2YL8A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
434
structure length
434
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDQYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 172
structure length 434
sequence length 434
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl8A01
1PIGA 4PTWA 2Y4SA 1UD2A 1I1WA 3AIRA 5HNNA 2ZXAA 3T2OA 1IV8A 3AMKA 3WNMA 2XIBA 4W8LA 2D2OA 4FK9A 1M04A 1J0JA 1J0IA 3VU2A 1E6QM 3WNLA 2VX6A 3L4YA 1B90A 4UOJA 1PIFA 1BVZA 2G4FA 4BF7A 3BAJA 2VRJA 2X2YA 3M7SA 5I6SA 5ABFA 1H11A 1V0NA 1E0WA 1CPUA 4QLLA 4ATDA 1LLOA 1CYGA 1QW8A 1CXHA 4RE4A 4DWSA 5FIPA 1ZBCA 3CO4A 1ITCA 1NWUA 1FFRA 2WVVB 2W62A 4U3AA 5I78A 1OIMA 2W61A 4U2ZA 4MNMA 1J0ZA 3NDZA 1DWFM 1E73M 1EIBA 1CEOA 1GVIA 3VX0A 1E6XM 3PBGA 3B9EA 3VVGA 3N12A 4XB3A 1KB3A 1E43A 1O6IA 1XD0A 2WW5A 4FLOA 2JIEA 5DO8A 5IFTA 1FP9A 1KXQA 1VBRA 1WDPA 3PTMA 4UOZA 3CZEA 3MU7A 3WBAA 1C8XA 2YOCA 4ACZA 2PI6A 1PPIA 3VIIA 5CSUA 4B9YA 1J18A 1FFQA 1DP0A 3L2LA 2AOSA 1UR2A 3TTOA 3WD3A 4A4AA 2OSYA 4HA3A 3HN3A 4H7VA 3L4TA 2VCCA 1UWRA 1IT0A 2QLYA 1JZ5A 4UQEA 1M7XA 1OGBA 4MB4A 1GQLA 3ZOAA 3ARUA 4AXNA 4EKJA 4M56A 1QI2A 3PZTA 4KWUA 4JFSA 3VOCA 1TR1A 4W8AA 1E6PA 1OT1A 2WBKA 3JUGA 3SUTA 1E4NA 4JKLA 4Z2JA 4W86A 5HOSA 1BAGA 2CBUA 1UR8A 4AYSA 3AHYA 4AIEA 3DHUA 4OBRA 3AQUA 3KL3A 4HOWA 4GI9A 3W6MA 3WDIA 3VDBA 3RDKA 3CUJA 2VQUA 3ZIZA 5ABFB 2Y5EA 2DSZA 5HPCA 1R7AA 3G6MA 1SR0A 4AZBA 2HVMA 2YDQA 2JEQA 4KGJA 3CGTA 3CZ8A 4AEEA 1C93A 1WB0A 3W38A 1IZKA 1GCYA 1GJWA 3EMQA 1GOIA 5E09A 2PB1A 3K4AA 3TP4A 3ARYA 1CXFA 1Y7VA 3IAPA 4JAWA 4CN4A 3O9NA 2OWCA 3N17A 3CZLA 3AZTA 2CBVA 1NOWA 1V3IA 2F8QA 2CKSA 2DH2A 2X0YA 1KQYA 4BQ4A 3BLKA 4AY1A 5BXRA 4ACZB 1JZ7A 1QHPA 5BXTA 1E5NA 1PX3A 3UG4A 1C8YA 2JF6A 1LG2A 2PBGA 3BXWA 2WLZA 2ZOXA 3BMWA 1GOWA 1E55A 4D71A 2G8ZA 3RJXA 1KXVA 2ZXBA 1RD6A 3QHNA 1KXHA 4PEEA 2PWGA 4S3JA 3PHAA 3VIHA 1UR4A 4FLQA 4NZCA 2YJQA 3EMCA 4AD2A 5A6LA 3E1F1 3FY1A 1GHSA 2OZNB 4CN1A 2J8FA 2XUCA 4AZIA 4WSKA 2XWDA 1W91A 3FN9A 4QP0A 3EDFA 3VGDA 1LL4A 4D6IA 5DT5A 3AIWA 4JKKA 2EJ1A 3T09A 4X9YA 2VOTA 3FAWA 1QW9A 2YBTA 2WMIB 1H0GA 2Y8VA 3II1A 4J3VA 1QI0A 2DPEA 5LA1A 5GNYA 2DSUA 3APGA 1NH6A 2DT3A 3ZR5A 3FAXA 3MUY1 1J10A 2JF7A 7TAAA 1TCMA 1LWJA 4NRRA 4MJ4A 1A3HA 2RGLA 3PZNA 4PMXA 1KCLA 4CD4A 1C91A 2XPKA 1EQCA 5I77A 4HU8A 1DWGM 5C70A 1JL8A 2G41A 2W63A 1HL9A 1CNVA 3AIUA 4HPHA 5TD4A 4M1RA 5ECUA 3VPLA 4QFUA 7CGTA 2CITA 3AS3A 1H4PA 3SUUA 3M6DA 3UG5A 1WZAA 4AZ6A 1J0HA 1C3FA 1UH4A 4W89A 3WF2A 3PTQA 3WMBA 4CU8A 3ARQA 1DWJM 4MADA 4WIWA 2BY3A 4V28A 3OLGA 1BGAA 1PZ3A 4UCFA 4FLSA 1JXJA 1UR1A 1VJZA 2PWHA 4H8UA 1B30A 4HZ7A 3VILA 1HJSA 5A1AA 2YA2A 2CYGA 1WAWA 3MSGA 3WEZA 4JZ5A 4PTXA 4C7FA 2WLYA 2DDXA 2VNCA 4MTVA 1C7TA 2QMJA 4RL3A 3HU7A 2OYMA 3WF4A 4H8HA 3VUPA 1WZKA 2WHLA 1JYXA 3W24A 1L0PA 2V38A 3WBEA 1UA7A 2VUYA 4QCEA 3W28A 2WVUA 2VO5A 5I3DA 4JHOA 3AHZA 5IHSA 1EO7A 3ZSTA 1PX8A 4W7VA 4HOXA 2V3GA 1TVPA 1F4HA 2O9PA 3RCNA 3T0BA 2HISA 2DSVA 1V0KA 4UFIA 3AXXA 3CTTA 2W4XA 3BAIA 1XCWA 2VI0A 1BG4A 2Z1KA 3MKKA 5GQBA 3CPUA 4OKDA 4GZEA 1C7SA 6CGTA 1J9YA 1V6YA 2WC7A 3WDPP 2J7FA 4M81A 1E3XA 4P8UA 4AD3A 3AYRA 3ZM8A 2O9RA 1KGWA 1US3A 4F66A 2DT2A 5DFAA 2WMGA 1R87A 4CD7A 4PMRA 2YLLA 4UZSA 5CZKA 3N1AA 1E4MM 1GHRA 5AC5A 4ML4A 1ISYA 1FOBA 4LYQA 1MFUA 1E9LA 3MSDA 4IPNB 3HJEA 2J74A 1GZJA 2WHKA 5CGTA 1FH8A 3ALGA 1GOOA 4GPNA 5CPTA 3W25A 3WQ8A 3SCWA 1OIFA 2ZUUA 2XIIA 3GH5A 1H2JA 4TVDA 1KBKA 4FZOA 1E0VA 3WUEA 1BPLB 1CXEA 2VZSA 3WFLA 4WJXA 3OZOA 5AYIA 1W9UA 2WCSA 4H8VA 2CCRA 3OGRA 3S6TA 5FOOA 1XC6A 4AC1X 2G3NA 4MJ2A 1CLVA 1B3WA 3FHQA 4JCMA 4B9ZA 2D3NA 4TX8A 1DEDA 1DWHM 4B3KA 1LJYA 4QDMA 1LWHA 4CD8A 3CHEA 3VGEA 3WIJA 1MFVA 1DWAM 4HOZA 3EDEA 4J3TA 3WDRA 1U30A 4XZWA 1HF6A 3UESA 4B15A 4WK9A 1K9FA 5DEZA 1OSEA 4GZIA 5A6BD 2OYLA 3PZIA 2BY1A 1H5VA 1NWRA 4R27A 4PN2A 4IPLA 4U3CA 1HP4A 3QR3A 5I0DA 3AIQA 2W92A 2JIWA 5LYRA 1NWSA 2WKLA 4JKMA 4UR9A 2VZTA 2D1ZA 3WNOA 2GDUA 2DIEA 1OT2A 5BYWA 3PZQA 5M3WA 3W6LA 1W3KA 1EOMA 2G3IA 5JUVA 1TA3B 2FGZA 2EEXA 1MW1A 2XVNA 1JF5A 1V3LA 1RH9A 1VF8A 2X8RA 1JD7A 5A6MA 3I3DA 1CGWA 1JZ2A 1PEZA 3WELA 1JGIA 1WDSA 2VR5A 4GKLA 5I24A 1H49A 4PTVA 4AWEA 4BS0A 4Z2GA 2CESA 1W2VA 2W67A 3N9KA 4J3SA 1EHAA 3L4VA 1JZ6A 3GZAA 1QHZA 2FGLA 2QPSA 2BHYA 4LYRA 4D6DA 2ZX5A 3CUFA 1W9DM 1UD8A 2WZHA 1B3VA 1M53A 4W84A 2ZE0A 2EBNA 4DWSD 1MXGA 5KZ6A 3RM9A 2ZX8A 4X0VA 3GNPA 1B3XA 3AFBA 3BMVA 3F5KA 3ZR6A 4OBSA 3SCVA 5D9PA 4C7GA 2Y2WA 4PSRA 4CCEA 5A8PA 1JI1A 2VL4A 3AI0A 4Q22A 3U5YA 2UY5A 4BQ3A 2NW0A 1UYQA 2OWXA 4F9JA 3T0DA 5CLTA 1G1YA 1HVXA 2A3AA 5FL1A 4CD6A 1HVQA 3UR8A 3D5HA 1HJVA 3GM8A 4D1IA 4OZOA 1V3MA 2WHMA 5D8WA 1VEOA 4U5IA 4H2CA 1E70M 4OUEA 2C0HA 1OBAA 2ZUMA 4D6JA 1MQPA 1QPKA 4J28A 1B31A 3CUGA 4ACYA 4Q7NA 3AXHA 1JAEA 3VNZA 1M01A 1OD8A 1U2YA 3WDHA 2YA0A 2A3BA 1N82A 4JL2A 2D22A 4NF7A 4M29A 1ZU8A 2GJXA 4TTUA 5A8NA 1JXKA 4C7DA 1E5JA 3L4UA 2OYKA 4W8BA 1NOUA 3OA5A 2IUZA 4UQDA 4YPJA 3AHXA 1TUXA 1B9ZA 1KR1A 2GJRA 3OBAA 4D6CA 4TUFA 3AIBA 1V0MA 1L8NA 5D4YA 5KEZA 1EH9A 5E0CA 5A6JA 2CBIA 1C92A 1YQ2A 4PMZA 1XYFA 1F4AA 2XGIA 1HJQA 3T2PA 2BS9A 2J79A 2VZOA 2GSJA 4YHEA 1SMAA 3A47A 3U7BA 1JD9A 1PBGA 3WH8A 3IANA 1W1TA 3W26A 3W37A 2ZIDA 3DYMA 3QGVA 4JFVA 1K6AA 2J7GA 1XH0A 1JYWA 4UFMA 2QF8A 3G6LA 4Z2HA 3LPGA 2QPUA 3UG3A 4UFLA 1R86A 3GH7A 5I23A 3W29A 3T08A 4EE9A 4M8UA 4CD5A 1MW3A 4JIEA 2WMIA 2DT1A 1PJ9A 2WMHA 4JFWA 4M80A 1EDTA 2WYSA 3WDQA 2YL8A 1SFSA 3NYDA 4AW7A 3WFZA 4M82A 4P8VA 3L4WA 3S2CA 1XCXA 1BFNA 4D6GA 4NSBA 1AQHA 3WH6A 1QNRA 1NP0A 2J25A 2A3HA 5FD0A 1WPCA 3CHDA 5IDIA 3PZGA 1VIWA 3T0AA 5CG0A 5M17A 5IXEA 4LPCA 1JAKA 3UERA 4HTYA 3SUWA 1WNOA 1XGZA 3VGHA 4EANA 3POCA 2V3FA 4PTMA 5I5RA 3AMGA 4W7UA 2WSPA 3WD1A 2F61A 2WSKA 3VX1A 2UY4A 1XRVA 3BAXA 2JE8A 1HKKA 2GJXB 1ZJAA 3MUAA 1YHTA 4CUCA 5BCAA 1HNYA 4ATWA 3K8LA 2FHFA 3MUZ1 3W53A 1ISXA 2XSBA 4P7LA 1D7FA 2BXZA 4TTGA 4E4PA 3EBVA 4KGLA 2GVYA 3WNNA 3OGVA 4CKQA 3SIMA 4B3LA 1K9TA 3AMDA 2V3DA 2WM0A 3A4XA 4PCSA 5AC4A 1JDDA 3PZVA 1I1XA 4AIOA 2ZICA 1HJWA 4H04A 3ARVA 4CVUA 1MQRA 3VDCA 3A3HA 2WPGA 3VNYA 1Q6CA 3CMJA 2UWFA 3KZSA 1W9PA 3VIFA 5A6AA 5JBDA 4W87A 2VVNA 2XSAA 3SCTA 1S46A 3LPOA 3NUKA 3AS1A 1VFOA 1WP6A 1UA3A 1NP2A 2E4TA 5BWFA 1JFXA 1HL8A 2E9MA 2Q8XA 2NT1A 5A8MA 1OM0A 1V03A 2VVSA 1W2PA 1MW0A 3SCOA 4TVUA 1QVBA 4AZCB 1H0IA 2WWDA 1UD5A 5CPSA 2ESCA 1CXIA 1W9BM 1UUQA 3NSXA 2J8GA 3VMOA 4UFKA 3RILA 3WEOA 1C90A 2CEQA 2YL5A 4Z2KA 1J01A 1WZLA 4UQ9A 4TVCA 2CERA 4YHGA 2VX4A 2OSXA 2CNCA 3VINA 4LXFA 3ZQ9A 3AIEA 1JIBA 3CH9A 3ARTA 4V27A 3ZT6A 5BXSA 2V5DA 2E8YA 3VGBA 1BHGA 3CZKA 1OWQA 1HP5A 3NDYA 3BSGA 1LL6A 3CIVA 5CPQA 3QHMA 3AS2A 2AMGA 1BQCA 4DUXA 3BGAA 2YBUA 2XYLA 3RO8A 3WENA 1OD0A 4MPKA 3PZMA 3AROA 4B16A 3K8MA 4P8XA 1BYBA 2DSKA 2XJ7A 5FKYA 3WH9A 1XH1A 1AMYA 2E9BA 1HIZA 1KFWA 4ZXLA 5IFPA 3OLEA 1UQZA 3RPMA 4QAWA 1CBGA 3ZMRA 3LPPA 4XV0A 1X6NA 1GOMA 1WDRA 2D0GA 4AMCA 2ZXDA 1Q4NX 1MWOA 2OO2A 2VMFA 3THCA 3F5JA 2J78A 5AY7A 4PMOA 3U7VA 3VDHA 4HZ6A 4J3UA 3CZJA 1R8LA 3DYPA 2C7FA 2J77A 3OLDA 2FDMA 1AQ0A 5GPRA 4ZE4A 3M07A 5E9AA 2NT0A 3GDBA 4EAMA 3MMWA 4P8WA 2ZUTA 1BLIA 1ECEA 3I3BA 1ODUA 4UFJA 1GJUA 1WCGA 3THDA 1MQQA 1VFFA 5FL0A 1JDAA 4CGTA 1NWTA 2X09A 1VB9A 2FH8A 2WCAA 5BRPA 1JFHA 2PC8A 3K8KA 3ARZA 2PMRA 3ZJKA 3WSUA 4JCLA 2DT0A 3RM4A 2BVDA 2A3EA 3IJ7A 3WD2A 5I79A 4CU7A 1V3JA 1E4LA 3OG2A 3VO0A 3OLIA 4F8XA 2RGMA 1E1EA 3RJYA 1KXTA 3N04A 1LG1A 1GOQA 4BZYA 2DIJA 3WQWA 1VENA 4HU0A 1G01A 2BHZA 1WKYA 5A6KA 1XV8A 4BCEA 4D6EA 1KWKA 4JL1A 2BVTA 5IHRA 1D3CA 1KR0A 1X1NA 2X1IA 3ARWA 1CENA 4PMUA 1PX4A 2E9LA 3WF3A 4XUYA 4P7NA 3WUFA 3GXFA 1V02E 1TA3A 2ZUSA 2W66A 2WMKA 3VGFA 4FLRA 2ZUVA 3QOKA 1JDCA 2VX7A 4LX4A 4K68A 1WZMA 1G94A 1KWGA 2WWCA 3VIGA 1JNDA 1ZBKA 1EHNA 5M5DA 2VC9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1PIG A;  4PTW A;  2Y4S A;  1UD2 A;  1I1W A;  3AIR A;  5HNN A;  2ZXA A;  3T2O A;  1IV8 A;  3AMK A;  3WNM A;  2XIB A;  4W8L A;  2D2O A;  4FK9 A;  1M04 A;  1J0J A;  1J0I A;  3VU2 A;  1E6Q M;  3WNL A;  2VX6 A;  3L4Y A;  1B90 A;  4UOJ A;  1PIF A;  1BVZ A;  2G4F A;  4BF7 A;  3BAJ A;  2VRJ A;  2X2Y A;  3M7S A;  5I6S A;  5ABF A;  1H11 A;  1V0N A;  1E0W A;  1CPU A;  4QLL A;  4ATD A;  1LLO A;  1CYG A;  1QW8 A;  1CXH A;  4RE4 A;  4DWS A;  5FIP A;  1ZBC A;  3CO4 A;  1ITC A;  1NWU A;  1FFR A;  2WVV B;  2W62 A;  4U3A A;  5I78 A;  1OIM A;  2W61 A;  4U2Z A;  4MNM A;  1J0Z A;  3NDZ A;  1DWF M;  1E73 M;  1EIB A;  1CEO A;  1GVI A;  3VX0 A;  1E6X M;  3PBG A;  3B9E A;  3VVG A;  3N12 A;  4XB3 A;  1KB3 A;  1E43 A;  1O6I A;  1XD0 A;  2WW5 A;  4FLO A;  2JIE A;  5DO8 A;  5IFT A;  1FP9 A;  1KXQ A;  1VBR A;  1WDP A;  3PTM A;  4UOZ A;  3CZE A;  3MU7 A;  3WBA A;  1C8X A;  2YOC A;  4ACZ A;  2PI6 A;  1PPI A;  3VII A;  5CSU A;  4B9Y A;  1J18 A;  1FFQ A;  1DP0 A;  3L2L A;  2AOS A;  1UR2 A;  3TTO A;  3WD3 A;  4A4A A;  2OSY A; 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