2YLA | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	419
structure length	416
Chain Sequence	GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDQYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPTNLSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	158
structure length	416
sequence length	419
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2011-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	2ylaA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2ylaA01

1C7TA 3QHNA 3BAKA 2NW0A 1SYTA 1ZBCA 4GO8A 4F9DA 3I3DA 1CXHA 1QNOA 1TZ7A 3M46A 4AZGA 1EHNA 3FAXA 3ZSSA 1UA3A 2CBVA 2BV9A 1XSKA 1L0PA 1WZKA 2D20A 4J7RA 2G3MA 4PCSA 2O92A 1E6RA 3CH9A 3WQVA 1NM9A 1V0MA 4J27A 2EBNA 3AIUA 1E72M 4MB1A 1MW3A 1FHDA 4HMCA 5JBDA 4ZFMA 2ZUVA 3MU7A 1CZ1A 3EDJA 1HVXA 4AZCA 4MJ4A 4JFUA 2VX6A 4PSRA 2E0PA 4PMRA 3OGSA 1E6PA 3O9NA 4D6EA 1TR1A 5I3DA 1W3LA 4JFWA 3WF1A 2J74A 1V3MA 1JFHA 3WF3A 4J3WA 2XFRA 2XFFA 1ISZA 1LF1A 1J0KA 3PZMA 1W3HA 2WANA 1JNEA 5A94A 5IDIA 1Q6EA 1LQ0A 1VFOA 2JF6A 2ZE0A 1OCQA 4B15A 4F9JA 3VD4A 4U33A 1QBBA 1UA7A 1R8LA 3SCQA 4H41A 3BLKA 3ZM8A 1F4HA 5HOSA 3T2QA 5I2UA 1QNSA 1D3CA 2YL5A 4CCEA 5C70A 4KGLA 1GZJA 1MW2A 2VO5A 4DWSD 1R7OA 4J3UA 4ATDA 1OGGA 3AZRA 3ZO9A 1V03A 3L4XA 4AZCB 3DYPA 3OBAA 3AXHA 5DEZA 3WDIA 2E3ZA 1JD7A 1J01A 3K8KA 3M07A 3CHFA 4U2ZA 1C8QA 4Z2JA 1OM0A 3WH6A 4KGJA 2GJPA 3SCUA 4CD5A 3QOKA 5D8ZA 1JAKA 5M5DA 3SIMA 3GBEA 2WKGA 3MMUA 3DYMA 3OIHA 3RILA 3TP4A 1UKTA 2GDUA 3QHOA 1J18A 2BY1A 3THCA 3VX1A 1FHLA 3MMDA 4HTYA 4S3KA 3ALGA 3B9AA 4F79A 1QNQA 1LL4A 2GFTA 3EYPA 1HNYA 4ZEPA 3WFZA 1OGBA 3VIGA 2XTKA 1AQ0A 3VIOA 1E4MM 1BF2A 4DUWA 4CN6A 4LX4A 1VF8A 3IAQA 2DIEA 1W9VA 2XHYA 5LA0A 1GOIA 2WVVB 3CBWA 2OYKA 2WC7A 3FXYA 2VRQA 4PMQA 2YA0A 2JNKA 2W66A 2WVSA 1X6NA 3VM7A 1U2YA 3K8LA 3TTOA 2OWCA 1KB3A 1NQ6A 1V02A 2XIBA 3WNMA 2WNWA 4M8UA 1C92A 4CVWA 2BHUA 1DWHM 1C90A 1JXKA 1UR2A 1PZ2A 3WQWA 3L4TA 3CZLA 5A6KA 4M56A 3WEZA 4BF7A 4XV0A 5CLTA 5A95A 4LYQA 4UFLA 5AYBA 3CZGA 1JF6A 2WHLA 1NWSA 3SUUA 4OIFA 2VURA 4HOXA 1NWTA 4YHEA 2O9RA 2XM2A 3GNOA 3M7SA 2D23A 3BAXA 3FY1A 3GXMA 3VTRA 1HL8A 1KBBA 3MV11 1UWIA 2CPUA 1KCKA 6A3HA 4AZIA 3ARTA 2J7FA 1V3KA 1QOXA 1LWHA 2VRKA 3O6AA 1E5JA 1BYAA 3WDHA 1G1YA 4IUGA 2ZX7A 3WQ4A 3AROA 1Q6GA 4GQQA 1HKKA 4IPNB 1UR1A 1JYVA 1W9UA 1WZLA 5E09A 2FHFA 4OZOA 5A3HA 2RGMA 4OOZA 1H2JA 4U5KA 2GJRA 1UH2A 2BVTA 2PWDA 3AICA 1QI4A 3ZIZA 2VNCA 2XVLA 1HVQA 1VEMA 4D1IA 1MQQA 2WC3A 4XB3A 3IAPA 2CCRA 2VI0A 3PZIA 4WSJA 3ZQ9A 1CWYA 1PPIA 3VM5A 3AS1A 2D2OA 3WNKA 1XD0A 1QHOA 2A3HA 4R27A 3F4VA 3QHMA 2D24A 4DUVA 1JYXA 1TE1A 4NZCA 4FZPA 3A4AA 4NRRA 1Q6DA 4UQCA 1CXLA 2J7GA 2WM0A 3KWXA 1JYWA 1B3WA 2Y8KA 1JI2A 1WPCA 2PWGA 2QPSA 3WD1A 2YL8A 2WMJA 3AQUA 1HT6A 1U30A 4TX8A 2YLAA 1GQIA 2J47A 4E8DA 1JL8A 2XVPA 2VMFA 1EQPA 2UY4A 1JIBA 2FDMA 4FLSA 5LA1A 2WHKA 1FOBA 1RP8A 3OB8A 4AIOA 4E2OA 4PUEA 1X6LA 3APGA 3SURA 2VT0A 4PEEA 4A3YA 1J10A 1R86A 4TVCA 3W27A 4AISA 1NOUA 2HISA 1DTUA 4QLJA 3QR3A 4TOQA 1IT0A 3CUJA 1OB0A 2XG9A 1CGVA 1PEZA 4HMEA 4B3KA 1HIZA 4HA4A 3PZQA 5I5RA 5A8NA 3GZAA 1XRVA 4AXNA 3AZTA 1UKQA 1UWRA 4QAWA 3UETA 4D1JA 4NF7A 1EH9A 3VGDA 4CD8A 3UR7A 4DWSA 4JCLA 4W8LA 4A3HA 3EBVA 4WSKA 3HN3A 2O9PA 3WDQA 4V2XA 1VIWA 4W8AA 3K1DA 3ARUA 3F5LA 3MUIA 3WD0A 3WDRA 3T0AA 1H5VA 5FKYA 1UD8A 4JIEA 5EFDA 1E3XA 1XH2A 1IV8A 1V08A 1IZKA 3OLEA 2C0HA 5CSUA 1B0IA 3GM8A 3VMPA 1BVNP 4Z2KA 5D8WA 1GVYA 1BYDA 2XGIA 2CERA 4JL2A 2WMKA 5A6BA 1JG9A 2DGAA 2G3JA 3NSNA 3NUKA 5A8MA 1W9XA 3KE0A 3BSGA 3CUGA 2IXUA 3CUIA 2YBUA 4JAWA 2ZUSA 1A47A 3WNLA 4TTGA 1CNVA 2FH8A 3WDPP 3FNDA 1KXVA 1ZU8A 5D9PA 2VUYA 1GJUA 3AJ7A 3LPOA 2V5DA 1GOQA 1KGWA 4PTMA 2WMIA 1BG4A 4H7VA 2B31A 2XVNA 1EDTA 3B8SA 4P8UA 2WCGA 2DSVA 3L2LA 1BG9A 2VX4A 5D9OA 3VMOA 3VIIA 5JBFA 2D0HA 2BXYA 4UR9A 6TAAA 4ZE4A 1OIMA 5A2CA 2VQUA 3VX0A 2BVYA 4JKKA 3RM8A 5CZKA 3AXIA 3VGBA 1B3XA 5BXTA 4KRUA 3SUTA 2WAGA 3VIFA 1KBKA 3CMGA 4KRTA 1H0GA 1DWIM 1GJWA 2QV4A 3J7HA 1ZB5A 4M80A 2ZX5A 2X1IA 1A3HA 3KL3A 2ZWZA 1H3GA 1ZBKA 3BAIA 2YKKA 2WXDM 3VIJA 1UHVA 4ATWA 2OLHA 4IPLA 1UZ1A 1BGGA 1E1FA 2PB1A 4EKJA 5AC4A 3N11A 5EFFA 2DSWA 3FW6A 4GIAA 1SMAA 3RO8A 2A3CA 4M29A 3CIVA 1EGZA 2WBGA 3WSUA 4MNJA 1H4PA 4U2YA 1Q4NX 4CCCA 5A6SA 5CSYA 3D3AA 4W7UA 3L4VA 4AIUA 3VVGA 1ESWA 4JHOA 1G01A 1DWJM 3MS8A 3T2PA 4QLKA 2WMHA 2O9OA 4JKMA 1IZJA 3PZNA 2ZXQA 3IK2A 3N04A 1ITCA 1DWFM 2G4FA 3GNPA 4AEFA 3EDKA 3WMBA 2VOTA 3DC0A 1CDGA 4M81A 4RE4A 4PMXA 1XCWA 4AZHA 1TG7A 4WF7A 1G94A 1FA2A 1UD5A 4LQ1A 5D4YA 3DECA 1AQMA 4JFVA 3W4RA 4GQRA 1LG2A 1PAMA 3AZSA 1EO5A 2D3NA 2D0GA 2ZICA 2ZUWA 3L4YA 2E9MA 1EIBA 1JNDA 4V28A 4D6JA 5A69A 1UKPA 3PZUA 1CGYA 1NH6A 3CGTA 1E0WA 2OO2A 1EDGA 2BXZA 2CBIA 2YDQA 3F5JA 5BWFA 2W92A 1LWJA 1QW8A 5ECUA 4ZENA 1XH0A 1VB9A 1E3ZA 5A6LA 2J78A 4LXFA 2JIWA 3A3HA 1KR0A 3L4UA 1E0XA 4GZJA 4W7WA 5F7UA 3UERA 2NT1A 2X0YA 3VDHA 3VKKA 1S46A 3WUFA 1QI3A 3WMCA 2DSKA 4LYPA 4PMOA 5I23A 1XYFA 4W8BA 5DT7A 3ARWA 3ARQA 4CD4A 2J25A 3GBDA 2W4XA 5KEZA 5JIWA 3W24A 1VJSA 4BQ5A 3WL0A 5M3WA 2W62A 2WWCA 2ZXDA 2VRJA 2FHBA 4KWUA 1GOOA 1CLXA 1KR1A 2OWWA 1HJSA 2JEPA 3ZJ6A 1M01A 2WLYA 3UG5A 1E6QM 1XSIA 1R87A 3WBAA 3OG2A 3AHZA 3RMEA 2PWEA 1TA3A 2XVGA 3OGRA 1B2YA 1BVZA 3BAYA 5EMYA 4J3SA 2BY3A 1C93A 3AIBA 4UOZA 1BHGA 3PN8A 2UY3A 3WF0A 2WMFA 3LMYA 2XWEA 1L8NA 2VZOA 3VDBA 2G3NA 1KWGA 3KEHA 4X0VA 4C7FA 1DWAM 2WVVA 3HJEA 3WIJA 7A3HA 4W88A 2V3FA 1JXJA 1GQLA 1QI2A 3BAWA 4EAMA 6CGTA 3WQ6A 5A6JA 4MB3A 1QNPA 3OGVA 5FD0A 5FL1A 1JZ5A 5A6BD 5IFPA 3W28A 1VFFA 4HA3A 3SCNA 4ATLA 4ML4A 4URIA 2BFGA 1V0KA 3CMJA 3PZTA 1E6XM 3NIYA 4BA0A 3AI0A 3SCTA 2DEPA 4D6FA 3BGAA 1TA3B 1BYCA 1O7AA 4H04A 2JEQA 5EBAA 4TX6A 2XWDA 3PTQA 2C8NA 1K9DA 1HN1A 1OGSA 3WEMA 3CZ8A 1JZ4A 4F8XA 2WK2A 2XGBA 4FLQA 1JI1A 2BY2A 3BAJA 4PUDA 3KL0A 2D22A 1J11A 2EO7A 5DMYA 2UY5A 1HL9A 4MADA 1E4LA 1DEDA 5BXRA 4M24A 3K8MA 3OLIA 5TD4A 4GI6A 1MWOA 2ZX6A 4BZYA 5IXEA 1V3LA 2EPNA 5LA2A 5HPOA 1HXJA 1WAWA 1MXGA 1Y7VA 1EQCA 3FN9A 2YDSA 4GO9A 1QHPA 4MNMA 3GXIA 4XZWA 3OLGA 2OSYA 4UOJA 3WUBA 5BYWA 3ZT5A 3PTKA 4WKFA 2VZUA 4HOWA 4PSPA 3AIRA 1E55A 1UQZA 2XUCA 3DHUA 5A2BA 1HJWA 3AIWA 3CPUA 2VR4A 3VGGA 2VQTA 3VNYA 1BTCA 1J0IA 4JCMA 1NWUA 4GKLA 4A4AA 2PC8A 3L2MA 1FFRA 1W1TA 4FMVA 2J7BA 3MUAA 2NT0A 7CGTA 3WD3A 3WY1A 3AMCA 2YJQA 1CTNA 3EMCA 3BCFA 3ARSA 1VFMA 5BCAA 3BH4A 1B3ZA 5BXPA 4P8XA 1G0CA 1HJQA 3CHDA 3WH8A 1LL6A 1ZJBA 2VX7A 2VZSA 1WZAA 1UYQA 4BQ2A 4DUXA 3LPFA 1XC6A 4UFKA 4NSBA 1KGXA 2WW5A 1DP0A 1EXPA 1GOKA 1GOWA 3AS2A 3TTYA 3GH5A 4ACZB 1WCGA 2YBTA 1QI5A 2NSXA 2EEXA 1ODZA 2J8GA 1GPFA 3JUGA 4W86A 4H8UA 1K9TA 3WF2A 1M53A 3WEOA 2XJ7A 1H49A 1J9YA 1CXEA 4AZBA 5I79A 1LLOA 4L4PA 3N18A 4W89A 3W25A 2ZWYA 2J75A 3WF4A 1JF5A 3N17A 1YQ2A 1EA9C 2WLZA 3L4ZA 1UWQA 4GI9A 1GVIA 3NYDA 5A6AA 4B9YA 4X9YA 1ZS2A 1V6YA 3U5YA 2VX5A 2CETA 5ABGA 1TFVA 4PCTA 3TA9A 3SUVA 3NSXA 4B9ZA 2GVYA 4C7GA 1E5NA 3PZVA 1WP6A 2CKSA 2J79A 2PWHA 1MXDA 5BROA 5HNNA 1J0ZA 1UUQA 4Y7EA 2X2YA 2AMGA 2DIJA 3VDAA 3WDJA 4D6GA 4J28A 1MW1A 4S3JA 4JZ5A 1NP2A 3K46A 4ZXOA 3FHAA 5IFTA 3MKKA 4NRSA 2WZHA 1Z32X 2WC4A 3WQ8A 3A6OA 4WJXA 3VPLA 3VIKA 3DYOA 1I1XA 3IJ7A 3RJXA 1CGTA 3TTSA 4B3LA 4UQEA 4UZUA 1B31A 1US2A 2EJ1A 3ARRA 1HKIA 3VNZA 1UH3A 3CTTA 4JHZA 1VENA 3B9DA 4PTXA 3NDZA 1M03A 4W7VA 2DH3A 1JZ7A 1OT1A 2DPEA 4CD6A 3VINA 1NOWA 2CESA 4W5ZA 4D6DA 1AQHA 3I3EA 7TAAA 3U7BA 5I78A 2YL6A 1WB0A 5CPQA 1K9EA 2PF0A 1OWQA 2V3EA 3T08A 2VCBA 3NCOA 1B30A 1UZ4A 4M82A 5AY7A 3T2OA 2X0HA 5GPRA 4V27A 1UKOA 1MVYA 3AIQA 3CUHA 4CGTA 2DDXA 3BMVA 2EPOA 1ODUA 1VBUA 1CENA 3VIPA 2Y8VA 2PWFA 2YA1A 1E70M 1PX8A 3W38A 2Z1SA 3WD2A 4P7QA 4CVUA 2CITA 1XH1A 4YHGA 3EDDA 1JDAA 3PZOA 5A6MA 1QNRA 3SUWA 4BCEA 4JL1A 2F8QA 1MQRA 1GUVA 1ECEA 4HMDA 4Z2HA 4BQ3A 1J12A 2CIPA 4QFUA 2WHJA 3D5HA 2X05A 1FP9A 1RD6A 5JBEA 1C8YA 1GONA 3RIKA 1WDQA 1B3VA 3N12A 2DT1A 2EXOA 3VO0A 1PIFA 1UD6A 1ISYA 4U3CA 1UR0A 4XUYA 1B9ZA 1RPKA 2WHMA 4MPKA 3W81A 4AZ7A 3U7VA 3KZSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XHG A;  4PRT A;  3AIS A;  3MMW A;  4O54 A;  3SCO A;  3ABR A;  2DFA A;  2PGF A;  1QPQ A;  2CYG A;  1V0L A;  3H53 A;  2QJG A;  3D6N A;  3R89 A;  4R9X A;  1KV8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2YLAA

Total Genus

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