4E5T | Genus

Total Genus 138

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	402
structure length	392
Chain Sequence	MRLSDIETFVVGNPPPRHGGRYFIFVKLVTACGITGYGEIYNATFGPDLVAKMAEDVFARQFAGEDPHHIEKLWHKTYGAGYTQRPDVTVMGVLSGLEMACWDIIGKAAGKPAYELLGGKVHERLRSYTYLYPKPNVYNDADMAAEAAAKAVDQGFTAVKFDPAGAYTIYDGHQPSLEDLERSEAFCKQIRAAVGTKADLLFGTHGQFTVSGAKRLARRLEAYDPLWFEEPIPPEKPEDMAEVARYTSIPVATGERLCTKYEFSRVLETGAASILQMNLGRVGGLLEAKKIAAMAECHSAQIAPHLYCGPLVALANIQLATCSPNFLVLESIRTFDGFFAELLTTPIRWENGYIIPSQEPGLGHDLNEDVARANPYTGSDLHLGFQETPALP

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9747768298703483__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9747768298703483__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4E5T/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9747768298703483__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9747768298703483","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4E5T/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9747768298703483__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Labrenzia alexandrii
publication title	Crystal structure of a putative MR/ML enzyme from Labrenzia alexandrii DFL-11 rcsb
molecule keywords	Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal
total genus	138
structure length	392
sequence length	402
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-03-14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.120	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Enolase-like C-terminal domain	4e5tA02
3.30.390.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Enolase-like; domain 1	Enolase-like, N-terminal domain	4e5tA01

2GGIA 3RO6A 4H19A 2OQYA 3VDGA 5EU9A 2I5QA 3GY1A 3GO2A 4DX3A 4M6UA 3U9IA 4Z17A 3KUMA 3FJ4A 4KT2A 1NU5A 3IJQA 4MKSA 3V4BA 3CK5A 2QJNA 3DFHA 3OZMA 2OZ3A 2PPGA 4ENLA 3FV9A 1NELA 4IP4A 3VCCA 4DHGA 1DTNA 3TWBA 5FJRA 4DN1A 3UCDA 4G7FA 1KD0A 2OO6A 3S47A 3DEQA 3K1GA 1SJBA 1MDLA 5FJUA 2PSNA 4G8TA 2HZGA 2P0IA 3RCYA 3R1ZA 3JVAA 3SJNA 3D46A 2MUCA 4J1OA 4FP1A 4IT1A 3DGBA 4IZGA 4HCDA 3STPA 2FYMA 2GSHA 3I4KA 2CHRA 2QJMA 4E8GA 2HNEA 3GC2A 2POZA 4X2PA 3ZVIA 2GGEA 2PCEA 4YWSA 1OEPA 2OPJA 3ENLA 2P8BA 2PGWA 3VC5A 1ELSA 3TOYA 2PS2A 3CAWA 3CXOA 2GL5A 3MWCA 3OTRA 4E4FA 4HNLA 2PTWA 3NZGA 1MUCA 2OZTA 4GGBA 4H1ZA 2XH0A 3UJEA 3VCNA 2PP0A 3RRAA 4H83A 2HXUA 3DG7A 4KPLA 3TTEA 3OPSA 1KCZA 3FXGA 2MNRA 3QN3A 1XS2A 4HNCA 1JPDX 2GGGA 1EBGA 1P43A 3ZLFA 4K1WA 3QLDA 3VA8A 3MSYA 3DESA 4JN8A 1SJDA 2OQHA 3UJSA 3UXKA 5ENLA 2PU1A 3QTPA 4HCHA 3SSZA 3UJRA 4HN8A 4MMWA 3B97A 4H2HA 3UXLA 3D47A 3EKGA 4HCLA 3TJIA 4M0XA 2QDEA 3MUCA 3MY9A 1MRAA 1EC9A 5FJOA 2QQ6A 2AL1A 3SQSA 3H7VA 2PMQA 2AKZA 2PTYA 2DW6A 1R6WA 3SBFA 1JPMA 2QDDA 3PFRA 4JN7A 1BQGA 1WUFA 3RGTA 5J04A 3T9PA 3FVDA 3BOXA 2AL2B 3T8QA 5IDZA 3R10A 3UJ2A 1L8PA 3CYJA 3DG6A 3SN0A 1EC8A 1MDRA 3H12A 3T4WA 4E4UA 3OZYA 3PWGA 3UCCA 4KEMA 2GDQA 2P3ZA 3IJIA 3MKCA 1PDZA 2XH2A 3SN4A 4DYEA 3ZLGA 1WUEA 3TJ4A 4GISA 2HXTA 3DIPA 1FHUA 3DFYA 1KKOA 2ONEA 3VC6A 2XH4A 3NO1A 4GYPC 3ZVHA 3TWAA 1YEYA 2ZADA 2XH7A 3R0UA 4ZA0A 3HPFA 3FYYA 2PU0A 3NXLA 2PP3A 4K8GA 3TQPA 2ZC8A 4K2SA 3EEZA 3BJSA 3N4EA 3PK7A 2XSXA 2OVLA 4A35A 1IYXA 4MGGA 3FCPA 3IK4A 4HPNA 1PDYA 1F9CA 1EC7A 3RITA 2GGHA 3S5SA 3P3BA 3TW9A 2OLAA 2OKTA 3IJLA 4IHCA 4J3ZA 3H8AA 1TZZA 3Q4DA 2P8CA 4GYPA 3DERA 4HYRA 4A6GA 3OP2A 1SJAA 2PODA 3PWIA 3UJFA 2QVHA 2NQLA 4DWDA 1W6TA 1KKRA 5BOFA 4IP5A 3GD6A 3ZLHA 2O56A 2FKPA 3BSMA 3JW7A 3N4FA 4IL2A 3Q45A 4GIRA 4JHMA 2OX4A 3N6JA 3NFUA 3OW1A 4Z1YA 3ZVHB 1R0MA 2PTZA 4A3RA 3THUA 3JZUA 1FHVA 3U4FA 3CT2A 4GGHA 4GMEA 1E9IA 3MQTA 1ECQA 4E6MA 3QKEA 3H70A 3SN1A 3CB3A 2PA6A 3R11A 1JDFA 2PTXA 4E5TA 2OFJA 5FJPA 3RR1A 5BOEA 2DW7A 1RVKA 1TKKA 1P48A 2QJJA 1MNSA 3V5CA 3UGVA 4ZCWA 3DG3A 1XPYA 1JCTA 3N6HA 3I6EA 4ROPA 3VFCA 3V5FA 3MZNA 2QGYA 2GGJA 6ENLA 3TCSA 3V3WA 4EWJA 3T6CA 3ES7A 1EBHA 3DDMA 3P93A 1ONEA 4DXKA 5FJTA 3ES8A 2XGZA 2PP1A 3R0KA 3I6TA 3R25A 4KWSA 1BKHA 2PGEA 4GFIA 4FI4A 1TE6A 2RDXA 7ENLA 2P88A 3QPEA 2AKMA 2OZ8A 4IL0A 4F4RA 2OG9A 3P0WA 1SJCA 2AL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4JTGA 2INZA 1LYXA 4RV8A 4RNJA 4N9BA 4MPQA 3CT7A 1YTKA 4BF5A 5JIWA 4HTYA 1JYVA 1B9ZA 4POCA 3FJ4A 2WK2A 4P5UA 4HB7A 3CK5A 1DV7A 4CQ9A 1E70M 2WV8A 3GD4A 3S1WA 2GSJA 4GXWA 3A23A 4M1RA 2CW6A 5I02A 3N14A 4MLRA 4G7FA 4TVCA 3FXYA 2X7VA 5HXMA 2VT0A 3M0VA 4DJFA 3O0HA 1OZMA 3G0UA 3LM7A 3BGGA 3NPXA 3OG3A 3VINA 1ADSA 3PZNA 2X0HA 2Z28A 3ANYA 4A8IA 1G5AA 7A3HA 4IT1A 3LGDA 3TYAA 5LIXX 4HPJA 4DI8A 3KBJA 4P7NA 4HK7A 1PXGA 1B3ZA 2YW4A 1FWCC 3PM6A 3FDGA 2B0MA 3A3WA 1JPKA 1AUSL 1UD4A 4LOCA 3LSCA 1UWQA 1E6ZA 2OSXA 4Q6JA 2P8BA 1FECA 1GONA 3MO4A 3GUWA 1M7PA 2PGWA 4I9JA 3IIPA 3CL7A 3W74A 1D8CA 3HPAA 4MDOA 4RPQA 3TYBA 1ICPA 3L4ZA 1V6VA 1KFLA 1X38A 4GX8A 4GE8A 4QM1A 3L65A 4CQAA 3UG4A 4QDPA 3IV3A 4XSLA 3EDEA 5IRPA 1BVWA 5DT5A 5A8NA 1ZGDA 3C2EA 4WY0F 3M5YA 1GVRA 4RNFA 4AD4A 2OQLA 3WBXA 4DB7A 3UXAA 1F3XA 3AUJA 4V28A 4F3HA 3W53A 4C7DA 1D8WA 2E77A 4H4RA 4FLRA 4WDWA 2HPIA 5LNRA 4WDXA 3H2FA 2QF8A 3B9NA 1R3TA 1WXYA 1O94A 1QNOA 1UBSA 1V6TA 1E6NA 1JDCA 3LCFA 3HFTA 3LHVA 1EBGA 4J3TA 4X0NA 8TIMA 4QE5A 2DH2A 1K8YA 1RCOB 2WHKA 1RQHA 2J24A 3G8EA 3LPFA 4L7ZA 4PZVA 3WLHA 4X63A 3WQDA 1DIDA 3JS3A 5KETA 3WQ6A 4YCOA 3QTPA 4B2DD 1LPFA 3QSRA 2RAGA 1B5TA 4XKYB 3UXLA 1EOKA 4AZ5A 3I6RA 1KM1A 3MY9A 1O5XA 3IRDA 1IR2A 4XVEA 4UFJA 1OADA 4UQEA 5DY3A 1XSIA 1LL7A 3O05A 4EVZA 3WNLA 5C55A 3WQCA 4JN6A 4PUNA 1VGAA 1E4NA 1XDJA 4QIUA 1C29A 1BD0A 2PTYA 2UWFA 3D3AA 3MUZ1 4AXKA 3VZZA 2RDWA 3O0KA 2QDDA 1W9XA 4O54A 2XHYA 1WDQA 4B5VA 4L5ZA 1C9DA 4MAVA 3MSDA 1UKTA 4L56A 5HNUA 4LUIA 3EDDA 4JYFA 4LF2A 3WEOA 4QXIA 2G3FA 2WSQA 1PVNA 1RK6A 3GKFA 1H11A 2WANA 1NOUA 1ME9A 2GDQA 1CB2A 2WP5A 4S3BA 2RGLA 1AZ2A 2O9PA 4XAZA 1KM3A 4JL2A 5D8WA 3AHXA 4GH1A 1JCYA 2F6KA 3VX0A 1Y8BA 5CJ5A 4K1GA 1WA3A 4QJ5B 4V15A 1BEUA 1WNOA 3CO8A 1FHLA 2ATMA 5AECA 6PTDA 3B4YA 4ZO9A 3NZQA 3T08A 3AN1A 4C6BA 4PRTA 3TMLA 1TV7A 5E9XA 1F4HA 3W7EA 3CUIA 4PL2A 4H4PA 3AIWA 1BAGA 1I2NA 5LA1A 4JD4A 3EAUA 3I3BA 4GR1A 4LNYA 1JUKA 5D9PA 4NSBA 4X61A 2IS7A 3IV8A 3AUOA 1ZBWA 3BAIA 3VUSA 1I9CB 1C90A 2WMGA 3DERA 5AHFA 2A4AA 3N11A 3DAQA 1THFD 1MW0A 4C6EA 2HSAA 1E1CB 3GRSA 2QIWA 4H9VA 4F0LA 2E8YA 4U3CA 1HGWA 2AOSA 4JHMA 4JYEA 3W25A 1PIGA 2VGIA 1TRIA 1UD5A 3MANA 1TX2A 1QI5A 4A3RA 3L5AA 1FHVA 3FKKA 5DLCA 1XC6A 2P1FA 1JAEA 3PY2A 4BR1A 3QKEA 3OOQA 4AF0A 2RDUA 3H70A 3SN1A 4IMFA 1ONWA 4EPDC 3V0TA 2PTXA 5BOEA 5AHMA 4PCNA 2WMIA 3N18A 1EUAA 2F38A 2QCMA 3VZXA 1SPQA 1XHGA 5DELA 3TAOA 1ITUA 3DC8A 4H7VA 1KGUA 4K6AA 4KWWA 3O06A 2E40A 3NSXA 2B31A 4RNIA 2ISDA 4QLJA 1GESA 3DHDA 4UQDA 3TMQA 5BROA 2YGYA 2ADAA 4NZ4A 1Q6QA 2GZXA 1IWAA 3VTRA 4H9MA 4YTSA 3I68A 3BW4A 2CBIA 1H7XA 1A5UA 1R86A 3PANA 3MCMA 1YRRA 3GVQA 3DUGA 5C9XA 4WJXA 3PTMA 1Z6KA 2E68A 5D4YA 4LAMA 3GHTA 3W01A 1S39A 3KL0A 2DT3A 3BJFA 3RR4A 5AKQA 1V5XA 2DQXA 3LM3A 4MNJA 1EEPA 4R7OA 1TVLA 3SB0A 4Z2KA 4MAZA 4Z42C 5EMUA 1DXLA 3JR2A 4MZYA 1EP3A 2BNJA 3WLQA 1E72M 2EQ8A 1Q7ZA 4PFHA 3HQPA 1CTNA 2I14A 3W1XA 1VBRA 2QEZA 4FA3A 1QOQA 3AS2A 4HSOA 4JZ5A 3GFXA 2HVMA 4W86A 3RXZA 3E0WA 2GSEA 3GDRA 5CCZA 1BLIA 5M3WA 1S5WA 4JTTA 1ZAHA 2VR5A 3GX9A 1A3WA 4KFOA 3EXTA 2ZBTA 4OWGA 4QSFA 1NDYA 1XYLA 1TFVA 2FIQA 1I4NA 3TNBA 2HZGA 2P0IA 3R8HA 4IFOA 3T81A 4Q4MA 3SJNA 1RVGA 1QOXA 4RV3A 3F5KA 1FA2A 2IUZA 2NZLA 3M47A 4LYRA 3B9AA 3SQLA 2BOGX 1EA0A 4E8GA 3AM9A 1Q66A 4RL3A 1JEHA 3TONA 3AMCA 2CDUA 4BFAA 1BTCA 2POZA 3EOLA 1V6YA 3UEQA 3V18A 1E6RA 4B3KA 2X99A 3W7LA 2OPJA 3BV7A 1JRCA 3GTNA 5E93A 3CXBA 1BYDA 1FWNA 2GR2A 3VC5A 1H7RA 3C0SA 3C2YA 3NXFA 3GC5A 3AJ7A 1OT1A 1H7NA 2XN0A 3RJXA 2IMRA 5A8MA 3VIIA 1EYEA 4D6DA 5A6BD 4BS0A 2I1OA 2PBOA 1ZRQA 2OZTA 1D9EA 3G0SA 3R13A 3NYDA 3TFXA 2CEQA 2VOTA 1UH4A 4PUDA 4H1ZA 1SUXA 3VOGA 1US3A 5JCKA 4BI6A 2DJLA 3R79A 1NHQA 3K4AA 5DFAA 2WVUA 3FAWA 3E02A 1XYMA 3SQPA 1PCKA 3DHUA 4Q22A 3UXDA 1KXQA 4JKMA 4N42A 5H8PA 1M68A 4D6HA 2XGBA 4Y7EA 2W63A 3KOFA 2V2DA 3PSVA 1FEAA 1PCWA 4O8AA 4QJ1A 1D7FA 3BANA 3LBCA 3QFEA 1XRTA 2XIIA 3SSZA 4AC7C 3MDUA 3EKGA 4HCLA 4AFYA 2V8ZA 1H60A 4CLMA 5LNWA 4PSRA 1XISA 1SSDA 3PB0A 3M5ZA 3UA4A 3EBVA 3O07A 3G3DA 2XGIA 3KDOA 1EO7A 5FJOA 3KZPA 1DE6A 3DJJA 4Y2WA 2TRSA 1QBAA 3GU1A 3OGRA 1W3JA 1PZ0A 1R30A 2QT3A 5F2LA 3URQA 2PMQA 2NX9A 1EGMA 4IJBA 3CV2A 5D2WA 1B90A 4F79A 1ZKQA 1GERA 2JK2A 2GQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4E5TA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

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Chord Diagram

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