3NL3 | Genus

Total Genus 164

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	539
structure length	513
Chain Sequence	KFSKEQFDYSLYLVTDSGMIPEGKTLYGQVEAGLQNGVTLVQIREDADTKFFIEEALQIKELCHAHNVPLIINDRIDVAMAIGADGIHVGQDDMPIPMIRKLVGPDMVIGWSVGFPEEVDELSKMGPDMVDYIGVGTLFPTLTKKNKKAPMGTAGAIRVLDALERNNAHWCRTVGIGGLHPDNIERVLYQCVSSNGKRSLDGICVVSDIIASLDAAKSTKILRGLIDKTDYKFVNIGLSTKNSLTTTDEIQSIISNTLKARPLVQHITNKVHQNFGANVTLALGSSPIMSEIQSEVNDLAAIPHATLLLNTGSVAPPEMLKAAIRAYNDVKRPIVFDPVGYSATETRLLLNNKLLTFGQFSCIKGNSSEILGLAELSNELLIQATKIVAFKYKTVAVCTGEFDFIADGTIEGKYSLSKGTNGTSVEDIPCVAVEAGPGCSLGSTIACMIGGQPSEGNLFHAVVAGVMLYKAAGKIASEKCNGSGSFQVELIDALYRLTRENTPVTWAPKLTHT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__121305817247374__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__121305817247374__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3NL3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__121305817247374__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"121305817247374","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3NL3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__121305817247374__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffb183a42de1b05d61f598/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffb183a42de1b05d61f598/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffb183a42de1b05d61f598/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffb183a42de1b05d61f598/pdb.gz): 462 ms

reading 513 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

513 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:512});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Candida glabrata
publication title	Domain Organization in Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme Required for Thiamin Biosynthesis in Eukaryotes . pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
total genus	164
structure length	513
sequence length	539
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 2.5.1.3: Thiamine phosphate synthase.
pdb deposition date	2010-06-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02110	HK	Hydroxyethylthiazole kinase family
A	PF02581	TMP-TENI	Thiamine monophosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nl3A01
3.40.1190.20	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase	3nl3A02

3G8RA 3P80A 1FCBA 3HMJG 3NQAA 3O63A 4MZ1A 2P10A 1SO4A 3LBMA 3MBFA 3S5OA 3N19B 3NPXA 5I3FA 1A5CA 3M5XA 1K02A 3OVPA 5BYEA 1F5ZA 1QPOA 3BW4A 2QJHA 2Q8LA 4ZL1A 3MYOA 5D03A 3RQ2A 2H8XA 1OABA 1EX5A 4RJEA 4LRTA 4WY0F 2QCGA 1PHWA 3LRMA 3W7HA 4C1LA 1LOLA 4O13A 1JULA 4K8TA 3L67A 3IVTA 3W85A 5H2ZA 3S5YA 3OA3A 1N7KA 3FLUA 3CEPA 3RRFA 2QDGA 4WOZA 1LBLA 1FWNA 3FS2A 5F0ZA 1V7YA 4LBXA 1HO4A 1EIXA 5LSMA 1OK6A 3SSJA 3EWMA 3BO9A 2CLHA 2W79A 4Z08A 1VC4A 2DZXA 3HF3A 3HQ1A 2DZTA 3QRHA 3BG5A 3N2MA 2EHHA 5DELA 1ZHAA 3CC1A 4L4MA 1ZFJA 5DBUA 3NXFA 5K9DA 1ZNNA 1OFDA 4YL2A 2FIQA 5LKYA 3RS8A 2YSWA 1OX5A 2X1RA 4Z1BA 4YMZA 2BLEA 1B4EA 4FNUA 2FB3A 3W2MA 1K8ZA 4HNNA 2H90A 3GO7A 3ABRA 1OYCA 2E68A 4ZQPA 3W7KA 3ZWSA 4FO4A 3TXVA 1U5JA 3RM5A 1TRDA 1DORA 3C8FA 5AFDA 3QSTA 1CW2A 3B03A 3STEA 3SZ8A 2A7PA 3TJXA 1GVOA 3N73A 1LIIA 3GDRA 1K7XA 4UMBA 5IM51 2VFEA 4ZQOA 5TQIA 4DELA 1ESJA 4EUMA 4QNEA 2GOUA 2YYUA 5HWJA 3OIXA 1LLZA 2QR6A 4XBKA 1JUEA 1PE1A 1T0OA 4HT3A 4LV4A 3W7JA 2PRHA 1A53A 2A4AA 3K30A 4CQAA 1OYBA 2WQPA 4LUIA 3BW2A 2V8ZA 4QNWA 4UTWA 1ICQA 5D2YA 3H55A 3W4SA 5HINA 4GJ1A 4QIUA 3CB8A 2X1TA 3NG3A 2C16A 1OFPA 1QAPA 2DORA 1LP6A 1KFEA 2UV8G 4PA8A 3WFAA 3TW7A 2Q3RA 5D05A 3EWZA 3I65A 2FPVA 3CLMA 4KADA 1TV8A 2CWNA 2RBCA 4XKYB 3RO4A 2O7SA 4GFSA 1SZEA 2FLIA 2XFWA 1IIGA 3Q58A 4HSOA 3MYPA 2DZPA 1SZNA 2WO5A 4O14A 4JICA 1TZ3A 3GIYA 3UD6A 1FCQA 3FJ6A 2Y6ZA 2DZWA 4JD4A 4XTIA 2C49A 3JULA 2ISVA 4JS3A 2QCDA 3TROA 1GQNA 1ZAIA 4CNPA 2NUYA 3W7DA 3ABQA 3VAQA 1WOAA 5F2IA 3NDOA 1F6KA 1QWGA 4ZZ9A 3QJAA 3W9ZA 2ZZ5A 3UQDA 3W72A 2QCEA 3TUUA 3I68A 4O1AA 2LLEA 3NL6A 5FF3A 3EX3A 1JCMP 1EEPA 3W88A 2YW4A 3DFNA 3OVRA 3UXDA 5BMWA 1VI9A 3QSRA 2BSLA 3Q2DA 3EWWA 4BK9A 1LIKA 3N1CA 3GAKA 3IEBA 1QMLA 3HGOA 3F03K 3W83A 3RQ8A 2R8WA 3LHUA 4RXGA 4EIVA 4MZYA 3BGKA 1MXSA 5EMUA 1LDCA 3MWAA 4EF9A 4OBTA 4N2YA 2QCMA 4QQ3A 3RQHA 5C40A 5I3JA 4BWLC 1QOQA 2ZCGA 3PBYA 3ZR4A 1ZALA 4R34A 1XBVA 2CLEA 3QMSA 1TTJA 2DDOA 2WKJA 3L2IA 3W70A 1FUYA 4JJPA 2F7KA 1F2JA 2QJIA 1LHPA 1DQXA 1Q6RA 4ORIA 5E0KA 4XZ9A 1O5XA 4K8CA 5U4NA 3ATYA 1KM1A 1FCVA 1FWTA 1OYAA 3NPUA 3R5EA 5F2LA 1P4CA 3LTSA 3IV3A 2BTMA 2VARA 1XKYA 4UTHA 3DXIA 1TREA 2CFFA 3RTCA 1KLZA 2YW3A 1QFEA 1ICPA 3W7EA 5G5IA 3LRKA 5G4WA 2E6YA 4FNTA 2ATMA 1AL8A 5IBXA 3W7PA 1A5AA 3DAQA 5DCEA 1UUMA 2ZZ2A 1JVNA 2GPTA 4RZ5A 3B1QA 5DXYA 4NX0A 3LKIA 3HIJA 3NPVA 3QPYA 1Z48A 1C3QA 4FNQA 1SO5A 1TPEA 1ZAHA 2QUUA 3THAA 1BKSA 1F76A 3DFSA 4E3AA 4E8YA 5D30A 1NVMA 4KFNA 1YYAA 1P1XA 3NBVA 3T40A 1H7OA 2Y85A 3C3NA 4UTLA 1TZ6A 4EBUA 1EWEA 3L0KA 2JGYA 3I7SA 3O16A 4RLIA 4GUHA 1VLIA 1TTIA 1W3TA 2WNNA 3GX9A 2JBMA 1VPXA 4JTIA 4O0ZA 3PG8A 1RPXA 1EKQA 4UFKA 1TPB1 2WNQA 3T44A 3O1NA 1J2WA 3ELFA 3W7CA 1XL9A 3PR2A 5LNVA 2VOMA 2RHGA 3W1QA 3PVFA 5FESA 2C15A 5CPLA 1FDYA 1OHLA 3W2JA 4TMCA 5AN7A 2I14A 3MBDA 1F6PA 3FYOA 2WNZA 2NV1A 3MI2A 3PY2A 3ZS4A 3O06A 4DO4A 3STCA 1YTKA 3TFXA 3E0IA 2DU2A 3UXAA 3FOKA 5D2XA 4E2DA 3N3MA 3FIGA 4IQLA 4ONVA 2NZLA 1LTDA 3NQ8A 3TH6A 2EAWA 3CM4A 3C2RA 5EBUA 1WX0A 1YDOA 1Z42A 5DN1A 4IX2A 4BFAA 4MY9A 1B3OA 2ABSA 1M5WA 3B0PA 5I3HA 3W6YA 4DC3A 3LHXA 5BMXA 1H7XA 1TB3A 3LCLA 4H3DA 3N34A 4M6PA 4CQ9A 1I8JA 3KVKA 3STGA 4ZQCA 4IMCA 2A9YA 4YCPA 3UY7A 1I2OA 2GQ8A 5K4ZA 4POCA 4U28A 3C6CA 3RT9A 1EP3A 4O17A 3S1UA 1TV7A 3LI1A 5TIMA 1XUUA 4NQ1A 2E5DA 3VCRA 3GAYA 2B7PA 1Z44A 1CX9A 1BEUA 3H53A 3K5WA 3L0GA 1W56A 1IXQA 3TW6A 3HPDA 3LI0A 4R33A 2AA0A 3A5VA 3ANYA 2D73A 3KAOA 4DXVA 1NF0A 1T96A 1G7UA 1TYGA 3IE7A 4RR4A 4IWWA 1GEQA 3R2GA 1ONRA 3M9YA 2AGKA 1ZJIA 2NWHA 2HMCA 1L2LA 5MHBA 4U4MA 2G5WA 2WJZA 3KD6A 2CLKA 1UA4A 4OE7A 2ZDRA 4KANA 1TPUA 1LBMA 1PIIA 5CSRA 4YCOA 1ALDA 5KTLA 1DKWA 5KMYA 4WQ6A 5G2IA 4N9BA 1WOBA 5KSWA 5EYNA 5EY7A 4MUZA 2ISSA 5HNRA 4LY8A 1Q3NA 5CZJA 1IXOA 2ZTJA 3PM6A 1GPWA 1MZHA 3B04A 1XBZA 3MMTA 5G1YA 2DDMA 4AHOA 4G1KA 3LOOA 3UWUA 3LHWA 3M5VA 4WY0B 1OFEA 4S1IB 2QJGA 3P5YA 3LTPA 1O60A 1R30A 1SSGA 2OMAA 4GC4A 3TMLA 3RTGA 3DHDA 3B1OA 5DXXA 4L4LA 3NC2A 3DU0A 2QHPA 1DHPA 4HNUA 1S5TA 3LCGA 1W5NA 2A5HA 2BX7A 2RDTA 3LXAA 3IKHA 4XKYA 1TMHA 4BI6A 5CKSA 3DFOA 4JTJA 3SR7A 4JXCA 2C18A 4O1CA 2VFFA 1RKSA 5T26A 4A22A 2G95A 3N9RA 4NNBA 3W1MA 3EXRA 4IMFA 1UASA 2A7NA 1VR6A 2ABQA 3N2XA 3PUOA 4KALA 2ZRXA 2FPTA 3MHUA 3EX1A 2WSQA 3LRLA 4K38A 3P84A 5BOOA 5G1TA 1TJRA 1RKDA 3KFTA 3LHTA 1UJPA 1OF6A 3SFKA 3E96A 2H3BA 4D2JA 1VK4A 2RH9A 1D3GA 4A2SA 4HIBA 5D02A 2V5BA 5LGZA 4JDBA 4BWLA 3MBHA 3G1DA 4IUOA 1F74A 5F4WA 4PVVA 4O52A 3L5AA 1UCWA 3IIZA 3NM1A 2Y61A 1UBSA 4O50A 3G1HA 5KINA 3GBUA 4LT9A 4O54A 3TK7A 2OZ0A 1NFBA 5EY5A 4CCCA 3NNTA 1JQXA 3CEUA 2ZRYA 3NL5A 4JY8A 1L6SA 3PS7A 1SQ7A 4OHQA 5I3IA 3BLIA 4P61A 4OQVA 2QKFA 3GKAA 1V19A 2V2CA 3L21A 3TA6A 2P1FA 2QCVA 3NQEA 4LC8A 1NF7A 3BV4A 1I2QA 5HUOA 2DJLA 2FPYA 4TX9A 4OWGA 1H7NA 3TKFA 1GVRA 3RRJA 2FFCA 3NO5A 2XN2A 5EPDA 4JTKA 3W1NA 2EGZA 1HL2A 1RZMA 2HS8A 3HYOA 1Q6OA 2PCQA 1ME7A 3G18A 2ZZ7A 3CWNA 4JTFA 1LROA 5CSSA 3MUXA 3HGJA 3LXCA 4UFMA 5F4XA 3UQEA 1K3UA 1W37A 2ZA1A 4AWTA 4NNAA 3W1TA 3W2KA 1F05A 2ISWA 1OFQA 1JR1A 1SFJA 4GNJA 2NXIA 3S1VA 3FYPA 3HG4A 4RV8A 1L2UA 3RTDA 3B8DA 3M41A 3DBPA 4J9JA 4O1BA 2JGVA 1RFVA 2YZRA 1VHCA 4DPQA 4JGDA 3QC3A 2VEIA 2VFGA 2CZDA 3LCIA 1K8XA 3Q92A 1TTPA 3N14A 1EWDA 4IGHA 3L65A 4LNYA 3S1WA 4HHPA 4PCFA 1EUNA 4NJKA 3IIVA 3U8GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NL3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations