2JKEA

Structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
705
structure length
687
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
total genus 239
structure length 687
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkeA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkeA02
1FUYA 4K6AA 4BR1A 2TMDA 2R91A 3MP5A 4O15A 2NX3A 3IIOA 5D2XA 1W3YA 3GAKA 1XC4A 3W7MA 1GVQA 1JUEA 1Q6RA 2A6NA 1GOXA 1LTDA 4CCCA 1OX6A 2J88A 2VEKA 1GTEA 3C2RA 3LX9A 3GXPA 3IMHA 3LXCA 1IXOA 1S5VA 4WD0A 2C16A 1D3GA 3M6YA 3PUDA 4UFJA 1ULVA 2ZRXA 3LI0A 2OZ0A 1WA3A 1ZJIA 4MUZA 4AF0A 1D9EA 3BGJA 4HIBA 2G97A 3QPYA 4NZFA 4UXDA 2Y62A 2E77A 3GDKA 4O1AA 5FF3A 2Y85A 1EPXA 3P81A 4DF1A 3N9RA 4QQ3A 5J5RA 2OX1A 3OBAA 1TMHA 1VYSX 1JRCA 3TSMA 3F03K 3L5LA 4TMBA 3BO9A 1F2JA 3EX3A 1N7KA 4JTHA 2OJPA 1L9WA 1PHWA 2TYSA 1J0MA 1SO5A 1N7QA 1VHCA 3VDAA 1H1YA 3LTPA 1NSRA 3NM1A 4ZQMA 4IXHA 4PEKA 3NQDA 2CIRA 4N02A 3CEUA 4OV4A 3W6YA 3BV4A 1BEUA 3N19B 3PBUA 1VCVA 2WO5A 2ZQ0A 5CSRA 1LOQA 5BW6A 4TO8A 1ZENA 4M5PA 1OFAA 1ZAJA 3SR7A 3T08A 2WVYA 1OFBA 1FBAA 3W7PA 3ZWSA 1YDVA 1N7PA 1JJKA 2J9ZA 4WQ6A 3P60A 3S1VA 5HUOA 4DPPA 3TH6A 1KV8A 2PRHA 1T8XA 5U4NA 1WYIA 2X2GA 3M9YA 3LHWA 3I7SA 1SSDA 1SR9A 2GPTA 5BRBA 4R34A 1SQ7A 1VZWA 2JGQA 3I7QA 3GAYA 1K8XA 1KFBA 3TQ0A 1FWWA 5G2IA 4K8HA 1GZGA 5I3JA 2ZZ3A 2ZRWA 2C13A 4CQ9A 1HFBA 4FF7A 3TQKA 1JQXA 1TXKA 3C4UA 2YGYA 1EGUA 3RLUA 1G4TA 1ZNNA 1SUXA 2ZA3A 4MLJA 2QJHA 1P1XA 1THFD 3NPUA 5G1YA 1OX5A 3S9YA 5EL1A 3MBFA 1MEHA 3C6CA 3KVLA 3KVKA 4RKAA 1ICSA 3JS3A 3MI6A 5C6MA 1U5JA 1LBFA 4UCGA 3CLMA 3LV6A 1TV5A 4LVBA 4AHOA 4DQWA 3BVJA 4AEOA 4MPQA 3LRKA 3TC6A 1W5OA 4MZ8A 4DUVA 5EYWA 1W5MA 4Z08A 2BLEA 1LORA 5DCEA 2FPTA 1ZHAA 3O06A 3ELFA 2W6RA 1V5XA 1XBXA 2Q3OA 3MYPA 3GB6A 4E0CA 1OF8A 3S5NA 3LGEA 4LRTA 4O16A 1PL9A 3QSRA 1IIHA 3CT7A 1KTNA 3QMSA 1BTMA 3SFKA 3HPXA 1TTQA 5KSWA 3C61A 1OFOA 1NEYA 1KFEA 3DFOA 3HB9A 1H7XA 1LRNA 1DOSA 4Q4KA 3NO5A 1JUBA 4DF0A 4FNTA 2DZWA 1YGAA 1F6PA 1VRDA 1DJNA 4M6VA 3HO8A 2WVXB 2NV2A 1N7NA 4RZ4A 4FX8A 4RXFA 4IX2A 5DBTA 2O7QA 4HKPA 1H63A 1IF2A 4X2RA 1LCOA 2ISVA 2P10A 2NV1A 3PS7A 1YXCA 4JY8A 2V81A 2J9YA 3NOEA 2VEMA 3VKJA 4AWTA 1YDOA 3IGUA 2QEZA 3STEA 3TU9A 2QCLA 2YZRA 5FF2A 3Q2DA 2JKEA 1OJOA 3ANYA 3TV8A 3UWQA 1SW0A 1W56A 3M5XA 4BZFA 3G0SA 4HN4A 3ABSA 4NQ1A 4JX4A 3WK2A 2WOQA 4WZHA 3TNOA 2VXNA 1SO6A 1A5SA 3W88A 2ZDRA 1I4NA 5CG7A 3TUUA 2YYTA 1P0NA 3NG3A 4P61A 3TE9A 1FDZA 4UTTC 4ZQOA 5C5YA 5AYYA 1PIIA 5CKSA 1TB3A 2CW6A 1QOQA 1JZ8A 2W79A 4DBDA 3HGRA 1F7BA 3B8DA 2FPYA 1XI3A 4O4VA 3CU2A 5F1VA 5D33A 4DELA 2VELA 2QR6A 1AL8A 1X1OA 3NM3A 2DZUA 1YLVA 4C1KA 1H7PA 3E96A 3OG3A 3W85A 1O60A 2HMCA 1KFKA 3W2NA 3O16A 1L2UA 3G1FA 2V5LA 5D2VA 2ZZ5A 3DHDA 4O53A 5L6UA 5LNRA 1OVDA 1DQXA 2WZSA 1JCXA 5FEPA 2YYUA 4MYXA 1DVJA 3G22A 4JTIA 3K30A 3HG3A 1HUVA 2E6AA 4BFAA 1JCYA 4CNNA 3L67A 5D03A 1OFEA 3PC0A 4A2SA 4JNMA 3HG4A 2PE4A 3G18A 3OB8A 3QEZA 3HBLA 1OX4B 4PA8A 3FJ6A 3PVFA 1QNVA 2QAPA 2XSGA 5DY3A 2FB3A 4TIMA 1QO5A 2GUUA 2Z6JA 3L21A 1YXYA 5CPOA 3I3EA 1SW7A 3QQ0A 2XHNA 4C1LA 3NZ1A 3MI2A 4OBTA 3S0CA 1P5BA 4CQAA 1KW1A 3NDOA 4UC5A 1RV8A 3PB0A 2H6RA 1R46A 3EXRA 5HINA 4JTFA 3FS2A 2A1YA 3KRZA 4O8RA 3AJXA 1I2OA 2LLEA 3W7IA 1J5TA 3TJLA 5D37A 3PBWA 3W2MA 4BF9A 3ABOA 3W7DA 3NQMA 4YWIA 3UPWA 2WVXA 1W5PA 1FWNA 6ALDA 3STFA 4I7WA 2IQTA 5AYZA 3LXAA 4JTLA 4GUIA 3R5EA 1SO3A 2X1UA 1RW9A 4K7YA 5LNUA 4WUIA 2ABBA 1I2RA 4UTIA 3T0BA 1MMZA 2DP3A 3IGSA 4CQ8A 5HMSA 3C3NA 1YPIA 4RZ5A 3N34A 4Q32A 2ZZ2A 1RR2A 4NJKA 4QITA 3MUZ1 2H3BA 2J24A 1OJNA 1PX4A 1GVRA 1NKGA 3W2LA 1X8FA 3ATZA 1GEQA 3TW7A 4LY8A 3FKRA 1KA9F 3LHZA 3BW3A 1S5TA 3PF3A 5HULA 2W0UA 4K39A 2NUWA 3NVTA 5K9DA 2V0TA 2V2CA 3CHVA 2JGYA 4K8EA 1GVFA 1SW3A 1X1HA 1JR1A 8TIMA 4O10A 4J9JA 4Y90A 5CPLA 2CLKA 3N14A 3LHVA 3SZ8A 1O95A 3HIJA 4AF0B 1ME8A 4K37A 4IOTA 3TMLA 3TX9A 3ZWTA 2CLHA 5EBUA 3G1XA 2JK2A 2V2HA 5C54A 5F2LA 3T55A 2E09A 4HNNA 3RLVA 3VE7A 1PCWA 2TPSA 3BGAA 4QSHA 2ZTJA 1UG9A 3EEGA 4O0ZA 3C8FA 3VE9A 3EX4A 4XBSA 2QCDA 3RMJA 4JICA 4WY0F 2A4AA 3W3OA 4RR4A 5CZ0A 3NQ2A 3GK0A 1DKWA 3OVQA 1G67A 2G95A 3AO0A 3A21A 3EX1A 2Y6ZA 3LLDA 3DI0A 3L0KA 1LLZA 4GUFA 5G4WA 3THQA 2HTBA 5EA9A 2O7SA 2QCCA 3F1QA 5KZEA 1QCWA 2ALDA 5HNRA 1EUNA 2Z2UA 4U28A 1OX4A 1G4SA 1EWDA 2TSYA 5IBXC 1WBJA 5K4ZA 2X16A 1MSSA 3L68A 1FWSA 3P8JA 2WSQA 1ML1A 3L5MA 3LCIA 3MHUA 1XXXA 3UZJA 4AMAA 2VEIA 2E68A 4UFKA 4GRSA 2A5HA 3DYOA 1DP0A 1I45A 1MO0A 3UWWA 2Q8ZA 4JTTA 3W1RA 4GNJA 3G1DA 3NYZA 5LSMA 4LVAA 4EF9A 2Z1BA 3CEPA 3CB8A 1ALDA 1WDWA 4LRSA 1TTJA 4MYAA 1QAPA 3P7YA 1NSXA 3LBMA 2GQ8A 2JBMA 4HNVA 3DHFA 3Q94A 3JRKA 1EA0A 3LCXA 2X03A 3R8RA 3NR0A 1M6JA 2Y7GA 1PVNA 4Z1CA 4LNYA 2RDTA 4O18A 3OHIA 1LRTA 1QDSA 1L6YA 4BWLA 2UV8G 3BG9A 1DL3A 3TKFA 5DY2A 3S5ZA 4MJZA 3YPIA 4O17A 2GQ9A 5D2TA 1TPWA 5ABTA 4ZQCA 4EOUA 4HT3A 4YCPA 3H53A 3GR7A 3MHGA 4N6EA 3HGSA 4KWWA 3T09A 2ZRVA 3G24A 1K8YA 3IIPA 3VD9A 2A7RA 1LOHA 1MEWA 1YDNA 3C2EA 1Z42A 1S3HA 1TPEA 4MFEA 2NWRA 3EWYA 1AG1O 5CPNA 2XN2A 4A22A 1V7YA 2ZTKA 4O54A 5FEXA 4O0KA 3BLFA 1JOVA 1M7PA 1O5KA 4KFPA 2HS8A 1CI1A 4PCFA 4JXCA 3FYPA 4WXZA 1WX0A 2YW4A 4UTWC 2GVJA 3SEPA 3FLUA 4IPIA 3RU6A 1XBZA 1EP1A 4JS3A 3NL2A 1HMUA 1OG0A 1TTPA 1H5YA 1UUOA 4O1DA 3L0NA 3TAKA 3HGJA 1HN1A 1TQXA 3DFSA 3TC7A 3MV11 5HWJA 1VQTA 1LXMA 3TCEA 2E1DA 1OFPA 2J27A 3TQVA 1IXNA 3G1AA 1ICQA 4E2BA 3W86A 3BLIA 1HL2A 3FJLA 1SPQA 3A24A 4TMCA 1RWHA 4OGZA 4BI7A 1A5CA 1YXDA 1QPRA 1EP2A 3PG8A 4O12A 4YL2A 5C55A 1Q6OA 5A1AA 3TMQA 1VLIA 1JCJA 3FKKA 2Y7FA 4FO4A 3W7QA 5TQLA 1ZY9A 3W2UA 1HN0A 2R94A 2G96A 4HHPA 1CX9A 2BSLA 2TRSA 3VD3A 1NS8A 4XTDA 5F2IA 2QUVA 1NF0A 2ZZ6A 3O6CA 3SECA 3CM4A 2E6FA 2QDGA 1KFLA 4IXXA 4XUGA 2P1FA 3TFCA 3E9AA 4QIUA 1WOBA 2WPBA 2ZXQA 4RXGA 4D2JA 1VC4A 3NQEA 3TXVA 2ZCGA 3CTLA 5CZJA 1TCDA 3E49A 1YQ2A 1F1SA 2E5DA 2PC4A 2CFFA 3INPA 4X3ZA 1GG0A 5EMUA 3MHFA 2CLMA 2CLIA 1VR6A 2C0AA 2CLOA 3P84A 3TIMA 5TBOA 2CZFA 2WVZA 1TJPA 1WV2A 4FX7A 3C2OA 3R2GA 2Z0IA 1SZFA 2C15A 3SY5A 4BZHA 4O52A 1FCUA 3E0IA 1W5NA 4NVTA 1JUKA 4NZJA 4LW7A 3KHJA 1IIGA 1W37A 1SFJA 1JZ2A 3LHYA 4NJIA 2X1TA 3HF3A 1ZFJA 1FQ0A 5LHEA 1B4KA 3ABQA 4K38A 2Y88A 1QWGA 1VGAA 1HM3A 4ORMA 4ZQNA 3QMRA 2OT1A 1LZOA 1XDMA 3GNDA 1EEPA 1UJPA 2Y7DA 1TPH1 3UWZA 1HM2A 1T0OA 5AC8A 3OBKA 1RQBA 4PTNA 5H91A 3DU0A 5AB3A 1TRIA 2NX1A 2BXVA 2DZTA 3LI1A 3O8AA 2PRLA 4IWWA 4JTUA 1LLWA 3DECA 1ME7A 4LTSA 4UNLA 2A2IA 4O11A 3QM3A 1T99A 2GOUA 4GFSA 3CQ0A 3PWAA 3W87A 3N73A 3L66A 3BPWA 3MUY1 4DO6A 1XBYA 4NU7A 3PSVA 5DCBA 1MMYA 3DAQA 1WQ5A 4AQ0A 3DENA 2QCHA 3DYMA 3M41A 4FIRA 4JIQA 4Y96A 2BX7A 1F76A 3DKJA 1KM4A 3QC3A 1OF6A 2CZEA 2V5BA 4X9SA 3NZRA 5D04C 3HPZA 3QJAA 4ADTA 1XUUA 3CZJA 3QZEA 3P61A 4YXGA 1LYXA 2V2DA 3NQCA 2OCZA 4IGHA 5AOUA 5BMXA 1YYAA 3QMTA 3NQ8A 3TA6A 5AHNA 4UTUA 3W1MA 4DF2A 4U4MA 5A5WA 2C19A 4AHQA 2PRMA 4M7TA 3LHTA 3W7NA 3T4CA 3GZ3A 3CWOX 3SI9A 3SIZA 1W31A 2Y89A 3QYQA 1PV8A 3S1UA 4E2DA 4N4QA 4GWEA 3NL6A 3FIGA 3EWBX 3MMTA 3C56A 3DGRA 1Q3NA 1TREA 4IPJA 4LOCA 1N55A 1L7KA 2F7FA 1LBMA 5D2YA 2PURA 1BWKA 3P8IA 4EWND 4JX5A 4ZQRA 3W1NA 2QCGA 1C29A 5K2ZA 1SNZA 3PUOA 4JYEA 1WBHA 4FEZA 4RV8A 1FXPA 1Z48A 5AC6A 3EX6A 1K1WA 1RZMA 5D2WA 2QJIA 2I14A 5CZSA 1TJRA 3W7JA 1EB3A 3B4UA 2FLIA 4Y6GA 3S5YA 3UYCA 3VDCA 1JYVA 3G1SA 3NQAA 1K1YA 3EB2A 4PH6A 1X1ZA 1LM1A 2R8WA 4POCA 1UASA 3O15A 3P74A 1MN0A 3EKLA 1F6KA 4M7SA 2ZRYA 2ZZ7A 3PM6A 4GC4A 4HNTA 5AHFA 5KTLA 3PY2A 3LERA 3T7VA 2WV8A 3CIWA 1K7EA 4M19A 3L5AA 4UFLA 3KVJA 3JR2A 1A50A 1KM3A 1Q6QA 4ADUA 3MW7A 2ZA2A 3LLFA 4S2BA 3W75A 4NX5A 3W07A 1NS7A 4WOZA 3W1LA 4JTJA 1XFBA 2WSRA 3F4NA 5KMYA 1SO4A 1FCVA 2OMAA 2RDWA 4JTGA 2G5WA 5EY5A 1FDYA 2QCDB 1AW1A 5DELA 1H51A 3T78A 3VCRA 1HO4A 2E6YA 5I3KA 1W0MA 2FQIA 2OT0A 3G1YA 1DORA 3O07A 4TX9A 1FWRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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