4TX8A

Crystal structure of a family gh18 chitinase from chromobacterium violaceum
Total Genus 120
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
395
structure length
374
Chain Sequence
ACPGWAEGTAYKVGDVVSYNNANYTALVAHTAYVGANWNPAASPTLWTPGGSCGNTVPFAKHALVGYWHNFANPSGSAFPLSQVSADWDVIVVAFADDAGNGNVSFTLDPAAGSAAQFIQDIRAQQAKGKKVVLSLGGQNGSVTLNNATQVQNFVNSLYGILTQYGFDGIDLDLESGSGIVVGAPVVSNLVSAVKQLKAKIGPNFYLSMAPEHPYVQGGFVAYGGNWGAYLPIIDGLRDDLSVIHVQYYNNGGLYTPYSTGVLAEGSADMLVGGSKMLIEGFPIANGASGSFKGLRPDQVAFGVPSGRSSANSGFVTADTVAKALTCLTTLQGCGSVKPAQAYPAFRGVMTWSINWDRRDGYTFSRPVAASLRQ
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
O3 (3-54)TII1 (7-10)S1 (10-12)TII2 (13-16)S2 (16-20)S3 (23-27)TIV1 (19-22)TVIII3 (357-360)TI15 (365-368)TIV10 (356-359)TI3 (44-47)S4 (31-33)TII3 (34-37)TI1 (40-43)EMPTYTVIII1 (81-84)S6 (84-90)S8 (125-126)S16 (370-374)3H2 (131-133)AH1 (136-148)TI5 (94-97)3H1 (102-104)S9 (152-157)S7 (111-119)TVIII2 (109-112)TI7 (195-198)TIV3 (158-161)TIV4 (159-162)AH2 (169-186)TII'1 (245-248)TI9 (223-226)S10 (190-193)TI8 (196-199)3H3 (234-236)TIV5 (197-200)TII5 (202-205)3H4 (238-241)AH3 (206-222)TII7 (285-289)S11 (227-230)AH4 (251-258)TII6 (247-250)S14 (313-314)S12 (264-268)TI10 (258-261)TI12 (277-280)TIV6 (270-273)TIV7 (280-283)AH5 (290-302)AH6 (340-352)O2 (306-308)TIV9 (353-356)TIV8 (308-311)TI13 (329-332)TI6 (106-109)TII4 (121-124)S13 (304-305)3H5 (319-321)TVIII4 (361-364)S5 (48-50)S15 (322-327)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Chromobacterium violaceum
publication title Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule keywords Probable chitinase A
total genus 120
structure length 374
sequence length 395
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 4tx8A01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4tx8A02
1FH9A 4D6JA 3WEOA 2WKGA 3L4TA 1GOIA 1G1YA 4OOZA 4M1RA 3GDBA 3IANA 4W7WA 2VRKA 3EYPA 4ZXOA 4PMRA 1ZBKA 5BXRA 1CXKA 2Z1KA 3WFZA 5HDRA 1BAGA 1FFQA 1B3ZA 4CCCA 2DH2A 3L2LA 4MB5A 3VINA 3POCA 4UR9A 3UESA 1UHVA 3VO0A 4UFHA 1OD0A 1BTCA 4P7RA 3MKKA 3T0DA 1OINA 2EJ1A 3TTOA 1JXJA 2QHAA 3POHA 4PTXA 1J0HA 1B2YA 3WDRA 2FH6A 3WNNA 2VRJA 1H3GA 1C8QA 3PHAA 1UKOA 4CD8A 4PMDA 2G8ZA 1ZBVA 3AYSA 4HZ8A 5TD4A 4C7FA 5JUVA 1V3MA 1W9VA 4MJ4A 3VOCA 3CIVA 1WDSA 4AC1X 5A2BA 5AC4A 3WUBA 2WMFA 4GINA 4URIA 1ZS2A 2GDVA 3O2LA 5IDIA 2CXGA 1ODZA 5GNYA 4JZ5A 3HU7A 3FY1A 3K4AA 4MNLA 3MV11 1MQPA 4WIWA 1E0WA 4IUGA 2DH3A 4MADA 4OBRA 4U5IA 3DHPA 3UCQA 3SUTA 4H8VA 1K6AA 4Z2KA 3UG3A 3AMLA 1WZMA 1B90A 1QI4A 2DPEA 1PIGA 1SFSA 3AMGA 3WN6A 5DO8A 4TX6A 1B9ZA 3WQVA 4MAVA 2B31A 2JF7A 2XVLA 1CXEA 2WCAA 3AIQA 1LWJA 1E0VA 5HPOA 5E0CA 1Q6FA 2Z1SA 5LA1A 4HU8A 3HJEA 4L4PA 3OLIA 5CPQA 1CENA 1BYBA 4E8DA 4JKKA 3AXHA 1WZAA 2A3CA 3RIKA 1CXFA 4JIEA 4U3CA 1UWSA 1HKMA 4JCLA 2GK1A 4OOUA 3T08A 5BWFA 1QNQA 1H0GA 5CGMA 2WW5A 3TTYA 4JKLA 4ML4A 4HOZA 3WKZA 2JF6A 1V03A 5HXMA 3IJ8A 3W27A 3WH6A 3NCOA 2XWEA 1HL9A 3PTKA 4J3XA 2VTFA 4F9DA 2WZIA 1W9UA 1OCQA 2YLAA 2RGMA 3QOKA 1AMYA 4D6IA 3AS2A 4RL3A 1CXLA 1PX4A 1UD6A 1UQYA 4BCEA 3K8MA 1W9PA 5ECUA 4D1JA 2Y4SA 4B9YA 5D8WA 4B15A 1DP0A 1UKPA 1E5JA 2UY4A 4Z2IA 1GONA 5GNXA 3BH4A 2Y8VA 2AOSA 3PTMA 1FP9A 1K9EA 4CU7A 3EDDA 1MYRA 4B9ZA 2VZSA 4ZE5A 3BAYA 3NSMA 1VENA 2XHYA 3CGTA 2PC8A 3ARRA 3FHQA 5AY7A 1CGTA 1E6RA 1HIZA 1MFUA 2BY0A 1BVNP 1VJZA 4AY1A 1CLXA 1C8YA 3EMZA 1E3XA 2ZWYA 4QLKA 3ZJ7A 2O92A 3AICA 1QHPA 1VEOA 4AEEA 3CZKA 1VFMA 2J74A 4TX8A 1LL7A 1X6NA 4AZCA 4PMZA 5CGTA 5CPSA 2OSWA 4LPCA 5IHSA 2ZXDA 1OGBA 1TMQA 5I2UA 5M03A 3WELA 1UZ4A 3AHYA 4V27A 2G3MA 1M7XA 2A3BA 4QDMA 5A2CA 3L4YA 4FLOA 1J0JA 4BF7A 1EOKA 3B8SA 2WB5A 2XSBA 4ATDA 4DWSB 2PBGA 4DUWA 3T0BA 1HJQA 4GZJA 5FCZA 3FAWA 1V3IA 2DSZA 1UG6A 4PMUA 3W28A 4CD6A 3WD1A 2ZUSA 4RE4A 1MVYA 1X6LA 4J3SA 4HPGA 3WIJA 3EMQA 4F9JA 1EGZA 2BNJA 3J7HA 1UR8A 2EPNA 4J7RA 2YL6A 1TA3B 3EMCA 1JYXA 1VBRA 2G41A 3BGAA 2V3GA 3WDJA 3CUFA 1HP5A 3PZNA 3ARUA 2WMJA 1GJUA 3I3BA 3NJ3A 5A3HA 4HMEA 4D1IA 1JZ2A 4RE3A 5LA0A 3AIWA 4R27A 2YLLA 4J28A 1NOFA 2BS9A 2XFFA 4PMNA 2GJPA 1WDRA 4UCFA 1CXHA 1GQIA 4P8XA 1G0CA 2DGAA 5M17A 2YL5A 5A6JA 2J78A 5A6BA 4MAZA 1UR1A 4QLJA 4DWSD 4CD4A 1XC6A 1E73M 2BVDA 3VIPA 1MFVA 4H41A 1U33A 3WEMA 3F5JA 4MB3A 2YBUA 1WB0A 1SMAA 1UR4A 2XVNA 2ZXAA 2VVNA 5IFPA 2WKLA 5CSYA 1KXHA 4PRWA 4AZIA 1ECEA 4WSJA 1H5VA 1L8NA 3L2MA 2D20A 1PAMA 3ZO9A 2WVVA 3VGGA 3MUAA 4FLSA 1HT6A 4GQQA 3VDCA 3OLDA 1EO7A 1EXPA 3VDBA 2UY5A 1TFVA 4HOWA 4P8UA 3WDQA 1C91A 1AQ0A 4EK7A 1GQJA 1VRXA 1XSKA 1M03A 5JBFA 4CD5A 5A6AA 2J4GA 1CGVA 5A69A 5FL1A 1NOWA 5E09A 4D6HA 4M56A 3T2OA 3LPOA 1JDDA 4AZGA 4AD1A 1GOMA 4U5KA 1E3ZA 5ABGA 3W29A 4TTGA 1GOKA 2E0PA 4PEEA 5DT5A 2GFTA 3VGHA 2X05A 4CVUA 3SUWA 3UETA 4PTWA 1V6UA 3K8KA 4LGXA 5JBEA 5E0FA 5A8PA 2F61A 4PMYA 4ATLA 2E9MA 2JEPA 2EO7A 2RGLA 1R87A 3PZTA 1WE5A 3RM8A 4WKHA 1W3HA 3M07A 4J27A 1R8LA 3AQUA 4F79A 5BXTA 3WENA 3WD0A 5M3WA 4GO8A 4HU0A 1G01A 4FLRA 4FMVA 2ZUNA 1JGIA 4H8HA 5A8OA 2WZEA 1B0IA 3CMJA 1GJWA 1JZ4A 4IPNB 3AROA 3PZUA 1CBGA 3TOPA 1D3CA 3I3DA 5JIPA 5I0DA 5FL0A 4A3YA 1HKIA 1NP2A 1ZL1A 1OWQA 7TAAA 2VR4A 3WH7A 2GJXB 3PZVA 1GZJA 4MB4A 3WD2A 3CHCA 4E8CA 1WDQA 4HZ6A 2ZUMA 3BAIA 3BAXA 4H7VA 5BXSA 5AYBA 2FDMA 1E15A 1GOQA 1PJ9A 1RP9A 5JBDA 2QV4A 3GBEA 4QCFA 1J9YA 1ZJAA 4JFTA 2DSKA 1UKTA 3CH9A 3EDEA 1QOXA 3QHOA 2WHMA 1TVPA 2WVSA 4LQ1A 3SCTA 3QHMA 1E4NA 4TTUA 4BZYA 1GOWA 1NQ6A 3N12A 1D7FA 4UNIA 3VIJA 1CPUA 1CYGA 2YDSA 2J7CA 1XSIA 1DWGM 1TR1A 2BVYA 5CXPA 1EDTA 3KL3A 2QLYA 2W92A 1JYNA 3WH5A 1DWHM 1EDGA 3GXMA 4OZOA 3VKKA 4DUVA 3THCA 2ZX5A 3MMUA 1JG9A 1TZ7A 1E6PA 2OYKA 2YDQA 3NIYA 3TA9A 2FGZA 3KL0A 1HL8A 2WMIB 3WQ4A 4WSKA 3WMBA 4Q7NA 4P7QA 1UWIA 2PWFA 1HKJA 3PZ9A 5CPTA 4BA0A 3WFLA 2VCAA 1HNYA 4UOJA 7CGTA 3ZJ8A 3ALGA 1WO2A 4U31A 4E2OA 1CGYA 1FH8A 3VD3A 2WK2A 1NWUA 2D3LA 2Y5EA 1ISXA 1K9FA 4UTFA 2WVUA 3BCFA 4UQ9A 3VD5A 1XHGA 3U57A 2QPUA 5GQBA 1QNOA 2VMFA 1TG7A 4AIOA 1JI1A 1JIBA 1W3JA 3KE0A 3FNDA 2Y8KA 4L4OA 4YHEA 2D0GA 1J0ZA 4CN6A 1US3A 1F4AA 1FHLA 3WF1A 3VGFA 3W25A 1V0MA 3NUKA 2VQTA 4AD5A 3CUGA 1H4PA 2ZWZA 3MO4A 3HN3A 3O9NA 3WD3A 1ZB5A 2OSXA 1ZU8A 4W86A 2WCGA 3OGSA 1UKSA 2BXYA 4AZ6A 1BGAA 1IZJA 3U7BA 1UD3A 4Q22A 4XX6A 1ISYA 4W84A 2FHCA 1GVIA 2ZX8A 1E72M 4IM4A 3ZR6A 2CIPA 4AW7A 4EAMA 2PI6A 2NW0A 2PB1A 3WEZA 4D6FA 2D49A 4PSRA 2CBVA 1GUVA 2DSWA 4S3KA 3LMYA 3L4ZA 4FF5A 3GXDA 2JIWA 4MNKA 1PBGA 1QHOA 5LA2A 1XYFA 1V6VA 2EEXA 2D0FA 5I3DA 2ZIDA 3NDYA 5C70A 4ATWA 3UR8A 4KGJA 1G94A 1JXKA 3SCPA 4GZEA 1V0NA 3U7VA 1E4IA 5HOSA 4MNJA 1UD2A 4BQ4A 1XCWA 4GI8A 5CLTA 3WDPP 2JEQA 1VFUA 2BHYA 1WKYA 2W62A 3CBWA 4ACZA 4UQBA 1RPKA 1W9XA 2J62A 3VNZA 4LX4A 2JFEX 4M24A 4J3VA 5E9AA 3WF4A 2WC3A 3WNOA 2CHOA 2F8QA 3GXFA 2YA0A 1KQYA 3AHTA 1WZKA 1EQPA 1CWYA 1KCLA 3RILA 2W5FA 4N0RA 3VVGA 3WDIA 4EANA 6A3HA 1CDGA 4Y7EA 8A3HA 1A47A 1FP8A 1PZ3A 3AXIA 1JYWA 2WSKA 3VX0A 1R86A 1UYQA 1HX0A 4XUYA 1BQCA 3RO8A 2ZICA 3VD7A 3M46A 1UQZA 3KWXA 3FN9A 3RM4A 3AS1A 3K1DA 3SCVA 3MANA 1PX8A 4PTMA 4AXNA 3KZSA 4CKQA 2W67A 3VIIA 1ITCA 2XIBA 4UFJA 1UR9A 1V0LA 3OA5A 3FHAA 5E70A 2W66A 3IK2A 3SUVA 3WY1A 4EKJA 2WWCA 1E55A 1YQ2A 4HP5A 1OM0A 2D23A 3L4WA 1KGXA 2J7EA 1HJSA 1VF8A 2DSVA 4DWSA 4Z2GA 4U2ZA 1V6XA 2J79A 1QNSA 2HISA 1H0IA 1EQCA 3AIRA 5I6SA 2BHUA 4JHZA 4KRTA 3ZMRA 2W91A 1HJXA 1XH0A 1BYCA 3RMEA 4BQ2A 1C7SA 4JFSA 3ZT6A 1ESWA 1J0IA 3W37A 1OD8A 1JDCA 3F5LA 2G4FA 3K4DA 2OYLA 5JIWA 2YA2A 4DM1A 4RE2A 2FGLA 5D9MA 4CN1A 3VDAA 1OIFA 4UZUA 3BAWA 4AIUA 2VT0A 4PYSA 1GHRA 1IT0A 3GNPA 4AZ5A 4M29A 4JAWA 2VX5A 3WMSA 1EO5A 3PTQA 4HA3A 3WUGA 2J25A 4TVUA 4UFKA 1RH9A 4MNMA 1H41A 3IAPA 4J3TA 2V3EA 2WXDM 4E4PA 3THDA 4C7GA 2DIEA 3WH8A 3ZOAA 1IZKA 2Q8XA 1E5NA 3ZR5A 1CIUA 1CEOA 2WHLA 1E4MM 4LXFA 3AYRA 1B3XA 1HF6A 5A6SA 2JALA 2GK1B 1H11A 4NRSA 1JDAA 1I1XA 3AS3A 2D0HA 3VD4A 2VNCA 3VIHA 5EFFA 2F2HA 3WL1A 5D9NA 4D6GA 3VIGA 2DSUA 1H2JA 1GQLA 3NSXA 5BCAA 2CERA 2CESA 3PZIA 4JFUA 4N42A 4AD2A 1JZ5A 1V02E 2E4TA 2W4XA 1V6WA 3BSGA 3BAKA 2FH8A 3EDKA 1W2PA 4PMQA 2A3AA 1KXTA 4AYSA 3AMDA 3CZEA 1V3LA 4QFUA 1UZ1A 3WBEA 1H1NA 3GBDA 2X0HA 1G9HA 3CPUA 3CLWA 4V2XA 4U2YA 3MMWA 2WLYA 1QBBA 4M81A 1AQHA 2IXUA 1MW2A 5FIPA 1LG1A 5CSUA 3WNPA 3QR3A 4HPHA 1N82A 5BRPA 2XM1A 1E6ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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