1YTEA

Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from thermoplasma acidophilum, phosphoribosylpyrophosphate bound structure
Total Genus 130
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
MNVFNTASDEDIKKGLASDVYFERTISAIGDKCNDLRVAMEATVSGPLDTWINFTGLDEVLKLLEGLDVDLYAIPEGTILFPRDANGLPVPFIRVEGRYCDFGMYETAILGFICQASGISTKASKVRLAAGDSPFFSFGIRRMHPAISPMIDRSAYIGGADGVSGILGAKLIDQDPVGTMPHALSIMLGDEEAWKLTLENTKNGQKSVLLIDTYMDEKFAAIKIAEMFDKVDYIRLDTPSSRRGNFEALIREVRWELALRGRSDIKIMVSGGLDENTVKKLREAGAEAFGVGTSISSAKPFDFAMDIVEVNGKPETKRGKMSGRKNVLRCTSCHRIEVVPANVQEKTCICGGSMQNLLVKYLSHGKRTSEYPRPKEIRSRSMKELEYFK
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (4-6)3H3 (103-105)AH1 (9-14)TIV1 (15-18)AH2 (20-29)3H1 (30-35)S5 (91-98)TIV8 (309-312)3H2 (99-101)O4 (33-100)S1 (37-44)S14 (325-330)TVIII1 (81-84)TIV2 (47-50)AH4 (106-130)AH13 (374-386)S2 (52-54)TII2 (75-78)AH3 (57-64)S19 (366-367)TII1 (64-67)TIV14 (362-365)S3 (69-73)O2 (67-69)S4 (78-80)AH5 (148-158)S15 (336-340)TI1 (84-87)O3 (301-303)S6 (135-137)S7 (162-163)3H4 (140-142)AH12 (293-297)3H5 (145-147)AH7 (182-188)AH8 (190-200)AH9 (217-226)S8 (208-210)TIV4 (212-215)TIV5 (228-231)TIV6 (243-246)3H6 (240-242)S10 (266-270)TIV7 (270-273)AH10 (246-260)AH11 (275-284)TI2 (262-265)S12 (303-310)S13 (313-314)TII3 (317-320)TI3 (340-343)TIV10 (331-334)O5 (330-348)TIV12 (348-351)S17 (353-356)TIV9 (330-333)TIV11 (341-344)S16 (346-347)TIV13 (349-352)S18 (359-363)S11 (288-291)TIV3 (202-205)S9 (233-236)TII'1 (130-133)AH6 (166-172)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
publication title Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acido
total genus 130
structure length 389
sequence length 389
ec nomenclature ec 6.3.4.21: Nicotinate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01729 QRPTase_C Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1yteA02
3.90.1170.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain 1yteA01
3GDLA 2O7SA 4JYFA 3EWBX 5KZMA 2JK2A 3O6CA 4GBUA 2Q3RA 3C52A 4UFJA 1BKSA 5I3FA 1QPRA 4LVDA 2DU2A 4MLJA 1NEYA 1RPXA 5U7SA 3FEMA 5K3VA 3M5XA 3P81A 4UTUA 4IQLA 1JCNA 4LUIA 1G4PA 2YSWA 1M6JA 5DCBA 2BTMA 3RMJA 1E51A 2ZRUA 3G1AA 3OVRA 4ZQRA 1VYRA 3GVGA 4TR9A 5EL1A 1VCVA 3GKFA 1JRBA 3DFQA 4HT3A 2C1HA 3NL6A 4DPQA 1TJPA 4UCGA 1WX0A 3P67A 3P7YA 3OA3A 2WJZA 4IX0A 4H3DA 2PCQA 4JTIA 4LVFA 3P5YA 2ZRZA 2B7OA 3PM6A 4DO5A 4M7TA 4UTMA 3W2KA 3MW7A 4C1LA 1PE1A 4NNBA 3A21A 2X1SA 1GOXA 3W3OA 4RLIA 4O1CA 4KKXA 4MKNA 3IIZA 5EA9A 2YYTA 3W1AA 2FDSA 1O95A 1FWSA 2C6QA 2NLIA 1W31A 3IGXA 3UPWA 1TJRA 3VCRA 4K8EA 4W9TA 1Z44A 2QCMA 3GAKA 2NX3A 3P82A 3PB2A 2E1DA 3NPVA 3IVUA 3NPXA 5IM51 3MYOA 3S6DA 3QQ0A 1TPB1 4DPPA 3W23A 4H6KA 1BEUA 5CKSA 4K39A 3KRZA 3GDTA 3O63A 3G18A 1S5TA 5F1UA 4CLMA 1SSDA 2JKPA 1EP1A 1ICQA 5DXYA 3LI0A 3W1UA 1XBYA 3W84A 1G4EA 2QJIA 3PAJA 1W5QA 2QCEA 3O06A 1I8JA 3NQVA 3LCIA 4M19A 2VFDA 3HQ1A 4AHPA 3GIYA 3T7VA 2V82A 1GVFA 5D33A 1NAL1 4AWSA 1P5BA 4MUZA 3S9YA 1L6SA 1OG0A 1QAPA 2GQ9A 3KXQA 4K7YA 1DJNA 5HINA 2TRSA 5LNRA 1N7KA 3NQAA 2Y7EA 3STEA 2CFFA 3W72A 3GXPA 4N4PA 2NV2A 1R30A 3YPIA 4ONVA 2YXGA 3HOJA 2H3BA 3WJXA 1SZFA 1TPC1 4BFAA 1GG1A 1GTEA 3DH7A 3EXSA 4UTWC 3GR8A 3UY7A 1QPOA 3OBKA 3B0VC 1FDYA 5E93A 3NQCA 3LCXA 2HSAA 2QCNA 3O6DA 1OFOA 1X1ZA 1GTHA 1ZAJA 1EWEA 4JTKA 2Y7DA 3R5EA 1WBHA 3HMJG 1DL3A 3VKJA 1TTPA 5F1VA 1FWRA 3W22A 3B0PA 3DHFA 3LB0A 5FF4A 3LLFA 3N2XA 4JIQA 3EB2A 4FNRA 4PFMA 4JTHA 3W2JA 3TH6A 3W1RA 4OV9A 4NU7A 1SFLA 2F84A 4P61A 2FB3A 4HKPA 5AHLA 4FIRA 4S1FA 5KZDA 4YCOA 3LTPA 4FNTA 3TW6A 1ZENA 4JYDA 3C2VA 4GWEA 1L6YA 4AH7A 2ZZ2A 4CQAA 2QJHA 3N9RA 3PS7A 3TR2A 1SZEA 5HQEA 1VPXA 3GAYA 3ATZA 2TYSA 2JGYA 1K7XA 3UWZA 1X7FA 3GB6A 4DBDA 1W56A 1M7OA 1KM0A 3S5OA 3GYEA 1IIGA 1AW5A 3RU6A 1YPFA 3GK0A 1SO6A 4DO4A 3M6YA 5I3GA 3IV3A 4NNAA 1ME8A 1J2WA 3W76A 2DZXA 4N9EA 4WY0F 1EWDA 1F7BA 4QNEA 3UYCA 5C6MA 1ZJIA 3O16A 1EPXA 1PV8A 3NPWA 3WK0A 2ZFAA 1ADOA 3HG2A 5HUOA 1HTIA 1T0OA 4FB7A 4I9AA 4O1DA 1B4EA 1QCWA 5EBUA 3TDFA 3B0UX 1JVNA 3DENA 4UTKA 2VFFA 1HO4A 1L9WA 1H7WA 4KWVA 4IX2A 3M16A 4OE7A 3GDMA 4JNMA 1N8FA 1TPH1 1Q6LA 3S0CA 4YXGA 2G95A 1YLVA 1LLZA 4O0KA 4WY0A 5FESA 4LWWA 2DZVA 2PE4A 3E49A 3SI9A 1KTNA 4N9CA 1H60A 5FEXA 1I4NA 4DEFA 1HO1A 1XDLA 1PCKA 3NQ8A 4O50A 8TIMA 3NOEA 1WYIA 3R89A 4BI6A 3PY2A 4NJHA 5CG7A 1I2OA 4LTSA 1CI1A 4JDBA 2PRLA 2VXNA 3TK7A 1OYCA 1OFDA 1WOBA 5LNVA 2WSRA 4TMBA 3W1QA 1JCMP 4A2SA 3HF3A 4GNJA 4LS0A 1Q6QA 1R46A 4N02A 4NXSA 4PL1A 4UR7A 3E96A 3QPYA 3SECA 4IMFA 4WXYA 4XBKA 1KM6A 4JTTA 4MFDA 1H7PA 4HNNA 1UCWA 3O15A 3PWAA 4N6EA 2WQPA 4Y6GA 5KSWA 3PUDA 2E6YA 2RHGA 3BK0A 1H61A 3BPWA 2ZQ0A 2CZEA 5KINA 2ZBTA 1DQWA 2FPVA 3NPUA 2E6AA 4CQ9A 1Z48A 1YADA 2ZA1A 3LHUA 4LS1A 4NZJA 4ZQPA 4YL2A 2I9EA 2Q8ZA 3WK3A 3S1XA 2ZA2A 4RXFA 3M1ZA 2VKZG 1S3HA 3G1SA 1GPWA 3STCA 4UFIA 1H7RA 4HNUA 2H3DA 4RXGA 3B04A 3GLCA 3P80A 2DJXA 4ZMGA 1P0KA 1H50A 1GWJA 4GC4A 4O53A 4EWND 4WOQA 4JTEA 4Q4KA 1EA0A 4AWUA 2ZRYA 1VHNA 3BG5A 1F6KA 4E0CA 2ZTJA 3O07A 4RR4A 4TX9A 5LSMA 5KITA 2WKJA 1I2QA 3IGUA 3C2EA 3I68A 3L66A 2QDHA 4XQ6A 3HPXA 2V5LA 2IQTA 1VCFA 2YFNA 1VJIA 5FEWA 1QOQA 3TAKA 1IF2A 3NZ1A 3DFOA 4JR5A 1LBLA 4OGZA 4JTLA 3T44A 2OZ0A 4ML9A 4E2DA 4IMCA 5FEPA 3KRSA 4OHQA 1HUVA 3ATYA 3IEBA 3LERA 1GT8A 4O4VA 1KFJA 1VC4A 1K8ZA 2QAPA 3G8RA 4BF9A 3L21A 3UWQA 3LHVA 1W5NA 3W7DA 4NT0A 5AYZA 1R2TA 1R2RA 2ALDA 3NL5A 3THAA 5T26A 1C9DA 3G22A 1GYLA 1T8XA 2ISSA 3HGOA 1F5ZA 4JX4A 1WV2A 3KVMA 4UFMA 1KM4A 4FNPA 1TRDA 5LNWA 5A5WA 2C3ZA 1KM2A 1QPQA 4HPJA 3OIXA 2J9YA 4KFNA 3TFXA 1KTCA 4O1BA 1U83A 3NQEA 3OEXA 4PH6A 2WV8A 4K6AA 4NXKA 3JS3A 3C56A 3C2FA 4O13A 5CSRA 1F6PA 2ZZ7A 3QZEA 3USBA 3DFPA 4UR8A 4R33A 3G1YA 3CPRA 2VEIA 4L4MA 3VFLA 2B7QA 4HIBA 2VFIA 2RDWA 2RFGA 1JUEA 1B9BA 2A0NA 5K9CA 3B4UA 3O05A 3BW3A 3LRMA 3PF3A 3PUOA 4ICNA 1SZNA 5DBUA 3EEGA 2R94A 1DVJA 2TPSA 1H7XA 4WY0B 3SZ8A 1QOPA 1TQXA 4YCPA 1LDCA 2FTPA 1WA3A 2C18A 3C2RA 3TSBA 3W74A 1TTJA 4FNQA 3LTSA 1THFD 2A7NA 3NR0A 2G96A 1OYAA 3PBVA 1QWGA 1EUAA 3GXNA 4AHQA 5AFDA 4M6PA 2YFOA 1A53A 1X1OA 3N2MA 4JTUA 4HPXA 2P10A 2VENA 3MWAA 1LP6A 2YGYA 1TMHA 3L5LA 3W9ZA 2KZHA 1NFBA 1KW1A 3NM3A 2J6XA 3I65A 3HGRA 3A5VA 1SO4A 1UUOA 2E68A 3GDRA 4OV4A 4B5NA 1KM5A 5AHEA 3ABOA 3W71A 1FUYA 3QRHA 3W1PA 2EPHA 3L9CA 2J9ZA 3W86A 4Q33A 2VELA 5D37A 5E1QA 4LS2A 4ALDA 5K4ZA 1FCVA 2V5BA 1ALDA 5LGXA 1JCXA 2NZLA 1SPQA 1J4EA 2Y88A 1WOAA 2YZRA 3KVKA 4JN6A 3L67A 4YLWA 3TAOA 5G2WA 3ANYA 4DF2A 3STFA 4FXSA 1WDWA 4M7SA 3NVTA 3O6YX 1OABA 1PHWA 4K37A 2QR6A 3EX1A 4NUWA 3M41A 1SUXA 3C0JA 3W2MA 2QEZA 4ADTA 3D0CA 1W0MA 4CQ8A 2DZTA 2C14A 1VS1A 4NJGA 4O10A 2NX9A 3TKFA 3LRKA 4GUFA 4AVFA 4RZ5A 3DBPA 1I2PA 2Z2UA 1YXYA 2Y89A 3ZS4A 4GUIA 5C55A 1TTIA 3FOKA 3M43A 7TIMA 2X1RA 1GYNA 1GJPA 3LXCA 3E0IA 1DV7A 2VOMA 3EKLA 4O11A 3LCFA 3A22A 4ORMA 2ISWA 3NQFA 3O1NA 1XBZA 1SSGA 4WZHA 1K8XA 1EX5A 1MXSA 4DO6A 2NUXA 1K3UA 3CTLA 4ADUA 3HO8A 3DXIA 4JTFA 3EWZA 3FYOA 4OQVA 4O57A 3QMTA 3NQDA 4N9BA 3UY8A 3CIWA 3W85A 3WJSA 1KM3A 4RZ6A 1PHQA 4FX8A 1VR6A 1SQ7A 3E12A 4O54A 1P4CA 3MI2A 1B57A 1TPDA 1I45A 1GEQA 3E9AA 2CU0A 4JX5A 4AEOA 4Y8FA 2QCFA 2NX1A 4S2CA 4Z1CA 4MY1A 4BI7A 4Z0JA 1TV5A 1KFLA 3BG3A 4KWWA 5DXXA 3CWOX 1G67A 2ZDRA 3BW2A 1GVOA 3JR2A 4N2YA 3G3DA 4P2VA 5EY5A 5LNSA 2WPBA 1EP3A 4MZ1A 2QUUA 4LOCA 4LY8A 3TJLA 2E5BA 2DORA 1HFBA 2I1OA 2QAFA 3T4CA 4LV4A 4UMCA 3L0GA 2GQAA 4UMAA 3MYPA 1VCGA 1OFRA 3W7QA 3TV8A 1YYAA 3S1WA 3CB8A 4AF0A 3TA6A 1V7YA 4OBTA 4BWLA 3IVTA 4JEQA 1A5BA 1LRQA 3NDOA 4EIVA 3PBYA 2NXIA 2V8ZA 2H8ZA 2HS6A 5IBXA 5CPMA 3DHDA 1UUMA 3L2IA 5H2ZA 1XBVA 5K2ZA 3W2LA 2ZRVA 2ZZ6A 5DN1A 1KBIA 1YTKA 3PG8A 3W7OA 2X16A 3P62A 2CZFA 5BRBA 4FNSA 1DJQA 1IXNA 4X3ZA 2JBMA 3PR2A 3VE9A 1ZCOA 4GUGA 2C13A 3I7RA 2JGQA 2HTMA 4AMAA 3TXVA 1EEPA 1H7NA 2OX1A 4WUIA 2ZTKA 2CLFA 4HSNA 3NQ7A 2QDGA 1JQVA 3U6WA 3W2UA 3P8IA 3PG9A 5CGQA 5F4XA 3W87A 1BWKA 2X1TA 3FJ6A 3UD6A 1D3GA 4IPIA 4O4WA 3NXFA 3RFAA 4JS3A 1KLYA 4RV8A 3NO5A 3PVFA 3B05A 4DXVA 1TTQA 1QO5A 1YXDA 5HULA 3EXTA 2E77A 2QKFA 4Z0SA 1ME9A 2R8WA 2ZYFA 2Y85A 3G0XA 3DFSA 2ZZ3A 2WSQA 1I2NA 4I7UA 1Q6RA 2TSYA 1TPFA 2E6FA 2CLKA 3MP4A 4FNUA 3W70A 4DF0A 5HNRA 4A22A 2I14A 1XXXA 1XCFA 1PIIA 3W6YA 2PURA 1EIXA 3KVLA 3W1NA 5J5DA 5CZJA 3W1LA 4KFPA 1KFKA 3GDKA 4D2JA 5AYXA 4PL2A 4I7VA 2QUTA 3TQ0A 3AJXA 5CPNA 3BLEA 1XM3A 4A29A 3C4UA 1TPWA 2NWSA 4OT7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1D3H A;  1WBJ A;  4BI5 A;  4YWI A;  5TIM A;  2CZ5 A;  3BLI A;  4ZQN A;  1A5A A;  3L0N A;  5F4W A;  2YX0 A;  2VFE A;  3LCG A;  1GVR A;  4PA8 A;  3N14 A;  3Q37 A;  5D05 A;  2ATS A;  3FLU A;  2V81 A;  2YDA A;  5LGZ A;  3IIV A;  4LRT A;  4RZ4 A;  1LOR A;  5CZS A;  3TU9 A;  1K8Y A;  1FWW A;  3LV6 A;  3T78 A;  4AWT A;  2NWR A;  1KFE A;  2XN1 A;  1ZAH A;  2QJG A;  1KLZ A;  2W6R A;  2V2C A;  2FFC A;  3C8F A;  4U4M A;  5TQL A;  4E38 A;  2FB2 A;  3DI0 A;  3A24 A;  4NVT A;  3PB0 A;  1LYX A;  1H62 A;  3EX6 A;  3TC6 A;  1PCW A;  2C19 A;  4JIP A;  1YDV A;  1JUK A;  3EKZ A;  2GOU A;  4JY9 A;  4Y96 A;  3DFN A;  4LV9 A;  1LLW A;  4FHA A;  3C3N A;  1NF0 A;  3NAV A;  5C5Y A;  3LRL A;  5EKY A;  3G1X A;  1B4K A;  3L5A A;  1VLI A;  4H4I A;  1ONR A;  3N3M A;  1RV8 A;  3A9I A;  3UND A;  1YXC A;  2BX7 A;  2PC4 A;  3RND A;  3T55 A;  3KFT A;  4N4Q A;  3SR7 A;  3HG4 A;  2EGZ A;  3JRK A;  3QSR A;  2J24 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LCI A;  5FJP A;  2VFD A;  4AHP A;  1EYE A;  3ZT5 A;  2PDM A;  1GVF A;  4YN5 A;  1P5B A;  3U0H A;  1KD0 A;  3RHG A;  2DSK A;  5HIN A;  2PA2 A;  1VEO A;  3TWB A;  2J8G A;  2WVV B;  1N7K A;  4PCN A;  1OBA A;  4R7O A;  2WCA A;  3Q67 A;  4JQ2 A;  2CBJ A;  5AZ1 A;  3HOJ A;  4DHG A;  4GVI A;  1LG2 A;  3N29 A;  3WJX A;  3ITT A;  1Q7Z A;  1TPC 1;  2OFJ A;  3EWD A;  1GG1 A;  3AM9 A;  1GTE A;  1LL6 A;  3DH7 A;  9XIA A;  1VQ7 H;  2IKI A;  3GR8 A;  4JIR A;  4A3Y A;  2Z1K A;  3DG7 A;  5D8Z A;  3PAN A;  1S39 A;  5CXP A;  3LCX A;  3O6D A;  3SDO A;  1X1Z A;  1GTH A;  1ZAJ A;  3WQ5 A;  2GGG A;  4M80 A;  1J93 A;  1EDT A;  3FGC A;  2VHL A;  1UYQ A;  4ATW A;  1WKD A;  5FF4 A;  3P14 A;  3OLE A;  3QVQ A;  4JIQ A;  3GTN A;  4IGS A;  3EB2 A;  4PFM A;  2VRQ A;  5DMM A;  4K1W A;  1P0D A;  3F4C A;  1NVI E;  3I55 H;  2F84 A;  2WAG A;  2FB3 A;  4HKP A;  3RRX A;  4S1F A;  1Q6E A;  3CZL A;  5KZD A;  3LTP A;  4FNT A;  1ZEN A;  1E1E A;  4GWE A;  1RY8 A;  2ZC1 A;  4L9Y A;  3WDR A;  4CQA A;  3RM8 A;  2QJH A;  3N9R A;  1TJ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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