4NYUA

Structure of vibrio cholerae chitin de-n-acetylase in complex with acetate ion (act) in c 2 2 21
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
406
structure length
406
Chain Sequence
TPKGTIYLTFDDGPVNASVEVIKVLNQGGVKATFYFNAWHLDGIGDENEDRALEALKLALDSGHIVGNHSYDHMIHNCVEEFGPTSGADCNATGNHQIHSYQDPVRDAASFEQNLITLEKYLPTIRSYPNYKGYELARLPYTNGWRVTKHFQADGLCATSDNLKPWEPGYVCDPANPSNSVKASIQVQNILANQGYQTHGWDVDWAPENWGIPMPANSLTEAVPFLAYVDKALNSCSPTTIEPINSKTQEFPCGTPLHADKVIVLTHDFLFEDGKRGMGATQNLPKLAEFIRIAKEAGYVFDTMDNYTPRWSVGKTYQAGEYVLYQGVVYKAVISHTAQQDWAPSSTSSLWTNADPATNWTLNVSYEQGDIVNYKGKRYLVSVPHVSQQDWTPDTQNTLFTALELR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of chitin oligosaccharide deacetylation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio cholerae
molecule keywords Deacetylase DA1
total genus 139
structure length 406
sequence length 406
ec nomenclature ec 3.5.1.41: Chitin deacetylase.
pdb deposition date 2013-12-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.90 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) 4nyuA02
3.20.20.370 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycoside hydrolase/deacetylase 4nyuA01
4NZ1A 2DFAA 1Z7AA 4WCJA 2C1GA 2QV5A 4U10A 4M1BA 5JMUA 4NZ4A 2W3ZA 4LY4A 3HFTA 3RXZA 3S6OA 4F9DA 4OUIA 2VYOA 2C71A 1XW8A 3CL8A 4F9JA 3CL6A 1V6TA 2IW0A 4V33A 5BU6A 1NY1A 2C79A 1W1B1 2NLYA 2CC0A 2Y8UA 3VUSA 3CL7A 4HD5A 4NZ3A 1W1A1 4L1GA 1W17A 4NY2A 2C1IA 3WX7A 3QBUA 2E67A 4NZ5A 2XU2A 4NYUA 2J13A 2I5IA 4NYYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FHCA 3V5OA 4TX9A 1CECA 4ZQOA 1V79A 1C8XA 3WD0A 2ZYFA 4C1NA 4E2OA 2WNWA 1A53A 1HVQA 2CEQA 4CQAA 2FH8A 4HZ8A 3WQ4A 2XIBA 1K6AA 1QHOA 4PBEA 1W31A 1Y5WA 3FVDA 2A3CA 1F05A 1IE7C 1DVJA 1IEIA 5AHLA 1RBAA 1Q5MA 2GSEA 2WMJA 5C5YA 3HO8A 4WHBA 4EWND 3GKFA 1MUCA 5HBFA 3WL0A 1EQCA 4HCDA 4XAPA 4W84A 2CHRA 4XD3A 3UW6A 4EAYA 3OLGA 3YPIA 2RHGA 4HSHA 3WDJA 1TVNA 3ID7A 5CG7A 3BAYA 2GFTA 1R0MA 4JTHA 4HIBA 3BOFA 4IP7A 1PAMA 4JTSA 1R3QA 1FTXA 3ITCA 2HZGA 3W2KA 4O1CA 5CAKA 3FSTA 1ZU8A 2WHMA 4D6CA 3UG4A 3KLLA 1YDVA 2ZZ6A 3B3DA 4FXJA 4NZ5A 2OGJA 3KTCA 2VR2A 4RE4A 2NX9A 3V36A 1VJSA 3MTWA 2Y7FA 3WY1A 4I7VA 3GBEA 3GUWA 5CZKA 5MF5A 3ARUA 4TVDA 2ZX7A 1IXPA 3N2BA 4ROQA 1H60A 5IBXC 4UR9A 1R8LA 3L65A 3QQWA 2C3ZA 2OMAA 4G1KA 3QHNA 3KWSA 9RUBA 1H62A 3U2CA 1OABA 3LD5A 3VI2A 4PC8A 3S9ZA 3H7RA 5AC7A 1VFTA 1U1JA 2BVDA 1Q63A 1LORA 2W3ZA 1Q6CA 1JYNA 2ZX6A 4O10A 4I7WA 2R14A 1KXQA 4UOJA 2BS9A 5EMUA 3KDNA 2ZZ5A 3JR2A 3VUSA 2VJXA 3Q94A 4NJHA 3CEPA 3KE0A 3M0XA 2P5NA 4MLRA 3M9YA 2CBJA 4MY1A 1CLXA 2VWSA 1KQYA 3EPOA 2IPWA 4O0KA 2BG1A 1J0IA 1V51A 1DXFA 5CPQA 1ALDA 2CC0A 1VIZA 1TTPA 1PIGA 1GEHA 1KBKA 2IXUA 3RHGA 2V5LA 3L27A 3DDMA 3S4TA 5BOFA 2D49A 5BRPA 2ZADA 4CQCA 4RXGA 2WC7A 2NUWA 1S2AA 3QTPA 3EAUA 1KV5A 2O4QA 1EGZA 4FNUA 1IZKA 3AWNA 3OVGA 3WK0A 3GU1A 2CLIA 5A6SA 1F07A 2JIEA 1UG6A 2V82A 3D5HA 1XHGA 3F4CA 4L1WA 2A7PA 2XVLA 4TXEA 4D6EA 4Q4QA 3SI9A 4US6A 4R33A 4UTLA 4JTFA 3THUA 5EFFA 1V02A 2WXDM 1V6WA 1TR1A 1QPKA 5D8WA 3AIEA 5RUBA 4OV4A 1C92A 2BHUA 4NYUA 2ATMA 4YVXA 1J8VA 4NHVA 3G2GA 4MMWA 1YADA 3CM4A 4H9MA 3PZUA 3ZVIA 2GVJA 1S2VA 5D2WA 4HMEA 3C8FA 3K8LA 2FIQA 3KVJA 1VPQA 2ZX8A 3NFUA 1KCZA 4CKQA 1SSDA 2VOMA 2I7GA 2PWUA 3P2VA 4LX4A 4E8GA 4O11A 4IMAA 3UWUA 4MB4A 3CPGA 4W4QA 4CNUA 2NX1A 2BG5A 1DWGM 1U2YA 1HGWA 3LS9A 2GJRA 5CC3A 4ZOAA 2PBGA 2OR2A 1K9TA 2YCKX 4ZQPA 2ZE3A 4Z2LA 1HO1A 3EZ4A 3BLPX 4JDYA 2ZUMA 3EYPA 1ZS2A 3KOWA 5I07A 2PS2A 5AYBA 3M5XA 1UPMB 2INZA 4C6LA 1YNPA 1SUXA 3WK2A 3CO4A 5DY3A 2OLHA 3QHOA 2BP1A 1TR9A 2QF7A 2BNJA 1IR1A 1H11A 1VJZA 3NQ6A 4FLSA 3BMXA 4FX8A 3TN6A 1R38A 3M43A 2PDWA 4TV6A 1MZHA 3KBWA 4R88A 4M6PA 1PV8A 3CEUA 3TA9A 5M17A 2CERA 5CCZA 1I2OA 4U5IA 1R6WA 1BD0A 3ANYA 3BH4A 3RGTA 4WJXA 1FCQA 1QW9A 5I6SA 5HMFA 1VLIA 2PFHA 3N19B 1QATA 1V3KA 2D24A 4Z2KA 4Q7IA 3NXLA 2QCGA 1NVMA 4GGHA 3N9RA 1A0EA 4ML9A 4IFRA 1LOLA 1E3XA 4XG1A 1KLZA 4PUEA 1HJXA 5F2IA 2NW0A 1CK7A 2W27A 4ZA0A 5KETA 3ITXA 1XD0A 3G3DA 2VZOA 1PTGA 2A3EA 1BAGA 1H8PA 1E1CA 2QDDA 1MZRA 4RDWA 3W23A 4PEEA 4Y2WA 1EC9A 3MV11 2O9TA 4H2CA 5HNRA 1VAHA 4IG2A 4S23A 4GGBA 2PTZA 3VKJA 2WB5A 3WUBA 3WF2A 2EPHA 4AVFA 5AFDA 5H2ZA 2A6LA 4M29A 4NNBA 3WUGA 3LXAA 3CV2A 1TG7A 3KBNA 1ONXA 1LBMA 4GH9A 3W2LA 3PBMA 5BXSA 2A3AA 4MLJA 3SCTA 4ZB0A 1HVXA 3QLLA 3E74A 4L9XA 2D0GA 2P1FA 2HNEA 2W91A 3TK7A 3TCSA 1WP6A 4NZCA 3LZ5A 4NAFB 5A6BA 4Q7BA 2GL5A 1ZCOA 1VH7A 3ZT5A 3SSZA 4UFIA 4AF0B 3TWAA 3GTIA 3UG8A 2V2DA 1JYVA 3GNNA 4O52A 3FY1A 2VOTA 3HFYA 3RMEA 4JN7A 3CH9A 4HNNA 2WSYA 1LP6A 2YB1A 1SJDA 1HP5A 1E1FA 3T2OA 4ZENA 3WFAA 4HNUA 2TAAA 1YE6A 3WLOA 2UBPC 2V9DA 2P76A 1DTNA 4O0ZA 1JAKA 4ZXOA 1DJWA 1YDNA 1NP2A 3GX9A 1WZMA 3HJEA 4HK5A 3B8DA 3M64A 4CN4A 2NVDA 3NYZA 1CXIA 2Y2WA 3U57A 2FKPA 1HJWA 4MYXA 2GJLA 3QH2A 3QMSA 1JD7A 1CGWA 1TIWA 4CCEA 4AIEA 2TMDA 3NZGA 1JCYA 2P8BA 4R9XA 4PFMA 4OIFA 1HN1A 1J2WA 3RYSA 1MDLA 2VMFA 4O18A 4DYJA 4LAMA 4M80A 3CZJA 4DO6A 1UYQA 3EX6A 4OECA 1JPHA 3VD3A 3WD4A 1H51A 4TTUA 1TTJA 1ZGDA 2VZTA 1GZ1A 4PUKA 5CPMA 1B2YA 1A3WA 4ZO7A 1YUEA 4NXKA 4GVGA 3LPFA 1MO0A 5CSRA 2V6AA 3W7IA 2AGTA 3AICA 4EP8C 1T40A 3SO7A 2C6QA 4LUSB 5A1AA 3B0YA 4ZVJA 2E09A 2UV8G 5BW6A 1FH7A 3TP4A 2DDXA 1F8IA 1XL9A 2CFFA 4L61A 1DJXA 1HT6A 3QFEA 3R94A 3BOLA 3L25A 1YXYA 1GOMA 4X60A 3H22A 2R1PA 3F5KA 3NJ3A 4CVUA 2XSBA 3IJ7A 3L0GA 4KRZA 1NAL1 2G97A 3DFYA 4PRTA 4XAFA 4YTTA 4RXFA 3UG5A 4K3ZA 2BB0A 3ZJ8A 3N11A 1SSGA 1CXFA 1KM5A 3SW6A 7PTDA 1EF2A 3HPAA 5LXEA 1LG2A 4UTJA 5ABGA 2YL5A 1LDCA 2VGFA 2XFYA 4GI6A 5REQA 1T41A 1O7AA 3PTKA 1RCQA 2RTSA 1ZY9A 3T1GA 1V6YA 4R7OA 3PPCA 1CWYA 1V4YA 4XZWA 1S39A 3CMJA 4K38A 3MWCA 1DJYA 2BVWA 1CPUA 2JALA 3WO8A 4GIEA 4GIAA 2GGJA 2E9LA 3AYTA 1PZ3A 1FWAC 2PTYA 3T0TA 2PCQA 4XX6A 3OJGA 4N42A 5C54A 4QP0A 3GB6A 1X96A 3ZJ6A 1G4EA 1PPIA 1K1DA 2QJHA 3A12A 4HA1A 1ODUA 3LM3A 1O5XA 2OGYA 5J8LA 1JCTA 3VOHA 2WNQA 3PHAA 1XPGA 4PTMA 4LEQA 9XIAA 2PWFA 2E25A 4QG9A 3NQDA 3W1MA 1HKMA 3CMGA 1D9EA 1O60A 3FA3A 1VFUA 3GXFA 4KT2A 3SR7A 3TTQA 5JXQA 2R82A 1RA0A 1OD8A 3AIVA 2CIPA 2EPOA 4E5TA 1IV8A 4TU1A 4QE4A 1UIPA 5BXTA 3WF3A 3GYCA 3EB2A 4M1RA 3LK6A 2VFIA 1OFAA 3UVAA 3TQPA 5FD0A 3L23A 1PYFA 1TRIA 1W3JA 3T8QA 1CW2A 5BU6A 2HBXA 5AZ1A 4RLIA 5A6JA 3CZGA 3VGBA 2OG9A 4Q33A 3TZNA 3WNOA 3MYOA 4X3ZA 1ZAIA 3QC3A 3AJXA 3VIJA 1N82A 2F8QA 2F9RA 4JZ5A 4MNJA 2VRJA 1M7JA 3BV7A 3NL5A 3RUBL 3P67A 2Q8LA 4MKNA 5EGRA 3KAOA 4RE0A 3NIYA 4RK8A 4GPNA 4GE8A 1RJQA 3TDFA 4XO6A 4F2BA 4UTFA 4MADA 4I6VA 4CNSA 1SZGA 4FEZA 3IJ9A 1XLFA 2AMXA 4NT0A 4DIAA 3CV1A 1OCJA 4WOQA 5LHFA 3CZKA 2V3GA 4GX8A 3VOCA 4ZE4A 1ECQA 3S6DA 1C7TA 4OOZA 4O13A 5CLWA 3P5ZA 2PDHA 3QGKC 4RW3A 1K02A 2Z2BA 4OBTA 1OADA 1AL8A 2V5JA 3DCPA 2IQDA 1JCMP 3TSDA 4AZIA 1RD5A 5C0QA 1XJBA 2WNNA 2ISVA 4ACYA 2OEKA 4U2ZA 1E6QM 3AIUA 3VABA 3ARXA 3OA3A 1LBLA 2YKKA 1XIMA 5HAOA 2YX0A 4P8VA 2NQHA 4FOUA 2OEMA 1ZENA 3MVIA 3BW4A 5AVHA 4DUVA 3S5SA 2GQ8A 1IHIA 4JEJA 3I3BA 5I24A 2RUSA 3O16A 1LF1A 2XVNA 1OYAA 2OLSA 2PU1A 1W9VA 3PZMA 1A5BA 2ISDA 3GG0A 4HU8A 4ACZA 1YU4A 2PU0A 3SCQA 1BXNA 1P6WA 1UWRA 2Q02A 3HG3A 3TW9A 1KWKA 1Q7ZA 1JL8A 2BASA 3NEHA 3BG5A 2DFAA 1UC4A 2H9AA 3JZUA 1OZMA 3GG1A 3DGBA 1A5OC 2YSWA 1E9IA 3MDWA 1OX4B 1H1NA 2QS8A 1WXJA 1VJIA 4IF2A 3FXYA 1MW0A 3BLDA 1WXYA 3MUCA 3A22A 1CENA 1H7NA 4F0RA 2ESCA 5I77A 3WFZA 1DE6A 4XZHA 1WDQA 2EQDA 2X1SA 1K77A 1ENUA 2FDMA 4WDUA 3GHTA 1V0LA 2CESA 5CPSA 3FOKA 2WNZA 4Z2IA 2QUUA 3NL6A 2XSAA 2J78A 4MTVA 2J75A 4N2YA 1A80A 1EO5A 2TYSA 4JHMA 2UWXA 1P0KA 2YBVA 3LTYA 5LYRA 4F0SA 4EVZA 3GRIA 1AA1B 1JI2A 5FAGA 1SFLA 1QT1A 1QI0A 3VD4A 3CYJA 1E4LA 4RX0A 1KKRA 2CPUA 4LYPA 3W27A 3ANUA 5DRCA 5IDIA 5HK4A 2P88A 4N0RA 1EQPA 4Y9MA 3CXOA 4GO9A 4KFNA 1E3ZA 2Q71A 1TJ2A 2DW6A 3PP7A 4C6PA 3U2EA 2Y61A 5CSYA 1IT8A 1MXSA 2VCBA 1JFXA 3WQDA 3MMDA 4HJWA 4IM4A 4GZEA 2VDHA 2YBUA 4WXZA 3CK5A 4C6JA 4GXMA 3AJ7A 4MWAC 4GLEA 1TPFA 5LNVA 2YBTA 4MAZA 3BG3A 4KIRA 4J3ZA 3BDKA 5A69A 1OM0A 2WQDA 3W22A 1VPXA 3K8MA 1L6JA 1QR7A 1JI1A 2FFIA 4CEUC 3UWZA 3GNDA 1CXLA 4KBXA 1VFLA 3PJTA 2XD5A 1WE5A 3Q4DA 4PMYA 1PIIA 1IEVA 2OODA 2QQ6A 2V81A 3D3AA 3GDRA 1EKOA 1KCLA 1HF6A 1ECEA 4M51A 4IJEA 3N18A 8A3HA 1R3SA 3WLIA 4JTAA 5C9XA 4FIQA 1QNSA 3TOYA 3KCJA 4RCXA 3PUGA 5CZ0A 1IWAA 3I10A 1YLVA 4QNWA 1R2TA 1W3NA 3TJXA 1SZFA 3R5EA 3T8LA 3O6YX 1E6SM 4XIAA 1Q2SA 1VD6A 2QCDB 3HQ1A 1W9BM 3KRSA 3M5ZA 4UIOA 5DXXA 4E4FA 3N25A 4B2DD 2C79A 1FBAA 4OKDA 1RY0A 2PGWA 3BLKA 3Q45A 5CEWA 4ALDA 4L4MA 3N29A 1ZTVA 4V1YA 5BRQA 4DJFD 4FNTA 1PS9A 2OLAA 3H21A 4DJDD 5CJ5A 1QPOA 1HKIA 1JD9A 3VIIA 4GKTA 3FXGA 3INPA 5AY7A 1UWUA 3F7JA 1ZBVA 3W53A 3B03A 4O12A 2BY0A 2WYSA 4M24A 1VENA 1J79A 1Q66A 4FP1A 2FZNA 4WQ6A 4IXXA 1QI2A 1A3XA 4Q4KA 2AL1A 4J3TA 2HS8A 1NDVA 3PK7A 5LIYX 3G0XA 3R4IA 5DANA 4ZQMA 3W7LA 4K7YA 2YCJA 1GYMA 4XAGA 3ONBA 5AYYA 2VGIA 4CCCA 3I3EA 3OLDA 3VIFA 4AX7A 4K36A 3U6WA 4RL3A 2QHAA 3KZSA 2E6DA 4WY0B 3N17A 4YMZA 3CV6A 1A5NC 1PWMA 2OYMA 4CU6A 2V0TA 1E43A 3SM0A 3KX6A 4KEVA 1CZ1A 1AIWA 4FI4A 3G0SA 1F8MA 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 4NZ1 A;  2DFA A;  1Z7A A;  4WCJ A;  2C1G A;  2QV5 A;  4U10 A;  4M1B A;  5JMU A;  4NZ4 A;  2W3Z A;  4LY4 A;  3HFT A;  3RXZ A;  3S6O A;  4F9D A;  4OUI A;  2VYO A;  2C71 A;  1XW8 A;  3CL8 A;  4F9J A;  3CL6 A;  1V6T A;  2IW0 A;  4V33 A;  5BU6 A;  1NY1 A;  2C79 A;  1W1B 1;  2NLY A;  2CC0 A;  2Y8U A;  3VUS A;  3CL7 A;  4HD5 A;  4NZ3 A;  1W1A 1;  4L1G A;  1W17 A;  4NY2 A;  2C1I A;  3WX7 A;  3QBU A;  2E67 A;  4NZ5 A;  2XU2 A;  4NYU A;  2J13 A;  2I5I A;  4NYY A; 
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 2FHC A;  3V5O A;  4TX9 A;  1CEC A;  4ZQO A;  1V79 A;  1C8X A;  3WD0 A;  2ZYF A;  4C1N A;  4E2O A;  2WNW A;  1A53 A;  1HVQ A;  2CEQ A;  4CQA A;  2FH8 A;  4HZ8 A;  3WQ4 A;  2XIB A;  1K6A A;  1QHO A;  4PBE A;  1W31 A;  1Y5W A;  3FVD A;  2A3C A;  1F05 A;  1IE7 C;  1DVJ A;  1IEI A;  5AHL A;  1RBA A;  1Q5M A;  2GSE A;  2WMJ A;  5C5Y A;  3HO8 A;  4WHB A;  4EWN D;  3GKF A;  1MUC A;  5HBF A;  3WL0 A;  1EQC A;  4HCD A;  4XAP A;  4W84 A;  2CHR A;  4XD3 A;  3UW6 A;  4EAY A;  3OLG A;  3YPI A;  2RHG A;  4HSH A;  3WDJ A;  1TVN A;  3ID7 A;  5CG7 A;  3BAY A;  2GFT A;  1R0M A;  4JTH A;  4HIB A;  3BOF A;  4IP7 A;  1PAM A;  4JTS A;  1R3Q A;  1FTX A;  3ITC A;  2HZG A;  3W2K A;  4O1C A;  5CAK A;  3FST A;  1ZU8 A;  2WHM A;  4D6C A;  3UG4 A;  3KLL A;  1YDV A;  2ZZ6 A;  3B3D A;  4FXJ A;  4NZ5 A;  2OGJ A;  3KTC A;  2VR2 A;  4RE4 A;  2NX9 A;  3V36 A;  1VJS A;  3MTW A;  2Y7F A;  3WY1 A;  4I7V A;  3GBE A;  3GUW A;  5CZK A;  5MF5 A;  3ARU A;  4TVD A;  2ZX7 A;  1IXP A;  3N2B A;  4ROQ A;  1H60 A;  5IBX C;  4UR9 A;  1R8L A; 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