1YTKA

Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from thermoplasma acidophilum with nicotinate mononucleotide
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
MNVFNTASDEDIKKGLASDVYFERTISAIGDKCNDLRVAMEATVSGPLDTWINFTGLDEVLKLLEGLDVDLYAIPEGTILFPRDANGLPVPFIRVEGRYCDFGMYETAILGFICQASGISTKASKVRLAAGDSPFFSFGIRRMHPAISPMIDRSAYIGGADGVSGILGAKLIDQDPVGTMPHALSIMLGDEEAWKLTLENTKNGQKSVLLIDTYMDEKFAAIKIAEMFDKVDYIRLDTPSSRRGNFEALIREVRWELALRGRSDIKIMVSGGLDENTVKKLREAGAEAFGVGTSISSAKPFDFAMDIVEVNGKPETKRGKMSGRKNVLRCTSCHRIEVVPANVQEKTCICGGSMQNLLVKYLSHGKRTSEYPRPKEIRSRSMKELEYFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acido
publication title Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum.
pubmed doi rcsb
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 128
structure length 389
sequence length 389
ec nomenclature ec 6.3.4.21: Nicotinate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01729 QRPTase_C Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ytkA02
3.90.1170.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain 1ytkA01
3D0CA 3NQ6A 3L21A 2A6LA 2QJHA 3GZ3A 2DZSA 2A21A 3L5LA 1O5KA 2A5HA 3LLDA 3GK0A 3TU9A 1KM6A 3S5OA 2Z6IA 1VYPX 3M5VA 3W1MA 3DKJA 3H53A 1FX6A 1TV8A 3FS2A 1OK6A 3KXQA 1YTKA 3W1AA 4TIMA 3IGUA 3A21A 2HS8A 1ALDA 4M6VA 3G0SA 5DN1A 1KBIA 3SW6A 2X1TA 2OCZA 7TIMA 3N2XA 2HSAA 3ELFA 1JJKA 2OT0A 4LU0A 5KITA 4HIBA 2YFOA 2Z6JA 5HULA 1HUVA 5EKYA 1I4NA 1Z41A 4RKAA 4Z08A 5AHNA 4FNQA 2J9YA 1IF2A 1Q6RA 4NT0A 3C2EA 4KFNA 1GTEA 3GR7A 2TSYA 3MP5A 4UUIA 1B3OA 1QAPA 3E9AA 2E1DA 1A5BA 3OG3A 2C0AA 3HBLA 2GQAA 2X16A 3HPZA 1GTHA 4RXGA 1YXYA 5G2WA 3IVSA 2F84A 1MO0A 5DXYA 5G1YA 1F6PA 3B03A 1FXPA 3WK2A 2GVGA 2CZEA 5D2XA 1RV8A 1VS1A 3EX1A 5H91A 3B8DA 2C3ZA 3MP4A 1HO4A 1KFCA 2DORA 5T26A 3UNDA 1WXJA 3DAQA 4LW7A 3W7KA 3EB2A 1ZNNA 1TPWA 4R33A 1L6SA 3FFSA 1VRDA 2JKPA 4O13A 3UD6A 2YFNA 3A24A 3WJXA 1LBFA 3GKAA 4CNOA 2YXGA 4P2VA 1RZMA 1NF7A 1SSGA 3S5ZA 3W2UA 3GAYA 2YDAA 3HG4A 1KFEA 2R94A 3RLVA 1GVSA 5LNSA 3PVFA 4A3UA 2GQ9A 1WX0A 5D37A 2QCFA 1VJIA 3N73A 5I3HA 5K4XA 4PTNA 4OT7A 1EX5A 4O28A 4IMGA 4S2BA 4HNUA 2QCLA 3MHUA 1BKSA 1G7VA 2WSQA 5F2MA 3DENA 1SZGA 5D30A 4WUIA 5L6UA 3KX6A 3HGRA 1W37A 1OFRA 3MHGA 1P1XA 1EWEA 4JTFA 2QDGA 5LSMA 1W3NA 2ISVA 4WXYA 1K3UA 2WNZA 3O6CA 1KFKA 1NAL1 5CZTA 1EUAA 4I7VA 3NQ8A 4YCPA 3HIJA 2GPTA 1YTEA 4O0KA 1NEYA 4IMEA 3TSMA 1KLZA 3OIXA 1SUXA 1K7XA 1EWDA 1XM3A 3W1XA 2V5BA 4MPQA 4RJEA 1ICSA 5EMUA 3WK1A 3LXCA 1T96A 1J2WA 2ZDRA 4O10A 4ZZ9A 1QO2A 1QOQA 1IIHA 5HWMA 1SPQA 4RX0A 4JX5A 2CLIA 3KVMA 1S5TA 1YPIA 1PHQA 4RV8A 5F2LA 3G1DA 3O63A 3QC3A 4JDBA 1WBHA 1Q6LA 1Z42A 2VFEA 4BWLC 1VH7A 1ZY9A 2V8ZA 4G1KA 5G2IA 2ZZ6A 3GIYA 2W0UA 1XKYA 1P0KA 1OFPA 5D05A 3LDVA 5BMWA 3W22A 1TPB1 1Q6OA 3TC6A 2NZLA 1F73A 1PL9A 4FX7A 1FY6A 2Z2UA 5A5WA 3EXSA 3LRMA 3LXAA 2ZRVA 4S1FA 3TMLA 2Y63A 3C61A 1XBVA 2C6QA 4NQ1A 3I7RA 1OHLA 2A2IA 3WK3A 1ZAHA 3F4WA 4O52A 5F1UA 2E77A 2CZDA 4FXSA 1G69A 3NQGA 1TB3A 5EYWA 4PL2A 1OX5A 4AWSA 4GFSA 4AWTA 4CQ8A 3HF3A 1TREA 3ATZA 3HGSA 3LBMA 3R2GA 4ZQMA 1QPOA 4GUIA 4FIRA 1SW7A 4O0ZA 3W23A 3W83A 4IXXA 5U7SA 3EX6A 4QQ3A 4MUZA 5F2IA 1FWTA 2V2DA 1TPDA 4O18A 1WQ5A 3NAVA 3I65A 3VE7A 3HOJA 4C1KA 2A7NA 2PURA 4GUFA 2E6YA 1ADOA 2B7NA 4Y9AA 4QAIA 4EF9A 3GXPA 4UMCA 2BTMA 3S8HA 1Q45A 3UPBA 2NV1A 2VC6A 5CZ0A 4ML9A 3W7LA 1YPFA 1JUEA 4MJMA 2FB3A 3H55A 1Z48A 5D2WA 1W3IA 5LZLA 4GNJA 1OFAA 4RCXA 5CPMA 4ZQNA 4XKYB 4PC8A 1K02A 2BLEA 4DBEA 3QPZA 3AJXA 2WNNA 2Y62A 1AW5A 1C29A 4LT9A 4A22A 4LS2A 3DHFA 1OFEA 5AOUA 6ALDA 3HGJA 4UTWA 3S5NA 1EPXA 3NQ2A 4TMCA 4TO8A 5K9CA 3NZRA 3RNDA 2QAFA 5K7JA 4N9EA 4LOCA 4DO5A 4S2CA 3BGGA 3IIXA 1HL2A 3PUDA 1CW2A 3NQ7A 3W1LA 3F03K 3T7VA 3EWBX 3YPIA 2EAWA 4UTJA 1U83A 3EWYA 3TCEA 3THQA 2FB2A 4JTIA 4Q32A 1TMHA 3W1RA 3E12A 4UFIA 4PODA 4NU7A 3LB0A 1XBYA 1I2QA 4FO4A 3A9IA 3L0KA 4JTTA 1SU5A 2VFFA 3BK0A 4LTSA 2Z0IA 3O1NA 1LCOA 1XDLA 5AHMA 2R14A 3T55A 5DY3A 4IGHA 4NNAA 1ZAJA 2FPYA 4UFMA 4N9CA 1W0MA 1YLVA 4NXKA 1K8ZA 4HT3A 3T78A 1C8VA 3B0PA 3EXRA 2EHHA 5HR7A 1TJRA 2V9DA 2Y7GA 3MJYA 1V5XA 5D38A 5F2GA 5IM51 4DF0A 3UY7A 4FNPA 1ZJIA 4RZ5A 4GBUA 3JS3A 3B04A 5FF3A 1I2NA 4U4MA 3OEXA 4FHAA 4KFOA 2YW4A 4JX4A 4DXVA 1ME9A 1OFQA 3P80A 1LRQA 5G4WA 5TQLA 1P0NA 1VHNA 3G1HA 5HINA 3W7DA 1DL3A 4LC8A 1VC4A 3KFTA 2JGYA 2V2CA 4YLWA 1I8JA 1F74A 1WDWA 1TO3A 3UY8A 3UQNA 4N6FA 1GWJA 3CU2A 2WPBA 3M0ZA 4IX0A 2H6RA 1H7WA 3DHDA 3P82A 5AC6A 4HNTA 2VEPA 4Z1CA 4O57A 3N9SA 3P7YA 1R2TA 3M43A 4XBKA 5ABTA 1EIXA 4WOQA 2ISSA 2NXIA 4JEQA 1SZEA 2NUXA 3TX9A 1PHWA 3IEBA 5AN7A 1OFOA 4RR4A 1OX4B 3TJLA 3VKJA 2GUUA 5FEWA 1SQ7A 4M7SA 4CCDA 2C16A 3UXAA 3HGOA 3CQ0A 1OYBA 4PA8A 3L65A 3THAA 4QM1A 1DV7A 1VHCA 4JTGA 3UPWA 3KVJA 4EWND 2X1RA 5EPDA 3DXIA 2V5LA 4CQ9A 2WO5A 3GYEA 4C1LA 3P62A 1AK5A 2QUUA 2VEIA 4N2YA 3DZ1A 4ZVJA 1HFBA 4EOUA 4QNEA 4NNCA 3TQVA 5KTLA 6TIMA 1JCMP 4NJGA 1TV7A 4DBDA 4NZJA 1O4UA 2RDUA 3LXBA 1ZALA 3P60A 4MY1A 3E96A 4MZ1A 1VR6A 1OF8A 3GNNA 3NXFA 4NVTA 4FEZA 1SO6A 2C14A 2Y7FA 2VELA 3STEA 3Q58A 2JKAA 5E1QA 4A29A 1C9DA 1GZGA 4E2DA 5KSWA 1K8XA 4LNYA 4LS0A 5H2ZA 2QCEA 2NXHA 4ZQCA 1W1ZA 1DVJA 4K37A 5FEXA 3TSBA 4JTUA 1I45A 3GVGA 3NNTA 3I6RA 4CQAA 1R30A 5I3IA 3HJZA 5HNRA 3QSRA 1D3HA 3W2KA 4UTIA 5K9DA 5FF0A 2YYUA 3NEVA 3G1VA 5U4NA 1ICPA 3W88A 3NL6A 1X1OA 2Q3RA 4UTUA 1OG0A 1KV8A 3TXZA 3TK7A 3BLEA 5D04C 5D32A 3W7RA 2WQPA 4GC4A 2QR6A 3FOKA 5FEZA 1UCWA 1IIGA 1PCKA 3PY2A 3M1ZA 4PL1A 2CFFA 2C1HA 1TQXA 4M5PA 1X7FA 4B5NA 1OK4A 3DU0A 4BI5A 3P8JA 4JNMA 1LLWA 4LUJA 4Q4KA 1UB3A 3L5AA 4QIUA 3C6CA 5G1TA 4UTWC 2B4GA 2FLIA 3W71A 4GRSA 3NM1A 5IBXA 2I14A 3LRLA 5AC8A 1DQXA 3MWAA 3Q37A 1Z44A 2Q3OA 4ORIA 1OABA 4YL2A 2NLIA 3PAJA 3CTLA 3G18A 3TFXA 1SZFA 3W86A 2GJNA 5LNWA 3IRDA 2VEMA 2OJPA 3K30A 3M5YA 1F5ZA 3LCFA 3HPSA 3TDFA 1LZOA 3GDKA 2ZRWA 1H1YA 3LV6A 4O17A 1W8SA 1W56A 3P84A 4ICNA 4N4QA 5CPNA 3NPXA 4AHOA 2FTPA 3ZWSA 3W87A 4IOTA 4UFKA 4RZ4A 1G7UA 2A1YA 5CSRA 3P5ZA 4N9DA 1FWWA 3ANYA 2E6DA 4UFHA 4MYXA 1A53A 1FCVA 3W7PA 2B7QA 3TROA 1T0OA 3FJLA 5AYXA 5AHIA 3G1FA 3UXDA 4H3DA 5C54A 3OHIA 2EKCA 2PRLA 5KZDA 2E6AA 3W7EA 4NJIA 3HG2A 4OE7A 5DELA 1TPFA 3PG8A 4LC6A 1VLWA 1N55A 3CEUA 2DU2A 5DCDA 4JGDA 1P5BA 2ZZ2A 5D2YA 2OT1A 1IXPA 1KV5A 4O14A 4IUOA 2ZBTA 4HN4A 4OWGA 1MZHA 2YW3A 4O15A 5CZJA 2QAPA 4OBTA 3MHFA 2BX7A 4WY0A 2ZQ0A 1KTNA 3LOTA 3QW3A 3MO7A 2H8XA 5K3VA 4GXMA 1GEQA 4LWWA 4BI7A 4DPQA 1XBXA 1TIMA 1W5QA 4MOZA 4O16A 5A8GA 3T44A 2OX1A 1MXSA 4MYAA 4UXDA 3MI2A 3QSTA 1I2PA 3GXTA 3IV3A 2QJIA 5CPLA 4CCEA 2WSYA 2CLEA 2ZRYA 1S5VA 4MFDA 3VI2A 4AMAA 1M7OA 3W85A 4O11A 1KA9F 1V7YA 2NXGA 1FWSA 3FA5A 2ZZ3A 1WOBA 5HJLA 4UTHA 4FNRA 5AYZA 5HUOA 2WKJA 5CZSA 1GT8A 2QCDA 1GYLA 1GVQA 1K7FA 1WBJA 2J6XA 3NOEA 4LRTA 3BG9A 3R13A 4RZ6A 3UWQA 4DO4A 1TTJA 2ABAA 3NQEA 4AAJA 4RLIA 2ZTJA 3CIWA 5LNVA 3TKFA 3KHJA 3P5YA 3HQ1A 3QW4B 4D2JA 4PFMA 3BO9A 2B7PA 3GX9A 4QNWA 5LNRA 3MUXA 5BOOA 4HHPA 1NVMA 1EP3A 4JN6A 1H63A 2QF7A 2FQIA 3FEMA 3CLMA 2TYSA 1GG0A 3NGJA 3LRKA 5C55A 3NQMA 3B05A 3AO0A 2TPSA 3P61A 4IXHA 2UV8G 4M6PA 5AFDA 1FCUA 1G4SA 4JS3A 3CWOX 1JULA 4EVZA 1T8XA 3DKLA 1G4TA 1LOSA 2I1OA 4FX8A 1WV2A 3OVRA 3W2LA 3E02A 4N9BA 5HMSA 1KFBA 3L0NA 3B0VC 3SR7A 1RR2A 1AL7A 3M47A 4XZ9A 1F6KA 2AGKA 3R12A 1JRBA 3PSVA 3QMSA 3G1SA 2Y88A 3FYOA 1L2UA 1QDSA 5D2VA 4FX6M 1RD5A 3BW4A 3PBYA 4GUHA 1AL8A 3GDLA 2QCHA 1A5SA 3QRHA 1G6CA 1DORA 3NPVA 2X1UA 4UC5A 2J9XA 2WV8A 1ZAIA 3FJ6A 1O60A 3SI9A 4UFJA 1GOXA 3WK0A 3A22A 3WJYA 4KKXA 3PB2A 3C0JA 1QNVA 1TRDA 5IBXC 4GUJA 3UWVA 2X2GA 4HKPA 4LY8A 5LNUA 4HNVA 3S42A 4NNBA 2PRMA 5DBTA 2ZA2A 4X3ZA 3BARA 3NL2A 4HPXA 4MKNA 1FWRA 3KRZA 4K8HA 3UWYA 4JTLA 1JR1A 2ZZ5A 4AEOA 4BI6A 2G96A 4Z1AA 3JR2A 3P74A 4MFEA 2ISWA 4GUGA 4LVDA 3GLCA 4NJKA 3EWUA 4OGZA 1JUKA 1CI1A 3ABSA 4AF0B 3C2FA 1G4PA 5AHEA 1H51A 4DQWA 3QMRA 1ME8A 1QPNA 5J5DA 3UZ5A 1KTBA 4HNNA 4GWEA 2FFCA 2YPIA 3STGA 4MLRA 3PBWA 3PR2A 3O6DA 5KZMA 2W79A 1KBJA 4X22A 4K7VA 1DJNA 4NZFA 3NQVA 1L6YA 2QUTA 1R2RA 3DFSA 3M9YA 3MBFA 3HG5A 5FEPA 2A7RA 3VCRA 3DGRA 3DFTA 3TSDA 2CLFA 4L4MA 2E5DA 3BG5A 2EGZA 1MEWA 3TAOA 3TNOA 2GOUA 1JVNA 3IVTA 4ADSA 5FF7A 1IGSA 4OV9A 3FKKA 5EA9A 3EX3A 1RQEA 1Q6QA 2YSWA 1ZFJA 3WJWA 5I3FA 2FJKA 3ZWTA 1BEUA 3G0UA 3S6DA 3ATYA 3KRSA 1AG1O 1LTDA 4I7UA 2E5BA 4FNUA 4R7JA 4UR8A 3QM3A 4O1AA 3SGZA 5E93A 2PCQA 1H1ZA 3C56A 3V1PA 3QYQA 3TUUA 1M6JA 1A5CA 3QEZA 2C18A 4LRSA 1X8FA 2Y61A 1PS9A 4RXFA 3LCHA 1EP2A 1OFBA 1THFD 2NWSA 2CWNA 3W2MA 4UIOA 5F1VA 2HTMA 2PE4A 1SSDA 4PEKA 3TQ0A 1PE1A 5G5IA 1R46A 4A2RA 3OVPA 1KM4A 3F1QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1YDN A;  3MYP A;  4O4V A;  3E0I A;  1IXQ A;  1TRI A;  2TRS A;  1KTC A;  1TJP A;  2ZTK A;  3C4U A;  4JTE A;  1FXQ A;  1DHP A;  1SW0 A;  4BWL A;  1LM1 A;  3W74 A;  3S9Y A;  1OVD A;  5K9X A;  5TIM A;  2RDT A;  1LOQ A;  4AH7 A;  5K2Z A;  1FCB A;  4MZ8 A;  3R5E A;  2Q8Z A;  3L5M A;  5F4W A;  1WOA A;  3TW6 A;  4JXC A;  1SO5 A;  3A23 A;  1QPQ A;  3NL5 A;  1ONR A;  3GDM A;  4KWW A;  2QCD B;  3TMQ A;  1UUO A;  3HG3 A;  1T99 A;  4O12 A;  4I9A A;  5CGQ A;  1XC4 A;  3G1X A;  3U2O A;  1TPV A;  2JGQ A;  2V2H A;  3W76 A;  2A6N A;  2FPV A;  5D09 A;  2QDH A;  1S5W A;  2PRH A;  3LI0 A;  3W6Y A;  3V75 A;  5F4X A;  1ZCO A;  5KZE A;  3W1U A;  3W3O A;  1J5T A;  2E6F A;  3W2J A;  3NR0 A;  2JKE A;  3O06 A;  3QQ0 A;  3KVK A;  1DBT A;  3EWW A;  3LI1 A;  1E51 A;  4E2B A;  1W3T A;  4ZL1 A;  1YDV A;  2E68 A;  1EB3 A;  3BV4 A;  1A50 A;  3DBP A;  4JX6 A;  2TMD A;  4MJZ A;  3PUE A;  5DLC A;  3L0G A;  2ATS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CPS A;  1GVS A;  2FTW A;  3MUC A;  3FEQ A;  3S83 A;  1G0C A;  4A3U A;  3OJG A;  2GSE A;  5K4X A;  4OT7 A;  8XIM A;  5I3D A;  4PBG A;  4O28 A;  4IMG A;  1G7V A;  2VGI A;  5BU9 A;  1VPQ A;  2JE8 A;  2IXU A;  4WUI A;  3REQ B;  3HGR A;  1W1T A;  3PNU A;  3MHG A;  4UQE A;  1KRA C;  2E7F A;  5LSM A;  4WXY A;  2NQ9 A;  1FHL A;  1M03 A;  4LXF A;  1KGW A;  2P53 A;  1VFL A;  1IYX A;  5CAK A;  4YCP A;  3HIJ A;  4S38 A;  3IJQ A;  1SUX A;  2RJH A;  1S2W A;  4RJE A;  4GQ0 A;  1J0I A;  4D1J A;  5C0Q A;  4ZSU A;  4L56 A;  4O10 A;  1ONW A;  3DER A;  3BGA A;  4XZB A;  2E8Y A;  4L80 A;  1QNQ A;  1SZR A;  2DVX A;  4Z2L A;  3MKC A;  3QC3 A;  1XLM A;  2VFE A;  3COT A;  5G2I A;  3WLN A;  4HK5 A;  2W0U A;  3M0H A;  3QKZ A;  3TON A;  5JBF A;  1P0K A;  4HZ8 A;  3LDV A;  5BMW A;  1K1D A;  3W22 A;  1TPB 1;  4MWA D;  1ZBW A;  1F73 A;  4LPC A;  1FY6 A;  3ARS A;  1W3J A;  3LUT A;  4UB9 A;  4FAM A;  5A5W A;  3LRM A;  4PRT A;  3E0V A;  2Y63 A;  5E09 A;  1XBV A;  4NQ1 A;  1VQP H;  1K9D A;  3F4W A;  4O52 A;  5C70 A;  3L12 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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