2QJJ | Genus

Total Genus 147

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	147
sequence length	402
structure length	402
Chain Sequence	MKITAARVIITCPGRNFVTLKIETDQGVYGIGDATLNGRELSVVAYLQEHVAPCLIGMDPRRIEDIWQYVYRGAYWRRGPVTMRAIAAVDMALWDIKAKMAGMPLYQLLGGRSRDGIMVYGHANGSDIAETVEAVGHYIDMGYKAIRAQTGVPGIKDAYGVGRGKLYYEPADASLPSVTGWDTRKALNYVPKLFEELRKTYGFDHHLLHDGHHRYTPQEAANLGKMLEPYQLFWLEDCTPAENQEAFRLVRQHTVTPLAVGEIFNTIWDAKDLIQNQLIDYIRATVVGAGGLTHLRRIADLASLYQVRTGCHGATDLSPVTMGCALHFDTWVPNFGIQEYMRHTEETDAVFPHDYWFEKGELFVGETPGHGVDIDEELAAKYPYKPAYLPVARLEDGTMWNW

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__779482615649443__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__779482615649443__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2QJJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__779482615649443__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"779482615649443","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2QJJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__779482615649443__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Novosphingobium aromaticivorans
publication title	Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: D-Mannonate dehydratase from Novosphingobium aromaticivorans. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
total genus	147
structure length	402
sequence length	402
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.2.1.8: Mannonate dehydratase.
pdb deposition date	2007-07-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02746	MR_MLE_N	Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain
A	PF13378	MR_MLE_C	Enolase C-terminal domain-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.120	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Enolase-like C-terminal domain	2qjjA02
3.30.390.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Enolase-like; domain 1	Enolase-like, N-terminal domain	2qjjA01

3NO1A 1YEYA 2OX4A 3GY1A 4IL0A 1RVKA 4GMEA 1ELSA 3N6HA 2OVLA 4MGGA 4H2HA 3MWCA 1EC8A 3OP2A 3BJSA 3QPEA 4K1WA 3QKEA 4IT1A 3PK7A 1TE6A 4MMWA 1WUEA 3T8QA 2MUCA 2GGIA 2OG9A 4JN8A 3R0KA 3CT2A 3UJEA 3P3BA 1KCZA 3OW1A 2GDQA 2QJNA 3IK4A 2XH2A 4GYPA 2QDDA 5EU9A 2PTZA 1NU5A 4K8GA 1SJCA 3CYJA 1P48A 2PMQA 2GL5A 3DERA 1JPDX 3K1GA 5IDZA 2GGGA 2PTWA 3GD6A 3FVDA 4GYPC 3P93A 3S47A 3N4EA 2CHRA 2GGHA 7ENLA 3DFYA 3JW7A 2P8BA 4Z17A 1WUFA 3T4WA 3DG3A 3P0WA 4KWSA 5FJRA 4ZCWA 4M0XA 3ZVIA 3UJ2A 1P43A 3TJ4A 2XH4A 3QN3A 3SN0A 3FCPA 2QJJA 3N4FA 2PGEA 2PU1A 5J04A 2XSXA 3R0UA 2QDEA 2PP3A 1IYXA 2XGZA 3VC6A 3SN1A 3SQSA 2FYMA 3RR1A 3PWGA 3QLDA 2PP0A 3EEZA 4ROPA 2PCEA 4HCHA 4DYEA 2HNEA 1ONEA 3SBFA 2PP1A 2PU0A 4YWSA 3N6JA 3T6CA 3GC2A 4H83A 3TJIA 3D47A 3V5FA 1JPMA 3MKCA 3ZVHB 2OZ3A 3U4FA 2P0IA 3Q4DA 4A6GA 1MRAA 2P3ZA 4JHMA 4F4RA 3STPA 3QTPA 2P88A 3DIPA 2ZC8A 3EKGA 2AL2A 4DWDA 1OEPA 3D46A 3OZMA 3TQPA 4DN1A 4GISA 1EBHA 2AKZA 3ZLHA 1EC9A 2PSNA 1MDRA 3UGVA 3PWIA 1EC7A 3KUMA 2PA6A 3TCSA 2POZA 4E5TA 4JN7A 2PS2A 1TKKA 2HZGA 2AL1A 2OZ8A 3CXOA 3MQTA 3VC5A 4KEMA 4HCLA 2HXUA 3THUA 1SJBA 4E4FA 3NZGA 5ENLA 2P8CA 1BQGA 1W6TA 2I5QA 1KKRA 3CK5A 3DDMA 3CB3A 3MUCA 3OZYA 2OZTA 1XS2A 3FXGA 3TWBA 3DG6A 3NXLA 4KPLA 4E8GA 2PODA 3PFRA 1ECQA 2QJMA 3ENLA 3VA8A 4DX3A 4E6MA 4IP4A 1E9IA 2RDXA 4M6UA 3DGBA 3T9PA 1FHVA 4HNCA 2OQHA 1R6WA 3IJLA 3FJ4A 3TWAA 3VCNA 1MUCA 3JZUA 3RGTA 3JVAA 4Z1YA 3HPFA 3UJFA 1JCTA 1L8PA 3UJSA 4HYRA 2HXTA 3UJRA 4HN8A 3UXKA 1KD0A 2FKPA 2XH0A 2PTXA 3GO2A 4IZGA 4HNLA 3MY9A 2QGYA 4FP1A 3RRAA 4J1OA 1KKOA 3RCYA 1EBGA 4X2PA 1TZZA 4J3ZA 4G8TA 3Q45A 4IL2A 3VCCA 3VDGA 4IP5A 6ENLA 1BKHA 5FJTA 1XPYA 3ZLGA 3ZLFA 3BSMA 1JDFA 2GSHA 4FI4A 2MNRA 3TOYA 2QQ6A 2ONEA 3H7VA 1PDYA 3V3WA 2OQYA 3U9IA 4H1ZA 4HPNA 3R10A 3SSZA 3SJNA 3MSYA 3TW9A 2AKMA 4GGBA 2OFJA 2OKTA 3H70A 1MNSA 3FYYA 3RITA 3I6TA 2XH7A 4HCDA 3MZNA 1SJDA 3UXLA 4DXKA 3CAWA 2QVHA 3DG7A 3OTRA 4G7FA 4H19A 3H8AA 3S5SA 3DFHA 2ZADA 3NFUA 4DHGA 5BOEA 3IJIA 3DESA 3ES8A 4GGHA 1SJAA 3UCDA 2PTYA 2OPJA 4EWJA 3R25A 3FV9A 2AL2B 3B97A 4IHCA 3OPSA 3R1ZA 2GGJA 3R11A 3UCCA 4E4UA 3BOXA 4ENLA 2PGWA 2O56A 4K2SA 2DW6A 5FJOA 3ES7A 3RO6A 3TTEA 1FHUA 3I4KA 4A3RA 3ZVHA 4ZA0A 2GGEA 2NQLA 5BOFA 3I6EA 1PDZA 1MDLA 3H12A 1DTNA 4GFIA 3DEQA 3IJQA 2OLAA 5FJUA 2DW7A 1NELA 3VFCA 3SN4A 3V4BA 4A35A 2OO6A 4KT2A 5FJPA 2PPGA 4GIRA 4MKSA 3V5CA 1R0MA 1F9CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1U1UA 2QMKA 2X7VA 1A0CA 3I65A 1KXHA 3GY1A 1E3ZA 4O10A 3QR0A 3LPFA 4LS0A 5B7ZA 4EPDC 3EOUA 3WQDA 4HNNA 1KM3A 3SZ8A 4LUTA 4LYRA 4BI7A 4ORIA 3W74A 1OCBA 3PJXA 3G2GA 3U0HA 3VM7A 2ZUUA 1CZ1A 1GVQA 3KVKA 2Q8XA 3FG2P 3ITOA 1LROA 4MY9A 1QJWA 4W8AA 3BURA 4DJDA 1TJPA 2B0MA 4EPEC 1GERA 5JBFA 3GDTA 3SUUA 3T8LA 4LS1A 4QLJA 4ZQPA 3BZJA 2TMDA 1T5AA 5DFAA 2C18A 3WY1A 1XD1A 1FTXA 4DPQA 3WK3A 2QDDA 3C52A 3PWAA 4CKQA 3O6YX 1M6IA 2JF6A 1IGSA 5I78A 4GQBA 2WO5A 2VR2A 2OEMA 3WEOA 1OFEA 1P48A 3QSRA 5M1TA 4PMDA 2ZUMA 4UQAA 1H1ZA 1GEUA 4GRTA 3GAKA 2D0FA 4MWAA 3IVTA 2VC6A 2BFGA 2IPWA 4BJHA 1GSNA 2ASHA 3GWQA 1TMLA 2WQPA 3PPFA 4XAFA 5AVHA 4W85A 4C65A 3MANA 4HNOA 2GOUA 1UWUA 2HE5A 1KM1A 2PGEA 4IX2A 2YGYA 2WK2A 3VIHA 1ECEA 3SCWA 3R0UA 3S4TA 4AD1A 4R53A 4CLMA 3W7JA 4F2UA 1LWJA 5AHMA 1GVSA 4J3XA 3UXIA 5D37A 2DQWA 1D7YA 3B3DA 2JFEX 1RCXB 3CH9A 3H24A 5HR7A 2XPKA 3G0XA 1Y65A 3LCFA 3O05A 1W8GA 3WEMA 1XGDA 1W1B1 2V9DA 3S0CA 2Z2AA 4XG1A 2Z6JA 3ARUA 3FKRA 4O1DA 5JH1A 1XQKA 2VEKA 1UASA 3L2LA 4G2DA 3A22A 4ES4A 3F4NA 1RD5A 3SRHA 1NVMA 4C91A 2CKSA 4AIUA 1GWJA 1ONWA 1WO2A 4BY3A 2PF8A 1W9XA 3V5FA 1IZKA 1S5WA 2BCPA 3OQEA 2ZXAA 5A6MA 5AC8A 3K4DA 3HRDC 1R38A 4PB4A 4JHMA 1DXLA 3ABQA 1MXGA 3I7RA 4W7VA 3ZMRA 1V6UA 3MV11 1K1DA 2VEPA 4EXQA 3N9SA 4YTQA 2Y88A 4LU0A 3PUGA 4CU6A 2G95A 3C8FA 1KM0A 5A2CA 1HKMA 3RN6A 3K4AA 2KZHA 5DO8A 3TTOA 1QOPA 1VBGA 3UFYA 4BZYA 4EQSA 1C8QA 1O5RA 4F0HA 1PSCA 2HXUA 3NQBA 1LCOA 1EDGA 3WENA 2Q09A 1Z9AA 5ENLA 4C5ZA 1FHLA 4W5UA 3E0LA 4PSPA 5FS8A 4H4PA 1FHDA 3W84A 2VC5A 2VFFA 1QHZA 3W01A 3O06A 4ERIA 1V0MA 2NW0A 1K7XA 1BWLA 2YA2A 5DY3A 3GFYA 1YNPA 4KPLA 3AAMA 5F2LA 2V5KA 1P5BA 4V15A 1DNCA 4PZVA 1OGBA 4JNZA 1H2IA 2J75A 3HG3A 4GNJA 1Q65A 2YZRA 1Q85A 3TN5A 4JIRA 2BY1A 4F0LA 2WVUA 1QW7A 1WDSA 3LGGA 2VFHA 3FJ4A 3P14A 4XIAA 2WOVA 3RM4A 1I2QA 1WDRA 5JIWA 3RGTA 4KBXA 3DH7A 2GLKA 1D7KA 1O5XA 1XP3A 3LBOA 4CEXC 4HN8A 5F2MA 1KM2A 3DZ1A 1AH0A 3C3UA 2FHBA 4DLFA 3EANA 3EUB3 2VFIA 5HQMA 4YVVA 1LRTA 1GOWA 3FSTA 3KWSA 3I68A 2OXNA 4APNA 3BAXA 1RSCA 5DX7A 3L4ZA 1E4IA 3O0FA 2BSLA 1X1NA 5DANA 3UVAA 3G77A 6PTDA 5FI8A 2OWCA 1HL9A 1V51A 1YQ2A 2FZBA 1GXFA 1UQYA 1ICQA 1SZGA 4AXKA 1DWJM 1JDFA 2NQHA 2MNRA 1ZUAX 4L4MA 4ACZA 4LAKA 3Q94A 2VRQA 4PC8A 2PWEA 3AROA 3M1ZA 5KZDA 1OC6A 4UB9A 1F07A 1E0TA 2J77A 3CZLA 4R27A 4JY8A 1W0MA 3N13A 4WDUA 3BUVA 3JZEA 4QP0A 1REQA 4MB5A 2GWNA 1GOOA 4R5EA 4IGNA 3R13A 2GRTA 4PFMA 5FAJA 3T42A 3T1GA 3H70A 1EHNA 3LTPA 1AG1O 3WLHA 1JRCA 3UZYA 2F5ZA 5CZ0A 1PTGA 2YDRA 3E38A 3QZ6A 4ZOCA 4JOMA 3LXCA 1AD1A 5AHLA 1ME8A 1MVYA 3OTRA 2WZEA 4HYVA 1KFCA 3DGHA 3EXSA 3BLLA 4OV4A 5T9CE 4RR4A 1UROA 3EMCA 3WLQA 4DHGA 1YDYA 3RMJA 1LPFA 3CGDA 1P6CA 3ELFA 3M16A 3TUUA 3LXBA 2JE8A 4Q3MA 3GXTA 1F4AA 2QF7A 2WHJA 3B97A 1UR1A 2QGHA 3PBMA 1OCQA 4JTKA 1I60A 5CZTA 3NOYA 1BLIA 2Y6ZA 1XFBA 1I4NA 2EKCA 1POKA 3OLGA 3EOSA 3DJJA 2YLAA 5M03A 1WXYA 3WDHA 4LC6A 5AC5A 1LBMA 2PDFA 3W76A 2J78A 4ZA0A 2VEIA 2X40A 5EBKA 3CL7A 5D2TA 4MB3A 4D6JA 3KAOA 4UR7A 2X1IA 1YRRA 3WD4A 1TPEA 3P5YA 5DT7A 1BF2A 3SIZA 5K4XA 2KX9A 1YW1A 3AHVA 2GUUA 3BPWA 1Q6EA 1ZY8A 4DNMA 2OO6A 1EGMA 3T09A 3S1GA 1ZP4A 1IWAA 4NNBA 1ISWA 3NPVA 4HU3A 3R43A 2Z2BA 5T9BG 1DWHM 2Y85A 2OWWA 3WBAA 3LHWA 3DFQA 2IPJA 4B9YA 1O7AA 3GM8A 3N6HA 3JS3A 1FP9A 3W2KA 4KCTA 2UZ9A 3KP0A 3LXAA 4YPJA 3AMDA 1AOGA 3M4HA 1ZRQA 4JFSA 1A5AA 1NDWA 3IWPA 3BLOA 4RKAA 1KWKA 1KLZA 3PK7A 2G0WA 5FESA 4ADTA 3FSUA 1DP0A 2QPSA 1RV8A 1R9XA 1F3WA 3F4VA 1Q1WA 2E25A 4M80A 5I79A 1J6PA 4A8NA 3CZEA 1NEYA 2GJXA 2MANA 2E5DA 3M5ZA 4ZSTA 4L56A 1DL3A 3OVQA 5CPLA 5FS6A 5U1OA 1ESWA 3WD1A 4MWAE 1Z3NA 3S6OA 1EGVA 1HKKA 3FEMA 4GXPA 3ICJA 4WQ6A 1PVNA 4PUEA 1R9ZA 5FJJA 1RM6B 3GXNA 3LX9A 3A3HA 3L0NA 1TPWA 4NX5A 1N8WA 4BQ2A 3B8DA 4AYSA 4Y9AA 3PZIA 1XYCA 3FLUA 7ENLA 3M0KA 1QI3A 8A3HA 4KWSA 4N4QA 4JYDA 1GRBA 1S38A 3IGHX 2DPEA 1ITQA 2OSWA 4ADWA 1D7FA 3WG6A 5XIMA 2V5JA 1KBIA 5DXXA 2CITA 4BK9A 3UZJA 2QF8A 3APYA 2WVSA 4DYJA 4E8DA 4QNWA 1NF0A 2E9LA 2Q02A 3L21A 1J2BA 3W25A 2FVMA 5TAOA 3PP7A 2HTMA 3STFA 3IAPA 4NYUA 3BCJA 5HULA 4BWLA 4UZSA 4YWSA 2INFA 2VX4A 4LT9A 4GABA 4IISA 4PTMA 2H3DA 4H83A 3TJIA 4K39A 5A6BD 1LQ0A 5F4SA 4XBSA 2ZUNA 1LYXA 5JU6A 3OHIA 3C0QA 3NGFA 1G4SA 1V0LA 3REQB 1S5TA 4QS6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2QJJA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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