2B7P | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	273
structure length	273
Chain Sequence	MEIRTFLERALKEDLGHGDLFERVLEKDFKATAFVRAKQEGVFSGEKYALELLEMTGIECVQTIKDKERFKPKDALMEIRGDFSMLLKVERTLLNLLQHSSGIATLTSRFVEALNSHKVRLLDTRKTRPLLRIFEKYSVLNGGASNHRLGLDDALMLKDTHLRHVKDLKSFLTHARKNLPFTAKIEIECESFEEAKNAMNAGADIVMCDNLSVLETKEIAAYRDAHYPFVLLEASGNISLESINAYAKSGVDAISVGALIHQATFIDMHMKMA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__01191301025844__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__01191301025844__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2B7P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__01191301025844__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"01191301025844","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2B7P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__01191301025844__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Helicobacter pylori
publication title	Crystal structure of quinolinic acid phosphoribosyltransferase from Helicobacter pylori pubmed doi rcsb
molecule keywords	Probable nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
total genus	86
structure length	273
sequence length	273
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 2.4.2.19: Nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating).
pdb deposition date	2005-10-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01729	QRPTase_C	Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
A	PF02749	QRPTase_N	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2b7pA02
3.90.1170.20	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aldehyde Oxidoreductase; domain 3	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain	2b7pA01

4ZQCA 4WX2A 1K8XA 1XFBA 3ABRA 5DXXA 4MIMA 1JVNA 3GDLA 1SPQA 1WOAA 1OX5A 3KFTA 1OFAA 1R2SA 5D03A 4OU1A 4LVGA 3EXSA 4UTJA 2X16A 1JR1A 4UMCA 3UWYA 3O16A 3EWBX 3PUEA 4GWEA 3C6CA 5AOUA 4DQWA 1WV2A 3LHWA 3R89A 2A2IA 1IGSA 1ZAHA 2YW4A 1TV7A 3P5YA 4K6AA 2O7SA 1FDZA 4TMBA 1G4SA 4O4WA 1B57A 3L0KA 3K30A 1SU5A 4JY9A 2WSRA 4NJJA 4ZZ9A 4XKYA 2VFEA 3M0ZA 3QMRA 2FB3A 1XBVA 2QR6A 4PL1A 2Y7EA 1XUZA 3GDTA 3HG3A 5CPMA 3HOJA 4YMZA 1TQXA 3B4UA 4BI5A 3NZ1A 2PURA 3B05A 1VS1A 3A22A 4JTLA 3NM3A 1U83A 1A5AA 3NA8A 3G0XA 1SW7A 1Q3NA 5U7SA 2ALDA 2ISWA 1KLZA 5G4WA 3NG3A 5IBXC 3L5MA 3W1XA 1FCVA 3Q58A 3GVGA 1N55A 2QDGA 4M6QA 4JXCA 7TIMA 3W7KA 4H3DA 3OEXA 4QIUA 2V82A 1HTIA 4N9DA 3W2MA 3W85A 3W86A 1B4EA 3GK0A 4K7VA 1ZCOA 2CW6A 3GXPA 4Z1BA 4IMDA 2EAWA 4O1AA 2Q8ZA 3C52A 4CQ8A 3LERA 1X7FA 3EXTA 1NAL1 3QM3A 1QPNA 5CSSA 3FEMA 1TRIA 2TSYA 1MEWA 1OK6A 2BXVA 4WOZA 3IVUA 5EPDA 4NXKA 2ZA1A 3WK2A 4X2RA 3ZFHA 4JTEA 4ADTA 3W7CA 3QW3A 1RZMA 4Y6GA 4O13A 2R94A 4YLWA 3WJZA 1S5VA 1H5YA 1X1ZA 3LHVA 3LRLA 4JYFA 4JEQA 4LUIA 3HPSA 3RFAA 3FKRA 5BRBA 5C6MA 1XKYA 3L5LA 3N19B 2WJZA 2C13A 4WY0B 1OYAA 2X30A 3CIWA 3KVJA 3I7SA 5D37A 5G2HA 1LOSA 2QCNA 1CW2A 3GKFA 1LBMA 4I7UA 1Q6RA 4A29A 4WY0F 2XN0A 4AHOA 3S1XA 1W5PA 1XBXA 2A6NA 1JCXA 2Y61A 1OX4B 4O18A 1J5TA 3CEPA 1WQ5A 3TK7A 1I2RA 4UFHA 1P4CA 3G1VA 1TJPA 2Z2UA 1G7VA 1PE1A 2EPHA 2I1OA 2VFHA 3V75A 3UD6A 2R91A 3P74A 3TE9A 2X1RA 2OT1A 4NT0A 4WY0A 4GUJA 3LV5A 3M47A 2HTMA 3PAJA 1KFEA 3B03A 1FWWA 3SY5A 1MEHA 1HL2A 1TV5A 3BG3A 3QQ0A 1GVRA 4Q33A 4HN4A 3PBWA 3INPA 4AXKA 2NXHA 3DI0A 1F5ZA 1IIGA 1QWGA 4R33A 3GR7A 2ZZ3A 2QUVA 4OQVA 1LTDA 3FKKA 3LXBA 2RHGA 1W5OA 1Z42A 4DEFA 1FXPA 1QR7A 2FLIA 4PC8A 2CFFA 2PRMA 2ISVA 3HQ1A 4ZL1A 2AAMA 3LDVA 4MJZA 3W7IA 1DQXA 4L4MA 2E6DA 3PBUA 1PS9A 3DHFA 2VELA 2B4GA 1P0KA 3WK1A 5J5RA 3QRHA 4X22A 5AHLA 1RD5A 3I7RA 1EP1A 4Y96A 2WV8A 4PCFA 5D09A 1H62A 1IIHA 2FPYA 1OF6A 2YFNA 4DF0A 3VCRA 4LRSA 2RDTA 3SZ8A 1NEYA 4DO6A 2G97A 3A5FA 4QISA 3W87A 3PUOA 2CZ5A 3DKJA 2RDWA 1W5MA 3PSVA 4MZYA 3SW6A 2RH9A 1Z44A 2GQ9A 4RX0A 3GKAA 3M5YA 2VENA 3IEBA 2Y6ZA 4O1DA 3TA6A 4R53A 2CZDA 3OVRA 5CZJA 4M7TA 1VCVA 5AN7A 1VPXA 3T55A 2LLEA 4LVFA 3P62A 5CSRA 3TKFA 1LLZA 2ISSA 1OYCA 3T4CA 3NQEA 1AG1O 3CWNA 3TSMA 5CGQA 1BWKA 1H1ZA 3QJAA 4JTUA 5TBOA 3EX4A 1KM6A 4UFIA 4RZ6A 2A4AA 1R47A 3CWOX 4TIMA 4I7VA 1VHCA 3NVTA 1JUKA 1A5CA 2CLIA 4XWUA 4RV8A 3LI1A 1T0OA 3G3DA 4DF1A 5FEXA 4JIPA 3EEGA 4UCGA 4LU0A 4K7YA 4MVAA 2NXIA 1W3NA 2AGKA 1SQ7A 3EWUA 1C9DA 1K8ZA 3IIPA 3S6DA 3S5ZA 1M7OA 3LRMA 4UNLA 3UPBA 2WSQA 3W2KA 4M19A 4Y9AA 3GDRA 3EWWA 1QPOA 1XC4A 2CZFA 2TYSA 4AWUA 1O60A 2CLFA 3NQCA 2Q3OA 4U4MA 3WJYA 4FX8A 4PH6A 1TIMA 5DELA 4FB7A 1MXSA 3B8DA 5G1TA 3TDFA 1CX9A 2J24A 3FYPA 4K36A 4ZQOA 4JX4A 1Y0EA 5CZ0A 1R2TA 2HSAA 1SO6A 4R34A 1I2PA 2A85A 2D73A 5H91A 5F4XA 3W7LA 3NQDA 3DAQA 2YDAA 5LNVA 4FEZA 2A0NA 3G24A 4IOTA 5AHNA 2WNQA 2GVLA 4EF8A 2H8XA 5AC7A 3P5ZA 3M41A 5F2LA 5LKYA 2XN2A 2QCLA 3TSDA 1YDVA 4LVDA 3B0PA 1FDYA 1JUEA 3RLUA 2PCQA 1H7OA 3O05A 5DCDA 2ZRVA 4JTTA 1PIIA 2X2GA 3USBA 3HPZA 1WDWA 2Y89A 3W74A 1TTJA 2VFFA 3RU6A 5SWUA 1KFCA 3IGSA 3TMQA 1UASA 3SSJA 1AW1A 3O07A 1S5TA 4ZQNA 4FIQA 5K2ZA 1DHPA 5LNSA 1OFOA 2P1FA 2QCEA 1M6JA 1YDOA 1FCBA 3TQVA 5FF0A 4O52A 2YW3A 1VHNA 4YCPA 1H7WA 1TTPA 2ZZ2A 1TPH1 4JNMA 4WXYA 3NAVA 3MWAA 1XM3A 2CLHA 1VR6A 1OFDA 3O06A 2EF9A 1R46A 3ABQA 2PC4A 3NQGA 2E09A 5K9CA 4O0KA 5EY5A 4FNQA 1YPIA 1PVNA 3DKLA 3M5ZA 3MP3A 4K8HA 1EX5A 1LRQA 1W0MA 3W3OA 4JIQA 5HJLA 3H54A 4HSNA 4MFEA 2NUXA 5CZSA 4IQLA 3E0IA 1SW3A 1T8XA 1G4PA 1GT8A 4DPQA 3AO0A 1L2UA 4UIOA 4MYXA 3I65A 2G95A 4H6KA 4JYDA 1G67A 1XDMA 3L65A 2P0OA 1H50A 4N9EA 4PTNA 2C15A 3MO7A 3G1YA 3LXAA 1SO3A 2QEZA 2A6LA 3L66A 3A23A 1A50A 3Q94A 2QUTA 3LLDA 3UXAA 3NDOA 4LVAA 5K7JA 1QOPA 5HQEA 3ZWSA 1QPRA 2Q3RA 4RJEA 3IIVA 3DFNA 2C19A 3LX9A 4D2JA 4IXXA 3NPVA 1K8YA 1SO5A 3L21A 4WQ6A 3S42A 1F7BA 3C61A 3G1DA 3QYQA 2HS8A 3BG9A 3MI2A 5G1YA 3TW7A 1TJRA 3NR0A 1JQXA 4Z1DA 4O15A 1AL7A 4MPQA 4EVZA 5LGXA 5I3FA 1JCLA 1QDSA 3S0CA 2PE4A 1ME9A 4K8EA 3UQNA 1WYIA 1V7YA 1KW1A 2RKXA 2BLEA 2OMAA 2E5CA 1H60A 3DENA 5I3HA 3SJ3A 3M1ZA 1G69A 3M7WA 4UTHA 2JKPA 3FOKA 2ZTKA 4WOQA 1FUYA 2Z1BA 3O1NA 2Y85A 1N7KA 3L67A 4AEOA 2CU0A 3Q37A 2C1HA 4O17A 4AAJA 3QPYA 2XN1A 1YPFA 4ALDA 4DELA 4AHPA 4DO4A 3MUXA 3F1QA 4OV4A 1GQNA 3C0JA 5AYYA 2TPSA 3QZEA 3HGSA 2E1DA 4LS0A 3A5VA 3FS2A 4XKYB 1XI3A 5FF2A 4L4LA 3FIGA 2EHHA 2ZBTA 1Q6OA 3L2IA 2NWSA 5GVJA 3STGA 3C4UA 2X1TA 1TRDA 1J4EA 4GC4A 3DXIA 4YWIA 1MEIA 4CNPA 1SZEA 4AHQA 2OCZA 3N9SA 3P81A 3SI9A 5BNKA 5A5WA 4ZQPA 3W9ZA 2FIQA 4FNUA 4QNWA 3W1AA 4NNCA 1QO2A 1G4TA 4K37A 2FDSA 1K7XA 2OZ0A 5FEZA 4UTIA 3HB9A 2ZDRA 3WJSA 4GUGA 3V1PA 4LV9A 4P2VA 3HGRA 3BVJA 3KXQA 3MYPA 3PG8A 4N9BA 4NX5A 2E6YA 3TX9A 4Q4KA 2JGYA 5F2GA 5ABTA 1ALDA 3CB8A 5EKYA 3FLUA 3W1NA 5BW6A 5DY2A 1T99A 4PODA 4AWSA 3EB2A 3THQA 3N9RA 1EWEA 2VEPA 2A1YA 1ICPA 1TPVA 1OVDA 3LHYA 3G0SA 1TTQA 3NL2A 3MYOA 2X1SA 4CCCA 5HUOA 3NL3A 2DZWA 4UFKA 4POCA 2NX1A 2C16A 1JCMP 3VE9A 1BWLA 2V9DA 5LNWA 5FESA 5BMWA 2Z0IA 1YLVA 3CIXA 1LM1A 3HMJG 1W54A 4QAIA 3THAA 1RQHA 1SR9A 1UCWA 3W7DA 3CU2A 5DCEA 3BLFA 4MFDA 3R5EA 2WQPA 2P10A 3DBPA 4BFAA 1SSGA 2QCCA 1J2WA 2PRHA 2VFGA 4MLJA 3LCFA 1W37A 5D33A 2OT0A 1SZGA 2B7PA 4K39A 1SW0A 4NNBA 2KZHA 4J9JA 1KBJA 3VE7A 4S2BA 3S8HA 1F6PA 1QFEA 1UBSA 1HG3A 1NF0A 1X8FA 3O8AA 1TV8A 3W2UA 5DCBA 3F03K 1HUVA 2HMCA 4FNRA 1L6SA 1KV8A 1RV8A 3PSWA 3TXZA 1LRNA 1TPFA 1RR2A 4X3ZA 1T96A 1UB3A 2YR1A 4AF0A 2H6RA 1AL8A 2Z6IA 4TO8A 5I3KA 3JR2A 4UTWC 2CLEA 3W1RA 2QUUA 5D2VA 4CNNA 3M16A 2FJKA 3TROA 3R12A 3RLVA 3W72A 3L5AA 3W2NA 5F2IA 1ONRA 3TAKA 1I2NA 4JN6A 1H63A 2ATMA 3PC0A 1KM1A 3TIMA 1KTCA 3DGRA 5EA9A 2E68A 2C14A 3P67A 1Z41A 2ZRWA 1GZGA 3W2JA 4N4QA 1EP3A 2NXGA 4UMBA 2A7NA 3FJLA 4DBDA 4O50A 1WXJA 5EL1A 3G8RA 4GBUA 1D3HA 4N6EA 3H53A 3MHUA 5CPOA 3OBKA 3DI1A 1S3HA 3ABOA 4O12A 3G1SA 5HUPA 5D02A 3LBMA 1FXQA 1ZAJA 3ELFA 4MOZA 5LSMA 3CTLA 3SGZA 3I7QA 2YPIA 1LOLA 5D2YA 4ADUA 1MO0A 4UFMA 3HGOA 1BKSA 3NQ2A 1F76A 1VH7A 1TPWA 4UTTC 1I2QA 3G18A 2TRSA 3DHDA 3LI0A 4FF7A 1TB3A 1YXCA 3C2EA 3W73A 2JBMA 3W83A 2NX3A 2ATSA 1DJNA 2RDUA 2ZYFA 5AFDA 5C55A 4E2DA 2Y62A 3W22A 2O7QA 1R30A 5E1QA 3S5OA 1YTEA 2E5BA 2ZA3A 3M6YA 3LHTA 2X1UA 3KHJA 3VNDA 2QKFA 2ZZ5A 2NV1A 3QMSA 1NF7A 1VYRA 1LP6A 1GEQA 3EKLA 1A53A 3M44A 3CC1A 4ORMA 3C56A 2CLMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4UQA A;  1KM0 A;  1MSS A;  3QYS A;  4JQ1 A;  4FXF A;  5T8G A;  1DXF A;  3UF9 A;  2ADA A;  3I68 A;  3QST A;  1FP9 A;  2E77 A;  3TUU A;  4HNN A;  2F61 A;  1I0B A;  3FV9 A;  1TPC 1;  2PDC A;  4HCH A;  3MUY 1;  2VDH A;  3KS5 A;  2C18 A;  3O9N A;  3S6O A;  2EJ1 A;  4IXH A;  1VEO A;  3N2X A;  1LL7 A;  4LYQ A;  4URI A;  2F2H A;  1OBA A;  4S3A A;  3UVI A;  1RH9 A;  2AGT A;  1JZ4 A;  3LZ5 A;  3TON A;  3Q65 A;  3A6O A;  3BL3 A;  1OFE A;  5FJT A;  1XII A;  3WSU A;  3KRS A;  4Q8V A;  3HQO A;  4LX4 A;  1NTH A;  2H3B A;  3TOP A;  2F7F A;  4C1L A;  4CCZ A;  3PP7 A;  4G2D A;  2O9P A;  2Y8K A;  1QXL A;  3GXT A;  4HIB A;  1J5S A;  3QEZ A;  4ICM A;  3CCJ H;  4YHE A;  5AVH A;  4KCT A;  2G96 A;  3A9I A;  4FLR A;  5K9X A;  2OYK A;  1QJW A;  4AD1 A;  4DAI A;  4OUI A;  5HNT A;  5T9B G;  4H01 A;  2OKO A;  3STC A;  4GYP C;  1KFJ A;  1HNY A;  5H6H A;  3EMZ A;  3TAO A;  1W5Q A;  2ANU A;  3GTF A;  4AH7 A;  4XAP A;  4L64 A;  3WK0 A;  4L7Z A;  4M51 A;  1E4I A;  1C93 A;  2ZX9 A;  4NX0 A;  3P93 A;  5LA0 A;  1GVO A;  1MQR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2B7PA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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