3APQA

Crystal structure of j-trx1 fragment of erdj5
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
IQNFYSLLGVSKTASSREIRQAFKKLALKLHPDKNPNNPNAHGDFLKINRAYEVLKDEDLRKKYDKYGEKGLEDNQGGQYESWSYYRYDFGIYDDDPEIITLERREFDAAVNSGELWFVNFYSPGCSHCHDLAPTWREFAKEVDGLLRIGAVNCGDDRMLCRMKGVNSYPSLFIFRSGMAAVKYNGDRSKESLVAFAMQHVRSTVTEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of an ERAD pathway mediated by the ER-resident protein disulfide reductase ERdj5.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DnaJ homolog subfamily C member 10
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
total genus 65
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF00226 DnaJ DnaJ domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.287.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helix Hairpins DnaJ domain 3apqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3apqA02
2D2ZA 4K7OA 3EINA 4KDUA 4JR6A 1H4OA 4RQXA 3GYKA 1XWCA 3RAZA 4LLRA 1B9XC 1TRWA 2V2GA 1BG5A 5L71A 4LL4B 1HNAA 1NHOA 4MF6A 3KM6A 2H19A 2M6YA 4NMUA 3D5JA 4N11A 2VCWA 1X9WB 5IMAA 5GSTA 3ZVJD 2DJ1A 4H86A 4G2EA 3CBUA 4MJBA 3O3TA 3BCKA 3EC3A 4HOJA 3GUSA 3IC4A 2DJ3A 2ON7A 5KN3A 1QGVA 1WWJA 2MMAA 4Q5FA 1JLVA 3TOUA 3QAWA 1XW6A 2EIQA 3VI5A 2L6CA 1YF1A 3F4SA 1PGTA 1PX7A 3WT2A 5ECNB 1PQNA 2XBIA 4IELA 2B5EA 3M8NA 4IVFA 1ZL9A 5CP1A 3H93A 1JFUA 2C1YA 2GGTA 4HZ4A 3A2XA 2WGRA 5ENUA 1TRVA 3TKRA 2GUZB 2VL9A 3HJPA 2PPTA 1AUCA 3TOTA 2FWGA 1B9YC 1YKCA 3LORA 2L57A 5JCUA 5KN0A 3Q18A 4FH8A 2HRNA 2KLXA 2CVKA 2OE0A 4E8HA 1XOBA 4DSSB 2GS3A 2OE3A 1K0MA 4GSSA 2MYGA 3QMXA 1GULA 2MZCA 3E3EA 1YQ1A 2OBIA 3ERWA 5E59A 5H5RA 2F8FA 2XC2A 1ON4A 1EWXA 3UO2A 3GH6A 3E9JB 3GTUB 4F2IA 3FZ9A 3HA9A 2L6DA 1XVWA 4LMWA 1OC8A 2FHEA 4TR1A 4IQ1A 2IWTA 5G31A 2H8LA 2C4JA 4ACSA 4GQCA 4XHMA 2VAFA 2QSIA 3UBKA 1GSSA 2H74A 3ZL5A 3MNGA 1ABAA 5IQYA 4IJIA 2LKUA 2H1BA 6GSTA 2LQQA 1A2MA 4NXIA 3GRXA 2HZEA 5CRHA 3FY7A 2AYTA 1ZCPA 4GSTA 1VGLA 1WP0A 4MZWA 4JEDA 4EO3A 2CZ2A 2LJAA 2WCIA 1B8XA 1GWCA 3O76A 1T4YA 3KIJA 1Z6NA 4KAEA 2HSYA 3UO3A 1X9MB 2ZUPA 1XWKA 4WR4A 4MPFA 4MABA 2N04A 1H75A 4BWQA 5A4WA 1TP9A 1GTIA 2LS5A 4WEYA 3DKSA 1PN9A 2Y4UA 5A4UA 3M1GA 3M9KA 1N2AA 4GTUA 2LUSA 1BAYA 1YEPA 2CX3A 5JCWA 2L4QA 2HYXA 3FR3A 1WPIA 4I2UA 1SYXA 4N10A 4MJAA 4KA0A 4EVMA 2H6ZA 4PGTA 3LYPA 2R2JA 1X9SB 2I1UA 5CRGA 4MPGA 3C73A 3WD6A 6GSVA 2O85A 5DJLA 4L0WA 2VL3A 4KW6A 4YH2A 4HZ2A 2CTRA 2NVLA 1TW9A 1HYUA 2VCVA 2P5QA 3M3MA 4MJCA 1HDJA 3FRCA 2GQKA 5IMVA 1F2EA 2JADA 4NV2A 1Q98A 3DVWA 2WZ9A 1XZOA 4NWYA 3WGEA 4CHSA 4POMA 1F6MC 3L0HA 3TJGA 3KJYA 4TXOB 1QFNA 3GA4A 2P0GA 4PUAA 5DAKA 1WRYA 2XPDA 4WF5A 3LJRA 2LRCA 2H0IA 20GSA 4E8EA 22GSA 3KTLA 4WKWA 2GSTA 2FWHA 3F4RA 3M0FA 4I5QA 4JE1A 3DMLA 3HJMA 2DBCA 1YJ6A 3TRPA 2PERA 1GSDA 4EF0A 4ML6A 1K0DA 1QQ2A 1M0UA 4K2DA 4YAPA 2KOKA 2YN1A 3FK8A 3TKSA 2RM6A 1EZKA 4AJ8A 2NDOA 4BA7A 2IFQB 2VM2A 5AIVA 4FIWA 1F9MA 3BBYA 4EL1A 1T3BA 1XW9A 2VCTA 1M7TA 2GSSA 3CSHA 1XCCA 2OKAA 2K9FA 1K0OA 5IIZA 1R5PA 1XXUA 5HR1A 2V6KA 6GSWA 4FYCA 1U6TA 1FAFA 1AW9A 3EU4A 2H1GA 4K7IA 1EOGA 1JLWA 2F51A 3FKFA 3P7XA 1U3IA 3CYNA 4XIHA 1LU4A 3KMOA 5H5SA 2X8HA 2VCQA 2GSQA 3LQ7A 4EC0A 3MDKA 1X5EA 1ML6A 2M80A 1XWGA 1B4QA 3CTGA 3IE3A 1K3LA 2VO4A 3GIXA 3IAS2 4TRXA 1T8EB 2HZFA 2AUVA 3QD9A 1V98A 14GSA 1JHBA 1ERTA 2PBJA 3F8UA 4IW9A 3UOMA 2ALBA 5C00A 5D93A 3VWXA 3TUEA 4FO5A 1SYRA 1JZOA 4DVCA 2I9HA 2O87A 1M99A 1IYHA 4KDXA 1V57A 4D73A 2CA8A 2VOCA 3CSIA 4ECCA 2IMFA 3F6DA 4X1UA 2VLTA 1EV4A 5G1KA 2V32A 1YEXA 4IHUA 4F9ZA 2GZPA 1X5DA 1R5AA 3C8EA 4ML1A 1UC7A 1MEKA 3CRUA 4J56E 3HDCA 5D9TA 3P90A 2LRNA 1T00A 3L4NA 3LFLA 1QXHA 4HI7A 3IXRA 4I8BA 2A4VA 2CZ3A 4OFTA 1A8YA 1DUGA 1GTUA 3CTFA 4FYUA 3VWVA 4TR0A 1CQGA 1XWBA 4TOPA 4PURA 1SL1B 2FLSA 3MWHA 1N8JA 4OCEA 1C72A 4XS4A 4ZB8A 1VF2A 4L0UA 2DN9A 2YOIA 3TJFA 1OE8A 1R26A 3LYKA 2GT6A 4MMMA 2B1KA 2REMA 5IM9A 1T1VA 3TJJA 1EP8A 5EPFA 1OC3A 2X64A 4IQAA 5J5NA 2MMZA 2B3SA 4EXJA 2CUGA 1G6WA 1GLQA 3PH9A 1Z7RA 4IP6A 3JCML 1DBYA 1TJDA 3A2VA 2AJQB 4PNFA 2H6XA 3C71A 4K1FA 2WULA 2CTQA 1FW1A 1K3OA 4MJEA 5KN2A 1M9AA 3UMAA 2CX4A 1GTAA 2DJKA 2HRFA 3APOA 2H1AA 4ZIJA 3BVOA 2YPMA 2JU5A 1K0NA 1TI3A 2RLIA 2E2GA 3IR4A 2B1LA 2VIMA 3FZAA 2CAIA 4ISDA 2K8SA 2ZNMA 1EGRA 1TI1A 1OKDA 3QDNA 1YZXA 3HKRA 2HFDA 2N5BA 5F07A 4OD7A 1GNWA 3NIVA 4G10A 1V9WA 4PQIA 1AQXA 3HVXA 3CMIA 4J80A 3W6GA 2LO1A 2X8CA 4IBPA 4OWYA 4ZBAA 3ZVJA 2O89A 4HQSA 1X5CA 2H66A 2E7PA 3GX0A 2GT5A 3ZIVA 4WETA 1PKWA 4TR4A 1A2LA 4ZXGA 5B8BA 2F9SA 2DC5A 4KH7A 2BJXA 5FWGA 2PVQA 3L9SA 4RWUA 1FOVA 1ZGNA 1GSYA 1Y6EA 3QR6A 5IPHA 3F9UA 1XPVA 2X99A 2TRXA 4I97A 1OYJA 5KN1A 2WRTA 4V2NA 19GSA 1NSWA 2B7JA 3ME7A 1DE2A 3EVIA 1EEMA 4LMVA 4JZQA 1J08A 3ZITA 1BJXA 3EYTA 1UA5A 2RM5A 2FGXA 1SK0A 3SBCA 4KSMA 3MSZA 1O85A 4X0XA 1MDIA 4OFNA 4MF5A 2AHEA 5D73A 1Z5YE 2K18A 3PR8A 2QSAA 1USBA 2M46A 2I4AA 3DRNA 1EV9A 4K0GA 3F3RA 4HJMA 2YWIA 1AQWA 1U3AA 3A5WA 2R4VA 1ZMAA 3TJBA 4JBBA 1O8WA 1XWAA 2LV3A 1URMA 3G7JA 3U5RE 1BQZA 1HNBA 2RUFA 1HQOA 4Q5RA 4ECJA 5HR3A 5KEJA 4PXOA 7GSSA 2YWNA 2LEGA 1OC9A 2YZUA 3LEFA 2A2RA 5ECKB 1SK1A 1XOAA 5G5FA 5ECSA 4NHWA 4TXVA 5DVBA 2NTOA 2TRCP 2MMOA 2WJUA 3D22A 2PWJA 1WE0A 3ZMLA 5IPGA 2WS2A 1U88A 1AQVA 3O6TA 3APQA 4MZCA 2GZZA 1XW5A 1TU8A 1QUWA 1AAZA 1EOHA 2QKEA 2VD0A 1SJ6A 2DJ0A 13GSA 1TTZA 2AAWA 4Q5QA 5G2ZA 3F6FA 1IYIA 2H0GA 2EJ7A 2PVOC 5ECLB 5E4WA 3UVTA 1GSEA 1SU9A 3KP9A 3GKNA 3KCMA 4MDCA 3J7Yb 4XTSA 1BX9A 4MZBA 3H8QA 4J2FA 5ECOB 2R5GA 3QFAC 5ABRA 5J3RA 1W89A 1Z6MA 3IV4A 3N9JA 3UJ1A 1WJZA 4WBRD 1R7HA 3UCSC 1SK2A 4DEJA 1K3YA 2IPAA 4ID0A 2HXKA 2DIZA 5IMZA 4G9HA 2B5XA 1Z7PA 3RHCA 1AXDA 4TR1B 3U6VA 1G0TA 4RUVA 2DMLA 2CAQA 2WDUA 3GKXA 2FD3A 4DSQA 3APSA 2VL2A 3KP8A 2NPBA 5ECQB 1RK4A 2ON5A 1MTCA 2KQXA 1GSQA 4EDZA 3FEUA 3F3QA 4K7NA 5GSSA 18GSA 2K8VA 4F0CA 3FZ4A 3TCOA 4K8MA 2O8VB 2B6MA 2GQMA 1K0AA 4ZILA 5H5QA 4KCAA 3P2AA 3TKPA 4O32A 4NPBA 3H1NA 6GSUA 3IA1A 1E6BA 4XRAA 2ES7A 2CT6A 3ED3A 2EC4A 4HUAA 2YP6A 3QAGA 4KUNA 3N5OA 12GSA 2LGWA 3WGDA 1VF1A 2A2SA 1WJKA 1S3DA 4J57E 2FUG2 2V1MA 2DMMA 1TK5B 2E2MA 4L5LA 4WR5A 3UL3A 5GAND 3RDWA 3UEMA 1ZYEA 5JCGA 4K0NA 1AIUA 4F82A 3J7Yk 3ZFBA 2L5OA 4MP4A 2RIIA 2L6LA 3F4TA 1TK8B 5CREA 2LJRA 3PGTA 1ACVA 1M2DA 1JZWA 3EU3A 3QOUA 2VD1A 2ZCTA 1J0FA 1LJRA 2FCHA 3QAVA 3TKQA 2VLVA 1A0RP 3H79A 1TDIA 2H01A 2EIOA 2HI7A 2OBKA 2LNSA 5GZZB 5G1LA 2LJKA 1F3BA 2WB9A 4LA1A 4V2MA 5DAKB 4F0BA 3KEBA 4RI7A 3DVXA 3L78A 5CYYA 1A0FA 2OA7A 1W4VA 4J7ZA 5DALA 5F06A 1FHEA 3UIWA 3VLNA 1T7PB 1QMVA 4WXTA 3M9JA 2N5FA 4O5RA 4QQ7A 1BYEA 3DWVA 1O7UA 2MMNA 5HFIA 2GVPA 2C8UA 4XS1A 3ZTLA 1T4ZA 2IL3A 1HD2A 1PD21 1VF4A 2C0EA 1GUHA 2X8GA 4IS0A 4IKHA 2LQOA 2GTUA 4NV5A 2OE1A 4POBA 1NHYA 3AY8A 4GWRA 4NAXA 1TXXA 3VPQA 2CVBA 4WBJA 2FWEA 2YJ7A 5EY6A 4AF2A 1FVJA 3GNJA 2CV4A 3W8JA 3NZNA 3GFKA 2XHFA 1AC1A 2PU9C 2C80A 1GLPA 1V58A 3HY2A 3EMPA 3Q74A 1K0BA 4JRRA 4L5OA 2IN3A 1YDKA 5DBQA 4HJ2A 3D21A 4ZL9A 2YS8A 1FPOA 3BJ5A 5JWOB 2EIRA 5J41A 2P5RA 5ECIB 3ZMKA 3GL3A 4N30A 4DSRA 4Z7XA 3VWUA 1THOA 3HZ8A 4OCFA 4MK3A 5IMDA 3HCZA 1ZYQB 4CDOA 4V1Ag 4IT5A 1A24A 1ZZYA 2LNTA 2AB6A 3HZ4A 1U87A 1XVQA 3EWLA 1BQ7A 2YWOA 4MLYA 3DEXA 2R37A 2JZTA 2E0QA 3G7YA 1NZ6A 3EE2A 3VFIA 2I3YA 2M72A 1JZDA 1B4PA 1TRSA 3FYGA 5EL8A 5EVOA 4HU9A 1A23A 5C04A 4JU5A 3KZQA 1R4WA 1DSBA 3RBTA 3VWWA 6GSXA 3ERFA 1GNEA 2GUZA 4D73B 3I69A 3ZFLA 1Z3EA 1V40A 1XBSA 5ID2B 3PINA 4TN8A 1X0RA 2PF4E 3P8WA 5A4VA 1WOUA 3IOSA 2JSZA 5ECPB 2PUKC 5ELGA 3TRXA 5AN1A 4N0VA 3Q6OA 1OAZA 5AGYA 1ERVA 1KTEA 2LRTA 3LG6A 1THXA 5D96A 4ZL8A 2CTWA 4DSSA 4XS6A 3VK9A 1TK0B 5J9CA 5D9VA 1GP1A 1G7OA 2QC7A 3MAKA 2L4CA 3LSZA 1GUMA 5F05A 3UAPA 3VI7A 2LSTA 1V2AA 2FA4A 5DJMA 4TVEA 3KD0A 5CRWA 3OR5A 5B8AA 3HJOA 2CTPA 1A8LA 11GSA 2Y4TA 2H73A 3ZREA 1Q4JA 4I2TA 2OCHA 3GTUA 3IAM2 2GSRA 3KTBA 1SKSB 5F8BA 1MDKA 2LTKA 5COHA 4XS4B 2IMIA 4K6XA 4PQHA 4TR3A 2C3TA 4YAVA 3BD2A 1YKAA 4BVYA 4KCEA 2G0FA 4OO5A 4G19A 2KHPA 5GAPD 5IO2A 2OACA 3F0IA 2RUEA 3S9FA 2FY6A 3IHQA 2VLUA 4BVXA 4IGJA 3GHAA 2B7KA 4ZBDA 2MBTA 6GSSA 1FB6A 1TRUA 1EP7A 9GSSA 2L5LA 1VF3A 2XBQA 4KE3A 1PKZA 5J4UA 1JZRA 1N4CA 5CO3A 3SWLA 1O6JA 2CQ9A 3TB2A 2AV4A 1FAAA 4ZB6A 1B48A 2DSAA 4PNGA 4PX1A 2F3MA 3TKSE 2CVDA 3GKMA 5D9XA 3W8SA 4I6XA 2L59A 5HFKA 3L9UA 2H72A 3EMXA 2QWQB 2QWNB 2GQLA 3GSTA 2O7KA 2HNLA 1SJZA 5IOWA 8GSSA 5IO0A 3V1WA 1FO5A 3WGXA 5LD0A 1XBLA 2PN8A 5JWQB 2JZSA 1OE7A 2V41A 4POKA 5ECHB 3US3A 1DE1A 2XPEA 1ZOFA 1QK8A 2H0HA 1G7EA 3LGCA 2DLXA 4XCSA 4KX4A 2OJLA 5DQYA 3G7IA 5G30A 1YY7A 1Y25A 5J9BA 4EDYA 1F3AA 1CQHA 1HNCA 3KXOA 1WMJA 4P3YB 2YWMA 3G9BA 3DGQA 3FZ5A 3TRQA 3QPMA 4TXOA 1EEJA 4WF4A 4PQ1A 3HVSA 2DJJA 4QL9A 3CXGA 4CW9A 4KSOA 1RW1A 4O92A 3WT1A 3RPPA 5DCHA 4IP1A 1UVZA 3I43A 5IMFA 4ECIA 2KP2A 5ECRB 2QWRB 3LXTA 3DD3A 3HXSA 4MCUA 1GTBA 4L8EA 1VRSD 5IOXA 3TGZA 1TOFA 2VCZA 3ZZXA 1PMTA 6GSYA 5B7CA 2YZHA 1PSQA 2IMEA 5INYA 3FR6A 2IFQA 1F37A 2QWOB 1PA3A 1PRXA 4KNDA 2N05A 4GF0A 1OC9B 1ST9A 1SL2B 5G5EA 1SENA 5FHIA 10GSA 4RQRA 2J23A 1PX6A 3FW2A 3ZYWA 4EKZA 3AG7A 4ZBBA 1KBNA 4BL7A 4O7HA 3KMNA 1BEDA 5D9WA 3HVVA 2IMDA 1TU7A 2HZEB 4JR4A 3ZRDA 1E2YA 3GL5A 2C0GA 3LWAA 2R6KA 5IMCA 5HQPA 1I9DA 2KP1A 3DYRA 1KEBA 2K6VA 1EGOA 4Q5NA 4AGSA 2PGTA 5HFGA 2F8AA 1IURA 2C0FA 2H6YA 3KGKA 4K9ZA 2HE3A 4YQMA 2YV9A 4ULXA 3QCPA 1J9BA 2YANA 4EUYA 4HQZA 1KNGA 2IMKA 1MD3A 4KGIA 4POLA 3KH9A 2JL4A 4KB3A 1NW2A 2GLRA 2VL2C 4OO4A 1MD4A 2QGVA 2DIYA 1ILOA 3ME8A 3IBHA 3LXZA 3IDVA 2FWFA 3ZIJA 4GXZA 1GL8A 1FB0A 3DIEA 2JZRA 3C1RA 4OMVA 3UBLA 4XRDA 1O81A 5B6NA 2JACA 3R2QA 3K8NA 3E0UA 2YV7A 2TIRA 1SL0B 4ILFA 3FHKA 3D4TA 4YQVA 3RPNA 2I81A 2H70A 1GH2A 2H71A 1G6YA 4MF7A 2P31A 1M9BA 4BWSA 3TDGA 2B5YA 2VUPA 2HT9A 4EE0A 2C3QA 1SKWB 3GURA 4MA9A 4HU7A 4AJ7A 2C3NA 1Z9HA 2H30A 3DXBA 3TKSC 1XIYA 2Z9SA 3IK7A 1GSFA 1S3CA 16GSA 5ELAA 1OVNA 2NBSA 3KH7A 1ERWA 2FA8A 1WIKA 5AISA 2BMXA 1TKDB 4N0ZA 2YCDA 2GDRA 5LCZA 3GKKA 3VURA 3NOFA 2IJYA 2MBSA 3QFBC 3BCIA 5DCGA 4GQFA 4MH2A 2YUAA 3WYWA 4V2LA 2OADA 5FT3A 2GZYA 5D8IA 3ZLPA 4AJ6A 1ERUA 2V6OA 3IK9A 5HR0A 4NHZA 3GSSA 1SJIA 2VCXA 3GMFA 4ZB9A 5JWRB 5ECMB 4MH3A 4KDYA 5B6MA 2JSYA 1M2AA 3I9V2 4BPYA 4HDEA 3Q19A 1PL2A 1K0CA 3CSJA 1O8XA 2KUCA 1SD9A 5ID2A 2G2QA 1RQMA 4V1Ap 4YQUA 3VPTA 1LBKA 2HSHA 5F0GA 1GRXA 2VM1A 2N5AA 3D0ZA 5AIXA 4TKYA 3EURA 1S3AA 3GX8A 2WFCA 5CRDA 4FYBA 2PMTA 3FR9A 2BTOT 1GUKA 1SD8A 4RI6A 3IRAA 1XFLA 4IJ3A 2H1DA 3GV1A 3C7MA 5HR2A 3HHVA 2DMXA 1NM3A 3F63A 1UN2A 3IPZA 5LNKe 3ISOA 2FNOA 3UARA 4QL7A 5DQSA 4GRFA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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