2YL9A

Inhibition of the pneumococcal virulence factor strh and molecular insights into n-glycan recognition and hydrolysis
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
417
structure length
411
Chain Sequence
GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDQYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
publication title Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 160
structure length 411
sequence length 417
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 2yl9A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2yl9A01
1FA2A 3GNRA 1CLVA 1J9YA 1JGIA 4ML4A 4AZBA 1VF8A 3K46A 5IFPA 3FNDA 7A3HA 4GZEA 3SCVA 2WMGA 4CN1A 3SUVA 2W67A 1RD6A 3W28A 1C92A 2YL9A 4AD3A 2A3EA 1B3WA 3AIEA 1UD2A 2X1IA 1E6RA 2JIWA 4PBGA 3RO8A 3M7SA 3WL1A 2VX5A 4W87A 1C7SA 1C3FA 5A69A 4DWSD 1JZ5A 2F8QA 5A8NA 3N11A 1PX8A 1ISZA 1JDDA 1QBBA 3MS8A 1E6NA 2E3ZA 3MSGA 5A94A 2DIJA 1W1TA 1E0VA 2D0HA 2WW5A 4W5ZA 1QHPA 1WAWA 2DSWA 2E8YA 4M29A 1US3A 3VOCA 2WSPA 4R5EA 3SCNA 2J77A 5EMYA 4AWEA 2W61A 1C8YA 2YLLA 1UUQA 2Y2WA 4M56A 2Y8KA 2YDSA 1MWOA 4ZE5A 3TTSA 4ZENA 2OSWA 1GQJA 1ISWA 1UD3A 3GH7A 4BCEA 2RGMA 3BH4A 3CMJA 1HJUA 4EANA 4GI8A 1JZ4A 1GUVA 3AIUA 2O9OA 1Z32X 3WEMA 4FZPA 2W92A 4ATDA 3VDCA 1WKYA 1HN1A 3AXXA 2WBKA 4AEFA 3MSDA 1NWRA 1G9HA 4UOJA 1DP0A 5A3HA 3WF4A 3MV11 4P8UA 3I3EA 4TTUA 2BY0A 6A3HA 4DWSB 1E4MM 3TOPA 2V38A 4K68A 1J10A 4AD2A 3ZO9A 5AC4A 5D9MA 5BXPA 1BHGA 1QHZA 2WMIB 1K9EA 4JHZA 3BLKA 4D6HA 5HNNA 3FXYA 2J7GA 2WHJA 2WZEA 3UG4A 3VO0A 1GNXA 4LYPA 2DH3A 3M6DA 1E5NA 1TG7A 4UQBA 4XZBA 3CGTA 1EDQA 1PX3A 4J3SA 1OIMA 3VX0A 1M7XA 4Z2GA 1JYXA 2EO7A 4TVCA 1E4NA 1ZJBA 2WVTA 4P8WA 1XYFA 3AFBA 2YLAA 2WHLA 1QHOA 4M82A 3AIRA 3VDAA 2XFFA 1H11A 2VR4A 4AY1A 3ZSSA 1UKSA 1UR2A 1W9BM 3GDBA 1CGVA 4EE9A 3N04A 1S46A 4HU0A 1GORA 1JZ2A 1B30A 1XD1A 3ARSA 2CXGA 1VEMA 3ARRA 3WY1A 4KRTA 5BXSA 1NQ6A 5LA1A 1UQZA 3EMQA 1QNSA 3OLGA 1XCXA 4ZE4A 4HZ6A 3UEQA 3UG3A 2UY4A 1E55A 4B9ZA 3RPMA 1JDCA 2AAAA 2XWDA 2CBVA 2D22A 1W9VA 3ARWA 5CXPA 4AD0A 1MFUA 1ZS2A 3FHAA 4KGLA 1XCWA 1UZ4A 2E4TA 5GPRA 3UETA 3ZMRA 1CXHA 3UCQA 3WNOA 1EQCA 2O9TA 4S3KA 1BFNA 2A3CA 4QDMA 3EDKA 3LPOA 2FDMA 3NIYA 3BAIA 4FF5A 1E1EA 2NT1A 1QI4A 2IUZA 1JZ8A 1V08A 4IPLA 2VRQA 1CXFA 3VGFA 1LQ0A 3RCNA 3VD5A 3W6LA 1UWQA 4AZCA 1HJSA 3WL0A 1BSIA 4E8CA 2QV4A 4ACZB 1DWAM 3HJEA 5FL1A 2GVYA 1W3JA 1JZ3A 1CXIA 3L4TA 2WB5A 2VTFA 4OIFA 5M17A 3ARVA 1HP5A 1HF6A 4JFSA 4TVUA 4HZ8A 2ZUVA 4JKMA 3B8SA 4QCFA 4CCCA 1B1YA 5AYBA 3N17A 4D6FA 3U5YA 4JL1A 3CO4A 3WQ4A 1XSIA 1C90A 2CYGA 2QLYA 3KL5A 4UQDA 2B31A 2PI6A 2ZX6A 1DWGM 3L4WA 2WNWA 1EDTA 1CIUA 4WSJA 5CQ1A 4HMEA 1UR0A 4YN5A 9CGTA 4XX6A 3LPFA 1VBUA 2GJPA 4Z2IA 1PZ2A 4Y7EA 1OGGA 2O9RA 3B9DA 4MNJA 2DT1A 1J12A 5GQBA 4AYSA 1E56A 3DC0A 3PTQA 3WBEA 1G5AA 4H04A 1W2PA 1EH9A 2WCSA 4U31A 5A8PA 3KE0A 3NDZA 4OJYA 3VDHA 1QI2A 1CGWA 3A4AA 2GSJA 2VCCA 2QMJA 4PMVA 2A3AA 1VEPA 1WZAA 5GNXA 2J7EA 5KEZA 2ZXAA 1TCMA 3O2LA 1HKJA 4AZGA 2V5DA 1Y7VA 1W91A 2V3EA 1K9DA 4GKLA 2DPEA 1W2VA 2PWFA 6TAAA 2ZX9A 4W84A 2J8FA 1MXGA 2YIHA 2X0HA 5CG0A 2XVKA 1I75A 1VAHA 2X09A 4DUVA 1Q6FA 3ZSTA 2QPSA 4TUFA 5EBAA 1KGXA 1W1VA 4OBRA 1DWJM 2Y24A 1LLOA 1E43A 1Q6EA 4KRUA 2YL6A 3PTKA 2VQUA 2PWEA 1UG6A 1FHLA 2YBUA 3ZOAA 5JIPA 4W8BA 4CGTA 2XJ7A 4HOXA 4D1JA 4AIOA 1H49A 4CN6A 5ECUA 1WZKA 2J7DA 2XPKA 3MMUA 1CDGA 4PMXA 4WLCA 1E0WA 2VRKA 4QLKA 3VX1A 2IXUA 4HTYA 2CKSA 3EMZA 1O7AA 3WF1A 4PRWA 2D3LA 3AMDA 1HL9A 2WANA 3QHOA 4MNMA 3NSNA 3S2CA 3QR3A 3FW6A 1QI5A 3B9EA 5HDRA 3WFLA 2BHYA 3RDKA 4PMRA 3WDPP 1V3LA 2BNJA 2O9PA 1LWJA 4D6JA 3CZ8A 4W88A 4NSBA 4ZXLA 1I1XA 4P8XA 2VZSA 3L2MA 3VIIA 4PUEA 3WH6A 3KZSA 1UA7A 3NUKA 5D8ZA 2GK1A 4PSPA 1C8XA 2BXZA 3UG5A 2WXDM 1LG1A 2FGLA 1MW3A 1HJXA 3EDDA 1GOKA 3CUGA 1XH0A 5DT7A 1HVQA 2E0PA 1GOWA 1UR9A 4OOUA 4OUEA 4B16A 5JBEA 1V02A 3VPLA 1R86A 4PMOA 5A6LA 2VMFA 1JF5A 2X0YA 2OWCA 3WDHA 2WC7A 2XVGA 3BGAA 3VVGA 4WIWA 3RILA 1CWYA 1GHRA 2EBNA 3VIHA 1E73M 2ZXBA 2VZVA 4HPHA 4AC1X 1UKPA 3GH4A 3VGGA 2DIEA 1VFUA 5A6AA 1UD6A 1M03A 1DWHM 2WMHA 1XRVA 2EPKX 4M24A 1GPFA 1V0LA 3WUFA 1OIFA 1TA3A 4YPJA 3SUTA 1XHGA 4NRRA 5IFTA 2D3NA 2JE8A 1EO7A 3NSXA 3CBWA 3WUGA 3SCUA 1DEDA 1OINA 1A47A 4GO8A 1LL7A 1Q4NX 1UWRA 1HJWA 1BVNP 4E2OA 3NJ3A 1K6AA 2NSXA 2DSKA 2XIBA 3T0BA 3PZQA 4BQ5A 1H2JA 4NZCA 1MXDA 3CHDA 2YA2A 4P7RA 2BS9A 1ZBCA 3B9AA 4D72A 1NARA 4MAZA 4W93A 4ZEPA 1W9PA 3VNZA 3RMEA 3N12A 1G1YA 3A4XA 4JFVA 2CETA 1N82A 3U7BA 2XFYA 4UOZA 4QLLA 2J8GA 1CGUA 1CXKA 5FOOA 1OBAA 3CUFA 3RM8A 1VRXA 4B9YA 2CIPA 1E40A 4D6DA 1FFRA 1US2A 3VIJA 2ZOXA 5A6BD 3EYPA 1GQLA 5A8OA 2GDUA 3DYMA 1H0GA 5CZKA 3AICA 3TONA 2XM2A 5EFDA 4P7LA 2CERA 4CU7A 1E4IA 2ZX7A 3U57A 1V3HA 1FH9A 1KB3A 3ALFA 3N1AA 3ZJ8A 1E9LA 1YQ2A 1MFVA 4MAVA 5I24A 3WIJA 3ZM8A 1E4LA 2C8NA 1HKKA 4UFMA 1TMQA 2UWFA 1FP9A 3PBGA 2WHKA 4P7QA 3VKKA 5A6SA 5FKYA 3OB8A 1ZBWA 4AD4A 3GXIA 1HKIA 4XB3A 2J79A 5DO8A 3VIGA 2WMJA 4J3XA 5ABHA 4MPKA 2YA1A 4P8VA 3UR7A 3ALGA 3L4VA 1JZ7A 2OO2A 3ZR6A 3EDFA 1U30A 2NT0A 3BAXA 3OBAA 2J7CA 4W8LA 1H41A 4QLJA 4A3YA 5A6MA 4GIAA 4HOWA 3L4YA 4QP0A 1G01A 4Z2KA 3AISA 4RE3A 4JFWA 4CD4A 3GXDA 1E3ZA 1XC6A 2WK2A 1BYAA 2JALA 4NRSA 2RGLA 2XSBA 4FLOA 1H1NA 4ZXOA 2ZX8A 3QOMA 3W82A 1BGAA 2DGAA 4H8HA 3VNYA 4ACZA 1J01A 4OBSA 5E6YA 1X6LA 3MUZ1 1JAEA 1NP2A 4J27A 5E0FA 1EXPA 5BRPA 2GJXA 1QI3A 1FP8A 3GH5A 1UH4A 1JYWA 4W85A 3G6MA 2XGBA 5GNZA 1GOIA 1JNDA 2AMGA 2UY3A 4AEEA 2PBOA 1ITXA 2ZUWA 3TA9A 5JBFA 1NWSA 3WNNA 1V3KA 2WCGA 2DQXA 2O92A 3L4UA 2WC3A 1E6XM 1GOQA 5CSYA 4WF7A 3GBEA 3HN3A 1VFMA 2XSAA 4TX6A 4X0NA 4PEEA 1TZ7A 3S6TA 4RE4A 2XGIA 2CBIA 5GNYA 2A3BA 5BXTA 1V6WA 1UWUA 3PZNA 2DDXA 1UR8A 2VQTA 3WQ6A 1IT0A 5I23A 4AD5A 4PMNA 1XH2A 2BVDA 1CGYA 3WELA 1O6IA 3NDYA 4EK7A 1ECEA 2BY1A 1JFHA 3N13A 2VZOA 2CNCA 4N42A 3POHA 1J0ZA 4B15A 4MNKA 5CGTA 3GZAA 1L0PA 2DH2A 4DM2A 4UFJA 1BLIA 3D5HA 1G94A 4GQRA 3AS3A 1R85A 1WDSA 1UKQA 4URIA 2UY5A 3LPPA 1JI2A 1R8LA 3HU7A 3VILA 3M46A 3BCDA 1J0YA 1NWTA 4HA3A 2D24A 1W9UA 1K9TA 4JKKA 1M53A 4D6GA 3ZT6A 1WP6A 3AMLA 3WH8A 4PTVA 1K9FA 1WO2A 1CXLA 1AQMA 5I2UA 1KXVA 1TFVA 2XVPA 4J3TA 1EA9C 3QOKA 1PJ9A 4UCFA 3SUSA 4UQEA 3VUPA 1XH1A 3W24A 4U5IA 4WSKA 3IJ9A 2WCAA 3CPUA 3L4ZA 4XZWA 3W38A 1RP9A 1V6UA 1VIWA 5A6JA 4FLQA 2DSVA 3IK2A 3IAQA 1BPLB 1RP8A 5M3WA 3PZ9A 3WDQA 4J7RA 2D0GA 2XWEA 3VMPA 1KBBA 2QPUA 4PMUA 4H2CA 1UD5A 3O6AA 5E0CA 3CZLA 1WDPA 5A1AA 5C8BB 4MDOA 1ZB5A 1H5VA 1EQPA 2OSYA 4FLSA 3CHCA 5TD4A 2CBUA 3M07A 1XYZA 4YHEA 4GINA 4CKQA 1D2KA 4CD5A 4W7UA 4D1IA 1EOMA 3CMGA 1C8QA 4MDPA 3K8KA 4QAWA 1DTUA 4PCSA 1FH7A 3MKKA 4CU6A 1FFQA 4UFHA 1VFFA 3AXIA 1UD4A 5BWFA 1IV8A 2CITA 2GFTA 3D3AA 4GI9A 4PSRA 4CD8A 5D8WA 1E5JA 4H7VA 5ABFB 3T0DA 1PPIA 1VJZA 5BCAA 1NWUA 4PTXA 2VC9A 4CU8A 3N15A 5CLWA 3KWXA 2DT0A 1KR0A 1UKOA 3AZRA 3K4AA 3AXHA 4EAMA 1UH3A 5DMYA 3ARXA 1GQIA 2E9LA 3BC9A 4UFLA 1NP0A 3PZIA 2WSKA 2WMKA 3EBVA 1GVIA 2D2OA 3WMCA 2WBGA 2ZUSA 5A95A 3W53A 2VI0A 2EXOA 4CCEA 4PMZA 3CUHA 5AYIA 4E8DA 3SCWA 4U2YA 4Z2HA 2BVTA 1PIFA 5I5RA 3OGVA 1J0JA 3WF3A 1DWIM 1LWHA 1QOXA 4WJXA 2CESA 4C7GA 3MUY1 2EPMX 4D6IA 3T2OA 5IDIA 2D20A 4F9DA 3WD1A 1J0IA 1NOFA 2WWCA 1QNPA 4MNLA 4AZ5A 2XM1A 1HKMA 4PTWA 4HP5A 2A3HA 4C7DA 4JAWA 4MADA 3AHTA 4JHOA 1B3ZA 4A4AA 2J25A 2J74A 3AHZA 3ARZA 4F8XA 3WBAA 3WNPA 2VUYA 1E6SM 3BMWA 3MV01 2OYMA 2GDVA 4TXEA 4UFIA 3ZJ7A 1HL8A 3CUJA 1V3JA 4RE2A 2Z1KA 3CUIA 3RM4A 4C7FA 2BY2A 1SMDA 1ZU8A 3FY1A 2ZICA 5AY7A 3PN8A 2G3JA 3WDIA 4AZIA 3UR8A 3G6LA 1OM0A 3PZMA 3PZUA 4MB5A 5I79A 4P7NA 4X0VA 8A3HA 4S3JA 1BQCA 1SFSA 5IHRA 2E8ZA 1XV8A 2V3FA 1DWFM 1MQPA 4LQ1A 4LYRA 3WNLA 1OT1A 3CLWA 1RPKA 1MW0A 3WF2A 3SCSA 1PX4A 5BXRA 3AJ7A 2BV9A 3F5KA 4W8AA 3A47A 1OCQA 2VCAA 3K1DA 1NOUA 5EFFA 5JIWA 4AZCB 2OSXA 4JZ5A 3THCA 1Q6DA 1HNYA 3WF0A 4UZUA 1ESWA 2OWXA 1I1WA 2YDQA 1UQYA 3VU2A 5JBDA 1JD9A 1BYCA 1GVYA 3HMCA 1BVZA 3VGHA 2J7HA 3RIKA 3DHUA 2JF6A 3OLEA 2G4FA 2WKGA 4B3LA 4WKFA 2J4GA 2VX7A 3WH9A 1R7AA 2YKKA 1GJUA 1JG9A 3AYRA 1Q6CA 2VVSA 4XV0A 3T09A 4BS0A 1UA3A 4GQQA 2XIIA 1Q6GA 2PWDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G1A A;  3GNR A;  1WV2 A;  4ZSU A;  4ML4 A;  1VF8 A;  4UNK A;  5D37 A;  1A5K C;  4DXK A;  1WYI A;  1R3Q A;  4IM3 A;  1DOS A;  1XKJ A;  1ME9 A;  3SCV A;  3HAJ A;  2W67 A;  3QH2 A;  3W28 A;  4BF5 A;  2Q13 A;  3AIE A;  1UD2 A;  1XIM A;  2EKC A;  5HMF A;  3RO8 A;  3M7S A;  3MO7 A;  3WL1 A;  3NVT A;  4IIF A;  3SGG A;  1E1C A;  2C91 A;  1JZ5 A;  5A8N A;  3N11 A;  1TE6 A;  3V0S A;  5A94 A;  1T0O A;  2DIJ A;  2XIM A;  3G1S A;  1W1T A;  3C86 A;  2D0H A;  2WW5 A;  4O19 A;  2DSW A;  4M29 A;  5EMY A;  4AWE A;  1C8Y A;  1S2W A;  1KFK A;  1X97 A;  4ZE5 A;  2QJN A;  4ZEN A;  2IQT A;  3EX3 A;  4K8H A;  1UD3 A;  1UUM A;  1ALD A;  3QPE A;  4GI8 A;  1GUV A;  4GVH A;  1YPF A;  1EX1 A;  4FA3 A;  3DDM A;  3RYS A;  4LS0 A;  3VFC A;  3MSD A;  2FYV A;  2PUR A;  1TCD A;  1XYB A;  2BG5 A;  1ML1 A;  3WF4 A;  4EZW A;  4DBE A;  2AAM A;  4TTU A;  2V38 A;  4K68 A;  3ZO9 A;  1POJ A;  1U83 A;  4M6V A;  5D32 A;  4DJF C;  4FO4 A;  1QHZ A;  4GYP A;  4D8J A;  3KVL A;  2ZE3 A;  1FDJ A;  3BLK A;  2A21 A;  5HNN A;  3FXY A;  3W7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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