3APQA

Crystal structure of j-trx1 fragment of erdj5
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
IQNFYSLLGVSKTASSREIRQAFKKLALKLHPDKNPNNPNAHGDFLKINRAYEVLKDEDLRKKYDKYGEKGLEDNQGGQYESWSYYRYDFGIYDDDPEIITLERREFDAAVNSGELWFVNFYSPGCSHCHDLAPTWREFAKEVDGLLRIGAVNCGDDRMLCRMKGVNSYPSLFIFRSGMAAVKYNGDRSKESLVAFAMQHVRSTVTEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of an ERAD pathway mediated by the ER-resident protein disulfide reductase ERdj5.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Mus musculus
molecule keywords DnaJ homolog subfamily C member 10
total genus 65
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF00226 DnaJ DnaJ domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.287.110 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helix Hairpins DnaJ domain 3apqA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3apqA02
3G7IA 1GH6A 3BVOA 4N10A 1B9YC 1TU7A 3H79A 3UL3A 2P5QA 4LLRA 1WP0A 3M9KA 1GNWA 5C04A 2FHEA 4GRFA 1K0OA 1BJXA 2YV7A 4FO5A 2FA8A 3Q6OA 3N9JA 2PMTA 1SD8A 3IAM2 2M80A 5DJMA 2KQXA 3LWAA 2CA8A 1O7UA 2E0QA 1R4WA 2K9FA 4QQ7A 1FG4A 5J3RA 1K3OA 1HNAA 2P5RA 1PX7A 2YCDA 2NTOA 4AJ7A 4JE1A 1Z5YE 2GZYA 4ZL7A 2OJLA 2XPEA 3QPMA 7GSSA 3FZ4A 4NPBA 2IIYA 2C3QA 3RPPA 2HLSA 3NZNA 3FRCA 1FVKA 4ID0A 3UBKA 4LMWA 2I9HA 2VUPA 1BAYA 1ZZYA 1GH2A 3HA9A 3C1SA 2RUEA 2L4QA 3NIVA 3LXZA 2GSTA 2OE3A 4DSQA 4KGIA 1NW2A 4KW6A 2E2MA 3M0FA 5J4UA 3WYWA 3F0IA 3WGXA 5EPFA 2GSRA 3LXTA 5D73A 2NDOA 1AIUA 4K6XA 4DSSB 1GULA 4GSSA 5CREA 4K8MA 2CX3A 4EL1A 2VCXA 4XS6A 1UA5A 6GSWA 4IW9A 2MBTA 5COHA 2N5AA 2GGTA 5KN0A 3GKMA 3QAVA 4DSSA 4XIHA 1BQ7A 1JZDA 5GSSA 2HI7A 2FWEA 4I6XA 2LS5A 3ZRDA 3J7Yb 4IJ3A 4OFNA 1N4CA 1OC9A 1PD21 3AG7A 5ABRA 5JWQB 1EZKA 1DUGA 2JL4A 3P2AA 2OA7A 3TDGA 3IBHA 3ME8A 4MCUA 1QUWA 5JWOB 4LA1A 1TK0B 3Q74A 3HD5A 3EMPA 1Z6MA 2ON7A 4K7NA 2IN3A 3CRUA 1VF4A 4V1Ap 5A5KA 3GUSA 2E7PA 2TRXA 4X1UA 5ECNB 2LSTA 4ZB6A 4KCEA 5EY6A 2EJ7A 2A2RA 1BEDA 5L71A 5HR2A 2DN9A 1VGLA 4TR1B 2GQMA 4GF0A 2H73A 4NMUA 1TDIA 4HJMA 5AISA 2L6CA 3ZL5A 3FW2A 1RW1A 4KUNA 4WBRD 2IMEA 2C8UA 5CP1A 4WBJA 2RIIA 3CTFA 5IOWA 1HNCA 2X8GA 3TJJA 2YZHA 1EGRA 4OWYA 4E8EA 3EU4A 4O5RA 3TB2A 3TKRA 2X99A 4KCAA 3TJGA 4XRAA 4BPYA 1S3CA 4TXOB 1QXHA 2XBIA 3VWWA 2VM2A 20GSA 2CV4A 2H71A 1ZYQB 3TKSA 1GSEA 1YZXA 2IFQB 4ECBA 4L8EA 1M2DA 3IK9A 1XPVA 1GUMA 1OKTA 1XW9A 4JZQA 1YF0A 2GQKA 1M9BA 1AQXA 3DVWA 2AHEA 2AV4A 2E2GA 5D9WA 1XOBA 3GX0A 3E3EA 2V6OA 2PF4E 1FB6A 2DIYA 4NHZA 2IFQA 1K0DA 4GQCA 3ZREA 4LL1B 2QWRB 4LMVA 5D96A 1XWBA 1GTUA 2H6YA 3MDKA 3ZFLA 1BX9A 1GSQA 4D73A 4Q5NA 1SK2A 1M2AA 1JFUA 3KMOA 4HZ2A 2RM6A 5INYA 1EGOA 1QK8A 1S3AA 3EC3A 3M1GA 3DEXA 3ZVJD 3BOAA 2NPBA 3LGCA 1O8XA 3HZ8A 3F4SA 1OKDA 5G31A 3P90A 2FA4A 2HSYA 1Z9HA 1ABAA 2VCQA 1TRSA 4IQ1A 5CRDA 1N8JA 1BG5A 1G7EA 4WETA 4H86A 1X5DA 2HRFA 1F2EA 2H1AA 4RI7A 4CDOA 1SJZA 3F4TA 1A8YA 2ES7A 2CVBA 3H4KA 6GSTA 14GSA 2OBKA 2CZ3A 1PMTA 4FYBA 4HU9A 1C72A 1X9SB 1THXA 2CX4A 1KEBA 1K0AA 4K0NA 2MYGA 3VI5A 4AJ6A 4FH8A 3TRPA 2LRNA 1ZOFA 4CHSA 4MH2A 4IGJA 5KEJA 2PVQA 4I8BA 2C0FA 1ZL9A 3F6FA 1YDKA 4AF2A 3KXOA 2DJJA 2HE3A 3KP9A 5IPGA 4IVFA 5IMDA 4YQUA 4IS0A 1W4VA 3NOFA 3FZ5A 3FZAA 2KOKA 4O32A 1SYXA 1B9XC 1BYEA 4L5LA 1UN2A 3HZ4A 3L78A 4MZWA 1T3BA 4HJ2A 1XW6A 4TVEA 4HQZA 4MDCA 4RWUA 4BL7A 5KN1A 2MBSA 4OCFA 1K3LA 3QFBC 1OC8A 1LJRA 2DC5A 5G30A 1XWCA 1SL2B 5HFIA 2H30A 1J0FA 1OC3A 3ZITA 3WGDA 4GTUA 1GSFA 1NZ6A 1V40A 2C3NA 2FWFA 5HFKA 3H1NA 1SYRA 3KZQA 2GLRA 4POLA 3IHQA 1VF2A 3WT2A 1HQOA 2J23A 5CO3A 2WDUA 4ZILA 1FAAA 4FIWA 4KSOA 1XFLA 2L6DA 4KA0A 2LGWA 1MD4A 1CQGA 3GURA 1Q4JA 2WGRA 3FHKA 2YZUA 5IOXA 2RLIA 3C73A 3KTLA 5CAXA 1PKWA 2KHPA 5ELAA 2I3YA 1T00A 5GSTA 4CW9A 1FW1A 4OFMA 1VF3A 4N11A 2DMXA 1YY7A 2FWGA 2PERA 2QKEA 2H75A 3FKFA 3HVSA 3VPQA 2G0FA 1YEXA 1JHBA 4IBPA 3GH6A 3EVIA 1H4OA 2HSHA 3TJFA 2EIQA 4QL7A 4EXJA 3D4MA 3MSZA 3K8NA 2JU5A 5F8BA 1A2LA 2OCHA 4ZBAA 3KM6A 3TJBA 2VL2A 4OO5A 4ZBBA 5H5SA 1S3DA 4DVCA 3Q18A 5J41A 3ERWA 5G5EA 8GSSA 1SKWB 4TRXA 2YWIA 4XHMA 3GMFA 4Q5RA 1URMA 1EV4A 3TRQA 1FB0A 2L57A 5ECOB 4PQHA 1Z7PA 4EE0A 4MJEA 4G19A 3GL3A 3DYRA 1F3AA 3D4TA 2RUFA 4WF4A 1B4PA 4ZL8A 3O76A 4F82A 3BD2A 2QSIA 4BVYA 3VWUA 3GH9A 2LNSA 4OFTA 2YJ7A 3C1RA 4V2MA 4PQIA 1X9WB 3ISOA 2M6YA 2RM5A 3FR9A 4KDUA 5LNKe 5FT3A 4V2NA 3DVXA 4ECJA 4TOPA 2B5YA 4HOJA 1Z6NA 4PX1A 1U3AA 4J57E 2WS2A 3W6GA 3GX8A 4XS1A 2O85A 2OE1A 1QFNA 2R37A 4KDYA 1PKZA 5EL8A 2CZ2A 2QSAA 1MDKA 3ZIVA 3O3TA 2V32A 3W8SA 1TK8B 1TRVA 3LORA 1SK1A 1A24A 3CBUA 4KDXA 3ZVJA 2ZCTA 4EDZA 3E0UA 4MJBA 4WXTA 4BVXA 5HR3A 4O7HA 5A4VA 3D22A 1MDIA 6GSUA 1XBSA 2C0DA 3ZLPA 4MLYA 2CTRA 2NBSA 4K0GA 1TXXA 4X0XA 4MZCA 4V1Ag 2VLUA 1HNBA 1USBA 4PXOA 1F9MA 1X0RA 3UVTA 2MMAA 3DWVA 4OO4A 3KCMA 1MTCA 1GTBA 2GT5A 5J5NA 10GSA 1DSBA 4MF5A 3F4RA 3APSA 2HFDA 4P3YB 3IOSA 1AC1A 3EMXA 3FYGA 3RBTA 5IIZA 4HDEA 2GTUA 3JCML 3GTUB 3F3QA 3TOUA 1BQZA 5B6MA 1IURA 2TRCP 1DE2A 1F3BA 2L5OA 3ERGA 5GAND 2GSSA 3QOUA 3LJRA 16GSA 2V1MA 2VL3A 1N2AA 1TI1A 3GTUA 3F3RA 3VI7A 3HHVA 1EP8A 3PR8A 2AJQB 4POMA 3TKPA 4EF0A 3VFIA 2LKUA 5HFGA 2EIOA 2FCHA 1HDJA 1F37A 3BCIA 1R26A 3ED3A 1WMJA 1XWAA 5D9VA 3N5OA 3QCPA 4NV5A 3VK9A 1PX6A 4EKZA 3ZZXA 1R5PA 4MH3A 1O73A 2HZEB 4TR1A 1AQVA 1Y25A 2HT9A 4IP1A 1ZMAA 4ML1A 1SD9A 3FEUA 3F6DA 3D5JA 1GWCA 1WE0A 4MABA 5JCUA 1AUCA 1TI3A 2BMXA 3ZIJA 3J7Yk 1XIYA 1GUHA 4KAEA 1Z3EA 3UOMA 3KTBA 3U5RE 1ERUA 2HZEA 5G1KA 4BA7A 1FAFA 4KSMA 3C71A 4J2FA 2IWTA 4O92A 5DQSA 3E9JB 4F2IA 2LRCA 4TXOA 2YWNA 4X43A 3TOTA 3VWXA 3UO2A 2PGTA 4KE3A 1NHOA 5IPHA 3CRTA 1A2JA 1X5CA 5E4WA 1ILOA 5CRWA 6GSSA 2YN1A 1CQHA 4NWYA 3FR3A 3GSTA 4F0CA 3C7MA 3DD3A 4IJIA 2N5FA 3UARA 2GDRA 2ON5A 2PPTA 1GP1A 1E2YA 4PURA 3D0ZA 4IT5A 2B6MA 5LD0A 2LJAA 5H5RA 3GHAA 1NHYA 4YAVA 2WB9A 3RDWA 4N0ZA 5HQPA 4WF5A 2R2JA 1XXUA 22GSA 5DAKB 1GTAA 3Q19A 1GLPA 2IMDA 1EWXA 3KIJA 3UO3A 3ZMKA 5GZZB 2QWPB 3WGEA 4WKWA 2B7JA 6GSXA 1R5AA 2CVKA 2WCIA 4HQSA 1GRXA 3GRXA 1GSSA 1LBKA 4ZXGA 2AUVA 2R4VA 3FZ9A 2MMZA 5DAKA 2FGXA 2K18A 2Y4TA 4TR4A 4IKHA 2AYTA 1B4QA 2L5LA 2YNXA 3A2WA 4ULXA 2PWJA 1M99A 3KD0A 1U88A 5ECSA 5CRGA 2R3XA 4JEDA 2IMFA 2GZZA 1MDJA 4YQVA 1FO5A 1ST9A 3TUEA 4I5QA 2XC2A 5DCGA 3V1WA 1O81A 2Y4UA 2L59A 5F07A 2CT6A 4JBBA 2VCTA 1WOUA 5H5QA 5JCGA 2K8VA 5IMFA 5JWRB 4ACSA 5HR0A 1ML6A 3EU3A 2FUG2 2CVDA 5ECMB 4TXVA 5DDLA 2K8SA 2GS3A 3GFKA 5DQYA 1VF1A 3CSIA 5KN2A 2K6VA 2NVLA 3FK8A 1TKDB 1QGVA 2VCZA 2H0HA 3KEBA 1V57A 4FYUA 2DJ2A 2VL9A 1BQ0A 4GWRA 4IHUA 1PRXA 4MPGA 4MPFA 4OD7A 1WRYA 3A2VA 4DSRA 5G1LA 1AAZA 3A2XA 4ZL9A 1GLQA 2ZNMA 4ISDA 2TIRA 1AW9A 4XS4B 5F06A 3WD6A 2QWNB 4IELA 2O7KA 1GNEA 1OVNA 3ERFA 2YOIA 1I5GA 3LG6A 3US3A 4ECIA 1YKAA 4Q5FA 5ID2B 5E59A 2V6KA 3M3MA 1QMVA 2C0GA 2MZCA 2GVPA 1WJZA 2MMOA 1T7PB 2LEGA 3DKSA 1XWKA 3HJOA 3R2QA 3APOA 2I81A 5ECHB 3TGZA 5ID2A 3TKSC 2WJUA 3UAPA 3HJPA 5ECIB 5D8IA 3QR6A 1X5EA 3LSZA 3G7JA 2YJHA 1JZWA 1O8WA 2O8VB 2IMKA 1T1VA 4ECCA 4MZBA 2CTQA 4EDYA 2WFCA 1JZOA 3GSSA 1V2AA 3AY8A 1EEMA 2KUCA 5ECLB 2YANA 4G2EA 2B7KA 1EOHA 1FVJA 5DALB 1XWGA 2YUAA 2LRTA 2LQQA 1SENA 4RI6A 1QQ2A 2F9SA 2QWOB 5D9XA 3APQA 3ZTLA 2A2SA 2OBIA 5G5FA 3PH9A 2VD1A 2YPMA 4NHWA 4N0VA 5DALA 1YKCA 1B48A 1TJDA 1ERWA 4J7ZA 1G6YA 3MAKA 1J08A 2N5BA 3UBLA 1SK0A 3VLNA 5DBQA 5F0GA 4NV2A 1GSDA 5HR1A 3GL5A 2D2ZA 4JU5A 17GSA 6GSVA 1U87A 1WJKA 1TK5B 2I1UA 3UJ1A 2PVOC 1THOA 2ALBA 1O6JA 2G2QA 3GKNA 4TKYA 2CUGA 1SKRB 4JRRA 5ENUA 2REMA 2X8HA 5AIVA 5IO2A 4J80A 2A4VA 2VAFA 2EIRA 4WR5A 2LNTA 2GSQA 2H0GA 2BJXA 3TJKA 4K9ZA 3P7XA 3RHCA 2GT6A 1HYUA 4RUVA 5B8BA 3HKRA 1M0UA 2IL3A 3DMLA 1GUKA 1PL2A 2DSAA 4XCSA 4NAXA 4QL9A 3EINA 4HEA2 4KNDA 4TR0A 3UCSC 4IP6A 2H01A 3S9FA 2YWMA 3GV1A 1OAZA 5LCZA 2OACA 6GSYA 3IV4A 1A0FA 2L4CA 3A3TA 2VLTA 1XBLA 4RQXA 4ZIJA 3H93A 5AIXA 3LYKA 4DEJA 3HVXA 3ZMLA 2H70A 1HD2A 2LJRA 1K0BA 3L9UA 1KBNA 1FPOA 3QDNA 4OCEA 3RAZA 4V2LA 2CTWA 2HZFA 1DBYA 2B3SA 4K1FA 2R5GA 5IMAA 1M2BA 4AJ8A 3MNGA 2LV3A 2FD3A 1XVWA 5IM9A 2GUZB 2WZ9A 3QAWA 4K7OA 5IO0A 1V9WA 3D6IA 2B5EA 1NM3A 4MK3A 1WIKA 18GSA 2F8AA 4N30A 1TU8A 2VCWA 2VOCA 3HCZA 3IRAA 1XZOA 4L0UA 2JZTA 5ECPB 3HVVA 3IAS2 4GQFA 1T8EB 1OC9B 13GSA 2GUZA 1EOGA 5JCWA 2DJ1A 5DJLA 4TW5A 1OYJA 4ZBDA 2CAIA 4G9HA 2B1KA 3IE3A 3PGTA 1H75A 1UC7A 2YWOA 1OE7A 1MD3A 5G2ZA 5ELGA 3KP8A 1X9MB 3VPTA 1A0RP 3BCKA 1PN9A 4MJAA 4HI7A 1B8XA 1WPIA 5B7CA 4FYCA 4G10A 3IXRA 1JZRA 3GN3A 2AAWA 3H8QA 1O85A 3IPZA 4MF6A 2PU9C 1TOFA 3IR4A 2N04A 1T4ZA 3GYKA 1RQMA 2M72A 1GSYA 3HY2A 2C4JA 3WT1A 2B1LA 3QD9A 2H76A 1A23A 3TKSE 3IDVA 3UEMA 2JSYA 2O87A 1KNGA 2X8CA 1SU9A 1TRWA 4HUAA 1G7OA 3CXGA 5ECKB 4F03A 4Z7XA 3I6AA 1YQ1A 3GA4A 3TRXA 5B6NA 1ERTA 2FLSA 3L4NA 19GSA 2VL2C 3I43A 1TP9A 5CRHA 2VLVA 1EEJA 2H6XA 1VRSD 5DVBA 3UMAA 2HNLA 3CMIA 3LFLA 5CYYA 2IMIA 3GNJA 1M9AA 4PUAA 4MMMA 4KX4A 1Q98A 1K0NA 4NXIA 3CYNA 4EUYA 3U6VA 5IQYA 1YJ6A 1PA3A 4PQ1A 2JADA 2OKAA 2FNOA 3C8EA 1E6BA 2DJ3A 3O6TA 4TR3A 1G6WA 3MWHA 1YEPA 3CTGA 3IA1A 1XVQA 2R6KA 1U6TA 3DXBA 2DMLA 2LTKA 2P0GA 2Z9SA 1ZYEA 3GIXA 3BJ5A 2DBCA 2IPAA 4HS1A 2H74A 2H72A 4POBA 4D73B 2F51A 5GAPD 2X64A 2XHFA 2QWQB 1IYIA 1ERVA 4JR6A 5A4WA 3HYPA 4I2UA 3EYTA 3SWLA 2N05A 3D21A 4J56E 4F9ZA 4KH7A 2PUKC 1DE1A 2L6LA 3OR5A 3IC4A 1V98A 1XCCA 1FHEA 4ILFA 3GKKA 2HRNA 1OE8A 3GKXA 2YV9A 1EP7A 4KB3A 3QFAC 2OADA 12GSA 2QC7A 3VWVA 2V2GA 3HJMA 3M8NA 2KP1A 4GCIA 4GXZA 4K2DA 2B5XA 2LJKA 1ZCPA 4IQAA 3TCOA 2LQOA 4ZB9A 1XOAA 3HXSA 3F8UA 1SKSB 1PQNA 3QMXA 4PNFA 1SJ6A 4Q5QA 5IMZA 1Z7RA 4IN0A 2VIMA 3KJYA 2J9HA 4POKA 1EV9A 5ECQB 5DCHA 1PL1A 4TN8A 2FWHA 4GSNA 4RQRA 2KLXA 3KGKA 3SBCA 2MMNA 1R7HA 1NSWA 1GSUA 4GSTA 2KP2A 2AB6A 5AGYA 4MF7A 3DRNA 5A4UA 1KTEA 2VM1A 1MEKA 3F63A 4YH2A 4MJCA 2LUSA 1JLVA 2FY6A 3LYPA 1SL1B 4MP4A 2H66A 2PN8A 1K3YA 5EVOA 2C0EA 1TTZA 2QGVA 3L9SA 2VO4A 3HDCA 1PSQA 1G0TA 2LO1A 3IK7A 4I97A 3I9V2 1SJIA 4L0WA 2CAQA 5F05A 2OE0A 4MA9A 2EC4A 2C1YA 4HU7A 11GSA 3L0HA 3ZFBA 5ECRB 2DJKA 5KN3A 1LU4A 4EC0A 1TW9A 3FY7A 1SL0B 2CQ9A 2VD0A 4ML6A 2PBJA 3UIWA 2H19A 2XPDA 3CSHA 1V58A 1U3IA 5CNWA 1WWJA 1AXDA 2CTPA 1ON4A 4YQMA 3DIEA 2DIZA 1RK4A 5FHIA 4GLTA 2O89A 3G7YA 3LEFA 4AGSA 1FOVA 5IMCA 1AQWA 5J9CA 3I69A 2DMMA 1A8LA 3W8JA 4LL4B 2H6ZA 2GZPA 4BWQA 4K7IA 3M9JA 4XS4A 2JZRA 2JSZA 4EO3A 3G9BA 3KH7A 1I9DA 1J9BA 2XBQA 3EURA 4YAPA 1M7TA 3F9UA 1Y6EA 2C80A 2M46A 3TKQA 5B8AA 2VCVA 1XW5A 3A5WA 4F0BA 1GL8A 3ZYWA 3QAGA 9GSSA 2P31A 1TRUA 3LQ7A 4I2TA 2V41A 2F8FA 5FWGA 3P8WA 2BTOT 1ZGNA 1F6MC 4HZ4A 1T4YA 4XRDA 4WEYA 1A2MA 4WR4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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