2YL9A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
417
structure length
411
Chain Sequence
GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDQYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 160
structure length 411
sequence length 417
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl9A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl9A01
2JIWA 3AS1A 3WMBA 5I23A 1UD8A 1UR4A 4K68A 4MADA 4F9DA 1UR0A 2OYLA 2EPMX 4UQCA 1DWIM 8CGTA 3W26A 2WC4A 4W7WA 3IAQA 1WDRA 1HKIA 1NP2A 3EDJA 3CIVA 1H0IA 3WEMA 4XX6A 1V3JA 3CHDA 2ZUNA 4JIEA 2JEPA 3WIJA 3ZJ7A 2JIEA 2PMRA 2ZUVA 1HVXA 2E8YA 4Y7EA 4TX6A 2WWCA 1CXLA 1KBKA 5A8PA 1PEZA 1CGUA 1QHZA 2QMKA 4PTMA 2BV9A 5BXRA 3MU7A 2WZEA 1WPCA 3FHQA 1MW0A 1C7TA 1GOKA 1ODUA 1WZAA 2EPKX 4UQDA 1J18A 4WSKA 1B9ZA 3ZR6A 2WBGA 1OGSA 3AS0A 1OM0A 3WKZA 1MXGA 3T0BA 2VT0A 2VZTA 4PCSA 3N04A 1A3HA 2XM2A 4LQ1A 2D23A 4C7GA 4AEEA 1XHGA 2WZIA 5A95A 1HL9A 1UD4A 2WNWA 4Q22A 2CKRA 1X6LA 1SMAA 1EHAA 4B16A 2X0YA 3OLEA 3TP4A 5M03A 2XSBA 1GQJA 1QI2A 1VRXA 5CZKA 2YL9A 5E09A 1E6NA 3U7BA 5BXTA 1UD2A 2VCCA 2VVNA 1JI2A 4PSRA 2DEPA 2WHLA 4JFTA 3SEPA 2O92A 4HOZA 4LX4A 2G41A 4P7NA 3PTKA 4PRWA 1C93A 1AVAA 4CD5A 4UFKA 1UR8A 4M82A 4BQ5A 3GM8A 5CJ5A 3WBAA 3AHXA 3SUWA 1DWGM 3VIIA 1CXFA 3WF1A 3SCTA 4P8XA 1PZ2A 2CNCA 1EHNA 4ZEPA 1HJVA 1NWRA 4GQRA 1JL8A 3UESA 4TX8A 3BAKA 4TVUA 4J27A 3GNPA 4LYPA 3WD3A 5DF0A 2XFRA 5BYWA 2OZNB 1FH7A 4AZGA 1D7FA 2VX4A 2VRKA 4WKAA 4Q7NA 5KZ6A 4A3HA 3LPPA 4CCCA 4ZE5A 4ACZB 1GZJA 1WP6A 2XVGA 5CLWA 1JZ4A 1H49A 1CXEA 2XVPA 1EGZA 1G9HA 1W1VA 2VX7A 2WMIA 2WPGA 4X0VA 4PMUA 3WQ5A 3VIJA 3CUJA 2W62A 3VIPA 1E72M 4WF7A 4QP0A 4HA3A 3SIMA 1E6RA 1C91A 3EBVA 1J11A 1ISVA 3NIYA 1W3JA 1E6QM 3PZ9A 3ARUA 2RGLA 3M07A 4J3WA 1XCWA 1UWSA 3AS2A 1UH4A 3RM8A 1PJ9A 1G1YA 3MUIA 1KXVA 2DSZA 3MV11 1R7AA 3D3AA 1V02A 2V3EA 4GKLA 2A3BA 4NI3A 2FGLA 3WNKA 5BXSA 3AHYA 3OA5A 5D8ZA 1HNYA 3AJ7A 1TE1A 3HN3A 4EE9A 3BAJA 1GQKA 2A3HA 3N11A 3QHMA 4PMNA 1J12A 3ZM8A 3WD1A 1PIGA 1ISYA 3A6OA 1ZJAA 2MANA 1ESWA 1LL6A 1BYCA 3ZJKA 2QV4A 3A4AA 3T0DA 1E6ZA 4W88A 2OYKA 3AMDA 3VM5A 3THCA 3WUEA 1BG9A 1QHOA 2DH3A 1UKTA 1LL7A 2GK1B 4UCFA 2F61A 4JHOA 1VFMA 4W85A 4QDMA 4H41A 3T0AA 1V3HA 3L4TA 2PF0A 1N82A 2XJ7A 5F7UA 1BAGA 2VX5A 5EFFA 2NT1A 4A4AA 4AZ6A 2X1IA 3VOCA 1PIFA 2JALA 3LPOA 2VQTA 1FP9A 2FHCA 1OGGA 2WMGA 3B9DA 1V02E 3VIHA 3TTOA 3VUPA 2G8ZA 1E5NA 3NCOA 4W89A 4NRRA 3BXWA 3U57A 3OZOA 2ESCA 3GXFA 4OIFA 7CGTA 1UA7A 4N42A 1GHRA 3BCFA 1JDDA 5DMYA 1QNQA 1XSKA 3OB8A 3BSHA 3GYCA 2EPOA 4XB3A 3W0KA 1WAWA 4J28A 3SURA 3THDA 3AIWA 1B3VA 1EOMA 1E40A 5A6JA 3BSGA 5HPOA 1BVZA 1BQCA 1GORA 1C8XA 1BGGA 4GINA 4D6HA 2WCSA 5DO8A 2RGMA 2V5DA 3MMUA 1HL8A 3I3BA 1E73M 1JYNA 4HU8A 2PBOA 3LPFA 4KMQA 2Y24A 1OWQA 3B8SA 1QPKA 4AD4A 3VIFA 2OYMA 4AD0A 3VIOA 3FNDA 1GOOA 3BGAA 5C71A 3CUGA 1UHVA 1JF5A 3WD2A 2D22A 2XM1A 4ZXOA 2JE8A 4C7FA 3ALFA 3AYRA 5TD4A 1NWTA 1Z32X 2XYLA 2J7EA 3UG3A 3L4WA 3POCA 1B90A 5C70A 1W9XA 4HTYA 2DQXA 2PBGA 4BS0A 3AMGA 3BMWA 4TVCA 4JCMA 3B9AA 3PZNA 3N12A 4M24A 5E6YA 8A3HA 3DECA 4NRSA 2W4XA 1MW2A 1C3FA 1UR1A 4BF7A 4F8XA 1JZ5A 1UZ4A 3CHEA 2DSUA 5AC4A 2DT2A 3WDHA 1NARA 1BLIA 1TVPA 4GQQA 3AZTA 3U5UA 3WL1A 4IUGA 1B31A 1CNVA 1NQ6A 1KXHA 4BZYA 4CD4A 3N15A 1MQQA 4ML4A 1WDPA 5D9OA 3SCRA 1HIZA 1UD3A 2J7HA 1LF1A 3KL3A 3FN9A 3NSXA 4AD2A 1ISWA 1E4NA 1WDQA 2G3NA 3LPGA 4UQAA 3RMEA 3UR8A 4QCEA 3B9EA 3ZT5A 2J47A 1W32A 1RPKA 3VGGA 3W24A 1JZ3A 4J3UA 4M1RA 2ZX9A 3OGRA 2ZXDA 2F8QA 3ZOAA 7TAAA 5E0CA 4UOZA 4HOWA 1E3XA 2C8NA 4ATLA 3PZVA 3AMCA 1FA2A 1CBGA 3W25A 1MFUA 4WKFA 2EJ1A 3HMCA 3VGEA 2GFTA 3MUZ1 4CN6A 5ABHA 1OT2A 1VEPA 2XTKA 1I1WA 1H11A 2XFYA 2XWEA 3TTQA 1BG4A 2IUZA 2WSPA 3VPLA 4AZCB 1BTCA 1G0CA 1PX3A 1ZU8A 3AS3A 1BFNA 4JFSA 2CITA 3ARRA 3ECQA 3TTYA 3AICA 6CGTA 2W91A 3OLIA 4JFVA 4HA4A 4FZPA 1EO5A 2YA2A 4UZUA 5E6ZA 1JYXA 4CU8A 4AXNA 4HPHA 2G3MA 1MYRA 2VR4A 3OBAA 3NJ3A 3AHZA 3WNMA 3J7HA 3AIUA 3W29A 1FHDA 2VR5A 5IFPA 4UFLA 3EYPA 2OWWA 1Q6CA 3DC0A 4JCLA 1F4HA 1H4PA 1XRVA 1HJQA 4P8VA 1JFXA 1GPFA 1JYWA 4GI6A 3VMNA 4QAWA 4UNIA 2QPUA 4PEEA 3WH7A 1DWHM 1LWHA 4DWSC 5I79A 1KBBA 5D9PA 2WLYA 2GJXB 1MW1A 1HF6A 4FLSA 4LGXA 4BQ4A 2WYSA 4S3KA 2BNJA 3RM4A 3WDIA 3VDHA 1AQHA 4D1IA 3CGTA 4MNJA 5GQBA 4AIEA 4W93A 1NOFA 3N1AA 2CBVA 2EPLX 2WMHA 3CH9A 3OG2A 1JG9A 2FH6A 4IISA 5I6SA 1UOKA 1Q6GA 1HP5A 5DT5A 5A8QA 4CVUA 4L4OA 3VD9A 5FL1A 1UWRA 2W61A 4B3LA 2J7FA 3WQ4A 2D1ZA 1FHLA 2OSWA 4J7RA 2VVSA 1H41A 1E0VA 1F4AA 1JZ2A 2CHNA 1L8NA 4GPNA 1EOKA 4XZBA 2VOTA 1MQRA 1KR1A 3K4AA 3CUIA 3A3HA 3SCOA 3A4XA 1CENA 1NH6A 1W3HA 1WE5A 3FW6A 4AZBA 3QGVA 1TA3A 4DUVA 5CGTA 1QVBA 1BYDA 3O9NA 3ARZA 2YBUA 1GQIA 2EQDA 1NP0A 3VIKA 3O2LA 3RM9A 1I1XA 1V3LA 1ZB5A 3PZGA 5GNXA 1B3XA 2GVYA 1PX8A 3CTTA 3EDFA 4IPNB 2J7CA 5LA0A 3QOKA 1E1EA 4PN2A 3MSGA 2VO5A 3A47A 4AYSA 1E0WA 4PMZA 1IZJA 4GO9A 2CERA 2J25A 4EK7A 1VJZA 5IFTA 2V3GA 4HU0A 3W81A 3BAXA 3MS8A 3AIBA 5A6BD 3SCQA 3GNRA 1J0KA 2YL6A 4D6CA 2D2OA 1UUQA 2Y2WA 4OOZA 3UG4A 4FLOA 2XWDA 3ZJ6A 1C7SA 1CGYA 4W8LA 1JGIA 1UQYA 2UY3A 1W1TA 3VNZA 2XIBA 1XGZA 4QFUA 3HJEA 3VVGA 1G94A 5BRPA 5ABEA 1CYGA 3ARSA 3NYDA 2EEXA 1E4LA 3PHAA 3ZO9A 4UZSA 4AWEA 1BYBA 1TVNA 1OIFA 1H5VA 2VCAA 3GH4A 4JL1A 2J62A 4AZ7A 4RE4A 1IT0A 1VEMA 3II1A 1EQCA 5DEZA 1AQ0A 1CTNA 1Q6DA 3BLPX 3ARYA 4D6FA 3IJ8A 2EO7A 4D71A 1CZ1A 1HKKA 2J79A 1W9VA 3CBWA 3FXYA 4WJXA 2WZHA 1ZL1A 2X2YA 2E0PA 3MMDA 1JDCA 2WVVA 1V03A 4CD8A 5GNZA 1CEOA 4J3VA 1HP4A 2ZUUA 3RPMA 2XG9A 4PYSA 4RE2A 4AZHA 1M01A 5A2BA 3MUY1 3EMQA 2J77A 2JFEX 3BAIA 1QW9A 3T2PA 5M17A 4C7DA 3K4DA 3WBEA 1OIMA 4OBSA 2WAGA 3AIEA 3SCSA 3VDCA 4Z2JA 1HT6A 4WIWA 5HNNA 5A6SA 2ZUTA 2CKSA 4IM4A 1RH9A 5A8OA 3K8KA 2V3DA 3WSUA 1HVQA 2CPUA 1UR9A 2WM0A 3AZRA 1M04A 2OWXA 3F5JA 1H2JA 3AMLA 4W7VA 3W37A 3AHVA 1UA3A 1W1PA 3WF3A 4DWSA 1UQZA 1W9DM 5A1AA 3EMCA 5FCZA 4Z2LA 1XYFA 4W7UA 4RE3A 2W66A 2UWFA 3WELA 3WH8A 1YQ2A 4U2YA 2GDVA 5BRQA 2XVNA 2ZX5A 2WVUA 4N0RA 1K6AA 3EDKA 2BVTA 3BCDA 1E15A 2WBKA 3VTRA 1EDTA 2YBTA 1DWFM 2UY5A 4AZIA 2WWDA 1OCQA 2XPKA 3LMYA 2O9PA 1J10A 1V3KA 4E4PA 2ZUWA 3I3EA 3VD3A 2A3AA 3WNNA 1XC6A 4OUEA 5I2UA 2J8FA 1CXIA 3WQWA 1AQMA 1C8QA 1TUXA 4Z2GA 1XV8A 2XGIA 4B15A 2BHYA 4GZIA 1XD0A 2D0GA 4OZOA 2VQUA 4OKDA 4UQBA 1LG1A 3DYPA 3T09A 3AIRA 2YKKA 1EIBA 1A47A 1C8YA 4Z2IA 3SCWA 3W28A 4XZWA 4UQ9A 4MJ2A 1W2VA 5M3WA 3PZOA 5IDIA 3WDQA 2E4TA 4FZOA 2PWEA 1ZBCA 5BCAA 3SUVA 1VAHA 4ATWA 4DUWA 2DT3A 1JNEA 2O9TA 1KXQA 4DUXA 2J7BA 2Y5EA 1ZS2A 2AOSA 4NSBA 1KCLA 1FH9A 2VX6A 2YDQA 3ZR5A 5ECUA 3QHNA 5CQ1A 2DIJA 2Y8VA 4UR9A 2DDXA 4QLKA 5HDRA 4QLJA 1VEOA 4OJYA 5HOSA 1ZJBA 3WEZA 1KCKA 2D20A 4ZFMA 2DPEA 3KZSA 1VBUA 2W5FA 3VO0A 5AC5A 2O9RA 3NUKA 1HJUA 4J3TA 3IJ7A 3NDYA 5LA2A 4D1JA 1GHSA 2XFFA 3WENA 3VM7A 3WMCA 1QW8A 3NSMA 3MV01 2DSWA 3SCUA 1K9TA 4OOUA 3M46A 4M56A 1Q4NX 3VGBA 4DWSD 4ACYA 2PI6A 1GQLA 4KGLA 4FF5A 1C92A 4FK9A 2CETA 1XH0A 2PWGA 4HZ7A 1Q6FA 4AIOA 3UERA 2YA0A 1JAEA 4E8DA 3VINA 3L4UA 2J78A 3WQ6A 3EDDA 5E70A 5A69A 1HXJA 4MAZA 5CSYA 1O7AA 1FFRA 4IPLA 3SCPA 1ZBKA 1E3ZA 4D6JA 1JFHA 3G6LA 4X9YA 1SMDA 4MNKA 1J0IA 5HBFA 4ACZA 2ZICA 1E55A 4P8UA 3WFZA 4X0NA 4CCDA 2YL5A 1E6PA 1GOIA 3AQUA 2WXDM 1OT1A 5LYRA 4AISA 4YHGA 4JFWA 5A6AA 2OSXA 2CYGA 1ISZA 2CHOA 2YDSA 3ARXA 1VIWA 4TOQA 4D72A 3L4VA 3GH7A 3WQVA 1V08A 1GCYA 5EBAA 5EMYA 2YLLA 2B31A 2VTFA 3N9KA 4D6DA 3MKKA 2YOCA 2ZUSA 2J7GA 4PMDA 1WO2A 2C7FA 1CIUA 2VC9A 5ABFA 3SCVA 5JUVA 2CBJA 4BA0A 1B3YA 4UTFA 1GJUA 2WK2A 2PWHA 4FLQA 3VGFA 4PMYA 3NSNA 3VDAA 3W38A 2VJXA 1ISXA 7A3HA 1W3KA 3AIVA 1JD7A 2OO2A 1R8LA 1JAKA 1LWJA 1K9DA 1ODZA 3ARQA 2E40A 2BY1A 4PMVA 1UWUA 4J3SA 3WH9A 2FH8A 3GDBA 4DM1A 4HMDA 3HU7A 4H8UA 2DGAA 1M53A 4CKQA 4TTGA 2VMFA 2AMGA 3D5HA 4NZCA 4PMXA 3ARVA 1E4IA 1UYQA 3RJXA 1HJWA 3K46A 3GZAA 2XSAA 3GTNA 3F5LA 1CXKA 1RP8A 2Z1KA 2YL8A 2WKGA 1RP9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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