2JKAA

Native structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
705
structure length
688
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKELDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
total genus 239
structure length 688
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkaA02
1ME7A 4UTHA 1LBLA 1V5XA 4Q4KA 4UC5A 1PVNA 4Z1CA 2H90A 4A2SA 1XC4A 3L2IA 4JTTA 2VFFA 1SSGA 2CZEA 2P0OA 2V9DA 1ALDA 3UXAA 5CPMA 4FIQA 3B06A 3W1XA 3LCLA 1ULVA 2X16A 1LDCA 4UNLA 1VYSX 2ZZ7A 3O06A 1F76A 1RPXA 1P5BA 2J6XA 4QNEA 2GQ8A 3MMTA 4E38A 5A1AA 1O5KA 3GXPA 3G22A 3MHFA 3QZEA 2F7FA 3TJLA 1FXQA 5KZEA 4OU1A 4LVDA 1MXSA 2GQAA 3W75A 3T2QA 1DJQA 1PHQA 2DORA 3MBDA 4JEQA 5T26A 1JZ6A 2Q3OA 3W7IA 3QFEA 3WFAA 2ZZ4A 4O1BA 1LBFA 4QSHA 1IXOA 1TREA 3MUZ1 1A5SA 1LOLA 4WOQA 2ZZ1A 4WXYA 4WOZA 4TO8A 2Y70A 3NQ8A 1FBAA 3IAPA 1OFQA 1K1XA 3HIJA 3OG3A 4M6QA 3LOTA 3SFKA 3N9RA 4DELA 3W2MA 2QAPA 4O10A 1N55A 4I7VA 3KOFA 3W2LA 1LXKA 1Q45A 4WY0A 2A0NA 3T09A 5I3FA 2WSYA 4O14A 3OA3A 4PH6A 3IAQA 2JKPA 3G8EA 3VD3A 5DLCA 3L9CA 1HMUA 2CLHA 4JDYA 1AL7A 4JS3A 1RQEA 1W5NA 5EL1A 2LLEA 1GEQA 1OG0A 1BKSA 2EPHA 4KFNA 3MUY1 1LRNA 1FY6A 2VXNA 3TW6A 2TRSA 1OYAA 1NSMA 2FIQA 2QUVA 5EBUA 1HL2A 1YDNA 5L9FA 3M1ZA 5AB3A 6ALDA 5LNWA 4JY9A 2A7NA 1T96A 3GLCA 3STFA 3TC6A 1GVQA 2QDHA 4HPJA 1LOQA 2Z0IA 3DCDA 1KM3A 4I7UA 4Z1BA 2E09A 1TPVA 1K8ZA 4KFOA 4IXHA 1KFKA 3M41A 3NA8A 5KSWA 1KM6A 1H60A 4NU7A 1RD5A 1Z48A 3M43A 2J9ZA 4IPJA 5HJLA 4X22A 4Q32A 3R89A 2HTBA 2CFFA 2W0UA 4NZJA 5K4XA 2OX1A 3GDKA 1W1ZA 3P5ZA 2XN1A 3K25A 3W83A 1M7OA 7TIMA 4MKNA 2PE4A 3LHTA 1RWFA 2XSGA 5K9DA 2BXVA 3EKZA 1MSSA 1OFBA 4LS2A 1SZEA 3W9ZA 3LHZA 3BVJA 1IXNA 4K37A 3IEBA 3UD6A 3VD4A 2A6LA 2H3BA 4UIOA 2PC4A 4EVZA 1UUOA 1FDZA 4PTNA 1CW2A 1QMLA 3H53A 1JZ2A 2GUUA 4UXDA 4LVFA 4C1LA 2BRWA 4UTKA 1TMHA 2VEMA 3VE9A 3GDTA 3C6CA 4O8RA 1L6SA 4P2VA 4UFLA 4N02A 1YQ2A 3HMJG 1T8XA 5KZMA 3TUUA 3E49A 4H6KA 1JVNA 3UY8A 4UFIA 4PCFA 1KBJA 1PL9A 1SO4A 5F2MA 5C2XA 3NQAA 3IGSA 4U28A 5AHMA 1CB8A 2A7PA 1EIXA 1VLWA 1JZ3A 1LF9A 1L9WA 5AC6A 1WYIA 1RQBA 3CIWA 3P67A 3S42A 5IBXC 1FDJA 4X2RA 1JJKA 3C2OA 2YGYA 3H55A 3I68A 3LX9A 1OJNA 2FLIA 3G1AA 4NJHA 1LROA 3TQ0A 5EMUA 5DY2A 2QR6A 1MMYA 3L68A 3HBLA 3QRHA 2TYSA 4NJGA 3W1TA 4N9CA 3DYOA 3MO7A 1Q6RA 3TSMA 2AGKA 3CEPA 3G1FA 2RHGA 2CLFA 4FO4A 4JTLA 4MOZA 3THQA 3O6DA 5J5RA 2C0AA 1PV8A 2QCHA 1P0NA 1XBZA 2GVJA 4BK9A 1WXJA 1K7XA 4POCA 2CLIA 3VDCA 1EP3A 2WJZA 2YCEA 1TV5A 4NJKA 4ONVA 4E2BA 1GTEA 3T08A 4DUXA 4DUVA 1W5PA 2DJXA 3QSTA 5I3HA 3BPWA 3W1NA 2VEIA 3I7SA 1K3UA 2WDAA 3ELFA 4OGZA 1UBSA 3T40A 4NXSA 1PS9A 3S1UA 4UTLA 3S1WA 5K7JA 4O15A 3H54A 1ZHAA 1G6CA 1YDVA 1TYGA 4WY0B 1H51A 2ZRXA 3NL5A 3QEZA 4M19A 1I2RA 3HG4A 5HR6A 1B4KA 1BWLA 2A1YA 2ZRUA 1TRIA 3EWWA 1IIGA 2E22A 2ATMA 1S5VA 4UR7A 3M7WA 3KXQA 1GWJA 2QJIA 3IIPA 2ZZ2A 2YPIA 4QJ1A 1XCFA 1WOBA 4UTTA 1NFBA 4IMFA 2ZRYA 3MJYA 1PIIA 1NEYA 1AL8A 1TCDA 2V8ZA 4DQWA 4N4QA 1KBIA 3G1YA 4N9EA 1K1WA 3W85A 2FB2A 3NQ7A 1W3NA 1MEIA 2EKCA 3I6RA 2CISA 2PRLA 4CQ8A 6TIMA 3EWUA 1TPC1 4A3UA 5D04C 3IMHA 4JNMA 3VI2A 4HPXA 5K9XA 2A7RA 1P1XA 2WSQA 2TSYA 3ABSA 3J7HA 2JBMA 1ZJIA 5CPOA 4MJMA 3P8JA 2CZDA 4O0ZA 5FF7A 2YXGA 4A21A 5C54A 4K8EA 1NSRA 1P0KA 4R7JA 3JR2A 3OIXA 1F73A 5AYXA 3IGUA 5F4XA 2WW1A 2YR1A 3HGJA 5DCDA 5HNRA 5I3GA 2ISVA 1K8XA 2KZHA 4KWWA 4ORIA 3M44A 3P60A 4H4IA 1RWCA 2V30A 1OFDA 3W7LA 1YLVA 1S5TA 5AHIA 2C3ZA 3TFXA 4O12A 1H1YA 2ZZ6A 2NXIA 3VFLA 4CQAA 4JYEA 3NNTA 3I3EA 1BTMA 2ABAA 1LBMA 3EWBX 4GBUA 3CB8A 3N34A 1SO3A 3LTPA 1R47A 5AOUA 5AYZA 1JCYA 4O13A 3DFNA 2I14A 1H7OA 5L6UA 3L67A 3O63A 1I8QA 2DZPA 3LI0A 1TO3A 1U5JA 3TQVA 2X30A 2R8WA 3CQ0A 3NL3A 1J5TA 1YTDA 4ZMGA 5DBTA 3EWYA 3TJXA 2E77A 1XDMA 3T0AA 3LGEA 3M5ZA 3NEVA 4IMCA 4PL1A 4RXFA 2NV1A 3WJWA 3DFOA 4NJIA 3NQCA 1XDLA 4BWLA 4UFKA 3C2RA 1JCNA 4TIMA 4D2JA 1TPH1 2Z6JA 3QMSA 4L4MA 3E12A 1Q6QA 2VFEA 3S9YA 1TPB1 3KVMA 2Y88A 2X1UA 4GUIA 2Z6IA 3GKAA 3FIGA 3W1UA 3QPYA 3DXIA 3PB2A 3DYMA 2CZ5A 4DPPA 3JRKA 3SSJA 3CZJA 4N9DA 4GJ1A 3LXBA 1AK5A 1DP0A 1QCWA 4UFMA 3EEGA 4LVGA 4Y9AA 2WW0A 3NM1A 4S2BA 5G4EA 3QQ1A 4B5NA 3GXNA 3GIYA 3VD5A 1EX5A 2QKFA 1R2TA 3CIXA 3VD9A 4I9AA 2HTAA 2GOUA 2BSLA 2GVGA 2CLKA 1GVRA 1KFBA 3G1SA 4LT9A 1YTKA 4GUFA 3L65A 4UMBA 1TTQA 4FX8A 1Z41A 2NWSA 1X6UA 1AMKA 4DO5A 3G1VA 3IVSA 3LLDA 3OVQA 3NG3A 3N19B 4FNUA 4BI5A 5FEPA 1H7PA 3DHFA 4NXKA 1K03A 1ML1A 2ISSA 5FF2A 4MIMA 4JX5A 1ZAJA 1JRCA 4AB4A 3M5YA 2D73A 5AFDA 4LC8A 3P80A 1JULA 3QM3A 4KWVA 3W72A 1RWGA 4AHOA 2V81A 2RKXA 3GKFA 1UUMA 2O7SA 3USBA 3UY7A 4IMDA 4ZVJA 2I9EA 2G95A 2V5BA 3SECA 3ZR4A 1GVOA 1T0OA 3S0CA 3HGSA 4Q33A 2ATSA 1H7NA 1N7NA 3N2XA 3HJZA 3MBFA 5GVJA 2ZQ0A 3G3DA 3NQDA 4YL2A 4XBKA 1FXPA 1F6KA 1UASA 3LI1A 1TPEA 3BLIA 3PUEA 2VFGA 5FF0A 1WV2A 1YXYA 3NAVA 4IWWA 3WJSA 4K36A 4QAIA 1LLWA 4JTJA 4BI7A 4ZQNA 3AJXA 4O28A 3WJXA 1ICSA 3TROA 3M16A 2YYUA 1VRDA 3NQVA 1F9GA 2RDTA 4FHAA 3VNDA 1QWGA 2C14A 2RDWA 4PFMA 1XL9A 1GJPA 2JGQA 4XQ6A 3BLEA 3SW6A 1NS8A 4E0CA 3MHGA 1VCFA 3G0UA 4Z1AA 1VR6A 4DF0A 3NPXA 2C19A 3C2EA 3OVPA 5LNRA 1WBJA 3BW4A 4IJBA 3EXSA 3PBUA 1OJPA 5LSMA 2BWGA 4JICA 3DAQA 3LCWA 3LCHA 5LNSA 3EWZA 1LXMA 2C13A 3W1QA 3S5NA 1DKWA 5D30A 3DYPA 4MVAA 4AEOA 3PWAA 2QDGA 3CTLA 3FJLA 4UTJA 3MP5A 3PUOA 3I3BA 4LV4A 2V0TA 4N9BA 4RNLA 4O1AA 1K1YA 4O11A 5EKYA 1HO1A 2CLLA 5G1TA 1H7RA 1OX5A 2YW4A 3D0CA 4FX6M 3LB0A 3T2OA 1ICQA 2B7PA 3S5YA 1OJXA 1UB3A 1LRQA 3EXRA 3W7RA 1EA0A 4QIUA 3E1F1 2AAMA 1DJNA 4Y96A 3GX9A 4DF1A 3NQEA 3UNDA 1EB3A 1PCKA 1U83A 2QCCA 5I3KA 3TX9A 3TW7A 4NNAA 3TSBA 1QO5A 3HGRA 3EB2A 5D37A 2B7OA 1FWSA 3E0IA 4W9TA 3S1XA 1W56A 3UYCA 2CLEA 3OVRA 2E6YA 1I8JA 3GAYA 1X1HA 2DZVA 1H7WA 2XN2A 5H91A 5SWUA 5G5IA 1HUVA 1SZFA 1L2UA 3NQ2A 1GYNA 1JZ4A 4DO6A 4K8HA 2YFOA 4TU1A 3SZ8A 1LURA 3SI9A 5CZTA 3LXAA 2BRVX 3TMQA 3INPA 4GNJA 2A5HA 4PODA 3L5LA 3TU9A 5D32A 1L6YA 1WAUA 5CZ0A 4WD0A 4RXGA 1QNVA 1GOXA 1TPWA 1W3IA 4O19A 4IXXA 1JR1A 2NUYA 1JQVA 4QQ3A 3NQFA 3SGZA 1OFOA 2VEPA 3G8RA 1KW1A 4MZYA 3HPXA 4UUIA 1OK6A 2HMCA 2QJHA 4DXVA 4R34A 2CWNA 2PURA 2CW6A 2FJKA 3U8GA 4RJEA 1G69A 1H5YA 3GNDA 3LRKA 2B4GA 3BGGA 3KVKA 1VYPX 1KM0A 1Y0EA 2NZLA 1OK4A 1FCBA 1G4EA 2V5LA 3NL2A 3THAA 3T0BA 4LS0A 1FCVA 4Z0SA 3F1QA 3E96A 2QF7A 3LCIA 3TK7A 3HO8A 5LGZA 4NX5A 3W88A 2QJGA 4EWND 4K7YA 1GZGA 2BTMA 3B04A 3BO9A 3NPUA 4N6EA 2WNQA 1K7EA 1NS2A 1MEWA 3MV11 4N4PA 3HPSA 4RZ4A 5CZSA 5F1UA 3BLFA 3ZFHA 1L7KA 4NX0A 3W70A 5EPDA 5U4NA 2R14A 1WX0A 2V2HA 1A53A 4TTGA 5CPLA 4K7VA 4HT3A 3IV3A 4GRSA 5IBXA 3OS7A 4R53A 2EAWA 5CPNA 3GR8A 2WW2A 3HB9A 3CWOX 3L21A 4ZQOA 4MJZA 5HINA 1TTIA 1HFBA 3Q94A 1YPFA 5E93A 4FEZA 4HNTA 2X03A 5AC7A 1YTEA 2X1TA 4RX0A 4BR1A 4ZQRA 3YPIA 3FS2A 3PM6A 1SFJA 3A5VA 5LHFA 1L6WA 1JCMP 4RV8A 1J0MA 2TPSA 4GE8A 1WDWA 1VS1A 1SUXA 1Q6LA 1TIMA 4PA8A 3PULA 5CSSA 1MO0A 4ALDA 1XKYA 4TMBA 3SIZA 1O5XA 1VHNA 1W37A 1LORA 3LHVA 4IOTA 4NUWA 1QPNA 1FUYA 4O18A 1SPQA 3TE9A 3EX3A 3PC0A 3TV8A 3PS7A 1Q6OA 1JYWA 4O0KA 2EF9A 5HMSA 5TQLA 3OBAA 1KLZA 4I7WA 4JX4A 4JTUA 1VYRA 3UXDA 3ATYA 3DH7A 2E5CA 1SFLA 1KTNA 4PL2A 3EX6A 2RDUA 2GPTA 3LRLA 4XUGA 3FYOA 1RW9A 3P84A 1ZENA 4FB7A 3KRSA 4OQVA 4DEFA 2EHHA 3R5EA 3LRMA 5LHEA 4G1KA 1ZAHA 3PSVA 3E02A 4WQ6A 4AF0A 1YADA 5DXYA 3MWXA 2TMDA 4JTHA 3PG9A 1FWTA 2PRMA 2FPYA 2VFDA 3UWWA 2FQIA 1QO2A 1KA9F 3C56A 3OHIA 2NWRA 3AO0A 4WX2A 1I2NA 1XBVA 5G2HA 3UWQA 4K38A 2E5BA 4DPQA 5DN1A 3PBWA 5I3IA 1VCVA 4ADUA 4MLJA 3DECA 1KM4A 3NVTA 1EP1A 2F84A 4FNQA 1P4CA 1E51A 1Q3NA 1OX6A 1LP6A 2IQTA 4OV9A 1KTBA 1FDYA 4Y8FA 3VCRA 1A5BA 3VD7A 4NVTA 3O6CA 3W76A 1OF6A 1NSZA 4S1FA 5F2GA 1QPOA 5HUPA 3QYQA 4M6VA 5D2VA 5DBUA 4MY9A 1ADOA 2EGZA 2Q3RA 3BGJA 4UCGA 2WKJA 3G1HA 3W87A 1JUEA 2A4AA 3ZWSA 4IQLA 3G24A 1G7UA 4MFDA 3STEA 3TNOA 1JUBA 2WQPA 2YZRA 2YW3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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