2JKEA

Structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron in complex with deoxynojirimycin
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
705
structure length
687
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
total genus 239
structure length 687
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkeA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkeA02
2ZXQA 2NUWA 4GC4A 4RR4A 1HO1A 4DXVA 1KBIA 1C8VA 1RQHA 3QW3A 3N2MA 4OT7A 5DLCA 4TU1A 3TNOA 3UY7A 3A5FA 5AHIA 1AW2A 5LNRA 3OVQA 1SO5A 5HWJA 2DU2A 5CG7A 4WQ6A 3BGJA 5C55A 1OYCA 2V82A 3TJXA 1X6UA 3M41A 3QH2A 2E68A 2FPYA 2ZTJA 4EF8A 2E24A 1OFQA 3OIXA 2GJNA 3O06A 3UXAA 4M19A 4ADUA 3G22A 1R30A 4Q4KA 1JR1A 4DQWA 5IM51 3JRKA 3W7QA 4XUGA 3C2RA 3NQEA 5AYXA 2NUYA 3W22A 4M6VA 4NXSA 4OQVA 2V5LA 1W37A 4JGDA 5A8GA 5CZSA 1Q6RA 3L66A 1FWSA 5HULA 3BW3A 3HPSA 2OZ0A 1PCKA 1MMXA 4RZ5A 5I3IA 4MZYA 3P60A 4RX0A 1KFCA 3DI1A 3CHVA 1I2PA 3W85A 3DFSA 3L65A 1GJPA 1ZY9A 2Y89A 4AVFA 3N14A 4MY1A 4L4LA 1ME9A 2GVJA 3TCEA 3KFTA 4CNNA 1GQNA 3UWZA 4MFEA 4XBKA 4MYXA 1ONRA 1VC4A 4WOQA 1OF6A 3LTSA 3S1XA 1IXQA 5LSMA 1AW5A 1DBTA 4JEQA 1DHPA 2HTBA 3ZR4A 1KFLA 2P0OA 1A53A 3B04A 2WSYA 4UTUA 1TREA 3V1PA 2ATSA 4UMAA 4O14A 1FCQA 3C8FA 4N6FA 1AK5A 1KW1A 5BOOA 2WVZA 2A7PA 3I7QA 1FDYA 1OJOA 2HS8A 1WV2A 5F1UA 3QEZA 5D32A 1W3YA 3DYPA 1OJXA 4NJJA 3VNDA 1VQTA 1W5NA 4GXMA 2ZZ5A 3CIWA 4ZQPA 5HWMA 2H3BA 3W7GA 4DBEA 1G4TA 3M5YA 5FI8A 3TSDA 4UFMA 4O0KA 2AAMA 3EXTA 4RXGA 4DUVA 2J27A 4WY0A 2DJLA 2E5DA 3CWNA 3D0CA 4PL2A 1H7RA 4A21A 2YYUA 1RWCA 1TPC1 2NXIA 1YYAA 1EX5A 5AHLA 4O12A 3CEUA 3I65A 1XBYA 2CFFA 5AC8A 2A7NA 1NS7A 1FCVA 1F5ZA 3G24A 3IAPA 1Q45A 2EAWA 1JOVA 1H7PA 4GUIA 2JKAA 1O5KA 2XN1A 4K39A 4DF0A 1XI3A 3W73A 2QR6A 2VEIA 4O1CA 1B3OA 3T4CA 4HNNA 4KFNA 4UTTC 1YTEA 1D3HA 1UUOA 3IAQA 1TMHA 1TPB1 3LDVA 3UYCA 4EVZA 4GUHA 1RQEA 3GKAA 4MLRA 1SW7A 2B7OA 1W0MA 1SO6A 2KZHA 1F7BA 4BWLA 5AB3A 5HR7A 3MI3A 1JCYA 5LNWA 2ZRWA 4NJKA 4MZ1A 1W54A 4TR9A 4JS3A 1UJPA 4K8EA 1GYLA 1LXKA 3LGEA 5K9DA 3H55A 4FNUA 5FF4A 2E5CA 2VXNA 4S2CA 5LNUA 1CB8A 4WY0B 2OJPA 3TFCA 3NOEA 3E96A 4OV4A 2VEMA 4NZFA 1S5VA 1TTJA 3A24A 1FX6A 5KMYA 4N9DA 1TRIA 3VI2A 3IGUA 1OX4A 5K9XA 4M6QA 1SSDA 3ECQA 4AAJA 3G1VA 1F2JA 3A5VA 1FXQA 2CIRA 2TPSA 3LXBA 3PBYA 1NSXA 4HPXA 5H91A 2V2DA 3EKLA 4K6AA 4M6PA 1P0KA 5HUOA 2PRHA 2WNQA 3FYOA 1TXKA 2QJGA 4L4MA 3P8JA 3W7KA 1KBJA 3MHUA 5L6UA 5CSRA 1FY6A 2FPVA 3M47A 1TPH1 1F4HA 4FF7A 1OFAA 1I2NA 4O1AA 3N3MA 4XKYA 3LCIA 5FF3A 2RDUA 1LM1A 4GBUA 3RF9A 3U2OA 4NUWA 4O4WA 1IF2A 1ICQA 1B4KA 1R2TA 3LCFA 3NL6A 4NJHA 1QMLA 5F4XA 4MY9A 3QFEA 2Y62A 3H53A 1JCNA 3BW2A 3IIOA 3A21A 3HGJA 3MP5A 2Q8ZA 2VKZG 3RFAA 1O4UA 2VOMA 1JRBA 5FEWA 2WW1A 4JIPA 3B0UX 4XTIA 1QR7A 1T0OA 1U83A 1OJMA 1LLWA 1KTNA 3L21A 2ZBTA 1OX4B 2ALDA 3KVMA 3MI2A 1P5BA 2JBMA 1NS4A 4AF0A 4KFOA 1ICSA 3BW4A 4HIBA 3W76A 3GNNA 4UMCA 3QPYA 1CX9A 3O07A 3PVFA 3M16A 1PS9A 4ZQMA 2J88A 4JX6A 5F2LA 1OABA 3P7YA 1J0MA 1X1OA 3KVLA 5AYZA 2YPIA 1QWGA 4LC6A 3UY8A 2YXGA 1T99A 2Y7GA 4Q32A 3IVTA 3TQVA 4NX0A 2V30A 5FF7A 2GQ9A 1QPQA 1VGAA 1K1XA 4AXKA 3K30A 2DZUA 2Z2UA 4FIQA 4XKYB 4U4MA 4MIMA 3B05A 4TIMA 3G1DA 3LBCA 5DN1A 4HPJA 1YQ2A 3C56A 3NQFA 1NVMA 2ISVA 3RMJA 2CZ5A 1JULA 2I9EA 2BSLA 1N7KA 5KZDA 4LOCA 4AEOA 4S1FA 1TPDA 3KAOA 3NPVA 5D2TA 2X30A 3C2OA 3GK0A 3PAJA 2CIQA 4I7UA 4MZ8A 4C1LA 1L7JA 5A5WA 4IOTA 1QNVA 1XBZA 5BRBA 1XKYA 1YDOA 4GUJA 4UFIA 3PSVA 4Z0SA 1SO3A 4ZQOA 1EP1A 1M7PA 3GYEA 1Y0EA 3TQ0A 3ABRA 1DKWA 5EY5A 3GDTA 4GFSA 3M44A 3SW6A 3MJYA 2AQWA 4AF0B 3BO9A 3R12A 2E1DA 1J0NA 4JTSA 3T44A 3LOTA 3LI0A 3HF3A 1EEPA 1D9EA 2QCNA 1KFKA 3KRUA 5G2HA 4XBSA 1JJKA 3L5MA 1LP6A 3G1XA 3DKJA 3P5ZA 2V81A 2QCHA 2G5WA 3CT7A 2QAPA 1JYWA 1W31A 4UNKA 3NQ6A 4AHQA 2H8ZA 2WW3A 2DZSA 3HGOA 4HNVA 3WK0A 3P81A 5I3HA 1MMYA 3T0DA 1TJPA 1JYNA 1Z42A 1W5PA 3IGSA 5AHNA 1LOHA 3Q58A 3I6RA 1FCBA 1B9BA 3T40A 1F1SA 3LXAA 4DELA 4JYDA 3TMQA 2X03A 3NGJA 5DY3A 4H4IA 1MSSA 1GVFA 1DP0A 1KM4A 2NXGA 3TC7A 1D3GA 3KOFA 5D04C 4RZ4A 3TAOA 3QMRA 1SU5A 3DAQA 2R14A 5MHBA 3DHDA 3NXFA 2QJIA 5CZTA 2NZLA 2QCMA 5DY2A 1LOQA 3R13A 2DP3A 3GXPA 2RHGA 1GG0A 5BW6A 3DHFA 3CU2A 4HSNA 1SNZA 1G4PA 1F4AA 5D05A 1H51A 3NZ1A 1ZNNA 3HGSA 3DFOA 4LU0A 1WXJA 5LGXA 4N2YA 3G1AA 1H63A 1NFBA 3TSMA 2HTMA 1FWRA 3W88A 1IXPA 3SGZA 1W5QA 3NJXA 4MLJA 4LUJA 1K1YA 1JZ2A 1FBAA 3A22A 1DQWA 4KKXA 1G7VA 3W2JA 3DCDA 2O7SA 3I3BA 3OS7A 4U28A 1KFBA 3MV11 3LCHA 2QDGA 3DFNA 5EKYA 1L9WA 2XN0A 3O6YX 3VDAA 4KWWA 3GXTA 2F7FA 1KTCA 1RW9A 3DECA 4Z1CA 2JKPA 2CLOA 3L5AA 5D38A 2VFEA 1EA0A 1GG1A 2BWGA 5EL1A 3PBWA 3HPZA 2WNNA 2A0NA 1KM6A 2A6LA 1TIMA 4WOZA 1A5SA 4ALDA 3Q2DA 2P1FA 1R47A 1PHWA 3G8RA 1AW1A 1R2SA 4FO4A 4IWWA 2RDWA 3MBDA 1KFEA 3TU9A 4OE7A 4W9TA 5KZMA 2FB3A 3B06A 1PE1A 4GNJA 1RQBA 3O15A 2QF7A 3OHIA 3W7EA 2CZEA 3E02A 1GTEA 4HN4A 4BWLC 4N9EA 3R5EA 2BLEA 3LV5A 3SEPA 3AJXA 3B8DA 1Z45A 2NV1A 2QJHA 3N19B 1EP2A 4TX9A 3NJVA 1WYIA 3TK7A 3HMJG 5F2GA 1L2UA 2WVXA 4MKNA 3NQ8A 2ZYFA 1SR9A 1JZ3A 5LHEA 3G1YA 2E6AA 1N7PA 1W3NA 3EX6A 3WK3A 4ZQRA 4WXZA 4FHAA 3VD9A 3MUY1 3FEMA 3P67A 2ZA1A 4JR5A 4RV8A 1OK4A 2FLIA 3KX6A 3TA6A 3W7PA 1LROA 5HUPA 4CQ9A 4O54A 1MMUA 3DYOA 4OBTA 3VD3A 3Q37A 2TRSA 1RWGA 1LDCA 3HBLA 1LCOA 2CLIA 4X3ZA 1VYPX 4FX6M 4O0ZA 4PTNA 3HG2A 1B57A 1BWKA 3IIPA 3E49A 3TAKA 3KVKA 3T08A 1LTDA 3C2VA 4EF9A 3PY2A 2Y7DA 4NJGA 1Z44A 1MEHA 2WCOA 5E0KA 3NQDA 1IXOA 3JR2A 5EA9A 2XN2A 1FWNA 3CB8A 3LCLA 3NQMA 5U7SA 5AFDA 4FNPA 4LVDA 4NU7A 3VE9A 2TMDA 3IEBA 3T2PA 1HUVA 1YXCA 2PE4A 1OHLA 1QCWA 4LS2A 3UWQA 1JUBA 4H3DA 4O1DA 4HSOA 1LXMA 3O6DA 1AMKA 1PHQA 3NA8A 7TIMA 4PEKA 2WVXB 3O8AA 1XUZA 2C0AA 1WBHA 3AO0A 1H62A 1LOSA 4JICA 3NZRA 4JTLA 1YPIA 4JDBA 4IXXA 5FEZA 3BARA 3VDBA 1JZ6A 1GWJA 1TV5A 3W7HA 5BMXA 5CPOA 3G0XA 3C2FA 3TJLA 3UWVA 3QSTA 2VEKA 2ZRUA 4NZJA 5SWUA 1G69A 5FF2A 2Y63A 2YZRA 3ZS4A 5LGZA 3PUOA 3R89A 1JCJA 1V7YA 3SSJA 3TE9A 3MBFA 4K7YA 4WX2A 3UNDA 1RPXA 4AWUA 3S8HA 3TUUA 5LHFA 3C3NA 3IV3A 1ULVA 2VFIA 3NPWA 1OX6A 2YX0A 1FDZA 3S1WA 3M5ZA 1VCFA 3NO5A 1QAPA 1I4NA 3R8RA 5LZLA 1K8ZA 2RFGA 1IXNA 2NX1A 2XSGA 1VPXA 4NX5A 1N8FA 1SFJA 4O16A 1EUAA 1G4SA 2WQPA 3ELFA 1YXDA 1PIIA 4I7VA 2QCLA 1DV7A 1BKSA 1DL3A 3S9YA 3TQKA 3MUZ1 1RV8A 2V2HA 3WJWA 4JTJA 4GE8A 2HSAA 2JGYA 3UQNA 1PVNA 1FDJA 2OT0A 1C29A 1GEQA 1OFDA 4CCDA 1JYXA 4JTTA 8TIMA 4WD0A 1GZGA 2NX3A 1GYNA 4E2DA 3M5VA 3HJZA 3QJAA 2VFGA 5D2XA 1MEWA 3QMSA 2DJXA 3RLVA 4UFJA 2V9DA 3GR8A 1OYAA 3MUXA 4XQ6A 1ZFJA 4K8HA 3W1NA 1IIGA 3QF0A 1E51A 3GDMA 1OJPA 3DGRA 3GR7A 3W7RA 3LLDA 2C1HA 1JZ5A 2GJLA 3S5NA 4LV4A 1KM5A 3N34A 5G4EA 1JVNA 1ZHAA 4O10A 1HTIA 3HG5A 3I68A 1SZNA 2YCEA 4RCXA 1FCUA 3S1UA 1KA9F 2Z1BA 1M7OA 4MJZA 5HQEA 3TROA 4DO4A 1KV5A 1CI1A 3LB0A 2WW2A 4UFLA 2Q8LA 3S5ZA 5AHMA 5D33A 1XBXA 4K7VA 4LC8A 2QCEA 1SZGA 1EIXA 3WFAA 3I3DA 3LTYA 3LV6A 1R46A 3BVJA 3N2XA 5H2ZA 4X2RA 2J6XA 4O57A 3LLFA 3B0PA 1FUYA 1OFRA 2X1TA 2CU0A 2GQ8A 4UTLA 3GAKA 1XM3A 3VFLA 3IMHA 3LERA 4HNTA 3FJ6A 3ABSA 3QYQA 5DELA 3UXDA 3TDFA 2OCZA 3THQA 4UUIA 2NX9A 4CCCA 5G1YA 1I45A 1QOPA 4LNYA 2ZRVA 4O8RA 1F6KA 4RXFA 3RLUA 4AQ0A 4IMFA 4B5NA 1F05A 3BGGA 1I2RA 2CLFA 2FQIA 3V75A 3JS3A 3QZEA 1UBSA 1K7XA 3L0KA 1K3UA 3L5LA 2IQTA 2ATMA 2ISWA 1TPEA 4EWND 3TV8A 2VFHA 3DU0A 4UC5A 4H6KA 4KFPA 1ICPA 3W1MA 3PWAA 2R94A 3HOJA 2ZFAA 1NF7A 1VJIA 3LI1A 4K37A 5K2ZA 4ADSA 2LLEA 5AC7A 2Y70A 2Z6IA 4UFHA 3NL2A 3LHVA 4CNPA 4I7WA 1TV7A 3FA5A 1ZAIA 2A1YA 4NXKA 4UMBA 1KM3A 1KM2A 3GB6A 1OX5A 4XZ9A 2O7QA 2YW4A 4HNUA 2C18A 1SW3A 4DO5A 1VR6A 2ZQ0A 4O28A 3TC6A 3TH6A 1LURA 1G67A 1H61A 3M9YA 3W9ZA 1OYBA 2QDHA 5HJLA 1Z48A 1KLZA 1GVRA 4UFKA 2QCCA 5CPLA 1NSMA 1LYXA 1W3IA 5BNKA 2J9ZA 2GVLA 3C52A 3PS7A 3DI0A 5F2MA 4RK8A 2VFDA 3OBKA 5TIMA 3W23A 4DF2A 4UTHA 3FJLA 5K3VA 4LV9A 5KINA 3B0VC 1EUNA 1MZHA 3EX4A 3RNDA 3TW7A 3BG3A 4ZZ9A 3NQ2A 1JCLA 3GDKA 3W75A 4N02A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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