2YL5A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
417
structure length
409
Chain Sequence
HMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDEYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 157
structure length 409
sequence length 417
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl5A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl5A01
1MQQA 3SCRA 3N18A 4KMQA 4ML4A 5JIPA 1OCQA 3RPMA 5HXMA 1GOKA 4CD7A 5BYWA 2XFFA 1HVXA 1E43A 1LLOA 1W9VA 1R7OA 1XH1A 2DSZA 3AMKA 1WPCA 1G0CA 2WXDM 3CUIA 2WW5A 1A47A 3WIJA 5AY7A 3ARPA 2ZXBA 4CN4A 2WBKA 5CSUA 4PCSA 1E3ZA 2BHYA 1VAHA 4RE4A 4JFUA 2WPGA 4W88A 3VNYA 3BAKA 2WYSA 2QHAA 4MNLA 4OZOA 4MNKA 4UFKA 4AYSA 2YOCA 4FK9A 2MANA 4MDPA 1ISXA 1E40A 3DYOA 1PAMA 1V3MA 1CGXA 2VCCA 1WZAA 4WK9A 3WENA 4W86A 1ECEA 5CLWA 4IISA 1P6WA 2YL6A 3A4XA 4V27A 3NIYA 2EJ1A 2PBOA 3ZO9A 3FAXA 4MAVA 1OGSA 1E5JA 1XRVA 2YL9A 1CXLA 3J7HA 3O9NA 4LPCA 4AEEA 3AZTA 1WDRA 1KR1A 1HJQA 1V0NA 3VIGA 1BGAA 1GOIA 1C8QA 1MQRA 3CLWA 4AD0A 5AC5A 1PEZA 4XV0A 3AJ7A 2GVYA 4PMNA 3CHEA 4F66A 1CGYA 5EFDA 3OLDA 2DEPA 4B16A 2DSWA 2X0YA 1EQPA 1TA3A 5CG0A 4UOQA 5IFTA 1J0YA 3VD3A 2D0HA 4DUVA 1RP9A 4WKHA 1C7SA 2HISA 3MUY1 4H8UA 5LYRA 2XM1A 3LMYA 2CIPA 1NOUA 1VBRA 3DHPA 2W66A 3ECQA 2WHLA 4PSPA 3AS3A 3GDBA 4BQ4A 2PB1A 3BAYA 1J0JA 3N12A 2O9RA 2O9PA 1RD6A 4P8WA 1VIWA 2O92A 4LYRA 3APGA 2YLLA 2J7DA 5C8BB 2W67A 2JEQA 1PZ2A 2XJ7A 3AHVA 2WAGA 3PZOA 3WUGA 1VBUA 2WNWA 1G1YA 3RDKA 4N0RA 3VD5A 4CU8A 4PMVA 4PUDA 1FHDA 3W25A 2DIEA 3CBWA 2VR4A 5A8OA 1TVNA 5A6MA 3BCDA 4W7UA 3W0KA 4UOZA 2ZUSA 2FHFA 4HPGA 2AMGA 2CEQA 1W1VA 1FP9A 3EDEA 1WE5A 1UR8A 4PYSA 3RM4A 2XGBA 1W9DM 2ZWYA 2BHUA 3JUGA 1D3CA 3GXMA 4JHZA 3T09A 5A8NA 4WF7A 3UG3A 1WZKA 1PIFA 1JYVA 1PX8A 1HKIA 3T2PA 1NP2A 1XYZA 1D7FA 3MUIA 3WQ8A 1E71M 1AMYA 4MDOA 3T0DA 2OYKA 2JIEA 1V08A 3IJ8A 1IZJA 4AWEA 4J3UA 1JYXA 1JFHA 2J25A 1XSIA 2ZUMA 3L2LA 1GHRA 1J9YA 4CD6A 1JFXA 2BVDA 2W5FA 2OSWA 1ZU8A 4EANA 3PZNA 3CZJA 1BG9A 3VMOA 5A1AA 3AZRA 4E4PA 2W91A 1GVIA 5A2CA 2WVVA 4J3XA 3VGGA 3VDAA 3ARQA 3WUBA 4JCMA 5LA0A 4PMXA 1O7AA 1CZ1A 2EPNA 4DUXA 1DWGM 4HTYA 2VC9A 1W9UA 1IT0A 3A47A 2V5DA 3E1F1 4UFMA 1M03A 3AS2A 3CZEA 2YL8A 1W1YA 1QNRA 4BQ3A 1XCWA 3MV01 5TD4A 4GINA 1CECA 2VVSA 1TVPA 3L4XA 4A3HA 3PHAA 5HPCA 5HNNA 4CUCA 4JFTA 4W8LA 3DHUA 2WHKA 4CKQA 3FNDA 3MMUA 5A2AA 3LPFA 4TX6A 1GONA 3VIFA 8A3HA 2G41A 3BAJA 4W85A 1KR0A 1ZJBA 4UQBA 2DT3A 1EOKA 3RIKA 3OZOA 5CGMA 2X8RA 1E0XA 1QBAA 4HMDA 1W32A 4DM2A 3ZMRA 3II1A 3AXXA 4HZ7A 2FDMA 3AMGA 3WKZA 5A3HA 3AS1A 1CENA 1ODZA 4PMQA 1EQCA 5JBEA 1HP5A 1UR4A 5ABEA 4QCFA 4P7NA 1C91A 4Z2GA 1QHZA 3FXYA 2UWFA 4D6GA 1BTCA 1JXKA 5IHRA 1TZ7A 1MXGA 5CPQA 1UD4A 3BSHA 4EAMA 3GXIA 1ZBKA 2Z1KA 2D24A 4PTXA 5GNZA 2WMJA 3BH4A 4H8HA 4U5KA 2DQXA 3N9KA 3PZUA 1ZBCA 4PEEA 2Y5EA 2E40A 4J27A 4BQ2A 3LPPA 2E9MA 2CBJA 2W92A 1E70M 1Q6DA 2VL4A 3F4VA 3ZIZA 2A3CA 5DF0A 1E4LA 3VNZA 1SYTA 2WCAA 1C90A 2E4TA 4LXFA 2BY0A 2E9BA 2WM0A 3SIMA 4PTMA 3B9EA 2ZIDA 4L4OA 3ZSSA 4ACZA 1EIBA 2DSVA 3DC0A 5JIWA 2BY2A 2AAAA 3ARVA 5CSYA 3VO0A 5E09A 3VGFA 2J7HA 3TA9A 2ZUNA 1VEOA 4EKJA 1VFMA 1ITCA 1FA2A 1XGZA 3W53A 3M07A 2ZX5A 1CTNA 2DDXA 2EPMX 3F5JA 1E55A 3WDJA 2WMIB 1KB3A 1H41A 4EE9A 4P7QA 3KWXA 1UA3A 4CCCA 2VCBA 2ZX9A 1GOWA 2VQTA 3BGAA 1LQ0A 4QLJA 4CD4A 4AIOA 3VIHA 1ITXA 3WUEA 2EPOA 5C70A 1UA7A 1KXQA 3VGBA 5M5DA 1JNEA 3WD2A 4GZIA 1CXIA 3VMPA 4D6DA 3CUJA 1EDGA 3S6TA 1B3VA 3OBAA 3WFLA 2V3FA 5IHSA 3T2OA 2ZUVA 2XTKA 2W61A 2NT1A 4FLQA 3RJXA 2DPEA 1HN1A 5C71A 3ARXA 4X0NA 4OOZA 4JCLA 5KZ6A 3SEPA 3AROA 3SUVA 1TUXA 3EDKA 3AMCA 2WZHA 2FH6A 4W87A 4W8BA 1OWQA 1E0WA 3SUSA 3SCPA 2DSUA 1B30A 3VIOA 4HZ6A 4JFWA 1C8YA 1W9BM 1Z32X 4H2CA 2GK1A 2BS9A 2VMFA 1SMDA 1QI0A 4U2ZA 1B2YA 1RP8A 4NRRA 1WZMA 4R5EA 1AQHA 4A4AA 3EDJA 5EB8A 4S3JA 1EGZA 4ZENA 1PX4A 3WNPA 3SUUA 4AEFA 3TTOA 3DYMA 3WQ5A 1V6WA 1HX0A 2WVUA 3LPGA 2VZUA 4AZCB 1UUQA 3PZ9A 3TONA 1UWSA 1K9DA 4UQ9A 3IANA 4WKFA 1RH9A 2A3EA 4IUGA 2C7FA 3WMCA 1CGWA 2WK2A 2FHCA 2CBIA 5BRPA 1UZ4A 2J74A 2WMHA 2GJXB 5I23A 1CXHA 1B3ZA 4DWSA 4TVDA 3VM7A 4R27A 4WLCA 1PBGA 4U5IA 1KQYA 3ARUA 1JD7A 4Z2HA 1NM9A 4P7RA 1TA3B 1GUVA 4GZEA 1E6ZA 5ABGA 1BQCA 3RMEA 3WQVA 1DWFM 2PI6A 3UCQA 2JEPA 4TVUA 2IXUA 5CPTA 3VX1A 2VZVA 4JHOA 3U7VA 1JAKA 1V3HA 3W6LA 4UOJA 1QHPA 1GQKA 2QPUA 3CZ8A 2XVKA 1VEMA 1Y7VA 1JNDA 3GXFA 2VX7A 2YA2A 1JIBA 3MS8A 4D6IA 3G6MA 1R85A 1VFOA 4PBGA 2XVNA 4C7GA 1BVNP 1HP4A 1UOKA 4XZWA 2WLYA 1NWTA 1MW3A 3D3AA 1NOFA 3BAIA 2IUZA 4JIEA 2JF6A 1TCMA 4PMRA 3WH8A 3W38A 3WDIA 3AYSA 2FH8A 1MFVA 3QR3A 4TXEA 4HPHA 1GOQA 3W4RA 5I5RA 1GZJA 3VINA 3WH5A 1DHKA 3NSXA 1HJWA 1JZ4A 3AXHA 1CYGA 2ESCA 3PZGA 3GXDA 3BMVA 3AHYA 3F5LA 2PWEA 4PSRA 3WELA 2JF7A 1M01A 4GQRA 2OYLA 3SCTA 2DT2A 1UH4A 1VJZA 4HU0A 1NWUA 4U31A 3W24A 4TTGA 4FF5A 2JFEX 3N17A 4HOWA 1ZBVA 3AIVA 5A94A 1KBBA 5FL0A 4NSBA 3PZQA 1L0PA 2WVVB 3NYDA 2FHBA 4KGLA 2OLHA 3HU7A 4U3AA 5ABHA 3ZJ7A 4MJ2A 3THCA 3U57A 1HJXA 1JD9A 4AZ6A 2J7CA 1ODUA 2VX4A 4M80A 4AMCA 3HJEA 1W2PA 2OZNB 1VEPA 1CXFA 4KH2A 1ZS2A 1R8LA 3EBVA 4M8UA 4HA1A 3WD3A 5EMYA 3ARWA 1OB0A 1KGWA 1UR1A 2CCRA 1FP8A 1F4HA 1CLVA 2X09A 1M53A 4AIUA 2BXZA 2J4GA 3CHCA 1K9TA 2FGZA 1R86A 2DH3A 1HIZA 2D3NA 2ZXQA 3FHQA 3WEOA 2B31A 4B3LA 1V6YA 2VNCA 5DMYA 2A3BA 2J8FA 3CHDA 1BVZA 4M29A 1QNSA 2BFGA 4PRWA 5A6SA 4F9DA 2QV4A 4HP5A 4AXNA 2VRKA 1GNXA 3WBAA 3K46A 5E6ZA 3GNPA 2VT0A 2WCGA 4X9YA 2OO2A 2XGIA 1JXJA 1E72M 4D6JA 3L4TA 2X05A 4LYQA 2GDUA 1UKTA 1H0IA 3WMBA 2VTFA 4PCTA 1U33A 4D6EA 3QHOA 3FW6A 3MSGA 2VQUA 2WC7A 1LG1A 4NZCA 4GXPA 3GNOA 1H11A 1X6NA 1XYFA 3AHXA 2YDRA 2J7EA 3QOMA 3L4WA 1BGGA 1WO2A 3ARYA 1FH8A 2XIBA 3BLPX 4DWSD 3ALGA 2RGMA 2VVNA 5ABFA 2PC8A 1BYDA 3CZLA 3LPOA 2GSJA 3WH9A 2D0GA 1LL7A 3IAQA 2QMJA 2OYMA 3GBDA 4IM4A 1B90A 1V0LA 4AC1X 3WF1A 2XG9A 3WN6A 1J0HA 1JZ3A 4GKLA 4M1RA 2WBGA 4YHGA 1BHGA 3AMDA 1UD8A 2WKGA 4QFUA 2UY4A 1JI1A 1C92A 4LYPA 1HL8A 1OGGA 3K8MA 1E4MM 5A95A 2OSYA 3MMDA 4ACZB 5LA1A 3MKKA 1JDDA 5D9NA 2CXGA 5M17A 2D1ZA 2ZUWA 1QI2A 1S46A 4UCFA 1NH6A 3OB8A 3ARRA 3W81A 3WF2A 3UERA 1E6RA 3RM8A 3UEQA 4JFVA 4URIA 1ISWA 1V0KA 5I79A 2WMGA 4OUEA 2CHOA 4PMZA 5DO8A 2BNJA 1V6XA 3ZM8A 3WEMA 5A8PA 4YHEA 1UKPA 2PWHA 1EA9C 5GPRA 1G94A 4HA3A 5D9PA 2C8NA 1MW0A 3T08A 3W82A 3AIQA 1VFFA 5IXEA 1JL8A 3AXIA 5JBDA 4J3TA 1YHTA 1W3KA 2QLYA 3U5UA 2VX6A 1US3A 1HF6A 3OIHA 4UQAA 4QCEA 1B3WA 5HOSA 1KBKA 1K9FA 1AVAA 1PX3A 3N15A 4MB3A 5I3DA 2XIIA 3WNKA 5JBFA 1VENA 1CGTA 4AISA 3PN8A 5IDIA 1B3XA 1DWHM 1FOBA 4CU7A 4PMOA 3ZT5A 4KRUA 5BXTA 1W2VA 3QGVA 4M56A 3WNNA 5FL1A 4CVWA 2NSXA 3CTTA 2GK1B 4U33A 3VD9A 2VZSA 1JG9A 3SCOA 1DTUA 4XUYA 2Y8VA 3FY1A 2CBVA 3RO8A 3VOCA 7A3HA 2DT0A 2XWEA 1DEDA 2J77A 4AW7A 3A4WA 1VB9A 4JL1A 1UWQA 4H41A 2JALA 1E15A 1A3HA 2VR5A 3AIEA 2J7FA 3N1AA 2XWDA 4A3YA 1EXPA 3NSMA 1H3GA 1KXVA 3WD4A 2EBNA 1JZ8A 2PWDA 3MUZ1 1YQ2A 1JZ6A 2D23A 3NUKA 3AIBA 1VRXA 5I77A 4H8VA 4LX4A 2YLAA 5FIPA 1UKQA 1WZLA 4W89A 3TP4A 4E2OA 4AY1A 3L2MA 5A8MA 4AIEA 3ZT6A 4CCEA 1FFRA 4WSKA 4UFLA 2WZEA 3EYPA 3CUHA 2UY5A 2G3JA 2YIHA 3ZQ9A 1E6SM 4GI9A 3WY1A 2YDSA 3GM8A 3VTRA 3OLGA 2WANA 2GFTA 4LGXA 4OBRA 4PMUA 4QLKA 1LL4A 4ZE4A 3TTSA 1DWIM 3TTQA 1OIFA 4HZ8A 3BC9A 1JDCA 3OLEA 2DIJA 1K9EA 3OGVA 2OWCA 2UY2A 4PTWA 4CVUA 7TAAA 4GZJA 2ZWZA 4Q22A 3AIWA 1GW1A 1CGUA 1XC6A 3VGHA 5D8ZA 5BXSA 1UWTA 2ZOXA 3FHAA 3OA5A 3AHTA 1H1NA 3T0AA 3CUFA 3B9AA 2CPUA 3WDRA 3AI0A 1J0KA 2A3AA 4WJXA 3CMGA 3UG4A 2BVTA 2J79A 1OT1A 4AD5A 3ARTA 2J78A 4MB4A 3WNLA 4FMVA 1Q6FA 3EMCA 4MADA 2G8ZA 1AQ0A 1GOOA 1C3FA 3AMLA 2ZE0A 1OINA 2PF0A 2OSXA 5AYIA 3RCNA 3VGEA 4C7DA 2CNCA 4QDMA 2J62A 5A6JA 4AZ5A 4TVCA 5I24A 4ATDA 4F79A 1CXKA 5BWFA 1LJYA 1O6IA 4JL2A 3MSDA 1QVBA 4ACYA 1H09A 1QI4A 1BYAA 4AZBA 3VVGA 2F61A 5BXPA 1ZB5A 3SCQA 1TG7A 3IJ9A 5D8WA 2BHZA 4AZ7A 1EHNA 5A6KA 2DGAA 2ZUUA 1J11A 3W6MA 1UR0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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