3NL5 | Genus

Total Genus 158

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	539
structure length	512
Chain Sequence	KFSKEQFDYSLYLVTDSGMIPEGKTLYGQVEAGLQNGLVQIREKDADTKFFIEEALQIKELCHAHNVPLIINDRIDVAMAIGADGIHVGQDDMPIPMIRKLVGPDMVIGWSVGFPEEVDELSKMGPDMVDYIGVGTLFPMGTAGAIRVLDALERNNAHWCRTVGIGGLHPDNIERVLYQCVSSNGKRSLDGICVVSDIIASLDAAKSTKILRGLIDKTDYKFVNIGLSTKNSLTTTDEIQSIISNTLKARPLVQHITNKVHQNFGANVTLALGSSPIMSEIQSEVNDLAAIPHATLLLNTGSVAPPEMLKAAIRAYNDVKRPIVFDPVGYSATETRLLLNNKLLTFGQFSCIKGNSSEILGLAELSNELLIQATKIVAFKYKTVAVCTGEFDFIADGTIEGKYSLSKGTNGTSVEDIPCVAVEAGPIEIMGDITASGCSLGSTIACMIGGQPSEGNLFHAVVAGVMLYKAAGKIASEKCNGSGSFQVELIDALYRLTRENTPVTWAPKLTHT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__292787464724087__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__292787464724087__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3NL5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__292787464724087__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"292787464724087","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3NL5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__292787464724087__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffb20fbae43ffd6a44126e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffb20fbae43ffd6a44126e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffb20fbae43ffd6a44126e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffb20fbae43ffd6a44126e/pdb.gz): 742 ms

reading 512 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

512 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 59 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:511});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Candida glabrata
publication title	Domain Organization in Candida glabrata THI6, a Bifunctional Enzyme Required for Thiamin Biosynthesis in Eukaryotes . pubmed doi rcsb
molecule keywords	Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme
total genus	158
structure length	512
sequence length	539
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 2.5.1.3: Thiamine phosphate synthase.
pdb deposition date	2010-06-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02110	HK	Hydroxyethylthiazole kinase family
A	PF02581	TMP-TENI	Thiamine monophosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nl5A01
3.40.1190.20	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase	3nl5A02

3EEGA 1WYIA 4EN4A 2PE4A 3GXTA 1H63A 2FPTA 4FO4A 4KKXA 4ONVA 1O5XA 1R2RA 5HWNA 4KALA 2C1HA 4MY9A 4MYAA 4NXSA 1V19A 1QFEA 2OT1A 3VCRA 1SO4A 3NM3A 3PVFA 1A5BA 3WK3A 3RREA 1OF8A 4ADUA 4N9DA 1OX4A 1WXJA 5SWUA 2CW6A 5F2LA 3B1QA 4MZ8A 3TQ0A 2DCNA 5CKSA 4WY0A 2CFFA 1S5VA 4NX0A 1EWEA 3QEZA 5KINA 5G1YA 1HTIA 3TSDA 3KHJA 4KFOA 3RFAA 2A85A 3ABSA 4GUJA 1VM7A 1MEWA 1XBVA 3GKAA 1P0KA 2GVLA 3B1OA 2GPTA 1R2TA 3CEUA 4O12A 3WJSA 1A50A 2I5BA 1KV5A 4EOHA 3HOJA 1TV8A 5HR6A 3R12A 4K8EA 4LV9A 4UFJA 4NJKA 2NWRA 1PCWA 4WJMA 1HUVA 1UJPA 3OVRA 4X2RA 3EXRA 3T78A 3W22A 3S1WA 3W73A 3LERA 3TAOA 1YPIA 3NQEA 3MBJA 1EA0A 3B0PA 3IQ0A 3I7QA 3LBCA 1KFKA 2VOMA 5L6UA 4MKNA 2EGZA 3H74A 3RQ5A 1JCNA 4C1LA 1QWGA 1ZENA 3EX1A 3L5LA 4I7VA 5C3YA 3UBOA 4M7SA 1H7NA 4JTJA 3RU6A 2YX0A 5G2HA 4RXGA 5G5IA 3L0NA 3MP4A 2R91A 5G4EA 4HT3A 4JTUA 2NUYA 1BX4A 3MI2A 3BPWA 4JEQA 4S1HA 1I2OA 3NQVA 2XN2A 3IV3A 2DP3A 1TQJA 3C2RA 1EKKA 4OQVA 1QMLA 5D30A 2H90A 1OK6A 2R3EA 4HNUA 2QCEA 2A9YA 2WV8A 4ZQPA 3RTDA 3CWOX 4N2YA 2Y7EA 3HYOA 1D3HA 2P1FA 4OU1A 4O52A 1TCDA 2VELA 1FWNA 3L0KA 1YTEA 3JRKA 1BKSA 3Q2DA 4LW7A 4I7WA 4MOZA 5LNRA 1W8SA 4E3AA 5CGEA 1B57A 3I7SA 3W7KA 2E6FA 3RU3A 3PUDA 2ZZ7A 5EY7A 4NVTA 1K8YA 2OCZA 1LIJA 4LOCA 1NFBA 4YXGA 3GXNA 1XUZA 4R34A 3L5MA 3SECA 4ZQOA 2YPIA 4BI5A 4PL2A 1C9DA 3P60A 4HNNA 5HUOA 3C56A 5CPLA 5CPOA 1KM5A 3GO7A 4DELA 5CM5A 1B9BA 5EL1A 3IGXA 4DQWA 1FWTA 2W79A 5DY3A 1KM3A 5E0KA 1LIIA 3NA8A 2DZXA 1YLVA 2DZUA 3MBDA 1DORA 3LHZA 3PSVA 5BNKA 1V1BA 2GOUA 2YW4A 3C2OA 1TRIA 4K7VA 1YTDA 2DDMA 4PH6A 4A29A 4IUOA 5EKYA 4NXKA 1EUAA 3VAQA 3E49A 3HIJA 1GVFA 1NAL1 3QSRA 4UTUA 3QPZA 3TFXA 3TW6A 1VJIA 3WJYA 5FF2A 3LKIA 3LOOA 1RVGA 3DI1A 1IXOA 1TPFA 1YHJA 2R3BA 3PS7A 1EX5A 2ATSA 1O94A 3W7DA 3W71A 3CQDA 2I6BA 1SO6A 2OT0A 3TFCA 3LRLA 3NQ2A 2CU0A 2Z6IA 3CIWA 4UTIA 3DU0A 3IIOA 5D09A 3W7MA 5CSRA 5TRWA 4L4LA 3PULA 4K8PA 1PS9A 3G1VA 3DBPA 3S1VA 3S1UA 4PC8A 2V78A 3RQXA 5AHEA 1ALDA 3TC6A 1H5YA 2D73A 5HNRA 1VS1A 1LYXA 3B3LA 4PTNA 4O57A 2CWNA 1RFVA 3LJSA 5DLCA 3ABQA 4LCAA 2ZFAA 4MFDA 4O17A 3BLIA 1VCVA 2RFGA 4JTIA 4C5LA 3IGSA 3RS9A 1TV5A 2ZYFA 1Q3NA 4QM1A 4X8FA 1A5AA 4FNQA 4LVGA 3TX9A 4UFLA 3P81A 4Y90A 1TRDA 1MEIA 1XXXA 1YDNA 5LGZA 3LHXA 2FDSA 4Y8FA 4IOTA 5HUPA 2RDTA 4JKUA 3LXBA 4DU5A 2E6YA 1NF0A 3O1NA 3D0CA 1V5XA 4JR5A 2TRSA 1O60A 2Q8ZA 2H8XA 2R94A 2FB2A 2EHHA 4A2RA 4FIQA 4WY0F 3BG9A 1RR2A 4O4WA 3Q37A 4IMEA 4GUIA 3B0UX 4JX5A 1R30A 3LCWA 3M9YA 4CQAA 4XTIA 2QDGA 5FEXA 3HPDA 3C2FA 4P2VA 3Q1YA 1TTIA 3LX9A 4OGZA 5G2WA 3IN1A 6TIMA 2DZVA 3LLDA 1OHLA 1LBFA 3M44A 4CCEA 1ML1A 3CM4A 1ZY9A 1K02A 3VNDA 1TSIA 4HNTA 2RBCA 1F2JA 3I68A 1X8FA 2QCLA 2CZ5A 1TYYA 1YGKA 3ZFHA 4FNRA 4FX7A 3P84A 3PB2A 4NZJA 3K9EA 4RR4A 2VEMA 3QAIA 1QO5A 3B8DA 4TU1A 4U4MA 3UYCA 5BYEA 1B3OA 5AN7A 1C8VA 1SUXA 1TYGA 2X1RA 2Y7GA 4QNWA 3N3MA 3FEMA 3MO7A 3GVGA 4AXKA 3EB2A 4NUWA 2Y88A 4PCFA 1DJQA 1ESJA 1TPWA 5EYWA 2I6AA 3TSBA 1WA3A 1M7OA 1BEUA 3L5AA 4OT7A 3O05A 3DFNA 2NX3A 4AAJA 5LNWA 2J27A 3VE9A 2WO5A 2ZRXA 1SPQA 3LXCA 4B5NA 4IGHA 2RDWA 1F05A 3GDMA 4UTWC 4MIMA 1JVNA 1H62A 4WJEA 2C0AA 2WNNA 3TMQA 4Z0SA 1L6WA 4Y6GA 1ZAIA 1KFEA 1I45A 4YCOA 3EX3A 3SSJA 4BWLC 3T40A 5K9CA 1GVRA 3MJYA 3RY7A 3G1XA 3DFOA 4NU7A 2ISVA 4QITA 3S6DA 3C2EA 3KRUA 4CCDA 2YFOA 3JULA 1MSSA 4IMDA 3QM3A 1RKDA 3L21A 3HG2A 4PEKA 3HGJA 3MBFA 2V5LA 3P8IA 1A5SA 1TV7A 3IBQA 1GQNA 1KV8A 1Q6RA 3PUOA 3PB0A 3CIXA 3W1TA 3M5VA 3TA6A 2FQIA 1N55A 3QJAA 4X22A 3UXAA 4O1GA 3RU2A 2ZTJA 3RSGA 1QOQA 5LNVA 1GQTA 1H7XA 2XFWA 1GVQA 4XKYB 5F4WA 4O1DA 5BYCA 3B04A 5LNUA 5K2ZA 2YYUA 1OX5A 3DKJA 1JXIA 3O63A 1YDVA 2ZZ1A 2OX1A 1F5ZA 1F76A 1T8XA 3LXAA 2FPYA 1ZAJA 3TNOA 4K8HA 3RTBA 1D9EA 1VK4A 3K5WA 2A2IA 1LOLA 1EKQA 3ZS7A 1G4TA 1DHPA 1G7UA 2VEIA 2DJLA 3FHXA 1KM2A 4ICNA 1OK4A 1I4NA 1UUOA 4NQ1A 4OV4A 5D32A 5FESA 3G1YA 4UTTC 5D2WA 5HULA 5LHFA 4NJGA 3G8EA 1J2WA 5KMYA 1LOQA 5AFDA 2VENA 3OHIA 4PFMA 4QSHA 3QMSA 5BRBA 4E2DA 4K7YA 4LVFA 3W75A 4NZFA 4GC4A 1PVNA 3PR2A 1XBXA 3MP3A 3G3MA 3NQ8A 3W88A 1QO2A 1SO3A 3OVQA 3U2OA 4DPQA 4JICA 1G4PA 1YXCA 4XKYA 2E77A 2C16A 3GDTA 4NNBA 4X3ZA 1FXQA 3E96A 3BG3A 1LORA 1RQHA 1VC4A 4UR8A 2NXGA 3MWAA 3HB9A 3OIXA 4UMCA 2FB3A 1W54A 3ZWSA 3NPXA 3DHFA 1ZCOA 1SU5A 2Q3OA 3KVKA 2PRLA 1JUEA 3IGUA 3RTGA 1SQ7A 3RS8A 1VQTA 3EX4A 4NJIA 3SGZA 1OVDA 3B0VC 1DJNA 3AO0A 1GZGA 3NBWA 4QQ3A 4M19A 5I3FA 1V7YA 3QF0A 3G1DA 1EB3A 1S3HA 2P10A 1KLYA 3DFSA 5K9DA 1H1YA 1FQ0A 2FJKA 3MHFA 4LS0A 5EYNA 2C6QA 4ZQNA 1WOBA 2J88A 4Z08A 3CC1A 2I14A 3FFSA 3C6CA 5J5DA 3UQ9A 3G22A 1WOAA 1XFBA 2CLEA 4DC3A 2ZRZA 3Q94A 4O1LA 4LC8A 5BYFA 2QCFA 3NOEA 4N6EA 5G4WA 3B1PA 3BLEA 4TR9A 3S8HA 4R53A 2X16A 3BLFA 1W5QA 3C8FA 3MUXA 1UB3A 4AWSA 3AJXA 1OX4B 4MLRA 1FUYA 4M5PA 1OYCA 4XWUA 5EPDA 4JTGA 1RKAA 4WY0B 2ZZ5A 5HINA 1IXPA 4UXDA 1LRTA 2NZLA 5AYXA 2HSAA 3H55A 3W7HA 2X30A 3PWAA 3N9SA 4DF0A 2E5CA 2V2HA 3NL5A 1OFDA 1VH7A 4JIQA 5KTLA 2FPVA 2CLOA 5H2ZA 2Y63A 3WJWA 1L9WA 5DCBA 3GNDA 4D2JA 3RM5A 1QDSA 5CZSA 3HICA 1LIKA 2ZCGA 1M7PA 1WQ5A 1GVOA 4L4MA 3EWUA 2DZWA 4FX6M 4JJPA 2GVJA 4EIVA 1PE1A 4O14A 1JQVA 4N6FA 2AA0A 1XL9A 2V9DA 1MEHA 4LRSA 2Q5RA 2Y7DA 3W76A 3INPA 2BSLA 4QNEA 3N9RA 4JDBA 1S5WA 3W72A 3C52A 1ONRA 4MZ1A 4PA8A 3ABOA 4AWUA 5DN1A 2ABBA 3LCLA 2A21A 1CX9A 4DBDA 3N73A 1IF2A 2J9XA 4GWEA 2DDWA 4Z0JA 4GUGA 1GG0A 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3NL5A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

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