2YLAA

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
419
structure length
416
Chain Sequence
GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDQYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPTNLSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 158
structure length 416
sequence length 419
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2ylaA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ylaA01
1YHTA 1CWYA 2JEQA 3NDYA 3VPLA 4U3CA 3MUAA 1J18A 1TE1A 3AHXA 2WC4A 5A3HA 3UCQA 3AYRA 1OT2A 2FH6A 1JI2A 3SCRA 4J3VA 3WEZA 4HPHA 1GOIA 2J7GA 2FH8A 1VRXA 6CGTA 1E9LA 4CVUA 2WMHA 1GZJA 3W24A 3WIJA 4D6IA 3MV01 3WL1A 2ZXBA 1R7AA 2D3NA 3GH4A 1FH9A 2WKGA 2GVYA 1GOOA 1JDDA 2YL8A 3NSNA 3I3EA 3W82A 3PZMA 2XFRA 4GI9A 4WKAA 4ACZB 1V6VA 3WBEA 2ZX8A 3TOPA 1HX0A 3FAWA 2CKSA 3T0AA 1AMYA 3VX0A 3BSGA 1JZ8A 5C70A 4RL3A 2BY0A 1E5JA 1XH0A 5IDIA 1O6IA 1B3XA 5FCZA 1E1EA 2GJPA 3OLEA 4ZE5A 3ALGA 4GPNA 3PZTA 3ZOAA 3T2PA 2EBNA 2HISA 2X0YA 3TTQA 1GJUA 4J3XA 3ZJ8A 2QHAA 4JFWA 1E6SM 3OB8A 2DEPA 4W87A 4X0VA 5GNYA 2WMKA 1XHGA 1WO2A 1W1TA 3AIEA 3DHPA 1Q4NX 4A3YA 3HMCA 3AIRA 2WHKA 3BMVA 1W1YA 3WD4A 3ZR5A 4DWSD 2OYMA 4PEEA 1OM0A 2ZX6A 2XSAA 3PN8A 1UR2A 1V0NA 4J27A 4JHZA 2YBUA 2W62A 1AQHA 3OGVA 3CHDA 3FN9A 1PAMA 1QW9A 3AXIA 1BGAA 2DSWA 4UZSA 1BYCA 1UD2A 4W5UA 3QHNA 2DDXA 3OGRA 1TFVA 1UR4A 5D9PA 4P8VA 1AQ0A 3WDQA 3WMBA 2BVDA 3VD5A 1EDQA 5A8QA 1GQJA 3IANA 1H5VA 4CCEA 5LA1A 2E9LA 2E3ZA 4MADA 1HNYA 3UR8A 2JFEX 2A3BA 3A4AA 4KMQA 3WF0A 1QBAA 1WZAA 3CUJA 1CIUA 1KXTA 1PZ2A 2W92A 1JXKA 4JKMA 4F9JA 3SCUA 1WDPA 3PZQA 4YHGA 3M46A 1JYXA 1BG4A 5TD4A 4PMDA 4HZ8A 4J3UA 1KR0A 4X0NA 5CG0A 1BF2A 2D23A 1I75A 2JE8A 3VIHA 4CD4A 2DH3A 1OGGA 2PWHA 4OKDA 1WKYA 1CBGA 2XVKA 4W8AA 3WD2A 3ARWA 3RIKA 4RE3A 3W37A 1BPLB 4UOZA 3MUY1 4GINA 1Y7VA 4GIAA 3TTSA 5A6MA 2YLAA 4W7VA 5I2UA 3RM9A 1FP9A 5BCAA 4PYSA 5AC4A 3VM5A 1XH2A 5CPTA 3AIQA 2D0FA 1E15A 3GXIA 4PMXA 1TR1A 1EDGA 1GORA 1GJWA 1DWHM 4HOXA 4LGXA 5CPSA 3U5YA 3WEMA 5HNNA 1PPIA 1MFUA 1WDRA 2CCRA 3E1F1 3LPOA 1Q6EA 3J7HA 4P8UA 2E0PA 2IUZA 3SCTA 2YBTA 1G5AA 2JIWA 3WH7A 4WLCA 5E9AA 3T2QA 1HKIA 2BVTA 1MQQA 2ZE0A 4B9YA 3WFZA 1JNDA 4BZYA 1H1NA 4P7LA 2EPMX 3U7VA 3QOMA 3EYPA 3ZM8A 3O9NA 4P8XA 2YL9A 3VO0A 4WF7A 2D22A 1HP4A 5FL1A 2GK1A 4UTFA 3AXHA 1BGGA 3T08A 1PBGA 1EXPA 1GOQA 4P7NA 5E6ZA 4M1RA 1E4MM 3BAIA 1E70M 1ISYA 3WUFA 3VMPA 4D1JA 3GBEA 2PWDA 3WNKA 4BCEA 3AIWA 3NJ3A 5M17A 3NUKA 3CUGA 2PB1A 3RM8A 4FMVA 3A3HA 2FHFA 2Y4SA 4J3TA 3WUGA 4CD6A 2YA2A 1VEMA 5I79A 3ARTA 3K8LA 3OZPA 1B3WA 3CZJA 1QNSA 3FNDA 1W9DM 1BYBA 3KWXA 4DM2A 1J9YA 1LL6A 5E70A 1UUQA 1HN1A 2YIHA 5EFDA 4PTVA 2D0GA 1CDGA 3RJYA 1RP9A 2C0HA 5AYBA 4MJ2A 1VFFA 1XV8A 3ECQA 4PSPA 5KEZA 3SEPA 1NOWA 3RILA 1ODZA 3QHMA 2VZOA 4BQ4A 1SMAA 1UD5A 2X0HA 1B2YA 1E6NA 2FDMA 1V03A 2VRJA 2WK2A 1G1YA 3VGHA 1KGXA 5CSYA 3WDPP 1ZJBA 5JBDA 3F4VA 4DWSA 1TA3B 4B3KA 2CPUA 4IPLA 1MYRA 3POHA 4EANA 5BWFA 1UD8A 3AIVA 4UFMA 2VZSA 3SURA 2WZHA 1CXHA 1HVQA 2OLHA 4CVWA 1S46A 2D2OA 1UZ4A 1QI5A 1H0GA 2XPKA 4U3AA 4EKJA 4KH2A 3N15A 4PMZA 3LPFA 2D20A 5DMYA 3GNOA 3GXDA 4EK7A 4JCLA 4HPGA 5ABEA 3TP4A 3F5JA 3KL3A 3M07A 3N9KA 3PZGA 4YPJA 3PZVA 4LPCA 4XX6A 5EB8A 3VIKA 3O2LA 3BAWA 4MTVA 4PTWA 3L2MA 2J7FA 4PCSA 3I3BA 3POCA 2VL4A 7TAAA 1U2YA 3B9EA 4GQQA 1VEPA 2W5FA 4CU7A 1E0WA 4DM1A 4W84A 2ZUNA 1MW1A 3VIGA 5DO8A 3TONA 3W81A 1VBRA 3CZ8A 3QGVA 1TMQA 1LLOA 1NARA 1UKPA 2CNCA 1UYQA 1H2JA 2G3IA 4D71A 4FLRA 3VIIA 3GXFA 1V0MA 1NWUA 1DWJM 1M04A 4GZIA 4PTXA 1MW0A 4V28A 1IV8A 4MAZA 5FIPA 3EDJA 1F4AA 2CERA 1JFXA 2QF8A 2V3DA 5A2AA 3K4DA 4GO9A 1UKQA 3UG4A 4PMRA 2WVSA 1OD0A 2RGMA 1WDQA 4JL2A 3ZT7A 1JZ5A 1KFWA 1B3ZA 3UETA 4A4AA 1JNEA 4ZXLA 3W0KA 2QPSA 2E4TA 1L8NA 1RP8A 1V08A 4WSJA 3WQ6A 4CD7A 1JZ2A 4LYRA 2VR4A 2W67A 1SMDA 2JNKA 2WWCA 3IJ8A 1J01A 3ZO9A 1GQLA 3PTQA 3NYDA 1KBKA 1TVNA 1U33A 3AI0A 2WSKA 4B3LA 2ZUMA 4BQ2A 2VCBA 1UWRA 4IUGA 2EXOA 3WH5A 3L4ZA 1VENA 4OUEA 4D6HA 3KL0A 3LPPA 4AZHA 4H41A 1BSIA 1UQZA 1E6PA 2ZUWA 1W32A 4BF7A 3QHOA 3BCFA 5E0CA 3WDIA 4AD5A 3MS8A 4B16A 1CGYA 2IXVA 4FLSA 4P7QA 2GDVA 4NF7A 2ZOXA 3VNYA 3APGA 1FP8A 1EGZA 3VU2A 1ISXA 1VEOA 1MVYA 2F8QA 2XM2A 5CQ1A 4YN5A 5I24A 2PWFA 3ARYA 3S6TA 1GONA 1BVNP 1M7XA 3PTMA 1KCKA 1PX3A 2YL6A 1R85A 4ATLA 3DECA 2XWEA 1SYTA 3VOCA 1ZL1A 4AY1A 5A8OA 2VTFA 4N42A 1UHVA 3AS0A 2A3CA 4E8DA 5ABFA 3WF2A 5I5RA 2YLLA 1C8XA 4FLQA 2VOTA 4V2XA 3NCOA 4H04A 3SCNA 1ZBKA 3DYPA 1PJ9A 3EMCA 2J7BA 3JUGA 4CU8A 1VB9A 1X6LA 5ABHA 1LG1A 1OCQA 2VURA 2D24A 2WC7A 1D2KA 1J0YA 3GZAA 4MB5A 1JAKA 3T0DA 7A3HA 5GQBA 4AXNA 1WZMA 2WM0A 2CETA 2BY1A 3GM8A 3VMNA 1EQCA 1UA7A 1KQZA 1J0IA 3WUEA 3VD9A 2VZUA 4Y7EA 1CZ1A 1PX8A 3AMGA 3CTTA 4MB3A 4BQ5A 3AMDA 1GHRA 2WBKA 2JEPA 2OSXA 4HOWA 1J12A 3UR7A 3FHQA 2X09A 1BYDA 1KCLA 3W6LA 2VQTA 4M80A 5IFPA 3ZT6A 1V3JA 3W25A 1CENA 2W63A 1PIGA 1OBAA 2E9MA 3EDKA 4Z2LA 1EOKA 2OWXA 4KRTA 3VX1A 2VZVA 3FAXA 2CBUA 2WVVA 2XFFA 4H8VA 4WJXA 4CN1A 3GDBA 4GZEA 2CESA 3KZSA 1UG6A 3WQ4A 3N18A 2CIPA 1IT0A 4JKKA 5GPRA 4BQ3A 3EDFA 4HA4A 5D4YA 2OSWA 1HJXA 4Z2HA 2IXUA 3VGFA 4LQ1A 3WNPA 4JHOA 1UWTA 2GFTA 3AS1A 4J7RA 5AY7A 5LYRA 5A2CA 5CPQA 3WQ8A 1J0KA 1FA2A 3VTRA 4HOZA 1P6WA 1NOFA 4V27A 3SCVA 1BYAA 4WKHA 1E40A 3AZRA 3CHFA 3SCQA 2G3NA 3MO4A 4ATWA 4GI8A 5GNZA 2BXYA 1K9TA 4JAWA 4P7OA 2VNCA 5EBAA 4FZOA 3GNPA 3NSMA 4Q7NA 1PEZA 2J4GA 3SIMA 2YKKA 3B8SA 3WEOA 1WAWA 1C3FA 1W2PA 5F7UA 1IZJA 1G94A 1H09A 2ZWYA 3CHEA 3CUFA 3SUTA 1QI4A 1J0HA 1DP0A 1H11A 4GI6A 1KBBA 4W88A 1QVBA 2UY3A 3BAJA 2VJXA 1W1VA 1MXDA 3T2OA 3N13A 3QR3A 4AZ5A 3VKKA 2WAGA 1E56A 3OZOA 1BFNA 5D9NA 3L4TA 4PMNA 1VIWA 4U31A 4GQRA 2EPNA 2A3HA 2C8NA 2W61A 5I23A 2YDSA 1ITXA 2GJXB 4UQDA 5A6LA 1B3YA 1LQ0A 1BAGA 1ZS2A 2BNJA 5CXPA 1V0KA 1B30A 3RMEA 1HVXA 4U2ZA 2DSVA 4AZ6A 2CBVA 2DSKA 4F66A 1EOMA 3BSHA 4JZ5A 1CPUA 3FW6A 4Z2GA 1QNRA 1HKKA 1XH1A 2Z1KA 1EHNA 4MNLA 2D1ZA 4AW7A 4CD5A 2WBGA 3ZT5A 1K9DA 1LL4A 3WMSA 4TUFA 5I6SA 1TZ7A 1LL7A 1OINA 1RD6A 1VF8A 3AS3A 4J3SA 4OJYA 1C92A 1TG7A 4ACZA 2JF6A 3BXWA 2XHYA 1FH7A 3AYSA 3GYCA 1TCMA 4PTMA 1W3LA 1EA9C 1QHOA 2BXZA 3UG3A 5HPCA 1WE5A 4M82A 5BRQA 2WCSA 5E09A 1VJZA 2O9RA 5A6SA 4MPKA 2XVNA 1W9UA 2NW0A 5A6AA 1CTNA 1JZ3A 1V3LA 3AZTA 3N12A 1W9VA 1SR0A 2XSBA 3W26A 3OGSA 5I78A 3VIOA 1HL8A 3UESA 2WSPA 1LJYA 4W93A 1D7FA 3WH8A 1VFOA 4E8CA 3BC9A 1W2VA 4AZIA 1QHZA 1QI0A 4HMCA 5DF0A 5LA2A 1N82A 4JCMA 4QLKA 1OT1A 2WZIA 2G8ZA 1OIFA 1ZBVA 1JAEA 3VNZA 2QMKA 5FL0A 4WSKA 4M8UA 5A69A 2XM1A 1J11A 1E71M 5HDRA 1UWQA 1US3A 2EPOA 3PZUA 1JIBA 3ARUA 5I77A 1EIBA 1BQCA 5E6YA 1WZKA 1W3JA 3ZJKA 1XYZA 1GW1A 3TA9A 1PZ3A 4MDOA 3ZR6A 5IHRA 2ZUUA 3AMKA 5CZKA 1HJSA 1MQPA 2GSJA 3K4AA 2UY5A 5A8PA 1ISWA 2X1IA 2V5DA 1LWJA 2DT1A 2ZUVA 5A6KA 3IAPA 6A3HA 4UZUA 3SUSA 4EE9A 4HZ7A 2ZUSA 1W3KA 4HMDA 2RGLA 3RJXA 3VVGA 1E5NA 4KGLA 3VIFA 2G41A 1FFQA 3AOFA 1X6NA 4W8LA 4W86A 1V3KA 4AZCB 5FOOA 3A4WA 4GO8A 1C93A 2EO7A 4UNIA 1HT6A 2AOSA 4H7VA 1OGBA 4TOQA 3WENA 1GUVA 5A6BA 2XVGA 1R86A 2DIJA 4RE2A 2J7EA 4LYPA 4C7GA 2WMIB 4NRSA 3UERA 2X8RA 4HA1A 3W53A 1Q6DA 2ZXQA 2V5CA 3B9AA 4OIFA 3LMYA 3MMWA 3WDRA 4AZBA 1LWHA 3HU7A 1FFRA 3G6LA 1E55A 1J10A 1J0ZA 9CGTA 2DT0A 1E4LA 3ARQA 1H4PA 1NH6A 5FKYA 3VGEA 4AYSA 2V3EA 4ATDA 1KGUA 1EO7A 4AEFA 3AHVA 1NWTA 2VX6A 4F8XA 1DWAM 4JFSA 1WPCA 3NDZA 4CKQA 3SUWA 2XTKA 4QCFA 1CXKA 2XVPA 4M24A 4NZCA 1EH9A 2GJRA 3W27A 3T09A 1ECEA 3K8KA 2YA1A 4JFTA 1CGTA 1DWIM 4W85A 1C91A 2EJ1A 2WMFA 3AMLA 1WP6A 5D9MA 2FHCA 4M81A 4TVDA 3CPUA 1JXJA 2ZX7A 1RPKA 2EEXA 2OYKA 3AZSA 4ZFMA 2X2YA 1MW2A 3L4UA 5CLTA 4OOZA 4U2YA 3FHAA 3WQWA 3ALFA 5A8MA 4AD3A 5I3DA 2OSYA 1W9PA 4R5EA 5A95A 4PBGA 2CHOA 3L4YA 1FHDA 1DHKA 3WNNA 3UG5A 2VX4A 3VGDA 5A2BA 3ARRA 1GQIA 1UR1A 3W29A 3ARZA 5CGMA 4FLOA 3ARPA 4U5IA 3CUIA 2J75A 2ZWZA 2V3GA 1XCWA 3WF3A 1UR0A 4E2OA 2DQXA 2J79A 3W38A 2XIIA 1ZJAA 2CBIA 2VT0A 3EMQA 2GUYA 1RH9A 3CZLA 4DUVA 1UD4A 1B31A 4MAVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CWY A;  3HPA A;  1FWH C;  1A5B A;  2Q09 A;  2W3Z A;  1TE1 A;  2WC4 A;  5A3H A;  3UCQ A;  2ONE A;  2E67 A;  2FH6 A;  1DYS A;  4X3Z A;  4HPH A;  5C9U A;  4EZO A;  3RG6 A;  3VNJ A;  1E9L A;  3LCH A;  1V5X A;  3LHU A;  3NQD A;  2EJA A;  3WLN A;  1GZJ A;  3TYA A;  5FAC A;  2QUL A;  3MV0 1;  2ZXB A;  1I8J A;  1FH9 A;  1BKH A;  1YBQ B;  1W31 A;  1JDD A;  2G3F A;  4GI9 A;  4EZP A;  2X1U A;  4WKA A;  3OK8 A;  1A53 A;  3SFW A;  4AVO A;  1ZAL A;  2VDG A;  4DJE A;  3WBE A;  2ZX8 A;  3P3B A;  3TOP A;  2INZ A;  3VX0 A;  1JZ8 A;  1A5O C;  1P43 A;  3ITX A;  4IIF A;  5EMK A;  1POK A;  2PTW A;  1E5J A;  1XH0 A;  2PPG A;  5G1M A;  2ISV A;  1B3X A;  2OZ8 A;  1TE6 A;  1W54 A;  5LIU X;  2PP1 A;  4ZE5 A;  4QNW A;  3V75 A;  3PZT A;  1OC6 A;  3ZOA A;  3T2P A;  4Z1Y A;  4UTI A;  4QM1 A;  2HIS A;  2X0Y A;  4O11 A;  1GJU A;  3DX5 A;  2QDE A;  4W87 A;  3L12 A;  4X0V A;  3W2J A;  2N3K A;  4N7Q A;  4LV4 A;  1WO2 A;  3F7J A;  1W0M A;  3TYZ A;  3DHP A;  1Q4N X;  3BMV A;  1HGY A;  3WD4 A;  3ZR5 A;  2GGJ A;  2WYH A;  1EYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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