2YL6A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
434
structure length
434
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 173
structure length 434
sequence length 434
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl6A01
5A94A 2G8ZA 1QBAA 2FHFA 1XCWA 1JYWA 4PMRA 3W26A 3MSDA 4PTXA 2EJ1A 2GDVA 2WSPA 1OGSA 1DHKA 2DSKA 1XGZA 3ZIZA 4BQ2A 4GZJA 3RPMA 4MJ2A 4PSRA 1IT0A 1ODZA 1W1TA 2CERA 4OBSA 3WBAA 5M03A 5A95A 3U7BA 1E6ZA 1QPKA 1W3HA 2WZHA 3W6LA 2W91A 2J25A 2AMGA 3CUHA 5TD4A 4URIA 1H0IA 4TVDA 4ZE5A 2YA1A 4FMVA 4DWSA 3WD1A 3ZMRA 4A3YA 1WZLA 1CWYA 3ZJKA 4GI8A 2ZUSA 3VTRA 4W93A 4FLQA 5DF0A 1JYVA 3VNYA 1OIFA 2B31A 1ZBCA 1E1EA 4ATLA 1UR2A 1MFVA 4DWSD 3LMYA 2PMRA 2V3FA 1OM0A 1H0GA 3BAKA 2CKRA 4B3LA 1OCQA 2YA0A 5CLTA 1R86A 3S6TA 4P8UA 1KCLA 3EMCA 4EKJA 3BAYA 4R27A 3BSGA 2E40A 2FDMA 1AQHA 2D23A 3G6LA 3BCDA 3BCFA 3MUY1 1XSJA 3RJYA 1ZBWA 1UR1A 1KXTA 3T0BA 5A8PA 4W85A 1EDGA 3AIWA 3OIHA 5JIPA 4BS0A 4JKKA 3VGHA 1KCKA 3LPPA 1UD8A 2ZUVA 2ZX6A 1M53A 5ABFB 1XC6A 5A6AA 3CZEA 1H09A 5LYRA 2PB1A 5D9NA 1UKSA 1V6VA 1DWJM 4GI6A 1MW2A 3NUKA 4UR9A 1FHDA 2Z1SA 1FHLA 3UG3A 2W63A 4JKMA 3ZSSA 2XUCA 5E09A 4P7RA 1HKIA 3EDFA 1UA7A 1G9HA 8CGTA 3W29A 3L4XA 2GJRA 1EDQA 4AW7A 2BFGA 4NSBA 3WH5A 3DHUA 2DPEA 1TCMA 1JDCA 1EQPA 3II1A 2CESA 2WK2A 3WDPP 3WN6A 1FA2A 3VD5A 1UWUA 4YN5A 1J0YA 5CGMA 2GFTA 1GJUA 2UY3A 2NSXA 2J79A 2MANA 3VIGA 1CGXA 2WPGA 5A8QA 1HP5A 5IHSA 3OBAA 1CGTA 1HL9A 1UKPA 1JZ7A 1BPLB 2F2HA 4UTFA 1XD1A 5CXPA 1UWQA 4HMEA 4UOZA 5D9MA 1JAEA 5GNZA 4CVWA 2G3JA 3TTYA 1UYQA 2F8QA 7CGTA 2BVTA 3AHZA 2ZUWA 4HZ6A 1IZKA 3WNMA 3KZSA 4HA3A 1GQJA 2X09A 3PN8A 3W81A 4DWSC 5A6LA 1OD8A 2DSUA 1QW9A 2BNJA 4HTYA 1AVAA 1XH2A 1QNQA 2XYLA 1E6RA 3L4ZA 3SCPA 1HNYA 1Q6CA 3GXDA 3QHOA 3IJ9A 4QAWA 3VIHA 4MTVA 3BAXA 1XCXA 4JHZA 1MW0A 3UR8A 1AQMA 3AROA 3I3BA 3VOCA 4DWSB 2JALA 3VDBA 3MUZ1 1GHSA 3LPOA 1ZJBA 1EH9A 5A3HA 1NOWA 1A3HA 2D24A 1W3LA 3ZJ7A 2WKLA 2NT1A 4BA0A 1J18A 4OOUA 1FP8A 3AHYA 4GIAA 4PBGA 1GQIA 4F9DA 3NDZA 1LL6A 4W84A 1UKTA 4WKAA 4HU0A 3EDEA 2NT0A 2ZXBA 1UH4A 3WFZA 3AZTA 1KXVA 5M5DA 1KWKA 2TAAA 3BC9A 3PHAA 3ARZA 2AOSA 2CETA 4PUDA 3J7HA 5JBDA 1P6WA 4W7VA 2J7FA 3CZJA 3PTKA 1V6WA 4WLCA 4K68A 4NI3A 3ZOAA 1W3JA 1E6PA 2YL5A 1I1XA 2V3EA 2OWWA 2HISA 1E9LA 2GK1B 4HMCA 3B9EA 3SCTA 3NSNA 2Y8VA 4D6FA 1UD4A 4BQ5A 4CU8A 4HPGA 2YDRA 4LX4A 4EANA 3FN9A 1V03A 1E5JA 2VVNA 2WLYA 2ZX9A 4GQRA 1CZ1A 2X8RA 4HOZA 1KBBA 1LJYA 1MFUA 4H8UA 5A6KA 2ZWZA 4W87A 5LA2A 3CH9A 1UH2A 4X9YA 5D9OA 4DM2A 3NIYA 3HN3A 4M82A 2BHZA 2WCAA 4AD1A 2XIIA 2WHMA 3VINA 3WH8A 1JFXA 4F79A 3OB8A 1TA3A 3LPFA 1C92A 1E43A 1G5AA 4HP5A 3F5JA 1NQ6A 1JI2A 1B2YA 3AIBA 3O6AA 1QOXA 4CD5A 2BY1A 3O2LA 1DWAM 5CLWA 3N9KA 5A6SA 1ZBVA 4N0RA 1J0IA 3SCVA 1NP0A 2EPKX 3F5KA 3OGRA 4WK9A 4QLKA 1UD6A 1J01A 4J28A 4XB3A 1MYRA 5KZ6A 3DC0A 5CPTA 2WYSA 4JCLA 2J7BA 4WF7A 3W4RA 3UG5A 4DUWA 2XFRA 1B9ZA 1KWGA 2X2YA 3UERA 4OBRA 3AS1A 4PMNA 4EAMA 2VZUA 3K8KA 1HJQA 1MW3A 4QLJA 3BAJA 3ALFA 4DUVA 3K8LA 2ZUTA 4ATDA 1HKMA 3GH5A 3RO8A 5CJ5A 2A3CA 3RDKA 3AIQA 4AWEA 2DDXA 2J4GA 1M01A 1R8LA 3AI0A 1L0PA 1V3KA 1WPCA 3WUFA 3ZR5A 4B9YA 1MQRA 4W5ZA 2C7FA 3MANA 1LF1A 3WH6A 5I78A 1HL8A 2WVVA 3OA5A 1JAKA 5HDRA 3W24A 2JFEX 1TUXA 4YPJA 1UKOA 5BRPA 2EXOA 1EO5A 4OJYA 3T09A 2JEQA 3DECA 2D0GA 3WDRA 3WD0A 2J7HA 1WKYA 3SCWA 5I5RA 1R87A 4J3SA 3NSMA 4JCMA 2VURA 3T0AA 2CXGA 1E4LA 1VIWA 2FH6A 3VIPA 3SUSA 5FOOA 4AEEA 4TTGA 1UD2A 3VVGA 4MB3A 1HJUA 4CN4A 1VEMA 2OWCA 1UA3A 1GVIA 4JFTA 1JYNA 1NWTA 3ARUA 2CHNA 1KGXA 3CLWA 3BLKA 3IAPA 4GZEA 3NDYA 4MAZA 1JIBA 2AAAA 4AD4A 1QNSA 5BXSA 1V02E 5HXMA 2BY2A 1CDGA 2ZX7A 3GNRA 4KRTA 2XFYA 5IDIA 3VDAA 1WDPA 2X0HA 1CXLA 4W89A 2VX5A 3WL1A 1FP9A 3KL0A 1QNPA 2G4FA 1UKQA 3UETA 1VRXA 3ZQ9A 3VIMA 3OLDA 1O7AA 1KBKA 4MDOA 1NWUA 3THDA 5ECUA 3WENA 4UFHA 4U33A 3T2QA 2WC7A 4LYRA 2W61A 2XIBA 1OINA 1TA3B 2DT1A 1PJ9A 2O92A 2OSXA 4U2YA 3VIKA 1QI2A 3SUWA 1IV8A 1U30A 1CXFA 2WWCA 2XWEA 5AYBA 2JIWA 1GHRA 4WSJA 1JNEA 1PIFA 4NZCA 1LQ0A 2JE8A 2WM0A 2CITA 1J0ZA 1OSEA 3DYMA 4NRRA 1NH6A 3OGVA 3WQ6A 4AY1A 1GOMA 4XX6A 3CZLA 4H8HA 4Z2JA 4D6HA 2CHOA 4TVUA 4MNJA 3POCA 1CECA 2Y4SA 3PZUA 4XV0A 2BHYA 3WQVA 3AIRA 2Y24A 2WBKA 4RE2A 2NW0A 4FLRA 5HPOA 2ZXQA 4TX8A 5EFDA 1E0WA 5C70A 3HMCA 5LA1A 1BGGA 3ZT6A 4GZIA 1H4PA 2WHKA 2BY3A 4BQ3A 1GOIA 1HJXA 2XM1A 2GJPA 1H3GA 3NYDA 3W37A 1HF6A 4L4OA 3CHDA 2Y8KA 1R85A 1FFRA 6TAAA 3GXFA 3AS0A 4AZ5A 4QCEA 4UFKA 1M04A 1CXEA 2J7CA 2VC9A 4LXFA 3ARSA 3WUGA 2WVVB 4B9ZA 1ISWA 1ISYA 3EBVA 1BVNP 1YHTA 3U5YA 4Z2IA 4EK7A 1CPUA 1PBGA 3AISA 3ARVA 1ISXA 4PTWA 2EPLX 4AC1X 1KFWA 3K1DA 1QI3A 1W91A 1BHGA 3VDCA 2WMIA 1WCGA 1VFUA 1E72M 1EOMA 1DWGM 3W53A 1OB0A 2DT0A 1JDAA 3MKKA 4U3CA 7TAAA 2CNCA 5FKYA 1LL4A 2VX6A 5HOSA 3GDBA 1OWQA 1ESWA 1TVPA 4EE9A 4PUEA 1US2A 3AS2A 3MO4A 1LG1A 4D1JA 2WMKA 3N1AA 4X0VA 3NJ3A 5CSYA 1WZKA 3RILA 4MADA 2EPNA 1JI1A 3WUBA 3AIUA 1WNOA 1EXPA 5E6YA 2CYGA 1JD9A 1MWOA 5KEZA 3K4DA 5FD0A 4Z2KA 1K6AA 4HA4A 4AD2A 3ECQA 3N12A 2YBUA 1ISVA 3FNDA 1FH7A 3VU2A 1PPIA 2CKSA 2JIEA 2ZUNA 2WVSA 6A3HA 2VO5A 1DP0A 2D2OA 5EFFA 2UY2A 5AC5A 1GCYA 1C93A 1XV8A 4H7VA 4AIEA 1E6XM 3L4TA 4HOXA 3U7VA 4B3KA 3UESA 1NM9A 3AYRA 1BLIA 1UZ1A 4JFVA 2GK1A 4PRWA 3A6OA 1XYFA 3AHTA 1SR0A 3TTSA 3HJEA 1UD5A 1W9VA 4J27A 1H49A 4TTUA 1BYBA 1C8QA 3VKKA 2GUYA 5ABHA 1E6SM 1GNXA 1H41A 1GQLA 3WMCA 3PBGA 3DYPA 3OLEA 3F4VA 1RP8A 1TVNA 1GOWA 4RL3A 3ZJ6A 4Z2GA 3O9NA 2VMFA 3MMWA 1W32A 2O9RA 2J7DA 1KXQA 4S3KA 1WZAA 1V0NA 3WDJA 1OT2A 3PZQA 1JZ8A 4UFJA 1GJWA 1US3A 3GNPA 3WQ5A 9CGTA 4LGXA 1V6XA 4XUYA 4ZE4A 2O9TA 2G3IA 3TONA 1UZ4A 4ZXLA 4D6DA 2J7GA 1QI0A 4M8UA 2XFFA 1C91A 1KQZA 4ZENA 5CG0A 4MNLA 3WFLA 2V3GA 1C3FA 3MV01 5I77A 3HU7A 3WEZA 3FHAA 1PX3A 3WQWA 2W66A 2WMIB 4TOQA 3S2CA 1Y7VA 1PIGA 1WDQA 2G3NA 3AZSA 4D6IA 4WIWA 3APGA 4UQBA 3GXIA 4YHEA 4W7WA 3AXHA 3BH4A 4V28A 5CPQA 5DT5A 2UY4A 1R7OA 3W27A 1J9YA 1YQ2A 2J8FA 1ITXA 3VUPA 3VIIA 3VDHA 1HJWA 3VMNA 3AICA 2ZICA 4W5UA 3M7SA 1GW1A 2VQUA 4CN6A 1WDSA 1Q6GA 5F7UA 3CZGA 4H41A 1U2YA 1EDTA 1ISZA 4TVCA 3CZ8A 1UR0A 3FW6A 1QVBA 1JNDA 3VX1A 3ZR6A 1B90A 3AOFA 1BVZA 1XH1A 3AHVA 3D3AA 5IFTA 1HVXA 1JZ4A 1V0MA 4MB1A 2YL9A 1VFFA 1KXHA 3WQ8A 4AD5A 1MQQA 1UQYA 3AJ7A 5GNYA 1VEPA 3LPGA 3ARQA 3ZJ8A 2WHLA 3WNOA 1SYTA 3MMUA 2WCGA 3WF3A 1NP2A 1D7FA 1JG9A 3M46A 2ZOXA 3CHCA 4Q22A 4N42A 4UQCA 4QCFA 2D1ZA 3CIVA 3AYSA 3BAWA 3N18A 3KL3A 4MJ4A 3WKZA 1CNVA 2YOCA 3FXYA 4MDPA 1M03A 3CUJA 2VVSA 4JFUA 3W0KA 3ARWA 5BRQA 3EDKA 3WY1A 5GNXA 2PWDA 3SCOA 1H5VA 1V0LA 4Q7NA 4J3TA 2VCCA 2GDUA 4RE3A 1WZMA 1DWIM 1W3KA 1B3YA 1V0KA 3B8SA 3BMWA 1GONA 4LQ1A 1RH9A 2X0YA 1JL8A 1CBGA 1CXIA 2VQTA 1U33A 2IXVA 2O9PA 4M56A 5I2UA 3WNNA 3SIMA 4ACYA 2WCSA 4IISA 2BVYA 2WANA 4BF7A 2GJXA 3N04A 1TZ7A 4MNKA 3VGGA 3SUTA 2VTFA 3VGBA 1G1YA 1DWFM 3IANA 4W8AA 2J74A 1VF8A 3N13A 5FIPA 5A8NA 1E15A 1F4HA 4D6GA 2CCRA 1FOBA 2EEXA 4M1RA 1I1WA 1QNOA 1K9DA 1HIZA 3WD3A 2WVUA 1UR4A 2BHUA 2X05A 1HT6A 5A2AA 4P7QA 5CSUA 1EHAA 2V5DA 2DT2A 2BVDA 1W1YA 3CTTA 2X1IA 4H04A 2J7EA 2VUYA 1LG2A 2DGAA 1BSIA 4J3WA 1LWJA 2VT0A 2ZUUA 3L4YA 3AHXA 2WVTA 2WSKA 2E8ZA 4YHGA 1B3ZA 2VJXA 2XSAA 5JIWA 1JF5A 4Y7EA 2YDQA 1BFNA 2PI6A 2QV4A 5BWFA 8A3HA 4CCEA 3UG4A 1LLOA 2QF8A 4WJXA 1KGWA 4HMDA 4AEFA 4CVUA 4HZ7A 4PEEA 5E70A 3WH9A 2E9BA 2WKGA 3VM7A 2JF7A 4AZ6A 4IM4A 1K9EA 1W1VA 2XTKA 3AXXA 1C90A 4UZUA 2PWGA 1BG4A 5A6BA 3WF4A 4QP0A 3GYCA 1E3XA 1OGGA 1B1YA 4B15A 2DH3A 1PX8A 1CLVA 3GXMA 1W9XA 1I75A 1G94A 4W7UA 3AZRA 4PTMA 2E9LA 4FK9A 5GQBA 1X1NA 1Q6EA 1UG6A 4JAWA 5A6BD 4F66A 3WF1A 5A2BA 1CENA 2V5CA 3W25A 3A4XA 1J0KA 2ESCA 3UEQA 2CBJA 1MW1A 3L4WA 3AMKA 4D6JA 3GH7A 4CU6A 2VRQA 3WELA 4AZBA 1G01A 1MXGA 3VD9A 1B3XA 2Z1KA 3VILA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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