1YTDA

Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from thermoplasma acidophilum, native structure
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
MNVFNTASDEDIKKGLASDVYFERTISAIGDKCNDLRVAMEATVSGPLDTWINFTGLDEVLKLLEGLDVDLYAIPEGTILFPRDANGLPVPFIRVEGRYCDFGMYETAILGFICQASGISTKASKVRLAAGDSPFFSFGIRRMHPAISPMIDRSAYIGGADGVSGILGAKLIDQDPVGTMPHALSIMLGDEEAWKLTLENTKNGQKSVLLIDTYMDEKFAAIKIAEMFDKVDYIRLDTPSSRRGNFEALIREVRWELALRGRSDIKIMVSGGLDENTVKKLREAGAEAFGVGTSISSAKPFDFAMDIVEVNGKPETKRGKMSGRKNVLRCTSCHRIEVVPANVQEKTCICGGSMQNLLVKYLSHGKRTSEYPRPKEIRSRSMKELEYFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acido
publication title Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum.
pubmed doi rcsb
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 131
structure length 389
sequence length 389
ec nomenclature ec 6.3.4.21: Nicotinate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01729 QRPTase_C Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ytdA02
3.90.1170.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain 1ytdA01
1VYPX 4O15A 3P67A 3IIVA 1G4TA 1GYLA 2CWNA 4DO4A 4WX2A 3M5YA 2QR6A 1Q6QA 3GVGA 2ZQ0A 3EWYA 2TMDA 4WQ6A 1X7FA 1JUBA 5D38A 3PUDA 1VC4A 4QSHA 5C55A 1TO3A 4FF7A 5EL1A 3DI1A 3G1YA 1KFBA 3KFTA 5KZDA 1HG3A 1C9DA 2P0OA 4HNNA 4MVAA 3WJXA 3O8AA 2P1FA 2PRMA 3L66A 5AN7A 4W9TA 3GDKA 4GUHA 3W9ZA 1LOQA 4QAIA 4FHAA 5I3HA 3W2KA 1HFBA 4FX8A 2GQ9A 2QEZA 3A9IA 3R8RA 5K3VA 1C8VA 3STFA 3LTPA 3B06A 4LY8A 4O13A 5D32A 5EPDA 3CLMA 3Q37A 4MZYA 3UYCA 2J6XA 3HGJA 2F7FA 5EYWA 3LCLA 1KW1A 2J9XA 5AOUA 1FDYA 2E5CA 3W7JA 4HPJA 4RZ6A 3TH6A 4DBEA 5LKYA 1QNVA 1SSGA 1TPDA 4DXVA 2ZZ3A 3FS2A 3SR7A 3TNOA 3C61A 4LS0A 5D02A 3QMSA 3W7CA 4YLWA 2WKJA 5FF3A 4Y90A 3FKKA 4YMZA 4AWSA 2Z2UA 1IXQA 5IBXA 1YADA 1ICQA 2B4GA 3C52A 1Z44A 2WSQA 3LDVA 2YFOA 4O18A 3W7EA 3GAYA 2A7PA 3TROA 3G1DA 4O10A 4UR8A 3HG5A 2VEIA 3HG3A 4DO6A 4P61A 1TTIA 3B0UX 3A21A 3U8GA 3UD6A 4LVAA 1HO1A 1VH7A 3NYZA 4R7JA 1FDZA 5FI8A 2FLIA 2QCFA 2EKCA 3DFOA 2VC6A 2HS6A 1OFOA 1FX6A 4WD0A 3P8JA 3M5XA 1GVQA 1LTDA 4MUZA 3W2LA 4Z0JA 1O60A 3PAJA 4DPQA 3LXAA 1O4UA 3NOEA 3MYOA 3KVKA 4MYXA 1T99A 2PCQA 4XZ9A 1W37A 3SZ8A 3GDLA 3C8FA 2XN2A 3ABQA 4Q32A 4WXYA 1XCFA 4UFJA 3DBPA 1XC4A 4N9CA 3QJAA 3EWZA 1UBSA 5TIMA 4HPXA 1G69A 4N6EA 5E1QA 5CSSA 4OBTA 4NNCA 2QUTA 4RLIA 4KWWA 3LRKA 4U4MA 4Z1BA 1FWTA 5K4XA 3EKZA 2FDSA 3GYEA 2C6QA 4MLRA 4O0KA 1MEIA 3O07A 1R2TA 4DELA 1VYSX 4A21A 4TMCA 4YCOA 2ZRVA 1K7XA 3FA5A 2RHGA 3ATZA 4LV4A 4NUWA 2JK2A 3L0NA 3NQ6A 5AHIA 1BEUA 3VKJA 4FNUA 4Y9AA 1PS9A 1LROA 5K2ZA 2NV2A 5HINA 2YR1A 1PIIA 1A5BA 3IIZA 4FB7A 2FTPA 3U6WA 4DBDA 3I6RA 2Y89A 4JXCA 3LHYA 1W5OA 1B3OA 1Q3NA 4FNSA 4MJMA 3STEA 1FQ0A 2WV8A 3JS3A 3L5AA 4M7SA 4TIMA 5LNWA 1IXOA 3NQEA 1WOBA 3P62A 1UUOA 2XN0A 3QC3A 1VZWA 4WUIA 1MEWA 1SZFA 1PL9A 4NX5A 1DV7A 3G1AA 1RR2A 2C16A 2ABBA 2NWRA 3L5LA 3W7DA 4GFSA 2FPVA 2VXNA 3E0IA 4GXMA 4A29A 3UPBA 3G3MA 1OFRA 1JCYA 2LLEA 3QW4B 3P81A 1XDMA 3W1RA 4C1LA 2GJLA 4DF2A 1DOSA 1OYBA 3TXVA 1SQ7A 3ELFA 3STGA 4IQLA 4TX9A 3BO9A 2QCNA 3LI0A 2PRHA 2X16A 3NA8A 4ORMA 4NQ1A 2A85A 4BI6A 1GPWA 1VCFA 1DQWA 5U4NA 4JEQA 4JGDA 1AW2A 3W75A 1IXPA 3S9YA 3Q2DA 1ME7A 2TPSA 2E5DA 1VS1A 1W5QA 3IIPA 3CWNA 3KRUA 5D2WA 1ZALA 2WPBA 1KM1A 1WQ5A 2AAMA 2ZZ5A 4HNTA 5AHFA 5LNUA 4Q33A 3HG4A 1JRCA 4JTIA 3EWXA 5CZ0A 2DP3A 2NXGA 3PULA 4NJHA 4UTWA 5F2GA 3QYQA 3NQCA 1LLZA 3LCGA 2FPYA 1ADOA 1TIMA 1HUVA 1P5BA 4LU0A 4N9DA 1KTCA 1EWDA 1T8XA 2RDUA 5LNVA 1W3IA 5MHBA 2B7NA 3KVMA 3PM6A 5D03A 2ZCGA 3W3OA 2QAFA 3WJYA 3CT7A 3SECA 1JCJA 3NAVA 1RZMA 4I7UA 4PA8A 5C54A 1LP6A 3LXBA 3NM3A 1TTPA 4HT3A 4AXKA 4CCDA 1OYCA 5CZJA 2VKZG 2QCDA 3IV3A 1QO5A 3F4WA 4BF9A 4IWWA 4O54A 3W86A 2QF7A 2Y6ZA 3GB6A 2GVGA 4HIBA 3W1LA 3KRSA 5DXYA 3F03K 3NZRA 5KSWA 5D2XA 3GKFA 2WO5A 5HQEA 3LCXA 1SO6A 1OABA 1UASA 1LBMA 3EX6A 3ABRA 2R8WA 4NJJA 4RKAA 3L0GA 4EVZA 3NL6A 3NVTA 4O16A 2DORA 3PBWA 5HNRA 3B0PA 1YTDA 3RLUA 3M1ZA 3BVJA 4LVGA 5CPOA 2B7OA 1WV2A 2QCEA 3TMQA 3IIOA 4K8EA 1H7NA 2NV1A 4JYFA 3TCEA 1VCGA 1KM0A 1PHWA 3T55A 4OU1A 1OX4B 2FJKA 5D2VA 3QEZA 5DXXA 3QPYA 3HGRA 1OYAA 4R53A 4LVFA 3ATYA 3VCRA 2YYUA 3E9AA 1IIGA 1MSSA 3N34A 5D05A 2QJIA 5DY2A 5J5RA 4IMDA 3WJWA 3O6CA 4Q4KA 3LOTA 1LOSA 4NZFA 1KM2A 1I2NA 2GVJA 2RKXA 2Y7GA 5K4ZA 4MY8A 3Q58A 4LRTA 4U28A 1Q6RA 4BWLA 1AL8A 1DHPA 3TXZA 1VGAA 2RDWA 2RDTA 4YWIA 4GC4A 1AK5A 1PCWA 1CX9A 4FX6M 1FBAA 3OA3A 3FYOA 1R2RA 3HQ1A 1TTJA 4R34A 1FCQA 1RV8A 3EX3A 2ZZ7A 4JTJA 3N9RA 1Z42A 4DQWA 3HF3A 1I2PA 4UTMA 1DL3A 5HWMA 3R12A 2CLIA 3BARA 2W79A 3QW3A 4JR5A 4EWND 3KAOA 2WNZA 4XBSA 2R91A 4FO4A 4R33A 3OVPA 1LLWA 2ZZ1A 4NXKA 3C4UA 3W7OA 4RZ4A 1VLWA 3PB0A 4JTGA 5J5DA 1TPC1 4N6FA 1WYIA 3INPA 4O17A 1JCXA 3JR2A 5G4WA 2TSYA 4CLMA 1FCUA 3MP5A 1QOQA 3H54A 4H6KA 1G4EA 4JTEA 2G5WA 2E09A 3BLEA 3TAKA 4PTNA 3LCFA 3DHFA 4CQ8A 1JRBA 5KTLA 2C18A 2BXVA 2YXGA 4GBUA 4WOZA 2OX1A 2E77A 2NX1A 3L67A 1YDVA 1SFJA 3C2FA 3M5ZA 2O7QA 1JULA 3EKLA 3HGSA 2C15A 3M44A 3UWVA 4O19A 4JN6A 2O7SA 1QPNA 5F4XA 1H7OA 3BLIA 3HGOA 1IXNA 3F4NA 3HIJA 3DH7A 5EA9A 2F84A 1H7WA 4AWUA 1J4EA 3T7VA 1H1YA 3CU2A 3OIXA 1P4CA 3B05A 3BGGA 1RVGA 4WXZA 4B5NA 6TIMA 2YSWA 2V2CA 2CZDA 1FWWA 1MZHA 2QDHA 1RQEA 5G2IA 4IJBA 4QM1A 3T4CA 1ONRA 1OHLA 1DJNA 1OF8A 1X6UA 4TMBA 1O94A 3TSBA 4L4LA 4BK9A 4ZVJA 4GNJA 1UJPA 3P82A 5ABTA 1WBJA 4O1AA 1KM3A 5DCEA 2WSRA 3W87A 4BR1A 1ME8A 2C19A 2Z0IA 4O52A 2ZRYA 1SFLA 1UCWA 3LRMA 4QISA 4BI5A 1WXJA 2CLLA 3I7SA 3FKRA 3ZWSA 2QCCA 4K38A 2ZYFA 1TV5A 1XI3A 3CPRA 3FYPA 2J88A 1OX6A 4JY8A 4J9JA 5HWJA 1RPXA 1H50A 2BSLA 5DBUA 1CI1A 1VHCA 3W7NA 1ML1A 2WSYA 3STCA 5E0KA 4C1KA 4UTTA 3NPVA 3CTLA 2TRSA 3S5ZA 3U2OA 3SJ3A 1PV8A 1SO5A 1I2OA 2H6RA 2JKAA 3G18A 2ZA1A 1Q6OA 4JX4A 2JGYA 2A4AA 3UWYA 3P7YA 3MHUA 1SU5A 3QSRA 3G1FA 4NVTA 4OHQA 1YTEA 2Q8LA 3UQNA 1JR1A 2ZRUA 4ADSA 4MFEA 3LTSA 3SGZA 3M6YA 3I68A 1XBVA 2V82A 3KXQA 2OZ0A 2DJXA 2G97A 3G1XA 3LV5A 3MYPA 1B4EA 1KFLA 3W1XA 4E2BA 1THFD 5FF7A 3F1QA 3MJYA 2J27A 1VPXA 1ICPA 1TCDA 3E96A 3C2OA 4PEKA 3W1TA 3WK3A 3HBLA 3N14A 3V75A 4ADUA 1G7UA 3TMLA 1I2RA 3UY8A 4A2SA 5EKYA 3RK8A 2DZXA 2BTMA 1SO4A 3KRZA 3LV6A 4FIQA 3R89A 3W1QA 3QFEA 1JQVA 4GE8A 4ZQMA 4X9SA 2PE4A 3NQFA 3B0VC 2ABAA 3LX9A 1Q45A 2NZLA 3TSMA 4UR7A 5FF2A 1A5AA 1TYGA 3BW3A 4IOTA 1KBJA 4AHQA 1VCVA 4ICNA 5C5YA 1WOAA 4NNBA 3G1HA 5I3FA 2V81A 4UMCA 5AHNA 3TKFA 3DHDA 3W2MA 5BOOA 2W6RA 1M5WA 2FQIA 4RZ5A 3NQDA 3L2IA 3W83A 2H8XA 1YDOA 4MLJA 3W84A 5EY5A 3SSJA 1A5SA 1L2UA 1VJIA 3LERA 3HB9A 4QNWA 4S2CA 2Q3OA 4ORIA 3S8HA 1H7RA 4O50A 4CCCA 2V5LA 3MI2A 1UUMA 3P84A 2QCHA 4LT9A 2GOUA 2VFGA 3O6YX 3CQ0A 1Z41A 4LS1A 1OFQA 3GXNA 5BMXA 4LRSA 4UFLA 2C0AA 5D09A 4S2BA 2NXHA 1Y0EA 5A8GA 1EUAA 3RFAA 4QQ3A 3W1MA 3N3MA 1TQXA 4AMAA 2Y7FA 4YXGA 1XBYA 5K9CA 5HUOA 3O63A 4AAJA 2A0NA 4WY0A 4OV4A 5DCBA 2EF9A 1OJXA 3MI6A 2AQWA 3TA6A 2X1UA 2A7NA 5U7SA 4QIUA 4M6VA 3LI1A 1EEPA 5DLCA 2ZZ2A 5AHMA 1FWSA 1EP3A 4LUIA 1T0OA 4AVFA 3NGJA 3BG9A 3FLUA 1XXXA 1XUZA 2CZ5A 2B0MA 1GTHA 1AMKA 3W6YA 4N9EA 1BWLA 2E1DA 3LLFA 1F5ZA 5D33A 1V7YA 3CIXA 1A50A 3TQVA 2X1TA 1SR9A 3DXIA 1CW2A 2QJHA 1X8FA 2GPTA 4Z08A 2EGZA 3GAKA 3OVQA 1JQXA 4UUIA 4EOUA 1BTMA 3QM3A 3W70A 1G6CA 3DI0A 1XKYA 2AGKA 4RXFA 1N7KA 1LOLA 3M41A 4G1KA 3WK2A 3M5VA 1I8JA 1GVFA 4LV9A 3BK0A 2HS8A 1LRTA 2B7QA 1WBHA 2KZHA 4ALDA 4JTKA 4TO8A 3PWAA 3ABOA 3MBFA 2GQAA 4UTUA 2JGQA 3AJXA 5DCDA 5LNSA 3KVLA 1ZAIA 4GUGA 3D0CA 3WJZA 5D2TA 2CLHA 3UWUA 2YDAA 3G3DA 4YCPA 2Z6JA 4FEZA 5CZTA 2I9EA 5KINA 3BW4A 4P2VA 4M6PA 1M7PA 3NQ2A 2DZUA 1QPQA 2CZFA 1I2QA 5G1TA 4MY1A 5F2MA 4XUGA 4WJEA 1OX4A 2H3BA 3PB2A 1KTNA 1G67A 3EX2A 1QFEA 2ZDRA 2ZTJA 1NSJA 4UIOA 1B4KA 2Z6IA 3QQ1A 3H53A 1W5PA 1H60A 1OFBA 3NL2A 1R30A 2YW4A 1XL9A 3QQ0A 7TIMA 4AF0B 1GTEA 3MO7A 1TJRA 3NZ1A 4LTSA 3DGRA 3AO0A 4DEFA 1TPB1 1XUUA 3BG3A 4WY0B 3QF0A 3L9CA 3S5YA 4ADTA 2H3DA 4XKYB 1FXQA 3TFCA 1OFPA 2GVLA 5LHFA 3NM1A 2ZZ6A 1KM5A 1P0KA 3W2JA 8TIMA 5CZSA 5E93A 3GDRA 3NQVA 3W74A 3R2GA 1DBTA 5FF0A 1N55A 4ML9A 3W71A 4S1FA 1SZNA 1HO4A 1W0MA 5EBUA 1ICSA 4JDBA 1GVOA 1F76A 1JVNA 4CNOA 3VNDA 4JNMA 4RX0A 2Y62A 4ZQRA 4JS3A 1KM4A 3G1VA 3FOKA 1J2WA 3DENA 4K7VA 4XQ6A 3A24A 3O1NA 3OEXA 3GNDA 4MOZA 4WY0F 2HTMA 2YX0A 3W7GA 1TRDA 4HN4A 1SZEA 5C2XA 1K8ZA 2QCMA 1QPOA 2A21A 4N02A 4O12A 2E6AA 3LLDA 1W54A 4RXGA 4UC5A 3MMTA 3IVUA 1L6WA 4LS2A 3N9SA 3EXSA 5LNRA 1OVDA 5IBXC 2DZSA 4PODA 2YYTA 3UXDA 3LGEA 3CEUA 3N2MA 3IGSA 3M0ZA 4JTFA 1YXYA 4LNYA 1H62A 3O16A 4JTTA 4XBKA 5BRBA 1FDJA 4PC8A 4NX0A 5CSRA 2Y88A 2J9ZA 3I65A 4BFAA 1KLZA 1O5XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QQW A;  1JPM A;  1SZR A;  1GVQ A;  1LTD A;  3W2L A;  2D2G A;  3PAJ A;  3LXA A;  3MY9 A;  4C91 A;  3T9P A;  3C3U A;  3KZS A;  1T99 A;  1QNS A;  1E6X M;  3P0W A;  3SZ8 A;  1ZP4 A;  4GD0 A;  2OZT A;  1IZK A;  2VWS A;  3AS0 A;  3LPO A;  5ABF A;  1ITC A;  3VZY A;  7CGT A;  3WH9 A;  2PDU A;  1IEW A;  3RXZ A;  4N9C A;  3EWZ A;  3SUT A;  2WYS A;  5CLW A;  4J40 A;  2FYM A;  2CES A;  1WAW A;  3W26 A;  1E4M M;  3OU8 A;  1XLK A;  3N2O A;  4ERA A;  1FP8 A;  2QUT A;  3S6O A;  3PZN A;  4RLI A;  4KWW A;  1PKN A;  2X0H A;  3WN6 A;  4W89 A;  4A6G A;  3FK4 A;  2FDS A;  3OW2 H;  1XGD A;  2YKK A;  1MEI A;  2HNH A;  4R5E A;  1O66 A;  3ENL A;  5DQP A;  3CYJ A;  4DEL A;  3PPF A;  4TMC A;  3CHF A;  3ATZ A;  4CCZ A;  1DXE A;  1NJJ A;  3VKJ A;  3ZIZ A;  1Q6G A;  5BWA A;  4IIC A;  4Y9A A;  4REQ B;  5K2Z A;  1H3G A;  4HME A;  2NV2 A;  3SRD A;  4ZSU A;  1PII A;  1A5B A;  3ARZ A;  4GKL A;  3IIZ A;  4UBP C;  5JMU A;  3I6R A;  1OGG A;  1B3O A;  4NZ5 A;  1VRX A;  5JH1 A;  2OGJ A;  4M1B A;  2WV8 A;  1UD8 A;  1R3Q A;  5LNW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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