2YL5A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
417
structure length
409
Chain Sequence
HMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDEYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 157
structure length 409
sequence length 417
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl5A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl5A01
4H8HA 1LF1A 3OA5A 3W37A 2VVSA 4ZENA 4HZ7A 3VIPA 4M29A 1B3YA 1VFFA 4UZUA 3ZR6A 4P7RA 1IZJA 4GI9A 5GQBA 2WAGA 2BHYA 1KGUA 1C7SA 3SCOA 4D6FA 3HN3A 3FHQA 3VIGA 2VURA 1PJ9A 3B9DA 4AZGA 2Z1KA 4PRWA 4AD2A 4TX6A 2VZSA 1V02A 5BROA 4Z2GA 3TTQA 1CLXA 3AMGA 5A6JA 4OOZA 4UFMA 1HNYA 1H5VA 4PTVA 3ZJ7A 4ATWA 4GINA 1GOOA 4J3WA 1QNPA 4HU8A 2YJQA 3O2LA 4OKDA 2D20A 3UCQA 3OG2A 3NIYA 2XIBA 5I77A 3ZJKA 4AZCB 1WZLA 4LYRA 1TE1A 2PMRA 3VGGA 4CD7A 4UOQA 1HL8A 1R87A 1DWGM 3N11A 1W9XA 1U2YA 4LYQA 3K8LA 3ARYA 2JNKA 2GK1B 2A3CA 3W26A 1E4IA 1VEOA 1E43A 4CCCA 2FDMA 3CTTA 3CBWA 4E2OA 2CBJA 3CZ8A 1C92A 2Y5EA 5BWFA 3L4XA 1QI2A 3FXYA 1B31A 2J7CA 2RGLA 1HIZA 3LPOA 1E6PA 1QVBA 1Z32X 2BY0A 1X6LA 4JFVA 5A2AA 5IXEA 3FW6A 2GK1A 3OLEA 3WQVA 1HJVA 4NZCA 3WQ8A 3DC0A 1D3CA 3OBAA 5FL1A 1V3MA 2WSPA 7CGTA 1KGWA 3VM5A 1SFSA 3DYPA 3CHDA 1E0WA 1MW3A 1ZJAA 3OGVA 5DT5A 1V3LA 1WE5A 3AHYA 3ZM8A 2D22A 3OLDA 4MJ2A 3T09A 1QI4A 1ZBWA 1BPLB 3IJ9A 5D8WA 3WIJA 2GDUA 1VFMA 5CPSA 3UR7A 1GONA 4QLJA 4MNMA 5BXPA 1QPKA 1XH0A 2PBGA 4J3SA 2ZICA 1E1EA 1CGXA 2F61A 1WDPA 1J0IA 1KXTA 3EMCA 2E3ZA 4IM4A 1UA3A 3I3BA 3F5LA 3UR8A 3WEOA 2AOSA 2WVTA 4H7VA 4HZ8A 1OM0A 1US2A 2WSKA 3II1A 3DECA 1E73M 4EAMA 4R27A 1CGYA 3NCOA 4QP0A 4W8BA 3BC9A 4AC1X 4FLOA 3QHOA 4CU8A 1JZ2A 2PWDA 2XTKA 2JF7A 2J8FA 2EXOA 1DWAM 2UY4A 4CU6A 1E4LA 4M80A 3TTYA 3MANA 1WB0A 2QMKA 1H1NA 4D6HA 1EHAA 1L0PA 4HA4A 4LYPA 3POHA 3AQUA 3VPLA 3BAWA 3AIQA 5A94A 4UTFA 1GPFA 4AZ6A 2QPUA 4PBGA 2XGBA 4RE3A 3VO0A 2VX7A 1Q6CA 3SUVA 3U5YA 1OIFA 4CU7A 4LQ1A 3WUFA 4WLCA 1JDCA 4NSBA 4GIAA 5CZKA 3PBGA 2B31A 2BY3A 2O9RA 1D7FA 1G01A 3PZOA 1FHDA 1XCXA 3NSNA 3PTMA 3WQ5A 4HOXA 3W25A 2CKSA 4PCSA 4TXEA 5HPOA 2AMGA 4FLSA 4P8VA 2CBIA 2FH6A 3CH9A 1S46A 3PZGA 4U3AA 1QW9A 3T2OA 2ZX5A 4XB3A 4MDPA 1JDAA 4XZBA 4P7LA 4YHGA 4ML4A 1KWGA 2WMGA 4KGJA 1JZ6A 1E40A 1GOIA 3E1F1 3WDRA 2BVTA 2CYGA 3KWXA 1OIMA 2FHFA 3AIBA 3BCDA 1AMYA 4UQCA 4J27A 5A8NA 1AQMA 4U31A 5D9MA 3ECQA 2V3GA 4CD5A 1W9BM 4HTYA 4XX6A 2WCAA 3F4VA 4X9YA 4BQ5A 5ECUA 1H3GA 2D24A 5A8PA 2WPGA 1TMQA 1E55A 1E6RA 1PIGA 4FMVA 1TG7A 2VNCA 3A3HA 4Y7EA 3D3AA 1R7OA 2ZX6A 4CD4A 4FK9A 4UFIA 1FFRA 3EDEA 4JHOA 1NWUA 1JYNA 4JAWA 4W7UA 1WP6A 3RILA 3GBEA 3K4DA 1GVYA 3BAIA 3PZIA 3WUBA 1Q6FA 1XC6A 4S3JA 5AC4A 3GM8A 5GPRA 3ZQ9A 5CGTA 4F9DA 1A47A 3S2CA 3VMNA 1AQHA 1BSIA 5GNZA 2OSWA 2DT1A 3CZJA 1JIBA 1UD2A 4QCEA 1CTNA 2QHAA 1WZKA 4IPNB 3KL0A 1E5NA 4AZHA 3WNKA 4W93A 1V0NA 2FH8A 2A3AA 1CYGA 1V3HA 5A6BA 1UR1A 1VFUA 1EDQA 2ESCA 3ZSSA 1IT0A 5BYWA 4GO8A 5I2UA 3W28A 3QHMA 4GPNA 1UHVA 4MB4A 4ATLA 3VUPA 5HDRA 2WYSA 1H2JA 4A3YA 3M6DA 4URIA 5LA1A 2PB1A 1US3A 1BTCA 4C7FA 3WDJA 4AIEA 4PMUA 2VRQA 4AY1A 3QHNA 4PMZA 5GNYA 3N18A 1VB9A 2ZWYA 2ZX8A 3EDDA 4B9YA 1WDQA 4J3TA 1HVXA 3CGTA 4JFWA 2X2YA 3A4AA 1QW8A 4HPHA 3NDYA 4L4PA 5AY7A 1UD6A 5CSYA 5JBEA 1EDTA 4AIUA 4NRRA 3L2LA 5A8OA 1BHGA 3RJYA 4H8UA 4W5ZA 1JI1A 2VCCA 1UR0A 3HJEA 2DDXA 3WY1A 3POCA 4EK7A 1C8YA 1M04A 3FNDA 2WHMA 2QV4A 4W5UA 2A3BA 1CXKA 3OIHA 2C7FA 1BG9A 2CBVA 2PC8A 1W1TA 2WMFA 1UD4A 5BRQA 4AD4A 3MUAA 3APGA 3T2PA 1RP9A 2PBOA 1H11A 5IFPA 3O9NA 4OUEA 8CGTA 1B90A 5CG0A 5BXTA 3ARVA 1JZ5A 1BF2A 2D0FA 3WBAA 2CERA 1CEOA 3JUGA 4HPGA 2QLYA 3OB8A 4FZPA 3DYMA 4ATDA 2EPLX 2W66A 1LL6A 3AIUA 3WNLA 2J8GA 3NSXA 4PMDA 3IAPA 3WMBA 1ZBCA 1AQ0A 3GXFA 4LXFA 3TTSA 4CD8A 2GJXB 2YLAA 2CPUA 1L8NA 1W32A 1PEZA 3VIHA 1XH2A 4X0NA 1VJZA 1XCWA 4X0VA 1EOMA 4IISA 3BAKA 3WD0A 2JE8A 2CETA 1MWOA 2G3NA 3UERA 2BV9A 3AS3A 1CNVA 3AS2A 2DSKA 1J18A 3SEPA 3ZOAA 3VGFA 3MMUA 4CCDA 3SUSA 4TTGA 4UQDA 2VL4A 3WH5A 1DWFM 2X09A 4N42A 1V0MA 4FLRA 1PBGA 4D72A 3W53A 3GNRA 1EIBA 3GTNA 5ABFB 1E70M 1OSEA 1UZ1A 2WZHA 2Y4SA 4WK9A 6CGTA 1ZL1A 2CEQA 1CDGA 2OYKA 1CIUA 2XWDA 1OGSA 3VDHA 1W2PA 1C90A 4J3XA 3WDPP 1R7AA 1C8XA 3PHAA 3KE0A 2RGMA 2ZUWA 3RM8A 1KQYA 2DIJA 4A3HA 1B0IA 4WSKA 1E6QM 2W91A 2XVKA 1I1WA 3NSMA 2F8QA 1FP9A 1UG6A 5ABFA 3WDHA 4AMCA 2EPMX 2JEPA 1JI2A 2WHJA 2W92A 5KEZA 1PX8A 4U33A 4AYSA 1OB0A 4EANA 4AIOA 3CIVA 3LPGA 3WL0A 3AIWA 4AXNA 3VNZA 1E0XA 1GW1A 2J7HA 4Z2HA 3GXIA 3VX1A 1HJSA 4RL3A 2X1IA 1H41A 3DHPA 1W9VA 4WIWA 3ARQA 1V6YA 3VX0A 3BAXA 1FHLA 1ODZA 1GCYA 4PMQA 2Y24A 1SMDA 3CZKA 1G5AA 2CESA 1FA2A 1UR2A 1J11A 5LA2A 4MADA 4UZSA 2DSVA 2E9BA 4GZIA 4DWSA 3W82A 4PSPA 3VIIA 3PZMA 3SUWA 3SUTA 3WH6A 5D9NA 5EFFA 4UNIA 2DIEA 2PWGA 2VX5A 3WUGA 3VD4A 2UY2A 3CUGA 2CNCA 3QOKA 1EO7A 1DWHM 1WCGA 2VZTA 2E9MA 1GZJA 1LJYA 2ZE0A 1V3IA 1XSIA 2XSBA 2XM2A 3TOPA 1N82A 2J75A 5F7UA 4MDOA 2WC7A 2E8ZA 4GQRA 4A4AA 1NQ6A 3RMEA 1P6WA 4E8CA 1UWQA 1KXQA 2A3EA 1UQYA 4MNJA 3CMJA 4GI8A 2NW0A 3U7BA 1TZ7A 5FOOA 3CHEA 1UWIA 1XYZA 3EMQA 4F66A 5CQ1A 1FOBA 2Y8VA 5CGMA 1I1XA 1UWUA 3PTQA 5DT7A 3VD3A 1GJUA 4RE2A 3N17A 1X6NA 1KBKA 4MAVA 3AXXA 1WO2A 2VZUA 3WDQA 1GQJA 4CN4A 4J3UA 4AD3A 1WAWA 3WMSA 4KRTA 7A3HA 1M53A 5D4YA 2DT2A 3AHVA 2VUYA 3A4XA 1VBRA 3L4WA 1EQPA 4YN5A 3WNOA 1E71M 1FFQA 1W3KA 4MB3A 3W4RA 1LLOA 4L4OA 3QR3A 4MJ4A 1TVNA 3VGHA 4BQ4A 2QPSA 3L4YA 1D2KA 1AVAA 3AHTA 2WANA 1OGGA 2CHNA 3AZTA 4ACZA 2XPKA 1E6XM 4M8UA 2DH2A 3GNOA 2D0GA 2EO7A 3GH4A 1ISWA 1UH4A 1FH9A 2NT0A 1CXIA 1GHSA 5GNXA 1QHOA 1NWSA 3GH5A 3UESA 1WNOA 3VIFA 3B8SA 5CPTA 2J7FA 1BVZA 2O9PA 5I3DA 1HP5A 1PAMA 2OLHA 4JZ5A 2F2HA 1UH3A 1I75A 1V0KA 2GUYA 1W2VA 2EBNA 3A47A 1B3ZA 1BGGA 5A6BD 2Y2WA 2W62A 2WVVA 3UG4A 2YL6A 2VO5A 4W7WA 5CXPA 4BF7A 2PI6A 5LYRA 2OWXA 4K68A 4P8XA 1QNSA 1FP8A 1MW0A 1UZ4A 5BRPA 1KCKA 1MFVA 3FAXA 4ZXLA 3AYRA 1ISYA 5JBFA 4MTVA 1W1VA 1GORA 1EH9A 1W1PA 1QOXA 4UFKA 2DT0A 2VQUA 4MB1A 1WDSA 4AEEA 5HPCA 5A95A 1EHNA 2J78A 1OBAA 4TTUA 1QBBA 5E70A 2JALA 4S3KA 4DM2A 5A6KA 3AMKA 3MUIA 3AFBA 3CZLA 4AISA 2VX4A 3IJ8A 1V03A 4C7DA 1GJWA 1KQZA 4H04A 3L2MA 5EB8A 3VDCA 3NJ3A 1MVYA 1LG1A 1QNQA 3MKKA 4NF7A 2X8RA 1QHZA 2D23A 3W38A 3W6MA 2YDSA 3T0DA 4W87A 2VC9A 4HMEA 5I5RA 4BCEA 3ZIZA 1ZJBA 1E72M 1ZS2A 2J62A 3DHUA 3A6OA 5HNNA 2YIHA 1UOKA 4D1IA 1J12A 2VCAA 3RM4A 3SCSA 2VZOA 1B30A 2YA0A 1CLVA 4PTXA 3AIEA 1JF6A 1M01A 1UD3A 2BS9A 2VMFA 3F5JA 3SCWA 3FHAA 1EOKA 1TR1A 1VFOA 1HL9A 1Q6EA 2BNJA 3UEQA 2QMJA 3RO8A 3UETA 4M81A 1U33A 2WMIA 1K9TA 1MXGA 5LA0A 1PZ2A 2ZXQA 3U7VA 2WZEA 1G0CA 3ARXA 4AZ5A 1HKKA 2J74A 1H0IA 1BVNP 2J7BA 5ABEA 1ITCA 1MXDA 4PTWA 3PZTA 1MYRA 2YL5A 3BAYA 1JL8A 3WD2A 2VJXA 2WBGA 3RPMA 4LX4A 2BY1A 1WDRA 2FHCA 2G3JA 1E15A 4HOZA 1J01A 2VR4A 2CIPA 2ZXAA 3NUKA 4E4PA 4FF5A 1ZB5A 3EBVA 3RM9A 5A2CA 1PX3A 1KR0A 1JFXA 1UKSA 1Q6GA 4XZWA 2XVLA 3SIMA 1W3LA 2EQDA 2D2OA 1JZ4A 4XUYA 3N15A 1HJUA 4OBRA 4JCMA 3AMDA 3OGRA 3SCNA 4Z2JA 2J79A 1UKTA 4DUWA 5A6AA 2E0PA 2HVMA 5JIPA 1E5JA 2D3LA 3WQ6A 4W84A 4HU0A 4BZYA 4AZBA 2GDVA 5EMYA 3UG5A 5CLWA 3AOFA 1TUXA 5E0FA 4Z2KA 5C71A 3K8KA 4TX8A 2OSYA 3T0AA 3B9AA 4W8AA 2ZXDA 4FLQA 1O6IA 3FAWA 1CENA 3AYSA 4PSRA 2VVNA 1B9ZA 4J3VA 4CVUA 3N13A 2AAAA 4M24A 4QLLA 1QNOA 1CGVA 3G6LA 4PYSA 2J7DA 4EKJA 2GJRA 4V27A 2D0HA 1XYFA 2VI0A 3KZSA 1IZKA 2WB5A 2XWEA 4EE9A 3BXWA 2E9LA 2BXYA 5KZ6A 2XJ7A 1XV8A 2V38A 2DPEA 4CKQA 1TFVA 1UR8A 1RD6A 3BSGA 3N9KA 3WELA 1J0JA 5FKYA 3LPPA 3GXMA 3QGVA 2J4GA 1GOQA 1CPUA 2G4FA 1W1YA 1NWTA 4ZEPA 2YLLA 1PIFA 2YL8A 1CXEA 2PWEA 4HOWA 2XGIA 3VGBA 1VAHA 4GI6A 2A3HA 1TVPA 4W8LA 1XSKA 3BAJA 5A6LA 2YBTA 2XUCA 2XVNA 3EDKA 3WL1A 3VDAA 2X0YA 1FH7A 1BQCA 5DF0A 1YQ2A 3MS8A 1HF6A 1EDGA 1OT1A 1VEMA 4H8VA 4MB5A 1J0ZA 3WQWA 2ZUNA 3ARTA 2WHKA 4GO9A 4DWSD 3NDZA 3WNPA 3WN6A 1NP0A 2WXDM 2ZUMA 3DYOA 4ACYA 3EDJA 2D3NA 1LL7A 1OCQA 1UKPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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