2YLAA

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
419
structure length
416
Chain Sequence
GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDQYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPTNLSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 158
structure length 416
sequence length 419
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2ylaA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ylaA01
3AICA 1XCXA 2WCSA 1KGXA 2VZTA 3ZJ8A 1DWAM 4IISA 5M5DA 2ZXDA 3SURA 4ZENA 4AMCA 2WYSA 4AZ5A 2GSJA 3D3AA 2WM0A 4KH2A 2OYMA 4BZYA 1G5AA 4GZJA 2XHYA 4KMQA 4X0NA 3BLKA 1HP5A 2X05A 1W2PA 2V38A 3QHNA 5JUVA 1WP6A 3UR8A 2NT1A 3TTQA 4A4AA 2CIPA 1PPIA 3ZT6A 2G3MA 4D6HA 1UH4A 1OD0A 3BAIA 1R7AA 3THCA 2C0HA 3WELA 4CKQA 4D71A 2DT2A 1W91A 4EE9A 5A94A 3MMUA 3WMBA 2ZWZA 4D6DA 1JYNA 2J7HA 4UOJA 4TTUA 4XV0A 1NQ6A 3EDFA 4E8DA 3CGTA 1NOFA 4JKMA 1CXEA 3VTRA 3QHOA 5A69A 2Y5EA 4QAWA 3VKKA 1C90A 5LA2A 4ACZB 5D9PA 5CGMA 1TFVA 2EO7A 4K68A 1P6WA 4AZBA 4W89A 4GI9A 1VB9A 1GW1A 4AY1A 4M56A 3MUY1 5LA1A 2ZICA 4Z2HA 2VURA 2Q8XA 4UFHA 1JG9A 1IV8A 1R8LA 4JHZA 1FH8A 4U5IA 2WSKA 3W81A 1UD6A 1CGVA 1CXLA 2E9LA 1D3CA 1Q6DA 1J0YA 1DWFM 1V3LA 1OSEA 4DUVA 2WHMA 1WPCA 1ZB5A 3UR7A 1BSIA 2RGMA 1UWQA 1J11A 1E9LA 4WSKA 1JF6A 3KE0A 3CUGA 3VGEA 2QLYA 1EH9A 5EMYA 4AD3A 3N1AA 4P8UA 1EXPA 2W92A 5D4YA 3SUSA 3AOFA 5BROA 4MJ4A 3WNKA 3BMVA 2EPMX 5HBFA 4TX6A 2GDVA 3NDYA 1IT0A 1BG4A 1SYTA 1UR8A 4YN5A 3SCUA 1RD6A 5A6KA 1J0ZA 4Q7NA 2E9BA 5HPCA 2D3LA 4CU8A 2PF0A 3WF2A 4IPNB 1XH1A 2EQDA 4B3KA 5I77A 1VEMA 4E4PA 4HU8A 4TTGA 4W88A 4NI3A 1QNPA 4PTMA 1W9VA 4WLCA 4HOWA 4PMDA 1BGAA 2VTFA 3WH6A 4D6IA 1OIFA 1OGBA 3EMCA 2PC8A 1MFVA 4MAVA 3WEMA 2A3CA 3CMJA 5I3DA 2XG9A 4AZ6A 1A47A 1JAKA 2FH6A 4E8CA 2QPUA 4J28A 2DSVA 4TVCA 1CTNA 2WVUA 4HU0A 1KGWA 2WCAA 1W9UA 2OLHA 1ODZA 3T2QA 2WMIB 1HKIA 2GUYA 5E6YA 1EHAA 3ALFA 1LJYA 3WQWA 3ZO9A 3W28A 4CU7A 3FY1A 3A4XA 1CYGA 1E0XA 2Y2WA 2XSAA 1GORA 3T09A 1XD0A 4N42A 1BHGA 1EDGA 2J8GA 5CLTA 2XM1A 1E6NA 4IUGA 5A2BA 1KWGA 3MS8A 1GVIA 5I79A 2WVTA 2X2YA 2XFFA 1HJQA 1EQPA 5I78A 3IJ9A 2XTKA 4Z2JA 3NSXA 2J77A 1W3HA 3RO8A 3ZR5A 2IXVA 3CUIA 2WHJA 1QNOA 1UZ4A 3ZR6A 2O9OA 1WAWA 4H8VA 3VMNA 3WDPP 4JFVA 5F7UA 4C7FA 1C7TA 3WQ4A 3WENA 2WKGA 2ZXBA 3AIEA 1QHZA 1CENA 2J79A 4UQAA 2OWXA 1XH0A 4RE4A 4DWSB 4P7QA 1E6SM 1UA7A 5JBFA 1BYDA 4AEEA 2OSXA 2J7CA 3KWXA 2CYGA 1MWOA 1OB0A 3VX1A 4DWSC 3MV11 1JZ2A 1H5VA 1KXVA 3RM9A 5GNZA 3L4UA 4CN1A 1GZJA 2C7FA 4P7OA 1UKPA 3AMCA 4LGXA 1E0VA 2VVNA 2UY5A 2BVYA 2YBTA 4CCCA 3I3DA 2XFYA 1V3JA 2OZNB 3AZTA 3L4TA 1PEZA 2WANA 2WMFA 2D23A 5DF0A 5HPOA 2WMGA 1N82A 5CG0A 9CGTA 3EDEA 1MYRA 4AYSA 2ZUWA 2VX6A 4N0RA 4UQBA 2DSKA 3WQ6A 1E71M 1JYVA 1G9HA 2DH3A 4M29A 2BY1A 3IAPA 1WZAA 5KEZA 4J27A 4YPJA 4JHOA 3SCOA 3ALGA 5IXEA 1OT2A 5ABFB 3BCFA 3BSGA 1WDSA 4WK9A 4LQ1A 3ZJ6A 4PMUA 1BYBA 3RM8A 1KXHA 4W93A 5CSYA 3WDIA 2BY0A 4JAWA 3GTNA 1L8NA 5FCZA 3GYCA 3DYMA 1ESWA 3ARWA 4HZ7A 4J3VA 1C8XA 2WWCA 1TG7A 5CPQA 1KB3A 2XVPA 1JDCA 1VF8A 4ZE4A 3AS0A 2XVKA 4WKFA 1MQRA 2WNWA 4QLKA 1V02A 5A1AA 1QI3A 1PX8A 3B9EA 2WSPA 1JL8A 2A3HA 3KL0A 5FIPA 2VOTA 1E6QM 2E4TA 1GJUA 5EB8A 3BAYA 1C8YA 2PI6A 4LYQA 3GDBA 5EFDA 2VL4A 2BXZA 1K9EA 2D24A 2J8FA 1QI5A 1CGWA 2HVMA 1UQZA 4CD5A 1V6XA 1NP0A 3TTOA 1WE5A 2X1IA 1ITCA 4XZBA 3WUFA 1V3HA 1WKYA 3HMCA 2ZX9A 3WBAA 4B3LA 2J7FA 3A4WA 4WKAA 3ZOAA 2WC7A 1F4AA 1PX4A 4UFLA 3WEOA 4UQDA 4BCEA 4AZIA 4OIFA 3CO4A 2Y24A 4OBRA 4A3HA 3THDA 1ODUA 5E0CA 3UG5A 2VCBA 3APGA 2IUZA 4LYPA 1FOBA 3E1F1 1U30A 1GQLA 2EPLX 4PTXA 5A6JA 5ABHA 2QV4A 1K6AA 2F61A 1NWUA 4ATDA 1QBAA 3RJXA 2WHKA 1CGXA 1U33A 1EDTA 2VC9A 1JDAA 3BH4A 1O6IA 3SCNA 5FOOA 4WJXA 3VNYA 3WNMA 1VFMA 3CIVA 1BPLB 5BRPA 1MQPA 2YIHA 3EDDA 1CWYA 3MMDA 1XSIA 3WNLA 1KBKA 1J18A 4D6CA 3UETA 1LWHA 3AS2A 1GQIA 2WC3A 4UOZA 3BXWA 4MTVA 3VGDA 1GOIA 1JD9A 3VIOA 2WBGA 1CXIA 2GJXA 3BAKA 4MJ2A 3SCWA 4LX4A 1KR0A 3CLWA 3F5JA 3WH9A 3PZIA 4WSJA 1C3FA 3ARPA 5AYIA 3WIJA 4Z2IA 1VBRA 1OWQA 1NOUA 4MB1A 2CHNA 1ECEA 2AMGA 1BGGA 1B31A 1WO2A 3POCA 1B3WA 2G8ZA 2X8RA 3W38A 3ZT7A 1JDDA 3TOPA 3W29A 5CQ1A 4NZCA 4DWSA 1UG6A 4M82A 2J62A 3WDHA 4IPLA 2BY2A 4D6GA 1PZ3A 3U7VA 1KR1A 2CXGA 3ARSA 1V0NA 3ARVA 3BAXA 4FZOA 1NP2A 1UWRA 1BYAA 3JUGA 1G1YA 4JFSA 3N13A 3N15A 3WEZA 2CBVA 4J7RA 2GJPA 5CJ5A 1CZ1A 1KQYA 2OYKA 3MU7A 3AI0A 1OIMA 5BCAA 2ZUVA 3GXMA 4H8HA 2WVSA 3WSUA 1MW3A 3CHCA 1XH2A 2WCGA 2DEPA 4AC1X 5FD0A 2ZWYA 4UFMA 2J7BA 3VM7A 3WD2A 1V6UA 4B16A 2C8NA 1B3XA 2W91A 1UWIA 3WDRA 4HPGA 3QHMA 3VGFA 1UD5A 1DWIM 4D6JA 4DM1A 3OA5A 1VIWA 2XUCA 3N11A 3T2OA 4D6FA 4EAMA 1DWGM 1EOKA 1K9TA 1J01A 1CLXA 3L2LA 3WUBA 4GQQA 4ML4A 3RJYA 2BV9A 3AMDA 4UZSA 2A3AA 5IFTA 1GCYA 5ABEA 1EHNA 2B31A 4URIA 1TUXA 5ABFA 4MAZA 3GH7A 4UFIA 1G01A 4GIAA 3PTQA 1ISWA 4TX8A 3F4VA 2BXYA 3VIFA 4UNIA 1B3ZA 3GH4A 1GQKA 1JFXA 1EOMA 2FHFA 1RPKA 3CUFA 1C91A 2VQTA 4CD4A 3OGVA 3BAWA 3VD7A 1JXJA 2G3IA 6A3HA 1J0KA 4M1RA 2QF8A 2D22A 4UR9A 1GONA 3N04A 3WDJA 1MQQA 1BTCA 2CNCA 3CTTA 2CBIA 4ACYA 3M46A 3VMPA 5JBDA 5I6SA 1H11A 1WB0A 4RE3A 3T0AA 3ZMRA 5I0DA 4U3AA 3A6OA 4J3WA 1ZU8A 5CSUA 4Q22A 5DT5A 2YKKA 1CXHA 3I3EA 5D8WA 4J3XA 4PYSA 4HMDA 4GKLA 1TMQA 4ZFMA 1UWUA 5CPTA 1GPFA 2ZE0A 1JXKA 3AJ7A 1FH7A 1FP9A 4C7DA 4M24A 1PJ9A 2WLYA 3G6LA 3AFBA 3FNDA 1OINA 4BQ2A 3M07A 4AWEA 3KEHA 4GO9A 3RILA 1TR1A 3WH7A 3WQ5A 3W26A 3UESA 3CHDA 2WWDA 3W25A 2YLAA 4U2ZA 1BFNA 2XIIA 5IHSA 4UFJA 4MPKA 3WF0A 2V5DA 3OLGA 1ZBCA 2A3EA 2V3GA 3OIHA 4J3SA 3N12A 3OLEA 3PTMA 4JFTA 1CNVA 2WMJA 3F5LA 3WF1A 4D6EA 2EPKX 4QDMA 1JYWA 1H3GA 4PMNA 1W9DM 4H8UA 1X6LA 2QHAA 1S46A 3BGAA 5A6BD 1QI4A 3PN8A 1Q6FA 5A6AA 4BS0A 1UD2A 3ZJ7A 5BRQA 2J4GA 3PZMA 2XGBA 4S3KA 5JIWA 3GZAA 4U2YA 4W85A 2O92A 5AY7A 4W86A 4BQ5A 3K8MA 4JFWA 4CUCA 4Z2KA 4CN6A 1MW2A 2W66A 4GINA 5I2UA 2W61A 1QBBA 4HMEA 1BG9A 3EDKA 4PCTA 3PHAA 4AXNA 3VX0A 1W1VA 1KCKA 3CUHA 1MW1A 1V0KA 3RDKA 3RMEA 1H49A 2BHUA 4V28A 1W1YA 2JFEX 4S3JA 1NOWA 5HDRA 2ZX7A 3VNZA 2VMFA 2BVTA 1XD1A 1CXFA 4F8XA 3ARQA 2VUYA 3WFZA 1WZMA 3W6MA 4B9YA 2VRKA 3B9DA 3AXXA 4LYRA 2BFGA 3AS1A 4ZXLA 2E8ZA 3BCDA 1UKTA 3RIKA 2QMJA 1G94A 1ISYA 1JD7A 3AIBA 4KRUA 1MVYA 3K4AA 1CLVA 8A3HA 1K9FA 2NSXA 3PZGA 1ZJAA 4FLRA 3WL0A 4AW7A 1J0IA 5HXMA 4TOQA 3UERA 1E3ZA 1WZKA 4XZWA 1HN1A 3LPFA 2GJXB 2HISA 3EMZA 1UWSA 3W27A 2MANA 3FW6A 2V3DA 1FFRA 1UH3A 5DO8A 3HN3A 3OLIA 4QCFA 2F8QA 1UD8A 1GQJA 3NJ3A 5GNYA 4UOQA 2CESA 1GOMA 2VZSA 5BXSA 1J0JA 3ECQA 3FAWA 1UR9A 1J0HA 2DSZA 3L2MA 1BF2A 2YJQA 3AYSA 2EJ1A 2CKRA 1W3KA 1WZLA 5ABGA 3K8LA 5AC5A 2YA2A 4BQ3A 1ZBKA 3CZLA 3MMWA 2EPOA 3AHYA 1ZL1A 1HKJA 1JZ7A 4HA4A 3W0KA 1SMAA 1M04A 1AQMA 3PBGA 1CGTA 2YL9A 1RP9A 2DT0A 1C92A 1LQ0A 1QNRA 5DEZA 4HP5A 3OZOA 1QHPA 3VINA 4MB3A 3LMYA 5LA0A 4JFUA 1CGUA 1B3YA 2PWGA 4JKKA 1XYFA 1OGGA 4ZEPA 2YL8A 4LXFA 3PZVA 4FK9A 2NT0A 1HL8A 1HX0A 2DQXA 2GK1A 2VR4A 2AAAA 1OD8A 1PZ2A 4B15A 7TAAA 4GI8A 2A3BA 3ARRA 3W4RA 3FHQA 3WNPA 3N18A 3ZIZA 3GNRA 4Z2LA 3AXIA 2ZXQA 4HZ6A 3VIIA 4PMQA 5ECUA 1VAHA 3U7BA 3VGHA 5A6LA 4FMVA 1NWSA 1JFHA 2VRQA 5KZ6A 4YHEA 2ZUUA 4QCEA 3VD5A 4PUEA 2O9TA 4KGJA 3BMWA 3WFLA 5A8MA 3MANA 1O7AA 1V0LA 4U3CA 1FHDA 4H2CA 4XB3A 3B8SA 1Y7VA 5AYBA 7CGTA 2G3JA 1U2YA 2CHOA 3VD3A 2XYLA 2RGLA 2ZX6A 3AISA 1OM0A 3PTKA 2VZUA 1BQCA 1UR2A 2YDSA 3W24A 1J10A 1UR0A 1E55A 1HL9A 1ZS2A 4AISA 3MSGA 1UR4A 2G4FA 1R87A 2QPSA 2BY3A 1AQHA 3ARUA 4IM4A 4U5KA 2ESCA 1Q4NX 2FGLA 2VT0A 1J12A 4EANA 1NWRA 1H0GA 2FDMA 2OO2A 1QW8A 1UD3A 1V03A 3VD9A 1QOXA 3K1DA 4CD6A 4W7UA 2X0HA 1B30A 1M53A 1E6ZA 2WAGA 3A4AA 4W5UA 4GXPA 1W1TA 2CKSA 1BVZA 4X0VA 2J25A 2V3EA 4KGLA 1YHTA 5D8ZA 5LYRA 3HJEA 4P7RA 1CPUA 1US2A 1CDGA 1VEOA 2JE8A 3ARXA 3WL1A 1UOKA 2CETA 1DHKA 1LL4A 4CCEA 2GVYA 3WY1A 3AIQA 4PMZA 2PB1A 1C7SA 3UCQA 3SCTA 2BHYA 3WQVA 2PWFA 1XRVA 3F5KA 2XVLA 4F9DA 4B9ZA 3VVGA 4PBGA 1R86A 4F66A 5EFFA 1QHOA 4FZPA 2D20A 1J9YA 1UUQA 3QOMA 1LG2A 1KWKA 4PMYA 3A3HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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