XSLA 3HYFA 4IO9L 1UAXA 3FZMA 4MO4A 3PSPA 1S1TA 3NAEA 1BHLA 5KG6A 4K25A 2C2DA 2A1SA 2NUBA 3U3GA 1FJGK 2GV9A 3SEIA 1SWVA 2F1JA 1W9HA 3LM9A 4IEEA 1VSDA 3ZSVA 1S1XA 1L3VA 3LP1A 4BRMA 1RILA 2QWQA 4DUYK 3LP0A 4ED7A 3AVHA 5AQIA 4FLYA 1JALA 1SQKA 4OKEA 3WXKA 4W5TA 1BA1A 3H0LB 3M3ZA 4CF0A 3KZXA 3J8AA 2GBZA 3SMVA 1Z25A 3CPEA 2JZBB 3CPWM 5JVHL 3V1QA 1K1SA 3H08A 4YP3A 3RTVA 1TK5A 2JR5A 1RTIA 3QU2A 3ENBA 5E84A 2EAOA 3K4GA 1MA9B 2RE2A 4ECSA 4I2IA 2ZG6A 4O5BA 4WQ5A 5K4LA 5AI5A 2DL0A 4E0DA 1TV9A 1C0GA 4DR7K 2Y1JA 4NL9A 1RDDA 4IOXA 4MDAA 2WHEA 8ICBA 4CJLA 4FCYA 4PHDA 1WSFA 4CJ3A 1QVGM 3ZDCA 1KVAA 2JZBA 3WK6A 3K2PA 4P0QB 4MQ3A 3HBTA 5C2FA 1EWQA 2PYLA 4IFVA 1LKYB 4NXZA 4DS4A 2QKKA 1NKCA 8ICXA 2JMGA 3ZT0A 1HYSA 2K8CB 2Z1HA 1VSLA 4F5PA 2MUTA 1U4BA 1ZBSA 5M1KA 1SB3C 1RTHA 3M8RA 5CY4A 1ZD3A 3TAPA 3Q8SB 4GXIA 1Y64A 5GTIU 1QSLA 3NBPA 3QFPA 4CZEA 4I9QA 3G6XA 1T7PA 5BOLA 1K8KA 3SJHA 3OYNA 1SL2A 5J2NA 3T5KA 3B9JA 5A2QO 1BCMA 1LKYA 5B66U 4B9LA 1KAZA 2FLNA 1N8RO 4RNMA 1QHTA 5F0XA 1VQ8N 5J2GA 2OH2A 1BI4A 1NJZA 1S22A 3VF4A 3VTHA 4FZLA 4GFJA 3C94A 1QCKA 3BQ1A 3F53A 4LFBK 3RH4A 2ASJA 1OVQA 3U8XA 3NRWA 4F3OA 2OZMA 4CIEA 1KLMA 3MEGA 3TAMA 4WFAL 1O13A 4PL7A 3DLHA 4CHQA 1JCEA 1SZ2A 4Q43A 1JXBA 3NVMA 4BGBA 1VLBA 4EP4A 1ZQDA 2HHTA 1GLBG 2RDIA 3D2SA 4DV4K 4DR2K 2FSNA 3TSPA 4B9TA 3GG4A 1NKBA 2BCSA 3L0QA 4M63C 3CFPA 2QWRA 4FLUA 3O9TA 3MR3A 4BRDA 1J9AA 3QEPA 1VQ6N 3LPTA 1C1BA 1BUPA 1Q82O 5KQDA 2BTFA 4NWIA 4EEKA 3D6JA 5AZJB 4DR1K 2MSNA 1NU0A 4QZDA 3LWMA 2LPEA 3ICXA 2VQEK 1ZQHA 1FIQA 3CYMA 3I1YA 1J5OA 1ZQPA 4DR5K 2PXIA 2KLAA 5JVGL 4A5BA 3NF6A 2NRVA 4DTUA 4BRPA 5F9NA 1RGIA 1VJ5A 3PNCA 4RNNA 4DL7A 2OHFA 5AK3A 1TYQA 1UWBA 1GLAG 4CI6A 4TQSA 1PK3A 2E6MA 4KH6A 3U9ZA 3CM5A 2BCVA 3MGVA 1ZJNA 3O0FA 1ATRA 1RT5A 3I33A 4FSVA 2ZM6K 1VDVA 3A2FA 2V4QA 5TKYA 3VQ6A 1ZQVA 5DK5A 4B08A 4DU4A 5D49A 5KG2A 2VA2A 3A8YA 4DV2K 1CXUA 5TZVA 3RAXA 4KB1A 4JV1A 5C25A 2YCHA 4JI4K 4FLXA 1CUKA 4FZYA 1ZQLA 4M04A 4G3IA 2IAJA 4O0IA 1S3XA 5LJVA 2OYYA 4KTZA 4AHVA 5KPRA 2EZYA 4OVLA 4CECA 1YAGA 2YB1A 4US8A 3H8SA 4YMOA 3PO4A 2W41A 5TKWA 2ITGA 2W8LA 2A3VA 3AVIA 5BR8K 4MLEA 5JS1A 2HSZA 2DPNA 4BDYA 3AMZA 3CJCA 5ALWA 3A5OC 4C4SA 4KLEA 1I94K 4KI6A 1D8LA 3IG5A 2J6TA 3ORYA 3SQ0A 2PZSA 5CHIA 9ICXA 2ZGYA 3OYKA 4FK2A 2G09A 3V1OA 1YJWN 1NGCA 2IA6A 2V7ZA 1RPLA 2DWQA 2HBKA 4BC5A 1KVBA 4CJKA 3MXIA 3MEDA 4LF7K 2QB0B 5GINA 1ZQYA 1EXQA 2PI4A 5JICA 4RUAA 4MF2A 3QEIA 3Q8RB 2UUAK 4DV1K 3QXGA 3GIJA 3K57A 3OYDA 5JTIA 4FPAA 4U6PA 4LF9K 4KAZA 3BY5A 5J0YA 4OPJA 3OYBA 3UPQA 1VSMA 2A3ZA 1RTJA 2K8BB 2QARA 4CZGA 5BRHA 2UXDK 4CD3A 4CGFA 1J53A 3ZSXA 3RAQA 1SKWA 3GBTA 1KC8O 3LDOA 7ICUA 4CHZA 3TFSA 4KHQA 3HJEA 5KFKA 4UAUA 4R66A 3WNGA 4QNLA 1E3MA 1RT7A 1ZETA 3P39A 1HJPA 4YDUC 3KHHA 3LM2A 4IWVA 2PY5A 5AQTA 4GV6A 2A1JB 3RJFA 4DQIA 3KLIA 1MDUB 1NM1A 4CF8A 2H3ZA 3QE9Y 2VG5A 4CBWA 2OYQA 3J7ZO 1G15A 2F4VK 4R65A 5ALLA 5BREA 4CESA 4C8NA 3L2WA 1IKVA 4NM1A 2KFZA 1VSJA 2AU0A 2YNIA 4JKEA 3S3OA 2JEFA 2QW9A 5KFTA 5KFQA 3E0FA 2GLEA 1C6VA 4PGXA 2HOEA 5KFMA 1Q8KA 1ZBIA 3O4NA 4H0TB 4HUGA 3C29A 1VSHA 4WE1A 4A2BA 1FKPA 5AQVA 2A1JA 3OS2A 4O3NA 3S9HA 4IRDA 3F2KA 4RQ7A 3DRRA 3JPQA 4FFDA 4ECQA 3WKDA 4H5TA 3G6VA 4Q5VA 3CCSN 7ICFA 3AQEA 1NGDA 2PAVA 3VQ8A 4M41A 4JD2A 3RMAA 4JEPA 3EY1A 1S0NA 1A5XA 4RQ3A 3NDKA 4H0PA 3ALRA 3RMDA 4RQ8A 4LF4K 2WF6A 3V9ZA 3TU5A 4CF1A 1ZD4A 3KBBA 4CJRA 4KKOA 4RG8A 3N4QA 4KLOA 3FLCO 1R0AA 4CW7B 3HILA 1MA7A 2EAMA 1QS4A 1M6YA 5ALTA 2P51A 3NUQA 5IIMA 4U67L 3H3NO 4DMNA 4ZOHC 2KG5A 1B9DA 2A19A 2H3IA 2P9UB 9ICQA 4KV8A 2GUIA 4I9LA 1QHAA 3SV3A 2Y9TA 1NKEA 5E79U 3C5GA 4FJIA 2ZJ8A 3GDQA 3NH1A 4Z6EA 4ED1A 2O8BB 4ECTA 7ICTA 1RT4A 1RNHA 1JRPA 1L7OA 1R59O 2ZD1A 2KHQA 4MDBA 3MABA 2O4GA 5ALXA 2P9LB 4CF3A 4UBCA 2V9WA 3R1XA 1SL1A 3DV9A 4IJAA 4AP9A 2YNFA 5CP2A 2CH5A 4M7XA 1PK1A 3O3HA 5I42A 2JH1A 1N34K 2DTUA 4AM6A 2F8TA 3UM9A 2WBNA 4CFAA 1NOYA 2M9NA 5SZTA 2AHOB 3RWUA 3Q8QB 4DF4A 2EWSA 5SWMA 1I3AA 3ZETB 4O8UA 3WT0A 1BPBA 1S8OA 3PW0A 1S6PA 4B3TK 2P9LA 3WU2U 3BQTA 2P9NB 4FW2A 3ZX0A 3VA0A 2Y0SF 2UVUA 1ZQXA 4OPHA 2NRXA 4HTLA 4JI3K 5AQGA 3EUB2 4CFBA 1TAQA 2MU2A 1ZQQA 1VSKA 2W55A 3OJSA 1RM6C 3ZD8A 4B3OA 5GIOA 1VQNN 2GOLA 1DK3A 1UT8A 2IOCA 2UXCK 7ICHA 2PI5A 4IRCA 2AJQA 1QQOA 2E1ZA 4NXMK 3ZYYX 1BQMA 1QTMA 1Z00B 3M1YA 4NL9C 2HHUA 4R79A 3P38A 4KLJA 4Y2SA 3RB3A 3MWTA 2JXJA 2R8KA 3M9OB 2V7YA 5CZ2A 3UKUB 3M9MB 1TVRA 2IBKA 4M9NA 1WUDA 2I5JA 1C20A 3IG8A 4Z6FA 4BC2A 4IDKA 2WF5A 4FWLA 1S1UA 5B8HA 2YMQA 4I7FA 3DMJA 2F1IA 4XH1A 1SV5A 3GL1A 2E2NA 5BPLA 5AKHA 4JI6K 4UAZA 4CJEA 1XMOK 5DB6A 2VWBA 5CJ7A 2FE9A 1TGOA 4FBUA 4KFBA 3C1YA 4QZAA 1W0HA 4FLVA 4ELUA 3ZT4A 2YMLA 2IIRA 3QU9A 1ZQWA 1ZQAA 3RJIA 4IG3A 3HO1A 4ED0A 1NMDA 5CHGA 4ECVA 4TUPA 4RCHA 2C2EA 2ZJQL 1RT1A 4MFFA 1ZBFA 1RFQA 1XHXA 3PW2A 1LAVA 2UYTA 2YMPA 3AL0B 1KCFA 1NI3A 3LDLA 3FFKB 3F5AA 2ZIUB 2HW3A 3ZEUA 2YNHA 5BPMA 1QLNA 5HRRA 2O8FB 3AA2A 2NRRA 4DF8A 2D0OA 4FJLA 3V9SA 2KSOB 1JLAA 4C8KA 1BVSA 4QZGA 3SJJA 4CJ5A 5AM1A 1N60A 4FK0A 3U9DA 2M0NA 3OYAA 5J2BA 2NV3A 4E7LA 8ICIA 2KICA 5AQXA 1OVYA 4BRGA 2RF2A 1W2BM 4QWDA 1Q18A 4MEYA 2ASMA 2DFEA 1MN8A 3Q8KA 4JN4A 1OXJA 3KK3A 4FLZA 2OCEA 3C6TA 4PHAA 4DLEA 3RJJA 1TKXA 4CBXA 2G08A 4P4MA 4J9OA 3T5JA 3CFRA 1KLNA 2GX9A 1N61A 2PMZC 4QZHA 3C2KA 2D1KA 1J6ZA 2X6NA 4H5WA 2G07A 4CK1A 3VF6A 4OPKA 1K8AO 4FXDA 2YJEA 1TK0A 2EAPA 5HROA 4B9UA 1CI4A 2EH9A 1MU2A 1NGIA 1IIPA 1VQ7N 5C42A 1V85A 1WCLA 1XS9D 3KKRA 3QLHA 3ID6A 5M1NA 3SQIA 1KDHA 1TUUA 3GQCA 2E5LK 5LMNK 1Q3UA 2KW4A 1K9MO 1KTQA 4BR7A 3CG7A 1RT6A 4E1JA 4BRCA 4LZGA 4JKCA 3KK2A 3M6GA 2ATLA 2HBJA 3TANA 3D2NA 2YB4A 5AIBA 3SQ4A 5AK5A 4TSXA 4I2BA 4O3SA 4LH5A 3ZI4A 2ZGZA 4DHYA 3I0RA 5IIIA 3L4QA 3P5JA 1NGHA 2W11A 4LZDA 3LDNA 2EZZA 5IIOA 3KK1A 1U2VA 5KT2A 4IQWA 1IO2A 3HP6A 4C7YA 3RH5A 4DSLA 5KG1A 3VQQA 4K0KK 5AKKA 1X9XA 2QTDA 3P1GA 4E1NA 2DPIA 3M9NB 3LAMA 3DEEA 3E58A 2NNWA 1YIJN 4ELVA 3KLHA 1IG6A 2PFOA 4FZZA 3QEAZ 1KSPA 4DTPA 4I2FA 9ICFA 4QZFA 3PY8A 3M8PA 4JI7K 1NK5A 4UAVA 3BEXA 1KXPA 3OPXA 2Q0RA 3CI5A 2WTFA 1JLEA 4H8KA 3KHGA 4EX6A 3AU2A 3RRHA 2H3FA 1CZ9A 3MN6A 4PKHA 1LB2B 2WF9A 3ETLA 3GIMA 2E2QA 3WXIA 5FRNA 5HRSA 3FZHA 4RNOA 3PMNA 1VRUA 5AFUA 4Z4FA 4K4GA 2FSJA 5AI9A 2AQ4A 8ICAA 4NLCA 5AM5A 1X6IA 5CWRA 5KT4A 2BH1A 2P35A 3V6HA 3HVTA 4H0YB 1XNSA 1BU6O 4UB2A 3V1RA 3WEEA 2BHNA 1BPXA 5C10A 4OCZA 2E1FA 4IG0A 3M6KA 1Q7YO 3BZKA 3JPOA 7ICOA 4UY8O 2HB5A 4JUZA 4C7ZA 5KTQA 3C6UA 4FWOA 4F71A 2R8JA 4UB3A 5CR4A 3ISCA 1J2MA 2F8LA 4IR9A 2OPPA 4DSKA 4YXMA 9ICJA 4H4MA 3GOIA 4F4XA 2D0CA 4M3TA 2HHWA 1WUAA 4OD0A 4KLQA 1Q86O 1BG3A 1Q81O 1ZQBA 1JIHA 3QNOA 5ALSA 1WWVA 5KFDA 3H4DA 4PKGA 4GXKA 3LZIA 1WBBA 2OPSA 1NNEA 2F77X 1C0FA 2JEGA 3HPGA 4E3SA 2W7OA 1RQNA 4JHDB 4OJPA 1CEZA 8ICUA 1JCFA 3OVNA 5BPCA 3UQ0A 4BREA 3AO2A 1JN3A 2ZE2A 1VSEA 4PL2A 4O5CA 2D0BA 4RT2A 2UVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GO3 F;  2E1E A;  2HBJ A;  2HBM A;  2HBK A;  5C0Y A;  4OO1 J;  2HBL A;  3CYM A;  4CDG A;  1WUD A;  3SAG A;  4QIW F;  4QJF B;  4O3M A;  2RRD A;  1YT3 A;  2DGZ A;  4NLC A;  2MA1 A;  2CPR A;  1D8B A;  4NLB A;  3SAH A;  2KV2 A;  4CGZ A;  2E1F A;  3SAF A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VQ7 A;  1ZBU A;  3GZF A;  3OS0 A;  3DXK A;  3ZT1 A;  9ICL A;  2IVN A;  4MFB A;  3OSN A;  4OPA A;  3HK2 A;  3SK3 A;  3NCI A;  3ZSW A;  4IQT A;  3H4B A;  4Q8F A;  2VYP A;  3JPS A;  1F21 A;  3K5O A;  3NGD A;  1ZQ1 C;  2GUP A;  2P9S A;  3VC8 A;  2D3D A;  4F2R A;  1L7P A;  3H0M B;  2IDO A;  3KK7 A;  4CHY A;  4J9R A;  3FR0 A;  2W42 A;  4F50 A;  4DQS A;  3RJK A;  1UA0 A;  2B5J A;  2KVC A;  2ITM A;  3THW A;  2G8W A;  3BQ7 A;  3IAY A;  2XCA A;  4K4H A;  4GKJ K;  4FWP A;  2UU9 K;  3ZX3 A;  2F1H A;  2HMP A;  1XNR K;  5KAI U;  3ID8 A;  4K42 A;  5M1O A;  1LWF A;  2K4E A;  1MQ3 A;  4B8C A;  2UUC K;  9ICI A;  2VA8 A;  2P5O A;  3AVL A;  1S1V A;  9ICU A;  4EBD A;  3THY A;  1D5A A;  2ZQB A;  1IKX A;  1EX4 A;  1HKB A;  4JS5 A;  1WWU A;  3C95 A;  2E8O A;  3J81 j;  5AZI A;  1B9F A;  4HTU A;  4CZL A;  3RF9 A;  5J0O A;  1VRT A;  4IEI A;  1V9P A;  4X62 K;  3HX0 A;  1S9F A;  4CBU A;  3H8M A;  2WAQ F;  3MDQ A;  2RP5 A;  1F0M A;  5KFE A;  4CJW A;  5KGX A;  4EBE A;  1O1W A;  3MEC A;  3AAR A;  3OYH A;  4LY7 A;  1QSY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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