3WFA | Genus

Total Genus 246

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	246
sequence length	718
structure length	702
Chain Sequence	MQQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDLDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEVKDKSEAKGLKRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__700685787846601__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__700685787846601__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WFA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__700685787846601__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"700685787846601","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WFA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__700685787846601__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d037491bc46f71c1c581d6e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d037491bc46f71c1c581d6e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d037491bc46f71c1c581d6e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d037491bc46f71c1c581d6e/pdb.gz): 914 ms

reading 702 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

702 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 39 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:701});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
publication title	Catalytic role of the calcium ion in GH97 inverting glycoside hydrolase rcsb
molecule keywords	Alpha-glucosidase
total genus	246
structure length	702
sequence length	718
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date	2013-07-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF10566	Glyco_hydro_97	Glycoside hydrolase 97
A	PF14508	GH97_N	Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A	PF14509	GH97_C	Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.70.98.10	Mainly Beta	Distorted Sandwich	Beta-galactosidase; Chain A, domain 5	Beta-galactosidase; Chain A, domain 5	3wfaA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3wfaA02

3A23A 1O94A 2CIQA 3M7WA 4GE8A 1LBLA 1UJPA 4LU0A 4NZFA 1H63A 3MBFA 5BMXA 3QPYA 1J4EA 4LWWA 3NQEA 3PM6A 3HMJG 2R94A 3NVTA 2G96A 3QM3A 3GR8A 5AN7A 1N7NA 3PWAA 2FPYA 2A2IA 3KHJA 2AQWA 1LF9A 1P4CA 1YADA 5CGQA 5AHIA 4O1AA 4XTIA 1PV8A 2AGKA 1JRCA 1T8XA 2PE4A 1I2QA 3PF3A 4NXKA 4U4MA 2VFGA 2BRVX 1SO3A 2P10A 4NJGA 4JTFA 3SZ8A 3M41A 1XUZA 1GT8A 3NPWA 4MIMA 3ECQA 4HNTA 4DO6A 1TXKA 5EY5A 4QQ3A 5HJLA 2G95A 3QSTA 4MPQA 2Y7GA 2O7QA 2E5DA 4FEZA 4OHQA 4N4QA 3PAJA 4BI5A 3LLFA 4UTWA 3KRZA 1JRBA 3EWZA 2E68A 4UCGA 2ZRXA 1K1WA 3ZS4A 1B3OA 1PE1A 1ZJIA 2BWGA 2RDTA 5DY3A 1TV8A 1ML1A 2ZTKA 3C61A 1OFAA 3TE9A 2JKPA 1R2TA 4XKYB 3RK8A 5CZJA 1VZWA 1KW1A 3STGA 3ATZA 4CCCA 1OYBA 1Z45A 1HO1A 3UXAA 1UCWA 1H50A 3MHGA 1OFEA 4ORMA 4JXCA 2X1TA 3GVGA 3NOEA 3RNDA 1R2RA 3NXFA 2XN1A 1Q3NA 5KMYA 3QW3A 4R34A 2HS6A 2E22A 3TW6A 4N9CA 1EWDA 3LXBA 3L2IA 1ZCOA 2TYSA 3CQ0A 3IIVA 4E38A 2VKZG 4W9TA 1LLZA 1LRNA 5KZDA 3BW3A 3PS7A 4BK9A 1LRTA 1X6UA 3NPVA 1W3NA 5LKYA 4PC8A 3D0CA 4IXXA 2VEMA 2YW4A 4JIQA 4PEKA 1FCVA 3TQVA 1ZY9A 4LV4A 1BWLA 2A4AA 3VD9A 1W3IA 3LTPA 5CZSA 3TDFA 1P0KA 1EUNA 2ZTJA 4MYXA 2QCCA 2JBMA 3G24A 4UXDA 1KBJA 5D33A 3ANYA 3W1NA 1VQTA 3FJ6A 3VE7A 3M5ZA 4UFIA 4LC8A 3S1XA 3ZR4A 2YX0A 2ZZ2A 2QCNA 2VFHA 3P7YA 3W3OA 4FX7A 4IWWA 2ZA3A 2QCEA 5LZLA 3G1SA 3QQ1A 4YWIA 1GOXA 2C6QA 3KFTA 3A5VA 3GZ3A 3S0CA 1B57A 3NEVA 1TPC1 2VC6A 2ZYFA 2RH9A 3GKFA 2FQIA 4X22A 3NQMA 3OIXA 2CZ5A 3HPZA 1JCXA 4O14A 5KZEA 1TPH1 3L66A 5E93A 3LCWA 3O16A 3UWWA 2Y6ZA 1XXXA 3VE9A 1D3GA 1ZNNA 2RDWA 4A3UA 5U7SA 4KFNA 1BWKA 3F1QA 2Y85A 4WD0A 1WA3A 1JZ6A 2QCGA 4JTTA 1QR7A 1KFBA 1KTBA 3IVSA 4FX6M 4EF9A 5LNWA 3W7IA 2CZFA 5HR6A 4LT9A 4NX5A 4CNPA 3B05A 1YQ2A 2WZSA 2Y61A 3PSWA 4MFEA 3F4WA 3VCRA 2CLHA 4HHPA 2LLEA 3LRKA 1X7FA 5HUOA 5BNKA 1M6JA 1SO6A 5FEZA 1F6KA 3LHZA 3KVKA 3NQDA 4XUGA 1M7PA 1R47A 2UV8G 4DF2A 1QMLA 1NSXA 3O1NA 5AYYA 3EX1A 5A8GA 4S2BA 4UFKA 3G1YA 3T40A 3W1PA 3JR2A 5LGZA 1L9WA 3AO0A 1A5AA 5KTLA 3FYOA 3QFEA 4JYDA 2IQTA 1SQ7A 5K9DA 4QM1A 3DI0A 3L21A 2QUTA 4LY8A 4MZ1A 3U8GA 3HGSA 5FEPA 1W3TA 5DN1A 4M5PA 4RR4A 4MVAA 2J27A 3LRMA 2FB2A 4TMBA 4R7JA 2ZCGA 4O28A 1JJKA 3W1RA 3PUOA 2BRPA 1IXOA 3N73A 1OG0A 1OX4A 2QCLA 3G1FA 3FLUA 4CNOA 3NYZA 1OJOA 3BG9A 3CZJA 3W2UA 4H3DA 3C2OA 3E12A 3HBLA 4P2VA 4L4LA 2WDAA 3QJAA 3GYEA 3CLMA 3LCGA 1NS0A 3SY5A 2WSYA 2ATSA 2NV2A 2OZ0A 1X1IA 3N3MA 3T7VA 1RR2A 2WV8A 2E1DA 4JX5A 3VDAA 1P5BA 1LTDA 1SU5A 1TRIA 4K8HA 2G5WA 3TC7A 4BWLA 1O4UA 2WNNA 2YCEA 3W2MA 1VR6A 2W0UA 3GDMA 4GBUA 1OVDA 3Q58A 2CISA 5F2LA 3ABSA 3W73A 3GDKA 4IX2A 4FXSA 3LCFA 3R8RA 1GQNA 4AXKA 1Z44A 3MI6A 2PRLA 4GUHA 2QCDA 3BVJA 3E0IA 3QMTA 1C82A 3LTYA 3N9RA 2OX1A 3N2MA 4CQAA 2AAMA 4LVFA 2WSQA 4FF7A 5IBXA 4HPJA 2CLLA 4H6KA 4JEQA 4K36A 3TUUA 3ATYA 1Q6OA 5DCEA 4ORIA 4EF8A 2ZRUA 1E51A 4MZ8A 3W7EA 3N2XA 3W7JA 2E5CA 1GTEA 4AHPA 4PA8A 5CPOA 3EEGA 3T4CA 4Z1AA 1I2OA 1KV5A 3L5LA 3W7GA 2ZZ5A 3EB2A 1KTNA 1N8FA 1EP1A 3T0BA 2OT0A 1ZAJA 1EEPA 3QPZA 5LHEA 4TIMA 3G0SA 2DZTA 3PULA 4ALDA 3QC3A 3C2RA 1MMUA 5LNVA 4YMZA 3HG5A 3NL6A 2NX9A 2DJLA 3GAKA 4NJHA 3VFLA 1K8YA 2FB3A 2QJGA 4OBTA 5IM51 2ZRWA 3DFNA 3GXNA 3MV11 3NQ7A 3E1F1 4ZQMA 4TX9A 1IGSA 1R46A 4A21A 5KITA 5FEXA 1I2NA 1OJXA 1LXMA 2GVLA 4O0ZA 4N9EA 3MYOA 2NWRA 3NQGA 2WQPA 4BF9A 3LM7A 1X1OA 2EPHA 3TH6A 3CWNA 4LOCA 2R8WA 1S5TA 4GUGA 3EXTA 3UY8A 1EUAA 3W23A 3VI2A 1LLWA 1DORA 1XBVA 3BV4A 1XDMA 1HL2A 2Y7DA 4WXZA 3TSDA 3S5ZA 1IXQA 4MLJA 4UTIA 3HB9A 3W07A 1G4PA 5EKYA 3W1MA 1G4EA 4N6FA 1PHWA 3O6YX 3NQ8A 5H91A 1K7XA 1XBYA 3L67A 3W1QA 5EA9A 5C55A 1LYXA 2P0OA 3I65A 1DV7A 5DBUA 3B06A 3IV3A 5HMSA 1VGAA 4ZQRA 1KLZA 1NF0A 1RWGA 2EF9A 4RKAA 1C8VA 1OYCA 3MWXA 3TA6A 3PBVA 4R53A 3W7OA 1TO3A 2GQ8A 4PL2A 3L5MA 1O95A 3NDOA 5E1QA 2VEPA 3S8HA 1FDZA 3BGAA 1OHLA 3L9CA 4FNPA 3QEZA 1A5BA 3EX2A 1VHNA 1ICSA 2BSLA 2QJHA 2V8ZA 4ONVA 1JCLA 4O18A 5DCBA 4X9SA 4UMBA 2V5BA 3S5NA 3JRKA 1HG3A 3IEBA 4CQ8A 1DP0A 1W31A 1XBZA 4IMCA 3L65A 1ZALA 4XKYA 2F84A 4QIUA 5J5DA 3EKLA 3GK0A 3OA3A 4M7TA 4IX0A 1SSDA 1XCFA 3N14A 1A50A 1TQXA 1DOSA 1L6WA 2FDSA 3EWXA 1L7JA 3CIWA 4WOZA 1YPFA 1OFRA 1Q45A 4O13A 3TR2A 3HG3A 2VOMA 5FI8A 5I3FA 1T0OA 4FHAA 4DUWA 2JGQA 4HSNA 5G2HA 2PCQA 3B03A 1NSVA 1MO0A 3NJXA 2QR6A 2J6XA 1YXCA 4X3ZA 1VYRA 1WOBA 5CKSA 4WOQA 3KX6A 3MI2A 3VKJA 2ZA1A 2VELA 5L6UA 1WV2A 1VCFA 3DFQA 1SO4A 2QDHA 3OB8A 3HG4A 3KVJA 3NG3A 4RK8A 4ZMGA 3W7RA 4ZQNA 1VH7A 1KM3A 3P84A 3PB0A 1TMHA 1LURA 2J88A 1KM1A 3W7QA 4BI6A 4JX6A 4E0CA 4UR7A 3Q1NA 2VEIA 4JYFA 3VD5A 4K7YA 4M6QA 1OFOA 1W5QA 3NL2A 3UWZA 4EIVA 3DYOA 4QNWA 4LV9A 3L0KA 3M5YA 4Z0JA 3DH7A 3MI3A 3CIXA 1UUOA 1YGAA 4JTJA 4XZ9A 5HQEA 2G97A 5GVJA 2NXHA 2PRHA 1DHPA 1TPDA 5DLCA 1TJPA 4WY0B 5F1VA 3EKZA 3OHIA 4KWWA 1A5CA 3M16A 3M6YA 3U6WA 2V0TA 3K25A 1TIMA 2GJNA 3KVLA 4O4VA 1Z42A 4JICA 4AWTA 4HIBA 1KBIA 1JZ7A 3M0ZA 4DUVA 2NX1A 5C2XA 3PB2A 1FWTA 2V81A 3DYPA 5F4WA 1SO5A 1DVJA 4OWGA 2ZZ7A 3M9YA 3DXIA 2Q3OA 3BGJA 1G67A 2A5HA 2YR1A 3UZ5A 3C8FA 5FF3A 1XI3A 1YYAA 1X1JA 1O5KA 3EWYA 3B04A 4ZQCA 1AW5A 2R14A 3TFCA 3W2LA 3LRLA 1FWRA 2Q8LA 3L5AA 1K3UA 2TRSA 4NT0A 1SZGA 1LOLA 3DHDA 3HPXA 4O19A 1F4AA 5F4SA 5LNUA 3CEPA 1QAPA 3HIJA 2C14A 3HPSA 3W7LA 2FIQA 2QAFA 1R2SA 2A21A 1TREA 1GG0A 1NSMA 3E9AA 1Q6LA 3DZ1A 3G1HA 1RWFA 1EP3A 3M5VA 4HPXA 2GOUA 2R91A 4UTTC 4JTHA 2YGYA 1SPQA 3KVMA 3PUDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WFAA

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