3APQA

Crystal structure of j-trx1 fragment of erdj5
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
IQNFYSLLGVSKTASSREIRQAFKKLALKLHPDKNPNNPNAHGDFLKINRAYEVLKDEDLRKKYDKYGEKGLEDNQGGQYESWSYYRYDFGIYDDDPEIITLERREFDAAVNSGELWFVNFYSPGCSHCHDLAPTWREFAKEVDGLLRIGAVNCGDDRMLCRMKGVNSYPSLFIFRSGMAAVKYNGDRSKESLVAFAMQHVRSTVTEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
publication title Structural basis of an ERAD pathway mediated by the ER-resident protein disulfide reductase ERdj5.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DnaJ homolog subfamily C member 10
total genus 65
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF00226 DnaJ DnaJ domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.287.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helix Hairpins DnaJ domain 3apqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3apqA02
2O89A 1PMTA 2AUVA 1G7EA 1GLQA 3ED3A 2H19A 2B5XA 4HZ4A 4WBJA 3QAVA 5ECSA 1SJZA 4KNDA 3AY8A 2L6LA 3GUSA 1X5DA 1R7HA 1ZZYA 2DJ0A 3GMFA 3ZREA 2LTKA 3FR6A 2C0DA 4L0UA 1ZCPA 2MYGA 1X5EA 3F6FA 1LJRA 2ZUPA 3ZMLA 5ID2A 2DBCA 1TKDB 3VWVA 2ON7A 2YV9A 2C3NA 3GTUA 2QWOB 1PL1A 4J2FA 4MZCA 5IM9A 1GH6A 3M0FA 3TJKA 2DJKA 2CZ3A 2HZEA 4OO4A 4EF0A 1HD2A 2YWIA 3ISOA 1WP0A 4E8EA 1TRVA 2GGTA 2CVBA 2L5LA 1SYXA 4L5OA 2YP6A 3GL5A 1KEBA 6GSUA 5CO3A 4LL1B 3TKQA 4D73B 4PUFC 5ECOB 2VIMA 3ZITA 2XPDA 3SBCA 3FZ9A 4OO5A 3J7Yb 2GZYA 1ZGNA 1SJIA 3GX8A 4ZB9A 18GSA 2KOKA 5GAPD 3Q18A 1PN9A 2M6YA 5AN1A 3FKFA 4JRRA 3KH9A 1VF1A 1U88A 4NHWA 4TW5A 2QSAA 3D5JA 5COHA 2RM5A 1TK5B 2L59A 2DIYA 2OE1A 1EEJA 3F63A 4AF2A 1SKSB 3F8UA 2H1AA 3HVVA 1GNEA 1TU8A 3EU3A 3RHCA 4J80A 4ZL7A 2OE0A 3GKNA 1YQ1A 2LQOA 3H8QA 5DBQA 1A0RP 2N05A 3BBYA 3DYRA 5CYYA 3MSZA 1TRUA 4X0XA 5D9VA 1PSQA 2FLSA 5J41A 5JWQB 3TUEA 4TR1A 3IXRA 3ME7A 3W6GA 1PRXA 1YJ6A 4GSTA 2LJRA 1QUWA 5B6MA 3VPQA 1DUGA 1OC9A 2ZNMA 1EZKA 3KP9A 1FAAA 5EPFA 3ERFA 4IT5A 5F07A 2IMKA 1T3BA 2P5QA 3PINA 5HR1A 2ZCTA 2F8FA 2PBJA 1A8YA 1N4CA 1OE7A 1AW9A 2MMNA 3WGEA 1XBLA 1X9SB 2FGXA 3CSHA 4LA1A 2VCWA 5A4VA 3CSIA 5KN3A 2XBIA 5ECNB 3HDCA 3HVXA 2K8VA 2P5RA 3UAPA 5L71A 2FWEA 2FA4A 1X9WB 4GLTA 3UEMA 1SYRA 3N5OA 4MK3A 1KNGA 2QC7A 1JZWA 2K18A 1K0CA 1JZDA 3I6AA 3NIVA 2LRNA 3GNJA 2IIYA 3F3RA 3LJRA 5E59A 3NZNA 2IMEA 3F3QA 1PGTA 2GT6A 2VLTA 3C7MA 4YAVA 3F4SA 4HQZA 22GSA 3HJOA 3PGTA 1BEDA 2HNLA 3GA4A 2H0IA 2N5BA 4FYBA 2GUZA 2GS3A 3LEFA 5LCZA 4N0VA 1Y6EA 1H75A 5HFIA 4MPGA 2AHEA 2FY6A 3PH9A 5G5EA 3HYPA 5J5NA 2XHFA 4OFNA 1XWKA 2N5FA 5JCUA 2CZ2A 1GLPA 1V2AA 2VL2A 2EIQA 4ZXGA 1QK8A 2TRCP 1AAZA 2GSQA 2LNSA 3C73A 4CDOA 3G9BA 3LXTA 4I8BA 5CRDA 2F8AA 2DC5A 5IIZA 1A0FA 1JZRA 1R5PA 1ERUA 1T1VA 3MNGA 1PQNA 1JLVA 1PX7A 3A2XA 1BYEA 4TXOB 4WR4A 1SK2A 2A2RA 1IURA 3GHAA 2DJ2A 4TR0A 5DDLA 5ECQB 2PN8A 2F9SA 1TRSA 3UIWA 1KBNA 1OC8A 5IMZA 4POBA 1UC7A 4IBPA 1TK0B 2E2GA 3A3TA 1GSDA 4H86A 2GQKA 1J9BA 3RHBA 1ZOFA 3LFLA 3CTFA 3EURA 3TKSE 1O8WA 3IDVA 4PNFA 1JZOA 3FR3A 5ENUA 1GSEA 2CX4A 1X0RA 4HOJA 2CVKA 20GSA 3FY7A 1TI3A 2YJ7A 3BJ5A 1ACVA 1WE0A 1AC1A 3KMNA 3ME8A 5H5RA 3FZAA 1F9MA 5ECKB 2MMZA 3C8EA 3KTLA 1OC3A 1O73A 1V58A 1B9YC 2X8GA 4DSRA 4ID0A 4L0WA 2CX3A 1ILOA 2H30A 4I2TA 1GH2A 1BAYA 2AYTA 2H66A 1XWCA 4HI7A 3UBKA 3EE2A 3CTGA 1E2YA 3TJBA 3TJJA 1EWXA 3KD0A 3IOSA 4EKZA 3APQA 1ABAA 1GSFA 5GAND 1NM3A 1M9AA 2KUCA 4ECIA 2HXKA 1GTAA 3BOAA 1OVNA 5IOXA 3TRXA 4XIHA 5F0GA 1LBKA 2DJ1A 4OD7A 4AJ8A 3RDWA 1FOVA 2LRTA 2XPEA 2BMXA 3CRTA 2KLXA 1TXXA 1NZ6A 2I3YA 1KTEA 3F0IA 3UOMA 2FUG2 3ZIJA 1EOGA 2I1UA 2B5EA 2H1BA 1R26A 2N5AA 1GL8A 5JCGA 5IOWA 3HHVA 4HU9A 2VCZA 3WT2A 1WMJA 2EC4A 4KB3A 1F6MC 5IMVA 3GURA 4DSSA 1XCCA 1WPIA 2P31A 5ECLB 1ZYQB 1F37A 1U6TA 3A5WA 4XTSA 2YJHA 4KAEA 4QQ7A 5G31A 1G0TA 4KGIA 2VUPA 4NWYA 3HXSA 2CTQA 1SU9A 5LD0A 1MDJA 1WJZA 2KP1A 2VCVA 2MMOA 2JZSA 1TI1A 4JR6A 3SWLA 1XZOA 1GP1A 4LL4B 4GTUA 5GZZB 2FCHA 4ECCA 2MZCA 2PU9C 2IMFA 1MD4A 1OAZA 1OYJA 2JSYA 2TRXA 6GSYA 3U5RE 4QL7A 1VRSD 4PQHA 1ZL9A 4YQMA 4XS6A 4IN0A 1XFLA 5HFGA 2JSZA 4J7ZA 5DAKB 1V9WA 4K7IA 4NHZA 1N8JA 3D21A 2WCIA 1TK8B 1AQWA 1A2MA 3FR9A 2GSSA 2GSRA 2IWTA 3KMOA 4KH7A 4XHMA 5KN1A 4F03A 4Q5QA 4EVMA 3ZRDA 2E2MA 3FW2A 1W89A 4POKA 1GWCA 5DQYA 2VD1A 4ZBBA 2QSIA 3P90A 2JZRA 5EL8A 1XVQA 3D4MA 2QWNB 2H6YA 2HSYA 1NSWA 3N9JA 1DE2A 4PQIA 4NV2A 2PUKC 4O92A 4MJBA 5AISA 1Y25A 4V2NA 3BVOA 3G7YA 3IA1A 4DVCA 2MMAA 4WETA 1K3YA 4G10A 3O76A 2M46A 2M72A 2KQXA 5D96A 4HEA2 5B8BA 4MF6A 4D73A 1PD21 2LS5A 2GSTA 5J9CA 5EVOA 5DALB 2Y4TA 5ECMB 2HYXA 5FHIA 2NPBA 1OKDA 2V6OA 4FIWA 2PMTA 3W8SA 2FNOA 1SK0A 3DD3A 3VI5A 4KA0A 4ZB6A 3DRNA 1SD8A 4ML6A 2X99A 4ACSA 2REMA 2IMIA 4OFTA 2ALBA 2YANA 1O7UA 3EC3A 4IQAA 4RQRA 2FWFA 6GSTA 1NHOA 3G7JA 1YDKA 2IN3A 1Z6NA 1M0UA 2C8UA 1EGOA 2GTUA 1A2JA 2LJKA 3L9UA 4N11A 4TXVA 2CV4A 4PGTA 1XIYA 2B1LA 4MABA 4K0GA 4EE0A 1UA5A 5IQYA 2B7JA 3UCSC 1R5AA 1TOFA 5D8IA 2AV4A 5GSSA 2H6ZA 3A2WA 1YF0A 2BTOT 2R37A 3RAZA 4HS1A 4WEYA 3GTUB 3QR6A 9GSSA 5CREA 1FO5A 2B3SA 4HUAA 5ELAA 3F4TA 3QAWA 4PX1A 2HZEB 3IE3A 1T7PB 1M2AA 4IKHA 2WRTA 3IV4A 3QFBC 1SKRB 5AGYA 4I97A 2MBSA 3VFIA 4P3YB 3H1NA 2FWHA 4OCEA 3KH7A 2JZTA 2O85A 2V2GA 1B4QA 4BWSA 2VCTA 2CTPA 2FD3A 1MEKA 3ZFLA 2DSAA 3EMPA 3KTBA 2JL4A 1BQ7A 4EDZA 1YEPA 2H1DA 3NOFA 1PKWA 1R4WA 2CTWA 4KSMA 4WBRD 3LGCA 5KN2A 1HYUA 4FYUA 3Q74A 5AIXA 2L6CA 3I43A 2WS2A 3PR8A 1SENA 3TKPA 1U3AA 4KUNA 4MCUA 2N04A 5F05A 4EUYA 5JWRB 4ZIJA 1SJ6A 1QQ2A 4FO5A 5DCHA 2H73A 1EEMA 3BCKA 5DJLA 2L5OA 1URMA 1GSYA 2YWNA 1RK4A 3DEXA 3VWWA 2ES7A 4V1Ag 3H93A 3RPNA 4TR1B 19GSA 3R2QA 5JCWA 3FEUA 3VI7A 1K3OA 3EYTA 5ECIB 1Q4JA 2XBQA 5IMFA 5G5FA 1XW6A 2WDUA 3UL3A 5B6NA 2VCXA 3S9FA 3HJMA 1ERVA 2LEGA 1BQ0A 4TXOA 3ZVJD 2PVQA 4GCIA 4F0BA 3HD5A 3D6IA 4KW6A 1MDKA 2X8HA 1SL1B 1GULA 2VD0A 4POLA 3Q19A 4TVEA 4V1Ap 4MF5A 3HA9A 1TRWA 1DE1A 3BCIA 2DMXA 1DSBA 2V1MA 1NHYA 6GSSA 1W4VA 2M80A 2HRNA 4DSQA 3F4RA 5ABRA 4MZWA 4NXIA 2IPAA 2EJ7A 4K2DA 3UVHA 2Z9SA 1K3LA 2JU5A 4K7NA 2QWQB 4EL1A 2R2JA 3L78A 2H71A 2NVLA 1OKTA 2PF4E 3HJPA 1S3AA 1H4OA 2QGVA 3A2VA 3EWLA 2YNXA 3P8WA 4K1FA 4OCFA 1RW1A 1YKAA 4MPFA 1I9DA 2C0FA 4TRXA 2NTOA 2R5GA 2L4QA 3DIEA 1QXHA 1AXDA 4ZBDA 1TDIA 3E3EA 4XS4B 3QMXA 1WOUA 1YF1A 3HVSA 4DEJA 4ZBAA 5H5QA 1GTBA 3UO2A 2H6XA 5G2ZA 4TOPA 5G30A 1O8XA 1F2EA 1ML6A 3VPTA 5IMCA 2CT6A 5D9WA 1Z7PA 4RI6A 4J56E 2C3TA 5ECHB 4MA9A 3IR4A 1J0FA 2QKEA 2WJUA 5IMDA 4Q5NA 5ECRB 1XVWA 2QWRB 5IO0A 1QFNA 1Z9HA 3TOTA 3IBHA 4LLRA 2YUAA 2VLVA 1F3AA 3UJ1A 2I81A 3KGKA 4I5QA 4EXJA 5LNKe 3FRCA 2GZPA 3RPPA 2WGRA 5HQPA 1BQZA 2AJQB 5IO2A 2H74A 3KCMA 1GTUA 1VF2A 3LYKA 5CRHA 5C00A 3LQ7A 3IAS2 1HDJA 1XOAA 4IQ1A 5HR0A 1FB0A 1BJXA 3GX0A 4GSNA 2FHEA 4WF5A 3TB2A 1FPOA 1V57A 4IW9A 3QAGA 2CAQA 2LV3A 4GXZA 3E9JB 1AIUA 2F51A 4WR5A 2WFCA 3EU4A 2TIRA 4I6XA 4XRDA 2V41A 3AG7A 5CRGA 3TGZA 1GSUA 4O32A 3WGDA 3BD2A 4RQXA 1ERWA 2KHPA 5JWOB 4KDYA 4PURA 4IS0A 1I5GA 4K8MA 5DAKA 4F9ZA 2LKUA 2YS8A 4ULXA 13GSA 2LRCA 1HNAA 3LSZA 5ELGA 4JU5A 2WB9A 4ECBA 2KP2A 3KXOA 4IP1A 4V2MA 1Z5YE 1TTZA 3D0ZA 4NAXA 4JZQA 2G0FA 2RM6A 2H70A 4E8HA 4ECJA 2QWPB 1O6JA 2JADA 2FWGA 4HJMA 4POMA 2YV7A 3KEBA 4IGJA 1Z7RA 3HZ8A 4MH2A 4I2UA 5HR2A 1GSSA 5CRWA 2DJ3A 3UMAA 1QGVA 1B9XC 2MBTA 2K9FA 2I4AA 1XWGA 3WT1A 4KDXA 1XBSA 3HZ4A 3ZZXA 2LJAA 2B7KA 2IFQB 5F8BA 1M2BA 1WRYA 1E6BA 1A24A 3UO3A 1JFUA 5AIVA 1JLWA 3H4KA 4GSSA 4K9ZA 3IK7A 5G1LA 4WKWA 2B6MA 5DALA 4NV5A 3GYKA 1XXUA 2B1KA 2H0HA 1S3DA 1IYHA 4RI7A 4KX4A 3HCZA 3DMLA 1USBA 1EV4A 3DVXA 3TDGA 1BG5A 3M9JA 4YQUA 2WULA 4L8EA 5C04A 2GQMA 3LWAA 1UN2A 4MJEA 4OFMA 4YQVA 3LG6A 2A4VA 2IMDA 5D9XA 1M99A 1TP9A 2OBKA 3TRQA 2CQ9A 1FW1A 3GFKA 2VL9A 3F6DA 2K6VA 1AQVA 2IL3A 3Q6OA 4WXTA 4N30A 1YKCA 1B8XA 4XCSA 1GRXA 4GQFA 1FHEA 3ZIVA 1ZMAA 3M3MA 4G2EA 1Z3EA 4WF4A 1CQGA 2HZFA 2O8VB 3HY2A 1TJDA 5KEJA 5J4UA 1WJKA 1BX9A 4TN8A 4BA7A 1M9BA 2J23A 4CHSA 1FVJA 5B8AA 1RQMA 1EGRA 3V1WA 1G6YA 3RBTA 2FA8A 4K6XA 5D73A 1YY7A 3H79A 3APOA 4AJ6A 5A4UA 2ON5A 3IPZA 5A4WA 5HR3A 4PXOA 2EIRA 2VOCA 5J9BA 1ERTA 10GSA 5CNWA 5FT3A 1THXA 1J08A 1EP8A 1N2AA 1VGLA 2HE3A 5DVBA 4HU7A 1TW9A 4PUAA 5ID2B 3KP8A 2VL3A 3GL3A 1WWJA 3QD9A 4F0CA 3EVIA 4ZL9A 1IYIA 1LU4A 1FAFA 2V32A 2CAIA 1MTCA 4EO3A 5DJMA 4HZ2A 1OE8A 4NPBA 2VCQA 3IRAA 4IJ3A 3I69A 1T4ZA 1FB6A 4MMMA 12GSA 5DQSA 5CAXA 3IK9A 4MZBA 2B5YA 1PL2A 2CVDA 1V98A 3GH6A 4KDUA 1T4YA 3GRXA 3KIJA 2HFDA 1SD9A 3W8JA 5D93A 1Q98A 6GSWA 3CMIA 1XOBA 3WD6A 1K0AA 2E7PA 2H72A 4GQCA 3QPMA 4TKYA 4MH3A 5H5SA 5D9TA 4KSOA 3CYNA 1GNWA 3QOUA 4ZILA 4J57E 4JR4A 4GWRA 2CUGA 2C0GA 2GZZA 2H75A 1SKWB 3MDKA 3KJYA 1WIKA 2K8SA 2OACA 2VLUA 3U6VA 4QL9A 1XWBA 2H0GA 3O6TA 1HNCA 5B7CA 5DCGA 4JBBA 2H8LA 4F82A 4Q5RA 3FYGA 2BJXA 3MAKA 3O3TA 4MJCA 2YWMA 3C1RA 4RUVA 4AJ7A 4O5RA 2AB6A 1K0NA 1FVKA 3TOUA 1OC9B 1K0BA 4Q5FA 1PKZA 1G7OA 1VF3A 2C3QA 1SK1A 3FZ5A 1S3CA 2WZ9A 1Z6MA 2PERA 5E4WA 2C80A 4IP6A 1YEXA 4EC0A 3FHKA 5KN0A 7GSSA 3C71A 1XW9A 2DN9A 2CA8A 2G2QA 1XWAA 1GUHA 2GQLA 3CXGA 2YPMA 2PGTA 2J9HA 2LGWA 5IPHA 2OKAA 1X9MB 3LYPA 2EIOA 2OBIA 3ERWA 2YOIA 4N0ZA 3ZYWA 1T00A 2YN1A 2CTRA 2R6KA 3M8NA 1M2DA 3CBUA 3FK8A 3GV1A 4YAPA 2JACA 3TCOA 4HQSA 4IJIA 1B48A 3L9VA 1CQHA 4XS4A 1SL2B 4O7HA 5ECPB 2C1YA 2HLSA 2VL2C 2PWJA 1F3BA 3GN3A 3ZFBA 4MF7A 3JCML 3DWVA 4JE1A 4OMVA 3CRUA 2VAFA 1K0MA 3DGQA 3VURA 1A8LA 2H76A 4G19A 2GUZB 2AAWA 3M9KA 2RIIA 4HDEA 3DKSA 1AQXA 3D4TA 3GIXA 2H1GA 3C1SA 1MDIA 1ON4A 2E0QA 3IHQA 6GSXA 4RWUA 2IJYA 5J3RA 3FZ4A 1QMVA 2XC2A 3GSSA 17GSA 4X1UA 3MWHA 3QFAC 2H01A 2LNTA 1K0OA 3L9SA 3TJFA 2Y4UA 1M7TA 2LUSA 4XS1A 2A2SA 2YWOA 5G1KA 1ST9A 2X8CA 1UVZA 3K8NA 1SL0B 3WGXA 1C72A 2VO4A 2O87A 3QDNA 5IPGA 2PVOC 2O7KA 1B4PA 2X64A 3HKRA 2HI7A 3KZQA 4IVFA 3LXZA 1A23A 4Z7XA 3J7Yk 3GKXA 4KE3A 2OA7A 2GDRA 3TKSC 3EMXA 3TKSA 2R4VA 3LORA 3D22A 3GKKA 3VK9A 2LSTA 4L5LA 1G6WA 4LMWA 1TU7A 4MLYA 1O81A 2YZHA 2HT9A 1ZYEA 1GSQA 4NMUA 4KCEA 4BVYA 4CW9A 2HSHA 1GUMA 2L4CA 4IELA 2PPTA 1U87A 2LO1A 1DBYA 3ERGA 2RLIA 3TKRA 4FH8A 6GSVA 1MD3A 2GT5A 3ZTLA 3ZL5A 4YH2A 2R3XA 3M1GA 3UARA 5IMAA 2LQQA 1NW2A 4MDCA 5GSTA 1HQOA 4PNGA 2L6DA 1FG4A 3GKMA 5INYA 1PX6A 4X43A 3KM6A 3E0UA 4GRFA 11GSA 2HRFA 5HFKA 3P2AA 2C4JA 1EV9A 1X5CA 4TR3A 4ISDA 4IHUA 16GSA 3ZMKA 3IC4A 2DJJA 4TR4A 3L0HA 2DMLA 3UVTA 3ZLPA 2IFQA 5F06A 4OWYA 3EINA 4ZB8A 4V2LA 2F3MA 2DIZA 3UBLA 2V6KA 4K0NA 3GH9A 1GTIA 4N10A 4FYCA 5FWGA 3DXBA 3I9V2 2RUEA 4ML1A 4BL7A 4F2IA 3IAM2 3APSA 3GSTA 3OR5A 4PQ1A 4XRAA 2RUFA 4G9HA 3VLNA 1U3IA 2VM2A 4K7OA 2C0EA 4ILFA 4ZL8A 1O85A 3VWUA 4AGSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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