The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
183
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structure length |
183
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Chain Sequence |
EVNKIIGSRTAGEGAMEYLIEWKDGHSPSWVPSSYIAADVVSEYETPWWTAARKADEQALSQLLEDRDVDAVDENGRTALLFVAGLGSDKCVRLLAEAGADLDHRDMRGGLTALHMAAGYVRPEVVEALVELGADIEVEDERGLTALELAREILKTTPKGNPMQFGRRIGLEKVINVLEGQVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural basis for specific substrate recognition by the chloroplast signal recognition particle protein cpSRP43.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Protein transport, membrane protein
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source organism |
Arabidopsis thaliana
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molecule keywords |
Signal recognition particle 43 kDa protein
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total genus |
60
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structure length |
183
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sequence length |
183
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-06-10 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00023 | Ank | Ankyrin repeat |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3I3C A; 4LMQ D; 5CBA E; 5COY A; 4J7W A; 2KUM A; 1BNZ A; 1MYO A; 3I8Z A; 5ENR D; 1MSG A; 2J7Z A; 5ENO D; 2X6G A; 4R8I A; 3V31 A; 5ENQ D; 2QYJ A; 1MI2 A; 3EHQ A; 5JMN D; 4BES A; 1RHP A; 4X3T A; 1B4O A; 3TWR A; 2KBX A; 4X3S A; 1YCS B; 4MHE A; 4ZK9 B; 1O80 A; 1DON A; 4DX1 A; 2RVL A; 4TUM A; 2RSO A; 2F8X K; 2ETB A; 2DZN A; 2KEC A; 2L9H A; 4Z68 A; 4OAV B; 5KBA A; 3ONA B; 5EID A; 4BSZ B; 2P2C P; 2K04 A; 3F2U A; 4ZLT F; 1WTO A; 3TWV A; 1EIG A; 4O1O A; 1PLF A; 5CEC B; 3Q9U C; 3UI2 A; 1ILQ A; 3UTM A; 4C48 B; 1J8I A; 1M8A A; 1F2L A; 5ENT D; 2HDL A; 4HNA D; 3Q9N C; 1XX8 A; 3UXG A; 5EN5 D; 5E4X A; 1U4M A; 2L1B A; 2DY8 A; 5AN8 A; 3W9F A; 1G91 A; 2K1B A; 4HI9 A; 4N5Q A; 1IHB A; 4OIJ A; 5FIN A; 2F37 A; 5E4W C; 3R93 A; 1B2T A; 1DOL A; 2KOL A; 1AP0 A; 1GUW A; 3NOC D; 3JXI A; 4O60 A; 1QYM A; 2V5Q C; 1LV9 A; 5CED B; 3EU9 A; 3J5P A; 2MGS A; 3AAA C; 2NZ1 D; 3ZKJ A; 3TWQ A; 1PFB A; 3FDT A; 1DZ1 A; 2D9U A; 4CYM D; 1N0Q A; 1B50 A; 2XIW A; 5ENS D; 4ZKC B; 3N52 A; 3FPU B; 3IL8 A; 4BET A; 1HRJ A; 1MGS A; 1WVL A; 5CBN A; 3IFD A; 4B93 B; 3D6W A; 3DEO A; 5ENP D; 1IL8 A; 5ITZ F; 2B2T C; 4A63 B; 1HUN A; 4K5C A; 5EQ0 A; 1O7Z A; 1YYH A; 2XEE A; 4K5B A; 1E0B A; 1JIC A; 3TWT A; 2FJ2 A; 1WTQ A; 5AAR A; 2PNN A; 4J8Y A; 1F9S A; 4HAE A; 5CER B; 4RAU C; 1BBX C; 5EJW A; 1VMP A; 1G3N B; 3AJI A; 2MP1 A; 4U95 D; 5HKP A; 3C5R A; 4QQI A; 2B2V A; 1SW6 A; 4IUU A; 4ZFH A; 4HBD A; 1O7Y A; 2Q8T A; 4CJ2 C; 4CJ0 B; 2K28 A; 4G8K A; 1SDF A; 3TWU A; 1HUM A; 5CMD A; 4BER A; 4IUP A; 2N88 A; 2VGE A; 4QUF A; 5D14 A; 2NYZ D; 2RSN A; 3EHR A; 2B2T A; 2K01 A; 1J9O A; 3MTS A; 1NAP A; 4F6R D; 3TWW A; 1K3Z D; 2X6L A; 4LSZ E; 3HRA A; 4ZAI A; 5EIB E; 1X3Q A; 1ILP A; 4HQD A; 1U4P A; 3ZNG A; 5EKI A; 1N0R A; 2QC9 A; 4IUV A; 1VMC A; 1G2T A; 2HE0 A; 3IXE A; 2MYO A; 5AQ7 A; 1C8C A; 5EPK A; 1ML0 D; 3I90 A; 5FIO A; 1D9S A; 5EPJ A; 4IUR A; 4X3U A; 4ATZ D; 4NW2 A; 1RTN A; 5JA4 D; 2B2U C; 3MWY W; 2XEH A; 3LJN A; 2L4N A; 3GV6 A; 5COR A; 4LNU D; 2F8Y A; 1HHV A; 2NYJ A; 1BLX B; 1QE6 A; 1S70 B; 2R3Z A; 1RJT A; 1TR4 A; 3ZU7 B; 1KNA A; 1ZXT A; 1AZP A; 4MN3 A; 2V4H C; 5CEA A; 4DUI A; 3J5Q B; 1SAP A; 2MPM A; 1Q3L A; 3F6Q A; 5AQA A; 4GMR A; 1U4R A; 3GV3 A; 4DX2 A; 1NFI E; 2Y1L E; 2B2V C; 4UUC A; 2NWG A; 4HI8 A; 4G8L A; 3TWS A; 4DX5 D; 1BU9 A; 1KNE A; 4HRL A; 2L11 A; 4HCS A; 3SVM A; 1TVX A; 4HLL A; 1SSO A; 3V2O A; 4BEP A; 3V30 A; 1A15 A; 3HG0 D; 1PDQ A; 2EPB A; 5DNF A; 1QG7 A; 1WTR A; 3DM1 A; 3QO2 A; 2B2U A; 2ETA A; 2K03 A; 1DC2 A; 4CJ1 B; 1BF4 A; 1HFG A; 1MX4 A; 5AFW A; 1BD8 A; 1DCQ A; 3T8K A; 1F9Q A; 4NIK A; 5HS0 A; 1XYI A; 3I91 A; 5AAO A; 1CA6 A; 3LWE A; 5EPL A; 3DEP A; 1MJ0 A; 2BDN A; 2HCC A; 3HP3 A; 2RFA A; 4HB5 A; 2A5E A; 1G2S A; 2KXP C; 4DRX E; 1CA5 A; 1MX2 A; 4RWS C; 2AJA A; 2H1E A; 1AP7 A; 3W9G A; 4DX6 D; 1HA6 A; 3KBX A; 4O42 A; 1RTO A; 1HFN A; 4HSV A; 1DOK A; 4IUQ A; 4CZ2 D; 1X3P A; 1ROD A; 2FMM A; 2RFM A; 2Y0B G; 1S4Z A; 1EQT A; 2B0O E; 1X32 A; 4YDY A; 2KED A; 2K05 A; 4XT1 B; 3B95 A; 2DY7 A; 2HUG A; 4IUT A; 3JUE A; 5T1I A; 1G6Z A; 4X3K A; 1BI8 B; 1IXV A; 1PFN A; 1PFM A; 2B2W C; 2JP1 A; 3NOG D; 2DWZ A; 3V79 K; 1EOT A; 2XEN A; 1AWC B; 4QUC A; 5EYP F; 4GPM A; 1DOM A; 5CBO A; 1F9P A; 2IL8 A; 5JJZ A; 1A5E A; 1NR2 A; 3P7J A; 2CVR A; 3TWX A; 4ZHB A; 2FIN B; 1MSH A; 1EIH A; 4HRM B; 1NCV A; 1N11 A; 1IKL A; 2KVM A; 2FHT A; 3H91 A; 4F1P A; 2ZGD A; 2XZT G; 4HRN A; 3SO8 A; 5EIL A; 1MX6 A; 1JE4 A; 3JXJ A; 2B2Y A; 5BXU A; 3ZUV B; 1F9R A; 2BKK B; 2M2L A; 5CBE E; 5KWD A; 5KNH D; 2L6B A; 4RA8 A; 4K5A B; 4R9W A; 5D65 A; 2ZGG A; 1QNK A; 4ZKB B; 4U96 D; 4U8Y D; 4QFV A; 2EE1 A; 5KNG A; 2X69 A; 2JAB A; 3B7B A; 2L12 A; 4YDW A; 1B3A A; 2ETC A; 3D9H A; 1ESR A; 3Q6S A; 1WG0 A; 3V2X A; 1U4L A; 1YMP A; 2B2W A; 1IKM A; 1WTW A; 1WTX A; 4OAU C; 2VXW A; 2XZD G; 4U8V D; 4U68 A; 1WTP A; 1EL0 A; 1WD0 A; 5AQ9 A; 2N55 A; 4DN4 M; 5T1G A; 4JB8 P; 2JYO A; 2EOT A; 1K1B A; 1BO0 A; 2BKG A; 1NR4 A; 1ICW A; 2SDF A; 1WD1 A; 1OY3 D; 3NBN B; 4RLY A; 3G7L A; 5AQB A; 5D66 A; 4LG6 A; 3TZD A; 4UAI A; 3KUP A; 4XT3 B; 3TN2 A; 1OT8 A; 1WTV A; 1UOH A; 1K1A A; 2RA4 A; 4HED A; 2HDM A; 4XDX A; 1BI7 B; 4OIK A; 2KEE A; 2J8S D; 2DVW A; 4O1P A; 1AZQ A; 2Q8R E; 5HRY A; 5EYL A; 5BXO A; 2FFK B; 2DZO A; 1B53 A; 2FO1 E; 2B2Y C; 4DX7 D; 1SVX A; 2MJ8 A; 1WDY A; 3KEA A; 1CM9 A; 3T9K A; 1IKN D; 2HCI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A68 C; 5IWA Q; 4A3E G; 1IBK L; 4Y52 H; 3U9O A; 3NPP A; 4LMQ D; 3D31 A; 1GUO A; 2KHI A; 3EA6 A; 2PYK A; 1NSN S; 5ENO D; 3T53 B; 1QUQ A; 1JJ2 A; 3PQI A; 4JC8 A; 2FO7 A; 2XHE A; 3V31 A; 4CDR A; 1MI2 A; 4LFA L; 2NVQ B; 2LSV A; 3EHQ A; 1N36 Q; 5JMN D; 4EQF A; 3K9I A; 1NJI C; 1E2V A; 3OMG A; 4X3T A; 2V4L A; 1CSQ A; 1EEI D; 1B4O A; 3TWR A; 4WWO A; 1O7I A; 3A7L A; 4AY5 A; 1D7Q A; 1T5X D; 2UXD Q; 4XEI G; 2NVT H; 4TUM A; 3AFQ A; 1PYS B; 3M3Y B; 1HZ9 A; 4WNF A; 2LMC B; 5FQ6 A; 2AWN A; 3MKQ B; 1D5M C; 3MA5 A; 5LMN W; 4BA1 I; 4FLH A; 3ONA B; 5C1D A; 3HKS A; 3M4Y A; 2IX0 A; 2PQA B; 4RHS A; 4UWF A; 1N34 L; 3UE1 A; 3ULE G; 4BSZ B; 1ASZ A; 1KXL A; 1E3P A; 1QNU A; 1YEZ A; 3ZIM A; 2K5Q A; 1WTO A; 3TWV A; 5FWQ A; 4R8N A; 1UUP A; 4DR4 Q; 3VTY A; 2E2I B; 4L7T A; 2PQR A; 3Q9U C; 5M5W B; 3B7R L; 4CDE C; 3PSI A; 1I6H B; 1TT2 A; 3BYY B; 4WFN 3; 1SNO A; 5I9P A; 3DWL G; 4XZ4 A; 4JOI A; 3T1Y L; 1EYD A; 5C6A A; 3VR3 A; 2XVS A; 2ALY B; 4IOC A; 1LT5 D; 1XX8 A; 1HR0 L; 3AU5 A; 3UXG A; 5BN4 A; 2HO1 A; 1VQI A; 3E6Z X; 1HNX L; 5T3R A; 1ZEQ X; 4RVB A; 4IZ8 A; 3ZYY X; 1SLJ A; 3RZO B; 2WXO A; 5AN8 A; 3SBT B; 3ZJY C; 5IY5 E; 1TY0 A; 5JVG 3; 4HI9 A; 1XWE A; 1Z5S C; 3E4B A; 3IHV A; 3OAW A; 2F37 A; 3K7A H; 4DV7 L; 4IFD H; 3Q23 A; 2XRY A; 1AH9 A; 5E4W C; 3OSO A; 3J81 L; 2GVB A; 4EPZ A; 1HTL D; 5FJ8 H; 2NVX H; 2Z4H A; 4WNE A; 1JUQ A; 5LX8 A; 3W2D A; 4I6E A; 4O60 A; 3FU0 A; 4DA2 A; 3HYM B; 1S5E D; 5EX3 A; 4K0R A; 1C48 A; 3J5P A; 2MGS A; 1HH8 A; 4JI4 Q; 5B1B E; 4NDX A; 3P1H A; 3AAA C; 2NB0 A; 4ALP A; 4DR5 L; 2OEW A; 3KYH C; 3UDF A; 1D1K A; 4B3M L; 3T56 B; 1HPC A; 2A6H D; 4DR6 L; 1YNN C; 3E3X A; 1KAW A; 3FDT A; 3X3N A; 1PYB A; 5M5X H; 2A8V A; 1STA A; 3SQV A; 5CYU A; 4X65 L; 3K0X A; 1HF8 A; 3CQG B; 1K3B C; 3N52 A; 3H09 A; 5ARF A; 2EYO A; 3PEU B; 4XIF A; 3IL8 A; 1Y8O B; 3APC A; 1PZI D; 4PZ6 A; 4GZY C; 5A23 A; 2QDB A; 2K5D A; 4PQX A; 2WV6 D; 2X3M A; 3ESL A; 3D6W A; 3T1H Q; 2X6I A; 1LF8 A; 5ITZ F; 3ASG A; 1CI3 M; 3A74 A; 3AFP A; 2M9V A; 4GZ3 A; 4M3O A; 3QKY A; 4A63 B; 1AE3 A; 2C2L A; 5EQ0 A; 5IOD A; 4MIU A; 3A8J E; 4KT6 B; 3NB2 A; 4A3I B; 2BUG A; 3C1F A; 4PNY A; 2L6J A; 2L5T A; 3PRE A; 1X56 A; 2F0M A; 3O4Z A; 3ER0 A; 2JA6 B; 3CHO A; 4LF4 Q; 1VQE A; 4GOP B; 2WM9 A; 1I3Q H; 5BN3 A; 3PGZ A; 2CWP A; 4BY7 H; 2OQ0 A; 2JA7 H; 3NEM A; 1EZ8 A; 2C0M A; 2PNN A; 5C4Z A; 2NVY B; 5ELD A; 1A0I A; 3NUC A; 4LFC L; 4LFB L; 1NA3 A; 4I6G A; 4TXR A; 2A6E C; 4OWX B; 2ZJQ A; 3URY A; 4CKB A; 1YNJ D; 2K7V A; 4LWC A; 5FJ8 G; 4A3K B; 1EY7 A; 2BA1 A; 5HKP A; 4KKS A; 1SND A; 4OON A; 3ONK A; 1SW6 A; 2JEA I; 4ZFH A; 1LO5 D; 1TWH H; 2EYH A; 2IJ0 A; 3ICE A; 3MXU A; 2F0Y A; 4H02 A; 1BQQ T; 2Q8T A; 5IP7 H; 3ZYK A; 4EZJ A; 2K28 A; 1KZP A; 5BPP A; 4G8K A; 3I5P A; 3I72 A; 3CW2 C; 4GLV B; 1TYQ G; 3ISM C; 1SDF A; 4UI9 C; 3URZ A; 4KD4 A; 5CMD A; 4U0U A; 3NTH A; 2I0Q A; 1KT1 A; 3FU6 A; 5D0O D; 1WCM B; 2N88 A; 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5AQA A; 4HXI A; 1TXY A; 2ZXP A; 3L2P A; 3A55 A; 3QWV A; 2EIJ E; 5DEH A; 3ABM E; 3B7S A; 1FR3 A; 3TRE A; 3S2D B; 4V0B A; 4FJY A; 2M63 A; 5ISR A; 2B3G A; 3GTO B; 1D5X C; 3VR4 A; 3CR3 A; 3TWS A; 4DX5 D; 3MKQ A; 3CV0 A; 4Q94 A; 4R1J A; 4HCS A; 3CVL A; 5BN5 A; 2EJF C; 2CHB D; 2PQA A; 1TVX A; 2MNA A; 2NC9 A; 3LX0 A; 3ML9 A; 1PRT D; 3LVQ E; 1SSO A; 3SDZ A; 1YJ9 A; 4FF4 A; 4IJL A; 1TS5 A; 1V54 E; 3V2O A; 4B94 A; 2OOE A; 4O1N A; 1K3R A; 5KYL A; 2I2O A; 4JV5 Q; 4BEP A; 2ICE C; 1A15 A; 1EYA A; 2NTS A; 4BX9 A; 4KXK B; 2EPB A; 4GN5 A; 1FVF A; 1NTG A; 4A3J B; 3SFX A; 4RKL A; 3JUI A; 1VQA A; 2OTL A; 4J8D A; 1GUN A; 4HLE A; 1LT3 D; 2F0Q A; 2K6A A; 5J22 A; 3KJP A; 3GTG H; 1TKW B; 2V0P A; 3PE3 A; 2AHO B; 3DM1 A; 5IP9 G; 3H15 A; 5HQ8 A; 3CPF A; 4ABN A; 1DC2 A; 3PZ2 A; 4C3I H; 2UY1 B; 3ASH A; 1BF4 A; 3ULQ A; 3DXK G; 4FP5 D; 3RO2 A; 1MX4 A; 5I2X A; 2VB3 X; 4A3E B; 4GNX C; 3KBG A; 2UUC Q; 1BCP F; 2E75 C; 1HXI A; 4CKE A; 2VSO E; 4OX9 Q; 4CGW A; 3R2I A; 1II3 A; 1XYI A; 3DM3 A; 1H9S B; 3I91 A; 5AAO A; 5M3F B; 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