The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
326
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structure length |
326
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Chain Sequence |
MSKPVKSKTTGKNIGYGKVILFGEHFVVHGAEAIVAGISEYTECRLEINPGVPGLQVDDQRPAIPGYIAQKRDEQIKAHQLVLDHLKVDLSGDGLKMFIGGPLVPSSGIGASASDVVAFSRALSELYQLNLTDEEVNLSAFVGEGGYHGTPSGADNTAATYGGLILYRRQNGKSVFKPIAFQQRLYLVVVGTGINASTAKVVNDVHKMKQQQPVQFKRLYDNYTHIVSQAREALQKGDLQRLGQLMNANHDLCRQIDVSCRELESIVQTCRTYGALGAKLSGTGRGGIAVALAASSDQRDAIVKGLKAKCPEAKFIWRYTVQPSAA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure, substrate recognition and reactivity of Leishmania major mevalonate kinase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Mevalonate kinase, putative
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Leishmania major
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| total genus |
114
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| structure length |
326
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| sequence length |
326
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.36: Mevalonate kinase. |
| pdb deposition date | 2006-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00288 | GHMP_kinases_N | GHMP kinases N terminal domain |
| A | PF08544 | GHMP_kinases_C | GHMP kinases C terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | GHMP kinase, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LMN I; 4FWD A; 3M6A A; 4DV2 I; 4DV5 I; 2BM0 A; 1XNR E; 4KHP E; 3WU5 A; 3ZKD A; 5FLX C; 2A2D A; 1N0U A; 4LF4 I; 4LF7 E; 1IBL I; 3PYF A; 2X36 A; 4DR2 E; 1IBM I; 2UU9 E; 4DR5 E; 2BM1 A; 4LFA I; 4USK A; 3WU3 A; 3ZZ0 A; 2HHH E; 4JI1 I; 3QT6 A; 2GS8 A; 4OX9 E; 4WUB A; 3ZM7 A; 2LJP A; 1Z0E A; 4PU9 A; 1KIJ A; 1QZR A; 4USM A; 1H74 A; 2VQE E; 3B82 A; 2HKJ A; 4UTG A; 4JI0 I; 1FNM A; 2ZBK B; 1N32 E; 2F4V I; 4JI8 I; 4YHH E; 1Z5A A; 4KHP I; 4X65 E; 3ZZU A; 1N34 E; 4AQY E; 3PYD A; 3H4L A; 4LF9 I; 1VIS A; 2X7I A; 5GME A; 1KTV A; 4JI3 E; 1B63 A; 1XNQ E; 3K1J A; 4HXZ A; 1FKA E; 4DV0 I; 3PYG A; 2UU9 I; 1FWL A; 4DUY I; 3J80 C; 4DV3 E; 5IT9 Q; 1D6T A; 4P7A A; 4B3R E; 2UXC E; 4LF5 E; 1K47 A; 4R1F A; 2R3V A; 4K0K E; 4FWH A; 4JI5 E; 4ED4 A; 2ZM6 I; 4XTJ A; 3LNU A; 3D4J A; 1WUU A; 3Q1Q A; 2UUB E; 4B3S E; 2HFU A; 1N32 I; 4X65 I; 1N34 I; 2HK3 A; 2VQF E; 4AQY I; 4EMD A; 3J7A G; 4LFC E; 4WUC A; 1HR0 E; 4DPY A; 4FN5 A; 4NXN E; 4JV5 I; 4DV1 I; 1XNQ I; 4DR6 E; 3T1H E; 3ZZT A; 2BV3 A; 4DPX A; 4DV4 I; 4LF6 I; 4DV7 E; 4DV3 I; 4FWG A; 3HUL A; 1Z5C A; 2UUC E; 4GKK E; 1N0V C; 4NXM E; 4B3M E; 1FJG E; 4B3R I; 4URL A; 2UXC I; 4LF5 I; 1PVG A; 3JAM C; 4JI4 E; 1J5E E; 1ZM2 A; 1MU5 A; 1UEK A; 4WUD A; 1Z59 A; 2E5L E; 4JI5 I; 4DR3 E; 4DUZ I; 4JI2 E; 3T1Y E; 1MX0 A; 1ZM3 A; 4B3S I; 3K17 A; 4HAC A; 5FLX Q; 1ZM9 A; 5IWA E; 4GKJ E; 4HAC B; 4DR4 E; 2VQF I; 4PRX A; 2V2Z A; 2V34 A; 1HR0 I; 2HKE A; 3PYE A; 1XNR I; 1H7S A; 5BR8 E; 2HK2 A; 4LF8 E; 4DR6 I; 1Z5B A; 3WU6 A; 4YY3 E; 1H72 C; 3J81 C; 3V5R A; 3OTO E; 1RR9 A; 4P52 A; 4DV7 I; 2DEJ A; 2CZ9 A; 4LF7 I; 5IT9 C; 2UUC I; 2WW4 A; 4GKK I; 1Z0G A; 4NXM I; 4B3M I; 1FJG I; 1U2R A; 4DR2 I; 1ELO A; 1H7U A; 1J5E I; 2UXB E; 4DPW A; 5LMN E; 4DU8 A; 2DEI A; 4DR5 I; 2V2V A; 2E5L I; 4X64 E; 4DR3 I; 2HHH I; 5A2Q Q; 3QT5 A; 2UUA E; 5L3J A; 4JI2 I; 3T1Y I; 1NHI A; 4OX9 I; 3LTO A; 2R42 A; 3V2U C; 1BKN A; 1PIE A; 5IWA I; 1XMQ E; 4GKJ I; 2VQE I; 4KQV A; 4DR4 I; 4PRV A; 2VF3 A; 4LF4 E; 4Z7Y A; 4JI7 E; 4JG4 A; 1N33 E; 4YHH I; 1FWK A; 3B78 A; 4LF8 I; 4DPT A; 4YY3 I; 1IBK E; 4LFA E; 3J80 Q; 2ZIT A; 3ZKB A; 4RPF A; 2UXD E; 2E1R A; 1S16 A; 5LMU E; 4JI3 I; 1I94 E; 2EFG A; 5GMD A; 2UXB I; 1EA6 A; 3WU4 A; 1PKP A; 4JI0 E; 3B8H A; 4X64 I; 1Z0V A; 2F4V E; 4LFB E; 2UUA I; 4JI8 E; 4JI6 E; 1Z0C A; 4B3T E; 1HNX E; 1XMO E; 3LPS A; 1S4E A; 1NZ0 A; 1HNW E; 1EI1 A; 4FW9 A; 4DR7 E; 4K0K I; 4LF9 E; 1N36 E; 1XMQ I; 1KKH A; 2AJ4 A; 1DAR A; 2NPF A; 4MYT A; 2UUB I; 4JI7 I; 1N33 I; 2Q2E B; 5LL6 R; 4X66 E; 4DV0 E; 4ZVI A; 3GON A; 1IBK I; 4DU7 A; 3CWV A; 4DUY E; 4JYA E; 4DR1 E; 4HYM A; 1H73 A; 4LFC I; 4Z7C A; 1Z0W A; 4X62 E; 1KVK A; 4I3H A; 2UXD I; 2OI2 A; 4NXN I; 3JAM Q; 5LMU I; 4DV6 E; 1I94 I; 3T1H I; 3J7A M; 2J7K A; 2ZM6 E; 4DPU A; 1HNZ E; 1OJ4 A; 5A2Q C; 4LFB I; 4JI6 I; 4B3T I; 1HNX I; 1XHK A; 3QT7 A; 1ZXN A; 1XMO I; 4JI4 I; 1HNW I; 4DR7 I; 1ZM4 A; 4DV2 E; 4UT4 A; 1N36 I; 4DV5 E; 1Z0T A; 4HY1 A; 4JV5 E; 4DV1 E; 4X66 I; 3J81 Q; 2V8P A; 4M1K A; 2XEX A; 1NHH A; 4DV4 E; 4JYA I; 4DR1 I; 3F0N A; 1NHJ A; 4LF6 E; 2HFS A; 1Z0B A; 2V2Q A; 4X62 I; 4MYU A; 1IBL E; 5BR8 I; 1B62 A; 4DV6 I; 1IBM E; 1A6F A; 4DXL A; 3OTO I; 1HNZ I; 4DUZ E; 4JI1 E; 1RRE A; 1FI4 A; 3QT8 A; 1ZXM A; 1MG7 A; 2A2C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HNV A; 4FWD A; 3I6P A; 2QA1 A; 1OYS A; 4DV5 I; 2XS5 A; 3D6F B; 4MIB A; 2MHE A; 3WX4 A; 3RAX A; 2DIU A; 2LEC A; 4AUK A; 3O6Q A; 5L8R C; 3JSY A; 1JB0 C; 5H9F K; 1N0U A; 3BBC A; 4EWT A; 4HLB A; 1UJ6 A; 1D09 B; 4CLP A; 4IFV B; 3KK3 B; 4P7V A; 2OEK A; 1F6T A; 1YBT A; 1LQ9 A; 3I55 S; 2C38 A; 3DN9 A; 4OZ2 A; 3R5G A; 1FJG F; 1RHK B; 2L9W A; 2Y1J A; 3G4S S; 3PRV A; 4LFA J; 1BWV A; 3I5A A; 1SQF A; 2LJP A; 4NYP A; 4FNH A; 1SCJ B; 2RML A; 1DUR A; 2PMH A; 2HKJ A; 4OJ3 A; 1M5V C; 2WB1 D; 2GIQ A; 1AYE A; 4KGM A; 5E3C A; 3TA1 A; 3KLF B; 4WIQ A; 1RWW B; 2KXH A; 2LU1 A; 1FWP A; 2XUL A; 1S57 A; 4PAB A; 4YY3 F; 2VG5 B; 1WC4 A; 3AD9 C; 3MEC B; 3QID A; 2AV5 A; 2GQC A; 1J27 A; 3NL0 A; 1MLA A; 3KK2 B; 3D0I E; 1PYS B; 2QIF A; 3M6U A; 3AJ2 A; 2XNQ A; 4OZL A; 4DQQ A; 3EX7 B; 3D54 A; 2NXC A; 4OI4 A; 5HL7 Q; 1PAU B; 5ITH A; 2GVZ A; 2PMW A; 1NU4 A; 1SKR A; 4CP5 A; 3MD3 A; 1RKJ A; 4X65 I; 5K36 E; 2GAG C; 1N34 J; 4BHQ A; 2DNG A; 3TJ9 A; 4DLE A; 4NXN E; 3KJF B; 1S10 A; 2XMM A; 1RBO B; 5FLX U; 2BV3 A; 4MU3 A; 4DV1 J; 2OML A; 4RW8 A; 4FYD A; 4R0J A; 2HQI A; 4URL A; 2NN6 E; 1NLK L; 1ZM2 A; 2JDJ A; 4DQI A; 1UEK A; 1GMV A; 3K0J A; 1IWA A; 2NYH A; 1ZM3 A; 2Z5B B; 4GVL A; 3LAK A; 1WHY A; 3I31 A; 4RNH A; 2FJE B; 3IFE A; 2V2Z A; 1TEL A; 1QAX A; 2VA3 A; 1TFW A; 1VCT A; 4X66 F; 1TUW A; 1RA6 A; 3BO3 A; 5K36 C; 3TW0 A; 1NK7 A; 2NXU A; 3FRY A; 1V3S A; 1JLC A; 2YNI A; 3GQC A; 5T7L A; 2Z2Y B; 2QA4 G; 1YX2 A; 3IBF B; 4ES2 A; 5I42 B; 2BA0 D; 1VR6 A; 1Y7P A; 2UUC I; 3WZ0 A; 2IMO A; 1X60 A; 3IG1 B; 1FDA A; 3QNW B; 3PEJ A; 3MR6 A; 1FJG J; 3L3C A; 4DFM A; 2NN6 C; 3QT5 A; 1A7G E; 2XY5 A; 4G1Q A; 3DDN A; 5LMN F; 2IES A; 1U6F A; 2NQP A; 1V3Z A; 2XY6 A; 2H9Z A; 3V6K A; 3AB2 B; 3P45 B; 1QE1 B; 1VQ6 S; 1NSP A; 2OSQ A; 3DOL B; 3DU6 A; 3FGV A; 1RT7 B; 2ACM A; 2M8D B; 3SSR A; 4YY3 J; 3SEO A; 3W61 A; 3CCS S; 2B9W A; 4P73 A; 3H5S A; 2W1B A; 3SQG B; 4JI1 F; 3BQ1 A; 1EA6 A; 1UWA A; 3G82 B; 4YB7 A; 2W8L A; 3QJP A; 3H0P A; 2PO1 B; 4B3T E; 4CLY A; 4RO0 A; 3MHY A; 2ASJ A; 1Q8L A; 4LQ9 A; 3FVY A; 4NLT A; 2VPX B; 2PSZ A; 3VAL A; 1Q8K A; 1GXT A; 3W60 A; 3BGO P; 1U02 A; 2FY8 A; 4DU7 A; 3SBM A; 2GML A; 2HBY B; 3DOM A; 4DX5 A; 1KBR A; 5D8H B; 4K4X A; 4MKV A; 1S5Z A; 1NHK L; 4UST A; 1I94 I; 2ASD A; 2ROP A; 4CYU A; 4J9L A; 4NOH A; 1P27 B; 2MY8 A; 3DM2 A; 4C48 A; 3VVT A; 4JI6 I; 1TTH B; 5LL6 d; 1JJC B; 1Q1K A; 5ETN A; 4IKA A; 2F9D A; 1ZM4 A; 4YHH F; 2QRR A; 2I9S A; 2VG6 B; 1FK9 B; 2MJU A; 3DRS A; 4OZ1 A; 4NCA A; 1Q7Y T; 1S1U A; 3M2V A; 2W9A A; 2R4F A; 2C2N A; 1IXK A; 3NXZ A; 4M1K A; 2WP8 B; 4W92 B; 2QLB B; 4X66 J; 4DL4 A; 3CB4 A; 1EET B; 3HM9 A; 4M5M A; 2C1E B; 2KB2 A; 4RWW A; 3H4D A; 5KG7 A; 1TV6 B; 1HNZ I; 2M3D A; 2MGZ A; 5L46 A; 2FJX A; 3CT9 A; 3AQO A; 3SDE A; 1RAE B; 2UVR A; 5CQG A; 1I1G A; 4FKX A; 4Q43 A; 3BDE A; 1YQH A; 5LMN J; 4QPT A; 4NYO A; 2AX1 A; 1RAC B; 3NWG A; 4OYZ A; 4URS A; 2DNO A; 5DLG A; 3DMJ B; 4LMZ A; 5CYQ B; 4QPX A; 4MKA A; 1VOM A; 1BGX T; 4KPY A; 2LXI A; 1Y9O A; 4PCQ A; 5J1E B; 1MW7 A; 2BQ3 A; 1SC6 A; 2N82 B; 3OJU A; 2YKO A; 4EZ6 A; 3K2Y A; 2UVU A; 4DR5 E; 2WB4 A; 3RBX A; 2FGC A; 3MM9 B; 2HHH E; 4URQ U; 3RW6 A; 5DJB A; 4ZLP A; 4OX9 E; 4M5I A; 3KUH A; 4JI1 J; 1UVL A; 2HQC A; 3RRG A; 2CPX A; 1KD1 T; 1H2U X; 4WP9 A; 3HHN B; 1TKT B; 3QWU A; 3MPV A; 2DR6 A; 3IRW P; 1NZ8 A; 1UEU A; 2DNM A; 1S12 A; 3J7Z T; 1SUQ A; 5KFJ A; 2DPJ A; 1VIS A; 4Q0B B; 3A1Y G; 4ECU A; 4UOH A; 1SL2 A; 4KKO A; 3DYA A; 2XYH B; 3KLG A; 2ROG A; 1Q81 T; 3K1J A; 4TY8 A; 4P7T A; 4DV0 I; 1REV B; 4CO5 A; 2IM3 A; 2KI2 A; 4YB6 A; 3GME A; 2AU0 A; 3DHW C; 5L9X A; 3CJ2 A; 3J81 j; 2B4U A; 1GH8 A; 1XIQ A; 1S1W B; 1NCL A; 1HQ2 A; 1SKS A; 4R1F A; 2R8H A; 3IAS 9; 1HWJ A; 1USU A; 1JLQ B; 3TUZ C; 3IXQ A; 1NDP A; 2AE8 A; 4USU A; 4HH0 A; 2BJ9 A; 4OHX A; 4ZP9 A; 4EI2 A; 2WVE A; 2GO4 A; 5HP1 A; 4ECY A; 4ZCL A; 2C42 A; 2E1M C; 2IM1 A; 1N5Y A; 2Y8Y A; 1X4G A; 3T1H F; 1T94 A; 2F8M A; 3IM9 A; 2O3D A; 4JI4 E; 5HVH A; 4A8K A; 4N77 A; 5L9N A; 4A8M P; 1OYR A; 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3OHB A; 1CJU A; 2ZOM A; 4AE5 A; 4MKB A; 1P9Q C; 1WC3 A; 4AM3 A; 2LLZ A; 2M52 A; 4XK8 C; 2UU9 F; 2MKK A; 2HFV A; 4O3R A; 4U8V A; 3U1K A; 2XLI A; 4EBC A; 3RGI A; 3T1H J; 2V9K A; 1BWE A; 3TZW A; 1HBU A; 5KFK A; 3H8Y A; 4M5K A; 2HHT A; 5LJ5 Y; 2MMY A; 2EVZ A; 3BGL A; 4DV5 E; 1YJ9 S; 1R6V A; 1HA1 A; 4DV1 E; 2CWX A; 2CRL A; 2BAN A; 5FII A; 1S6P A; 5C2C A; 1NHJ A; 1XNQ F; 4X62 I; 1CJK A; 4OHZ A; 2V4R A; 3PZP A; 1PJ7 A; 4QIF A; 4LRB A; 4I69 A; 3D6H B; 4IDK B; 2H1Y A; 3FNN A; 1SJR A; 2AP6 A; 2VFR A; 3DI6 A; 1WOR A; 1Y4S A; 2WNR B; 1C0U A; 2BE2 A; 2YQ0 A; 2CPF A; 2HZA A; 4WK3 A; 2BM0 A; 4CQ1 A; 2IC3 A; 1TKD A; 3GLJ A; 1WI6 A; 4PG7 A; 4ZIT A; 2VBX A; 3KLV A; 2Q6B A; 3OQ2 A; 3VTI A; 1KSP A; 3IC1 A; 3LGH A; 3H5Y A; 2CVI A; 3EM1 A; 1RUS A; 4P6Q A; 5HJX A; 2A10 A; 4A8Q A; 1J2V A; 1GEH A; 3HJV A; 4OYW A; 1IBL J; 1CQN A; 3MI7 X; 1B0P A; 1OIA A; 2JLE A; 4IZJ A; 2GIF A; 5J1N A; 4UY8 T; 3NAI A; 4C3M A; 4DF8 A; 1TL3 A; 2YY3 A; 4IQX A; 3GYG A; 2ZFH A; 4Q2L A; 1VRT A; 1B7F A; 3G9C A; 2L48 A; 4X65 E; 1Z1Z A; 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