2YL8 | Genus

Total Genus 172

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	172
sequence length	434
structure length	434
Chain Sequence	NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDQYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6355056216995525__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6355056216995525__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2YL8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6355056216995525__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6355056216995525","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2YL8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6355056216995525__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe103a8a85c4c507e83228/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe103a8a85c4c507e83228/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe103a8a85c4c507e83228/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe103a8a85c4c507e83228/pdb.gz): 640 ms

reading 434 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

434 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:433});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	172
structure length	434
sequence length	434
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2011-05-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	2yl8A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2yl8A01

1B3ZA 3RJYA 4AIUA 1C92A 5E0CA 5A3HA 5D9MA 1E6RA 1UD2A 2WMGA 1GUVA 2W62A 1W9VA 1BYBA 4YHEA 5E9AA 1E1EA 5TD4A 1HVQA 7CGTA 1C7TA 4M1RA 1FA2A 5A6KA 1ISVA 4PSRA 5CXPA 3IK2A 1UH4A 1UG6A 1FH9A 3SEPA 4UNIA 2JEQA 3AXXA 1UQZA 4D72A 1UOKA 3AJ7A 2IXVA 4H7VA 1CLXA 3OZPA 1GORA 3FY1A 2OYKA 3EDFA 4IPNB 1NOWA 1DWJM 2WBGA 3DECA 3WDHA 3AS3A 1Q6EA 5A8PA 1KXQA 3GDBA 4HU8A 1DWGM 3TTSA 2ZUWA 3HJEA 4W88A 4XZBA 4J3VA 2DT3A 2VZOA 2VZVA 1JGIA 5BRQA 4MB4A 3M07A 4HMDA 3WIJA 3KZSA 5HNNA 1C91A 3M7SA 3SUSA 2BNJA 4AD1A 4P7OA 2XPKA 4PRWA 1VRXA 3VIMA 5KEZA 3CBWA 3K4DA 1M7XA 1JXKA 3PZOA 2DSKA 3WNPA 3ALGA 2DSZA 2GDVA 1VB9A 1Q6CA 3CIVA 2OZNB 1NQ6A 1UKSA 1UQYA 4ZE5A 2YLLA 5BROA 1GOWA 2XGIA 4Z2KA 3ARRA 5DT5A 1C90A 4U3CA 2DPEA 1ODUA 2YA2A 1WDRA 4KGJA 4MB3A 4XV0A 3WDPP 3VNZA 1Q6FA 3SCWA 3CZEA 2DIJA 4M29A 3CHDA 1SYTA 1EXPA 5A69A 1E4IA 3UR7A 2J77A 1DWAM 1XSKA 3OLIA 4MJ2A 5HPCA 3MMDA 2A3AA 1UWRA 2UY3A 4M56A 4FMVA 3VGEA 1CWYA 4K68A 3IAPA 4HU0A 3AZSA 1GHRA 3QOKA 4J3TA 4BQ3A 5CG0A 3N9KA 4C7FA 1W32A 2ZXDA 5IXEA 1VBRA 1J0JA 3GNRA 4Y7EA 4KH2A 1LJYA 5A2BA 3GXFA 1OD8A 4ZE4A 3AICA 3B8SA 4AD0A 4MNLA 2WVTA 4B3KA 5FCZA 1EOMA 2VZUA 4CD6A 3U7BA 5HOSA 1BQCA 2CHOA 1JI2A 1E6ZA 3WQ5A 1J01A 4AD5A 1B30A 2PI6A 3BAWA 3WMSA 2PC8A 1E0XA 1UR9A 4NI3A 5A95A 3BXWA 3II1A 4Z2JA 3TA9A 1LL4A 1MW2A 2CBIA 2XWDA 3CZKA 1XSJA 1WO2A 4OJYA 2VCAA 4UFJA 1Q6GA 4P7LA 3UG4A 3W27A 1DWFM 2ESCA 4PMNA 3EDJA 1JD9A 3SCPA 3S6TA 4CN1A 5E70A 2UY5A 3L4UA 1H5VA 3VD5A 5DT7A 1NARA 4TXEA 1UA7A 1UD4A 4J3SA 3NSMA 4A4AA 1J0KA 2WAGA 4H41A 1V0MA 4J3WA 1W9DM 3WSUA 3GBDA 4DUWA 3NDZA 4CU8A 1AQHA 4W85A 2RGLA 3UCQA 2G3IA 4C7DA 2J47A 2QV4A 4WKAA 1MFVA 4IM4A 3CUJA 2XHYA 5A94A 4WLCA 1JYXA 5D9PA 4GQRA 2X0HA 2BY0A 3SCVA 2V3GA 2DGAA 2J62A 1FFRA 4XZWA 3WF4A 3CZ8A 5DEZA 2O9OA 3W4RA 5D9NA 1HVXA 3PHAA 3F5KA 1UKTA 1VF8A 3VGBA 1UD5A 4MNKA 5GNYA 2XSBA 4QAWA 4UQCA 2DSVA 1JDDA 4WKFA 3T09A 5A6JA 2PWEA 1XH0A 1JG9A 4CKQA 5BRPA 3EDEA 3NIYA 1F4AA 4DM1A 4AZ5A 1X6NA 1NM9A 3VMNA 4F66A 1MW3A 2FGZA 4MADA 3W81A 2WHJA 3CPUA 5JIPA 1ISWA 4PCSA 5JUVA 4CCEA 1WDQA 2C7FA 1GOIA 1G01A 1E4MM 1QNRA 1S46A 1BG9A 1E0VA 1KXHA 3AHYA 3O9NA 2GJRA 3T0AA 2J7CA 4ACZA 1O7AA 4OZOA 2OYMA 2VR4A 4LYPA 2Y24A 3CMJA 4W86A 2VRKA 3NDYA 2OLHA 4AMCA 3O6AA 3OGRA 2YDQA 1FH7A 4D6IA 1R87A 2PWDA 3RDKA 2X09A 2D0FA 1IZKA 1KR0A 2YA1A 8CGTA 2JE8A 3EDKA 4U5IA 5CQ1A 1Y7VA 4ACZB 2PBGA 1BF2A 3AHTA 3K4AA 2GK1A 1V6UA 3OA5A 1CGXA 1CGTA 2WHMA 4S3KA 2CKRA 4UFMA 4TUFA 2EPNA 3VO0A 3K8KA 5KZ6A 3VDBA 1VEMA 4MPKA 3OZOA 4U5KA 3N04A 2BHUA 4ATDA 4W84A 4H04A 4AXNA 3BSGA 4HOXA 1R86A 2V38A 2GK1B 4EAMA 3SCUA 1V6YA 1NP0A 4R5EA 1H0GA 1US3A 3BAIA 2E4TA 3SCSA 1V3LA 3VTRA 3SCQA 3ZJ7A 2FHCA 1TZ7A 3OLEA 1JZ5A 1FP9A 5CPQA 3ARVA 4QCEA 5BYWA 4D1JA 4A3YA 3AI0A 3FW6A 3T2QA 1XGZA 4OBRA 5M5DA 3VUPA 5LA0A 1SMAA 4W5UA 4KRTA 2WC3A 4HZ7A 3ARZA 4AWEA 3AZTA 5I23A 2WKGA 3IJ9A 2YL9A 1GOMA 1W2PA 3CTTA 4TTGA 1J0HA 5CJ5A 3AZRA 2EO7A 1UD6A 1M03A 5JIWA 1MW1A 1OIFA 5A8NA 3W24A 1XD0A 3RM4A 5HBFA 4D6HA 4PSPA 1QHZA 3A4WA 3MMWA 3TTQA 3FAWA 5JBFA 2E9BA 3RJXA 3W53A 3PZNA 4KGLA 1PEZA 2W91A 2YL5A 3MUZ1 1OBAA 1OGSA 3DHUA 3ZT6A 2YKKA 4W5ZA 3RO8A 3WDIA 1JYVA 1UD3A 2W5FA 1WE5A 3AYRA 2WYSA 4PYSA 4GZEA 4D6GA 4UQDA 2W61A 2VX5A 3FHQA 5LA1A 4B3LA 2ZXAA 4JCLA 4AEEA 1F4HA 1ODZA 1KXVA 5GPRA 3VX0A 1HKMA 3RCNA 3AXIA 3W25A 1BVNP 5CGMA 1XH2A 3SUWA 1W3HA 1P6WA 4GINA 3ZSSA 4PMOA 2WNWA 2IXUA 1B0IA 3F5JA 2J4GA 4HOZA 4CD5A 4RE2A 1UYQA 3VD3A 1JYNA 1ZL1A 2ZE0A 1EHAA 2QPUA 4HMCA 3OLGA 4URIA 4EANA 3FN9A 1J10A 4HA4A 1TMQA 3N18A 1BG4A 2VX4A 2WBKA 2ZUMA 1L8NA 3HMCA 4S3JA 2YDRA 3WUEA 3GTNA 5JBDA 1UKPA 4M8UA 4AZGA 1DHKA 4D71A 2GJXB 1LWJA 1W1TA 4XX6A 1K9DA 3AIEA 3ZR5A 1KWKA 5CPTA 5EFFA 3PN8A 4BA0A 4OUEA 4OIFA 3BGAA 3WFLA 1OCQA 2DDXA 3CUHA 4OBSA 4ZEPA 4KRUA 4WIWA 2VRJA 2WVSA 2PBOA 1ECEA 4UFLA 1ESWA 3U57A 1GQJA 1VENA 5GQBA 4H8VA 4EE9A 3OGVA 4AZIA 1LL7A 2UWFA 2XFFA 1C7SA 3T2PA 1VJSA 1H1NA 1H41A 5CLTA 3GNOA 4RL3A 4HA3A 3IJ7A 2VQUA 1R8LA 3NSXA 4AZ7A 9CGTA 2E9LA 4IISA 2E3ZA 4AISA 3TTOA 3WENA 2XTKA 2VI0A 2HVMA 4V27A 3TTYA 2CKSA 2J75A 3K1DA 3VD7A 2Z1SA 2ZX8A 4MAZA 2G3NA 4L4OA 1JAKA 3GH4A 2GVYA 1US2A 4HPGA 1PZ3A 2CERA 4IPLA 4UZUA 1HL8A 5FL1A 4E8DA 1UHVA 2VVSA 1PJ9A 2W66A 5ABEA 3WUGA 4FK9A 1XSIA 2QLYA 1OSEA 1YQ2A 2YL8A 1NH6A 4CU7A 5C70A 2X0YA 4AZ6A 1J18A 1ZS2A 1E15A 2WB5A 3CGTA 1UWIA 4TVCA 3VIIA 4AZCA 1B3WA 3AMCA 1E1FA 1H2JA 4Q22A 1G1YA 5CGTA 2VNCA 1KXTA 5GNXA 4PBGA 1CLVA 2RGMA 3T0DA 5BCAA 4BCEA 1EQCA 2B31A 4OKDA 3GXMA 4HTYA 4BF7A 3NUKA 5I78A 1NP2A 2E8ZA 4AZCB 1CXLA 2CBUA 1JF6A 1PBGA 5EB8A 4AEFA 2XVGA 1B3XA 1Z32X 3MANA 3DYOA 2WMJA 4PTWA 2WPGA 2ZUVA 5A6MA 2NT1A 3U7VA 3ARSA 2WANA 3LPPA 4P7QA 5A6LA 2JFEX 4PMDA 2VURA 2CXGA 1DEDA 5CLWA 4FZOA 1G5AA 1CXFA 4AIEA 3CLWA 2J7HA 1B9ZA 1UR1A 2ZXBA 2BFGA 4QLJA 3ZJ8A 2J7FA 3WUFA 1UWTA 1CGVA 1C8YA 2XJ7A 2BXYA 4J3XA 2O9PA 2FH6A 4UCFA 5M03A 4WKHA 2HISA 1E71M 4UFKA 1E0WA 4UQ9A 4RE3A 4DWSD 1VAHA 3CHEA 2EBNA 3MS8A 1W9XA 2VZSA 1GONA 1PX4A 1BFNA 1HF6A 4FLOA 5ABGA 3WD3A 3MKKA 3AHZA 1JFHA 1G9HA 4HZ6A 1KR1A 4WK9A 3KL3A 3ZT5A 5CZKA 1PX3A 2VCBA 3TOPA 5BXSA 4HMEA 1QW8A 4BQ4A 1W3JA 3WDQA 2XSAA 1J0ZA 3WEZA 3VIFA 3QHNA 1H11A 1YHTA 1E72M 2E0PA 4JAWA 1KQYA 2VZTA 3POCA 2XVNA 1WZLA 2D20A 1C3FA 4MTVA 2A3HA 1L0PA 4M81A 1E6SM 2DT2A 2MANA 3QGVA 4H8UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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