3ICJA

Crystal structure of an uncharacterized metal-dependent hydrolase from pyrococcus furiosus
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
468
structure length
467
Chain Sequence
CMKALINGTIYTSFSPVKKVSGLVISNERVLYAGDSSTALRIAELAGGEIIDLKGKFVMPAFFDSHLHLDELGMSLEMVDLRGVKSMEELVERVKKGRGRIIFGFGWDQDELGRWPTREDLDVIDRPVFLYRRCFHVAVMNSKMIDLLNLKPSKDFDESTGIVRERALEESRKIINEKILTVKDYKHYIESAQEHLLSLGVHSVGFMSVGEKALKALFELEREGRLKMNVFAYLSPELLDKLEELNLGKFEGRRLRIWGVLFVDGSLGARTALLSEPYTDNPTTSGELVMNKDEIVEVIERAKPLGLDVAVHAIGDKAVDVALDAFEEAEFSGRIEHASLVRDDQLERIKELKVRISAQPHFIVSDWWIVNRVGEERAKWAYRLKTLSSITKLGFSTDSPIEPADPWVSIDAAVNRYVVDPGERVSREEALHLYTHGSAQVTLAEDLGKLERGFRAEYIILDRDPLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of an Uncharacterized Metal-Dependent Hydrolase from Pyrococcus Furiosus
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus furiosus
molecule keywords uncharacterized metal-dependent hydrolase
total genus 183
structure length 467
sequence length 468
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3icjA01
3.10.310.70 Alpha Beta Roll Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 3icjA03
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3icjA02
1EF2A 3GUWA 5LXXA 4PCNA 3OVGA 4CEUC 2ANUA 3QGAC 1FWCC 2DVTA 3EWDA 3PNZA 2GWNA 2O4QA 4CNTA 4ICMA 1KRBC 3K4WA 3GRIA 4QS6A 1FWGC 3S2NA 1YMYA 2BGNE 2UZ9A 4JOMA 3IRSA 1POKA 2Z29A 3F2BA 4KESA 2E25A 3ORWA 2D2HA 2ADAA 4C6EA 4PE8A 2DVUA 1E9ZB 3SFWA 2BB0A 4GXWA 3LSCA 1EJWC 4LALA 4H9XA 2QS8A 2IMRA 1RAKA 2AQVA 2Z25A 3UBPC 3OU8A 4HK7A 1RK5A 4IH3A 3KM8A 3F2CA 4F0SA 3LGDA 2OB3A 1A5MC 2FTYA 3GTXA 1YNYA 3O7UA 4ERIA 3CS2A 3FEQA 3AU2A 1DPMA 3F4DA 4KQNA 1YIXA 2FTWA 2WJDA 3MDWA 3GIPA 4KEUA 4LANA 4DO7A 1ONWA 1GKQA 1V79A 3HTWA 4NP7A 4QRNA 3DUGA 3URNA 3RN6A 2Z4GA 4XD6A 1FWHC 1WXZA 3E38A 3URAA 4DI8A 2R1MA 2I5GA 3IV8A 2AMXA 4IFOA 4CQDA 1M7JA 3NQBA 2PGFA 4IFKB 4LAMA 4Z42C 4H9UA 4XAZA 3EWCA 5CH9A 1ADDA 1YBQB 1POJA 1RJRA 4M51A 3V7PA 3OODA 3GU2A 4IGNA 4BKNA 1R9ZA 4RDYA 4F0RA 4TQTA 1HZYA 1NFGA 2R1LA 3MTWA 1FWFC 4KEVA 3GG7A 3FDGA 4IFKA 4XAYA 4H9MA 4NG3A 2EG7A 2OOFA 2WM1A 4H9VA 4CQBA 3R0DA 1YBQA 4GBDA 4GK8A 4KEZA 2W9MA 3T81A 4ERGA 2ZC1A 1M65A 3G77A 2Z24A 3B0XA 2FFIA 4GYFA 4V1YA 4R88A 4J5NA 1O5RA 2PUZA 5HMEA 4UBPC 5HMFA 4G2DA 1P6CA 2QVNA 1V4YA 1RA5A 4ZSUA 3D6NA 4R7WA 2XIOA 1A4LA 2FVMA 2EG6A 3B0YA 4H9TA 3E74A 4CEXC 2HPMA 4IQJA 3LGGA 1KRCC 1A5NC 4H9ZA 2VUNA 3IGHX 4I6KA 4KERA 1K6WA 1UMLA 4IF2A 2Q01A 3DC8A 1QXLA 3GTHA 1FKXA 4C6CA 1RK6A 4EPBC 2GWGA 2Z28A 2HNHA 1PTAA 3WMLA 2Z7GA 1XRFA 2HQAA 2FVKA 2WJFA 4KIRA 3RYSA 3E0FA 4QS5A 4ZSTA 3AU6A 3TN3A 4WHBA 4AC7C 1P6BA 4GY0A 1GKPA 2DVXA 1FWDC 2P50A 3DCPA 4B91A 4CNUA 3CAKA 4DZIA 4IGMA 1K1DA 4J2MA 4GZ7A 4QROA 3LA4A 3MVIA 2Z26A 1FWIC 4C6OA 4C6FA 3MJMA 5HMDA 3AUOA 3LNPA 1A5LC 1EZ2A 2D2GA 1P1MA 1R9YA 1JGMA 3RCMA 4C6LA 4HK6A 3FDKA 4XAFA 4L9XA 1XGEA 1EJVC 3WYZA 3GU1A 3LS9A 4IG2B 1UIOA 2YZ5A 2VC7A 3TNBA 3A3WA 3ICJA 3MDUA 3N2CA 3S2MA 4LAOA 1ITQA 4D8LA 1EJSC 1EYWA 2A3LA 2OGJA 2HBXA 1I0DA 3RHGA 4XD3A 3QGKC 3UR2A 1NDZA 4IG2A 1J6OA 4WGXA 4BY3A 3OOQA 4DIAA 4H9YA 4LFYA 4C6JA 4DLMA 4J35A 4QSFA 3NURA 4C5YA 4H01A 3UF9A 4EPKA 4BJHA 4V1XA 4LEFA 4HK5A 5G4HC 2E1WA 3ISIX 3OJGA 4RDWA 1EJUC 3UR5A 2OODA 1J5SA 4DI9A 2O4MA 1GKRA 2HBVA 1FWJC 1EJTC 3LY0A 2EG8A 1NDYA 4KF1A 3TN6A 1RJQA 4F0LA 1ITUA 1NDWA 3E3HA 3QY7A 4GC3A 4HJWA 2ICSA 2WJEA 1XWYA 2VR2A 3HPAA 1RA0A 2YXOA 3GTFA 4XD5A 2I9UA 1V51A 2G3FA 3MPGA 1V77A 4QTGA 4MUPA 3HM7A 2PLMA 4LCQA 1A5OC 2R1KA 3WZ0E 2PGRA 4CQCA 2RAGA 3A4JA 2QPXA 3EGJA 3QY8A 1FKWA 4RDZA 3GGMA 2UBPC 2AQOA 4R85A 2P53A 3PAOA 3OQEA 4RZBA 5FSEC 1IE7C 2Z00A 3GTIA 4PBFA 3T1GA 3URBA 3PNUA 4L6DA 4GY1A 4EP8C 4C6IA 4G7EB 4PCPA 1KRAC 4XAGA 2HPIA 2D2JA 3URQA 4DNMA 4PBEA 2Y1HA 2Q09A 2CZVA 4INFA 3IACA 4GX8A 4KETA 1J6PA 3IPWA 3C86A 4HA0A 2GOKA 2QT3A 4C5ZA 1FWEC 1YRRA 3K5XA 4G7EA 3IARA 1PO9A 1PSCA 3MSRA 1V7AA 4I6VA 4CNSA 3B40A 1ZZMA 1S3TC 3S4TA 2GSEA 1PB0A 4C6BA 4GX9A 1UBPC 4EPDC 1FWAC 4DZHA 4IFRA 5AKQA 2OQLA 3NEHA 3TN4A 1XRTA 4LH8A 2KAUC 5FSDC 4P5UA 2YB4A 1UIPA 4C60A 2GZXA 3K2GA 5E5CA 1RJPA 3MVTA 4LCSA 3O0FA 4XD4A 2VC5A 2Z27A 2Z2AA 1KRMA 3CJPA 1VFLA 4GY7A 3S2JA 3SO7A 3F4CA 3IJ6A 4B92A 1O12A 1QW7A 3LU2A 3ITCA 4C6NA 3MKVA 1EJXC 4C6MA 4C6PA 3PBMA 3GU9A 1A4MA 3QY6A 1FWBC 3PANA 4DYKA 4B90A 4AQLA 4RDVA 1M68A 1KCXA 2PAJA 3T8LA 2VM8A 4LAKA 3S2LA 1I0BA 1E9YB 4C6DA 1A5KC 3GIQA 1BF6A 1J79A 4NI8A 1NDVA 2Z2BA 3BE7A 4C6KA 4H00A 4B3ZA 4EPEC 4RE0A 1WXYA 3LSBA 1R9XA 4DLFA 1W1IE 2VHLA 2R1PA 2F6KA 4YIWA 4OFCA 2P9BA 3E0LA 2YB1A 4WVXA 3E2VA 3TN5A 4E3TA 3UPMA 4ERAA 4GOAA 3ID7A 4UB9A 4C6QA 3JZEA 3A3XA 1ONXA 1K70A 5A6TC 2R1NA 1EJRC 3F2DA 4LCRA 4C65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HOXA 1YNPA 4D6HA 4HHHA 3GR8A 1S5VA 1OM0A 2WMIA 3VOFA 3N12A 1XPGA 1E0WA 5KT6A 1Y5VA 3C2RA 2NSXA 1SFSA 1J01A 4F0HA 4KKXA 3TQ0A 4AZIA 2X1SA 3PBVA 2V3EA 4GL6A 2WPBA 1XG3A 4UR7A 4S3KA 3QV6A 2VDIA 4RPPA 4F66A 3BLOA 4LALA 1CXEA 2PP1A 3W2MA 1UR3M 4DM1A 4A2RA 4X0VA 2OB3A 2BQRA 4M56A 5F9NA 2VZSA 1XGZA 1XLDA 3O7UA 1K8YA 1OF6A 1UCWA 3G1DA 4YR0A 3STFA 4OE7A 3EWBX 1K3UA 2FTWA 3TYAA 4DO7A 5A94A 1OF8A 1OFBA 4CU8A 3IN5A 1FP9A 5AYBA 3GV8B 3A12A 1W61A 1REQA 1J0JA 1WXZA 1B3OA 4CD4A 3HIJA 1BF2A 1B4EA 2I5GA 4PUEA 2ZZ1A 5D32A 2ZUWA 4AWUA 1D3HA 2DY3A 3AIRA 2D20A 4OBSA 1JF5A 1TMQA 3O6YX 2WZHA 1VRDA 1TCMA 5XIMA 5A2AA 2ASJA 1EXBA 2VO5A 3TUUA 3ERPA 1J11A 3L5MA 4RUCA 2CIPA 4XAYA 1LL4A 1MNZA 2EG7A 1Q7QA 3BLKA 1KV5A 3I4KA 2RHGA 4EANA 3AMDA 4I5RA 1O95A 2PVZA 1GOQA 1QO2A 5A6SA 2FFIA 1JZ2A 2PCEA 3WH5A 2AKMA 1O5RA 3DFTA 3K1GA 1NOUA 4JZ5A 2G41A 4UBPC 3WNPA 1T8XA 3FHAA 3RUBL 1GORA 3NSMA 1G4TA 5LKYA 2HMCA 3VKBA 1FXQA 3ARRA 3LDVA 3LZ5A 3Q8QB 1MSSA 3NSXA 3EOEA 2YDRA 4IQDA 4YWIA 1CIUA 4QJ1A 1OADA 4O14A 3MC5A 4KWSA 1UH4A 4D1IA 1Q6DA 4XWUA 1EWEA 2VT0A 3RB3A 5D30A 2GLKA 3ZR5A 2PB1A 2Z28A 1N82A 3KXQA 5DCBA 3GG0A 1KCKA 4MIMA 3B9OA 3RMJA 1YEYA 2HQAA 3RCNA 1H62A 1S97A 1JX4A 2QF7A 4D72A 1G69A 4ZBCA 4UFHA 1MVYA 1KXVA 2J7BA 2CKSA 2GJPA 1R30A 2CCRA 3VOIA 4UTWA 2QUMA 2A79A 2P10A 4UIOA 4DO6A 3RB0A 4CUCA 3CHEA 2V4QA 4O0ZA 4I8DA 1D8WA 1QTWA 1JGMA 2I56A 3EPOA 1HP4A 2CC0A 1TM0A 3RB4A 2OH2A 3RLHA 1WZAA 3I3BA 4GC4A 1C29A 2OELA 4FOUA 3UWZA 3NAVA 2G50A 3MMDA 1SMDA 4JS3A 4PRWA 5E9XA 1K9TA 3IWPA 2AMGA 5EBAA 1PTDA 2PWEA 4WOZA 3MMWA 2OPJA 2A1YA 4LFYA 3UXAA 1E9IA 4UR8A 2BFGA 3UWYA 5FF7A 2IPJA 3G1SA 3CWOX 3EWXA 1J2BA 4YYFA 1ECQA 3PWIA 3FYYA 3EA1A 4O57A 2ZUTA 7REQA 4RDWA 2WNZA 4GC7A 4O3OA 3LI0A 3VNLA 1FWJC 1VBJA 4DL4A 1NDYA 3SRKA 1KC7A 1KFKA 1SU5A 2DT1A 1PCWA 3BH4A 3VKDA 3S6TA 1YE6A 4XZIA 3LPOA 1YDOA 3W22A 3HPAA 3NA8A 4DL3A 1EO7A 4OUIA 1AK5A 1M7PA 3WJWA 1V77A 4QTGA 1HL9A 3WQ5A 1YLVA 4DJEA 1RQEA 1A5OC 2VDHA 4IK0A 3BAXA 2Q3OA 1GVRA 3RX2A 1VR6A 4GVGA 3Q45A 4JDBA 3LUTA 4JUUA 3OLDA 3P60A 4PTNA 1EGVA 2WC7A 5LGZA 1U0KA 3CIVA 3E6EA 3EXTA 3ITLA 2YCJA 7TAAA 4ZZ9A 5LXEA 2VZUA 3RLVA 3VC5A 2PDIA 4DNMA 3PVXA 3W28A 1OFAA 4K7GB 3PJWA 2PEVA 3OQ8A 3OSPA 4JQ4A 4C5ZA 2CBJA 1JCTA 3GM8A 4JQAA 3M9NB 3P0XA 4O3RA 2D1ZA 3S5ZA 4CCZA 4JKMA 4LUSA 1UR1A 4XBKA 3WY1A 3ZR4A 3GTNA 1VLWA 3U6WA 4TQRA 3PG9A 2QUUA 2DPIA 1CWYA 3I6EA 3W25A 1ME9A 1Q6FA 3SFKA 3FKRA 1TKKA 1FY6A 2P88A 3IV3A 1GVIA 2OEKA 2W67A 4OGZA 3CV7A 4DWSA 1EF3A 1M41A 4GXMA 1OVDA 4JNMA 3S6OA 2WSRA 5AHFA 3WK3A 1O1ZA 4E4FA 4QWCA 3OB8A 1EYEA 2ZXBA 4OKDA 2C7FA 3DBPA 3L4WA 4DYEA 5IRPA 2YA2A 4DHGA 4OVXA 2P8BA 1BVNP 3MQTA 1JYWA 4H00A 2DU2A 2EXOA 4N9CA 1XYBA 5CPMA 2W92A 2C71A 2AGQA 3AZTA 1PVNA 2F6KA 2I57A 5E0FA 1B31A 2P9BA 1BYDA 2YB1A 2QGYA 3BSHA 2G97A 3BPWA 3H2MA 3N25A 5DT5A 1X38A 4E8GA 2J27A 5H6HA 3GYCA 2O7QA 2NXHA 2J8GA 2YBTA 1HTIA 5KFSA 1KBBA 2DEPA 3OPSA 2GWNA 2ZX5A 4ZO8A 2C19A 1W62A 5BRQA 3M9YA 2VWTA 1W6TA 1YADA 3RMEA 4CVUA 4KWVA 1ICQA 2J74A 5KFIA 2ZTKA 4KRUA 2TMDA 1MWOA 1A49A 2BWGA 1M53A 1V3MA 1S38A 1Q63A 2PLJA 1N55A 2F38A 3VCRA 2VFFA 2AQVA 1XBXA 2BX7A 4HK7A 4DB7A 1LLZA 2FIQA 3W72A 4KFPA 1GVEA 1GK8A 2QYGA 1IT7A 3GIPA 2QIWA 4RZ4A 4F4ZA 1NOWA 2E6DA 5BWAA 5D37A 4RNHA 4YN5A 3WQZA 4UWMA 5D9PA 3T7VA 5I77A 1GHSA 2YW3A 1VCVA 1UH3A 3G6VA 5CLTA 4ZTYA 1B0IA 1FOBA 3DGBA 2W6RA 4H41A 3G5EA 4J27A 3LBCA 3T09A 2FLPA 1V6VA 4RNOA 5C6MA 4M82A 3QKEA 2PWHA 3MFIA 1ZBKA 1C9WA 2PGEA 2EBNA 3NPWA 1US0A 2A21A 2G4FA 3V36A 3ARWA 4HB7A 4O3NA 1QNOA 1NP2A 2BY1A 2VMFA 4F2TA 5IHRA 3W6YA 3U2EA 4Q60A 5KG5A 3WBWA 2WHKA 1A5AA 3AJXA 3WUEA 8CGTA 4JTSA 1QK0A 4J28A 2VOMA 3DYMA 3PZUA 3HQ1A 1UA7A 3H54A 2EJAA 5KFKA 5AC4A 4NYYA 2VEPA 4M6UA 2R82A 3B0YA 2QW5A 3RO6A 3NO3A 2YBUA 3FSUA 3M0YA 3K8LA 4GCAA 3PTQA 4MY8A 1K6WA 1BRLB 2VFGA 2Y8UA 4IF2A 4JCLA 5C9UA 1SO6A 2A3HA 4HZ6A 5KFFA 2J24A 5KETA 5G2HA 1AJ2A 5FL1A 1XSJA 5CZJA 1V08A 1X6LA 3PPCA 4WSJA 4DPQA 1BYCA 2W62A 5HNUA 2WJFA 3NOYA 3Q37A 3GSMA 4MB4A 3P8JA 1JAKA 4MB3A 3G1FA 4IPNB 2WCGA 5EMJA 4QFUA 3VIJA 4ZOAA 2DSVA 3TAOA 1OC6A 1OFEA 1PE1A 1RBLA 2HK0A 1L0PA 2CLKA 1R9YA 3M9MB 2WAGA 1VAHA 4UTTC 3IJ9A 4L4OA 3RCMA 2DORA 4C6LA 5HJYA 5KFYA 4EF9A 1OFDA 4ASTA 1XLCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HOX A;  1YNP A;  4D6H A;  4HHH A;  3GR8 A;  1S5V A;  1OM0 A;  2WMI A;  3VOF A;  3N12 A;  1XPG A;  1E0W A;  5KT6 A;  1Y5V A;  3C2R A;  2NSX A;  1SFS A;  1J01 A;  4F0H A;  4KKX A;  3TQ0 A;  4AZI A;  2X1S A;  3PBV A;  2V3E A;  4GL6 A;  2WPB A;  1XG3 A;  4UR7 A;  4S3K A;  3QV6 A;  2VDI A;  4RPP A;  4F66 A;  3BLO A;  4LAL A;  1CXE A;  2PP1 A;  3W2M A;  1UR3 M;  4DM1 A;  4A2R A;  4X0V A;  2OB3 A;  2BQR A;  4M56 A;  5F9N A;  2VZS A;  1XGZ A;  1XLD A;  3O7U A;  1K8Y A;  1OF6 A;  1UCW A;  3G1D A;  4YR0 A;  3STF A;  4OE7 A;  3EWB X;  1K3U A;  2FTW A;  3TYA A;  4DO7 A;  5A94 A;  1OF8 A;  1OFB A;  4CU8 A;  3IN5 A;  1FP9 A;  5AYB A;  3GV8 B;  3A12 A;  1W61 A;  1REQ A;  1J0J A;  1WXZ A;  1B3O A;  4CD4 A;  3HIJ A;  1BF2 A;  1B4E A;  2I5G A;  4PUE A;  2ZZ1 A;  5D32 A;  2ZUW A;  4AWU A;  1D3H A;  2DY3 A;  3AIR A;  2D20 A;  4OBS A;  1JF5 A;  1TMQ A;  3O6Y X;  2WZH A;  1VRD A;  1TCM A;  5XIM A;  5A2A A;  2ASJ A;  1EXB A;  2VO5 A;  3TUU A;  3ERP A;  1J11 A;  3L5M A;  4RUC A;  2CIP A;  4XAY A;  1LL4 A;  1MNZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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