2YLLA

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
436
structure length
436
Chain Sequence
AMNEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 175
structure length 436
sequence length 436
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yllA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yllA01
1CECA 1CDGA 3BAJA 1CTNA 1B1YA 2BHUA 1PZ2A 5LA2A 2J4GA 3AHXA 4JFTA 5BXRA 1E0WA 2G3JA 2UWFA 3QGVA 3OIHA 6TAAA 2ZX8A 1UHVA 1TA3A 1Z32X 3ZJ6A 5FCZA 3VX0A 1BSIA 3ZR5A 2XIBA 1G0CA 3OZOA 1P6WA 2YIHA 2ZICA 5HOSA 1EXPA 1KFWA 4HA1A 1WDPA 2Y5EA 4AD5A 4E2OA 1C93A 3IANA 2OYLA 3ZQ9A 3GH5A 2QPUA 2C8NA 4BCEA 5FIPA 1H11A 4OBRA 5GNXA 1ZBVA 3WNPA 1VFFA 2ZXAA 2QMJA 1UR2A 3WBEA 3WUGA 2QHAA 1E4NA 4D6GA 2PMRA 4Z2JA 3MUY1 2O9PA 1E3XA 1OGSA 3LPOA 4P7QA 1CNVA 2W91A 3CMGA 4AMCA 4JFUA 1OD8A 1HJWA 4YPJA 2XFYA 1E6SM 3VPLA 4B9YA 2Z1KA 3NDYA 3W27A 1ISVA 5BXSA 4CU7A 7CGTA 1FA2A 2O92A 3AROA 3AMDA 4GZIA 2VT0A 3GNOA 4E4PA 3AZRA 2WVSA 1V6XA 2XVNA 5I23A 3AXIA 1KQYA 2WVUA 1UD8A 2WW5A 2J75A 1I1WA 3T0AA 3AMCA 4UTFA 2DQXA 1IV8A 3VIFA 4YHEA 1B90A 5A6JA 5CXPA 3KL5A 1E6RA 1J18A 5E0FA 5CG0A 3BGAA 4A3YA 3VO0A 1JXKA 2X05A 3BAXA 3FNDA 2VX6A 3SUWA 3U57A 2EPNA 3W28A 4DM1A 3O9NA 4HPGA 3LPGA 3PTMA 1XH1A 2J77A 3PHAA 1NQ6A 3IAQA 5A1AA 2PBGA 2JEQA 2GJXA 1HT6A 4PN2A 1ZS2A 4UQEA 4PMYA 2CHNA 1W1VA 2QF8A 3AS1A 4H8UA 1FP8A 2J7DA 4FZPA 5BRPA 2BS9A 2VJXA 1QI5A 3POCA 4DUWA 3CIVA 3I3EA 1B30A 4H41A 3GNRA 5I6SA 1AVAA 2JIEA 3W24A 3VIGA 4W86A 2Y24A 2UY4A 2XVKA 3GDBA 2BV9A 1L0PA 3VIPA 4ACZB 2UY2A 1ZB5A 1KXTA 1OBAA 3MV11 4ZXLA 5ABFA 1WB0A 3O6AA 1TFVA 1GOQA 4WKAA 3EDDA 5TD4A 1UQYA 5D9PA 5FD0A 5BRQA 3WNLA 1M03A 1UG6A 1FHLA 4JCLA 5AYIA 1WPCA 2DGAA 1E72M 2EBNA 2QV4A 2XG9A 4ATLA 1AQ0A 1KWKA 1RPKA 3WL1A 1NP0A 3SUTA 5KZ6A 4NZCA 1GUVA 4GQQA 3OZPA 2VO5A 2YA1A 1VF8A 2VOTA 3B9DA 4IPNB 4UZUA 2V3DA 4XZBA 4LGXA 3BH4A 1UQZA 2G8ZA 1AMYA 1NH6A 2YKKA 3AHYA 2DH3A 4CVUA 1VEPA 3RO8A 1WDRA 4JL1A 3K4DA 4QCEA 3AYSA 1ESWA 4XV0A 3VU2A 3AMLA 1V6UA 3O2LA 3NUKA 4UQDA 1CYGA 1JZ2A 3L4VA 4EKJA 1BPLB 5E9AA 2VURA 2BY2A 1B31A 4Q7NA 3WMCA 1CGWA 1J0YA 1HKJA 3WF3A 2YLAA 1U2YA 2A3HA 4PYSA 3TONA 3W38A 3LPFA 1EOMA 4Z2LA 1UA7A 2J7EA 1J0JA 4H8HA 4PMXA 1D7FA 4J3TA 1GOMA 4P8XA 4HOZA 2WMIB 4W7VA 1F4AA 3W6LA 1UR4A 3GXMA 2VCCA 2WB5A 4LYPA 4WF7A 4D6DA 3WQWA 2GUYA 2HVMA 1MFVA 1WZLA 1FFQA 1WP6A 2XPKA 1ZU8A 3OLEA 2JIWA 1DWGM 2BVTA 3QHOA 4MJ2A 2VX5A 4TTUA 4Q22A 2WMFA 3DHPA 5BWFA 3VIHA 3BAWA 3D3AA 1R85A 4RE4A 3GYCA 3BAIA 3FAWA 3AI0A 1G01A 4MB4A 3G6LA 3RCNA 4M56A 2VZVA 1K9EA 2E4TA 4CD5A 3D5HA 1W1TA 2D22A 3K46A 5I0DA 4F9DA 5A6LA 1D3CA 1KR0A 1W2PA 4W87A 1OGBA 3WSUA 4P8WA 3NYDA 3BLPX 1W1YA 1E4MM 1W3LA 1YQ2A 4MAZA 1AQHA 1DWHM 5JBDA 2JF6A 1TUXA 1H49A 5EB8A 3ARTA 3CTTA 1G5AA 4AZ5A 1EGZA 2J7BA 1HP5A 2EPKX 1OT2A 3UR8A 5E6ZA 2ZIDA 3T0DA 2E0PA 1QW9A 1DWIM 1US2A 3ARSA 2XTKA 3HMCA 1PBGA 2BHYA 2JALA 3EDJA 1D2KA 3NSNA 3AIVA 1BYCA 1LL6A 2VI0A 1E6PA 1OWQA 1GQJA 4AZIA 2YL9A 4H7VA 1XV8A 5E09A 2DIJA 4QLKA 8A3HA 4U5KA 5AY7A 2ZX9A 3IK2A 2EJ1A 3TTYA 6A3HA 5JIWA 2A3BA 1A3HA 1H3GA 2QLYA 2ZUUA 2G3MA 1U33A 2CHOA 4CCDA 3DYMA 4GO8A 2MANA 3CUIA 2WLYA 1OINA 1J10A 3VD3A 2E9MA 2VZSA 1XGZA 5E70A 2FH6A 1UKQA 2ZOXA 4OJYA 4PMUA 3VD5A 1MQRA 1E6ZA 3MS8A 4U5IA 5A2AA 3ZSTA 4CCEA 2XWDA 3SCUA 1C3FA 4D1IA 1E4LA 3M7SA 2V3GA 4P7LA 1DWAM 1GNXA 2J74A 5EBAA 2PI6A 3NSXA 1V3HA 3AYRA 2DT0A 2ZE0A 3WEOA 2D0HA 5D8ZA 4HMDA 1E1EA 4RE3A 3A4XA 3EBVA 1LG2A 1XC6A 4ATDA 1HVXA 1PIGA 2YDQA 1KCKA 1HXJA 4V28A 1H4PA 3I3DA 1ZJAA 4AIEA 3TTQA 4PEEA 1B0IA 5D9MA 5CJ5A 3MO4A 4UZSA 1HJSA 4W7UA 1V6WA 5D9OA 1EH9A 1BYDA 3VUPA 5I77A 3VD9A 3FXYA 4FLOA 3CZJA 5JIPA 3KWXA 3PZUA 3T2QA 4QP0A 1WDSA 4AD3A 3N12A 3F4VA 1KXHA 2WSPA 1R8LA 1WAWA 1ZBKA 1BLIA 1UZ1A 4RE2A 1G94A 2F61A 2BY1A 1GHSA 1ODZA 3NIYA 2XHYA 1MQQA 1ISZA 4J3WA 1W32A 3AJ7A 4FZOA 3NSMA 2BXZA 1HVQA 5A8OA 1BF2A 1LWHA 4L4PA 1EDTA 3BAYA 3WDIA 5GNYA 1V6VA 1JL8A 4BQ3A 1M04A 1KQZA 5A6MA 4OUEA 5LA0A 2WHLA 4U2YA 4ZXOA 4HU8A 4OZOA 1SMAA 2ZUTA 3PZ9A 4UNIA 1GONA 3I3BA 5CSYA 2D1ZA 3L4XA 1I1XA 1NOFA 2Y8VA 2CBUA 4D1JA 1BYAA 1TG7A 2ZUNA 4D6CA 4CCCA 1MXGA 1VB9A 2CXGA 1CXKA 3GNPA 2VRQA 2WBGA 4CU8A 1TCMA 4WKFA 2CBJA 3JUGA 2VQTA 3BSHA 2PB1A 2YL5A 3AIWA 3VX1A 3WQVA 1QW8A 4HOXA 5C71A 3AIEA 2V3EA 3WEMA 4YHGA 4TVDA 2J8GA 1QNPA 1HIZA 1XRVA 1NWUA 1PEZA 1QNQA 1EHAA 1GOIA 3AS2A 4N0RA 4OOZA 3K1DA 4ZEPA 1C91A 2AMGA 1I75A 4BA0A 3WIJA 2WWDA 3WDJA 4TXEA 1FH7A 1W91A 3OLIA 1OCQA 3VDHA 4UFIA 3M46A 3BMWA 1JF5A 2V3FA 4JKLA 4DWSD 5A2BA 1CGXA 4E8CA 3M6DA 4QFUA 4W8AA 1VFMA 1C8QA 3IAPA 3VM5A 1W2VA 1FH9A 3GH4A 1JFXA 4QLJA 4EAMA 5A8PA 4S3KA 1WZAA 3WD1A 1JYNA 3BC9A 1ECEA 2XFFA 4X9YA 1B3WA 3CGTA 4XZWA 5FL1A 4PUEA 3SCNA 5GPRA 1OIMA 2JF7A 1CIUA 3WY1A 1ZBCA 2Y8KA 2JE8A 2V5CA 5GQBA 2CETA 1V02E 3F5JA 2PBOA 1WNOA 1JI2A 4PCSA 3WF1A 4HZ7A 1TE1A 5IXEA 3SCWA 2GK1A 4ML4A 3WUEA 4KGJA 1TZ7A 1DWFM 2E8YA 1A47A 1G1YA 1K9TA 4PSPA 4C7FA 1PZ3A 2OYKA 3VGEA 4AY1A 3ARRA 3WMBA 3WELA 3BCDA 1HL9A 3NDZA 2WM0A 1E70M 2YDRA 1L8NA 4GZEA 4GINA 2V38A 5M5DA 5CSUA 4GZJA 4B3KA 1CGTA 3S6TA 3UG3A 4NRRA 1V0KA 2VRKA 3OBAA 1RD6A 4HOWA 2CIPA 1BTCA 4TX6A 4UFMA 1CLXA 3EDFA 1ISXA 4PTWA 4S3JA 4W84A 3MSGA 1ZBWA 3WKZA 4AD2A 4JZ5A 1Q4NX 4W85A 4CD8A 1JXJA 3AHZA 4UQ9A 2J78A 4M80A 1JNEA 4PTVA 3MSDA 1CGYA 1E6XM 2VZUA 1Q6CA 2ZUWA 2DT2A 2QPSA 4J28A 4LX4A 4U3AA 2XFRA 3ZMRA 1QHOA 1UD2A 4W93A 4NI3A 2FH8A 5CGMA 3SCVA 2NW0A 1XH0A 2CITA 2XGIA 1CXLA 1PX3A 2EQDA 4DUVA 1MW0A 3ZT7A 4HP5A 4IPLA 4EANA 1JYWA 3HN3A 1EA9C 1E5NA 5A6BA 3AHVA 4PRWA 3L4WA 3EDKA 4U2ZA 1CEOA 1H09A 4F79A 4J3XA 1MW1A 1TA3B 4PMDA 2WVVA 4W5UA 1KGUA 1ISYA 1TR1A 4MPKA 1J0IA 1G9HA 2IXUA 1E56A 3VKKA 3WUBA 2VMFA 4KMQA 5IFTA 4AD0A 3L2LA 4JFWA 5BYWA 4M82A 1ITCA 2EEXA 3VD7A 1TMQA 3VILA 3N1AA 1UD3A 4P8UA 1PIFA 2CEQA 4UFHA 5I79A 4DM2A 1VBUA 1N82A 1UD4A 4D72A 5ABHA 1RH9A 4MB3A 1HKIA 1E5JA 4UR9A 1LF1A 1EO7A 2GDUA 4IM4A 4KRTA 4MAVA 1EO5A 1FP9A 4JCMA 1DHKA 2XYLA 4GIAA 1B3XA 3HJEA 1E15A 5DO8A 2WHMA 5GNZA 1V3JA 1GVIA 4PMQA 3AICA 2F2HA 2OLHA 2VCBA 1SMDA 2PWDA 1SYTA 3AFBA 1JD7A 1H5VA 2W92A 4ZFMA 4X0VA 4MB1A 4AD4A 1XSIA 4MADA 2VVSA 1JDAA 4BQ4A 3ZOAA 3ARVA 3VOCA 5DFAA 4QAWA 3WF0A 2OSYA 2VX7A 2B31A 3U5YA 5IDIA 1ITXA 3VIMA 2NSXA 1QBAA 1E55A 4FK9A 2FDMA 2YJQA 3PZNA 1QI2A 4QCFA 1UD6A 4XUYA 5CPTA 1CXFA 3WFZA 3AIRA 4CD4A 2CBVA 4C7GA 2BFGA 2GJXB 3GM8A 4DWSA 2XJ7A 1GJWA 4KH2A 1UWQA 1VEOA 2Y2WA 1JAEA 3SUVA 3GBEA 1EOKA 1V08A 2E9BA 2WHJA 1FOBA 4W88A 3PN8A 4PSRA 1LQ0A 5CZKA 3RMEA 4J3UA 2WZIA 2ZUVA 8CGTA 1J0HA 1QOXA 5D4YA 1JZ5A 2G3NA 4Z2KA 3A4WA 1E40A 1GW1A 4R5EA 3FAXA 4P8VA 3ECQA 5ABFB 4A3HA 5A2CA 2WMHA 1B9ZA 2X8RA 4HZ8A 2YL8A 2EPLX 3ARUA 5E6YA 1Q6EA 3T2OA 3U7VA 3F5KA 3PZQA 2CERA 2WZEA 3CBWA 4AD1A 5CPQA 4JL2A 5ABEA 1KBBA 4JHOA 3M07A 1GHRA 4NSBA 2XIIA 2HISA 4HMEA 1CPUA 3W29A 4TTGA 1UYQA 5FOOA 4Z2GA 1MFUA 3OLDA 1W9UA 1HL8A 2J8FA 1JI1A 3MU7A 3CO4A 4HU0A 1GOWA 3QOKA 3W6MA 3PTKA 4UFLA 4UOZA 2EXOA 3VIKA 3AS0A 1EHNA 3EYPA 3SUSA 1GQKA 3W37A 5A3HA 2D23A 3FY1A 1EIBA 1CLVA 4UOQA 2WPGA 2WCGA 1J11A 5LA1A 4AWEA 4P7RA 2EPMX 1OB0A 3N9KA 2BVYA 1NWTA 1AQMA 3FHQA 4F66A 1QNSA 3CZLA 2WK2A 4MNMA 3WH7A 3KL3A 1W9XA 3W53A 2OSXA 1CBGA 4AZ6A 2GJRA 4AZGA 2EO7A 3IJ8A 4AISA 1Q6GA 3DHUA 4W8LA 1JG9A 3VIJA 5M3WA 4ACYA 1J12A 2DSKA 3CUFA 3VD4A 1HJUA 2ZXBA 3ZR6A 4FLRA 2YL6A 2VX4A 5CLTA 3UERA 1WE5A 4EE9A 1WZMA 3FN9A 3WD0A 1MVYA 3SCRA 1VFOA 3WNNA 2DSUA 4HTYA 4R27A 2PWHA 2OWXA 3MMWA 2G41A 3N13A 4W7WA 5AC4A 4PMOA 3IJ9A 2FHFA 4NF7A 4BZYA 4QLLA 3F5LA 2CNCA 2WMJA 4F9JA 1O6IA 3CUJA 2A3AA 2WMKA 3QHMA 4HPHA 3KL0A 2OO2A 2O9RA 2W5FA 5D8WA 4GXPA 4WJXA 1WDQA 1V03A 1XCXA 1JGIA 1KXVA 3MUZ1 4X0NA 4Z2HA 3VMOA 3VMPA 3WNKA 3BXWA 1HP4A 1E1FA 5HDRA 4ZE5A 1E0VA 2VL4A 3BCFA 2O9OA 3ALFA 4CN4A 2J47A 2JNKA 2PF0A 2BHZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FWD C;  1CDG A;  3BAJ A;  3T1G A;  1FWC C;  4YVP A;  1CTN A;  2BHU A;  4LAN A;  5BOO A;  3DFO A;  3QW3 A;  4I5X A;  2RDT A;  3CB8 A;  1BRL B;  6TAA A;  4XKY A;  2XIO A;  1N2V A;  1UHV A;  4XVD A;  3B06 A;  1O5R A;  4NYY A;  2XIB A;  3OZO A;  2YIH A;  4AVN A;  1VKF A;  1TJP A;  4AD5 A;  4E2O A;  2QR6 A;  1OC6 A;  4QIT A;  2OYL A;  2WYI A;  1JPM A;  4K38 A;  4MHB A;  2GVG A;  2XN0 A;  4BCE A;  1H11 A;  4DNM A;  5AHF A;  1AD4 A;  1C8V A;  2YBV A;  5I03 A;  3VYL A;  4LVF A;  3P6L A;  1HO4 A;  4JY8 A;  4I8Y A;  2QMJ A;  1UR2 A;  1LWI A;  3T46 A;  4JTK A;  2QHA A;  4K1G A;  2A79 A;  3BG9 A;  2FQI A;  2DP3 A;  5CAH A;  4X3Z A;  1IF2 A;  4EZX A;  1CNV A;  2W91 A;  1QK2 A;  3I2W A;  3LYE A;  4JFU A;  5J5D A;  3N73 A;  2XFY A;  4JTF A;  3W27 A;  3R10 A;  3LXA A;  4F40 A;  4R34 A;  2O92 A;  1T5A A;  3BOL A;  4AUB A;  3G1S A;  4CNP A;  4GZI A;  1BKS A;  4QJ4 B;  3NQG A;  2ZRX A;  3SAZ A;  3SQL A;  4QDP A;  2QDG A;  1V6X A;  1U00 A;  3EOU A;  1UD8 A;  3ITO A;  1I1W A;  3T0A A;  3DFH A;  1ITU A;  3EWY A; 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