2YL6A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
434
structure length
434
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 173
structure length 434
sequence length 434
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl6A01
4MJ2A 1BG4A 2G4FA 3DYOA 4AYSA 3MMWA 3WH8A 3ZJ7A 1CECA 2XGBA 1GVIA 3A47A 2YL6A 1OD0A 3CGTA 2ZWYA 4PTMA 1UWIA 4F9DA 3CMJA 1HKJA 5D9NA 5GNXA 5AYBA 4W85A 2WVUA 1FHLA 4LPCA 1JI1A 1GQJA 2NT0A 2RGLA 4V28A 4ATLA 1W3JA 2VMFA 2WM0A 1J0JA 2J62A 2J7FA 1UR2A 1MQQA 3WH6A 4PBGA 1B3VA 3POHA 1VF8A 1JF6A 1U2YA 2G8ZA 1EOKA 4QCEA 3L2MA 7CGTA 3L2LA 3VOCA 2VZOA 2VR4A 4KGJA 4HMDA 1IZKA 1RP8A 4XX6A 4J3UA 3W38A 1GPFA 1UD8A 4UFIA 5A6SA 4WSJA 2ZXDA 2J7EA 4U2YA 3OIHA 1SMDA 2E8ZA 3SCPA 3ZO9A 2DDXA 1FH8A 5IXEA 1LLOA 1MW2A 2QMKA 4W88A 2OYLA 3HMCA 5C71A 3VINA 5ABGA 1V6XA 3UEQA 2J8GA 2UY4A 1EO7A 2Q8XA 3DC0A 3W37A 3GH4A 2ZWZA 1EDTA 1UWSA 1W1PA 2VJXA 1CEOA 4AD2A 1B31A 1KR0A 2DT3A 2CXGA 4JCMA 3GH7A 3MMUA 4JCLA 5A94A 5I3DA 1VB9A 4U3CA 4LXFA 4ATWA 1QOXA 4FZPA 4GPNA 4UQEA 3D5HA 2V5DA 1E9LA 1H1NA 1US3A 3AHTA 4GINA 1TVPA 5AY7A 3ZT6A 1B1YA 2CKRA 3AI0A 4E8DA 1UQZA 3RPMA 2BHYA 2DSZA 4A4AA 2QHAA 3B9AA 1XRVA 3EDFA 3EDKA 2CBIA 2WHMA 5CPSA 2XVNA 3SCQA 1EA9C 5A3HA 3N9KA 3VD4A 2WSPA 5CZKA 1GVYA 4QAWA 1MW3A 4CKQA 3QHOA 1GCYA 4B9YA 4Y7EA 2CITA 1DEDA 2Z1KA 3WUEA 2WSKA 4ACZA 3VDBA 2CCRA 1HNYA 1VFFA 3F5LA 3SCRA 1V3MA 4NRRA 1VFOA 3ZMRA 3AMLA 1EQCA 4BQ5A 4GO8A 2JNKA 2QMJA 2WZIA 3LPOA 3OB8A 3L4XA 1JYNA 1KGUA 2EQDA 2CNCA 3VIIA 2WHJA 4HMCA 1R7OA 1NP0A 3AIQA 3T0AA 5E0FA 2ZX9A 3W27A 4AISA 4OOZA 1M01A 5JBEA 1KXVA 3IANA 4H41A 4IISA 2QF8A 3ZT5A 1LL4A 4D1JA 2E8YA 2VCCA 3AIEA 4ACZB 3VD9A 2QPUA 2C7FA 4OIFA 5EBAA 4U31A 1JZ3A 3WH9A 4Z2GA 2VL4A 4PTXA 3OG2A 4W84A 3FHQA 3ZT7A 4H8HA 5ABFB 4GZIA 3CZJA 4F66A 3OBAA 4LYPA 2W63A 4FLRA 2BVYA 1OBAA 4OBRA 2OSWA 1H2JA 3ARRA 1K9EA 1EIBA 1G94A 3RM8A 1XSJA 1BLIA 4UFKA 5CGMA 4AY1A 1PBGA 1QHZA 3MUY1 3WD4A 3QGVA 1NWRA 1JZ5A 1HJVA 1H0GA 4CD5A 4MJ4A 4J27A 2WMJA 3AYSA 4WIWA 2O92A 2V3EA 1ZBVA 4QLKA 1EHAA 1H49A 2CIPA 3ARUA 1V0NA 1UWQA 4B15A 2X0HA 4PN2A 4D72A 1CDGA 4YPJA 1B3ZA 1X1NA 2YLAA 1X6LA 1E1FA 1V0KA 2JIWA 2VVNA 2GVYA 5D9PA 3J7HA 4GQRA 3WF1A 4MDPA 3G6LA 4EAMA 3PZTA 1NARA 2WCAA 5JUVA 3ARXA 2XIBA 1J0YA 1J12A 4WK9A 3N15A 2QPSA 4U2ZA 2VTFA 1XH2A 3CZGA 2DQXA 5DMYA 1E4LA 1R86A 3RILA 4YHEA 4LGXA 4F79A 3MU7A 4JKKA 1VEMA 1JYXA 3O2LA 1GONA 3WQVA 2FDMA 4AEFA 2XFYA 1CPUA 4J3WA 4HA4A 4HZ8A 5JIPA 2BY0A 1E3ZA 1V02E 4AIOA 1V0LA 4MAVA 4PUEA 3WELA 5BRQA 1L0PA 3VIJA 1JZ2A 1C93A 4V27A 3K8KA 3VUPA 4ZE5A 4A3HA 1MXGA 4AZCA 1K9TA 5GPRA 1N82A 1U30A 2X0YA 1JIBA 2BY3A 4CD6A 3CUIA 1GQKA 3I3BA 4JAWA 3ARPA 2GK1A 3IK2A 4UZUA 1FH7A 1C8YA 4N0RA 3WMSA 1OGSA 3K8MA 4GO9A 1AQ0A 2Y5EA 1PJ9A 1QI3A 4TOQA 4MB4A 4TX8A 3VIFA 4AIEA 4PYSA 4AMCA 1MYRA 3DHUA 2WBGA 3VGGA 3SUTA 3T09A 1UR1A 1WO2A 2W66A 3MS8A 3AHZA 3SCWA 2V3FA 2GK1B 3GXDA 3AIWA 1M04A 2WKLA 2VVSA 2BY2A 3B9DA 1E72M 1C7SA 1ISZA 3AXXA 3SCOA 3N12A 4GI8A 2WHKA 3BAWA 3GZAA 4UQAA 4P7NA 3PZUA 1NWSA 5CGTA 2BFGA 2G3IA 1TE1A 1KWKA 3AS1A 1NOUA 3T08A 5EMYA 2ZXBA 4W8BA 3RM9A 1GQLA 3UG3A 3HJEA 1KFWA 4P8VA 1H11A 1UD3A 2PWFA 1G0CA 1ZL1A 4D71A 5ECUA 5A69A 1V3JA 3CH9A 3TA9A 3I3EA 4PTVA 4HP5A 3BH4A 4K68A 4M81A 4CUCA 3IJ8A 4AZGA 3A4XA 1JG9A 1CXLA 1I1XA 1R87A 1V6WA 2GJRA 4J7RA 1EXPA 1PIFA 4HZ6A 5I77A 1V3IA 5JBDA 1BGGA 1CIUA 3CLWA 3BAXA 3ARYA 1W9BM 3F5JA 4BQ2A 3N1AA 1NM9A 4H2CA 3T2PA 1JD7A 5TD4A 3EYPA 3UG5A 4CD8A 5BWFA 3VD7A 5FCZA 4QDMA 1NH6A 4HOXA 3NDZA 4N42A 3A4WA 1CGYA 1I75A 2XVKA 1FA2A 4D6IA 2X05A 4M24A 4P8XA 2D3LA 5A6KA 4MPKA 3BAIA 2TAAA 2E0PA 2V38A 1EQPA 1OD8A 2W62A 1GOMA 3U7BA 1XSIA 2E3ZA 1X6NA 3AICA 4CD7A 3PZVA 5I0DA 5A8OA 5CQ1A 3KZSA 3B8SA 4C7FA 2PMRA 3OGSA 3PN8A 2PBGA 3S6TA 1H0IA 2J75A 5BXTA 3O6AA 2VZSA 2WVTA 2CEQA 4HU8A 2VRJA 2W91A 2WCSA 2VX6A 1VFMA 2FGLA 1XH1A 1UWUA 5A2CA 3ARVA 1UWTA 4NRSA 1E6RA 3PZMA 3SIMA 3FY1A 4HPGA 4ZXLA 2WW5A 1E73M 5CG0A 4DWSD 1PAMA 1Q6EA 1W3LA 4JFUA 5IHSA 4TTGA 1CGWA 4MTVA 4LQ1A 1VFUA 5C8BB 3W81A 5KZ6A 4L4PA 2YLLA 4IPLA 1IT0A 3BAKA 2IXVA 1US2A 3VVGA 4KMQA 4AD3A 4P8WA 1XYZA 2VQTA 1V6VA 2WC7A 3SCTA 4JFSA 1JFXA 1IZJA 4PSRA 1F4AA 1BPLB 2VZUA 2GDVA 5CJ5A 1SR0A 3ZOAA 4JFWA 4X0VA 5AYIA 2PI6A 3EMQA 1GJUA 5FKYA 2W92A 1JNEA 4UTFA 2WLZA 3N11A 3THCA 3EDJA 3WD2A 1E1EA 4P7LA 1UH4A 4D1IA 4ML4A 1KBBA 5AC4A 1WKYA 4FK9A 4Z2LA 4MDOA 4GQQA 3VMNA 5IFPA 2VUYA 1CGUA 2OLHA 3M7SA 4UR9A 3SCNA 3VGHA 2BXYA 4BQ4A 1IV8A 3BAJA 2EBNA 4R27A 2VT0A 1CGVA 2YDSA 1OSEA 1LG2A 2A3CA 2O9TA 1LL6A 2ZX7A 3DYPA 4PCTA 3W29A 1HP5A 2D20A 2D22A 4YHGA 2ZUNA 3OLIA 2OWCA 1W2VA 2XFFA 3UERA 1QHPA 2V3DA 4JKLA 1HL9A 3CZKA 4TVCA 1W9VA 3MSDA 1XC6A 2XG9A 1JYWA 4MNMA 1EO5A 5M03A 1C3FA 1RH9A 3GNOA 1QBAA 1EHNA 3UETA 1O7AA 4W7UA 4UOZA 1QNPA 2GJPA 2YOCA 3F4VA 3DHPA 4IUGA 2YIHA 1XCXA 5E09A 2WVVA 1L8NA 3WUGA 1WDRA 1LWHA 2YA2A 5A2AA 4QP0A 2XYLA 1B3WA 3BMWA 4TX6A 1BYAA 3WL0A 2C8NA 3UR7A 4JL2A 5FOOA 4RL3A 4TVDA 1TA3A 4U3AA 2O9RA 5C70A 2DEPA 1C92A 2XVLA 3CUFA 2DT1A 3BSGA 1XSKA 1JAEA 4JHZA 4J3XA 5CPQA 3WNPA 2YDQA 2WVVB 1CTNA 4W87A 1JNDA 2UY2A 1HJQA 3PHAA 2GJXA 1OIMA 5DF0A 3ARSA 3CUJA 1XD1A 3VIPA 2CBUA 2VX4A 3FHAA 2XSBA 3WDIA 3WFZA 3T0DA 5CSYA 5M3WA 4Q7NA 1TA3B 2EPKX 3CZLA 1D3CA 3TP4A 1V08A 3WNOA 2CHNA 5BRPA 1ESWA 1WDQA 4W5UA 3VM5A 1UHVA 3UCQA 3AMDA 1V3HA 3W53A 3WD1A 1CNVA 1LG1A 3ZSTA 5A2BA 4CVWA 2GJXB 5HOSA 3POCA 3UG4A 1GOWA 4J3SA 1DTUA 4M80A 5IHRA 4W8LA 2WMFA 2A3HA 3W0KA 1C90A 4U5IA 4X0NA 3GXIA 2WMIA 2WNWA 2BNJA 1GOIA 3AS2A 3WQ8A 2WKGA 2GDUA 2D24A 2EPOA 4CN1A 3CHEA 1VENA 1RD6A 3ZJ8A 3W28A 3WNLA 3WIJA 6CGTA 4XZBA 4BA0A 2X8RA 2UY3A 3IJ9A 2PWHA 3EMCA 4B3LA 2XFRA 2AOSA 3OGRA 3KWXA 3CPUA 2DH3A 2JF7A 2D2OA 2RGMA 1CENA 2DGAA 2WMKA 2JE8A 2YDRA 3WFLA 1JZ4A 1LQ0A 4FMVA 7A3HA 3WQ4A 1DWJM 4NZCA 4UOJA 4CN6A 3WKZA 4KH2A 1CYGA 2J7CA 3W6MA 3SUUA 3L4ZA 3PZNA 4QLJA 1GOKA 3A4AA 3WY1A 3WBEA 4C7DA 1F4HA 3VX1A 3WDQA 1UD5A 4CVUA 3QOMA 3DYMA 1EOMA 1JL8A 1R85A 2VR5A 3NUKA 4PTWA 3PTMA 2WPGA 1BVZA 1JDCA 3EDEA 3ZM8A 3VGDA 3VDAA 4W7VA 2FHFA 3OA5A 5DT7A 3EDDA 5E9AA 4OKDA 4PMXA 1WCGA 3B9EA 1FH9A 5JIWA 4DWSC 1OINA 3BMVA 1WZMA 1XD0A 3WF2A 2VC9A 3ALGA 4AD4A 1D7FA 3AISA 4D6EA 1TG7A 1EH9A 2DSVA 4H04A 1NWUA 5HDRA 4ZENA 2Z1SA 1QVBA 1CLVA 1HJSA 3N17A 1AQHA 3T2OA 1Q6DA 3A6OA 2ZUTA 5A8MA 1I1WA 1G5AA 2ZXQA 4PMOA 5I24A 4DUWA 3ECQA 3O9NA 4EE9A 4IM4A 3BLKA 2ZUMA 4HA1A 3M6DA 3WQ5A 2CPUA 1GOQA 2YA1A 4DM1A 3GYCA 1QPKA 3PTQA 2V3GA 4L4OA 2FH6A 2JALA 1B0IA 2EXOA 3CUGA 3TOPA 1W91A 2X2YA 2XWDA 1CXEA 1B3YA 4AEEA 4P7RA 4XZWA 2VCBA 4D6HA 1Q6GA 3SUWA 2J7HA 1UYQA 1UKOA 2GSJA 3VDHA 1NOFA 2WXDM 3CZEA 3VGBA 2J8FA 1NWTA 2D3NA 4PEEA 4D6CA 5IDIA 1KQZA 5BXRA 2WVSA 2V5CA 1QI0A 1HVQA 1HP4A 3AS0A 2CBVA 2VZTA 3GBEA 3D3AA 2OYKA 3PZQA 3VMPA 1BAGA 1BSIA 3AIRA 5ABHA 1VRXA 4OZOA 4RE3A 4DUVA 5F7UA 2XUCA 3PBGA 2OYMA 1KXTA 4WSKA 3SUVA 3QOKA 2VURA 4GI6A 1MQPA 1UZ1A 2EEXA 1JAKA 4AD5A 1OT2A 3PZOA 3VIOA 4AW7A 2VO5A 6TAAA 3AMCA 4AZCB 2JFEX 1QBBA 4KRUA 1UKTA 3RO8A 3VKKA 3NIYA 4P7OA 4PMNA 2A3BA 3WEMA 2CHOA 3MSGA 1HN1A 3BAYA 1RPKA 3N18A 2WAGA 4OUEA 2W4XA 2DIJA 3PZIA 1DWFM 1QNRA 4PRWA 2ZXAA 2PC8A 2ESCA 1H5VA 2YKKA 4GIAA 4M8UA 2O9PA 5FD0A 5I23A 1HL8A 4DWSA 2OO2A 4AIUA 1TFVA 2JF6A 1E0XA 3CHFA 5I78A 2WMGA 4MB1A 1VIWA 2PBOA 1WB0A 1V02A 2EPLX 3IAQA 2NW0A 1H41A 3HU7A 5A6BA 1M7XA 3GH5A 1G01A 3TONA 2ZUUA 3VNZA 4E4PA 5D4YA 4PMDA 1GOOA 3SURA 1MFVA 2XJ7A 1ZB5A 1HX0A 1GZJA 1GW1A 3RMEA 3NCOA 1Q6CA 1XHGA 2WBKA 1W3HA 4WF7A 4U33A 3ARWA 3UESA 4DWSB 1E55A 4D6DA 1GQIA 2HVMA 2PF0A 1E5NA 2FHCA 2J79A 4CD4A 5AC5A 1V3KA 4GI9A 4H8UA 4XB3A 3VIKA 1VEOA 5A6JA 3BC9A 1BG9A 1WDSA 1KCLA 1SMAA 2DIEA 3N13A 4D6JA 3NSNA 3TTOA 1W32A 1P6WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DQW A;  1YDV A;  1XLC A;  4YIW A;  1AZ1 A;  3UWU A;  5IBX C;  4U10 A;  2V2D A;  2PRL A;  3IJ6 A;  2WJZ A;  1EUN A;  1X04 A;  1CEC A;  1T7L A;  3TZN A;  3P81 A;  1QOP A;  3A47 A;  2W9M A;  1DJQ A;  3ZVH B;  2XN2 A;  1OD0 A;  2OT0 A;  3ANU A;  4PTM A;  2P10 A;  3VKD A;  3DBN A;  4F9D A;  5LIK X;  3G0X A;  1UPP A;  4FS9 A;  2ON3 A;  1FRB A;  3DBP A;  1J0J A;  3ZED A;  1G4E A;  3BUB A;  1PE1 A;  3T9P A;  1TJ2 A;  1U2Y A;  2G8Z A;  1EOK A;  4J2P A;  2DP3 A;  4DI8 A;  3L2L A;  3H7R A;  3VOC A;  4JQA A;  3GI7 A;  4HMD A;  2P0I A;  1IZK A;  4XX6 A;  1R38 A;  3B97 A;  1GNL A;  1ALD A;  5BU6 A;  2HE5 A;  4O14 A;  2IPW A;  1UOZ A;  4ZQR A;  3W7O A;  1SMD A;  4I90 A;  3SCP A;  2J13 A;  1LZO A;  1U22 A;  4NXK A;  4Q33 A;  1MW2 A;  1IIG A;  3HMC A;  3UWV A;  3QLL A;  5ABG A;  1XYC A;  1V6X A;  3WK1 A;  2J8G A;  3I01 A;  5JMU A;  3VKB A;  4JEQ A;  1TUF A;  3TJ4 A;  1EDT A;  2VGB A;  1X03 A;  4FI4 A;  2UBP C;  2Q12 A;  2DT3 A;  3GH7 A;  4JCL A;  4O17 A;  4JBR A;  5I3D A;  1VB9 A;  3LMF A;  1HW6 A;  1ZP3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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