3U9I | Genus

Total Genus 109

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	366
structure length	346
Chain Sequence	TAPTTIRALTVAPLDIPLHEVARNLLVAVELTDGTRGYGEAAPFPAFNGETQDMAHAAILAARSLVEGADVREWRRIALALPALPGMTGSARCAIETAILDALTRRARLPLWAFFGGAATSLETDVTITVTAAARAAQAIVARGVTTIKIKIGTIRTMEHDLARIVAIRDVAPTARLILDGNCGYTAPDALRLLDMLGVHGIVPALFEQPVAKDDEEGLRRLTATRRVPVAADESVASATDAARLARNAAVDVLNIKLMKCGIVEALDIAAIARTAGLHLMIGGMVESLLAMTVSACFAAGQGGFRFVDLDTPLFLAENPFDGGMTYHGGTIDLTLIEAGHGVTPR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__330647791557227__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__330647791557227__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3U9I/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__330647791557227__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"330647791557227","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3U9I/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__330647791557227__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0334eb1d053c7e2133ecd3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0334eb1d053c7e2133ecd3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0334eb1d053c7e2133ecd3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0334eb1d053c7e2133ecd3/pdb.gz): 1377 ms

reading 346 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

346 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:345});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Roseiflexus sp. rs-1
publication title	The crystal structure of Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme from Roseiflexus sp. rcsb
molecule keywords	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal d
total genus	109
structure length	346
sequence length	366
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-10-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02746	MR_MLE_N	Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain
A	PF13378	MR_MLE_C	Enolase C-terminal domain-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.120	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Enolase-like C-terminal domain	3u9iA02
3.30.390.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Enolase-like; domain 1	Enolase-like, N-terminal domain	3u9iA01

3MQTA 3CXOA 3N4FA 3PWIA 2PU1A 3RGTA 3Q4DA 4X2PA 3HPFA 3RRAA 1BQGA 3S47A 4A6GA 2GDQA 2GGHA 2QJNA 3QPEA 4GGHA 1FHVA 1RVKA 3H70A 4Z1YA 3SN1A 2GL5A 1IYXA 3NO1A 2PP0A 2P0IA 2HXTA 3TWAA 3BSMA 3UJSA 2QJJA 2I5QA 2MNRA 3B97A 1WUFA 3P93A 5ENLA 4JN7A 4DWDA 4HNLA 1KKOA 2OKTA 4E4FA 2PS2A 3BOXA 3QN3A 2CHRA 4GGBA 4IP5A 4HNCA 1MRAA 3VCCA 3IJQA 3EKGA 5FJTA 3K1GA 4MGGA 3OW1A 3N6JA 4GYPC 1KKRA 4H19A 4J3ZA 1PDZA 3V3WA 2PP1A 3GD6A 4DXKA 2FYMA 2P3ZA 5BOFA 4M0XA 3UXKA 3DESA 3I4KA 3RCYA 3UCDA 4JHMA 4GIRA 3FYYA 4H1ZA 4M6UA 2POZA 3D47A 3JZUA 3FJ4A 4G8TA 2OVLA 3SN0A 3I6TA 3KUMA 2QVHA 4K2SA 2QGYA 3N6HA 3V4BA 3IJIA 2PTXA 3CT2A 4IP4A 3UCCA 2PODA 4JN8A 3PWGA 3SN4A 3SSZA 1EBHA 3MY9A 1KD0A 3BJSA 3OPSA 1ECQA 3ENLA 3FXGA 1MDRA 3R0UA 3DIPA 1SJDA 3OZYA 3V5CA 3OZMA 2P8CA 2P88A 1E9IA 5IDZA 2AL1A 4HN8A 2GGEA 2QDEA 3OP2A 3I6EA 2XGZA 3DEQA 3GC2A 4A3RA 3VCNA 2PU0A 4GMEA 2PA6A 2XH0A 2PCEA 1TZZA 3PFRA 1EC9A 3TCSA 4Z17A 3ZLGA 1MDLA 3H8AA 3T6CA 3RO6A 5FJRA 4IL0A 5EU9A 3VC6A 3D46A 3DGBA 2ONEA 2OO6A 1KCZA 3QTPA 3VDGA 2OG9A 3TTEA 2QJMA 3P3BA 5J04A 5BOEA 3THUA 3VC5A 4HYRA 3FVDA 3MZNA 1EBGA 3IK4A 2FKPA 3UJRA 4H2HA 3TQPA 3DERA 4H83A 2PSNA 4MMWA 3UGVA 2PP3A 3SQSA 1DTNA 3VA8A 3NXLA 2OX4A 4DYEA 4MKSA 3TW9A 3GO2A 3ZLFA 2OZ8A 3EEZA 3CB3A 1NU5A 2XH2A 3P0WA 7ENLA 4KEMA 2GSHA 3R0KA 4KWSA 1BKHA 2OZTA 4GISA 2XH4A 2RDXA 2ZADA 2PGWA 3MUCA 4G7FA 4ZCWA 2QDDA 3SBFA 3FV9A 3V5FA 1XS2A 3QKEA 2PTZA 4K8GA 2XSXA 1NELA 3CAWA 2OQYA 2OFJA 4DN1A 3NZGA 3TJ4A 3MKCA 4IT1A 2AL2A 2DW7A 2AL2B 4HCLA 2QQ6A 1JCTA 3DG6A 3TJIA 3STPA 3UJ2A 1JPMA 2OLAA 1ONEA 2NQLA 3UXLA 2OQHA 1R6WA 3ES8A 1WUEA 3ZLHA 4IL2A 3U9IA 3OTRA 3H12A 3T8QA 3DDMA 2GGIA 2GGJA 2HXUA 3MSYA 3U4FA 3DG7A 3FCPA 1P48A 1ELSA 5FJUA 3R1ZA 4E4UA 3ZVIA 4YWSA 1EC7A 4E5TA 3T4WA 3S5SA 4KPLA 2HZGA 2PTWA 2OPJA 3TWBA 3JVAA 1L8PA 3DFHA 4HPNA 5FJOA 1JDFA 4IHCA 3CK5A 2ZC8A 3UJEA 1MUCA 3IJLA 2O56A 3UJFA 2DW6A 3MWCA 3VFCA 1EC8A 1YEYA 3JW7A 3TOYA 4DHGA 4K1WA 4HCDA 3ZVHA 3ZVHB 4DX3A 1MNSA 1R0MA 2MUCA 3RITA 4E8GA 4ENLA 1PDYA 1OEPA 3ES7A 2P8BA 1JPDX 1TE6A 2PMQA 3R10A 2AKMA 3GY1A 4GYPA 1F9CA 3R11A 3DFYA 6ENLA 2XH7A 1FHUA 4HCHA 2PPGA 5FJPA 2AKZA 1XPYA 3RR1A 3T9PA 3CYJA 4EWJA 4A35A 1P43A 1TKKA 4FI4A 2OZ3A 4GFIA 3Q45A 2HNEA 4ZA0A 4F4RA 4J1OA 4FP1A 4KT2A 1SJAA 1SJBA 3N4EA 3QLDA 3H7VA 4IZGA 2PTYA 4E6MA 1SJCA 2GGGA 2PGEA 1W6TA 3DG3A 3NFUA 3SJNA 3R25A 4ROPA 3PK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3WLPA 5I3FA 2QPSA 4AQLA 4LUYA 3HG5A 2BOGX 4OJYA 3S47A 3S2NA 2Y8KA 3PUEA 3G1AA 3A7AA 1UQYA 4FAMA 2EGZA 5TD4A 3LLDA 3TK7A 2OB3A 4QEHA 1BFNA 1LRTA 2OQLA 4FS9A 3MANA 1RK6A 1YQ2A 1O95A 3VIMA 4Y9PA 2A6LA 1XYMA 1AUSL 1VQZA 4GZJA 1JAKA 4W8BA 4AWSA 3BSMA 3KS6A 1E1FA 2I5QA 4B92A 1RAKA 2I14A 4YN5A 1TSIA 4AZCA 4AZCB 3ABQA 1DWFM 1N8IA 3I6RA 4O18A 4U3CA 4TVWA 3W7OA 1P7TA 1P7TB 2GLKA 2R8WA 4C6EA 3GNNA 2PD9A 1R3WA 4JIPA 1XXXA 1Q63A 4LS1A 5A8MA 2VGGA 3TN5A 4DQWA 1SZEA 3OW1A 4PSPA 5A3HA 1JGMA 2ZQ0A 1K8ZA 3W1AA 4RZBA 3VX1A 1AD4A 3E0FA 1R85A 3V3WA 3GR7A 3S6TA 5G1YA 1NH6A 3SUTA 1UZ1A 3BV4A 3LQGA 2VQUA 5TF0A 3CZKA 2E6FA 4M0XA 2GR2A 5L6UA 1DHPA 3DXIA 4FZIA 2OGJA 3S0CA 5HWJA 3FS2A 5FEZA 4MUPA 2VX4A 3UCDA 4B3ZA 2VURA 1HIZA 1A4LA 1LVLA 4GXWA 2WJDA 3D47A 4B4HA 3B05A 3M7SA 1P1XA 3N34A 1VJIA 3SCWA 1NWTA 1DE5A 1K02A 4LV9A 1JZ5A 4K1GA 1F61A 4D6IA 1DJWA 1Q6RA 1XHCA 4HP5A 4ZB5A 4WSKA 4H6RA 1Y5XA 4Z2LA 5B7ZA 3UCCA 4ZENA 4ML9A 2WSRA 2QXWA 3RJYA 4OFCA 1GEUA 4ICNA 1KFKA 1LZOA 1U5VA 4PTVA 2LLEA 2VFDA 5C70A 4ROQA 4S3AA 3R89A 4KWWA 5AOUA 1MVYA 5IDZA 2QF7A 4HN8A 2D2GA 3DU0A 3IIVA 1BWKA 1XKYA 3E49A 4IMGA 5DBUA 4UFMA 3NQEA 3S1WA 3TSBA 4Q33A 5EA9A 3LS9A 4MJZA 4TOQA 1X97A 3H8AA 4KRZA 1H62A 1KNWA 3ZMRA 1UD6A 1WKYA 1H7NA 4ZFMA 3U57A 1M6JA 3KXQA 1C7TA 1W5PA 1MI3A 2VT0A 2E0PA 3WUFA 3E2QA 5EU9A 5AZ0A 3H4KA 5AVNA 5DQPA 3VDGA 4POCA 4RE0A 3TTYA 2P5NA 3VD9A 2BODX 3SIMA 1JZ7A 2G41A 3A22A 4C6DA 2FKPA 2WNWA 4NJJA 3DN5A 4IXHA 4MMWA 3MUZ1 3UGVA 2PFHA 4TUFA 3ZM8A 1LP6A 4PBEA 1J0YA 3MKKA 3MS8A 3BDKA 3ZJ6A 5M1TA 3E38A 4GKLA 2Q71A 1G0CA 5U7SA 1BQCA 2ZXBA 4GE8A 1HVQA 2FHBA 1GVFA 3WQGA 2CKRA 2PDIA 2V5BA 4KWSA 1NDAA 4GUJA 2XVPA 1U2YA 1ZENA 1F05A 4N9BA 2ZYFA 3FHQA 4Q8PA 1LLZA 3AS0A 3K30A 3ORWA 5CZTA 3VCRA 3NQMA 4GRSA 3PPGA 3ITLA 4AWUA 4H9UA 5LIUX 4P8UA 2PTZA 4RK8A 1H50A 3NUKA 5E09A 1D7KA 3WFZA 7ODCA 3A12A 5DF0A 1EB3A 3MKCA 3NZQA 4OHQA 3GVQA 4NXSA 2DZTA 3IANA 1BVZA 2E5CA 2JGQA 3H4WA 4D8AA 1U1HA 2YCJA 4JFSA 1QR7A 2YDSA 1PKYA 4A8LA 4C7GA 1RP8A 2OSWA 4JHZA 3U0HA 1R38A 1UKOA 2XYLA 4XUGA 2RAGA 1FFRA 1H7WA 1QI3A 3DDMA 4H4VA 4NZ3A 3WDQA 4JQ2A 3SADA 2HXUA 3ARQA 3GR4A 3VM5A 4P7LA 2ZX8A 1KFCA 3NQCA 3RK8A 2DZPA 1UR8A 1I6NA 2XVNA 2CNCA 4E2DA 3GG1A 3NS1B 4W7UA 2PURA 3S5SA 4JTLA 4KPLA 5FAJA 4RCXA 1WE5A 1JYWA 1F3PA 2Z24A 3TTSA 1JDFA 3HIJA 4D1IA 3QR3A 3LMYA 3CK5A 4LBRA 3UNTA 4R88A 4DJDA 1XIMA 3NVDA 4AX6A 4DZAA 3OYXA 3TC7A 2E40A 3T07A 3M0IA 3MI6A 4O4WA 1Q6FA 2FGZA 2OWCA 3M0XA 4AXNA 4H4PA 3B40A 2V5LA 1R0MA 1AJ0A 4V2XA 4MOZA 1FWFC 1ME8A 2WV8A 3B4UA 1OEPA 3OLDA 2REQA 2REQB 3H2AA 1XSIA 1BEUA 3AS1A 3H4XA 1RM6B 3VAVA 2BASA 1UKTA 4BI6A 1I2QA 3EDJA 4F9DA 6ENLA 1Y5VA 1YPIA 1VYSX 2NXGA 3L65A 3QV9A 3VDCA 4XIAA 4F3HA 3VZYA 1ZAIA 3HGSA 3ZXWA 1XI3A 7TAAA 1R9YA 1HJXA 3QY7A 4B5VA 3EWZA 2CZFA 3NSMA 4GFIA 5JCNA 2VZVA 1J11A 4FP1A 4WDUA 4XD4A 3QJAA 2HJPA 3R58A 1XSKA 2VKZG 2YCKX 3NDZA 2P53A 1ZBCA 3EAUA 2QMKA 4YYCA 3VKJA 4JDBA 4QAIA 1S1RA 1V79A 3CL7A 4GBUA 1O66A 2XHYA 1V8EA 3FYOA 3UD6A 1E6XM 2EHHA 4MZYA 5ER0A 2G3IA 2WAGA 2FPTA 1JL8A 4NILA 2J4GA 3WF0A 4KWOA 3H70A 1CW2A 3LGGA 3PZUA 3K2GA 3UR8A 4ZB0A 3B0UX 1KWKA 2AQOA 4TX9A 2FQIA 3L4VA 1CEOA 2TSYA 1VIWA 3I7SA 3L4WA 5HPCA 5LA0A 1IT0A 3PZNA 3B97A 1AW2A 4QLJA 3FG2P 3TN4A 1GSNA 2ADAA 4RW3A 2WBKA 4KCTA 5DRIA 2ZRZA 4DJEA 4G7EA 2DZXA 4WSHA 4H4TA 4G7EB 2NVDA 4LYKA 4JL2A 3KVMA 3O05A 4FIQA 3N3MA 1CPUA 2PDHA 3GVRA 4YCOA 2XVGA 3OVPA 4M5PA 3ONBA 1X7IA 1TZ9A 2VEKA 3EZ4A 1O4UA 1UMLA 1BF2A 5CLTA 4B91A 1CYGA 4GC3A 1BRLB 1V03A 3P84A 4LPCA 1GOKA 1PE1A 3BOFA 1E56A 2IMRA 2OEMA 3FN9A 2EQDA 2NQZA 2YLLA 1CIUA 2PWDA 1VF8A 3VK5A 4EQRA 1IEIA 2ZZ7A 4WK9A 3O6DA 1FHLA 4IQJA 3I68A 5FEPA 3KBSA 3PC0A 5TAOA 3NRZB 1NOFA 1B9BA 2BLEA 2VEMA 1SUXA 4K6AA 1MOKA 3GIYA 4NZ4A 3VVGA 2BY0A 1LWHA 4DI9A 3IVTA 4D71A 1FWIC 1DIDA 1QT1A 4G8TA 3M07A 2J6XA 5D4YA 1XLHA 2B7OA 3AO0A 3T55A 3MUXA 2OEJA 3DGHA 2WZTA 3CH0A 2JBMA 4H9ZA 4YPJA 3FA3A 4ONVA 1CXHA 1EDGA 1GW9A 1K4HA 1WPCA 3SN4A 3DI1A 4LYQA 4DO4A 3ENLA 1ZJBA 3NQBA 1K7EA 3SB0A 4CN4A 1R3YA 3TYZA 4EQXA 1YNPA 3N15A 2AL1A 2NVAA 2VEIA 5FS9A 3VNLA 1DJHA 3TFCA 5I3IA 3GW3A 4MNKA 4AC1X 4DWSA 4DWSB 3NVTA 3N14A 3PFRA 3SCRA 4IIHA 1VKFA 1D3CA 2TODA 4FX6M 2D24A 2WBGA 2CITA 4KWUA 1KTBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3U9IA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

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Chord Diagram

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