3RR1 | Genus

Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	384
structure length	372
Chain Sequence	MVKITRLTTYRLPPRWMFLKVETDEGVTGWGEPVIEGRARTVEAAVHELSDYLIGQDPSRINDLWQTMYRAGFYRGGPILMSAIAGIDQALWDIKGKVLGVPVYELLGGLVRDKMRTYSWVGGDRPADVIAGMKALQAGGFDHFKLNGCEEMGIIDTSRAVDAAVARVAEIRSAFGNTVEFGLDFHGRVSAPMAKVLIKELEPYRPLFIEEPVLAEQAETYARLAAHTHLPIAAGERMFSRFDFKRVLEAGGVSILQPDLSHAGGITECVKIAAMAEAYDVALAPHCPLGPIALAACLHVDFVSWNATLQEQSMELLDYVRNKADFALEGGYIRPPRLPGLGVDIDEALVIERSKEAPPVWRHADGSVAEWA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__082081094920661__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__082081094920661__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RR1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__082081094920661__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"082081094920661","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RR1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__082081094920661__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Ralstonia pickettii
publication title	Crystal structure of enolase PRK14017 from Ralstonia pickettii rcsb
molecule keywords	Putative D-galactonate dehydratase
total genus	111
structure length	372
sequence length	384
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.6: Galactonate dehydratase.
pdb deposition date	2011-04-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02746	MR_MLE_N	Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain
A	PF13378	MR_MLE_C	Enolase C-terminal domain-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.120	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Enolase-like C-terminal domain	3rr1A02
3.30.390.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Enolase-like; domain 1	Enolase-like, N-terminal domain	3rr1A01

2PPGA 3VC5A 2PP0A 1PDZA 3PFRA 4EWJA 3UCDA 3GC2A 2GGGA 2GL5A 3TWBA 3JW7A 3TW9A 2CHRA 1ECQA 3CT2A 3VA8A 2AL2B 2OZTA 3Q45A 4H1ZA 1SJBA 2QDDA 3B97A 2HXUA 3V5FA 3GO2A 4JN8A 4MGGA 2PU1A 4HNCA 4KEMA 3TTEA 2QDEA 2HXTA 3JZUA 3DERA 3N4EA 2PGWA 4ZCWA 3U4FA 2I5QA 2GDQA 4IHCA 3H12A 5FJPA 5EU9A 2OQYA 4IP5A 1DTNA 3SSZA 3VFCA 1ELSA 3DDMA 4HN8A 2FYMA 4X2PA 4DWDA 3FJ4A 3IJQA 2OQHA 2OFJA 1JPDX 3THUA 3MUCA 1TZZA 1MDRA 3UCCA 4DXKA 1KCZA 2PA6A 1ONEA 2HNEA 3RO6A 3R10A 1XS2A 4A6GA 2PGEA 2XGZA 1KKRA 3SQSA 4HYRA 2PODA 3I6TA 2GGIA 3QLDA 2P88A 2PTXA 3TOYA 3HPFA 1MDLA 3FV9A 4IZGA 3ZLGA 2ONEA 4YWSA 3ZLHA 1EC8A 2PSNA 4DYEA 3MY9A 4KT2A 2AKZA 1L8PA 1BKHA 2HZGA 4E8GA 4ZA0A 3NXLA 1FHVA 2POZA 4HCHA 3I4KA 3OZMA 2RDXA 3PWIA 4FI4A 1KKOA 3ZVIA 1MUCA 2XH0A 4DHGA 3H7VA 3EKGA 5BOEA 1FHUA 2MNRA 1EBGA 3OW1A 4GYPC 2PTWA 3MQTA 4M0XA 1E9IA 2OVLA 3MWCA 3CK5A 4HCLA 3DGBA 3TJ4A 2PS2A 3UXLA 3CYJA 2AKMA 7ENLA 2P3ZA 1OEPA 2QJJA 1IYXA 3DG3A 2QVHA 3FXGA 3UGVA 3S47A 3QKEA 3VCCA 2XH2A 5J04A 3FCPA 2GGHA 3TQPA 4IT1A 2OLAA 2XSXA 3D47A 2GGJA 3UJSA 3QTPA 3DIPA 3IK4A 1WUEA 3ZLFA 3FVDA 3V5CA 3GD6A 5FJOA 3ZVHA 2GGEA 4E5TA 3T4WA 1EC7A 3OP2A 3UJ2A 3GY1A 4M6UA 3KUMA 3CAWA 4HPNA 4A35A 2FKPA 3P93A 1MRAA 2AL1A 1EC9A 3STPA 3H8AA 3MSYA 3QN3A 3RCYA 3K1GA 1YEYA 4J3ZA 3OZYA 5FJUA 3S5SA 1P48A 2GSHA 3TWAA 5BOFA 3DEQA 3BSMA 3JVAA 3UJEA 3T6CA 3VC6A 3NFUA 3TJIA 1BQGA 4MKSA 3DESA 3U9IA 5IDZA 3ES7A 3NZGA 4HNLA 3UXKA 3IJIA 4ROPA 3N6HA 3MZNA 4Z1YA 3FYYA 2PMQA 2OPJA 2P0IA 3OTRA 4Z17A 3CXOA 2QGYA 3P0WA 1F9CA 4GFIA 3PK7A 2DW6A 3T9PA 4GIRA 2QJMA 2AL2A 2PP3A 3SN4A 3ES8A 1MNSA 4K2SA 3VDGA 4MMWA 4IL0A 4DX3A 3R0KA 1RVKA 4IP4A 2PTZA 3NO1A 2O56A 4ENLA 3RRAA 4KWSA 2OZ3A 4G7FA 3OPSA 4FP1A 2NQLA 3RITA 4J1OA 3DG7A 2QJNA 4G8TA 3I6EA 4GMEA 3MKCA 1KD0A 2PP1A 3R11A 3N6JA 3TCSA 2OX4A 3D46A 1JPMA 1SJDA 4E4UA 2MUCA 2OO6A 3R1ZA 4K8GA 3Q4DA 3V3WA 4DN1A 3EEZA 4H19A 3P3BA 4E4FA 3RGTA 4F4RA 4HCDA 5FJRA 3N4FA 4KPLA 3UJRA 5FJTA 3R25A 3DFHA 3DFYA 4E6MA 2OG9A 1TE6A 2DW7A 4JN7A 3SN1A 2OKTA 3IJLA 4H2HA 4A3RA 3SJNA 4K1WA 2QQ6A 1SJCA 3ZVHB 3QPEA 4GGBA 3ENLA 2ZC8A 4H83A 1XPYA 4GISA 3CB3A 2ZADA 1TKKA 4GYPA 2PCEA 3SN0A 3VCNA 2P8BA 1JDFA 4GGHA 1SJAA 3DG6A 3V4BA 2XH7A 1PDYA 3SBFA 3RR1A 2PTYA 3H70A 3T8QA 1R0MA 1P43A 1JCTA 1W6TA 6ENLA 4JHMA 1EBHA 1WUFA 2P8CA 3BJSA 3BOXA 2PU0A 1NU5A 3PWGA 3R0UA 1NELA 2OZ8A 2XH4A 1R6WA 4IL2A 3UJFA 5ENLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3U8GA 2CBIA 3VC5A 3T81A 2A8XA 2NLYA 1FBAA 1ME9A 3JW7A 4CU6A 1QAPA 3VIMA 5G5IA 3KRUA 4EWND 5CSYA 3Q45A 1YDYA 1N8FA 3LK6A 1AMKA 1ZK7A 5CBIA 1VH7A 3MU7A 2F38A 2J7FA 3WJWA 1XKYA 4GX9A 3T0DA 4BQ2A 4MGGA 5I3IA 5HPOA 3TTEA 3LG3A 4YCPA 1GYNA 4GINA 3DERA 1KBKA 4PMVA 3C0SA 4FNRA 3S6DA 3QV9A 1O1ZA 1XP3A 2E4TA 3G1AA 3CV2A 2D1ZA 4UTWA 1MW2A 1DWJM 1E0WA 5ECUA 1E3XA 3QR0A 4QDPA 1X8CA 5C9UA 3CNYA 3DGHA 3QW3A 3KTCA 1F73A 3MJYA 2FPVA 5LHEA 2VR2A 3FSTA 2WJZA 3A24A 1UIPA 4LUIA 3W6LA 4FB7A 2Y62A 1TZ7A 3VD3A 2IQDA 2OQHA 4O10A 4IWWA 4AC7C 2CLIA 5IM51 3UCCA 5T9CE 1XDLA 2OSWA 3WLMA 3S2MA 3OVRA 4U2ZA 1CEOA 4GVIA 4C6NA 1F05A 1AH0A 2PTXA 3PG6A 1NFPA 1NP2A 4IJBA 4Z1BA 4Y6GA 4I9MA 6TAAA 1F8IA 4ZB2A 1YDVA 1FHVA 2HPIA 1U5VA 1S2UA 4FK9A 3CC1A 4H6RA 3MB9A 1OCNA 3BQ6A 3P60A 2V2HA 3RLVA 2PTWA 1YQZA 3EWBX 2OLHA 1B3WA 1JAKA 5JCMA 1UA7A 1KFLA 2PZNA 2VUNA 4MB5A 3WLOA 3SCRA 1MFVA 1L9WA 4GIEA 2CZVA 3LLFA 4XWUA 4ADUA 3PUDA 2LLEA 3OGVA 1XH1A 1NHSA 5I24A 1EIBA 1JGIA 1EZWA 3WQPA 4OT7A 5HWMA 2WPFA 3RK8A 1JUKA 4IT1A 3T8LA 1RA5A 3FJLA 1L6SA 2F6KA 2QCMA 4L7ZA 2XFRA 4Y7EA 3CZEA 3UESA 4PCNA 3M6DA 3M7SA 4J2PA 3CTLA 1TV5A 4LUTA 2WCGA 3EKZA 1EC7A 2FMNA 4AD2A 3MC5A 1JZ2A 4P8VA 3P93A 1MRAA 3JUGA 2NT1A 4KBXA 2F6XA 2SFPA 1YEYA 3OZPA 4J3ZA 4QG8A 3WBEA 1TV2A 4L61A 1XIGA 4GQBA 3BLIA 3U57A 2CFFA 3LMYA 3WX7A 1XRTA 3RX4A 1ZRQA 1IQ8A 2XU2A 1QI2A 4ZXOA 3RLUA 2EKCA 2G3NA 1FCVA 4F66A 3ATZA 1HT6A 4R7OA 2Y5JA 2Z28A 1KQZA 4GZ7A 3QGVA 4ICMA 2VOTA 3NQMA 3AIUA 1X6LA 1DWAM 3G0UA 3CH9A 1PTGA 2OT1A 2E9BA 5I03A 5DFAA 4H9XA 1KM1A 4HB7A 2QJMA 3ES8A 4XKYA 1ZX9A 1MNSA 3R12A 3EB3A 3RIKA 4DLMA 1OFBA 1I9CB 5HNUA 3W6YA 3W72A 1A5AA 4KF1A 5DXYA 1CGYA 1REQB 2VCAA 1EL3A 4BWLA 1VFMA 3LU2A 4ZENA 3U7VA 1E1CA 4JL2A 1EP2A 3UG8A 1KTNA 1J2WA 1VBJA 4FP1A 4AEEA 4UMAA 4Z0JA 3DG7A 4AZHA 4BZYA 4RNIA 3GH5A 3S0CA 4L9YA 4XO6A 1PX8A 1S3TC 1VFUA 4IOTA 3RNDA 4QFUA 5JU6A 3EOOA 3D46A 3OBAA 4KKXA 2ISDA 1D7YA 3ETRB 3WMLA 1W9DM 5JCLA 1BLIA 4Z42C 2ZXAA 1RJPA 2VX6A 1RUSA 5IFPA 1B1YA 4E4FA 2A4AA 2WKJA 1XCXA 2BZNA 1BSLA 3LLDA 5CXPA 3LADA 4TX6A 4DJFD 3LOTA 4Q4SA 3FHAA 1B31A 4PCTA 3GQYA 3U0HA 1Z9AA 3SN1A 2YL8A 3WYZA 1ISYA 4S3AA 1KFCA 3QZEA 1P1XA 5HINA 1IWPA 4Q8WA 3R8HA 2P5NA 3QOKA 4N4QA 3BGJA 2WSQA 4QJ3B 1E43A 3M47A 5BOOA 3EX1A 3FN9A 5J8LA 5HQMA 1JIBA 2I57A 2J9XA 2W3ZA 1HUVA 2ZADA 1W2PA 2ODOA 3WFLA 3DK4A 4ACZB 1GVSA 4EP8C 2QS8A 3GW0A 5JH1A 3DUGA 4YHEA 4NZJA 3GK0A 1TRDA 4JQ1A 2Y63A 4I3GA 5AC5A 1PUDA 3SBFA 4O11A 3LENA 2B7QA 3WELA 2DZSA 3R6IA 2GJNA 4UUIA 2V5BA 3EAUA 1EBHA 2X2YA 3BJSA 4JOMA 2J27A 2AQWA 1CGVA 3E0VA 3Q37A 1CXIA 4LA1A 4AIOA 1NU5A 3O05A 1K03A 2NSXA 1E6SM 2PP0A 3M44A 3GC2A 3MANA 2WVTA 2A3CA 5I3HA 4WDTA 1XANA 3TA6A 4GPNA 2PDXA 4MWAE 1EJRC 1WB0A 3BLFA 2YCLA 2A0NA 2QUMA 4P8XA 4H00A 3INPA 3C0LA 5JCIA 1GT8A 4JPGA 4Q7BA 1KM3A 3LV6A 1J12A 1V93A 4CEUC 4EIVA 2VR5A 3HFYA 4GRTA 2BASA 4EPDC 1RA0A 2BHUA 2OZ0A 5DO8A 4IHCA 4HU4A 1BYAA 3DFNA 2R9RA 4UQAA 1DTNA 3PJXA 4UFHA 4DJDC 1DP0A 4AISA 2GR1A 1JCYA 5FS7A 3GXFA 1R2RA 4AW7A 3CGDA 1XBYA 4QHRA 1UR8A 3W83A 4A2SA 4KERA 3NRZB 4L56A 1GVFA 1XM3A 3ZWSA 1W1ZA 3C0JA 1YE6A 1CGTA 1SU5A 2ALRA 3U2EA 3O6DA 3EB2A 2E3TA 1LTDA 3HPSA 3QY8A 3GNPA 1ZJHA 4AY8A 3VIPA 3UQNA 2V5LA 1TUXA 2FVLA 1Z42A 5F2GA 1RXOB 1PKYA 4GI8A 2ZWZA 2V0TA 1BZLA 5E9AA 3PZTA 1TPB1 1XRFA 2BWGA 2OGJA 2D0GA 4JEJA 4LH8A 3I6TA 1Q6GA 4AD3A 4DXVA 2ZA3A 3T40A 4IM4A 1VFLA 2G41A 1KA9F 5LZLA 4O28A 1IZCA 2AKZA 1WXJA 3NXLA 1E9LA 1JXKA 1I0BA 1LOQA 2J6XA 3ARYA 4I5UA 5F1VA 1XLGA 4HU3A 4H3DA 3D6NA 2OEMA 3ZVIA 1SSDA 4U31A 1EPVA 3TZNA 5C7VA 3ARUA 2YYUA 1Y5VA 3NWRA 3GLCA 3WH7A 3MWCA 3VINA 3GHTA 1OK6A 1AJ0A 1QNPA 1TJPA 4TX8A 3WDPP 3EA1A 3KOWA 5FSEC 2Z2BA 3DG3A 2GQ3A 4FF7A 4CQ8A 4MKVA 1LROA 3CU2A 4PMNA 1W56A 3QEZA 5MF5A 5FF2A 4ONVA 2WM1A 3VNJA 2DUAA 1OC6A 1S2CA 4UFKA 3DGZA 3AYRA 1ZY9A 4F9DA 2PD5A 5HUPA 1GRFA 5AKQA 3PTQA 1W3NA 1Z48A 2VC9A 3P81A 1B9BA 1MW1A 2Z6IA 3D9XA 3FG2P 1D7FA 4FDCB 2VEFA 2YFOA 3IJDA 5DT5A 1G6CA 3E74A 2OXNA 2Z1XA 1VPYA 2ZE0A 5C2GA 2Y24A 1IT0A 4I7WA 2BC0A 2Y0FA 2DFAA 2GSHA 3RU8X 5BOFA 3A4AA 3K5XA 2Z24A 1QI3A 3BW3A 3JVAA 3STGA 4J40A 3A4WA 4C1LA 2X8CA 2W79A 2UBPC 5K7JA 1JRCA 4MKSA 3P8IA 1SFTA 5C9WA 5F4SA 1F3EA 1KXHA 5XIMA 3DH9A 3W1MA 4JFWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3RR1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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