3ICJA

Crystal structure of an uncharacterized metal-dependent hydrolase from pyrococcus furiosus
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
468
structure length
467
Chain Sequence
CMKALINGTIYTSFSPVKKVSGLVISNERVLYAGDSSTALRIAELAGGEIIDLKGKFVMPAFFDSHLHLDELGMSLEMVDLRGVKSMEELVERVKKGRGRIIFGFGWDQDELGRWPTREDLDVIDRPVFLYRRCFHVAVMNSKMIDLLNLKPSKDFDESTGIVRERALEESRKIINEKILTVKDYKHYIESAQEHLLSLGVHSVGFMSVGEKALKALFELEREGRLKMNVFAYLSPELLDKLEELNLGKFEGRRLRIWGVLFVDGSLGARTALLSEPYTDNPTTSGELVMNKDEIVEVIERAKPLGLDVAVHAIGDKAVDVALDAFEEAEFSGRIEHASLVRDDQLERIKELKVRISAQPHFIVSDWWIVNRVGEERAKWAYRLKTLSSITKLGFSTDSPIEPADPWVSIDAAVNRYVVDPGERVSREEALHLYTHGSAQVTLAEDLGKLERGFRAEYIILDRDPLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of an Uncharacterized Metal-Dependent Hydrolase from Pyrococcus Furiosus
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords uncharacterized metal-dependent hydrolase
total genus 183
structure length 467
sequence length 468
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3icjA01
3.10.310.70 Alpha Beta Roll Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 3icjA03
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3icjA02
4DNMA 3OODA 4R7WA 4IG2B 4ZSTA 3E0LA 1RK6A 3MVIA 2GOKA 3IARA 1NDWA 2Q01A 4C6MA 3ID7A 4PBFA 3B40A 1EJUC 4QS6A 4IH3A 4GYFA 1NDVA 2GWGA 3UBPC 4GOAA 3ITCA 3E2VA 1FWCC 3KM8A 4ICMA 4QROA 3T8LA 4QRNA 4DI8A 1S3TC 3SFWA 4LAKA 1ZZMA 4RE0A 4C6QA 4H00A 4CEXC 4C6FA 1KCXA 1XRFA 3TN4A 3GU1A 3F2BA 2XIOA 1YMYA 2PAJA 4F0RA 3GU9A 4ERAA 2BB0A 1RA5A 2FVKA 3URBA 1YBQA 1E9YB 4WGXA 4IFRA 4DLFA 3BE7A 1YIXA 4XAZA 4C6CA 1J79A 2BGNE 4B90A 2DVXA 1RJQA 4QS5A 2QPXA 2I9UA 1EF2A 4C60A 3HTWA 1EZ2A 3GIQA 3S2NA 3ORWA 2YB1A 4GXWA 1R9YA 4KEZA 5A6TC 3F4CA 2F6KA 4DO7A 4AC7C 3DUGA 2D2GA 4H9XA 1A4LA 1R9ZA 2QT3A 2VUNA 2E25A 3QY7A 4E3TA 5AKQA 4RDWA 3NQBA 3B0YA 3FDKA 4DZIA 4QTGA 2R1PA 1E9ZB 4CQCA 5LXXA 1ITQA 3DCPA 3V7PA 2CZVA 2HNHA 3LGDA 1V51A 3UPMA 4B91A 1FWEC 3LY0A 2Z24A 3RHGA 3F2CA 4UB9A 4H9UA 1WXYA 4DLMA 3UR5A 2HPMA 3GG7A 1XGEA 4RDZA 3QY6A 3GTIA 4R85A 4C6IA 3R0DA 1RAKA 3IACA 2RAGA 2HBXA 3IV8A 1M68A 3LSCA 4GZ7A 3GTXA 4H9VA 1RA0A 3WMLA 1FWGC 3AUOA 3D6NA 2QVNA 3AU6A 2OOFA 1KRMA 3HPAA 4GX8A 4HK6A 4LAMA 4IGMA 2IMRA 4DI9A 4LCRA 4GC3A 2DVTA 3F4DA 3URNA 2WJFA 1QXLA 2FTWA 1FWDC 1RJRA 2Z2AA 1HZYA 2G3FA 2AQOA 4B92A 4C6OA 2D2HA 3IRSA 2PUZA 3OQEA 4BY3A 4IG2A 1M7JA 1M65A 2UBPC 4RDYA 4HK7A 3A3XA 4F0SA 4UBPC 2WM1A 4ERIA 4KQNA 3E3HA 2EG7A 2ADAA 3T1GA 1GKQA 3MKVA 4J5NA 3EGJA 3QGKC 4XD4A 1FWAC 2I5GA 2DVUA 4EPEC 3B0XA 1P1MA 3A3WA 3N2CA 2YB4A 1O12A 2WJDA 3UF9A 4GY0A 2R1MA 2Z7GA 1ADDA 4NI8A 3URQA 4OFCA 5G4HC 2PLMA 2P50A 3OVGA 2Q09A 4C6KA 4DZHA 2Z4GA 1EYWA 2Z26A 1FWBC 3G77A 3E0FA 4C6EA 1K6WA 3LGGA 4EPKA 5FSDC 4LCSA 3RCMA 2R1NA 2ANUA 1FWFC 4RZBA 3TN5A 3HM7A 4I6VA 3MTWA 4LAOA 1POKA 4M51A 3OOQA 2GZXA 1K1DA 2D2JA 1V79A 4DYKA 4EPBC 2O4MA 4BJHA 4TQTA 3LNPA 4BKNA 3S4TA 4PE8A 3GRIA 3MJMA 4AQLA 1XRTA 1PO9A 1FKXA 3EWCA 4CQBA 3FDGA 1FWHC 4XD3A 2ICSA 3CJPA 4CNSA 3CS2A 4LANA 4PBEA 2AMXA 1NFGA 4J2MA 4KEVA 3SO7A 4IFKB 4C5YA 3K4WA 4C6PA 4D8LA 1I0DA 4LEFA 4XAGA 1A5OC 3IGHX 5HMEA 1IE7C 2Z2BA 2HBVA 5FSEC 2ZC1A 1DPMA 3IJ6A 4INFA 4MUPA 3LU2A 2QS8A 4GK8A 4L6DA 2EG8A 4EP8C 1R9XA 4XAYA 1A5NC 1W1IE 4F0LA 2OQLA 1UIPA 2FFIA 4G2DA 4G7EB 4H01A 2HQAA 3GTHA 1KRBC 2A3LA 4CNUA 4IQJA 3C86A 3UR2A 5CH9A 4H9ZA 2GWNA 4CQDA 2VC7A 4JOMA 1KRCC 4C65A 4HJWA 2O4QA 3F2DA 4HA0A 4LFYA 4NP7A 1A5KC 1UBPC 4KEUA 4IFOA 3LA4A 4C6BA 1P6CA 1ONWA 4KETA 1EJSC 4KESA 3MDWA 4C6NA 2P53A 1POJA 1O5RA 4Z42C 3LS9A 3TN3A 3URAA 4PCPA 4GBDA 5HMFA 3K2GA 5HMDA 3GTFA 3PNZA 2YXOA 3QY8A 3LSBA 4P5UA 3TNBA 2HPIA 3MPGA 3PANA 3GIPA 4CNTA 2Z25A 1V77A 4NG3A 4CEUC 1QW7A 2FTYA 1RK5A 1J6OA 3EWDA 3DC8A 4QSFA 4H9YA 2VHLA 4V1YA 2Z28A 2YZ5A 1XWYA 4PCNA 1P6BA 1YNYA 4KIRA 4XD5A 3WZ0E 4KF1A 1GKRA 1PB0A 4H9TA 4I6KA 1PTAA 1A4MA 3IPWA 2UZ9A 1YBQB 2OODA 4GX9A 2E1WA 3CAKA 1J5SA 2P9BA 4LCQA 1EJRC 4LH8A 1FKWA 4B3ZA 3ICJA 1V7AA 4XD6A 4C6LA 1EJTC 3A4JA 3PNUA 1EJWC 1WXZA 3OU8A 2W9MA 4IF2A 2VM8A 3QGAC 4EPDC 1NDZA 4DIAA 1K70A 3T81A 3K5XA 4IFKA 3MDUA 2OGJA 3O7UA 3AU2A 1JGMA 3E74A 3S2LA 3PAOA 4ZSUA 3MSRA 3GUWA 4L9XA 4WVXA 1J6PA 2Y1HA 2Z00A 1UMLA 4KERA 3E38A 1RJPA 3S2MA 3NURA 1ITUA 3RN6A 1ONXA 2OB3A 3O0FA 4XAFA 1KRAC 4ERGA 4HK5A 4G7EA 4GY7A 4WHBA 4C6JA 4R88A 1A5LC 3JZEA 3WYZA 1VFLA 1FWJC 1GKPA 1A5MC 5E5CA 4C5ZA 4RDVA 1I0BA 2GSEA 2R1KA 4V1XA 2PGFA 2VR2A 3OJGA 4YIWA 2FVMA 1EJVC 1YRRA 3TN6A 3MVTA 2Z29A 1UIOA 2R1LA 3S2JA 3NEHA 1NDYA 3GU2A 3FEQA 4LALA 3GGMA 1PSCA 2AQVA 2Z27A 1V4YA 2WJEA 3RYSA 1FWIC 3PBMA 1BF6A 2PGRA 4GY1A 4IGNA 2EG6A 4J35A 4H9MA 2VC5A 4C6DA 3ISIX 2KAUC 1EJXC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JBRA 3OODA 2PP1A 3C6CA 4R34A 5T9CE 3K4DA 3VIIA 5IOBA 2H3BA 1BYAA 4O10A 2JKAA 4ML4A 2JEQA 3T42A 2Y88A 1I45A 1GVQA 1EDQA 3OIXA 5GVJA 3VKAA 4CQ9A 4JHMA 1KO0A 1Q8JA 3NZGA 3G0XA 1JYWA 1UC4A 1YMYA 2XN0A 3A5VA 1D8CA 4G6CA 1Q6FA 2LLEA 4DL5A 2G3JA 1TPWA 3TYBA 5DMYA 2CLIA 3N25A 2VX6A 4UXDA 3CAVA 2DZWA 2XH7A 3TC7A 4GXWA 1MDLA 1TPUA 2F7FA 1LBMA 1TTQA 2ZUWA 2DEPA 4YWIA 5ECUA 2JEPA 5LIUX 4E3TA 5M17A 4XUGA 3VIPA 3EWUA 3OP2A 4HA1A 3MFIA 1OT2A 3R25A 5E93A 3PS7A 3O6CA 3PHAA 1YKWA 1GVRA 3UZXA 1QNQA 2WZIA 3WBWA 5CLWA 1SW0A 3MQTA 3C61A 1GYLA 4Q8MA 2PVZA 2QCFA 3GNPA 1AJZA 4UMAA 3SGGA 3PWGA 2PWFA 1NARA 3HMJG 4YLWA 1RYSA 4EVZA 4ZQMA 4AAJA 3QY6A 1OEPA 5D4YA 1HT6A 4ORMA 4CKQA 4O0KA 5H8MA 2BVTA 4N6EA 3E0IA 4YYCA 1XSKA 4H6RA 2CLOA 1UP3A 1BAGA 1VBUA 4PB5A 4ZB2A 1NSJA 3OEXA 2OELA 2W7PA 2O56A 3NCOA 1JZ5A 3VA8A 2G3FA 3BCFA 3EDNA 5I78A 2CHNA 1DJNA 1ZJBA 3VKKA 2BY1A 3QHOA 5KZ6A 2BWGA 1US0A 3WL0A 2NT1A 3K8LA 2HE8A 4UNLA 3ARUA 4JL1A 3ARPA 1P48A 2WXDM 3EMCA 1UUMA 2ADAA 3WENA 2XZ9A 1XBYA 3O6DA 5D02A 4GNKB 1UKSA 2D3NA 1XI3A 5D32A 1Q63A 1QO2A 5I3GA 1AMYA 3ES8A 1PDYA 1VCVA 3RX3A 3PTMA 3OVGA 3VC5A 2HXTA 2Z26A 1B3ZA 4HCDA 4ECWA 4M3PA 2I1OA 1GEHA 3LHWA 1Q3NA 1KLYA 1VFMA 3NXLA 2WC3A 3HM7A 4GI6A 1SZRA 2QCMA 3IUIA 1M3UA 1PX3A 5A95A 5KFYA 3PSVA 2R91A 5DBTA 1W1ZA 1X1ZA 1S5TA 3KBSA 4Q8PA 2VFFA 1U83A 1DJWA 4XSLA 1K4HA 3T08A 1C7SA 1HO4A 4XD3A 1NFBA 1ME7A 1F76A 3CS2A 3LDVA 1E4NA 4IFKB 1WDDA 3T0TA 2GDVA 3M6DA 3NL2A 3TC6A 3HF3A 5KFEA 3KCLA 3F1QA 1G5AA 2PDIA 4G3IA 1BTCA 1EQPA 4A3HA 3TMQA 2V68A 4W8AA 1R9XA 1UOZA 4XAYA 5AVHA 1IEQA 3JW7A 1VP5A 1KXTA 3WL1A 1KRBC 2A3LA 3EB3A 1H0IA 4K3ZA 3G0SA 3UR2A 2BODX 4O13A 3ARRA 2W62A 1ZB5A 2CZDA 2F2KA 5H91A 1JEZA 3NZRA 4IWWA 4W7WA 2PDWA 5KT4A 3WEZA 2C79A 3GKAA 4NP7A 3P74A 4Z08A 3A47A 1E4IA 4JFUA 3R13A 1XBVA 2DDXA 3R12A 1X97A 1B3XA 2FB3A 5C9RA 2WK2A 5KFKA 1YPIA 3FSUA 3BAJA 1UJQA 5DQIA 2V2CA 3CL8A 3DHUA 2YXOA 4MY8A 1XYBA 5J04A 4MB1A 1HJSA 1W9UA 3UEQA 4DEFA 3W7EA 4MB3A 3HFTA 4LNYA 4Q3MA 4WKFA 1TSIA 1TMQA 1QOQA 3QV8A 2Z28A 3M7SA 3A12A 4XTDA 4AIBA 1EX1A 4KF1A 3TFXA 3NQ8A 5I24A 1IWAA 3V35A 2Y8KA 3WJSA 4YN5A 2LT2A 1IZKA 1IIGA 1T7LA 3MCMA 4JKKA 1T41A 1ZPTA 5C55A 3G7KA 1UYQA 4YQWA 1IGWA 1OADA 1NELA 4D1IA 4LF2A 1U1JA 4B5SA 1J0ZA 1RP8A 1B57A 2ZX5A 4Q4MA 1OYBA 5FJOA 5AC4A 3SDOA 2YFOA 4LPCA 1EFZA 3O7UA 3H7RA 2R6OA 1NQKA 1XKJA 4NY2A 2VZVA 2YFNA 2ON3A 3VDCA 3ZJ8A 4FXJA 4KERA 1E6SM 2Q02A 5CGTA 2NQJA 3KCJA 3S2MA 3UWYA 4L4LA 8RUCA 3HQPA 2X16A 3AYTA 2OR2A 4P8WA 1KRAC 4ERGA 1N7KA 5HNNA 3BSGA 4GY7A 4W87A 2GSHA 3NGJA 1J2BA 2WLZA 3SN1A 4S3BA 2OOGA 4JKMA 3SQSA 1L6FA 1UQZA 2ZUTA 4GVFA 4ED7A 3PPHA 1DWIM 4RU9A 3EX2A 3C8FA 4WCJA 2NSOA 3WQOA 4PY9A 3DFNA 5K9CA 4DEZA 1XS2A 4NVTA 1HKJA 4A3YA 2ACRA 3WLOA 3MUAA 1QK2A 2RKXA 1V4YA 1AUSL 4AW7A 1MYRA 1JAKA 1S3HA 2QJGA 1BF6A 1BHGA 1BF2A 1B54A 5A69A 4OBTA 2JEIA 2ISSA 4V15A 2ZVRA 3QC0A 4G1NA 2Z1WA 1TPFA 1AQ0A 2ZZ4A 1HFBA 1R3TA 3PPCA 2OYLA 1QPOA 1XG3A 2E1DA 4QWBA 2XVNA 5XINA 2PWUA 3IV3A 2REQB 1QWKA 2CU0A 3G1FA 4QS6A 4UNKA 4IH3A 3WD0A 3VZYA 1EO5A 3M43A 2ASLA 1RPXA 3T8LA 3ABOA 4TQSA 2YYTA 1RZMA 2QCDA 1RR2A 3GHUA 3UG5A 3F5JA 4C7GA 3RMJA 3GYCA 1XIDA 3KBNA 1NFPA 4AHPA 1E5JA 5CAHA 4AZIA 4H2CA 3QFEA 1GNXA 4LF1A 1EF2A 4C60A 3E2QA 4DL2A 3G1RA 1TWSA 2FLLA 2Z0IA 3ZFHA 2RDXA 3VMOA 2XSXA 1XUBA 2V5DA 2CERA 2KPTA 2SFPA 5DQHA 4DBSA 4AC7C 2I7GA 1K4GA 1DBTA 2DT2A 2DJXA 3OO2A 3GHSA 4U10A 4QTGA 3FKKA 1DWAM 5HUOA 3EB4A 3PR5B 1QPNA 4O1AA 1Z8AA 3RM9A 2EKGA 4OA3A 3UZYA 1V51A 3UPMA 3ANYA 4LUTB 2PDBA 2GLKA 3W70A 1YX1A 1OGSA 3VNIA 3KRZA 1S97A 4C6IA 2QV4A 4PSRA 1RAKA 3GW3A 4H8UA 4DL6A 1W61A 2D2OA 4KCUA 4D1JA 1XLGA 1AL8A 3D6NA 1DWFM 3SBFA 1W5NA 4DBDA 5CC7A 3BMVA 2IMRA 4ZQOA 5KZEA 3GY1A 3B3DA 3UZ5A 3G1XA 1OFOA 1OFAA 3ANVA 3AMLA 3NTYA 3O0KA 4B3KA 4Q43A 1AW5A 4IG2A 5KT6A 1OD0A 5D8WA 1BKSA 3OW1A 1XGDA 3W2UA 1OF6A 3N2XA 4UBPC 4ZMGA 3U0HA 1YXYA 3OGSA 3PZNA 1AH0A 2CLFA 4AWUA 3GIJA 1PKYA 3T07A 3F5LA 1VBGA 5HWJA 1E9IA 4O53A 2IPFA 2V5JA 4ASTA 1GOOA 2A3AA 4TQRA 3N9KA 3D5HA 3SSJA 4B9ZA 3NO3A 4DBUA 1JZ7A 1FCUA 4PUWA 4UR9A 4KMQA 3MV01 5BMXA 3FV9A 1GCYA 2QV5A 3N9RA 1LBLA 5FF0A 3WELA 3OOQA 4WXYA 4DYKA 3B8IA 3TMLA 4BKNA 5JIWA 3LCWA 4AQLA 2E77A 1KM2A 3H2OA 1YDOA 5HATA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 7TAA A;  4LB0 A;  2BVW A;  2OMA A;  1MXD A;  4ECR A;  1GKR A;  1B4E A;  2OZ3 A;  5FEP A;  5KFJ A;  4XZB A;  5DX7 A;  3NYD A;  3GW0 A;  1L9W A;  3I6R A;  1EJR C;  2C1H A;  3UW6 A;  2ACS A;  3M0L A;  4JTG A;  1QI4 A;  1EJT C;  1RBL A;  3LG3 A;  4M7S A;  1B9B A;  3E1F 1;  2AGO A;  1XLE A;  4QE5 A;  1K70 A;  3A5F A;  2WB5 A;  3LER A;  1Q6Q A;  2BOG X;  3ZXW A;  3WNO A;  3RF9 A;  4S1F A;  5I2U A;  4WF7 A;  4DHG A;  1FBA A;  1M7O A;  2PP3 A;  1J0I A;  1IT0 A;  1KR1 A;  4MAV A;  1VKF A;  3HG3 A;  1G1Y A;  1NOU A;  3JRK A;  3S46 A;  2DSV A;  3W7N A;  3F03 K;  3SQM A;  4YTR A;  1JXJ A;  1Z42 A;  4ZL1 A;  1UWU A;  1PHQ A;  1WBJ A;  3AQU A;  1DHP A;  2OH2 A;  1AVA A;  4F2B A;  3IRD A;  3VZX A;  4R27 A;  3M9N B;  2OVL A;  1WOB A;  4QIT A;  1XLI A;  3WBE A;  4PEE A;  4LS1 A;  2V5K A;  1ZAH A;  3QEZ A;  2AQ4 A;  2NLI A;  3L2M A;  3N34 A;  4EYH B;  2R1K A;  3QOM A;  4GNJ A;  2BOF X;  2WKL A;  4Q4K A;  2VR2 A;  3PR2 A;  3H6O A;  2J6S A;  3GR8 A;  4F0M A;  4LYQ A;  3EEZ A;  3RX2 A;  3FEQ A;  3EA3 A;  1JNE A;  5KG0 A;  4ECY A;  4D6E A;  3C2F A;  3VTR A;  4QW9 A;  4C1K A;  1UPM B;  3BOX A;  4YYF A;  4Y2W A;  3SRD A;  2P8C A;  4IT1 A;  2FB2 A;  4Z0S A;  3VIJ A;  1WOA A;  3NQ2 A;  1W8G A;  4K7G B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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