3IGHX

Crystal structure of an uncharacterized metal-dependent hydrolase from pyrococcus horikoshii ot3
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
SLKALINGTIYTSFNPLKKVSGLVISHGKVIYAGDSEVAKKIVELSGGEIVDLKGKYVMPAFFDSHLHLDELGMSLEMVDLRGAKSIEELIQRLKRGKGRIIFGFGWDQDELGEWPTRKELNAIDKPVFIYRKCFHVAVANDKMLELLNLTPSKDFDEDTGIIKEKSLEEARKVINERVLTVEDYVYYIKRAQEHLLDLGVKSVSFMSVNEKALRALFYLEREGKLSINVFAYVTPEVLDKLESIGLGRFQGNRLTIAGVKLFTDGSLGARTALLSKPYSDDPSTSGQLVMEREELIRITEKARSLGLDVAIHAIGDKALDVALDVFETTGFPGRIEHASLVRDDQLERVKNLKVRLSVQPHFIISDWWIVERVGEERVKWVYRFKDLMKVAELGFSTDSPIEPADPWLTVDAAVNRGKGKVKLYELTKDQALDIKDALHSYTYGSARVSLASDIGKLEPGFKAEYIILDRDPLVVKEGHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of an Uncharacterized Metal-Dependent Hydrolase from Pyrococcus Horikoshii
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule keywords UNCHARACTERIZED METAL-DEPENDENT HYDROLASE
total genus 190
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3ighX01
3.10.310.70 Alpha Beta Roll Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 3ighX03
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3ighX02
1M7JA 2I5GA 3UBPC 4LFYA 3HM7A 4LEFA 4MUPA 4V1XA 3A4JA 4TQTA 2WJFA 3FDKA 4XAYA 4C6JA 3PNZA 3QY6A 3IRSA 2ANUA 1EYWA 1GKQA 1ADDA 2PGRA 3HTWA 1FWHC 2AQVA 1NDZA 4JOMA 2R1PA 2Z29A 2Z24A 4LCRA 3UPMA 2R1MA 2HPMA 1M65A 2UZ9A 3TN6A 5A6TC 3V7PA 4C5ZA 3TN3A 1R9ZA 1XRFA 4BKNA 4IFKB 2OGJA 2OQLA 1EJXC 1V51A 1A5NC 2HPIA 4WHBA 4I6VA 4PCNA 2P50A 3GIQA 3EWDA 4GOAA 2YXOA 2Q01A 3QGAC 2HQAA 4LANA 2O4QA 4C6QA 1NDYA 4H00A 1E9ZB 4DZHA 2QVNA 1FWFC 4QTGA 1UMLA 2PAJA 3GUWA 4B3ZA 2YZ5A 4C6BA 2W9MA 1K6WA 1POJA 3ITCA 2EG7A 2EG8A 1PO9A 4ERGA 4DI9A 4C6DA 4M51A 3TNBA 3E2VA 2HBXA 2D2JA 3F4CA 1YBQB 2Z27A 4CEXC 3E3HA 4DYKA 4E3TA 4LAOA 4RZBA 4IH3A 4KQNA 4UB9A 4CNUA 3DC8A 4ZSTA 4HK5A 1EF2A 5HMEA 4QS6A 2WJDA 3QY7A 4J35A 4IFKA 4C60A 3E74A 2Z25A 4GX9A 3LGGA 4IG2B 2BGNE 3URBA 4DLMA 3F2CA 1KRAC 3SFWA 4I6KA 4R7WA 2DVTA 3IV8A 4OFCA 1W1IE 1KRMA 3IJ6A 1IE7C 4B91A 2Z4GA 3PNUA 5LXXA 2GWNA 2FVMA 4C6EA 1YRRA 1YBQA 4F0LA 2RAGA 3QY8A 1S3TC 2F6KA 4NP7A 4GY7A 3G77A 3F2BA 4B92A 4C65A 5HMFA 3ISIX 3F4DA 4NG3A 4DZIA 1RK6A 1P1MA 1YNYA 4AQLA 2Q09A 2AQOA 1UIOA 4PE8A 5FSDC 3T1GA 3LA4A 4H9MA 4DI8A 2OB3A 1QW7A 4IG2A 1FWIC 3LS9A 4PBFA 1A5OC 3ID7A 2OOFA 4H9UA 1WXZA 4IGNA 4EPDC 3DUGA 2YB1A 4KEZA 2ICSA 2QT3A 3URNA 3GTXA 2Z26A 4ZSUA 3PBMA 1EJUC 4EPBC 4L9XA 1M68A 4CNTA 2VC7A 4QSFA 3GTIA 1RAKA 2QS8A 4ICMA 4IQJA 4LCSA 4XD5A 4G7EB 4GC3A 4H9XA 3OQEA 2AMXA 3EGJA 1VFLA 3MDWA 3T8LA 4DLFA 1PB0A 4BY3A 3S2LA 1FWAC 3CJPA 3IPWA 3NEHA 1PTAA 1KRCC 3QGKC 2KAUC 4D8LA 3GTFA 4DIAA 3CAKA 1EJTC 1PSCA 1V79A 1QXLA 2A3LA 4QRNA 4NI8A 4ERIA 4GXWA 4KERA 4L6DA 4BJHA 4IFRA 3OJGA 1NFGA 3RN6A 3ICJA 4KF1A 4CEUC 1A4LA 3MSRA 2FTWA 4XAZA 1A5KC 2VM8A 3GIPA 3OU8A 3IGHX 4XD4A 4XD6A 4C6CA 4C6NA 1RA5A 1RJRA 3MVTA 1EJRC 3T81A 3MTWA 4C6KA 4CNSA 4G7EA 3GU1A 1FWCC 1RJQA 3E0LA 4RDWA 3DCPA 4WVXA 4INFA 3BE7A 1YIXA 4DNMA 4C6OA 3AU6A 4UBPC 1RJPA 3RYSA 3AU2A 3GU2A 3GTHA 2GOKA 1XWYA 3K2GA 3IARA 1A4MA 4IF2A 1WXYA 4ERAA 2R1LA 2P53A 4RDZA 1V7AA 2HBVA 3CS2A 4C6IA 1ITQA 2XIOA 4H9ZA 4F0SA 4AC7C 3GG7A 4RDYA 3B0YA 3O0FA 3JZEA 1EJVC 1ONXA 3S2NA 3EWCA 3K4WA 5HMDA 3LU2A 4GY0A 3UR2A 3MPGA 5FSEC 4GZ7A 3UR5A 3SO7A 1A5MC 4HK7A 4J5NA 1J6PA 4YIWA 4B90A 4GK8A 2EG6A 4C6LA 2PLMA 1BF6A 4GX8A 4PCPA 1J6OA 3GU9A 2CZVA 1EZ2A 4Z42C 5CH9A 3WZ0E 4XAGA 4H9VA 2GZXA 4C6PA 3D6NA 4LALA 3OOQA 2HNHA 2UBPC 1HZYA 1DPMA 4V1YA 4XAFA 1XRTA 2BB0A 3AUOA 1ZZMA 2DVXA 1UIPA 2E25A 4HA0A 3S2JA 3R0DA 4QS5A 4EPKA 2VC5A 4PBEA 3B40A 4GY1A 2Z7GA 3WMLA 3MVIA 1RK5A 1FKWA 4HK6A 2G3FA 1FWBC 2OODA 3MJMA 3GRIA 1NDVA 3PAOA 3RCMA 1R9XA 2VR2A 4EPEC 3A3WA 3GGMA 2R1KA 2D2HA 3RHGA 2D2GA 1P6BA 2Z28A 2FVKA 2PUZA 1GKPA 3UF9A 4KEUA 3A3XA 2ZC1A 3ORWA 4IFOA 1FWJC 3E0FA 1XGEA 4RDVA 4DO7A 1J5SA 4CQBA 1FKXA 3FDGA 1RA0A 2FFIA 4LCQA 4HJWA 4KESA 2Y1HA 4F0RA 1O5RA 1GKRA 1KRBC 1UBPC 2O4MA 2GWGA 1ONWA 5AKQA 4CQDA 3LGDA 3WYZA 1E9YB 3E38A 4XD3A 3NQBA 3K5XA 1R9YA 3S2MA 3OODA 1I0BA 2Z00A 1K1DA 3OVGA 1FWGC 4LH8A 4EP8C 1JGMA 3KM8A 4H01A 4KETA 2VHLA 3B0XA 1FWDC 2Z2BA 3LY0A 1A5LC 2Z2AA 3URQA 1YMYA 4G2DA 4RE0A 3IACA 3TN5A 3C86A 2R1NA 3MKVA 3LSCA 2GSEA 1K70A 1ITUA 3LSBA 4LAKA 3S4TA 3MDUA 3O7UA 1KCXA 3N2CA 2PGFA 1V77A 3NURA 4H9YA 3F2DA 1POKA 4GBDA 3FEQA 1I0DA 2WM1A 4H9TA 4GYFA 2DVUA 4R88A 4KIRA 3TN4A 4WGXA 2VUNA 3LNPA 2FTYA 4LAMA 1NDWA 4C5YA 4P5UA 3URAA 4IGMA 4QROA 4R85A 3PANA 4C6FA 2IMRA 5E5CA 1J79A 1V4YA 1O12A 4C6MA 1P6CA 4KEVA 4J2MA 2YB4A 5G4HC 1FWEC 2P9BA 4CQCA 1EJSC 1EJWC 2I9UA 2ADAA 2E1WA 2QPXA 3HPAA 2WJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CZTA 3DBPA 4UQBA 1RVGA 4L64A 3HM7A 1K77A 2QZRA 1ITCA 4FXSA 1MRQA 2QUNA 2X09A 3AICA 4AZ6A 4GE8A 1UMYA 3CNYA 2J62A 2VEGA 3UYIA 1RVKA 4HU0A 3PW9A 4Q8OA 1EYWA 3ES7A 3DBNA 2NVAA 4YTQA 3VUSA 4O1EA 1H5VA 1BXCA 4JOMA 2PDBA 2C0HA 5BOFA 1QTWA 1YDVA 4UR9A 3VC6A 4GVFA 3GH4A 4DPPA 3D5HA 1C91A 1JG9A 3M0VA 3TN3A 4PMOA 1PHWA 1T94A 1XYCA 4GO8A 1MZRA 1V6TA 4MJMA 3EPMA 2WOQA 3NEVA 3G0UA 1RQEA 1RSCA 3VOCA 1MW2A 1Q13A 1TWWA 2HQAA 3NGJA 4E4UA 3GXNA 1VQTA 3WDJA 3Q65A 3N4AA 2W9MA 3ITCA 1PO9A 3DENA 4XZLX 3F4CA 2HBXA 4WRHA 2ACRA 3L4ZA 2E6FA 3LI1A 2VGBA 5CPQA 3VGFA 3VKDA 1EF2A 1MZHA 4A8LA 1YKWA 4D6FA 3WQ6A 3GD6A 2C18A 1IEQA 1J0YA 1XIJA 4EOUA 1T8XA 5F2GA 4BEUA 3WQ5A 2QNEA 3NPWA 4PMVA 1GHRA 4H4IA 4CKQA 2JEQA 3NYDA 3PWAA 1VFTA 2A3CA 2GDUA 1R7OA 3VIIA 4LEQA 3A9IA 1S3TC 4WY0F 3OLDA 1S39A 5G1YA 1OFEA 1JCYA 4GNJA 1QFEA 1E0WA 1CECA 2QYGA 2TMDA 1D8WA 3WNLA 4BI7A 4HMEA 2NT0A 3LS9A 3BGGA 4QR6A 3WG6A 3SUVA 3DUGA 4IJRA 4ZCWA 1DWGM 1MQPA 1A80A 5DMMA 1HL9A 3LCWA 4JTIA 2WMIB 3GTIA 4M6VA 1FOBA 4JQ2A 2Q6ZA 5KG1A 5E09A 4Q8QA 3P84A 3AWNA 4ATLA 1WCGA 1ZNNA 4KWWA 5AC6A 2HISA 3WUEA 1Q45A 1LWHA 3DYPA 4MUZA 4A3QA 1E0UA 5DN1A 4O0KA 1Q7ZA 4D8LA 1WDWA 3NR0A 3CAKA 4MJZA 4G8TA 1VPXA 4H7ZA 1NAL1 1QI4A 2AL2B 3VKKA 3NQCA 5GPRA 4PTMA 1R3QA 1XPGA 2FLIA 2GDQA 2DZPA 4AW7A 3PVFA 2JGQA 3WLHA 4C6NA 8TIMA 4S39A 4BQ2A 3PTKA 2V69A 4JPGA 3B4YA 1VFSA 2XH2A 4S3CA 3TW7A 3MO4A 1D2KA 1RLDA 3MSGA 1KM2A 3SEPA 1X1ZA 8RUCA 2XHYA 3C0JA 3E0WA 3GU2A 1W61A 3IARA 3LI0A 4JD7A 3VNZA 1M5WA 3T44A 1HXJA 4PUDA 3GR7A 5XIAA 4Y6GA 3I65A 3JW7A 5KFHA 3L67A 2CPUA 2YL8A 3HFTA 4LY4A 1GVRA 1LL6A 1BLIA 2XN0A 4B9YA 4W5ZA 2ACQA 1E6SM 2OOGA 1NTHA 3NQ7A 3ONBA 4H41A 3IVTA 4AZCA 5A6SA 1QO5A 2ZUSA 1WB0A 1KBLA 1BYBA 1YHTA 2W9CB 3DECA 2V68A 1KCLA 4IGSA 4UFHA 3A4XA 2RDUA 3W88A 4YVVA 3QRHA 3TC7A 4ICCX 2PF8A 3C4UA 1I9CB 2WKGA 1FFRA 4UQCA 1BWZA 1HF6A 3AXXA 4OA3A 1XD1A 2GSJA 2I17A 5KG2A 1C9WA 5CH9A 4JTAA 1IT7A 3POCA 4PMDA 3CL6A 1IR6A 1WNOA 3QF0A 4IK0A 2Y4SA 3ZVHB 1JYVA 4HA0A 3DEVA 4JTHA 4O53A 5GVJA 4A8RA 4W8LA 1MXDA 2J6TA 4IPJA 3T5JA 1XGZA 3WMLA 3FAXA 4GNVA 3GXTA 1VJZA 2JF7A 4HU4A 3GRIA 1LT7A 1F3TA 5TQLA 1JD9A 2R8WA 8A3HA 4RL3A 5D8ZA 5DY2A 2J78A 1V08A 4H3DA 1VENA 4QIUA 5L9XA 2PUZA 3L0KA 4I90A 3A3XA 3CZEA 3FJ4A 1XGEA 1TV7A 3QHNA 3RCNA 4Q8PA 4NSBA 1J96A 1GVIA 3JUGA 1JUEA 2PDIA 3MQTA 4HJFA 4IIBA 3HPZA 1E9YB 2H9AB 2ZA1A 2BOGX 1W0MA 4HA1A 2YDAA 1Q65A 2VZVA 2CLPA 4JTGA 1K23A 4JQ4A 5I3KA 2UY5A 4H04A 2DSUA 2R82A 3IAQA 1TE6A 1YMYA 2H90A 4BQ4A 3A9BA 3LXCA 2IXUA 2J8TA 5F4XA 3QV7A 4EXBA 3N2CA 4F2BA 3ZS4A 4GISA 5DLCA 3AYVA 2WM1A 2BG5A 2DVUA 5LXEA 3TN4A 4O17A 4ZOCA 2GKEA 2W61A 2FTYA 4DZ5A 3VNYA 2G8ZA 4BWLC 3V0UA 3FHQA 3WK3A 1Q7MA 3R0UA 4HBKA 1JCJA 3MCMA 2UVVA 3GDTA 4L4MA 3MC5A 4O1BA 5A6KA 3W25A 4NF7A 3V35A 4IP7A 4I9TA 2P9BA 4AISA 5LHFA 3UWQA 3WQ8A 3WNOA 3PBGA 1J12A 2BSLA 5LA0A 1HJQA 2J6XA 4GKTA 3VIKA 4PCFA 1IGWA 4O4VA 3G6VA 3L0NA 1TJRA 5D09A 1QY9A 1Z48A 5LKYA 1GQIA 3QC3A 2D0FA 4FP1A 2CHNA 3TR2A 2WVUA 4ATWA 1CCWB 3QY6A 1BFNA 5KFEA 1Q6FA 2X7VA 2YKKA 1LG2A 1DXFA 3CL7A 5HQEA 5H1WA 4M3PA 3LPPA 1NWRA 2H8ZA 4BF5A 1B3WA 2Y88A 2WNQA 3NPXA 2I14A 3LM3A 3XIMA 3ZLFA 1KFKA 4WEVX 1S7JA 4L1GA 3BH4A 4ZODA 4BKNA 1QW8A 1JI1A 3TC3A 2VEKA 4QGCA 3VGBA 1FCUA 1UA7A 4P61A 2C0AA 4WOQA 5E6YA 4QP0A 3TAOA 1ODUA 3N6QA 1XF0A 4ICNA 1OCJA 4DYKA 1A5UA 2QXWA 4JTCA 2ZZ2A 1VLIA 2OYLA 2IPJA 4JX6A 2J6SA 3HQOA 4XZBA 1KM4A 4YXGA 5TNVA 3ZJ6A 5C55A 2VEFA 1VHCA 1UOKA 3URBA 1XBYA 1CGYA 5DCEA 1C9DA 2DVTA 4DBUA 2VX5A 3VOIA 1Q7QA 3VMNA 1AH3A 1V0LA 4XBJA 3L4UA 3UD6A 1GG0A 1DJHA 1QHOA 3VM7A 4Y9OA 3CUIA 1C7TA 5I7GA 4O28A 5KT7A 5K9DA 1TCDA 3NQVA 3DFYA 4NP7A 2DH2A 3RDKA 3UEQA 4Z2GA 1PE1A 2IMWP 1N8FA 5KT4A 2E5BA 1XIBA 1HL2A 4PRWA 3PFRA 3U3HA 3G6LA 3W7LA 4GGHA 1K03A 4IG2A 5AHNA 3MUY1 1I4NA 3PAJA 3FGCB 2BQ3A 5BWAA 4EPBC 3VIMA 1M68A 5DO8A 3UWWA 4DJFC 2G0WA 4ICMA 1TQJA 4M6QA 4LCSA 1AL7A 3TH6A 2WSYA 3L5LA 1JXLA 4NIRA 3UXKA 3CAQA 3CJPA 1RHCA 1KRCC 3W7RA 4FR6A 1JRCA 3LBCA 4MG4A 1LRNA 3APGA 2WXDM 3H2NA 5KITA 5AC4A 3VILA 4FPSA 2DZBA 4KF1A 3MSRA 4QCEA 1EO7A 3NDZA 4IISA 3IGHX 2OSYA 5FF0A 4XZHA 3ZIZA 2ACUA 8XIMA 3SY5A 2WWCA 3Q8QB 1JZ8A 1VZWA 2EQDA 4O15A 3GU1A 2PB1A 5A1AA 3SSZA 4AX7A 1KC7A 3ARXA 3UERA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VKA A;  2X42 A;  3UJR A;  2WO5 A;  2CU0 A;  4NZJ A;  2ACS A;  2OEL A;  4D8Z A;  5CCZ A;  2EHH A;  4GIA A;  4CNO A;  4H9Z A;  3T07 A;  1FCQ A;  3DH7 A;  3R7M A;  5CBI A;  2E68 A;  1P48 A;  4X9Y A;  1SO3 A;  3CZ8 A;  1RCO B;  4J9J A;  5JQ9 A;  4K1G A;  2WSP A;  1UKP A;  3QTG A;  2WZT A;  5C71 A;  3USZ A;  3AYT A;  5JIW A;  3MMW A;  1YNP A;  4HVX A;  4AXN A;  4ZXO A;  2OLH A;  4J3X A;  5JUV A;  4L7Z A;  5HQL A;  2EG6 A;  3RK8 A;  4UTF A;  2NQZ A;  1T41 A;  1DJN A;  5D04 C;  3PSV A;  4GWE A;  2ZA3 A;  1XIS A;  4GVG A;  4H9V A;  2QIW A;  5KFR A;  3O07 A;  4U2Z A;  4Q6X A;  2BB0 A;  1G01 A;  4J9L A;  1EGZ A;  1ZZM A;  4AEF A;  3HG2 A;  5EBU A;  1G0C A;  1UR3 M;  4ONV A;  1E40 A;  3CUH A;  1QPK A;  1HKV A;  1EQP A;  1OIF A;  1QHP A;  5AEC A;  3KVJ A;  2VOT A;  4AEE A;  4DF2 A;  4AVN A;  2QKF A;  2VR2 A;  1EC9 A;  2PTY A;  3M47 A;  1PZ3 A;  1XH1 A;  1US3 A;  3DHD A;  5H2Y A;  3LK6 A;  3H4G A;  4HHL A;  4MF4 A;  1MDR A;  2YCJ A;  2CBI A;  1HJS A;  4PMZ A;  4ECW A;  2BVD A;  1PTG A;  1GGO A;  1ZLP A;  4ZO9 A;  3GVQ A;  2X1T A;  4R34 A;  4DBS A;  2BXY A;  3T05 A;  5KZM A;  5J5D A;  3WQZ A;  2P8C A;  3GH5 A;  3AZT A;  4HJW A;  5IHS A;  1H63 A;  3HGS A;  1LRQ A;  3N4F A;  1ONW A;  1LLW A;  4ZFC A;  1GOR A;  2GLK A;  3GFX A;  1GK8 A;  3LGD A;  2PWU A;  3WYZ A;  3I4E A;  1JZ5 A;  1H2J A;  1BRL A;  1WDQ A;  2VCB A;  3AJX A;  3WLQ A;  3TTY A;  3GBE A;  3IIP A;  2Y8V A;  1JDC A;  1XJB A;  3VGE A;  3GIM A;  4ECL A;  1H61 A;  2WZH A;  5E0F A;  3SRH A;  2W79 A;  1VPY A;  3BG3 A;  3S1V A;  2PWF A;  5C70 A;  1DID A;  3KS5 A;  1JCL A;  1NWT A;  3TN5 A;  5H8P A;  3MKV A;  1A0D A;  1JUK A;  3CQI A;  2ALD A;  3M5X A;  1K70 A;  1ITU A;  2Z1K A;  3S4T A;  3EBV A;  1RQB A;  4YQW A;  3RU6 A;  4IIG A;  3QYQ A;  3U0H A;  2Z0I A;  1DIK A;  3WQ4 A;  1W1Y A;  5ABF B;  3L65 A;  2BBF A;  4W8A A;  5BWF A;  4GBD A;  1V3H A;  3DFS A;  5F2I A;  4ZE4 A;  1O5Q A;  1EUN A;  5LNV A;  1U1U A;  2B81 A;  1JCT A;  4IMF A;  4REQ B;  1V3J A;  3AFB A;  3PZI A;  1UR1 A;  1UG6 A;  4HHM A;  2VX6 A;  1KW1 A;  4JTT A;  4X61 A;  4ZTX A;  3PAN A;  4YTU A;  4C1L A;  3W27 A;  3OGV A;  1L2Q A;  2QUL A;  1P6C A;  3TYD A;  2CEQ A;  3PN8 A;  2BHY A;  3CK5 A;  3AHT A;  2YGY A;  1UQY A;  5A2B A;  3Q8R B;  1Z8A A;  2G4J A;  3FYY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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