5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
2KV2A 4NLBA 4CGZA 2E1FA 4QJFB 3SAFA 3CYMA 4OO1J 5C0YA 1D8BA 3SAGA 2HBJA 4CDGA 2E1EA 2HBMA 3SAHA 2RRDA 1YT3A 1GO3F 4O3MA 1WUDA 2HBLA 2CPRA 2HBKA 2DGZA 2MA1A 4QIWF 4NLCA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q18A 2FC0A 4OPAA 1JL2A 4Y2PA 4QIWC 1JLBA 3EZWA 3UKUA 3U4LA 4UATA 4BR7A 3TQ1A 4FK2A 3K5MA 1C0GA 5KFCA 3CPEA 4LFCK 5ALYA 5HHHA 1TGOA 4AM6A 3V81A 4LF9K 4CZFA 5K14A 4LZDA 4O5CA 1BGXT 1NGHA 2VG7A 4DTRA 4BC2A 3WNEA 2W7PA 3BEXA 2YMPA 4ECUA 2RRDA 1D9FA 4E7LA 1NJXA 2ISOA 3CG7A 3IDHA 4FWNA 3SK3A 3T1HK 1EO1A 1ZJNA 4CJ4A 2O8CA 4CJRA 3K75D 3Q8SB 4C1NK 2ZXIA 8ICKA 3FZMA 4NYNA 2JZBA 4CECA 3WK8A 1HUXA 3A0HU 1B43A 1BNPA 2W9CB 2WF7A 1AROP 1LW0A 1XQSC 2OTLN 4J03A 4ECWA 4CFCA 3FM9A 3AA2A 3T7ZA 4YOUA 1TV9A 4GKKK 3RJGA 4CGDA 3PZPA 2IA6A 4DU1A 4FJGA 8ICPA 9ICXA 1ZD2P 2Z1HA 3C65A 5E84A 5J0WA 4KV8A 3NVZA 2KICA 1EKEA 2BDPA 4IS7A 4KITB 4H0VB 5DGAA 3OYCA 4I2HA 3C2KA 3M6GA 4KTZA 3VQPA 4FL9A 3VESA 3CNHA 2JV3A 2HHHK 1XHZA 4Z4FA 9ICBA 5CRXA 3VEYA 2IVPA 1RBTA 2PFOA 1VHXA 4XQ8A 4CJSA 3LZIA 1VQ8N 4BRCA 4FJHA 4MFAA 4LH4A 2VCPA 4ECRA 3N4MB 3U9ZA 4PL2A 4PHAA 4Y2TA 3M5RA 1BQMA 4DR2K 4DR6K 1MC8A 4B08A 1YT3A 2MU2A 3AU2A 3J81O 3TI0A 3PO5A 8ICMA 4QS9A 2MA1A 4HYKA 4KHNA 5F9LA 4O8UA 1SKRA 3K9KA 5AZJB 5AI5A 3DXMA 3EKUA 1GLJO 1RT5A 2UYTA 2ZGZA 5LMNK 3OYAA 3VGLA 5AI9A 3RJFA 2A3VA 3DLRA 4BR2A 1ZBHA 1RZTA 3UQ0A 1M90O 4PKGA 1K8AO 1EWQA 2N1RA 3WEEA 3D6RA 4PGXA 4YFKA 2HNYA 3CPWM 1ILYA 2R8GA 4FLVA 1Q81O 1EXNA 2KD1A 3TANA 3NF7A 2P9IA 4JNEA 1I39A 4PZNA 4IEEA 2PBDA 4NLGA 5TKYA 4FM2A 1U49A 1FKPA 5KT6A 2BKEA 1ZQOA 4IWVA 3HPOA 4J9NA 3W0LA 2LHTA 3R6MA 4L3QA 2E2OA 5CY4A 4A5BA 4MF2A 1Z00B 1FXXA 4QZ8A 4FJ9A 3QZ7A 2RDIA 5AQQA 4CZEA 5JLHA 5KPTA 4IQUA 4H0YB 3L2VA 7ICSA 3DLHA 3P38A 1SV5A 1UQVA 5KFDA 4FCYA 7ICGA 3CQYA 2ZTCA 1IO2A 3A2FA 3T1AA 2F2AB 1DGJA 4ED8A 4ELUA 1NGBA 4CEDA 2HMXA 3LP1A 3V1QA 2VWJA 5GTHU 4DS4A 4FLUA 2CRXA 1HPZA 5J2QA 8ICRA 2JH7A 1C7YA 4NXNK 1NBWA 2Q4TA 2P9SA 4PKHA 4B1XB 3RB0A 4CK1A 5L1LA 5BRDA 2ZD1A 1RM6C 5J0YA 1WCLA 4FBUA 4ED0A 1XNQK 3P31A 5AZIA 1BVSA 2A19A 1ZQFA 4K25A 2CPRA 1HJRA 2OPSA 1WSFA 3CC7N 3PSFA 2X74A 4M3XA 4TURA 1MA9B 4J9RA 2QB0A 2C2RA 2K89A 1C0TA 4ECVA 2FSNA 5JU5A 4CD1A 5HP1A 2HHUA 3WK7A 1IKXA 4DTNA 4G9ZA 3FGUA 4QZIA 3TFSA 3SD7A 3QESA 1XC9A 1NK4A 3K4GA 1D9DA 1V97A 2BQUA 4WYBA 4DV4K 4IFVA 3TACB 1ZQVA 1CEZA 3ULEB 2Q3SA 4B1VA 5KQDA 3SCXA 2HMIA 1ZBFA 2O8DB 1F44A 2EZZA 4E7JA 4PHEA 2OWOA 4JK7A 1RCHA 2XY8A 3H0LB 2J6TA 5M1PA 2XCPA 5BN8A 2XY7A 2AQ4A 1GLEG 2P9IB 3SPYA 4FW1A 4K4IA 3T19A 4WFAL 3FE1A 2KLAA 2XICA 4O0JA 3DXKB 4CGHA 2NO4A 5ALEA 4GC6A 3WQTA 3CCQN 3V6JA 5J0RA 1XUPO 2AU0A 4O3RA 3ENHA 4MFFA 3T5LA 1F0MA 5ALQA 4JKFA 1RT4A 3K1ZA 2QLTA 7ICKA 3Q7BA 4PUOA 3BP8A 8ICHA 2G8HA 1ZRNA 2OYYA 4AP9A 4TUQA 3ORYA 4RW4A 1KFTA 4NM2A 3E9PA 4NXMK 3K9JA 4UB5A 2HI0A 3MEDA 3MABA 3FDSA 4DO9A 3S9HA 2GH1A 4F91B 5BRFA 3QYPA 9ICLA 4RG8A 3O0FA 4PHTX 2GTDA 3LVWA 3MR2A 4JK8A 4MDAA 4Z94A 2UUBK 4BQZA 1DOQA 3UKRA 1KDHA 1K1SA 1ITGA 2YNHA 4A59A 2WTFA 4K8XA 3F9MA 3H6EA 4CJFA 5J0UA 1K8KB 1RBUA 3ZT3A 4U67L 3H0MB 3MXJA 1ZQZA 2CN1A 3RB4A 3QFPA 5CEHA 4ED6A 5AQMA 4US9A 5EU7A 3SJHA 2VJ4A 3FZFA 5AR0A 2RLTA 5C24A 2WF9A 1GLFO 2FF3B 4ELTA 2FF6A 2BPCA 4RPZA 4IO8A 4PHPA 2E5SA 5KI6A 5KFHA 4OVLA 4C4TA 2GOLA 5AM4A 2KHOA 2K4PA 2K8CB 2MRLA 2I7NA 4EBCA 1VSLA 3JPSA 3ZX0A 3J7YP 2JH1A 3N7SC 3M9OB 1OKJA 5E41A 2HHVA 3PSTA 4DWIA 8ICTA 1TYQA 4MLEA 3O3GA 3EY1A 3CCJN 4DU3A 1SZHA 4M3RA 4CZLA 1HNWK 4RNMA 4LF5K 2WF6A 5AFUH 1CLQA 2AQ0A 4XRHA 1ZQHA 1S77D 2XO7A 3KHGA 2PZSA 4RT3A 3O1WA 4RUCA 3VQ5A 3J7AP 2O8EB 2YB1A 4BWJA 2GBZA 3B8AX 4DL2A 3ATUA 3Q7CA 1ZQDA 5F9NA 5J2JA 2QWPA 1SV0A 2YB4A 5F1XA 2P9NA 1S5LU 3LDPA 4TQRA 3QEWA 2JMGA 2OZMA 1A5WA 2V4QA 1BL3A 4YOYA 4E1NA 2KZ3A 2VG6A 5AK3A 3OA9A 4P0PA 4QZEA 9ICTA 2OYQA 4V19S 5J2MA 1SXDA 4CJUA 5KG5A 3GZFA 4AF1A 5C0YA 4HVJA 1IBMK 3WKEA 2Q2RA 1HYSA 4HTLA 4BG9A 3AL0B 5FPDA 4MQ3A 1L7OA 5C10A 1ZBSA 2YNFA 1WB9A 2B5JA 4ILHA 2KNJA 5EX5A 3ZI4A 1Q7YO 4Y1CA 4H5VA 1ZRMA 4F4WA 2VG5A 2G8UA 3AVLA 1RTDA 4FJLA 2AGOA 3AO5A 4BE2A 2W6KA 4N76A 3K5OA 4ECYA 3WKCA 3PMLA 5AK6A 3DRSA 4MFBA 4ECXA 3NH0A 1JCEA 1JLFA 1XU4A 3CFOA 3VTHA 2ZIXA 1RYSA 3AGKA 4A2BA 4CEQA 1X42A 4RUAA 1HNVA 2Z1GA 3OS2A 4J9PA 3KBBA 4BJQA 1XS9D 2D0BA 3TADA 4ELVA 3SR6A 2G07A 3MCAB 2GWSA 1UPHA 5HROA 3FZKA 1C0MA 3U9DA 1BPEA 2D1KA 2JGAA 2W43A 4O5KA 1XNRK 2G8IA 1ZD4A 3BQ1A 3R9PA 1H1VA 4CZGA 4JV5K 1KC8O 7ICOA 3QEXA 2K4IA 5EE1A 3G0ZA 1Z6RA 2P9NB 4BXOA 2BGGA 4CHZA 5JRTA 1NG9A 4LF8K 3MDAA 2IOFK 2LYHA 3JPTA 3C28A 3AO2A 5AQOA 2HVIA 3F5AA 2A6AA 3ZT2A 3L8BA 5BOMA 1NK5A 1NKCA 5D3GA 1N33K 2ZUCA 3VF6A 2DFLA 5AM5A 2BCSA 3KD3A 4P0PB 1W0HA 4N56A 4DTPA 1OVQA 4I6MA 4B1YB 4BRKA 4KPYA 2W8LA 3H3OB 5JVHL 3TAPA 2QARA 3BF1A 3WKBA 4BE1A 4XUSA 1EETA 4O5FA 5KT3A 4KLOA 3M7DA 4BG8A 3RJHA 4CHPA 1LWCA 2PYLA 1S1UA 2A1JB 3E1YA 1L8LA 3C23A 3MX2A 4CD3A 1XNSA 1HYZA 9ICGA 2QWNA 4J9LA 4OGCA 3JAMO 1S0NA 4I28A 1KTQA 3HPHA 5BREA 4W5OA 4I2QA 4LF7K 1N56A 3ZX3A 3PVXA 4R79A 2XC9A 4OPJA 2HOFA 2VQEK 4DLEA 3H8JA 3KK1A 2NZTA 4FSVA 2ZIXB 3OYKA 3SQ4A 1GOCA 3KIOA 2VKQA 5CZ2A 3EUB2 2E2NA 1NZPA 3JYTA 4OCZA 5J29A 2E6MA 1T8EA 4O5EA 1WBBA 9ICRA 4FWPA 4QZHA 4FO0A 4IO9L 1JL1A 4YOWA 5J2KA 3PR5B 4UB2A 3VGKA 3PW2A 3QUTA 5D49A 4F2SA 5CHGA 1J5OA 3P39A 3MGHA 4CJQA 4A5AA 3N97B 3LDSA 3R9KA 3LM2A 3D2EA 5ALTA 2LBOA 3Q8QB 3G4SN 4ZTFA 4YNQA 3QBWA 1IIPA 3TAMA 5J2IA 2QWQA 3AEVA 5KG6A 3WK6A 4BR4A 5AQTA 4KMOB 4RQ0A 3D45A 4UB4A 1WSJA 3G25A 4I6MB 5LJWA 3LZJA 4DU4A 2KOBA 3VENA 3AARA 2QARB 5KRTA 5D4BA 1TK5A 1F5SA 2GELA 4M3TA 1TAMA 1BOTO 4M3UA 1RT7A 3WUHA 3WXMB 3CMAN 5ALSA 3DOLA 1YHQN 1YZ7A 4C8KA 1BI4A 2ETJA 4NV0A 3NAEA 1Q46A 5CR4A 3JXUA 2WAQF 4NL9A 7ICRA 2ZJAA 4U7CA 7ICFA 2JGUA 5KGXA 2F3NA 3RH4A 4O3NA 2C22A 1BCOA 3CJBA 3GIIA 1BWFO 1O13A 2R8KA 5SZTA 3F5TA 5KFOA 3GDXA 2E1EA 2JEGA 3NHGA 3AQEA 4B9MA 4AH9A 2HBLA 4R8UB 4CCHA 4QWEA 4CRXA 3E2EA 1KEJA 2JWLA 4GKJK 4BVPA 4ISEA 5E26A 4HAIA 4BRDA 3RF9A 3OYJA 3B0XA 4JB3A 2EWSA 3ZSVA 1XMOK 2KKPA 4UB8U 5DK5A 4F3OA 2KEYA 4Y2VA 1FJGK 2IHNA 3EO3A 5KG3A 3IV6A 1ZETA 1IG8A 3QERA 1J97A 5HR7A 4M04A 4GXJA 2H5XA 3H7IA 3UXOA 1NMDA 4P0QA 3AVAA 3TAQA 3NGZA 3G6YA 2NRZA 1ZD3A 4DFJA 3BY5A 3O08A 4DOAA 2HHXA 1N8RO 4NXZA 4E19A 2KIWA 3CI5A 2KSOA 5AKHA 4RCHA 4CF8A 2HBKA 5FP0A 1URJA 5IILA 4LVSA 3H08A 4B8AB 4K0KK 3VF4A 3H1QA 2D0AA 1GLBG 4M47A 4RWTA 5TKWA 1GOAA 3E58A 5HRNA 1UT5A 5ALPA 3VQDA 1BPXA 3KK7A 2ATQA 2FBXA 4DS5A 5ALOA 1JN3A 3FFIA 1SKSA 2HVHA 1ZC6A 3M3ZA 1I94K 1BIZA 4CEAA 4AHRA 2W9MA 1VQ9N 3LAMA 3L2UA 4QZCA 1TKDA 3MBYA 3KLIA 4CK3A 1O08A 3F53A 5KFUA 3AO3A 5J0PA 3K1RB 2PFQA 3M1FA 3EE8A 3MN7A 4KTWA 4C80A 1C20A 1KD1O 4X5VA 3B0YA 1RTIA 3O9SA 4QW8A 4JI4K 2H3VA 4CZHA 4EYHB 3CCUN 5C2FA 5TISU 3CRXA 3V7JA 4A57A 2YHXA 5EWFA 2IOCA 4KLDA 3CERA 1I3AA 3VQEA 5KFKA 1ZQQA 3JPQA 3QU7A 4CFBA 2YN4A 1SB3C 1KW4A 3NASA 1RNHA 1B9FA 4CIEA 3HZ6A 1O1WA 3RMCA 3BF3A 2H3ZA 3QNOA 4F4ZA 4B9VA 5M1OA 1TUUA 3K2PA 3O9RA 3PW0A 3C1YA 2YKNA 5LY3A 1IKWA 5HHIA 3AA4A 3O4QA 2L5YA 3GV7B 1H38A 3TAGA 2AJQA 4BR0A 4KLGA 4F92B 4M9NA 2ZWHA 1BISA 4BRIA 1IBKK 3BS5A 1WSEA 9ICCA 1JLAA 1S1VA 2H3FA 1TK0A 2BCRA 3CCRN 1ZD5A 3KKAC 3HI0A 2OH2A 4JD2B 3QU2A 4QWCA 5DB7A 1N2XA 2DBYA 1ZQ1C 3RFAA 3C6HA 5KG7A 3QLHA 3OGUA 4XH5A 3I56N 4B9QA 2IVOA 4RW9A 1OH6A 3V6HA 1HKGA 4EELA 4UAZA 4P4OA 1A5VA 3S3MA 9ICHA 5KG4A 1WSGA 4BACA 4J8FA 2XY5A 1SV0C 2LYBA 4RQ1A 3PSPA 1YZ6A 4M9HA 5C12A 2Y9UA 1CZ9A 3M8RA 1UA0A 2FLPA 2YJFA 2ALZA 1LKYA 4UQGA 2ASMA 2H3QA 4E7IA 5KFIA 3CCMN 4CJKA 2P6UA 2R7YA 1C1BA 5F0XA 1QQ7A 2JRZA 4IOXA 5AKJA 2PI4A 4OLBA 2B4JA 2R8IA 4C7ZA 3Q8MA 5J8YA 1SXEA 3IG5A 5EE9A 4IL6U 2K8AA 7ICIA 3Q8LA 4DR5K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KV2 A;  4NLB A;  4CGZ A;  2E1F A;  4QJF B;  3SAF A;  3CYM A;  4OO1 J;  5C0Y A;  1D8B A;  3SAG A;  2HBJ A;  4CDG A;  2E1E A;  2HBM A;  3SAH A;  2RRD A;  1YT3 A;  1GO3 F;  4O3M A;  1WUD A;  2HBL A;  2CPR A;  2HBK A;  2DGZ A;  2MA1 A;  4QIW F;  4NLC A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GFK B;  2DWQ A;  4H5N A;  2ZM6 K;  1W2B M;  4H8K A;  4FJ7 A;  3LPT A;  5JS2 A;  5T7B A;  5DDY A;  8ICU A;  2EH9 A;  1NGC A;  3V9W A;  3RMA A;  2KTQ A;  2NV3 A;  3K5L A;  1ZQN A;  1YIT N;  1L3V A;  3VCB A;  1CZA N;  7ICL A;  5C25 A;  3RB6 A;  3KHH A;  1IJJ A;  3C94 A;  5AI6 A;  4OX9 K;  3VQ9 A;  5AK5 A;  4FW2 A;  1ZQK A;  1LW2 A;  3ZDD A;  2ZIV A;  2QWR A;  3GG4 A;  1PK3 A;  5HBM A;  4DTS A;  2KJ9 A;  3ZD8 A;  2G08 A;  2YHA A;  4WF9 L;  3C2L A;  3KLE A;  4BDZ A;  1RBV A;  1TAU A;  1WAF A;  3VTI A;  4CJE A;  3OVN A;  5AM2 A;  9ICW A;  1D8L A;  4MO4 A;  2GUP A;  2WC9 A;  2W9B A;  4ZH4 A;  1N48 A;  4BRQ A;  2KP7 A;  4AHV A;  3A0I X;  4ZHR A;  4QWB A;  2A41 A;  2DKX A;  4JWN A;  3CFR A;  4EZ6 A;  3H46 O;  3HO1 A;  1S5J A;  7ICV A;  4RQ5 A;  3OHR A;  3DLK A;  4E0D A;  7ICJ A;  2WAQ C;  1SWW A;  5AIC A;  3T79 A;  2Y9T A;  4K41 A;  3QUB A;  4UAU A;  4RW6 A;  2EHG A;  3HT3 A;  1NJY A;  2KK0 A;  4DFM A;  2KQ2 A;  1JKH A;  2WOM A;  4FPA A;  3PSI A;  1LB2 B;  3FZL A;  3RJE A;  2IHM A;  4DTU A;  3LDN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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