5AYX | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	289
structure length	289
Chain Sequence	MDAEGLALLLPPVTLAALVDSWLREDCPGLNYAALVSGAGPSQAALWAKSPGVLAGQPFFDAIFTQLNCQVSWFLPEGSKLVPVARVAEVRGPAHCLLLGERVALNTLARCSGIASAAAAAVEAARGAGWTGHVAGTRKTTPGFRLVEKYGLLVGGAASHRYDLGGLVMVKDNHVVAAGGVEKAVRAARQAADFTLKVEVECSSLQEAVQAAEAGADLVLLDNFKPEELHPTATVLKAQFPSVAVEASGGITLDNLPQFCGPHIDVISMGMLTQAAPALDFSLKLFAKE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__365185535278461__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__365185535278461__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5AYX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__365185535278461__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"365185535278461","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5AYX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__365185535278461__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0121d5fa49b399ff32ca80/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0121d5fa49b399ff32ca80/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0121d5fa49b399ff32ca80/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0121d5fa49b399ff32ca80/pdb.gz): 943 ms

reading 289 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

289 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:288});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural Insights into the Quaternary Catalytic Mechanism of Hexameric Human Quinolinate Phosphoribosyltransferase, a Key Enzyme in de novo NAD Biosynthesis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]
total genus	88
structure length	289
sequence length	289
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 2.4.2.19: Nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating).
pdb deposition date	2015-09-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01729	QRPTase_C	Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain
A	PF02749	QRPTase_N	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5ayxA02
3.90.1170.20	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Aldehyde Oxidoreductase; domain 3	Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain	5ayxA01

2B7OA 4UTIA 5KITA 1LM1A 1WOBA 4L4MA 1VPXA 3W7MA 4Z08A 3VE7A 3O16A 2X30A 3Q94A 2A6NA 4EF9A 3CWOX 1BEUA 1IIHA 3R2GA 3M6YA 3IIXA 1ZCOA 1OYCA 4GUIA 1SO5A 3HGJA 1PL9A 5ABTA 2E6AA 4IOTA 4KKXA 3CB8A 2J24A 3W70A 1W5NA 2A2IA 2WJZA 1V7YA 1TQJA 1I4NA 4S2CA 3VFLA 4CNNA 3KVKA 3G1AA 4JNMA 3WJZA 2OT0A 3ABQA 1KV5A 4UC5A 4M7TA 4O12A 4UCGA 1FXQA 2Y62A 2C1HA 3V1PA 4WXYA 1OFPA 3W72A 3MUXA 1ZAJA 3TSMA 4O28A 2DP3A 2NX3A 4Z1BA 1FWSA 3TUUA 3UWWA 4QM1A 2TPSA 3DFNA 3L5MA 3L67A 3PM6A 2ZYFA 3TFXA 1QMLA 1W5OA 4UTTA 3ABSA 2BTMA 4RJEA 2X1UA 4GRSA 1TJPA 2NX1A 4PA8A 1A5SA 4FXSA 1EWDA 4HIBA 1XBZA 3UWQA 1QWGA 1H62A 5K7JA 4MY8A 1VGAA 3MYOA 5D2YA 1ONRA 4JDYA 1JCNA 3G22A 3TU9A 5D2XA 1I2OA 4K8EA 2H8XA 2YXGA 3PULA 3UXAA 1OK4A 3QEZA 1TMHA 4JTIA 3EWWA 2ZA2A 3L2IA 4PL2A 1EPXA 4NZFA 1GOXA 1Z44A 2BSLA 3NO5A 1OFQA 5HULA 4LS0A 4CLMA 2DZTA 5G2HA 3G1XA 5HWMA 1LOQA 5DXYA 1E51A 3C2OA 3DFQA 5HWNA 3N73A 4R34A 4DO5A 4AF0A 4LVBA 3G1HA 1LROA 4FX8A 1GTEA 4ICNA 3TC7A 1GYLA 2Y7EA 3BPWA 2I1OA 1B4EA 1LCOA 2ZZ7A 1K8ZA 1R2SA 2C15A 1WOAA 3E9AA 2RDWA 3OBKA 4CNOA 4QNEA 4ZQPA 2VFHA 3KRZA 1OYBA 4RX0A 1YADA 1ZALA 1I2PA 5DXXA 2ATMA 2GUUA 3O8AA 4ZL1A 3W7LA 1TPC1 4YXGA 4HPXA 1T0OA 3ATYA 1KLZA 4PEKA 3EXTA 4TO8A 2YCEA 2YZRA 4OHQA 1GZGA 5T26A 4MIMA 2GPTA 3MJYA 3GR8A 3W07A 1L9WA 3S42A 2QCDA 2NXHA 3TQVA 3TMQA 4AVFA 1YXYA 5AC7A 1F6PA 3I7QA 2QCEA 3C52A 4XBSA 4UFHA 3CEUA 5LNSA 3UZ5A 1TB3A 1LRNA 5A8GA 3STGA 4G1KA 5HINA 2FFCA 5HUOA 6TIMA 5U7SA 1N55A 1OX4A 1I2NA 5IBXA 4WD0A 4QISA 4RZ6A 3GIYA 3E96A 3W7PA 3PBUA 3KXQA 1LOSA 4FNSA 3BG9A 2A7NA 4QNWA 3G3DA 1Q6RA 3AO0A 5C6MA 4ORMA 3TXVA 5E1QA 4O4VA 5TIMA 1JCYA 3G18A 4RV8A 5FEZA 4Y9AA 3L9CA 2XN1A 4UFJA 3PY2A 1LRQA 5CPOA 1G7VA 2DU2A 1S5VA 1JCXA 3GDMA 4A21A 3MWAA 3S5NA 3EWBX 4N6FA 3TA6A 1RQEA 3NQDA 3QW4B 4R7JA 3R89A 4K37A 3TROA 4XWUA 4FIQA 3ANYA 1FWWA 3TJXA 3GKFA 4AHPA 3W7RA 3HPZA 4OT7A 1QOQA 3F4NA 3NM3A 4YCOA 1KM5A 1W31A 1OFDA 4JN6A 3P84A 1ZENA 4JTHA 4BWLC 1GPWA 3FA5A 1PV8A 4UMAA 1AMKA 2RFGA 5EYWA 1WXJA 1YTKA 5AC6A 3QRHA 3SGUA 3SI9A 2B7PA 3N9RA 4UNLA 2ZFAA 1IXPA 4FF7A 4Z0JA 1GEQA 3TW7A 3SW6A 4BK9A 5HQEA 3C61A 3D0CA 3TCEA 4IMDA 5AHNA 3N14A 1AL7A 3NPVA 1IXNA 1IXQA 5G4WA 3STCA 1GWJA 1W8SA 3N34A 4ZVJA 4QAIA 4FEZA 2FQIA 1IIGA 1P0KA 1TPB1 2Y7GA 2UV8G 5TQLA 3PBYA 4X22A 1YTEA 4M7SA 1TREA 3BG5A 3M47A 5FI8A 4MJZA 3P5ZA 1ZHAA 4DF0A 5BMXA 4IXHA 2QCHA 2OZ0A 1X1OA 2A5HA 1LBLA 2YW3A 5EMUA 1SO3A 1RQHA 2BZNA 3M1ZA 4I9AA 3SFKA 5F1VA 4UTHA 2QJIA 3MBDA 4RZ5A 4O8RA 3GNNA 4CQAA 2DJXA 2Y70A 3M0ZA 3DGRA 2E6FA 2GQ8A 2H3DA 4N02A 3TXZA 2VFEA 3DFSA 3VKJA 2NXGA 4A29A 4MVAA 3W71A 1KM6A 2YR1A 4MLRA 4YLWA 1K02A 1T96A 1W3NA 2NWSA 1VZWA 3DU0A 4HT3A 2QDGA 4MZ1A 2FPVA 3G1FA 3DI1A 4O0ZA 4FNQA 4UMBA 1M7PA 1RD5A 1TPFA 4KWWA 2YPIA 3MYPA 4DXVA 1MEIA 1FDZA 1VLIA 3BV4A 3VNDA 4NJHA 4GUJA 1TJRA 4P2VA 3P74A 2FDSA 1KTBA 2CZEA 1K7EA 4Y8FA 4O0KA 1FCUA 3PSVA 1CW2A 4EIVA 2V82A 1YTDA 1XFBA 4UNKA 1FWTA 3NQGA 4JTSA 3B0PA 4QITA 2ZZ3A 4UFLA 2E5DA 1YDOA 4NUWA 5F4WA 2QF7A 1QO5A 1F7BA 3STFA 4N6EA 3NQVA 4JXCA 1C8VA 3ZWTA 1QPNA 4LY8A 3PB0A 2QDHA 2QJHA 1BTMA 1JCMP 3H53A 2W79A 3Q2DA 1T99A 1D3GA 3B8DA 1PE1A 1AG1O 2R8WA 3HBLA 3GDRA 2V2DA 2A7RA 4LV4A 1G67A 1KM3A 4BF9A 3WK3A 5G1TA 1QAPA 3EEGA 2E09A 4LV9A 1Q6QA 4O52A 3DENA 4H3DA 4UTWC 4LT9A 5BW6A 3C56A 4DF2A 3S1UA 1VHCA 4B5NA 3W88A 3NVTA 4GE8A 3TFCA 2WKJA 3P81A 3TC6A 3B06A 3BW3A 2ZA1A 3FS2A 3UYCA 1GJPA 3NQMA 1FCBA 5SWUA 1R2TA 4FXRA 2EHHA 3W1LA 5KZMA 2PC4A 1WX0A 1NEYA 1VQTA 2GOUA 3UWYA 3WFAA 2C3ZA 4E38A 5EY5A 4J9JA 3GNDA 1R46A 3KRSA 4XZ9A 3W76A 3U2OA 4RXFA 4FX7A 3W7HA 3MP3A 5I3HA 1TCDA 4BR1A 1A53A 4JX5A 3H55A 3NZ1A 5HJLA 1GYNA 4N4QA 1XCFA 4JY8A 1ME8A 4AWTA 1OFBA 1JQXA 5FEWA 4JIPA 3IGXA 2ZZ5A 1F05A 5J5RA 4WY0A 3TNOA 4XKYB 4IUOA 4BI6A 3E12A 4WJEA 3YPIA 2VFDA 2X16A 4LVAA 1Z42A 2ZTJA 3BARA 4KFNA 3UD6A 1AL8A 5EPDA 3LHVA 3NZRA 1YDNA 5G4EA 3U6WA 1GT8A 4O17A 1QFEA 2G95A 3RNDA 2XFWA 3QMRA 3S1VA 3SGZA 1RR2A 3LTYA 3I68A 1JUBA 1W37A 3G1SA 3PAJA 1H51A 1OF6A 5I3IA 2RDUA 1J4EA 2HMCA 2V30A 4NJKA 3ABOA 4NX0A 1LLZA 1AW2A 1Q6LA 3P61A 3EWYA 3DZ1A 3NQ7A 1QNVA 1UCWA 3M41A 2CLLA 1GG1A 3G8EA 2E5CA 3C0JA 4A22A 3HG5A 3E49A 2NXIA 2A6LA 2ABAA 5F2GA 1H7PA 3B04A 4BFAA 4IMEA 3E0IA 4IMFA 3TSDA 5EL1A 1MEWA 5FEPA 3EX4A 3PF3A 3P60A 2NUWA 3LI0A 1D9EA 3W9ZA 1UUMA 4LRTA 3OHIA 1KFJA 4IGHA 2QUTA 3PWAA 3LXAA 2VXNA 1H1YA 4AHQA 3LBMA 3GZ3A 1KFLA 1DQWA 3DHDA 2BXVA 3G1VA 1JUEA 4NNBA 2NUYA 4EVZA 1K7FA 7TIMA 1OFOA 1ML1A 3Q58A 3THQA 2DZVA 1JRCA 3LHTA 3OIXA 2QJGA 2VELA 2WNQA 3I65A 2H8ZA 3SSJA 4ZQNA 2E1DA 5CZTA 3A24A 3PG8A 1VC4A 2NLIA 1F6KA 4JR5A 2V9DA 4IMGA 3UY8A 4NX5A 4H6KA 5D38A 3FJLA 3F03K 3QW3A 1MSSA 1X7FA 4QJ1A 1I2QA 3QC3A 5FEXA 5KTLA 4LNYA 2FB3A 2J27A 5EKYA 3G3MA 4IXXA 5G2WA 3W85A 3T4CA 4AHOA 4BI7A 2CLFA 1P1XA 2E5BA 2VC6A 5MHBA 3RK8A 4A2SA 3IV3A 1P4CA 3OEXA 3TH6A 2WOQA 1UUOA 3W2LA 5AOUA 3G8RA 4FNTA 4ML9A 3W1UA 5K9DA 3KFTA 5KINA 1IXOA 3NPXA 3T44A 2GVLA 3LHWA 4JDBA 3H54A 4K8HA 1QOPA 1OX6A 2A7PA 4UMCA 4DF1A 1K8YA 3EKLA 2PRHA 4RXGA 4PH6A 1OF8A 6ALDA 3RU6A 4K7VA 2V2HA 4N9DA 3USBA 4BI5A 3B05A 3E02A 4EF8A 4ZQCA 3B0UX 3IRDA 3RMJA 1QPQA 1W3IA 3MW7A 2PRLA 2QUUA 5D2WA 3SZ8A 3FFSA 2ZZ4A 4NJIA 2C6QA 3IGUA 3W23A 4H4IA 2CLIA 4UR7A 4MYAA 2C14A 1GVSA 2WPBA 1GVFA 3PUOA 3QPYA 1FDYA 2CZDA 5I3KA 5K4ZA 3N9SA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B7O A;  4UTI A;  5KIT A;  1LM1 A;  1WOB A;  4L4M A;  1VPX A;  3W7M A;  4Z08 A;  3VE7 A;  3O16 A;  2X30 A;  3Q94 A;  2A6N A;  4EF9 A;  3CWO X;  1BEU A;  1IIH A;  3R2G A;  3M6Y A;  3IIX A;  1ZCO A;  1OYC A;  4GUI A;  1SO5 A;  3HGJ A;  1PL9 A;  5ABT A;  2E6A A;  4IOT A;  4KKX A;  3CB8 A;  2J24 A;  3W70 A;  1W5N A;  2A2I A;  2WJZ A;  1V7Y A;  1TQJ A;  1I4N A;  4S2C A;  3VFL A;  4CNN A;  3KVK A;  3G1A A;  4JNM A;  3WJZ A;  2OT0 A;  3ABQ A;  1KV5 A;  4UC5 A;  4M7T A;  4O12 A;  4UCG A;  1FXQ A;  2Y62 A;  2C1H A;  3V1P A;  4WXY A;  1OFP A;  3W72 A;  3MUX A;  1ZAJ A;  3TSM A;  4O28 A;  2DP3 A;  2NX3 A;  4Z1B A;  1FWS A;  3TUU A;  3UWW A;  4QM1 A;  2TPS A;  3DFN A;  3L5M A;  3L67 A;  3PM6 A;  2ZYF A;  3TFX A;  1QML A;  1W5O A;  4UTT A;  3ABS A;  2BTM A;  4RJE A;  2X1U A;  4GRS A;  1TJP A;  2NX1 A;  4PA8 A;  1A5S A;  4FXS A;  1EWD A;  4HIB A;  1XBZ A;  3UWQ A;  1QWG A;  1H62 A;  5K7J A;  4MY8 A;  1VGA A;  3MYO A;  5D2Y A;  1ONR A;  4JDY A;  1JCN A;  3G22 A;  3TU9 A;  5D2X A;  1I2O A;  4K8E A;  2H8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5AYXA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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