2JKEA

Structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
705
structure length
687
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
total genus 239
structure length 687
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkeA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkeA02
2NUYA 2A6LA 2Y62A 2BRVX 1Z42A 5ABTA 3SEPA 2BSLA 3W3OA 3VD5A 4AWUA 1P0KA 3GLCA 2ZDRA 4K8HA 4HSNA 5FEZA 1F5ZA 2CIQA 1KBJA 2G97A 3R2GA 3W72A 1XXXA 2ZRUA 1YXDA 5C54A 5AHIA 4UTKA 1LCOA 1FWRA 3P67A 1G7VA 1XBXA 2E5DA 2RDTA 4I7VA 3IGUA 5KZDA 2B4GA 4Y90A 2DJXA 3W83A 3MBDA 4AHOA 5LNRA 4J9JA 3ATZA 3GAKA 5DLCA 1FBAA 3F03K 1FDZA 2V2DA 2ZZ4A 5K9CA 3M6YA 1QWGA 2B7NA 4FB7A 2C15A 2CU0A 4G1KA 3NQFA 4MKNA 1Q6RA 1LP6A 2WKJA 2BXVA 1O5XA 3W88A 1NFBA 1FDYA 4N9CA 1WQ5A 2FPYA 4WUIA 3E12A 2C16A 3LOTA 3T2PA 3DFQA 1MZHA 3M5XA 2VFIA 3CEPA 4NJGA 5K4ZA 2EGZA 3HG3A 3HQ1A 3LDVA 4RLIA 4EF9A 5F1UA 5BNKA 1TQXA 1J5TA 3LI0A 1N8FA 5CKSA 2GVLA 1I2OA 3G1HA 3W2MA 3T08A 4NZJA 1DKWA 1VZWA 3S5NA 3P61A 3TSMA 4JYFA 5FESA 4RR4A 5G1YA 5HWJA 5HWMA 2X1UA 3BG9A 3LRMA 1HMWA 2W0UA 3OG3A 4P2VA 2ABBA 1R46A 2E22A 2CZFA 4B5NA 4EWND 3O6CA 4OE7A 3STGA 3C0JA 4OV4A 3V1PA 4CCCA 1JYWA 3A23A 3WK0A 1OJOA 1TV8A 1JUKA 2B7PA 2CLEA 2OT1A 3I65A 5DBTA 1OABA 3LTYA 4FHAA 5HR6A 3G24A 3AO0A 3SGZA 1HMUA 1G4PA 3LLFA 1EEPA 1F7BA 3EX6A 3T2QA 5BOOA 3TMQA 4DO5A 2ZQ0A 2QCMA 3PSWA 1K3UA 3IVTA 2WZSA 1X6UA 1THFD 3WJSA 1W56A 4U28A 1LORA 2YGYA 5CPNA 4BZEA 1JOVA 4HNNA 4LVAA 4UFKA 3I3BA 5D05A 6TIMA 3BW3A 3DH7A 1AG1O 1QR7A 4UXDA 2G95A 5L9FA 3P8IA 5A5WA 3QW4B 3P7YA 2B7QA 3MI3A 4RZ5A 4CCEA 3GB6A 4JX6A 1AW2A 1WX0A 3W7CA 3B0PA 2WW3A 3GR8A 3M16A 5D09A 3GXTA 1H51A 4JY9A 1R2RA 3INPA 3W7KA 2BRWA 1OX4B 3KX6A 1LLZA 2VFGA 4Q33A 2WPBA 4MYAA 3NQMA 5EL1A 3QF0A 3MBFA 4O16A 1LM1A 3CB8A 3NM1A 4WOZA 3TX9A 3W7LA 3IIVA 3OVPA 3G3MA 1N7NA 5CPMA 4LC6A 1VCGA 1XBZA 5D03A 3RMJA 3L5LA 4S1FA 1W54A 4LVDA 5AYZA 1C8VA 1RVGA 3MUY1 1XC4A 3EX2A 1VPXA 4W9TA 3W73A 1JCYA 2WJZA 3NQAA 4UNLA 1L6WA 3HO8A 4FX8A 1HN1A 2J9ZA 2NXGA 2OX1A 3LCXA 2Y61A 5D2VA 3UPWA 3I6RA 1RW9A 3HJZA 4XUGA 1ONRA 5F2MA 3NOEA 2X2GA 5CPLA 3SIZA 2UV8G 2C0AA 5EMUA 5AHEA 3SZ8A 4JX4A 4BZHA 1P0NA 3LX9A 4M7SA 1D3HA 3PUOA 3L66A 1K7XA 3IIXA 4KFNA 3C2RA 1NF7A 5E1QA 4XZ9A 3T7VA 5K9DA 3PSVA 4MZ8A 1D3GA 4DELA 1B3OA 3DU0A 1VGAA 1GQNA 2H8ZA 2PC4A 4MJMA 2PCQA 3QPZA 1UB3A 3C52A 3S5OA 4FNSA 2E6DA 3LCGA 3W7OA 4GNJA 5D2YA 3WK3A 3DBPA 2TSYA 2VENA 2H8XA 2QEZA 1GVQA 2DZTA 2FIQA 2Y70A 3KFTA 3PS7A 3Q58A 1EIXA 1BWLA 4FIRA 4H6KA 3PR2A 1VRDA 1ZCOA 1SQ7A 4KWVA 3VD4A 1L6SA 1A53A 1PHWA 1QO5A 2A6NA 4CQ8A 2Q8LA 2C1HA 2JK2A 2I14A 2B7OA 4X2RA 1ZNNA 3EEGA 3VD7A 1JZ5A 2NZLA 1OHLA 3S42A 4MFDA 4DO6A 5H2ZA 5G2HA 5DXYA 1TPEA 3W76A 1JR1A 2P1FA 4DBDA 1GG0A 3TCEA 2Y63A 2ZA1A 2NUXA 1QPNA 2X1RA 2ALDA 2Y7EA 1JUBA 2FQIA 1PX4A 4ZQCA 1W5NA 4TIMA 1N55A 3W7DA 1VYSX 4JX5A 1GVSA 3LTPA 4R53A 1FDJA 3NQGA 4IQLA 4NJKA 1E51A 3WK2A 3FS2A 3MHGA 4MLRA 5FEWA 3ZFHA 1OFAA 1T8XA 3D0CA 2RKXA 2ZZ5A 5BMXA 4MVAA 1LBLA 3UWYA 3W1AA 5LGZA 5I3FA 1SUXA 3W74A 2H3DA 1CI1A 2Z0IA 3LXBA 3SFKA 1WOAA 1YXYA 2ZRXA 3BVJA 3SGUA 4TR9A 1G7UA 1LOLA 1OYCA 3O05A 3W9ZA 3Q37A 4ZMGA 3P8JA 1DQXA 3FIGA 3CIXA 3TC6A 1SU5A 3S1XA 3QSRA 4UNKA 4AVFA 2OT0A 5HWNA 1WBJA 1PCKA 2J24A 5LKYA 1IXNA 3W23A 3O06A 3RFAA 1OX4A 1NAL1 3W1LA 2NV1A 3S6DA 4NX5A 2A7NA 1W1ZA 1B4KA 4XQ6A 2W6RA 5CGQA 5KMYA 2FDSA 3GXNA 1GYLA 3DHDA 5G2WA 1YTDA 3QC3A 2QCEA 4GJ1A 4GUHA 2QCGA 4JS3A 1W3NA 3U8GA 5T26A 1Q6LA 1TRDA 4LVBA 3LCHA 5K9XA 2ISSA 4Z1CA 1JUEA 1FX6A 2FB2A 3F4WA 3N9RA 3VDAA 3NQDA 2BRPA 3R5EA 1PX3A 3MI6A 1XCFA 4JIPA 4EVZA 4YLWA 5AYYA 1KLZA 1C82A 3EXSA 2CIRA 2PRMA 4UR8A 3RLUA 1FCBA 1EUAA 4A3UA 2P0OA 3P81A 2CZ5A 2DZUA 2DZXA 2ZBTA 1YPFA 4JGDA 4L4MA 3M7WA 1ICPA 1F1SA 3W7QA 1F73A 4ORIA 5GVJA 1H5YA 3W71A 2VEIA 5TIMA 3ZS4A 3O63A 3HPXA 1UUMA 4E2DA 3LCWA 1W3TA 2JGYA 3MP4A 1S5WA 4A2RA 4IMCA 4IPJA 5CZSA 1I2RA 4R33A 3F1QA 4UR7A 3UWVA 1YGAA 2QCDA 3LCIA 4GE8A 4LS1A 4MY9A 2VEKA 1JCXA 3TE9A 5FF3A 4M7TA 3MV11 1H63A 1TPB1 3EX3A 1G6CA 2J88A 1XBYA 3E9AA 1H62A 4HNVA 2NX1A 1JYNA 5K2ZA 1VYRA 2PE4A 3CEUA 2E09A 3UPBA 5LNWA 1VHCA 1CB8A 3TW6A 4M6VA 3IAPA 3BG3A 1Q3NA 2WNZA 3W1XA 3TH6A 3CPRA 4OU1A 3Q2DA 1KM5A 2NV2A 2HTAA 4JYDA 3P60A 2NLIA 2BX7A 4JR5A 1OFDA 2Q8ZA 4JDYA 3BW2A 1VCFA 2FFCA 1O94A 3TXVA 1DQWA 5EPDA 1I8JA 1RWHA 1Y0EA 1EGUA 1UJPA 2QCFA 4GC4A 2ZA3A 3PB0A 4N02A 1YPIA 3I68A 4GUGA 2J9XA 3NPVA 2VFHA 3HGRA 1NSSA 1T0OA 3C3NA 1TSIA 3R13A 3TQKA 2C13A 1ZAJA 3MI2A 4FNUA 2V2HA 5D38A 3NXFA 4TMBA 5D33A 4P61A 2GQ8A 1BEUA 1TTJA 2YFOA 4X3ZA 2BWGA 3J7HA 2JBMA 4LS2A 3MWAA 6ALDA 1QO2A 2ATSA 4IXXA 1HM3A 3NG3A 4RZ6A 1TPWA 3FFSA 3G1VA 4BWLA 2X1SA 4R34A 1K7FA 2HS6A 2Y7DA 2CZEA 5L6UA 3NQVA 3MMTA 4LRTA 4PH6A 1SO6A 5DCEA 3TQ0A 2YSWA 4FF7A 1FWNA 1RQHA 2J9YA 1YLVA 3M1ZA 3T0BA 1R30A 5EYWA 3WJXA 5LZLA 1PE1A 4TTGA 3G22A 3QM3A 3MYPA 2AAMA 1VCVA 4FX6M 3UWUA 5KITA 1WA3A 3LXAA 1H7XA 4LV4A 1AMKA 3KHJA 3PULA 1O4UA 1OK4A 4QITA 3NJVA 2I9EA 5D30A 5IM51 1LOHA 4NNCA 2LLEA 3G1SA 3USBA 5AC7A 1G4SA 4WY0B 3W70A 3SECA 1OYAA 4O15A 3BLIA 5BMWA 3VCRA 3C6CA 2FPTA 4N4QA 3P74A 3W1UA 2GJLA 2QDHA 5AHMA 1QCWA 4RX0A 2J27A 3NJXA 5CZ0A 4N9EA 3W2LA 1WDWA 3NPUA 2RDWA 1GTEA 2QCLA 4IMGA 3W2KA 1ML1A 3PUDA 3PUEA 5LNUA 3P62A 1SFLA 3LHWA 3WJZA 2CLLA 3T0AA 2GVJA 1AW1A 4JDBA 1OX6A 3KVLA 3GK0A 1BWKA 5KZEA 1NS4A 2VFFA 3G1AA 2WSRA 2ZA2A 1PCWA 4AEOA 2E6YA 3EWWA 1MMZA 3BG5A 3KRSA 3W86A 4IX0A 3HG4A 4NXSA 1JCMP 2EF9A 3NQEA 1EPXA 1FCQA 4IGHA 3TFCA 3FYPA 3QMRA 1NS2A 3CZJA 3N9SA 2CZDA 1C29A 4A29A 3GYEA 4AAJA 4DQWA 2VOMA 3G3DA 1AK5A 3G0SA 2X16A 4PL1A 3T09A 4RV8A 1FWTA 4A22A 3NL6A 3ZR4A 2Q1FA 3TV8A 1GT8A 4UTUA 1LURA 3W7JA 2WW2A 4YCOA 4CNPA 5G4EA 1RZMA 1IXOA 1K1WA 3KRZA 1SO4A 1KV5A 4RZ4A 3MUXA 5TBOA 1K02A 1WXJA 3V75A 4FX7A 2WVXB 4O19A 1NSXA 1VYPX 2QCNA 2X1TA 5AFDA 3DHFA 1EWEA 2ZCGA 3FJLA 2YPIA 1N7PA 1A5BA 3RK8A 4NVTA 1UG9A 3HIJA 2H90A 3OB8A 3RNDA 4JN6A 1TMHA 5LNSA 4FXSA 1PL9A 1AL8A 3LGEA 1RWGA 3G0UA 4AHQA 3NQ8A 5AOUA 2Y7FA 4UCGA 4UMCA 4UFMA 3KVJA 1CW2A 2EHHA 2ZZ1A 4WX2A 2VXNA 3TXZA 5E0KA 1SO5A 1PS9A 1OFQA 3UZ5A 1B9BA 5EKYA 3N2MA 4O1BA 4X22A 4UMAA 2DZVA 3DXIA 2ZFAA 2ZZ2A 4OWGA 1FXQA 4N2YA 3IGXA 2BTMA 2ZRVA 2Q3RA 1A5AA 1RWFA 1ZJIA 4DPPA 1W5OA 1KA9F 1OG0A 4ORMA 3T0DA 2QUUA 2RDUA 4ONVA 3W1NA 4LVFA 4K7YA 1MMXA 3S1WA 4BK9A 5K3VA 4ZVJA 5K4XA 1O5KA 3DCDA 1RV8A 3EWZA 1O60A 1TJPA 2A0NA 1GTHA 3EWXA 3FOKA 1NEYA 1PVNA 3EWYA 3T2OA 1KM4A 1GYNA 3KOFA 1LOQA 3OBKA 1JZ4A 4PEKA 1W5QA 5EBUA 2CLOA 1TREA 4AWSA 3GDKA 3UXAA 3NDOA 3SW6A 2NWSA 3R12A 4IXHA 2ZRWA 3C2VA 3FYOA 3DENA 3B03A 1N7KA 3C61A 5EA9A 2JGQA 1VC4A 3LM7A 2JKEA 3NR0A 3UWZA 1HUVA 5K7JA 1OFEA 1I45A 3IIPA 3UXDA 1F4AA 2VC6A 3M9YA 1ZAHA 3UQNA 1X8FA 4Z0JA 4FNPA 5U7SA 4WY0A 1DJQA 4EIVA 1OF6A 1VH7A 2VFEA 4FXRA 2NUWA 4E38A 2YXGA 4KFOA 3W7MA 4IWWA 4C1LA 1P1XA 1ME7A 1YDVA 1F6PA 3IIZA 3O1NA 3MUZ1 4Q32A 3M5ZA 1NF0A 5D02A 3H54A 4RNLA 2A2IA 2F84A 4JTJA 1OFOA 3VNDA 3CU2A 5C6MA 5I3GA 4RCXA 1HO4A 2F7FA 3W7EA 5J5RA 1IIGA 2PURA 4Y9AA 5TQLA 1K8XA 1EA0A 4FEZA 1JZ8A 1FWWA 1J2WA 3LHUA 2FTPA 3G8EA 2YW4A 3QH2A 3L65A 1FQ0A 1QPOA 2DJLA 3BV4A 3LV5A 2AGKA 4OT7A 4LS0A 4MY8A 3HGJA 1L7JA 5U4NA 1XUUA 1ME9A 3KRUA 1SPQA 2AQWA 4DF0A 3SJ3A 2QCDB 2Z1BA 3HG2A 2FPVA 1RD5A 2WOQA 1GZGA 3UNDA 3DYMA 3VDCA 1TV5A 1F6KA 3B0VC 1S5VA 5MHBA 3GDTA 1OFPA 1GVFA 3O07A 1M6JA 2V8ZA 3O15A 2O7SA 1EX5A 2GUUA 4HSOA 2ZYFA 2FLIA 4ZQPA 2A85A 2WW1A 3GX9A 1J0MA 1TPVA 4QIUA 3NAVA 3N2XA 5F2GA 4I9AA 3W07A 2E24A 2E77A 5EY5A 2ISWA 3MWXA 3MHUA 3HMJG 4O57A 1VHNA 1LRNA 1AW5A 4JTLA 2WSQA 3UD6A 3NQCA 1JZ7A 2WVXA 4O53A 4YWIA 1UCWA 1ZENA 4IUOA 1KM3A 4IPIA 1JCJA 3ECQA 1H1YA 1SO0A 1KFJA 3P5ZA 4X9SA 1H60A 4NUWA 2Z6JA 3LI1A 4GBUA 3TAOA 3TSDA 2VFDA 3N34A 1OJPA 1NSJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WMG A;  2BRV X;  2OSY A;  1WZA A;  1H5V A;  2ZDR A;  4K8H A;  4ZTX A;  3LA4 A;  4H9V A;  1LWJ A;  2G97 A;  3W29 A;  5C54 A;  1S2W A;  3MSR A;  3P67 A;  1XBX A;  3W82 A;  2BOE X;  3IGU A;  5KZD A;  1TR9 A;  8XIM A;  3W83 A;  4EAN A;  4J9J A;  3VNI A;  1E4L A;  1CB7 B;  2F2H A;  4QLK A;  3TWB A;  3VU2 A;  2B7N A;  4TVD A;  1IZK A;  4LSB A;  2YB4 A;  1LP6 A;  2WKJ A;  1DXE A;  2POD A;  4ZB0 A;  1NFB A;  1FDY A;  4N9C A;  1OIN A;  5A95 A;  4G9P A;  5FOO A;  3E12 A;  4DXX A;  1MZH A;  4NJG A;  5K4Z A;  3VKD A;  2AAA A;  3UR2 A;  5F1U A;  5BNK A;  1J5T A;  4JQ2 A;  3AS3 A;  2IW0 A;  5CKS A;  4XZB A;  2WWD A;  5E6Y A;  3W2M A;  3H7U A;  1W6G A;  4NZJ A;  3LD5 A;  1ITQ A;  1JND A;  3P61 A;  4G8T A;  4QAW A;  3BG9 A;  2W0U A;  4P2V A;  2Z24 A;  1R46 A;  4IG2 B;  3F5L A;  3WDH A;  3O6C A;  3PAN A;  4OE7 A;  3C0J A;  3V1P A;  2CLE A;  4U5K A;  3I65 A;  2C0H A;  5DBT A;  4AMC A;  3B40 A;  3AIE A;  3LTY A;  5CC5 A;  3G24 A;  3GXI A;  9XIA A;  1HKJ A;  4DM1 A;  2ALR A;  4GYK A;  4XZM X;  2ZQ0 A;  3IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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