2YL6A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
434
structure length
434
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 173
structure length 434
sequence length 434
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl6A01
1SMAA 1QNRA 4UFLA 2XWEA 3LMYA 1DWJM 5FIPA 4CUCA 3ZR6A 1VEOA 1JF5A 3AHZA 5BXPA 3QGVA 1ITXA 3PTQA 3WD3A 2V5CA 4L4PA 4ZXLA 4D72A 1XC6A 2WZHA 2PI6A 2X0YA 1CWYA 4AEFA 2E40A 1B0IA 4D6GA 1ZBVA 2WAGA 1RPKA 2A3AA 4PMRA 3PZIA 1CLVA 2O9OA 4D6CA 5C70A 1R8LA 5A8MA 1UOKA 2ESCA 3NSNA 2DSZA 4D6HA 2VZVA 3WDHA 4Y7EA 1G0CA 4EKJA 2OZNB 3RJXA 1LJYA 2FH6A 3OGRA 1MFUA 2ZUVA 1W2VA 5D4YA 3DECA 3K1DA 3HMCA 3SCOA 2E3ZA 4PTXA 1UD4A 1WZAA 5CPTA 4CD8A 3TTSA 4ATWA 1JYNA 1ZJBA 3ZM8A 4H04A 1UKSA 3BLPX 1K9FA 3QOMA 2O9TA 3CHEA 3MMWA 4LYRA 5BXSA 3MUY1 1UWIA 3POCA 3WFLA 3WNOA 5FL1A 4V2XA 4UFIA 1R7AA 2MANA 1ZBKA 4RE2A 1TA3B 3WSUA 4HOWA 1PIGA 2YBUA 2D0HA 2J47A 1E5NA 3EDFA 4PSPA 3BAYA 1YQ2A 4GZIA 2GJXA 1XH1A 1E6PA 3ARRA 3A3HA 3PBGA 4CN6A 2J74A 1JNEA 2NSXA 4D6IA 5A6MA 2VX7A 2WBGA 3WH8A 4PMVA 1ISVA 2WHMA 3VGDA 1I1XA 3OZOA 1E73M 4TVUA 1X6NA 2QPUA 4A4AA 1K6AA 3N11A 4E2OA 1JZ3A 3GZAA 3ZIZA 1W9BM 4JIEA 2A3EA 3WH9A 3MV01 4NF7A 4FLOA 1Q6EA 4W5UA 3WNKA 3MMUA 1JZ5A 1W9VA 1M7XA 4DUVA 1JYXA 2YL5A 1N82A 4MB5A 4HU0A 4X9YA 2FGLA 3TONA 4AZ7A 1CENA 5HOSA 1BG9A 1QOXA 3IJ7A 3VIOA 2JIEA 4V27A 2ZUMA 4YHGA 2OO2A 4ZE4A 4EE9A 2V3EA 2JALA 5F7UA 1MQRA 4W85A 1V6YA 3UG3A 2G3MA 1VF8A 4X0NA 1E9LA 3RMEA 1HKKA 1R87A 1RH9A 2J7BA 2WMHA 4HZ8A 5JBEA 2JF7A 1DTUA 4QLLA 4GI6A 2VX5A 2PC8A 4AD0A 3AHVA 1GQLA 2VC9A 4AISA 4AD2A 3HN3A 2ZUSA 1K9TA 4WF7A 2J75A 3CZKA 5ABEA 3WF3A 3CHDA 4HA3A 5A6JA 2WHKA 2WXDM 3NIYA 1WPCA 1E6ZA 1KB3A 1DEDA 1HN1A 1PX8A 3IANA 2VJXA 4FLRA 4XX6A 3WEZA 3KEHA 1YHTA 3CTTA 1UHVA 1QNOA 3B9EA 3WQVA 1TUXA 2ZXQA 3RJYA 3CPUA 3W26A 3GXFA 3RPMA 3KL0A 5A2BA 5A8PA 3PHAA 1J0YA 5JBDA 3B9DA 5ABHA 1QI2A 4U3AA 3NCOA 5D9OA 4AD5A 4B9YA 1Q6GA 3OGVA 4AD4A 1EHNA 4XZBA 4LYPA 2VUYA 2UY4A 4W84A 1XGZA 1BSIA 1B3YA 3K8MA 1U33A 5E70A 1UWTA 3WUFA 4PMOA 1KXVA 4BQ3A 4F9JA 2WB5A 2YOCA 1GZJA 4P7RA 1V3MA 1W1VA 3SCNA 4GQRA 2DT3A 3WMSA 4UFJA 1C8QA 1CGVA 5AYIA 3U57A 4J28A 3A4WA 4V28A 4XUYA 4AZGA 3VGGA 3WDIA 4ACZB 4CD4A 2RGLA 4WSKA 4AD3A 1UR8A 1W2PA 3K4AA 2WVVB 2OYMA 1QI5A 1OB0A 3W25A 1MQQA 3A47A 2G3NA 1XYFA 3ZJKA 3SCPA 1V6VA 1VEMA 1XHGA 2OYKA 4UNIA 3WIJA 3A6OA 3M6DA 1D3CA 2Y8VA 2WNWA 3VIJA 2BFGA 1M53A 5A1AA 4HTYA 4CD6A 3M07A 2J62A 4KGLA 1EDGA 5HBFA 1PPIA 5ABFB 1VFFA 2XJ7A 2WWCA 2BXZA 1WP6A 1H11A 1R7OA 5FCZA 1JL8A 1W1YA 1DHKA 3CHFA 1VEPA 1KGWA 2ZICA 3K46A 4BS0A 5E9AA 2WMIB 5LA0A 3UCQA 1U2YA 3VIKA 3N9KA 1FFRA 3AS1A 3VNYA 2YDRA 4AEEA 2WC7A 2ZWZA 1UH4A 3VGEA 3FW6A 2ZE0A 1JZ6A 3EDJA 5BXTA 1V0MA 2Y4SA 3CUIA 4OBRA 1TA3A 2XSBA 4JCLA 5CZKA 3POHA 1LWHA 3MO4A 2EJ1A 4D6FA 3FXYA 3ZMRA 3WQWA 2VTFA 3N04A 4CGTA 3ARZA 1US2A 4AIOA 1W3HA 3VDAA 3WD1A 1JD9A 3VIFA 2BY2A 1JXJA 1HJXA 1W9DM 3CMGA 2CHOA 3VM5A 1GOOA 1X6LA 3VUPA 3AMDA 2X2YA 2GK1B 4GZEA 3SUSA 5D8WA 4TUFA 9CGTA 4WIWA 4LYQA 4Z2GA 2QPSA 3BCFA 4BQ5A 3AS2A 3GYCA 1H0GA 1H09A 4PMXA 1BLIA 1J0HA 2PWDA 1FHDA 2XVNA 3L4ZA 5CLWA 3ARXA 2VL4A 4UTFA 1EH9A 4DM1A 1V3HA 4MNKA 3ZSSA 1US3A 5C8BB 6TAAA 1BF2A 2WMKA 3SURA 1HKJA 4UQAA 2EEXA 1GOIA 4MAVA 2JE8A 4FZOA 3PTKA 1W1PA 3WENA 3GTNA 5I23A 3G6MA 1E6XM 1EOKA 1TVPA 3K8LA 3VIMA 1MW3A 3DYPA 3VD3A 3T2OA 5DEZA 1OT2A 1UZ1A 2ZXDA 3WQ5A 1CYGA 1CZ1A 1QNPA 1VBUA 3AOFA 1WDPA 2GJRA 4OKDA 1GPFA 2BY0A 3FHQA 2XM1A 1EA9C 1E6SM 1W1TA 2F61A 2E8YA 1NQ6A 2WMJA 3ZT5A 2VR5A 3EMQA 3II1A 4PTMA 1H0IA 4UR9A 2VQUA 1GONA 1JZ7A 3AS0A 5A69A 1WE5A 1EHAA 1BYBA 3CBWA 4C7FA 2WANA 1H1NA 4JL1A 1PEZA 1CECA 3MUIA 2WSKA 1OCQA 4YPJA 4JFSA 4ATDA 3EYPA 5A95A 1NWTA 2YKKA 4P8WA 1HVQA 2JEQA 1VFUA 1MXGA 2EPLX 4KGJA 2PBOA 2HVMA 1GQIA 2CHNA 2EO7A 1B3XA 1KR0A 3NSMA 2XYLA 3EBVA 1V0LA 3WUGA 3S6TA 3WN6A 1CGXA 4UFHA 3BAXA 1QBBA 2VVNA 2JIWA 5DO8A 1VJZA 3L4WA 4F8XA 3BAIA 2UY5A 3OGSA 1QBAA 5I3DA 3PZOA 2DSUA 1V3KA 3VILA 1JI1A 1ECEA 2J8FA 3L4VA 2V38A 2FHCA 4KWUA 4GO8A 4IPNB 1OD8A 2XM2A 3BH4A 4PTWA 4M29A 2WC4A 3PZQA 2PWEA 1KCKA 2X8RA 5ABGA 3ARSA 3W6LA 1NOWA 1F4AA 2W4XA 3ZO9A 1JF6A 2VZTA 2YA0A 2WYSA 4MB4A 1HX0A 3BGAA 3VX0A 1HJWA 1CGUA 2XHYA 3AJ7A 1UYQA 4DWSA 1CXLA 5HXMA 1FOBA 3AIUA 1E3ZA 2XIBA 5C71A 2O9RA 5M3WA 4N0RA 4PTVA 2C7FA 4B3LA 1DWGM 5EBAA 5HDRA 4E8DA 3W6MA 1WDRA 3EMZA 5AC5A 3ZT6A 1V0NA 4OBSA 5BXRA 3U7BA 2Y2WA 3ARWA 3GNRA 3HU7A 3AXHA 4KRTA 1EO5A 4S3JA 1WDSA 4IISA 1HKMA 2YIHA 1V3IA 3GBDA 5A6LA 2VO5A 2WW5A 2DSWA 5KEZA 3GXMA 1E6QM 3VNZA 1V3LA 1H5VA 4Z2HA 3F5KA 1BYAA 3F4VA 3MSGA 3WH6A 2IXUA 3VMPA 2DT2A 2VCCA 1F4HA 2O92A 1E3XA 5FOOA 1XRVA 1JDDA 3GNPA 1NWRA 2BHYA 8CGTA 2D3NA 3SUUA 4JAWA 2EPMX 2WBKA 4ZFMA 1M01A 5I24A 4H7VA 3N17A 3N13A 4OJYA 1J12A 2W92A 5ABFA 3MU7A 3UETA 5E6ZA 3WDQA 2WVUA 3BCDA 3CZEA 3SCSA 2CBVA 2JNKA 1JGIA 2VMFA 1C3FA 1C90A 1H2JA 1CPUA 4BQ4A 1ISYA 1FA2A 2WMIA 1GOMA 3VIIA 2WHLA 4H41A 3ARUA 2X05A 3O9NA 3RM8A 3W29A 4TXEA 4GKLA 1CXFA 1EQPA 4RE3A 4DUXA 4JFVA 3KZSA 1ZB5A 1KGUA 4MB1A 4XZWA 3MMDA 5CGTA 2DSVA 1E43A 3OA5A 1PX3A 1ZBWA 1XCWA 1E4LA 2DDXA 3WD2A 3W38A 2J25A 3TTOA 3D5HA 2FHFA 1SMDA 2WVTA 3OB8A 4HOXA 1GNXA 3L2MA 1JD7A 4GZJA 1QI3A 4J27A 4WKAA 4W93A 2J78A 2CITA 1BGAA 4BF7A 3SCRA 1UA3A 1UA7A 1UKTA 4D6JA 3FN9A 2VX6A 1HT6A 1G1YA 3WH5A 3VD5A 2G3JA 4WLCA 2DT1A 4B3KA 3PN8A 1BTCA 2J7FA 3GBEA 4B9ZA 1QNQA 5BRQA 2F2HA 2YDSA 3BMWA 4UFKA 2GK1A 5CJ5A 4HZ6A 4HA1A 4CD7A 1NWSA 1E15A 4JHOA 3PZ9A 2XFFA 3CH9A 1WB0A 3BAJA 1J0KA 4RE4A 1B3WA 5A8QA 1JZ8A 3AMCA 3SCUA 4HMDA 3W27A 1G94A 4QLKA 3VDBA 3LPFA 2PF0A 3VO0A 3MSDA 5LA2A 1MWOA 5E0CA 1C92A 2GJPA 1AVAA 1XD0A 3KL5A 1MXDA 1JIBA 4C7GA 4PSRA 1KR1A 4FLQA 2E9BA 1JYVA 1E6NA 1GHRA 3DYMA 3SCVA 4U31A 3WD4A 1C8YA 1HJQA 4MPKA 3VD7A 5DFAA 1A3HA 3WH7A 2VCBA 5I0DA 3THCA 3GH7A 2BY1A 1AMYA 5LA1A 4LPCA 1BHGA 1CXIA 1OBAA 2XPKA 5A8OA 1HP5A 1W91A 3DC0A 1OIMA 2AAAA 1Y7VA 3BC9A 4MJ4A 2WLYA 2IUZA 4WKFA 1VB9A 3WNMA 1ZBCA 2YJQA 4FZPA 1R86A 3IAQA 1GVIA 4W8AA 1FH9A 5BWFA 1E0VA 3WUEA 4AIEA 2VNCA 1C7SA 3SUTA 2ZX5A 1MFVA 3TP4A 4MNJA 1EGZA 4NSBA 4Q22A 3W28A 2DIEA 2UWFA 1J18A 2GFTA 4W8LA 4IM4A 4AW7A 3PZUA 1Q6FA 2JFEX 2WKLA 2QMKA 1VAHA 1HL9A 1CLXA 1LL6A 5D8ZA 4AXNA 2CETA 1C91A 3VGFA 2GDUA 5BRPA 1UWRA 3WFZA 1FP9A 5AC4A 1PX4A 2WLZA 5EMYA 1DWFM 2VVSA 3DYOA 4MB3A 1LF1A 2EPNA 1B31A 3K4DA 3AZTA 1E4NA 1UD8A 4P7NA 3CHCA 4JKLA 1E71M 1CIUA 3FAXA 1O6IA 4MDOA 1NH6A 3AS3A 3VD4A 3T0AA 3VIGA 1XSJA 5EB8A 4PBGA 3WELA 3ALGA 5HPOA 2W63A 5KZ6A 1ZJAA 1JAKA 3GH5A 3ZQ9A 5IFPA 4WJXA 2XFYA 3I3BA 3SIMA 5JIWA 4QP0A 1H3GA 4M82A 3NDZA 4AZBA 1NP2A 2XGBA 3SCQA 5GNZA 2Y8KA 1ODUA 3MS8A 4LGXA 4A3HA 1JG9A 3VTRA 1NARA 3UR8A 1V02A 1OSEA 2XUCA 2VI0A 4NZCA 2GUYA 2VQTA 5BYWA 1AQMA 3WD0A 2WKGA 2RGMA 3WBEA 1AQHA 4EAMA 2CBJA 4YHEA 1VBRA 1QW9A 2G41A 1V6WA 1ITCA 1ZL1A 3FNDA 1B2YA 3ECQA 7A3HA 4TX6A 6A3HA 2G4FA 3CUGA 4UZSA 1FFQA 5CSYA 5DT5A 1NM9A 4WKHA 3RDKA 1HIZA 1UKPA 5A6BD 2VZUA 4R5EA 4UQBA 2WVSA 3ARQA 2OWXA 3GM8A 1E4IA 3EDKA 2J4GA 4KH2A 1Q6DA 4AZ6A 1EO7A 4AZ5A 1W9UA 4TVDA 1WO2A 2CKRA 4F9DA 2FH8A 1OGGA 4BCEA 1B9ZA 5A2AA 3WL0A 1UH3A 3GH4A 3WBAA 1W9XA 1SFSA 2WCSA 3FHAA 1PAMA 2V5DA 2JF6A 4TVCA 1HP4A 2D0FA 3ZJ6A 1TE1A 5FL0A 1JDAA 5M17A 6CGTA 4BZYA 2D23A 4PMZA 3VU2A 2XVPA 1TMQA 1ODZA 2WWDA 2CBUA 4J3XA 2A3HA 1KWGA 4TX8A 1TZ7A 2DSKA 2E8ZA 4M8UA 1XD1A 1H49A 1J01A 3IAPA 1Q4NX 3VGHA 2NT1A 2GSJA 4Z2IA 3WMCA 1UR4A 1XH2A 4J3SA 3F5LA 2PB1A 1GHSA 2V3FA 3N1AA 3FAWA 2VT0A 4X0VA 4F79A 3ZOAA 2CCRA 3THDA 5CSUA 3MV11 2QF8A 1DWAM 4GINA 3VPLA 3KWXA 1KXQA 2CEQA 1UKOA 5A94A 3PZTA 4J7RA 5GNXA 8A3HA 1VRXA 4W88A 1PBGA 1KBKA 5BROA 1NP0A 3ZT7A 1CDGA 4M81A 1UZ4A 1E0WA 4XV0A 3A4AA 2BY3A 4PCTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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