2YLL | Genus

Total Genus 175

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	175
sequence length	436
structure length	436
Chain Sequence	AMNEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__612627992343375__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__612627992343375__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2YLL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__612627992343375__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"612627992343375","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2YLL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__612627992343375__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe109d8a85c4c507e8323a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe109d8a85c4c507e8323a/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	175
structure length	436
sequence length	436
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	2yllA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2yllA01

3ARSA 3GH5A 3AQUA 2WW5A 1GNXA 2O92A 3OGRA 1V02A 4P7OA 3PZGA 2UY4A 5HDRA 3GBEA 4S3KA 4MNJA 3VO0A 1Q6FA 4YHEA 2Z1KA 2V5DA 1WZAA 3WSUA 1E6XM 4LX4A 3SUUA 2G8ZA 3WUBA 3VMNA 2ZWZA 4U3AA 4NZCA 1JAKA 2X8RA 2XGBA 3ZQ9A 1UR1A 4FK9A 4UFHA 1HKKA 1R86A 4E8DA 2PWEA 3BAWA 1JIBA 4AD1A 3WH6A 2E9LA 3ARXA 1MQRA 1VJSA 2C7FA 5A6AA 1H09A 2PI6A 1KQZA 2YL5A 2YLAA 2XGIA 2VCBA 5GPRA 1JZ2A 3BMVA 4D6JA 1E71M 2YDQA 3WNKA 1VEMA 2BV9A 5CPSA 1EHNA 5ABHA 2NSXA 3MO4A 4J3UA 3BAJA 5ABGA 1I1XA 2WYSA 1WE5A 3L4YA 4PMNA 1VF8A 1J11A 4EE9A 3ARUA 2PWGA 1KWKA 4XX6A 3TTOA 1V3MA 4DUVA 4W84A 3VIKA 4MADA 3CIVA 1M03A 4ZENA 3MUY1 1PX3A 2XVKA 4W88A 4HA1A 4F79A 2EJ1A 1JL8A 1XH0A 5C70A 1YHTA 2YA2A 1HVXA 1FFQA 2HVMA 5D9MA 1QI2A 1V3IA 2XUCA 3FY1A 4DM1A 1JDDA 4ATLA 1V08A 4MJ4A 2WB5A 5E0CA 5A2AA 4OZOA 4UOJA 1WDRA 3VIPA 4HZ8A 3AFBA 2E9BA 3AIWA 1QW9A 3VDCA 1RP8A 4U2YA 3OGSA 4M24A 3VGEA 1JYVA 1JI1A 2BY1A 4GPNA 3GXIA 3T2QA 5A6JA 2WKLA 3L4ZA 7A3HA 4BF7A 3A6OA 3WMBA 2VVNA 5HXMA 2VQTA 1GZJA 1CIUA 4JFVA 1ISWA 4JCMA 2G3IA 4AZBA 2GSJA 3RM4A 3OLGA 3BAKA 3AISA 2DSKA 1TG7A 2J78A 3ARWA 2BY3A 3W24A 3UG5A 1UD3A 3NCOA 3OG2A 4FLRA 1EOMA 1SMDA 2EPLX 4MDPA 3AMCA 3CUGA 2FHCA 2BXZA 2XWEA 2C0HA 1MW0A 2W63A 3MU7A 3L4VA 4FLOA 4F9JA 3S6TA 4CCEA 2XM1A 1WO2A 4RL3A 3WQVA 1XYFA 1C3FA 3WY1A 3W38A 4MNMA 1SFSA 4U5KA 4JHZA 4FZOA 3AZSA 1C7SA 3TTYA 3WFLA 2VZVA 1JXJA 1RD6A 3UCQA 4JL2A 3CO4A 5LA1A 2WC3A 1V6XA 3IK2A 1W91A 3MSGA 4J3VA 1H5VA 1HJWA 5E6YA 3LPGA 3UERA 1VRXA 3BCDA 3KWXA 3AMGA 3WQ6A 3N9KA 4LXFA 4TVCA 1DTUA 2XVNA 3AHYA 4ATWA 1OD0A 5BXRA 1E6RA 3SCTA 5FOOA 3RIKA 2EXOA 2EBNA 2DIJA 1EOKA 1CXEA 5F7UA 3VD7A 3ZO9A 2QPSA 5E09A 1KCKA 4A4AA 4W93A 4QCEA 1Y7VA 1V0MA 5D9PA 2VRKA 1EXPA 4OUEA 4AEEA 2E9MA 3SCPA 1W3LA 1UKQA 5LYRA 2XG9A 4HTYA 3WD4A 4RE4A 2Y8KA 5I0DA 3WMSA 1H49A 2EEXA 4IM4A 4HOWA 1NWUA 2EPKX 3N17A 4RE3A 3QR3A 4W87A 4QFUA 1UR4A 4B9ZA 3HN3A 1E56A 4UFKA 3RMEA 4JAWA 2CNCA 2WLZA 5CPQA 3WNPA 5BXSA 2ZUWA 3GBDA 3KL3A 2VX6A 4W86A 1CDGA 3ARRA 1VENA 1XSIA 4NRRA 2GVYA 3EMZA 1B3WA 4UZSA 3ZM8A 3PZNA 1EHAA 4C7DA 5A8MA 3PHAA 3LMYA 2DT1A 3WF2A 2G4FA 3ARVA 4U33A 4JZ5A 4UQEA 4ACZA 3WMCA 1O7AA 3MV11 1DWAM 3GNPA 3W4RA 3SURA 2WAGA 1MW3A 1ZJAA 4K68A 1NQ6A 5I24A 2AOSA 3CGTA 1UR2A 1LWHA 3VMPA 1HKMA 3AHXA 2XPKA 1LL4A 1KCLA 4OOZA 5CSYA 3GXDA 1M7XA 4ACZB 2BXYA 1HJUA 2FGZA 4DWSC 4D1IA 2WVVA 3AHVA 1WNOA 1FH9A 1DWHM 2V3DA 1JZ5A 2J77A 3L4XA 5A2BA 4AZCB 5KEZA 2YDSA 5DEZA 2XFFA 4AYSA 4M29A 3WQ8A 4ML4A 3UESA 4HMCA 4CD5A 2JEQA 4E2OA 1Q6CA 2WHLA 2WHMA 3I3BA 1NWSA 1E6SM 1UD2A 1F4HA 4UOZA 4PTXA 1GQLA 1JNDA 3O9NA 8A3HA 3GDBA 3WDPP 3GYCA 1EIBA 1GJWA 2CBJA 3F5KA 1XD1A 3IANA 2Z1SA 1E6PA 1WDQA 4PSPA 1KB3A 1WPCA 1EH9A 4M8UA 3AHZA 5BROA 3M6DA 1OIFA 2GK1B 3D3AA 1D2KA 1M53A 2WMGA 3WF3A 1GUVA 3BLPX 5AYBA 2DSWA 3AS3A 2VI0A 3RM8A 4HPHA 1B3YA 4UQAA 4H8UA 4Q7NA 5I3DA 5C71A 2OSXA 3VM5A 3HMCA 3A4AA 2X0HA 1OD8A 3VIHA 1ZBWA 2BHYA 2E8ZA 1J0YA 5BRQA 4PMYA 1CNVA 1BHGA 3WN6A 1M04A 3VD9A 1CGXA 2D20A 4M80A 1WKYA 1QNSA 3KEHA 3F5JA 1LQ0A 1E73M 5E0FA 3BAIA 1TCMA 1V3LA 2PF0A 1US2A 3M46A 3ARQA 1N82A 3I3EA 1UKPA 5HBFA 1J18A 5IHRA 3CUFA 1E40A 4URIA 3N13A 2CYGA 4D6IA 1FHLA 1I1WA 1OWQA 1CXFA 1V3KA 3CLWA 3VGFA 4H8HA 3AMDA 2VNCA 1LG1A 5I5RA 4AIEA 2IUZA 4XV0A 3A4XA 2AAAA 3O2LA 3WUEA 1RPKA 1H3GA 2QMKA 5EB8A 1P6WA 2WCAA 1UA3A 4D72A 4MDOA 2WZIA 3VD4A 4KRUA 4TTGA 1BGGA 2YA1A 1CECA 2J7CA 3M07A 3AS2A 1GW1A 4NI3A 4WK9A 1C8QA 3W26A 2CERA 1W9VA 4H8VA 1R8LA 3WUFA 2E8YA 1C8YA 3ZT5A 4MAZA 4D6HA 3B8SA 3WELA 1WDSA 1PPIA 5A8PA 1FP8A 1EO5A 2EPNA 2GJPA 2O9RA 2YDRA 4P8WA 2WC4A 3CZKA 4ZFMA 1MW2A 4GIAA 1OT2A 3NDZA 3CZLA 1XC6A 1WZKA 4W89A 2EO7A 3DC0A 1WAWA 2WHKA 1XSJA 3DECA 3CUJA 3RJYA 2WZHA 3BAXA 4PMQA 4AISA 1JZ8A 1JZ4A 1W1VA 5DF0A 3VNZA 3BMWA 2DPEA 2VC9A 3PZIA 5GNXA 3VTRA 1TMQA 1MFUA 4BCEA 2D22A 2WVSA 2DIEA 2UY3A 3QOKA 3GZAA 4CKQA 5M3WA 2VUYA 1JDCA 5M5DA 3ZR5A 4P8UA 3OIHA 1ISZA 1PJ9A 4V28A 1BVZA 4D6DA 1WDPA 1W2VA 4W7UA 4BS0A 4B16A 2OWWA 2J47A 3W0KA 1FH8A 2ZUNA 1W1YA 2XJ7A 1OGSA 4QAWA 9CGTA 4PTMA 3ZJKA 2CESA 3VX0A 3BSGA 1JI2A 4CGTA 3WL1A 3SCSA 2ZICA 1ZU8A 1QBAA 4DWSB 3ALFA 1CGWA 2VZUA 1E6ZA 1HJQA 3UR8A 4HZ7A 2PMRA 4AD3A 1HF6A 2OYMA 4N0RA 1LF1A 1XV8A 3WNNA 2CKSA 1OSEA 1NWTA 1KR1A 5DO8A 2ZUSA 3FNDA 2FHFA 3WEOA 1UWRA 3THDA 5JIPA 2YIHA 4AD5A 1JFXA 3W27A 3POCA 6TAAA 3MV01 1W3HA 4H2CA 1CWYA 2PWHA 3VDHA 1J10A 1JNEA 5DT7A 4JFWA 2QHAA 1V03A 3OB8A 5BXPA 4MB1A 4EANA 4E4PA 4ATDA 5A8QA 1OT1A 1TVPA 5D4YA 3W82A 3WDQA 1KGXA 1IV8A 1XH1A 5CZKA 1UUQA 1J12A 2ZX8A 4X9YA 2DSVA 2W62A 3SCQA 2VX7A 2X0YA 1M01A 2A3HA 3TOPA 2RGLA 1PX8A 2BY0A 3WNMA 1V3HA 3AIEA 3ZIZA 2VZOA 2PWDA 8CGTA 4AZIA 4D1JA 2IXVA 3HJEA 4XZWA 3FAXA 3TA9A 3ZSTA 3IAPA 2QLYA 3W6MA 4J27A 4XB3A 1L0PA 2WKGA 4YN5A 4BQ4A 4V27A 1E6NA 1G9HA 1UD4A 2VCCA 3WBAA 2CITA 2J4GA 2VOTA 5IFTA 1HXJA 3EDDA 2ZWYA 1C90A 1FHDA 2YLLA 5EFFA 3QHOA 4LQ1A 2WBKA 3AHTA 4JIEA 4H7VA 2F2HA 1Q6EA 5JBFA 1BYBA 1E72M 2OLHA 1IZKA 1GONA 1LWJA 1PZ3A 5IHSA 2WCGA 5FL1A 3AI0A 3BC9A 4L4PA 2VR4A 4PMUA 3IJ8A 3VIJA 3AXIA 4CD7A 3A3HA 4WKAA 2W66A 4PUEA 3WNLA 3AIBA 1E3XA 4QP0A 1ISXA 2XWDA 4WJXA 1KBBA 4AZ7A 2FGLA 3WFZA 2WMFA 4QLLA 5A6BD 3VM7A 3LPOA 4IISA 3SCWA 4Y7EA 3SCOA 1VAHA 4J3SA 5A8NA 2E4TA 1GOWA 4W5ZA 2G3MA 1A3HA 4AD0A 2WMJA 3AJ7A 2ZUUA 2J62A 1DEDA 1KR0A 1U33A 1HJVA 1NH6A 1AQMA 5CQ1A 1DWGM 4BZYA 1GJUA 3AXXA 3D5HA 1UR9A 1B31A 2CIPA 5A94A 1E4MM 2CHNA 1VFFA 3W29A 3W53A 4J3XA 1QI4A 2XFYA 1L8NA 1VFUA 1K9DA 5I78A 3U5YA 4AZ6A 1HL8A 5CGTA 5DMYA 1W3JA 4JFSA 1X6LA 2WZEA 3AIQA 5HOSA 4KMQA 1CENA 4WLCA 4JFUA 2DEPA 4CVUA 4PYSA 3ARYA 4AC1X 3CZJA 1R7OA 2D1ZA 3W37A 2DH3A 5TD4A 4B3KA 1OM0A 3ECQA 4OBRA 3K8MA 3DHPA 1BPLB 3VOCA 1MW1A 3F5LA 3WF4A 3PZMA 2HISA 5EMYA 2A3EA 1PAMA 4F8XA 1B3XA 1H1NA 4LYRA 3WUGA 2X1IA 3PZOA 1GOKA 1B3ZA 3UETA 3ARPA 1LLOA 2WWDA 3KL5A 2FDMA 4C7GA 1KBKA 3CZEA 5JBEA 5EFDA 4JKLA 1E6QM 3BLKA 3WF0A 3CMJA 3SCVA 2FHBA 1H0GA 1BYCA 3G6MA 3PTQA 1JD7A 4TVDA 3NSXA 1GPFA 5C8BB 1JF6A 5D8ZA 4EAMA 1QHZA 2O9TA 5D8WA 3W28A 1JFHA 1E4NA 4ACYA 1EDTA 2BY2A 2Q8XA 1RP9A 4UFJA 5A95A 1PX4A 1GHSA 1OGGA 3ARZA 4W7VA 1GQKA 4PTWA 1V0LA 4A3YA 2DQXA 3N15A 1DWJM 1XRVA 4IUGA 1UH3A 1J0JA 3T0AA 1CBGA 1OGBA 3B9AA 2ZX9A 1OIMA 1GORA 3RCNA 4LYPA 4CN6A 1E0WA 2XVPA 4CVWA 1Q6GA 2VJXA 1ZBCA 2YL9A 3S2CA 3MANA 3WL0A 3EDJA 2OO2A 1NOUA 1J0KA 2W67A 1CXLA 2OYLA 3ARTA 4QCFA 3K4AA 3AIUA 2CBUA 3OZOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KE0 A;  3Q0K A;  3FEQ A;  4HP5 A;  2PDN A;  3QST A;  1GOI A;  3B9N A;  4PBF A;  3GTN A;  1CPU A;  2NUX A;  1FQ0 A;  4QLK A;  2J9Z A;  3NQC A;  3SUS A;  4IWO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2YLLA

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