3APQA

Crystal structure of j-trx1 fragment of erdj5
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
IQNFYSLLGVSKTASSREIRQAFKKLALKLHPDKNPNNPNAHGDFLKINRAYEVLKDEDLRKKYDKYGEKGLEDNQGGQYESWSYYRYDFGIYDDDPEIITLERREFDAAVNSGELWFVNFYSPGCSHCHDLAPTWREFAKEVDGLLRIGAVNCGDDRMLCRMKGVNSYPSLFIFRSGMAAVKYNGDRSKESLVAFAMQHVRSTVTEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of an ERAD pathway mediated by the ER-resident protein disulfide reductase ERdj5.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DnaJ homolog subfamily C member 10
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
total genus 65
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF00226 DnaJ DnaJ domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.287.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helix Hairpins DnaJ domain 3apqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3apqA02
4OO4A 3D4MA 3VLNA 4KSOA 1RK4A 1Z6NA 2GQMA 2NBSA 2FLSA 2C4JA 2FNOA 3BVOA 2YWMA 4NXIA 4IHUA 2MYGA 2XHFA 1LBKA 1OKTA 2LJKA 3CMIA 1OC3A 5DQSA 1FPOA 2O8VB 2DMMA 1ILOA 1BG5A 4MH2A 3WGDA 2DJ3A 1XBSA 4WXTA 1WOUA 4EUYA 2DJ2A 2H1BA 1O8XA 2O87A 2KUCA 1QGVA 4GSTA 1G7OA 4I97A 2N5BA 2LKUA 1EP7A 1WJZA 2CT6A 1YF0A 5F8BA 3CRTA 1OE8A 4MABA 5DJMA 3A2XA 3LFLA 3KD0A 2QSAA 1X5CA 1SU9A 1M2BA 4NAXA 3A5WA 3HVSA 4EC0A 3VFIA 2NPBA 1B4QA 4ZL7A 2VCTA 1GUHA 1SKRB 1AXDA 3C1RA 5DQYA 2GSQA 3CBUA 2JZTA 2EC4A 3BCKA 1MDJA 4K2DA 4V2NA 5F05A 5HR1A 1IYHA 1ACVA 1JLWA 2XBIA 1F6MC 2H71A 3CYNA 2DIZA 1I5GA 2GSRA 1USBA 2C3NA 1JFUA 4MA9A 1GWCA 2GZYA 2L57A 2CVBA 4IS0A 2X8GA 4EXJA 4XRAA 2VCXA 4KE3A 2TIRA 1B48A 3BD2A 1TU7A 2I3YA 6GSUA 3MDKA 4K9ZA 3UO2A 1SL0B 4PNFA 5FHIA 1WPIA 2IIYA 2K8SA 2VLUA 3NIVA 2IL3A 1SENA 2DLXA 4P3YB 1UC7A 4ID0A 1AUCA 2OJLA 1T4ZA 2OE3A 1QK8A 3A3TA 9GSSA 3LYKA 2JSYA 1MTCA 4JBBA 3G7IA 5J9BA 4PQ1A 2IFQB 2FA8A 5D93A 3IRAA 2I81A 2ES7A 3QAWA 1SD8A 2JZRA 4XS4A 5D9XA 3RDWA 3D6IA 2HZEA 4EKZA 4XHMA 2QKEA 4DSRA 3WT1A 4BA7A 3VWUA 1R5PA 1TI1A 4TXOB 1EWXA 1X9MB 4OD7A 1U87A 2VCZA 1HNBA 4KX4A 3VI7A 1GTUA 1AQWA 2QWPB 5JWQB 2GUZB 1FB0A 4MCUA 4OFNA 1B9YC 2VLVA 4WETA 5DAKB 4L0UA 3KCMA 2CTQA 3VI5A 5ECRB 2H1AA 5J4UA 1T7PB 2WCIA 2LTKA 1ERWA 1KEBA 5IMZA 2VL2A 3ZFBA 5G5FA 4LMVA 4KCEA 3PR8A 4MPFA 4IBPA 5COHA 3GRXA 1KTEA 2F8AA 4ZIJA 3HDCA 5KEJA 1O6JA 4IGJA 1UVZA 2LJRA 3QAVA 2N5FA 4LL1B 5D8IA 3D22A 2L4QA 1QXHA 1VF3A 3CRUA 2WRTA 3DMLA 1FHEA 1AIUA 1WP0A 2HRFA 4WF4A 3BOAA 6GSTA 4TR1A 3IDVA 3L9UA 3QDNA 4JZQA 2ZUPA 3RPPA 2PBJA 3GKMA 2VLTA 4FH8A 4K7IA 4ISDA 4O5RA 3QCPA 3D4TA 4ACSA 2GZZA 6GSVA 3R2QA 4Q5QA 1TRSA 1GSQA 3H8QA 4FIWA 4ILFA 4GSSA 1VRSD 3GX8A 4KCAA 7GSSA 2LQQA 2WJUA 4G10A 1JZOA 2YWNA 1ZCPA 2CTRA 2HI7A 2CZ2A 1QMVA 2J23A 5A4UA 1GTIA 3W8SA 1ERVA 5ECMB 3UL3A 1YZXA 3WGXA 10GSA 1SJZA 2M72A 2H75A 3TKSC 4MF5A 2FWHA 3BJ5A 1Z5YE 4K6XA 4MF6A 3HJOA 4ZBAA 2REMA 3UAPA 3Q6OA 5D9WA 8GSSA 1W89A 2B7KA 5IMCA 1IURA 1PX6A 1U3IA 1U3AA 3QFAC 2R5GA 4J80A 4AJ6A 1KNGA 1Q4JA 1NHYA 4GSNA 4HZ2A 3RHBA 2YN1A 4I2UA 4RQXA 2PVQA 2CX3A 1M7TA 3HXSA 3CXGA 3LG6A 4ZL9A 2YCDA 3GFKA 4ULXA 2RUEA 5KN3A 2QWNB 4IQ1A 1PA3A 2F3MA 1GSDA 2K9FA 3F4SA 4KSMA 5G1KA 5LD0A 5GSSA 1ZMAA 3HD5A 3ZYWA 6GSWA 2P0GA 5AIXA 4YQMA 3FR9A 2JACA 1Z6MA 4HS1A 3SWLA 1YF1A 1N8JA 2NDOA 3TOUA 3IK7A 3H1NA 5H5QA 1SYRA 2B5EA 3L9VA 2H70A 3TDGA 3HHVA 2MZCA 1PKWA 4K7NA 5D9TA 4NHWA 20GSA 5IPHA 4XS4B 4IELA 4IP1A 1TKDB 1ON4A 1GRXA 2F9SA 3IHQA 2LRCA 1TJDA 3E0UA 1SK0A 3EMPA 2PU9C 2K18A 1X9WB 3C73A 2KQXA 3KMNA 2LUSA 2ALBA 3ED3A 1GLQA 4KDYA 5L71A 1S3DA 1O85A 1A0FA 1TW9A 3HA9A 3GHAA 3WD6A 3HJPA 4QQ7A 2WGRA 1G6WA 1OAZA 1YKCA 4BPYA 3US3A 2C1YA 5IO0A 3HY2A 1E6BA 3FZ5A 2TRXA 4I5QA 4TW5A 5G1LA 3EVIA 2ZNMA 4TR0A 2H72A 4HQZA 4MZWA 1R5AA 5FWGA 2PWJA 3UCSC 3UVHA 1YQ1A 3HZ4A 1A0RP 1TU8A 5IIZA 2R4VA 1G0TA 4OFTA 5CAXA 1V2AA 1DE2A 3ZVJA 3GL3A 2AV4A 5IOXA 4F0CA 5IMDA 4EL1A 1V57A 2DJ1A 3ZZXA 6GSXA 1ST9A 2A4VA 1O81A 4WF5A 4KW6A 1FG4A 4IN0A 2CVKA 4EVMA 2R3XA 19GSA 2EJ7A 2LO1A 2C8UA 1EGOA 1S3CA 2YUAA 4ML6A 2L6LA 1TOFA 3GYKA 14GSA 1GSUA 2DBCA 3CSIA 1KBNA 3NOFA 1TRWA 4XCSA 2Y4UA 3H79A 1GUKA 2VCVA 2FD3A 3IAS2 3KJYA 1RW1A 3IXRA 3H4KA 4POMA 2PUKC 1QFNA 2QWRB 5C04A 3KP8A 3I69A 4OWYA 1O8WA 2XPEA 3ZITA 4ECBA 4IJIA 1PRXA 1XXUA 1SL2B 4WBJA 3APQA 4KAEA 4O32A 3TRQA 5CRHA 2ON5A 3FZAA 4KH7A 1TP9A 3BCIA 1ERTA 2OA7A 1CQHA 5J41A 4RUVA 2LSTA 4ZB9A 4J56E 4MDCA 1XBLA 2HRNA 3ZIJA 5ECIB 1VF2A 3QR6A 2E2GA 3Q19A 2CZ3A 1NZ6A 3QPMA 4PQHA 1ZOFA 2IMEA 4MJAA 4KDUA 4HQSA 3QOUA 2X8CA 3VWXA 5EL8A 4N0ZA 2V6KA 2EIRA 3RBTA 1R4WA 4HJ2A 3E3EA 3IR4A 1K0AA 2YP6A 1VF4A 5CRWA 3IAM2 2DJJA 3F4TA 4F0BA 2Z9SA 1FOVA 2VIMA 3EU3A 1G7EA 2DIYA 4OMVA 3GL5A 3UBKA 1YDKA 3GURA 5IO2A 16GSA 3PINA 1ERUA 3ERWA 3LXTA 1A24A 2I9HA 4J57E 2C0FA 1DUGA 3ZMLA 3HCZA 1O73A 1JZWA 3FYGA 5G5EA 5IQYA 1JHBA 2VD1A 2VO4A 2GT5A 2H76A 5JWOB 3IV4A 2N5AA 4HU9A 3G7YA 3M8NA 4I8BA 1EV9A 1AQXA 3W6GA 2H8LA 3GTUA 2H30A 5F06A 2P5RA 2DJKA 3A2VA 4E8EA 2MBSA 3O6TA 3WGEA 3FZ9A 1TK8B 3RPNA 2X8HA 4F82A 1XFLA 3D5JA 5GAPD 1XWKA 4XIHA 1THXA 2CAIA 5E59A 1EOGA 5JWRB 5B8AA 2IMDA 3EC3A 2E0QA 2LS5A 2JL4A 3DEXA 1BQ7A 3LORA 3EYTA 5LCZA 5J5NA 5HR2A 1M0UA 3IOSA 2QWQB 2LV3A 1X5EA 2C0EA 5DVBA 2LJAA 2H1GA 1NM3A 2H0IA 3MNGA 1TRUA 5IPGA 3ZREA 3KP9A 1T3BA 4ZILA 3O76A 1MEKA 2V1MA 5DCGA 2N05A 3UOMA 4RI6A 3DVXA 2AJQB 3FEUA 4TRXA 3VPTA 5KN2A 11GSA 2PVOC 4N10A 1M2DA 1HNCA 2C3QA 4YH2A 5KN1A 4GWRA 2JZSA 3LSZA 4O7HA 3IC4A 1X0RA 3U5RE 2B3SA 5DALA 4Q5FA 4Q5RA 4AJ7A 4PX1A 4TN8A 1HNAA 3DRNA 2E2MA 2WZ9A 2M6YA 1B8XA 3MSZA 1SKWB 1Z3EA 1I9DA 2AB6A 2KHPA 1QQ2A 13GSA 2GGTA 1OC9A 5KN0A 1Z7PA 1TXXA 3FHKA 3BBYA 2D2ZA 5A5KA 3ERGA 3L9SA 1BQ0A 5JCWA 4XS1A 3GN3A 3FR6A 4FYUA 2FCHA 2I1UA 3L78A 3TGZA 1YKAA 2EIQA 4D73A 4DSSA 2GLRA 2LQOA 2QSIA 2WULA 3GMFA 4HU7A 2R6KA 4L5OA 1PD21 6GSSA 3HYPA 2H6ZA 2CTWA 2VOCA 3M9JA 4HZ4A 2OADA 3UVTA 3FZ4A 4WEYA 1TDIA 3DKSA 3NZNA 2GZPA 2YOIA 5EPFA 4GQFA 3DWVA 1T4YA 5ID2A 2F51A 4AJ8A 3GKNA 3TUEA 2PN8A 3P2AA 3FRCA 5ENUA 2YWOA 4IT5A 4V1Ag 4JRRA 5CYYA 3O3TA 4RWUA 1GLPA 5D9VA 1V40A 3M9KA 2J9HA 2FY6A 5J9CA 1Y6EA 4MJBA 4X43A 4ZXGA 1OC8A 3ZLPA 2XPDA 3UJ1A 3TKQA 1GSFA 4ZL8A 1M9BA 3DXBA 1GTAA 5DCHA 1A8YA 2VL2C 3F0IA 3KH9A 1K0BA 4OCEA 1GH6A 4IW9A 1EOHA 2HSHA 17GSA 1K3LA 4GF0A 2JU5A 4FYCA 3GSTA 3TOTA 4NHZA 5GSTA 1JZRA 4G2EA 3QAGA 2BMXA 3ISOA 3J7Yb 4TR3A 2GSSA 4MJCA 4MP4A 1V98A 2L5OA 3UO3A 4TR4A 1C72A 3MAKA 3PGTA 3SBCA 1FW1A 2CX4A 4I6XA 5ECPB 1NW2A 3ERFA 3F3QA 4JE1A 5CP1A 3FR3A 4GRFA 4YQVA 1FVJA 2KLXA 1XWAA 5IM9A 5B8BA 4EDZA 4FO5A 3DD3A 2H19A 1GSEA 3FKFA 5HFKA 4LA1A 5HFIA 2H74A 2MMZA 1M9AA 1CQGA 2R37A 2QGVA 2A2RA 1K0NA 4WR4A 2CTPA 1H75A 3Q18A 4GTUA 2CVDA 5AN1A 2FUG2 2H1DA 4HJMA 3M3MA 3ZFLA 4PNGA 3TJKA 2F8FA 5DJLA 4DSQA 1EV4A 4MMMA 4X1UA 3ZTLA 3LXZA 4KA0A 3OR5A 1XWBA 2DSAA 3LYPA 4F2IA 3HVXA 3HZ8A 3S9FA 2IN3A 2HZEB 2CQ9A 3APSA 4G19A 2OE0A 2H0HA 1PL1A 3P7XA 3IBHA 2Y4TA 2RM5A 2B5YA 2C80A 4ZBDA 4MZCA 2CAQA 3ZRDA 4Z7XA 1F3AA 1MDKA 1A2MA 1T1VA 1TI3A 4ML1A 1NHOA 4O92A 3HJMA 2LRTA 4IKHA 3G7JA 5INYA 4QL9A 4TXVA 2IFQA 1BX9A 4ZBBA 1FB6A 3QMXA 1AAZA 1OC9B 1EGRA 4KDXA 2BTOT 4IVFA 4WKWA 2NVLA 2KOKA 4HEA2 3TJFA 4JEDA 4CHSA 1U88A 1PMTA 1HD2A 4L8EA 2OE1A 5HQPA 5G2ZA 1THOA 2YV9A 4DSSB 2VL3A 2WB9A 1XOBA 1GTBA 2OKAA 5DDLA 2YJHA 2M80A 3KTBA 4TXOA 4Q5NA 4TR1B 3WT2A 4PXOA 1GNEA 4TVEA 3KEBA 3F3RA 2GUZA 1PQNA 18GSA 4L0WA 1VF1A 1J9BA 2K6VA 5EVOA 5DAKA 4K7OA 2R2JA 3TKPA 4EE0A 1DBYA 2KP1A 5H5RA 2G0FA 2HYXA 5ECLB 5ECSA 1T8EB 2OBIA 3DYRA 4K0NA 5D96A 5F07A 2L6CA 3GV1A 2AHEA 1EP8A 3LWAA 3AY8A 3A2WA 3IPZA 1W4VA 2FWFA 1OVNA 5HR0A 2IMKA 3G9BA 2A2SA 4V2MA 3CSHA 1SYXA 2G2QA 2VCWA 1IYIA 1F2EA 3GX0A 3F6FA 3HVVA 2FWGA 4GXZA 1GSSA 3ZIVA 4N0VA 2E7PA 3UIWA 2ZCTA 2V2GA 2H0GA 5JCUA 1XPVA 1UA5A 4ZB6A 3C7MA 4G9HA 1K3OA 2LRNA 2MMOA 2VM2A 1FO5A 4V1Ap 4OO5A 5ECQB 1F3BA 4TOPA 4K0GA 4V2LA 4EF0A 4HDEA 3DVWA 2LGWA 2FA4A 1GSYA 3F63A 1XIYA 4DEJA 3PH9A 4ECIA 5B7CA 2LNTA 2GQLA 3TJGA 4GCIA 1XW6A 1B9XC 1WE0A 4I2TA 2VAFA 4E8HA 3UEMA 3EE2A 1A2LA 1DSBA 3KH7A 3L4NA 2HZFA 4J7ZA 3TJJA 1ML6A 2L5LA 2OCHA 2MMNA 1F9MA 5CRDA 4JU5A 1XCCA 5IMAA 5E4WA 2KP2A 3Q74A 3UBLA 1SJ6A 1MDIA 2IMFA 2GQKA 4IP6A 1QUWA 4K1FA 4MK3A 4BVXA 5DBQA 5HFGA 2B5XA 2ON7A 2V32A 1SD9A 5CO3A 3EINA 3TRXA 3VWWA 2YPMA 1R26A 3TRPA 3EWLA 5ECOB 4POBA 2TRCP 1XWCA 2CUGA 2C0DA 3VPQA 4N11A 4POLA 2GTUA 2GDRA 4HI7A 1XZOA 3MWHA 1K0OA 2DMLA 3K8NA 4OCFA 3IK9A 4PURA 2PGTA 1J08A 2NTOA 1A2JA 4BL7A 2WFCA 4CW9A 1PKZA 4J2FA 3FK8A 5AGYA 2GVPA 2RIIA 3M0FA 5G30A 1EZKA 1HQOA 5ELGA 2B7JA 1GP1A 4JR4A 2IJYA 3VURA 2HNLA 4F03A 1WMJA 1FAFA 2LEGA 4YAPA 3LJRA 4K8MA 5GZZB 1OYJA 2L59A 3IA1A 5IOWA 5B6MA 3TJBA 3TCOA 2WS2A 1WJKA 1YEPA 1E2YA 1M99A 2C0GA 2M46A 3U6VA 2YNXA 3GH9A 5HR3A 1Q98A 1DE1A 1AC1A 2YWIA 2P31A 3KIJA 4CDOA 4MH3A 4LMWA 2VCQA 1SK1A 3F8UA 1MD4A 4PQIA 1J0FA 1BQZA 1OKDA 5CNWA 1WRYA 1SK2A 2DC5A 4DVCA 4F9ZA 4YAVA 2PPTA 3GH6A 4NMUA 1GL8A 5D73A 4ZB8A 2HXKA 3KM6A 4MZBA 2AUVA 5A4VA 4AGSA 1FVKA 4KUNA 2PERA 4XRDA 3J7Yk 1A8LA 1PL2A 4RI7A 2QWOB 2DJ0A 2HE3A 3ME8A 12GSA 1MD3A 1PN9A 2HT9A 2O7KA 3TKSA 2YZUA 4NWYA 3EMXA 1Z9HA 2X99A 4N30A 1X9SB 4BWQA 2H73A 2OBKA 2RM6A 1ZYEA 3QD9A 1XVWA 4MJEA 1TTZA 3FY7A 4KB3A 2CV4A 4NPBA 1VGLA 3JCML 3GIXA 1U6TA 2GS3A 3LQ7A 1TK0B 1TRVA 3W8JA 3KTLA 2FWEA 4PUAA 4XS6A 2VUPA 1PX7A 3RAZA 5A4WA 2PF4E 1O7UA 4IJ3A 1GUMA 3CSJA 1EEMA 4YQUA 2JSZA 2RUFA 1X5DA 3E9JB 3F6DA 3ZL5A 2GT6A 1NSWA 1XW9A 3GA4A 4TKYA 4EO3A 4LL4B 5JCGA 2B1KA 2WDUA 3FW2A 3TKSE 2VD0A 5GAND 1LU4A 2CA8A 1SJIA 2YJ7A 2DN9A 2IMIA 3KGKA 4XTSA 3CTGA 1XVQA 2L6DA 3D0ZA 4BWSA 3I6AA 1XWGA 3KMOA 5ECNB 1S3AA 3F9UA 1HDJA 4HOJA 2YANA 2L4CA 2H01A 3GKXA 2V6OA 1M2AA 1A23A 1PGTA 1B4PA 5F0GA 2GSTA 2PMTA 3TKRA 3L0HA 2B6MA 4ECCA 22GSA 4AF2A 2B1LA 2VL9A 5C00A 3GTUB 5G31A 3DIEA 2I4AA 1WIKA 3GUSA 5EY6A 5IMVA 4OFMA 5ELAA 2DMXA 2EIOA 3WYWA 3APOA 3GSSA 3EURA 5ABRA 5CREA 1YEXA 2IWTA 5CRGA 4L5LA 3C8EA 1T00A 3N5OA 3CTFA 1YJ6A 1BYEA 4X0XA 3I43A 1H4OA 2XBQA 3KXOA 3ZVJD 2P5QA 4MPGA 5H5SA 1RQMA 1GH2A 1LJRA 1URMA 4WBRD 3KZQA 2MBTA 1K0CA 1YY7A 1ABAA 1WWJA 2FHEA 1GULA 1Z7RA 4PGTA 1V9WA 4QL7A 4PUFC 1BAYA 1K0MA 1XOAA 1N4CA 2AAWA 3GKKA 2AYTA 2YZHA 1PSQA 4KNDA 3N9JA 4GQCA 2YS8A 4EDYA 1BJXA 3AG7A 3TB2A 4WR5A 4ECJA 4LLRA 1OE7A 2C3TA 2FGXA 3UMAA 2H6XA 2K8VA 2V41A 1SKSB 1HYUA 3P90A 3UARA 3ZMKA 1FAAA 2LNSA 1F37A 5DALB 3C71A 1SL1B 5AISA 1JZDA 1AW9A 3GNJA 3LGCA 5J3RA 3ME7A 4FYBA 5AIVA 3VK9A 3V1WA 1ZZYA 1K3YA 2XC2A 2HSYA 4POKA 1BEDA 4NV5A 4JR6A 1XW5A 5ECKB 1ZGNA 3RHCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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