3ABQ | Genus

Total Genus 196

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	196
sequence length	453
structure length	453
Chain Sequence	MKLKTTLFGNVYQFKDVKEVLAKANELRSGDVLAGVAAASSQERVAAKQVLSEMTVADIRNNPVIAYEDDCVTRLIQDDVNETAYNQIKNWSISELREYVLSDETSVDDIAFTRKGLTSEVVAAVAKICSNADLIYGAKKMPVIKKANTTIGIPGTFSARLQPNDTRDDVQSIAAQIYEGLSFGVGDAVIGVNPVTDDVENLSRVLDTIYGVIDKFNIPTQGCVLAHVTTQIEAIRRGAPGGLIFQSICGSEKGLKEFGVELAMLDEARAVGAEFNRIAGENCLYFETGQGSALSAGANFGADQVTMEARNYGLARHYDPFIVNTVVGFIGPEYLYNDRQIIRAGLEDHFMGKLSGISMGCDCCYTNHADADQNLNENLMILLATAGCNYIMGMPLGDDIMLNYQTTAFHDTATVRQLLNLRPSPEFERWLESMGIMANGRLTKRAGDPSLFF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Crystal structures of ethanolamine ammonia-lyase complexed with coenzyme B12 analogs and substrates. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain
total genus	196
structure length	453
sequence length	453
chains with identical sequence	C
ec nomenclature	ec 4.3.1.7: Ethanolamine ammonia-lyase.
pdb deposition date	2009-12-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF06751	EutB	Ethanolamine ammonia lyase large subunit (EutB)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.220.70	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Annexin V; domain 1	lyase	3abqA02
2.30.170.30	Mainly Beta	Roll	Ribosomal Protein L24e; Chain: T;	ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like	3abqA01
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3abqA03

1W8SA 2R8WA 2ZA2A 4GC4A 5LNSA 5LHFA 3NL5A 1KM1A 4PL1A 4W9TA 4UTWA 3SGZA 3MWAA 2C15A 2PCQA 1QO5A 4PFMA 1R2RA 3P5ZA 2YCEA 4A21A 4FNTA 3BW4A 1SO5A 4C1KA 2A1YA 4I7WA 2V5LA 3BGGA 4GBUA 3Q58A 1IXQA 3QMRA 3LLDA 1FWNA 4O16A 2V30A 5FF2A 1I4NA 4IMEA 4JS3A 1KTCA 2NLIA 1P0KA 4Y8FA 3TQKA 4N02A 4MVAA 2VKZG 2ZTJA 3TSBA 3WJZA 4N9CA 2H3DA 2AQWA 4HSNA 1N7KA 1TPEA 2H6RA 2VEPA 1FBAA 3GAKA 4N4PA 3EKZA 4RJEA 2Z1BA 2V2DA 3IV3A 1W3NA 3MI3A 5LNWA 4KFPA 5HMSA 4DF2A 4JY9A 3VKJA 2A0NA 5DELA 5I3KA 5CSRA 2E5CA 4BWLC 2A4AA 4YCOA 1G4PA 3ZWSA 1XBZA 2GQAA 2GQ9A 4QNEA 2Y85A 3USBA 1H62A 3NO5A 1ADOA 4HIBA 2W6RA 1AK5A 4IJBA 3L9CA 4UMBA 1OX6A 3FYPA 1FWSA 5G1TA 4AHQA 1K7EA 3NPUA 1RR2A 4A2RA 3LOTA 3W84A 2PC4A 3P84A 3G1DA 3MYOA 1MEIA 1N8FA 3PUOA 2C1HA 4QQ3A 3W88A 3LRKA 3QSRA 5KITA 5HJLA 1X6UA 2PURA 4ORMA 2JKAA 3TJLA 5FESA 1TQXA 1IIGA 4NT0A 1DHPA 2R94A 3LXCA 4LV4A 4O18A 4DO4A 1WV2A 1TPVA 3SY5A 2RHGA 4GUGA 1R30A 1RZMA 4TU1A 3H53A 3SIZA 2E6DA 3DAQA 5LSMA 3OG3A 4OGZA 4FX8A 1FCQA 1AL7A 1RD5A 2NXGA 2ZZ1A 3W73A 1LBMA 3W71A 3BLIA 5CZTA 4LUJA 4AHPA 3UY8A 2NUYA 3R12A 5KSWA 3A5VA 2WO5A 1QPRA 5AFDA 1YTEA 4UFKA 3UWZA 3M5YA 1F73A 3MHFA 3WJYA 2FDSA 4E2BA 4IX0A 3EXTA 3GNDA 1KFBA 1B4EA 2CW6A 3Q2DA 4AB4A 3DU0A 1OF6A 2WSQA 1XBXA 5DY3A 1KV5A 2DZPA 1AW2A 3WJSA 1N55A 4HNUA 3THQA 1PE1A 1H7OA 3HB9A 4FNRA 1GVRA 4AXKA 4M5PA 3DBPA 3O15A 3TSMA 3NA8A 1DJNA 2BX7A 2TSYA 2V8ZA 1F05A 5D02A 1YLVA 4WXYA 3FA5A 1JCYA 5D32A 4GUHA 5KTLA 2YYTA 3NQCA 5G2HA 4UTTC 2YXGA 3P80A 4UR8A 1H1ZA 1A53A 3TMQA 4LC6A 4N6EA 1ZAHA 1KBJA 4EVZA 2BXVA 3IGXA 3N73A 3W2MA 3W7MA 5DLCA 1W31A 4FO4A 5KZDA 1K3UA 1KM2A 3M5VA 1F2JA 4JYEA 2Z0IA 3O1NA 4EWND 1W37A 1B4KA 5BW6A 4ZMGA 4ZQRA 3L5LA 2C19A 4LW7A 4JTFA 4GUFA 2AAMA 3C2VA 1HTIA 1JRCA 4X9SA 4XKYB 5C54A 3LM7A 1O95A 1GG1A 3R8RA 3WK2A 3HGJA 2EF9A 3I6RA 1G67A 1DJQA 1XC4A 3DENA 1YPFA 2QUUA 3S6DA 5HWMA 1D3GA 2ZQ0A 1G4TA 4IXXA 5F1VA 4XZ9A 1OFOA 3S0CA 4NXKA 3KRZA 3CIXA 3T55A 4AMAA 5D33A 5HR6A 2DJLA 5D2WA 3PS7A 2QUVA 3STEA 4MIMA 1Q3NA 4BF9A 1Y0EA 2CZ5A 1I2RA 1PCKA 4XWUA 1XBVA 2GPTA 3INPA 1ICPA 5I3HA 2Y89A 1XBYA 1QAPA 2C0AA 3QQ0A 1RV8A 3EXSA 4NZJA 4MZYA 4OT7A 2A7PA 1NF7A 1SPQA 4JTJA 2QJHA 3G3MA 5D30A 5HUPA 5KINA 4ZQOA 3ATZA 1KLYA 4DEFA 5BRBA 3N34A 1VCVA 3MUXA 4DQWA 2DU2A 2NV1A 3C0JA 2BWGA 2RDUA 4S1FA 3LDVA 4RX0A 3U8GA 4ADSA 2GVJA 1OFRA 1KFEA 1QDSA 3P5YA 1EB3A 4FHAA 3H54A 3W7OA 1PV8A 1WBJA 3N3MA 4MZ1A 2FPTA 3T7VA 1H5YA 4LNYA 1EIXA 1NAL1 1TJRA 3RLVA 1QPOA 3W7RA 5CZJA 3N19B 3PWAA 3NGJA 1S5VA 2B4GA 5F2LA 1DKWA 3CQ0A 1ZNNA 2GVLA 1M5WA 1OG0A 3KX6A 3UZJA 3WK1A 2QKFA 1OHLA 4QAIA 5AC6A 3W7NA 3UWVA 3MI6A 4IOTA 2W79A 1EP3A 4ONVA 3LXBA 5FI8A 3NQ2A 5HNRA 3TV8A 2NUWA 1G7UA 1TTJA 2FPYA 3HGSA 5CZSA 2A85A 4JICA 3UY7A 4LS2A 3PBYA 4CQ8A 3PC0A 3T44A 2Y7DA 3PG8A 4O0ZA 4RCXA 1O4UA 3B0VC 1B9BA 3UPBA 2Y62A 4UTKA 2WNNA 3S1UA 3W72A 3P61A 3W85A 3DI1A 1BWLA 2RDWA 2E5DA 3ABQA 1K8ZA 3GXNA 4WD0A 3ZWTA 3GAYA 1GQNA 4IMDA 4WXZA 3B06A 3M0ZA 3RFAA 3NPXA 3JS3A 8TIMA 3TROA 3LCGA 2J6XA 1F76A 1IGSA 3NQDA 1W5QA 5F4WA 2VEKA 5D38A 4NNBA 2GJNA 3A9IA 3MP3A 1KM5A 3DFNA 3NR0A 5TBOA 3LI1A 1SZGA 4CQAA 2J24A 5DXYA 3W83A 3UNDA 4QNWA 2OZ0A 2HS8A 1OF8A 1ME7A 1EA0A 3PAJA 4O19A 1KFJA 3W2NA 1ICSA 3PR2A 4JTUA 4YMZA 5DBUA 3NQVA 4HT3A 3W7HA 2CZFA 3NPVA 1A50A 1H1YA 3FKKA 2VC6A 5KZMA 1QCWA 3W74A 4A2SA 3L2IA 3QW4B 3G0XA 1P5BA 5D09A 2CLOA 3O63A 1W3TA 3HF3A 2RKXA 2X30A 2KZHA 1YTKA 2FTPA 4FF7A 4LY8A 2JKEA 4UIOA 3CLMA 3OVPA 1Q6QA 2DZWA 2YSWA 3AO0A 1LOSA 1LROA 3QFEA 3RLUA 1HO4A 3QM3A 3W1AA 1XM3A 2ZRYA 4O1DA 3SFKA 4BK9A 3TQVA 5I3GA 4LOCA 3HIJA 4LVFA 1EX5A 1O60A 1IXPA 4GRSA 1JUBA 3BW2A 4X3ZA 5AHFA 5KZEA 1UBSA 3QZEA 3HBLA 4P2VA 5AHNA 2ZRWA 2Q8ZA 4FNQA 1VGAA 2ISVA 3BG3A 3A5FA 4E38A 2WJZA 4O28A 3QW3A 3HG2A 5K4XA 1AG1O 2QCCA 1A5AA 2ZA3A 3IRDA 2NUXA 5LHEA 5FEZA 1KM3A 1SFJA 2P1FA 4UMCA 5EBUA 3PBUA 3UYCA 3KVMA 3BLEA 4K39A 1F6KA 1LLWA 2VFHA 1V5XA 1F7BA 2Y70A 1W54A 4NVTA 1UASA 1W5MA 5E0KA 1SO3A 3W7EA 4IPIA 1VRDA 1TB3A 1I45A 1WA3A 3SW6A 2BTMA 4LV9A 1G4SA 2E5BA 1TO3A 3ELFA 3NM3A 4X22A 2E68A 1X8FA 3UWWA 1WQ5A 4WX2A 4XTIA 1QNVA 4Z1CA 4UTJA 1ZHAA 4K37A 3NG3A 1AW1A 1O94A 2E77A 3GYEA 3QC3A 3U2OA 1JJKA 3G1FA 1TPH1 2X16A 4XUGA 4M7TA 4PEKA 3PF3A 3LRLA 5G2WA 3W7KA 4QJ1A 4O54A 1EP1A 1GYLA 3CEUA 2GOUA 1EUNA 4O53A 3QPZA 1L6SA 1TIMA 2VEIA 3KVKA 3CHVA 3L68A 1YPIA 5I3JA 2VFDA 3MHUA 1LLZA 4FNUA 3EX1A 4AHOA 2E09A 4IWWA 5J5DA 1GZGA 3LLFA 2A6LA 2CZEA 4O1AA 2YW4A 1NF0A 3O6CA 4MOZA 3PSWA 4MZ8A 2I9EA 3W2JA 2Y63A 3TDFA 5HWJA 3TH6A 5AHIA 3M5XA 1P0NA 3KRUA 5G2IA 4I9AA 2BZNA 5D2YA 3UZ5A 4DBDA 3W7QA 3W7DA 3QYQA 3ZS4A 4GFSA 4JTIA 3TFCA 3W7CA 2QCMA 1XXXA 4BFAA 1SW3A 2H8XA 3L0NA 3E49A 5DN1A 1OFAA 1CW2A 3NAVA 5CSSA 1GWJA 1S3HA 3NEVA 2EAWA 3BW3A 5AYYA 2HTMA 5HQEA 4E2DA 4UMAA 1SZFA 1U83A 4Y9AA 1DORA 4WY0B 1MSSA 3GDMA 3RNDA 3ATYA 3LBCA 2J88A 5IBXA 4PH6A 4KFNA 2NXIA 3NL2A 3BV4A 3G8EA 1OFEA 5H91A 4O0KA 1T96A 2GQ8A 1C29A 4CCDA 3WJXA 5D04C 1VCGA 4Z1DA 5AOUA 3EWYA 4O17A 3BGJA 3HQ1A 1PHQA 5I3IA 1I8JA 1HO1A 4WOQA 3LHYA 1ZAIA 4QM1A 1A5CA 3GKFA 1LBFA 1KTBA 5G5IA 2A5HA 3H55A 3W70A 4JTSA 4O1BA 1KW1A 1H61A 2G5WA 3W76A 3TC7A 5AN7A 3S5ZA 2H8ZA 5C5YA 5D37A 1QWGA 2B7OA 4R34A 4QIUA 4BI7A 4O10A 2VELA 2EPHA 3IVTA 3STGA 3TMLA 2J9XA 3W7LA 2FPVA 2ATMA 4DPPA 5AHEA 2YR1A 2QF7A 1IIHA 3NL3A 4LS0A 4JYDA 4ALDA 2WKJA 5E1QA 3E02A 4PTNA 2UV8G 4DELA 1QOQA 2NXHA 3GXPA 2CLFA 3QEZA 1SW7A 3C2FA 3Q94A 4H4IA 3KAOA 3UWQA 3YPIA 1XUUA 1DL3A 2ISSA 4O8RA 2YZRA 1XL9A 3L5MA 2VEMA 5DCDA 3S5OA 3LB0A 3PUEA 4WZHA 1C8VA 4HNTA 4JY8A 5EKYA 4YXGA 4JTEA 4WY0A 4PA8A 4PODA 4ORIA 3PULA 1Z42A 3CC1A 4O1CA 2ZA1A 2DZTA 3SSJA 4LU0A 4IXHA 4KFOA 5C6MA 4FX7A 1VYRA 3DHFA 3MYPA 3I68A 3CWNA 1ZY9A 3HJZA 4FNSA 1T99A 3IIOA 4KWVA 1FXPA 2J9ZA 1W5PA 4JDYA 3N2MA 4IQLA 3TW7A 3O6DA 1R2SA 3G3DA 3MBDA 3E12A 3STCA 3PB2A 3NQEA 5IM51 1G69A 1VPXA 3GDLA 4CNPA 3FEMA 4Z0SA 1H60A 2CLIA 1K02A 3QPYA 3F4NA 2DZVA 2Z6JA 1ZCOA 4LRTA 4RZ4A 1E51A 3G24A 5DXXA 3TX9A 3WK0A 2GUUA 1XUZA 1LDCA 1TREA 4RZ5A 4M6PA 1FQ0A 5CPMA 3IVUA 2CZDA 4JNMA 3GB6A 3EWUA 3I7QA 3P81A 4FIRA 2QEZA 3F1QA 4DO6A 1PVNA 1A5BA 4JTLA 2I14A 2YX0A 3P74A 5TIMA 1DQWA 2CLHA 3LTSA 2DZXA 2WQPA 3W9ZA 2A7NA 5HULA 4LS1A 3TFXA 1QOPA 1VYPX 3CT7A 4JDBA 1GTEA 4UFJA 2WV8A 3LCFA 4RKAA 3JR2A 1TTQA 4NJJA 5D2VA 2G95A 1PL9A 4NX0A 4UFLA 4FIQA 3PBVA 1O5XA 2FFCA 4U4MA 3CWOX 3R2GA 1FCVA 2B7NA 5AYXA 3G1YA 4CCEA 4OBTA 1UUOA 2ZCGA 3G0UA 5K2ZA 3GDKA 1L6WA 2R91A 3L5AA 3B0PA 2IQTA 3KVJA 3VI2A 4EOUA 3DFOA 5LGZA 4JX5A 1M7PA 2H90A 4WQ6A 1MEWA 3GXTA 5K4ZA 3NDOA 3C52A 5D2XA 4HNVA 5BMWA 1DVJA 2ZDRA 1WX0A 5T26A 4NJGA 3UXDA 4B5NA 3VE9A 3HG4A 1CX9A 7TIMA 4DF1A 1I2NA 1H7PA 3S8HA 3NXFA 5U4NA 1DBTA 3RF9A 1VHNA 3HMJG 1JCJA 1QR7A 1KA9F 4LTSA 5HWNA 2HS6A 3SZ8A 4UR7A 3W87A 5K9CA 1JCXA 1EEPA 1VH7A 1LRQA 4JTGA 3LCWA 1JVNA 4LVAA 1MZHA 1OX4B 1ONRA 1OFQA 3LRMA 1Z48A 3UWUA 1RQEA 3S1WA 1TTPA 5DCEA 2ZRUA 3EWBX 1WXJA 1JCLA 3W3OA 4H3DA 4LWWA 3IIVA 5TQLA 1GVQA 4LVDA 3V1PA 1X7FA 4K6AA 5D05A 4MJMA 5U7SA 1GTHA 2TMDA 6ALDA 3S9YA 3N9RA 3TA6A 2H3BA 5HINA 3QMSA 2YYUA 4YLWA 5EY5A 4OU1A 2NZLA 1I2PA 4AVFA 1DV7A 1J5TA 1OJXA 3G18A 4AWTA 5CPLA 4O4VA 4UTLA 4TIMA 3B04A 5LKYA 4HNNA 2ZZ6A 3MO7A 2YPIA 3C61A 3G1AA 1ME9A 2VXNA 1RQHA 4CQ9A 3VNDA 3TXZA 1L2UA 2Y7GA 1LRNA 2JBMA 4IPJA 1WDWA 3G22A 3NNTA 1D3HA 3NPWA 4ZQMA 5AC7A 1F6PA 3RMJA 2QR6A 1GPWA 2Z6IA 4Y96A 1UCWA 4JXCA 4RK8A 3UWYA 2Q3OA 4UTWC 3VFLA 4JX6A 2ZRVA 2EKCA 1QPNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4GIA A;  1R47 A;  1NIU A;  3C3N A;  3VDA A;  1UD8 A;  2DZS A;  3EPN A;  4LUI A;  1JEZ A;  3WFZ A;  1S46 A;  4XV0 A;  2JKP A;  4FX6 M;  2YFN A;  4UUI A;  4OOU A;  1E6S M;  1MZR A;  1J0Z A;  1GOI A;  2PDJ A;  4JIQ A;  4R33 A;  1UP2 A;  5FEP A;  1EJ7 L;  3TNB A;  4QDW A;  3NM1 A;  5DY2 A;  1RJR A;  4C6Q A;  4U3A A;  3MKK A;  1W5O A;  3IEB A;  3LPP A;  4JX4 A;  4F8X A;  1VIW A;  4QRN A;  2V5J A;  1EP2 A;  3EZ4 A;  4W93 A;  3RCY A;  1MCX A;  3H4X A;  3QST A;  2GWG A;  4ZOA A;  3A3W A;  2PWD A;  1AVC A;  3NZ1 A;  1EGZ A;  4NI8 A;  3C8F A;  4EAN A;  1JZ4 A;  4CU7 A;  4NUW A;  4F2T A;  4L1X A;  1FWH C;  2QCE A;  4FEZ A;  4JKK A;  1WBH A;  2Z26 A;  2CEQ A;  3UGR A;  2OVL A;  1KQS T;  4HZ8 A;  1JDD A;  4HPJ A;  3OYX A;  3VCN A;  4LBS A;  1V6T A;  1FA2 A;  3BG5 A;  2QF8 A;  3L67 A;  1UR2 A;  4IUO A;  2O4Q A;  3EWZ A;  1PHW A;  4L5Z A;  5M1T A;  2YCL A;  3UP8 A;  1D8W A;  1HKV A;  2Z25 A;  1AZ1 A;  3N6J A;  1XDM A;  1BVN P;  3WDQ A;  3R8H A;  2XH2 A;  4YYF A;  3TC3 A;  4A29 A;  3GVW A;  1P0B A;  2PB1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3ABQA

Total Genus

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Chain Sequence

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