3IGHX

Crystal structure of an uncharacterized metal-dependent hydrolase from pyrococcus horikoshii ot3
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
SLKALINGTIYTSFNPLKKVSGLVISHGKVIYAGDSEVAKKIVELSGGEIVDLKGKYVMPAFFDSHLHLDELGMSLEMVDLRGAKSIEELIQRLKRGKGRIIFGFGWDQDELGEWPTRKELNAIDKPVFIYRKCFHVAVANDKMLELLNLTPSKDFDEDTGIIKEKSLEEARKVINERVLTVEDYVYYIKRAQEHLLDLGVKSVSFMSVNEKALRALFYLEREGKLSINVFAYVTPEVLDKLESIGLGRFQGNRLTIAGVKLFTDGSLGARTALLSKPYSDDPSTSGQLVMEREELIRITEKARSLGLDVAIHAIGDKALDVALDVFETTGFPGRIEHASLVRDDQLERVKNLKVRLSVQPHFIISDWWIVERVGEERVKWVYRFKDLMKVAELGFSTDSPIEPADPWLTVDAAVNRGKGKVKLYELTKDQALDIKDALHSYTYGSARVSLASDIGKLEPGFKAEYIILDRDPLVVKEGHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of an Uncharacterized Metal-Dependent Hydrolase from Pyrococcus Horikoshii
rcsb
molecule keywords UNCHARACTERIZED METAL-DEPENDENT HYDROLASE
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 190
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3ighX01
3.10.310.70 Alpha Beta Roll Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 3ighX03
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3ighX02
2Z00A 4DLFA 3FDGA 2FFIA 3C86A 1NDYA 4GXWA 4RE0A 4C6PA 4Z42C 2GZXA 4B90A 3NEHA 4C6KA 3GU9A 4OFCA 3SO7A 4BY3A 2Z28A 2QS8A 1VFLA 4EPDC 2VR2A 3T1GA 4C6DA 3LS9A 3S4TA 4J2MA 1FWBC 1YMYA 4RDVA 1PO9A 3F4CA 2HNHA 2VHLA 4M51A 4R7WA 1A4MA 3G77A 2Z24A 4C65A 3QY8A 4HK5A 5FSDC 4DZHA 4YIWA 1ONXA 2Q09A 1YBQB 4XD5A 1V4YA 2Q01A 3ID7A 4XD6A 1V77A 1EJUC 1J6OA 2G3FA 3ICJA 2O4MA 3IPWA 1E9YB 2WJFA 4L9XA 3JZEA 4GY7A 3E38A 4IGMA 4LAKA 1V79A 4IGNA 1K6WA 3F2CA 2GOKA 3URAA 3T8LA 2VC5A 4G7EA 3MTWA 2KAUC 3HTWA 1EJVC 1KCXA 1POJA 2W9MA 4RDYA 3URBA 1V51A 3PANA 3IARA 3E3HA 4GX9A 4IFOA 4C6MA 4AQLA 1ITQA 4F0SA 4QS5A 4LALA 1KRCC 4PBEA 3RYSA 1KRBC 1RK5A 1R9XA 3LSBA 4IFKA 4QSFA 2Z26A 3TN3A 4CEUC 2E1WA 1J79A 2ICSA 2R1PA 2XIOA 4DYKA 4ERIA 4L6DA 4ERGA 3A3XA 3V7PA 2HPMA 3K2GA 4DI9A 1FWJC 4KIRA 3B0XA 4INFA 2WM1A 1A4LA 4CNTA 4EP8C 1S3TC 3K4WA 2Z27A 1KRMA 1XRFA 3GTFA 1YRRA 4CQBA 1FKXA 4CEXC 4EPBC 4V1XA 2PUZA 3SFWA 1O12A 4D8LA 4GBDA 3ITCA 3MVTA 3IJ6A 4C6NA 4LH8A 2I9UA 4QROA 2DVTA 4C6EA 4DLMA 2AQOA 3NURA 2OGJA 4LCQA 2QPXA 4H01A 1QW7A 4AC7C 3CJPA 1EYWA 4I6VA 3F2DA 4B3ZA 2Y1HA 2Z2AA 1UIOA 2D2GA 4XD4A 1XWYA 3AUOA 2EG6A 1RA5A 4DI8A 1P1MA 2UBPC 1M68A 1ADDA 4C6FA 1J6PA 3LA4A 3RN6A 4GYFA 3IRSA 2YZ5A 1FWDC 3MDUA 1E9ZB 3CS2A 4G7EB 4IFRA 2AMXA 1I0BA 3T81A 3AU6A 2WJDA 1GKQA 2P50A 4KF1A 1GKPA 4KERA 2Z29A 3LGGA 4KQNA 1YNYA 3ISIX 1R9ZA 1A5MC 3LU2A 3PBMA 3EWCA 1A5LC 4IFKB 1UIPA 2IMRA 4LAOA 4C6OA 5FSEC 2D2JA 3OOQA 2GWGA 4EPEC 3PNUA 4JOMA 3E0FA 3QY7A 2BB0A 1IE7C 2HBVA 1K1DA 1UBPC 2R1NA 2ANUA 3TN5A 5A6TC 4DNMA 2F6KA 2R1KA 5CH9A 1NFGA 4C6QA 5LXXA 3RHGA 4QTGA 4R85A 3ORWA 2DVXA 3OODA 3OVGA 4IG2B 4C6IA 3CAKA 2PLMA 4DIAA 3LGDA 3UBPC 3GTHA 3TN4A 1NDZA 2OOFA 2AQVA 4XAFA 3MKVA 1RJQA 3IACA 4C60A 2WJEA 3IGHX 3WYZA 1UMLA 1RK6A 3B40A 4F0RA 1FWHC 4P5UA 1M65A 1RJPA 3F2BA 4C5ZA 3S2LA 2HPIA 4C6LA 4GOAA 3FEQA 3RCMA 3WMLA 1EZ2A 4IF2A 4J35A 4XD3A 4C5YA 3UR5A 1YBQA 4H9XA 1K70A 4R88A 4GY0A 4XAYA 2P9BA 1ONWA 3GG7A 4LANA 4G2DA 4LCSA 2VC7A 1A5NC 3LSCA 1FWEC 4GK8A 3GTIA 2OB3A 3DC8A 1O5RA 4IQJA 3PAOA 3HPAA 1XGEA 3UF9A 3LY0A 4H9ZA 1QXLA 4NG3A 2FVKA 4GZ7A 1FWAC 4IH3A 4HK6A 3MPGA 4J5NA 1YIXA 3MJMA 3NQBA 4CNUA 2QT3A 2HQAA 1FWCC 1A5OC 1EJSC 4LCRA 1PB0A 2BGNE 3GIPA 2A3LA 3R0DA 1FWIC 4E3TA 3MSRA 3URQA 4KESA 4BKNA 1EJXC 4V1YA 2UZ9A 5HMEA 4H00A 1EF2A 4HA0A 3GUWA 4KEZA 1J5SA 1ITUA 3DUGA 3S2JA 2OODA 4H9YA 1EJWC 2PGFA 2FVMA 2R1MA 2Z7GA 3GIQA 1NDVA 3OJGA 4H9VA 3A3WA 2VUNA 5HMDA 2PAJA 4C6CA 4CQDA 1P6CA 4C6JA 3F4DA 2EG8A 3OU8A 1PSCA 3TNBA 1NDWA 3GU1A 1JGMA 4CQCA 3GGMA 1A5KC 2D2HA 3E2VA 4B92A 1EJTC 4PE8A 4ICMA 4XAZA 1PTAA 3QGAC 2E25A 1KRAC 4QS6A 4WHBA 3GRIA 4PBFA 4KETA 3KM8A 2YXOA 4GC3A 3TN6A 1RAKA 4ERAA 1W1IE 2YB4A 1M7JA 4WVXA 3O0FA 3EGJA 4RZBA 3AU2A 4ZSUA 1I0DA 1FWFC 1RJRA 4RDWA 4NI8A 5G4HC 4KEVA 1V7AA 2Z4GA 3OQEA 1WXYA 2OQLA 1BF6A 4CNSA 4RDZA 4HK7A 2GSEA 3O7UA 4PCPA 3S2MA 2FTWA 4DZIA 4MUPA 4I6KA 1R9YA 1FWGC 4GY1A 2O4QA 1GKRA 4WGXA 4EPKA 4F0LA 2GWNA 3B0YA 4H9MA 2I5GA 3E0LA 3MVIA 1FKWA 4C6BA 3N2CA 3A4JA 3MDWA 3IV8A 4KEUA 4XAGA 3PNZA 2HBXA 4ZSTA 3FDKA 1ZZMA 2CZVA 1POKA 2QVNA 3UPMA 1XRTA 2PGRA 4UBPC 4NP7A 4BJHA 4TQTA 2FTYA 3URNA 4HJWA 3UR2A 1P6BA 3EWDA 3GTXA 3LNPA 4PCNA 2ZC1A 4IG2A 2Z25A 3E74A 2RAGA 4H9UA 3QY6A 2DVUA 2Z2BA 1HZYA 4B91A 4UB9A 4DO7A 2P53A 1DPMA 3QGKC 3HM7A 3BE7A 2VM8A 1WXZA 5AKQA 3WZ0E 2EG7A 3S2NA 3K5XA 3GU2A 2ADAA 5E5CA 2R1LA 4H9TA 1RA0A 4QRNA 4LEFA 3D6NA 5HMFA 1EJRC 2YB1A 4LFYA 4GX8A 3DCPA 4LAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TA9A 2WMKA 2P3EA 3AWOA 1KBJA 3FDGA 4FIQA 3E6EA 4RE0A 5EL1A 2GL5A 2PWHA 3OA3A 1ZAHA 1US2A 3W1LA 3AIVA 4AHOA 6PTDA 4FPSA 2UV8G 2GGEA 1AK5A 3I6EA 2IUZA 3FXYA 3XISA 2YL5A 3WFLA 1UR4A 3RLHA 5BROA 5E0CA 1PO9A 2GKEA 5FJOA 5JMUA 3THUA 1BYCA 4G7FA 4A2SA 5AHLA 5I77A 3M0XA 3VCNA 4XD5A 5KT2A 5G4WA 4L1GA 4S1FA 1RCXB 3NDOA 1VFSA 4WOQA 2O4MA 4BQ2A 5D2TA 1V03A 3VUPA 4GGBA 4IPLA 4IGNA 3WLIA 7REQA 1OGSA 1VCFA 1CWYA 4O3PA 3GNXA 4IZGA 3V75A 1QI5A 5KFQA 4LU0A 3AIQA 1AJ0A 5KFRA 2J62A 3H40A 3WBAA 4FXFA 2HXTA 3GY1A 3UYIA 3GFXA 2E5DA 4D6HA 3OZPA 3ZR4A 1IR6A 2PW0A 4XB3A 1BD0A 3UT0A 2REQA 3LMZA 5HWMA 2PWEA 1O1HA 3PPFA 1DWJM 3T6CA 1SR0A 5BCAA 5KZMA 1GOXA 5LNWA 3W38A 5IFPA 3FGCA 4S3KA 4J7RA 3NO5A 1OIFA 1XG3A 4GI8A 5EYWA 4B5XA 3OHBA 3WENA 4TMCA 4DBUA 5B80A 1ISZA 3VGGA 4AF0B 5RUBA 5A6BD 4B5SA 4RV3A 2I9UA 1REQA 5D8WA 3W7JA 4JTFA 2AGTA 1VHNA 1G4SA 2PD5A 5CBIA 2WNQA 4I6VA 4B3ZA 2Z2AA 1JDEA 1VD6A 2GKJA 3II1A 3CAVA 1P1MA 3PPCA 1XKJA 1D8WA 2HVNA 4UNIA 3RN6A 1VYSX 2DSVA 5A8GA 1A80A 1VENA 2WC4A 1GKQA 3VIJA 4TX6A 3W27A 4YVXA 2GVJA 1JR1A 1K1SA 2VFFA 2V0TA 3UR7A 1A5MC 3LU2A 3UA4A 2QB6A 3JUGA 3TQVA 3DXIA 4P61A 3QC3A 3OOQA 5K9CA 2W91A 4KRZA 3CBWA 4FEZA 2AMGA 4Q4QA 4C1LA 4KEMA 1R30A 5JUVA 5LZLA 1G4EA 1VQTA 3WQPA 4F0HA 2ZA1A 2ANUA 2R1KA 3O05A 3WH7A 4EVZA 4C6QA 5CGMA 4QTGA 3R12A 3DYPA 2ZOXA 4QLKA 3IGUA 4WKHA 3AIUA 2FQIA 4DIAA 5C71A 1A3WA 4UQ9A 3KHLA 1GZJA 3VIFA 4QE5A 3TTEA 4X2RA 3BG3A 5AFDA 1B4KA 2WJEA 1N8IA 3CC1A 2WM0A 2J77A 2BDQA 3A47A 4D8ZA 3CL7A 1E0UA 5CPMA 3BAIA 3EX6A 4FR6A 1JDFA 2C1IA 3WQWA 3WMLA 4DNHA 3DGBA 4X3ZA 1OK4A 2INZA 3FAWA 4XO6A 4AD5A 1XYBA 1DWHM 3CV2A 2OB3A 1IF2A 5TF0A 2QPUA 3LK6A 4BQ5A 2W66A 4M24A 5AC6A 1V0NA 1ZU8A 3ECQA 1J4EA 1LT8A 5C2CA 3R0DA 1YYAA 2QZRA 3SJNA 2Y7EA 4AVFA 3FVEA 7REQB 1W9VA 2DT0A 4I7WA 1GCYA 3DG7A 4HMEA 4YWSA 5JBDA 1KR0A 4KEZA 1XG4A 4Q8VA 2I1OA 2PGFA 1BSIA 5FF0A 4NXKA 4RNOA 4MFEA 3QZEA 4HTBA 1VCGA 2XG9A 2REQB 3OU8A 4L4LA 3REQA 4BWLC 2VELA 1VF8A 3PZPA 4XQ6A 4JDYA 4CQCA 3VX1A 1W3HA 2VOTA 1DJQA 2CC0A 5KFKA 4LS9A 3SQMA 3L4VA 5FI8A 2VUYA 1MUMA 1GYNA 2OEKA 1PYFA 1A5AA 1PTAA 3LCLA 1T7LA 4L1WA 3CWHA 4O3NA 4KETA 5BMWA 5BXRA 1XYMA 2V3FA 1NU5A 5CQ1A 3TE9A 1EBGA 3H6OA 2VEFA 3Q37A 4AY1A 3FLUA 1REQB 2Y63A 4K39A 3DG6A 2E6AA 1QI0A 2V4QA 4UR9A 4LNCA 4Y9PA 1UA7A 4IRKA 4H8NA 4S3JA 1JCYA 2DQWA 4KRTA 4RDZA 1V6VA 3QQ0A 4RJEA 3KRUA 1XX1A 4QEHA 1FWGC 1UBSA 4S3DA 1XKYA 5EB8A 4GACA 3W72A 2HAWA 1GVSA 3CYVA 3EA2A 1PDZA 1U5HA 1LDCA 4UQBA 3ZOAA 3PHAA 2YYTA 3GTNA 1AFSA 1JXLA 4KEUA 3TEVA 1IHIA 3PZ9A 2V3EA 1ZENA 3ZYZA 1J5TA 4UR8A 4S2CA 1QCWA 1X39A 3UZWA 1QOPA 1UJPA 2QCGA 5M17A 1VFFA 3Q2DA 3GM8A 4BJHA 1N8WA 3BDKA 4FX8A 3DBPA 1MEHA 5FEXA 3EPOA 4FSAA 1YTEA 4E2OA 3SSJA 2XGBA 4XIAA 4YR2A 3ZLFA 5L9FA 3TYDA 1TPVA 6ENLA 4PMNA 4U31A 2XZ9A 3RRXA 5I02A 2WO5A 3BLLA 3CB3A 1YADA 3QPEA 1F05A 3AIEA 1JFXA 3TDFA 3TK7A 3EDFA 1Y0EA 5IBXC 3LTYA 1IM4A 2CKSA 4JTLA 4FF5A 3H4BA 5AOUA 1G7UA 2VOMA 3C86A 4GXWA 4F2TA 1G5AA 2JK2A 4PSPA 3U5YA 3PULA 2HV5A 3AALA 3KBSA 1VBUA 2BHZA 3HO8A 5HANA 1L6SA 2OT1A 4RDVA 4TR9A 2PS2A 4MY1A 1AQHA 5DLFA 3TA6A 4GLEA 2DEPA 3S3GA 5FIPA 3W74A 4DN1A 5T8GA 2QJIA 4HYKA 1E6XM 2OOGA 3EKZA 3T2QA 3ICJA 1TV3A 1HKIA 3IPWA 4LS0A 1OD8A 1NQ6A 4CN6A 1PKMA 5DT7A 4I7UA 3E1F1 4GCXA 4OQVA 4J9XA 4X63A 4GC6A 1MW1A 1EJVC 4PL1A 2V9WA 1RPXA 1WOBA 1XYLA 5C9WA 3VC6A 1V51A 2VYOA 4U6PA 1HGYA 1OD0A 2X1SA 3W2NA 4GVIA 1XDJA 1WUFA 3AICA 2JE8A 2QJJA 4LALA 5LNUA 1TUXA 3RO8A 3TNOA 4IFKA 3P61A 1MUCA 4W85A 1J79A 1T0OA 3S9IA 4ERGA 4W5ZA 3B3DA 2QV5A 3GHSA 1MSSA 3GZ3A 3KBNA 3ZT6A 2A3HA 1A4LA 3FJ4A 3DENA 1CECA 5C9XA 1JZ4A 1W9PA 3LBCA 2Y70A 4QW8A 4CQBA 3TW9A 2V2DA 2DORA 3REQB 3OG3A 3TYAA 4RKAA 1XRSA 1XYFA 3M1ZA 5T26A 1O5XA 3T42A 3SUTA 5CC7A 2ASHA 2XIMA 3NIYA 1KM5A 3MUY1 1S0MA 3CL8A 4AC7C 2C2RA 4EXBA 1EYWA 1IIHA 4IR9A 3T08A 1QNSA 1KWGA 4C7DA 4XD4A 2EG6A 3AIBA 3QPZA 2INEA 4R27A 3QMRA 4AD3A 2ATMA 2Y61A 2G3NA 3GO2A 2DPJA 3VPLA 6TIMA 2QCLA 4JFTA 1VC4A 3H70A 4QDMA 4DYEA 3U5UA 1RV8A 2WSYA 4KF1A 4KERA 3LGGA 1TCMA 1YNQA 3PBWA 5LIWX 2ZZ6A 1Y8BA 1GOIA 2ZKMX 4ILSA 3VM7A 2FHCA 4ATWA 3W71A 4LAOA 4C6OA 1YE6A 1HGWA 1IZCA 4M1RA 2Y8VA 4LT9A 1Q5MA 4P7OA 4GD0A 3OSNA 2Z6JA 3WBEA 3NVTA 3O07A 2JEFA 3AMGA 5KFOA 2BHUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NAL 1;  3M0K A;  3QV6 A;  2D0G A;  5IBX A;  2QUL A;  3UU0 A;  1VRX A;  1P6C A;  4U4M A;  1B31 A;  3F4D A;  4A3H A;  1EH9 A;  3HPS A;  4Q3M A;  4ADS A;  4DUN A;  1XUA A;  1U30 A;  4KMQ A;  1I45 A;  1CLX A;  2D2H A;  5L1L A;  3RND A;  3ONC A;  3EXS A;  3S46 A;  3ARQ A;  4QS6 A;  1XLE A;  1V93 A;  2J9Y A;  2NQZ A;  4GNV A;  3BIC A;  3NJ3 A;  3TN6 A;  3WUB A;  3T44 A;  1E15 A;  5F4W A;  1TZ7 A;  3TTS A;  1CB7 B;  2IKI A;  4ZFC A;  1TPH 1;  2QJG A;  1O95 A;  2ZX7 A;  2XU2 A;  4O18 A;  3VO0 A;  1RZM A;  3R8R A;  4E38 A;  2NUY A;  2GVY A;  3YPI A;  2PGE A;  3EDK A;  4IL0 A;  4UC5 A;  3PR5 B;  3W88 A;  3WD1 A;  1GON A;  2Y7F A;  4KS0 A;  1LZO A;  1SPQ A;  4HCH A;  3VGF A;  4B5N A;  3SR7 A;  2XIQ A;  4PMD A;  4IUG A;  3TJI A;  4IR1 A;  1RCO B;  1PL9 A;  3G24 A;  3ARS A;  3WK0 A;  5DMN A;  2G3I A;  2DZU A;  1U2Y A;  1WA3 A;  1POK A;  2DH2 A;  2YGY A;  3AI0 A;  4ECL A;  2V5J A;  1MZR A;  1BKH A;  4LYK A;  3BLP X;  3T7V A;  2WQP A;  1BGG A;  4HYR A;  4GNK B;  3P93 A;  3LNP A;  3WEM A;  1MQQ A;  3QHN A;  2Z25 A;  4Q4S A;  3STC A;  3WL1 A;  1W1T A;  2Q9J A;  2YLA A;  1HZY A;  2BOD X;  1KCZ A;  3S2N A;  3T05 A;  1EEX A;  2OQY A;  1HUV A;  1XBY A;  2O56 A;  2BNJ A;  5TNV A;  1PV8 A;  3J7H A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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