5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
4O3MA 2DGZA 4QIWF 4CGZA 2HBJA 3SAGA 3SAHA 4NLBA 1YT3A 1GO3F 2HBLA 2E1EA 2E1FA 4NLCA 2RRDA 2HBKA 4OO1J 1D8BA 2MA1A 4QJFB 1WUDA 2HBMA 4CDGA 5C0YA 2RHFA 2CPRA 3CYMA 2KV2A 3SAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FBTA 4F4YA 3R1XA 4IJNA 4US9A 3BEXA 4H03B 4QIWC 5JVGL 1ATRA 2Z7JA 2BDPA 3Q8MA 2GTDA 2XY7A 3V1OA 3NCIA 3A0BU 4BDZA 4NLBA 3KVGA 1Q9YA 1VSKA 2FSNA 5AM4A 1K6YA 2Q0UA 4LF8K 2RP5A 1Z4NA 3TSQA 5J2IA 5M1NA 2YMPA 3EUB2 3TARA 4KHPK 3GIJA 4K4IA 2KP7A 3NE6A 5KG1A 3VCBA 3K57A 3EYZA 2XY5A 2FMPA 4KO0A 3ZDCA 3F5EA 3DXKA 5J2DA 4RNOA 1QVFM 3WEEA 3DXKB 3VOVA 3TWHA 5ALRA 3CFRA 3MXMA 4M3TA 3K5LA 1WSEA 2DL0A 1RTIA 2XHBA 3HL8A 4B9QA 2P9IA 3TANA 4RW7A 5ALNA 3P39A 3M9NB 2P9IB 2RDIA 5AZJA 4IOXA 3LDQA 3QXGA 1J54A 4FZXC 1S9FA 3D2NA 1TKTA 3CJ1A 5AJ3K 4NL9A 5BPNA 4HYKA 4QWBA 4G1QA 5AK4A 3MK6A 1HR0K 1NBWA 4DFKA 4CZIA 2ATLA 4EX6A 3HOTA 3G0ZA 4EBDA 4FJNA 1B4FA 2JGAA 1Z25A 3KHRA 1V38A 1XO1A 1O03A 2JEFA 4YMOA 4FJIA 4H0YB 2ESEA 3VQ9A 4EP5A 4FYDA 5T14A 2ASDA 1WCNA 4O0IA 2DPIA 3LM9A 3ZSWA 5C24A 4IG0A 5AQYA 3ED5A 4BJQA 2E8MA 5KQ8A 4DR4K 4KHWA 4IDHA 4QWCA 1DTTA 1ZQFA 4CEDA 5DBAA 3ZX3A 2D0CA 1KN5A 4FJGA 4RQ6A 3T5JA 3CERA 5ALUA 3G25A 1TVRA 5KI6A 4BRDA 4O5CA 3B8AX 1RTHA 3S3NA 2FI1A 5EE1A 5EOZA 1GLLO 4KTWA 8ICVA 2EZYA 2MUTA 3OGUA 5J2GA 4DTUA 1COOA 4Z94A 3VEVA 2MUTB 4F8RA 3EKSA 4CJ4A 5CP2A 2KJ8A 1VSEA 4QCLA 1RILA 4DQRA 3AVCA 3AY9A 5KFLA 4QZ8A 7ICOA 3O4WA 3D2QA 1ZQOA 1D4XA 2I7PA 3DXMB 4JI6K 4NWIA 1RDWX 2YB4A 5J2PA 3PW4A 4DTXA 3EKUA 5AI9A 3LWMA 4G3IA 4CI6A 4HUFA 4I29A 4XH4A 5FLXO 1HUZA 1ASWA 3CP8A 2VIXA 4BR5A 5B66U 1RT2A 3D2EA 1N6QA 4B9TA 4FJ8A 3D2EB 3RBDA 4B9NA 2WB1C 3TI0A 3TTFA 3PSPA 3AVJA 1N32K 3IFRA 4ED8A 3OPXA 4CGJA 5JS1A 2GUIA 8ICQA 4ILGB 5FPMA 3VQ5A 1TV9A 3OY9A 5HNKA 2YI1A 2YB1A 3E0FA 2UYTA 1EX4A 4DV5K 3VEZA 2CRXA 3VQCA 4DR5K 4JS4A 1KVBA 1RTJA 5C12A 3VENA 4F5OA 1CUKA 3QBXA 4CEAA 1JXEA 3OS0A 2W54A 1V97A 2KW4A 3CM6A 5HRSA 5J2KA 4H0TB 4DR6K 4FK4A 3C6TA 3TAEA 3U9DA 1TK5A 3V4IA 4O3PA 3QU4A 3AA4A 2QLTA 4G9ZA 3N7SC 2FLPA 1JLAA 3LPTA 3ZT4A 4KREA 1S72N 1KD1O 3OVNA 5AFUH 3KHHA 3O4QA 4FWKA 2LHTA 1CI4A 4QNLA 9ICGA 1ZRNA 3HKZF 2ASJA 7ICEA 1EQYA 3VQAA 5KFMA 4QZEA 3THYB 1C1CA 4DQ8A 4RQ1A 3EPGA 4DL4A 4CF0A 2FDRA 1XQSC 1FKPA 3CM5A 3AQFA 4J9NA 4AQYK 2AP1A 1ITGA 3B9JA 3BQ7A 4N76A 4DB3A 1ZETA 1B43A 8ICHA 1QS4A 3SPYA 1OH7A 4DL6A 9ICRA 1BWFO 3DLHA 5AQPA 4JV1A 3I0SA 2JEIA 2KVCA 4I2HA 3SBTA 4Q0BA 3KLFA 2IHMA 4CZEA 4CECA 4BRIA 2DFHA 3LL3A 2G07A 4JKBA 4F9OA 3GL1A 2XGQA 1T4GA 4M42A 1IG8A 4I2DA 1OXJA 4CFBA 2YNHA 4DLEA 2RLTA 2Y0SF 4KMOB 1XSPA 4RQ7A 3GBTA 4I2QA 4KH4A 4FLUA 7ICHA 2OYQA 5KFVA 3Q8RB 3EEQA 2EAMA 1GO3F 1NGCA 2A1SA 4I2EA 4FWLA 2PYJA 2KN7A 1WSJA 3HJFA 1XO0A 4AM6A 1ZD3A 4I9LA 2NRZA 3K2PA 4UB5A 1LCUA 5KGXA 4CHYA 4PJ0U 3M8RA 4W5QA 3NH2A 3T19A 1MN8A 2YTUA 1Q3UA 3R8EA 2FPMA 1RDCA 4BR0A 2HF4A 3HP9A 4KLSA 3LALA 1SGGA 3N4MB 2H3QA 1A6SA 3AMZA 1TUYA 4O3OA 1D8LA 4AHTA 4O3SA 1YI2N 1N5XA 2PI4A 1ZOLA 2I5HA 3VQEA 4C7ZA 1S10A 2XC9A 3VETA 3S3MA 5CR0A 1C20A 3C1ZA 1U48A 2ZTCA 5AZIB 4BGAA 3OYLA 3RFAA 3CJBA 2RF2A 4JD2A 1XUPO 3ULEA 4JD2B 1RXVA 3WQTA 4CZMA 3LANA 4U67L 3ULEB 3RJJA 5GTHU 1ZYQA 2J6TA 4J2DA 3QUCA 4ED0A 1S9GA 3CJ9A 4DL5A 3MFIA 3RR7A 4GMJB 3OYFA 4O8UA 1HYZA 4KHUA 1GOBA 1UOCA 3CC7N 3ALRA 3ETLA 2XRIA 1SKSA 3AVNA 7ICVA 2E2NA 5LY3A 4K0KK 3UM9A 4YOXA 4B9VA 1T3VA 2F77X 4BRGA 3F5AA 3OW2M 3SV4A 1HNWK 2HI0A 2E1YA 1E4GT 3TADA 1IM4A 2G5IB 4MF2A 4LZGA 4FS1A 4QW9A 4IXCA 5K4LA 5ALPA 3L2RA 5BN8A 2NNWA 5ALFA 3KKSA 2IVOA 4MFCA 3MDQA 1BPBA 1ZQGA 1RBSA 1RDDA 4Y2UA 3A5NC 3CIPA 2GLEA 4Y2YA 2XCPA 3VA0A 3SUOA 3PUFA 1HPMA 4GC6A 4WQ5A 4CGDA 3D6RA 3ZDBA 4L3QA 2UUBK 5E79U 1KAXA 3A5MC 4JHDA 4H4MA 2IS3A 2YKNA 5C25A 4JHDB 3GV8B 5ALXA 4P2HA 4PL2A 4A57A 4U7BA 3C6UA 4KN4A 2E6LA 4TQSA 3Q8KA 4E1MA 1V4SA 5IT9O 4AHUA 5HHIA 1A5VA 4K25A 3DLLL 3QEPA 2HMPA 3FM9A 4OJ6A 3MN6A 2UVUA 4JI1K 2RKIA 5GADP 3KD1E 2XCAA 1GLAG 1RYRA 1VQ4N 3SENA 4H8KA 3SI8A 1ZQWA 1NMNA 1JCEA 2Z1JA 4B3MK 2VG5A 4R66A 7ICRA 3H8JA 1W97L 5D3GA 2JHDA 5BR9A 2BR0A 1ZQMA 4OPJA 2GWSA 3GIMA 4ECUA 3TR8A 4PHEA 2DFEA 4YMNA 3ISDA 3CQXA 4JK1A 5C15A 3F53A 4GKJK 4F92B 3GDXA 4H5NA 5C10A 4FLTA 2DWQA 2KIWA 4J9QA 3TFSA 3HRGA 4FLZA 1SKRA 1BQMA 2YNIA 1DLOA 3HILA 5F2RA 2ZUCA 5HROA 3V6DA 4RNNA 2ZGYA 5JMVA 3QUQA 4IO9L 4FJ7A 3KOOA 1GLCG 3KKAA 3MC1A 4OCZA 5DB9A 2BQUA 2CPRA 3LPUA 3RJFA 2P9KA 1N62A 3SAFA 4MEYA 2P9KB 4ECTA 4A2BA 1L7OA 2LYHA 3WT0A 3DYAA 2QKQA 2ASOA 5FP0A 5KFUA 3AEVA 5M1FA 1NJXA 3EY1A 2G09A 2CH5A 1XNSA 3HPGA 3W0LA 3KK2A 4RG8A 4JI0K 4J2EA 5J2HA 1DXSA 5ALJA 5KFQA 1SZ2A 1VSJA 3MXIA 4PWDA 2P6RA 3RAXA 3J80O 2FMQA 2W6KA 3MDAA 3R9KA 4G9BA 2FBXA 3LAMA 3F2BA 1HUXA 5KQDA 2R8HA 3ZLJA 4ICAA 3RH4A 5KFYA 4Y2TA 3TTDA 1R59O 4J9PA 4KTQA 4CJSA 5KT2A 2HVIA 1YUWA 2FBVA 4CZJA 3CCEN 1ZQZA 1JUDA 5F0XA 4K4HA 4EEKA 4QZGA 4B1UB 4KHYA 1L7PA 3K5OA 3LP1A 4I28A 3HO1A 1TAQA 4NCBA 1ZQTA 4CBXA 4LSNA 3ENHA 4K8XA 2E1FA 4PUOA 3DM2A 3HI0A 4IC9A 5ALKA 3C2KA 2QW9A 4B9SA 4A62A 2UVVA 1YZ6A 1QQCA 3AVHA 3GFKB 4M6WA 1KC8O 1QSSA 1ZQXA 1QZ5A 3K9KA 4M6WB 1XMQK 4FBUA 1VSLA 1JALA 4PZOA 4JNEA 9ICEA 1VSDA 2WF5A 5J2EA 2IDOA 1A5WA 4KH6A 3OJUA 2IAJA 3AVLA 1RM6C 2KLAA 4F4ZA 3PMLA 4J9LA 4M45A 4RT2A 2LI6A 1XSNA 4I7FA 2WTFA 3QICA 5AQVA 3ZT0A 2K60A 3SYZA 2LYAA 3J81j 1RPLA 2LMRA 5TISU 4YP3A 3VQ7A 4DU3A 2K8CB 3I56N 4YDUA 4YOTA 5E41A 4BUGA 2R8JA 5AK5A 3V7KA 2D0AA 4JI8K 5T7BA 4KLHA 9ICBA 4I2FA 5I42A 4CZHA 1B0XA 4MO5A 3VA3A 1V85A 3LDAA 1RDUA 1WSGA 4A2AA 5HOOA 4C7YA 3HPOA 3MMVA 3ZT1A 3H1QA 3B6PA 1O08A 3WK6A 3BUZB 2V4RA 2ZJRL 4NCGA 5AQSA 1NK5A 2KFZA 1SV4A 4JWMA 3RRHA 1BPZA 1JXLA 2F8KA 3EE8A 4RPXA 2UVWA 3CXCM 3RJEA 3H1VX 3UKUA 2Q1NA 4EP4A 3OYEA 2I9GA 2G8UA 5EE3A 4DLGA 3OSPA 4BRKA 9ICJA 3KHGA 4F5NA 1Z1BA 4YXMA 3HM9A 1W0HA 1FW6A 1N5YA 1CXQA 3QEAZ 4R8UA 1NGBA 4DU4A 4FZZA 3ZX2A 4R8UB 3VQDA 4ISEA 1XMOK 4DV2K 2ALZA 1BPDA 3NF7A 1U6ZA 4YCXA 4Y2RA 4F91B 5H1SQ 3RAQA 1RT7A 1KQSM 2F44A 4R63A 1KFSA 4Z4HA 4US8A 3IM1A 3ISCA 4B6JA 5KAFU 4CGZA 3MN5A 4DUZK 1T94A 3UKRA 5AQTA 3HOSA 5J0RA 5AKKA 4B9LA 3UKRB 1BI4B 3THWB 1K1QA 3WKAA 3RJKA 2L5YA 3JPTA 2GH1A 4LH4A 4IR9A 4EX7A 5BOMA 1NK9A 4BRMA 4PKGA 4ZHRA 1J97A 2DUYA 2AJQA 3M6KA 4DR7K 2P35A 5CYQA 3RB3A 2JH7A 2MAXA 2ZWHA 1T05A 2P9NA 2YX8A 1T6DA 1COKA 2P9NB 1URJA 1Q18A 4Q8EA 4ECSA 2YHBA 3MCPA 4DSLA 4XA5A 1KQQA 3WNFA 1X9WA 2F8SA 4ECRA 1BIUA 4RW4A 1XU4A 4CGFA 2A3ZA 1WCLA 3V1RA 2OTJN 3L0QA 4MFAA 2P9UA 3AA2A 1DOQA 3L3UA 2I1QA 4BXOA 2P9UB 1F0MA 4CIFA 4DMNA 1Q7YO 4BXOB 3FR0A 4W5RA 1XI1A 5L1IA 1SZHA 1NGEA 2ZXIA 2GWKA 2D0PA 4RQ2A 3L4IA 4P0QB 3C23A 2B6GA 3ZDAA 3PSFA 4WFNL 2W9CB 3OYBA 3A5OC 4F71A 2Q0ZX 4Q43A 4BGBA 1JLCA 4LF9K 1SKWA 3G10A 4DSFA 4YD2A 3T1AA 3U9ZA 3C1YA 4KN7A 1NK6A 1QQ7A 2AA4A 2HHXA 4O5KA 1C1BA 5D46A 3THVA 3CQYA 2HHSA 3CJ7A 2Q4TA 3AVAA 2NV3A 3MR2A 2OPSA 9ICMA 2W7OA 1JL2A 2HOEA 4TSXA 1ASUA 2QXLA 3QZ7A 4Y1CA 2K4IA 1ZQHA 3VF2A 2F1IA 4DKWA 4QOZB 7ICNA 3RMDA 3RBEA 2W7PA 5KPTA 3MABA 3J7AP 4RT3A 9ICVA 2QWMA 3QB0A 3O8MA 1L3TA 3NVKA 2BZFA 3KD3A 1WUDA 1X40A 3KBBA 1IV8A 4AP9A 1JN3A 3DEEA 3RMAA 5ALSA 3L2WA 5KT7A 5M1QA 2QWQA 4M3YA 5JTIA 1T8EA 1ZQSA 4JK9A 2ZIWA 1J6ZA 5KFOA 1EP4A 4CD3A 4DV7K 4V19S 3L2QA 3UXOA 2DPNA 1KFTA 3VESA 4ED1A 3H8MA 2KD1A 9ICAA 3I28A 3GIKA 3CCLN 3OS2A 2V4QA 5KFGA 1RG6A 2KEYA 3H6EA 3CRXA 4BRNA 2V52B 1UA0A 5TZVA 3GU3A 5ALZA 4Z6FA 3RB4A 3AO3A 3D6JA 4LF6K 1SQKA 3OYJA 1L5UA 5J1EA 4WQ4C 3HTVA 1L3UA 5AQMA 5MLCQ 3PIPL 4XEIA 3V9XA 2HDOA 5AI4A 1DT9A 2RHKA 2YKMA 4BRPA 1ZQAA 4O3MA 4EBCA 1QTMA 3V6HA 4GY2B 5AKYA 3V7LA 4PGXA 2ASPA 2LKYA 2BPGA 5J0QA 4MQ3A 5AI0A 2BQ3A 4BVOA 1NNLA 2PZSA 5ALEA 1JLEA 1U04A 4UW9A 9ICWA 3N4PA 3OYCA 4YVZA 4GLXA 4ECXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4O3M A;  2DGZ A;  4QIW F;  4CGZ A;  2HBJ A;  3SAG A;  3SAH A;  4NLB A;  1YT3 A;  1GO3 F;  2HBL A;  2E1E A;  2E1F A;  4NLC A;  2RRD A;  2HBK A;  4OO1 J;  1D8B A;  2MA1 A;  4QJF B;  1WUD A;  2HBM A;  4CDG A;  5C0Y A;  2RHF A;  2CPR A;  3CYM A;  2KV2 A;  3SAF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CN1 A;  1G15 A;  4A61 A;  1VJ5 A;  3O9U A;  4JAX A;  4RUC A;  9ICT A;  3RMB A;  5GAG P;  2CGK A;  3ZSR A;  3FC4 A;  4QZH A;  3NF9 A;  1ZQI A;  3IUC A;  3QU2 A;  2PXI A;  2KZM A;  4GFJ A;  1VK0 A;  1C0F A;  4UB6 U;  1ILY A;  3G4S N;  4CEO A;  1WYG A;  4TQR A;  2YY6 A;  3CG7 A;  1VQO N;  4B1W B;  4LH5 A;  4JKF A;  4QS8 A;  3O3F A;  5C2F A;  4FS2 A;  2Y9T A;  3EWA A;  4J8F A;  4YR2 A;  3FYH A;  3U3Y A;  4PKI A;  3ZX0 A;  3QER A;  1L7N A;  5KT5 A;  2AGQ A;  3B0Y A;  4J9M A;  4TUS A;  2KE7 A;  1WWU A;  5ALQ A;  2Y1I A;  2OZM A;  5AQK A;  5CB1 A;  2H3F A;  4A59 A;  3KHY A;  2F9W A;  3QYP A;  2DF4 B;  2E3T A;  2EQY A;  5GTI U;  2H3V A;  4E3S A;  4KLU A;  1PUZ A;  1ZQY A;  3VN5 A;  4DL3 A;  1JCG A;  5KFC A;  4YXJ A;  3K59 A;  3L2V A;  8ICZ A;  4C80 A;  5AKZ A;  5HLF A;  2HOQ A;  4M9J A;  3SPZ A;  1IH7 A;  2GWJ A;  1HKB A;  3O6W A;  2HW3 A;  4M3U A;  3NFA A;  1TKZ A;  2M9N A;  8ICN A;  3PIO L;  4YD1 A;  4BR9 A;  4EEL A;  3Q8P B;  2MRL A;  1WOQ A;  2C22 A;  1XC9 A;  3M7D A;  4R65 A;  4NLG A;  4YFU A; 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 3ZSX A;  3MGV A;  3AA3 A;  4QZA A;  2A41 A;  5KPR A;  4B9U A;  1MC8 A;  1RTD A;  1IKV A;  4FM2 A;  5A2Q O;  1S6P A;  2ZUB A;  4OJP A;  1PK1 A;  1SXE A;  1DKG D;  3WUH A;  4FJM A;  2NRV A;  1PK1 B;  4H4O A;  4IFV A;  3ZT2 A;  1NK0 A;  5CWR A;  1HEK A;  1NOM A;  2OPP A;  4UAY A;  2VWK A;  1QVG M;  4B9M A;  1GLJ O;  2KHV A;  2Q31 A;  3BS5 A;  4XH5 A;  4JEP A;  5CHI A;  4C0Z A;  3F5T A;  1BU6 O;  4ICL A;  3BS5 B;  5DMR A;  5KFR A;  4BRE A;  4UB8 U;  1OUQ A;  2G8F A;  3E58 A;  1A5X A;  3O80 A;  3OHB A;  2HHT A;  3VQP A;  4UBC A;  1ZRM A;  3AVG A;  3IG1 A;  4ACO A;  2E2P A;  4FO0 A;  3BF1 A;  2O6K A;  3QIP A;  4OKJ A;  1Q46 A;  4CJT A;  4AYB C;  4EZ6 A;  2ZE2 A;  3MR3 A;  4IQT A;  1NLV A;  4MLE A;  4DO9 A;  1BA0 A;  4ID1 A;  4DTN A;  3NAS A;  3WU2 U;  3RJI A;  1NM1 A;  3H4B A;  1Z3E B;  4FPB A;  3U8X A;  1EXQ A;  3NGI A;  4OPA A;  3KLG A;  5IIK A;  4OGE A;  2E1Z A;  3SQ4 A;  1U4B A;  4CJW A;  3QEX A;  1QQN A;  4RTF D;  1RXW A;  2HOF A;  3I55 N;  2BCR A;  3OYM A;  2HB5 A;  3R6M A;  2B6A A;  3KZX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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