2OZT | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	321
structure length	321
Chain Sequence	SLRWQWRIYEEPLQEPLTTAQGVWRSRSGIYLRLEDEQGQVGYGEIAPLPGWGSETLNADIALCQQLPGHLTPEIMATIPEALPAAQFGFATAWQSVGRLPYRVRPWPICALLGSGQAALEQWQQSWQRGQTTFKWKVGVMSPEEEQAILKALLAALPPGAKLRLDANGSWDRATANRWFAWLDRHGNGKIEYVEQPLPPDQWQALLSLAQTVTTAIALDESVVSAAEVQRWVDRGWPGFFVIKTALFGDPDSLSLLLRRGLEPQRLVFSSALEGAIARTAIFHLLETWQPCHALGFGVDRWRSAPLLTTLTAYERLWERL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3955399408296323__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3955399408296323__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2OZT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3955399408296323__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3955399408296323","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2OZT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3955399408296323__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd68f3d84f7d86633eb4eb/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd68f3d84f7d86633eb4eb/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Synechococcus elongatus
publication title	Loss of quaternary structure is associated with rapid sequence divergence in the OSBS family. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tlr1174 protein
total genus	95
structure length	321
sequence length	321
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13378	MR_MLE_C	Enolase C-terminal domain-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.120	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Enolase-like C-terminal domain	2oztA02
3.30.390.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Enolase-like; domain 1	Enolase-like, N-terminal domain	2oztA01

4M6UA 3V4BA 3ENLA 1WUFA 3QKEA 1SJAA 3R0UA 3TWAA 2PPGA 3Q45A 3T6CA 2MUCA 4K2SA 4KPLA 3MSYA 3CK5A 2I5QA 3TOYA 4J1OA 1MDLA 2PGWA 3I6EA 1KKRA 4KWSA 2OLAA 4IP5A 4IZGA 3UXKA 2HXTA 1EC7A 2QJMA 4IP4A 3QTPA 4HYRA 5FJUA 3DFHA 3T9PA 1EC9A 4JHMA 3SN1A 3NFUA 7ENLA 5EU9A 1F9CA 3MZNA 4A3RA 3N4EA 4YWSA 4ZA0A 3RGTA 2PGEA 1FHVA 1JPDX 3FVDA 3ZLHA 3BOXA 3IJLA 3P3BA 4E8GA 1MDRA 2OQYA 3JZUA 2OZ3A 4MGGA 2GGJA 3UGVA 2PU1A 3RITA 3FJ4A 3IK4A 2P3ZA 2XH0A 3MKCA 1EBGA 3H12A 6ENLA 2PTZA 4Z1YA 3OW1A 3UCCA 3IJIA 3UXLA 3UJEA 2P8BA 4J3ZA 3BJSA 1NU5A 3RRAA 1JCTA 2PP3A 2POZA 3V5FA 3RR1A 3R25A 3FXGA 3JVAA 4GIRA 3SN4A 1MUCA 4HNCA 4GGHA 3D46A 2P88A 4JN8A 2GGEA 2AL2B 2QVHA 4M0XA 3SBFA 4IHCA 3FV9A 3N4FA 2PSNA 3SQSA 4DHGA 4IL2A 3VDGA 3NO1A 4G7FA 5FJRA 4DXKA 3PK7A 4FP1A 1NELA 4DN1A 1XS2A 4H19A 3UJFA 1R0MA 4FI4A 1TKKA 3SJNA 4EWJA 4DX3A 1BKHA 3ZVHB 2XH4A 2GL5A 2HNEA 3VC6A 1JPMA 3RO6A 3DDMA 3DIPA 3H8AA 3VCNA 2OPJA 2PMQA 5BOFA 2PCEA 4GFIA 3GY1A 4GGBA 4A35A 3ES8A 3Q4DA 3H7VA 1KCZA 3CXOA 5J04A 2AL2A 2GSHA 2GGIA 4MKSA 3UJSA 3CT2A 3DFYA 3OPSA 2OG9A 3DGBA 3H70A 2O56A 3IJQA 2OVLA 3S5SA 3EEZA 1W6TA 3U4FA 3OZMA 3MWCA 2QQ6A 4HCHA 3TJ4A 4E4FA 3UCDA 3ZVHA 1R6WA 4HCDA 1PDYA 1KKOA 3ZLFA 2ZADA 1IYXA 3UJ2A 4IT1A 3TTEA 3GD6A 3ZLGA 1E9IA 2XGZA 2PP1A 3DG3A 4DYEA 2DW6A 4Z17A 4E4UA 3I4KA 1WUEA 3T4WA 2GGHA 3PFRA 2QDEA 1P43A 3OZYA 5BOEA 2NQLA 3TJIA 4H1ZA 4GISA 1EBHA 1JDFA 3THUA 3STPA 2MNRA 3QPEA 1L8PA 4HPNA 5ENLA 3R0KA 3D47A 2QDDA 4KEMA 2AKZA 1P48A 3CB3A 3OTRA 4HN8A 3EKGA 1RVKA 2PTYA 2P8CA 4GYPC 2OX4A 3QLDA 3V3WA 2QJJA 3VFCA 1TE6A 3ES7A 3SN0A 2PU0A 1MRAA 1ELSA 3R10A 4E6MA 2CHRA 1OEPA 1EC8A 3MUCA 2HXUA 3B97A 4JN7A 2OZTA 1PDZA 1YEYA 3QN3A 2ONEA 2DW7A 2FYMA 3ZVIA 2GDQA 3SSZA 3DEQA 2HZGA 2OKTA 4ENLA 2PTXA 4E5TA 3HPFA 1FHUA 3RCYA 4H83A 5IDZA 3DG6A 4KT2A 1XPYA 5FJPA 3CYJA 1ONEA 2QJNA 3TWBA 4G8TA 3VC5A 3K1GA 4DWDA 2FKPA 3OP2A 4HCLA 3S47A 1SJDA 4GMEA 3BSMA 2AKMA 1ECQA 4K8GA 3TW9A 2PTWA 4MMWA 3PWGA 2XH2A 3VCCA 3TQPA 3UJRA 3FCPA 3GO2A 3P0WA 2OFJA 2PODA 3DG7A 2QGYA 4X2PA 3NZGA 3JW7A 3PWIA 4K1WA 3TCSA 3NXLA 2PP0A 3R1ZA 2PA6A 2XSXA 3MQTA 3MY9A 2ZC8A 1SJBA 4A6GA 4HNLA 1MNSA 2RDXA 2OO6A 2AL1A 3N6HA 2OQHA 4IL0A 3I6TA 2P0IA 4ROPA 1BQGA 4F4RA 1KD0A 2PS2A 3VA8A 3KUMA 3FYYA 2OZ8A 3DESA 5FJTA 3N6JA 1SJCA 2XH7A 4ZCWA 3T8QA 3DERA 3R11A 4GYPA 3U9IA 4H2HA 3V5CA 1DTNA 3GC2A 3CAWA 3P93A 5FJOA 1TZZA 2GGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1EP3A 1XYAA 4HHHA 4PR4A 1FOBA 1GOIA 2AMXA 4O18A 3TWAA 3LRKA 3ARRA 5A8QA 5HINA 2IPGA 3L0GA 5IRPA 1QWGA 1IIHA 3VOJA 2BVDA 5TAOA 1BSIA 2C6QA 1SU5A 3NL2A 3RM4A 2PDLA 4IZGA 5FS9A 2P50A 2CZFA 3M6DA 3VD3A 3H4GA 4WDUA 3TR9A 3WQOA 3UF9A 1OGGA 5K9DA 1D8WA 3OZPA 3KWXA 3WMCA 4KCUA 2PWUA 5KVHA 2DZBA 1I9CB 1YTKA 2E1DA 3W7PA 1YE4A 4J27A 2Z0IA 1FA2A 3TH6A 3EYPA 4J5NA 1MEIA 2YGYA 3LHZA 4NX5A 3LGDA 2PE4A 3H22A 3EOEA 1XYFA 2XWEA 1VENA 3IV8A 4H6RA 2UY4A 2FIQA 3O6YX 1LRQA 3GNOA 3VNZA 3FSUA 1X1NA 5HUOA 4JIHA 1JRCA 2IPFA 5CAHA 3V0UA 5CGMA 1ZJBA 4ZSUA 5K2ZA 1KC7A 3HW2A 5HMDA 3QQ1A 4NAFB 1BTMA 4S3JA 4F3HA 4Z1YA 3OW1A 2Q09A 3NO3A 3PBGA 4FLOA 1TCMA 2QCGA 3G8RA 4NNBA 4HOXA 3QGAC 1ZY8A 3QV8A 1HKKA 2A3EA 1ZXIC 4MTVA 4PMOA 1J4EA 3S5YA 3SQPA 3JVAA 1BPLB 5EYWA 1DVJA 3A4JA 3IGXA 7REQA 2BOFX 2VDGA 3KXQA 3NOEA 1QNPA 4JKLA 3SQLA 4F40A 3W7NA 1BRLA 1Q7MA 1RXOB 1S5MA 2GJXA 2WZTA 3GNXA 3SQSA 2E3ZA 3WL0A 2Z2BA 4LA1A 3VD4A 1GZ1A 1TQJA 4U10A 1J0HA 3AUJA 3HQOA 3UP8A 3EOOA 1DIOA 2VRKA 1WXJA 1RA5A 4H8VA 5I07A 1J0JA 1V97A 2YL8A 3VI2A 4DI8A 1TTJA 4MOZA 3BW3A 3SY1A 2DQWA 2B0MA 4QCFA 1ODZA 3W28A 5AVNA 4QROA 1YDNA 3ZWSA 1KCZA 1W8SA 4PE8A 1SW0A 3DFYA 1S2TA 1E56A 2Z7GA 4C60A 3DX5A 3CV1A 3C86A 3WLMA 3BQ6A 4OBSA 3TK7A 1FHDA 4M1BA 4J35A 3TZNA 3BV7A 1IQ8A 3K8MA 5FSEC 2EQ9A 4RE2A 4C6LA 1GYNA 4FLRA 2IKJA 5H8UA 3AS2A 4XIAA 3UJ2A 2QMJA 1UD8A 1FTXA 3E2QA 1Q2RA 1G69A 5FEZA 2OSXA 1FWJC 3M6YA 4AD0A 5I6SA 2Y6ZA 2OX1A 1CENA 2C1GA 1G7VA 3T2QA 2EG8A 2PDQA 1WUEA 2BB0A 1U22A 4UCFA 3EMZA 1WQ5A 2A6NA 5G5GB 4C1NB 1JXJA 2WHLA 1C90A 2XM1A 2YFOA 3EWXA 5L9FA 3GRIA 4FAMA 4QFUA 4CN1A 2VM8A 3KLJA 1JFHA 1L8PA 1YKWA 3WH9A 3MVIA 1E6ZA 3B9NA 3TUUA 3GD4A 1A5BA 2H6RA 4NP7A 3H53A 2HS8A 2ZX8A 2LLEA 1JEZA 4FXSA 1EJRC 4JOMA 1S39A 2Y4SA 4ERIA 3MO4A 3PANA 1K9TA 2PF8A 4GJIA 5F7UA 4LC8A 2WBAA 2ZZ7A 2QKFA 2XGIA 5I06A 4H9MA 4XZNX 4CQCA 1NHQA 1ZRQA 1OX5A 1VJZA 2D20A 3T05A 4IWWA 4LVGA 3SSZA 4YL2A 5KVIA 4AWUA 2DH2A 4UNLA 1QVBA 3R89A 4E5TA 3PPHA 3SCWA 1ISWA 3GW0A 2BBFA 3BAWA 1CGYA 1HJVA 2JEQA 3AS1A 4L9YA 1MQPA 5TD4A 1JZ6A 3CUIA 1IF2A 1RM6B 3W7QA 3NUKA 4WD0A 1JZ5A 4UC5A 5IBXA 2XFRA 1DWJM 1IZKA 1IGWA 3KL5A 2WJEA 1YTEA 2WLYA 3WJXA 1GW1A 3FGCA 4LUSB 4NT0A 2VWTA 3WLPA 2YZ5A 3IJ9A 1CT5A 1E0WA 4PTNA 1KGXA 3CPUA 1R2TA 4K8DA 2ZRXA 3FY1A 1UWQA 1H2JA 5C55A 4DBWA 2J7GA 4J56A 1MNSA 3HN3A 2W79A 2ZZ6A 3F4WA 1WA3A 4KIRA 3DYMA 4NL1A 1XV8A 3IIZA 3SUUA 5CGQA 2JKPA 3KUMA 1R3SA 2OZ8A 3WLJA 5AHFA 4CD7A 3BZGA 3NOYA 1EJSC 1SJCA 1GTEA 1UBSA 3T8QA 1GRBA 2FGLA 1MQQA 3U9IA 3IPWA 3MB9A 4LY4A 2O9TA 3LOTA 4WUIA 1FFRA 1TG7A 3LRMA 1NARA 3VDCA 1DJYA 1EYWA 3QXBA 3WSUA 3ALFA 4I9JA 4EX4A 4W8LA 1W2VA 3GDMA 2GSEA 3RLHA 4S3BA 4J4KA 1DHPA 5HJYA 1W1YA 4NY2A 3QBUA 2ATSA 3UR2A 1I2QA 4DAIA 4OZOA 4XTDA 5D03A 3P60A 2CU0A 3DBPA 1JFXA 4CD4A 4LY8A 5CZTA 1JCNA 3F2BA 2XHYA 3ISIX 3WELA 2O9RA 3II1A 4BEQA 3BPWA 1VZWA 1VS1A 1W0MA 3L8KA 4JDYA 4G7EB 3T9PA 4JHMA 1PSCA 4O14A 2Z1VA 1XIDA 1V3IA 1H09A 4NYYA 3RGTA 2DZPA 1L8NA 3RPDA 2I9EA 3CYVA 1Z7AA 3A5VA 1FDYA 4QHRA 4YNGA 3BUVA 1VFFA 3I7SA 4W93A 3LSBA 1JI2A 1SVDA 1OVDA 3AIVA 4HZ6A 4MWAA 3GVWA 2ALRA 4E0CA 2OQYA 3JZUA 2A0NA 1NFPA 4C90A 1JEHA 3RITA 4ZR8A 3UBPC 1V02E 5SWUA 3GC5A 3ARYA 3LLXA 4IG2A 4J2PA 4KGLA 3TN4A 6ENLA 1OD0A 3PJTA 2WK2A 4JTDA 2BS9A 3CZEA 1E51A 1E1FA 2V5DA 2BNJA 2DSUA 4XKYB 1ZQ5A 3STCA 3QOMA 1C8YA 3WD3A 2YCLA 2C15A 1WP6A 3FXGA 3PZMA 3EWCA 3RU6A 3H2FA 2CESA 3G6LA 2XUCA 1TO3A 3DHUA 1XISA 1QI2A 3E74A 5CPLA 2Y89A 1GPFA 3W00A 1E72M 2WJZA 1EJTC 3LK6A 4GY1A 3GG8A 2DUAA 4GJJA 4FNUA 1ZHAA 2ACRA 3IUIA 5AHNA 1LL4A 3N4AA 5CZ0A 3ABZA 2PRHA 4G7FA 1UKSA 2R9ZA 1Y65A 1NELA 4MSSA 3EXSA 4AAJA 1UD3A 1Z3NA 3AISA 1VYPX 1P7TA 3CJPA 5CC7A 3UWYA 3IVTA 3ZZ1A 2IKHA 2OPJA 4S3CA 4YPJA 4JQ4A 3FFSA 3DK9A 3KS5A 3N29A 3TYZA 1X2GA 2BY3A 4YMZA 5J04A 1T7LA 3GIQA 4FHAA 3UJSA 2DUZA 1O66A 1T99A 4AZBA 3IJQA 4GE8A 4H8NA 3WQDA 3DFQA 2DORA 2XN2A 3EA3A 1GOQA 1EIBA 1QO2A 4HCHA 2A85A 2WSQA 2OU4A 5FS6A 4ZL1A 4RNFA 3AIEA 4EQWA 5HQEA 1MQRA 3C52A 1W3HA 3WJYA 1TSIA 1XF0A 1R6WA 1J0IA 1KKOA 3BH4A 1DPMA 3TSDA 2XGZA 3EA2A 1E4LA 2REQB 3IGSA 2F2HA 3C6CA 1BVZA 2A6LA 1AW5A 1D8CA 2ZQ0A 2EEXA 5AC8A 5F1VA 1UUOA 3EOUA 3EEGA 4NJHA 4E3VA 3G1AA 4C6MA 4XZMX 4IMEA 2EAWA 5CJNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2OZTA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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