2JKP | Genus

Total Genus 237

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	237
sequence length	705
structure length	687
Chain Sequence	QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8549479510663134__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8549479510663134__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2JKP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8549479510663134__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8549479510663134","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2JKP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8549479510663134__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
publication title	Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
total genus	237
structure length	687
sequence length	705
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date	2008-08-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10566	Glyco_hydro_97	Glycoside hydrolase 97
A	PF14508	GH97_N	Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A	PF14509	GH97_C	Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.70.98.10	Mainly Beta	Distorted Sandwich	Beta-galactosidase; Chain A, domain 5	Beta-galactosidase; Chain A, domain 5	2jkpA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jkpA02

4QITA 1TPWA 1NS0A 4W9TA 3EXSA 5HINA 1VJIA 2AAMA 2ZA3A 4O1AA 1GTEA 4UTMA 4PC8A 3SGUA 2TMDA 4Y8FA 3T44A 2WV8A 3UWWA 1HO4A 5CPMA 1H61A 2Y7FA 4ML9A 3GKFA 1Q6RA 3KX6A 2ZZ5A 3NZ1A 4RZ4A 1UASA 4EIVA 3CPRA 1DQWA 3DBPA 3NL6A 3PVFA 5DY2A 3IAPA 4Z1DA 5D30A 5BMXA 1TPVA 1KFBA 3MWXA 5L9FA 5L6UA 3KVMA 5K4ZA 2YCEA 2WNNA 1YDOA 4JX5A 4TR9A 3MUY1 5K7JA 3CLMA 1MXSA 2HTBA 1ZNNA 4LT9A 3THAA 4XKYB 4B5NA 1QNVA 3T55A 1Z44A 3O05A 5AB3A 4NZJA 3M5ZA 1ZENA 2QCDA 3LRMA 1ZAIA 3LHVA 4P61A 2YW3A 3W7GA 1PIIA 3TIMA 1KLYA 3IGXA 4AWUA 3A22A 5K2ZA 4XBKA 3S6DA 2WVYA 2E6FA 4HPXA 4LUJA 3HBLA 3KVJA 3SECA 1NSJA 1C9DA 4LY8A 3FEMA 1I8QA 1KBIA 2A0NA 4NXKA 3NR0A 3PBVA 3E0IA 4GBUA 2A21A 5KITA 2CLIA 3RNDA 4Y96A 3SFKA 1PHQA 2C16A 1KFCA 3EX4A 1N7PA 3B04A 3DYPA 4A3UA 3G0SA 3GDRA 4JN6A 3B0PA 1G7UA 3N34A 3S5ZA 1FBAA 3P8IA 2BWGA 1NS4A 1SW3A 1P4CA 3HB9A 4E2BA 3C6CA 3PWAA 2CWNA 3NGJA 2ZTKA 3WK1A 1OFQA 2WSYA 1XBZA 3EWXA 3LLDA 1OX4B 3Q37A 1KM4A 1YXCA 4MZYA 2B7QA 1J0NA 3THQA 2V0TA 2RDUA 2VELA 1KTCA 5AYZA 4A21A 4AQ0A 3M6YA 4H3DA 3GDLA 2WSQA 3DXIA 1XFBA 1RW9A 1B57A 4EF9A 3BW3A 1R47A 1W5QA 5K9DA 1EPXA 1KFLA 3NXFA 1YDNA 3LRKA 3W2JA 4WY0F 1YYAA 1QR7A 2YW4A 4LVFA 4NNCA 1F4AA 1VYSX 2Y63A 5SWUA 1OG0A 5KINA 3A21A 2CW6A 2QCEA 2TSYA 3NEVA 4NNAA 1NSVA 5C55A 1X1HA 4DBDA 3U2OA 3HQ1A 4UTWC 2WVXB 1PE1A 2PURA 3SI9A 3PR2A 4FNTA 1H7PA 2CZ5A 2Q1FA 3ZWTA 2Y70A 4UTTC 3L68A 4R33A 3BG9A 3BV4A 1EP1A 1FCQA 5G4WA 1XCFA 2Z2UA 3S1WA 5EL1A 4N2YA 3MMTA 4N9DA 3DHDA 4DUXA 3KOFA 5A8GA 1WV2A 2J9YA 3ELFA 2RKXA 4O18A 4M19A 4O4WA 3KVKA 2FQIA 1G4EA 4G1KA 4JIPA 2OMAA 5AFDA 2PRHA 3STGA 1W37A 3USBA 3P80A 3N9SA 4GC4A 4AXKA 3S1VA 3I3EA 2NUWA 4KWWA 3M1ZA 5D37A 2CZFA 3DI0A 2I14A 3T0BA 4M6QA 4WXYA 1L7KA 3LDVA 1SW7A 3W75A 1ML1A 3FYOA 5J5RA 4M7SA 1VC4A 1NSRA 3GXPA 4BI6A 1ICQA 1JZ6A 4HPJA 1TPFA 2ZZ7A 3QSTA 5AYYA 3TROA 2E22A 3NL2A 3SW6A 3BLIA 1FCUA 3M9YA 1LLZA 1NS8A 1N55A 3RU6A 1ZHAA 3KFTA 4CLMA 1K1WA 1XUZA 3I7SA 4NJKA 1GYNA 2X1SA 4JX6A 1SZNA 1EIXA 3O8AA 2A7PA 5CZJA 4UR7A 2R91A 2ZZ3A 2V9DA 3CWNA 4LVDA 5DCEA 3LXCA 3BLFA 3FIGA 2NXGA 1GJPA 4LRTA 2VEPA 1MMZA 3TX9A 1NAL1 1NS2A 4LS1A 1FWWA 1XM3A 2CZDA 2IQTA 1LDCA 2AQWA 1K02A 3KRSA 1AW2A 2PE4A 5FESA 1FXQA 1FDZA 3R5EA 4ZMGA 4FXSA 3P7YA 4NJIA 2V5BA 3NQGA 3UPWA 3IEBA 1KFEA 3BG5A 3O63A 2TPSA 3HGJA 1O60A 2AGKA 1IIGA 1SUXA 1FWSA 6TIMA 1H50A 2HTMA 5FF4A 4NJGA 3WJYA 5F4SA 3UPBA 4M7TA 1WBJA 3DFSA 1TYGA 1H1ZA 1QOPA 2A7RA 4WUIA 1XBXA 3CT7A 3P84A 2NUXA 1VRDA 5EPDA 1G4TA 1P1XA 3CWOX 2HS6A 1D9EA 3BGGA 5E93A 4DQWA 1W3NA 3DI1A 3L2IA 1M7PA 5HWJA 3L67A 4RX0A 4PA8A 2Q3RA 2ZTJA 3GNDA 1MN0A 1MEIA 4XZ9A 4XUGA 5DBTA 3LCWA 1SZGA 1UG9A 2BX7A 2Y7EA 1NEYA 2ZZ4A 3W71A 1K7FA 2VC6A 5LNWA 5HUOA 2OZ0A 3DKJA 4RXFA 4L4MA 3NYZA 1HFBA 1SU5A 3MJYA 4BZHA 4IMFA 4U4MA 3DYOA 3PBWA 1QDSA 4K6AA 4E2DA 3TNOA 1EUAA 1W3YA 3LRLA 4Y6GA 3NM1A 4UNKA 4PODA 1IXQA 1VPXA 3OA3A 3NAVA 3W74A 4ZL1A 1DBTA 3LHZA 3TXVA 3QRHA 4JEQA 1S5WA 3CEPA 2WCOA 2WPBA 1KM2A 1ZAHA 2CLKA 2O7SA 3LLFA 3PB0A 1A5SA 3MP4A 4BWLC 4RXGA 3EX2A 4GNJA 2WSRA 3L21A 3W86A 1XBYA 3W7MA 3NPUA 2CU0A 4GE8A 1VGAA 2WVXA 3D0CA 3NQ8A 3G1VA 2JK2A 3HGSA 1O5KA 1NF0A 3I68A 3LERA 1H5YA 3QFEA 2X2GA 3GXNA 1FCVA 1LBLA 2E09A 3W70A 1W5OA 5LKYA 3EKZA 4CCCA 2ZQ0A 2VFIA 1L7JA 1JZ4A 4UMAA 1ZCOA 2J9ZA 3C61A 2NV2A 3P82A 4LV4A 3N73A 3RMJA 1UUOA 1OFDA 4RZ6A 1YTKA 1JCLA 3PSVA 1EX5A 1CB8A 4WX2A 4A29A 1TPB1 5EKYA 3LBCA 3DFOA 1YQ2A 2XSGA 4E0CA 4K36A 2C0AA 4QQ3A 3NQ7A 4O1BA 3YPIA 1W5NA 4A2RA 2PRMA 3GKAA 2QCHA 1JZ8A 4FX6M 3BLEA 3NNTA 3NREA 1PL9A 5LHEA 3P61A 1QPOA 3OVPA 2QKFA 2J24A 3R12A 3W1LA 2FJKA 3TCEA 1Q3NA 2C6QA 5G2HA 6ALDA 1DQXA 3W1RA 2QCNA 2E5CA 3GVGA 1SO0A 1K8XA 1ME7A 1BKSA 3HMJG 3BARA 4NJJA 1OJNA 2C3ZA 3W7KA 4DF1A 5F2GA 4RLIA 2J88A 3L0NA 1WYIA 5F2MA 3QMRA 2B7NA 3R89A 1LROA 1SNZA 4FNQA 1H7RA 2NX1A 4K7YA 1NKGA 5KZMA 1DVJA 2B0MA 4O16A 2E24A 4HIBA 1EWEA 1YADA 2R8WA 1VZWA 3S5OA 2Z0IA 2ZCGA 3LHWA 3CEUA 2QCLA 3MV11 1W5MA 4NQ1A 4JY8A 5LHFA 3W1TA 4UTUA 1LLWA 1K03A 4O50A 4ONVA 2QAFA 1DORA 4FIQA 4CNNA 4E38A 1M6JA 1L9WA 1X1OA 3DFPA 2F7FA 1OFPA 5D33A 3S9YA 4TIMA 3DCDA 3PUOA 2A85A 4Q4KA 3W1QA 3DU0A 5K3VA 2ZYFA 4N9CA 3W7QA 1GWJA 2CISA 1YLVA 4AMAA 1A50A 3Q94A 3G24A 2BRVX 1TPUA 2ATMA 3LGEA 3PF3A 4HHPA 1F73A 5FEPA 1IXNA 1C82A 1GOXA 1WX0A 1H62A 2A7NA 2FB3A 3GZ3A 2EF9A 4ADUA 1KTBA 2OX1A 5LGXA 1FDJA 3NQVA 1RQHA 4N4QA 3R8RA 2GQ8A 1JRBA 2X30A 4JTKA 2E6DA 2ZA2A 1KLZA 1SW0A 4QAIA 1JCYA 2R14A 3MUXA 1YDVA 1NS7A 2E77A 3J7HA 3OVRA 3TMQA 2B7PA 4HNNA 2ZZ2A 2ZZ6A 1LBMA 3IGSA 1F05A 4LUIA 1RWHA 5CKSA 1LZOA 4BI7A 1HL2A 1KM5A 2Y89A 2ZRVA 5HNRA 3W84A 3GAYA 4Z0SA 3T2OA 1KM0A 3PB2A 3MI6A 1K1XA 2OJPA 2X1UA 4BZEA 1B4KA 4IUOA 1CX9A 1THFD 5I3FA 3O15A 1JYXA 3MI2A 3UWVA 4YL2A 1X1IA 3SIZA 1UUMA 1JR1A 4LV9A 3A24A 3IV3A 5HUPA 3LCXA 4OWGA 4PEKA 1H7OA 5AC8A 5IM51 1JOVA 3BGAA 4BF9A 4Z1CA 3W73A 3QSRA 2BLEA 3W88A 4YCPA 2FFCA 3N14A 2W79A 1Y0EA 2GJLA 1D3GA 3W87A 4O13A 1GTHA 1LOSA 1WDWA 2X16A 3NQCA 3QZEA 2VFDA 1FWTA 3I7RA 3PBYA 5U4NA 1KFJA 5TIMA 1ZJIA 4ZQPA 1SSDA 3L5AA 3S1XA 4MJZA 5EA9A 3TQ0A 1T8XA 2ZRUA 4IMDA 1DL3A 3KXQA 3W1XA 3SSJA 1WBHA 3WJXA 5EY5A 3W7EA 2QCFA 3BW2A 2DZSA 1A53A 4YXGA 3G8RA 3LI0A 3M7WA 5D32A 1L2UA 1W54A 2C19A 3NVTA 4O54A 3C3NA 1J4EA 2QEZA 3LCHA 3UXAA 4MVAA 2RHGA 4GFSA 5F4XA 4N9EA 1A5CA 4OV9A 4ADSA 3PY2A 4JYEA 1Q6QA 1XUUA 3V1PA 1LOHA 3P81A 4ORMA 2I1OA 3WK0A 2CLMA 4LVBA 4BZFA 4YMZA 1KV8A 1QMLA 5LZLA 3EWYA 3IVUA 1LM1A 3SR7A 1TIMA 1P0NA 2WKJA 1HG3A 3FOKA 2JKPA 2Z1BA 2FIQA 4IGHA 5EBUA 3ZWSA 1AL8A 2CLFA 1SQ7A 3B03A 3LTYA 4MY1A 1F7BA 3P60A 2VOMA 4O14A 2C1HA 3Q1NA 1OFBA 1T96A 2B4GA 3VE9A 1VS1A 4HNUA 4O4VA 3VDCA 4PCFA 3BG3A 1TV8A 4IXHA 1ULVA 4NX5A 3VCRA 3I3BA 5T26A 1GVFA 4RR4A 4WD0A 3BPWA 5HJLA 2J6XA 1TREA 4ZQOA 1SO6A 2E1DA 1N7RA 1PX4A 2GVLA 1OFEA 3WJZA 1T0OA 3LBMA 2A2IA 5CPNA 1P0KA 5I3KA 1EA0A 1OFOA 3UZ5A 3C52A 3M47A 3B0VC 4J9JA 4PTNA 4LWWA 1L6SA 3U8GA 1D3HA 2ZA1A 1B4EA 1XDMA 4JTLA 2ZRXA 2DORA 4QNWA 1KV5A 1QO2A 1W5PA 4KWVA 1XXXA 4JTFA 4UMBA 3P74A 3SY5A 3ABRA 5CG7A 4DO4A 3LOTA 3VKJA 3IVSA 2H3DA 3B4UA 4OT7A 4D2JA 1O4UA 4FNRA 1Z41A 3CTLA 1YXDA 1FXPA 5EMUA 3MWAA 1GT8A 3KVLA 1OYCA 1W56A 1RD5A 1ONRA 2Y88A 3TH6A 4DELA 5CPOA 3T0DA 1VQTA 1BEUA 3VDBA 3LHYA 3ZS4A 2B7OA 4ICNA 2WO5A 2ZRYA 1NSZA 1HMWA 4JTGA 5F1VA 3OEXA 4OBTA 1JCJA 1TMHA 1TRDA 3V75A 4OU1A 2DZPA 2XN1A 3G3MA 4IPJA 2X1TA 4P2VA 3PC0A 5CGQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GME A;  4QIT A;  1TPW A;  2WAG A;  4W9T A;  1XIN A;  2C0H A;  4Q4P A;  1DWA M;  1GTE A;  4HYR A;  1VFU A;  3T44 A;  4MNM A;  2WV8 A;  1Q6R A;  1EGM A;  3WLM A;  4ROQ A;  3WLQ A;  4EIV A;  3CPR A;  2XWD A;  5DY2 A;  1N2V A;  3T8L A;  3IAP A;  2W3Z A;  4Q8W A;  5D30 A;  2ZC8 A;  1WKD A;  4I90 A;  3RGT A;  3X42 A;  4RE3 A;  1GZJ A;  2WNN A;  3APG A;  4J3U A;  5CCZ A;  1EHN A;  4GCX A;  1BRL B;  1EOM A;  4NY2 A;  3IRS A;  4H8H A;  4B5N A;  4PMQ A;  1BYC A;  1VJS A;  3T55 A;  3ZR6 A;  3O05 A;  4F48 A;  1MNZ A;  1W1P A;  2WVY A;  4FPS A;  1OCB A;  4EV2 A;  2E6F A;  4CQD A;  3KVJ A;  4IP4 A;  2Z24 A;  3WNK A;  4HD5 A;  1OCJ A;  3WQG A;  2A0N A;  4NXK A;  2V5C A;  5KIT A;  2CLI A;  2G50 A;  3RYS A;  2C16 A;  1KFC A;  3CAW A;  1WDP A;  3UYI A;  4B90 A;  1ISW A;  1XLI A;  3FW6 A;  3P8I A;  2FVM A;  4IJR A;  4GAB A;  4PTV A;  3C6C A;  3BZG A;  3NGJ A;  3CNY A;  3WK1 A;  1OFQ A;  2JE8 A;  1U5H A;  3GHR A;  3PGB A;  1XBZ A;  1F9C A;  1OX4 B;  3VPL A;  2B7Q A;  3THQ A;  2GVY A;  3VGE A;  2VEL A;  3VM7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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