2YLL | Genus

Total Genus 175

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	175
sequence length	436
structure length	436
Chain Sequence	AMNEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
publication title	Inhibition of the Pneumococcal Virulence Factor Strh and Molecular Insights Into N-Glycan Recognition and Hydrolysis. pubmed doi rcsb
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	175
structure length	436
sequence length	436
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	2yllA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2yllA01

3ALGA 1GW1A 2OZNB 1O7AA 1ZBCA 2ZUTA 4HOXA 1OSEA 3NIYA 1R7OA 3ARUA 3EMCA 3NDZA 1B2YA 2VRJA 3GH4A 5DO8A 4MB4A 1NQ6A 5LYRA 1UD6A 3UG5A 1HN1A 2O9TA 3WF1A 1V6VA 1BTCA 1UD8A 2BVYA 1W9VA 2F8QA 4H04A 3PZVA 3VGBA 1NH6A 5IHRA 3WD4A 2XIIA 1ZL1A 3WNNA 4GXPA 1P6WA 1VFFA 1V02A 1AMYA 4FMVA 3ZMRA 2WSKA 4LGXA 3UR8A 3K4AA 1OM0A 3A4AA 4AEEA 4GI9A 3VDAA 1UOKA 2G3IA 2V38A 1JZ3A 1E4LA 4AYSA 2ZOXA 4ACYA 1FHLA 1RD6A 3ZR5A 3ZSSA 1KXHA 2X05A 1ISVA 4J3UA 2VX5A 3OZOA 4BF7A 2PMRA 3EDJA 4AZHA 4PMVA 1J01A 1AQHA 1W91A 3VD7A 1NOWA 1J9YA 2V3DA 2WMJA 2XUCA 4F9DA 3AQUA 3WN6A 1WP6A 2EEXA 2XGIA 4AW7A 1JAEA 2W4XA 4JIEA 3VUPA 5EFDA 4IPLA 2GK1A 5E09A 1GNXA 1BPLB 3KL0A 1H49A 2DPEA 5KEZA 4KRTA 2E4TA 3MUY1 3AHVA 3GXMA 3OGVA 5A6LA 2WMKA 4PMRA 2W5FA 1E6PA 4JCMA 1J0IA 1JNDA 1UKPA 4HZ6A 3W53A 5A2BA 2W63A 3G6LA 2PWEA 2ZUNA 3W0KA 1UKQA 5FD0A 5FL1A 3WF3A 1GHRA 3GH5A 2G41A 1GOKA 2D2OA 2BHUA 1GPFA 4A3HA 2E9LA 5DEZA 2WHJA 3AMDA 1LG2A 1E73M 3VIJA 4PUEA 1EQCA 2BVDA 4WSKA 3PTKA 3VIIA 2Y8KA 2ZWYA 2YL9A 1XD0A 4PYSA 3WDIA 4B3KA 4YPJA 4JL2A 4EKJA 3ZT6A 5CJ5A 5JUVA 1JDDA 3VMOA 2PC8A 2BHYA 2QPSA 4WKHA 1KBKA 2J8GA 3SCTA 4AWEA 1LL4A 4W87A 1US2A 5LA0A 2VL4A 4HA3A 1DEDA 2WHMA 1PIGA 3CGTA 2EBNA 1E72M 2J7CA 2AMGA 2CYGA 3W37A 2WK2A 4X9YA 4FLSA 1WZAA 4MNMA 3E1F1 3VIGA 1E0XA 1C8QA 3WELA 2YA0A 1BQCA 1QI2A 3AROA 3MMWA 1E4NA 3SUWA 3CZJA 1N82A 4PTWA 2OSXA 3K4DA 1E40A 1UWIA 1OD8A 3ARQA 1W1VA 4Z2JA 1UA7A 4Q7NA 3SCVA 1V03A 4OIFA 1DHKA 1E6QM 1JD9A 1ZJAA 1JFHA 2FHCA 1X1NA 4JL1A 1PX8A 5E6ZA 2XHYA 1QI0A 3BMVA 4YN5A 2D0GA 4CUCA 5I24A 2XVPA 2XM2A 5DT7A 1JZ7A 3CZLA 1BYCA 3KL5A 2Q8XA 1GUVA 3PZNA 4OOUA 1W32A 2VQTA 5ABGA 4E2OA 2J8FA 3N9KA 1H2JA 4JZ5A 1UHVA 3TONA 4J7RA 3VIOA 1C7TA 1HJQA 3VIPA 3UR7A 2CCRA 1GCYA 3T0DA 2XG9A 3GBDA 4C7DA 4AZ6A 2CITA 1EH9A 4DWSC 4F9JA 1ZBKA 2XVKA 3RJYA 1HJXA 1B0IA 1MXDA 1WB0A 2E9BA 4DWSD 4Z2KA 4C7GA 3LPFA 4H8UA 3ZT7A 5A8QA 5FCZA 1WZLA 1PX3A 5D9PA 1OGBA 4ML4A 4QLLA 2J7EA 2EJ1A 3WEMA 2DSUA 2EO7A 5JBDA 4UR9A 1D2KA 4GQQA 5CPSA 2CETA 1D3CA 4OBRA 3II1A 1TG7A 1XCWA 3M7SA 3ZJKA 1XH0A 4MDOA 4P8WA 3MV11 3MANA 3OB8A 5A2AA 2J7HA 1CGVA 1OD0A 1QVBA 5I78A 3M6DA 1JYWA 4BQ4A 1NP2A 1B1YA 3CUIA 2WW5A 2J78A 2C7FA 3SUSA 3FNDA 3WD2A 3CUGA 4Z2LA 4AMCA 1X6LA 2WMFA 1K9DA 2BXYA 4U5IA 3EMZA 3WNOA 3WUFA 3WFLA 3GNPA 3POCA 1VEPA 1UQZA 5CLWA 4YHEA 3AHXA 3VGEA 2XSBA 1CXIA 1CDGA 4B3LA 1WDRA 2W92A 3AS1A 4JFWA 2VT0A 1X6NA 2WAGA 5A8MA 1BYDA 2Y24A 2EXOA 1GOWA 2ZX9A 1KXVA 3CZGA 1E0WA 3N18A 5CSYA 5FOOA 5DMYA 2ZXAA 3UEQA 1KCKA 3IAPA 2VC9A 2BHZA 3MS8A 1KWGA 4BZYA 4K68A 2WLZA 5M03A 1RP9A 4LYQA 5BCAA 3GM8A 4TVUA 1E1FA 1HT6A 3AXXA 3VD5A 3SCWA 3W25A 1PJ9A 1UR0A 1XV8A 4P8XA 4AD4A 4OZOA 1BLIA 3IJ9A 1QHZA 2O9PA 4M8UA 1OB0A 3PZOA 1UR8A 3SCPA 4MAZA 1KXTA 3WF0A 1UWSA 4W5ZA 3TA9A 4W8LA 2XFYA 3OIHA 3ZQ9A 4V27A 4W93A 3N13A 4Y7EA 4QAWA 3HMCA 5HPCA 3VGHA 4ACZA 1R8LA 4BA0A 2XWDA 2X8RA 3L4TA 3IJ7A 2EPOA 1GOQA 3OLDA 3WDJA 5E70A 4S3KA 2DT0A 1W3LA 3NJ3A 4OKDA 2OYMA 1V08A 1C7SA 3VD9A 4PMUA 1XYFA 3BAIA 1NWTA 2PWFA 3QHNA 3GZAA 5CGTA 1XSJA 1UH3A 2E3ZA 4OBSA 4AIOA 4DM2A 2VZUA 3VDHA 5C71A 1GQIA 4TVCA 3BLPX 5HPOA 1V3JA 1E43A 2ZX7A 3W29A 4WF7A 2FH6A 1AVAA 4NSBA 3OLEA 2VQUA 4AZIA 1GJWA 3MUAA 1E6XM 5A6BD 4AZCA 1MW2A 6TAAA 2NT1A 3QOMA 1RPKA 5JIPA 2UY5A 4HZ8A 4AD5A 2XWEA 2WCAA 4H8VA 1HF6A 1CXEA 1GVIA 4ATDA 1OIMA 4CCDA 1UKSA 4TUFA 3BAKA 3K1DA 1UD2A 1HJVA 4U31A 3ARWA 2J62A 3TTQA 1ITXA 5EB8A 1HL9A 2DT2A 2WVTA 1E5NA 1HP4A 1AQMA 3I3DA 2VZOA 5A8NA 1GONA 5A3HA 4CKQA 5CPQA 2XGBA 1J0ZA 2VR5A 2J79A 1CGYA 2GJRA 1YHTA 2YDRA 5A95A 3L4XA 4TOQA 4P7NA 1UH2A 1JAKA 3A4XA 1LL7A 4D1JA 1U33A 2OWWA 1V6YA 4GI6A 1J12A 2ZICA 3EDEA 4W84A 3ARXA 1D7FA 3WDQA 1G01A 3WUEA 1WNOA 2YA1A 1J0YA 3MUZ1 5LA2A 2RGLA 1OT2A 4CD4A 3RIKA 1M01A 1CWYA 1H09A 5IXEA 4UNIA 3AIEA 1NARA 1JI2A 4W5UA 1Z32X 4N42A 1E55A 1E3ZA 3F4VA 3DYOA 5IFTA 2V3EA 3SEPA 1E5JA 3PZ9A 4J3WA 2GFTA 3RILA 1A3HA 2YJQA 1CECA 1WPCA 3CZ8A 4MADA 3GNOA 2EPNA 4D72A 3ZT5A 1V3LA 4PBGA 1MFVA 4HU0A 2QHAA 2GJXB 1V0NA 1J0HA 3SUTA 2VRQA 1W3HA 1V0LA 4E8CA 1CBGA 1OGGA 2WANA 1PEZA 3BMWA 1PBGA 5D9OA 2ZIDA 5FIPA 4AD1A 5CPTA 2PF0A 4J3TA 4WKAA 4JKKA 3GTNA 4FLRA 1BYAA 4KRUA 3PZGA 4W7UA 4M80A 3VM5A 2RGMA 4HTYA 3VINA 1UG6A 2DIJA 1BGGA 1HKMA 2CERA 4J3XA 5HBFA 1H41A 3BAYA 4NI3A 2FGLA 2D3LA 1B3YA 3D3AA 4NRRA 3W24A 3VX0A 4BQ2A 4MNLA 1FHDA 2XFRA 1QNRA 1M03A 2YDQA 2W66A 2G3JA 4U5KA 3L4UA 3FAWA 2F61A 3EDFA 2BFGA 3NYDA 5M17A 5IFPA 3T0AA 2X0HA 2AAAA 2VO5A 5HXMA 3LPPA 5A6MA 3AMGA 2CPUA 1UWRA 1V3HA 1M53A 2JALA 3AFBA 3T0BA 2J7GA 3VOCA 3L4WA 2J47A 3VDCA 1UD5A 1Q6GA 1CGTA 5BXSA 3AXIA 8CGTA 3L4ZA 3QGVA 3AS3A 1HXJA 1W3KA 3WEZA 4UFIA 3OLGA 1V6WA 5I0DA 3K8LA 4WKFA 1FFRA 3ZR6A 4EAMA 5JBFA 2YL5A 3FXYA 2QMJA 5C8BB 5CG0A 1QI5A 2WPGA 4NRSA 3SCNA 1C8XA 1LLOA 1W2VA 4D6HA 2OLHA 2VURA 3AHTA 4GINA 2E8YA 4AZGA 2Z1SA 5JIWA 4MNJA 4ATLA 2WCGA 4HA1A 1HVQA 4MB1A 2CBIA 1I1WA 3AIQA 5I5RA 1GQJA 4M24A 3CHCA 4DWSB 3NSXA 4BCEA 3O6AA 3U5YA 1YQ2A 1KXQA 4FK9A 3S6TA 4D6GA 4OOZA 1UUQA 3WL1A 4JCLA 1DWGM 4FF5A 1UR4A 3PTQA 4TX8A 2WLYA 2GUYA 5I79A 1TFVA 3RPMA 3CUJA 1WZMA 1GJUA 2YBTA 1FFQA 1WCGA 3KEHA 5A6AA 2A3HA 1TMQA 3BGAA 2PBGA 3DYPA 4CVUA 1CZ1A 1GVYA 1TA3B 2ZUSA 5GPRA 2WVVA 1MXGA 2V3FA 4HU8A 4W88A 4R5EA 2UWFA 2W62A 1BAGA 2VX4A 4E4PA 4GO9A 1J10A 1MQPA 4U2ZA 3GYCA 1BVNP 1MW3A 2JEQA 2Y8VA 3D5HA 2VZVA 3RM4A 2QV4A 1NM9A 1OINA 2D1ZA 1L0PA 2YDSA 4UQ9A 3SIMA 4BQ3A 3CUHA 1H11A 3WNMA 3THCA 3CBWA 3WBAA 4J27A 6CGTA 3K8KA 4FLQA 4CVWA 1MFUA 4X0VA 4TTGA 3OGRA 3T2PA 4F66A 1E71M 1EIBA 1ESWA 3BAXA 1C90A 4CD5A 1LJYA 1Q6FA 3CHEA 2OWCA 4RE2A 3U7BA 2WHLA 4CU7A 1QOXA 2PB1A 1BG4A 5IHSA 2A3AA 3ZOAA 1WAWA 2IXVA 3MMUA 1HL8A 4HMDA 2CKRA 1HKJA 5BXRA 1LF1A 4LYRA 4MJ2A 3CZEA 2VVSA 3HJEA 1JDCA 1C3FA 4JFVA 1TVNA 4AZBA 2DT3A 2BY0A 2GDUA 2QPUA 2JIEA 1JYNA 3WL0A 3BAJA 1QBAA 5D9NA 4ATWA 2WXDM 4UFHA 4JFSA 2JE8A 3I3BA 3G6MA 2OYLA 3RM8A 3HN3A 3B9EA 2VCBA 3FW6A 2OWXA 5A6SA 3W38A 1W1TA 3BLKA 4CD8A 4N0RA 2WKGA 3VGFA 3WH7A 3OBAA 3FHQA 2VCCA 2J75A 3WQVA 4AXNA 1KGXA 3TTOA 4MB5A 2IXUA 3AS0A 3WMSA 4EANA 2QMKA 3PZTA 4YHGA 3IK2A 5GNXA 3AJ7A 4C7FA 3WY1A 5A8OA 1GOOA 1E6NA 2OSYA 1EXPA 2JEPA 4W7VA 4GKLA 4Z2GA 2O9RA 2YL8A 1E15A 2VRKA 1J11A 1M04A 1EDQA 3RJXA 3GXFA 1EO5A 3VKKA 5I23A 1QNQA 1JGIA 4WSJA 3ZJ7A 4L4OA 2UY3A 1V3MA 3NDYA 4TX6A 5KZ6A 1NWRA 1HVXA 1ZB5A 2FHFA 4CCEA 2DSKA 4Z2IA 2Y5EA 1F4AA 2CXGA 3W6MA 4P7OA 4P8VA 4AD3A 2JIWA 3WH5A 3ARYA 5HDRA 5ABFB 4UOQA 2VZTA 1CNVA 4X0NA 3AIRA 1UYQA 2J7FA 4JFTA 4AC1X 1W9BM 1BHGA 1WO2A 2F2HA 3AYRA 4JHOA 1ISYA 2WNWA 2VX6A 1KFWA 3EDKA 2XVNA 2D0HA 3SCOA 2CKSA 3DYMA 3SURA 4V28A 1E56A 1Q6EA 3U5UA 3FY1A 1JI1A 1OT1A 1FP8A 3O9NA 2AOSA 3K8MA 3PHAA 1NP0A 2WWCA 2WZIA 1JZ8A 3L2LA 1EA9C 5BXPA 3WQ5A 1IZKA 1E6SM 4D71A 1K9FA 4AY1A 2BY1A 1B90A 1QHOA 1CYGA 5CSUA 1CGUA 2D0FA 3F5LA 2WMGA 3AOFA 1IT0A 3CMGA 2J25A 3TP4A 1XSIA 1QNOA 4CN1A 4MNKA 4LYPA 4M81A 2CNCA 1FP9A 3ZM8A 2YLAA 4CD6A 1G94A 1CXKA 1U2YA 1ZU8A 1XC6A 1ZJBA 2O92A 3MSDA 2BV9A 3BC9A 3PZIA 4PMZA 5BXTA 2WVUA 5BWFA 3ZJ6A 2D24A 1PIFA 2X2YA 4JKMA 4MJ4A 1UD3A 1GOIA 4EE9A 4HOWA 1JIBA 3N11A 3WIJA 1EHNA 2GSJA 1L8NA 1JZ4A 1B31A 1JZ2A 1ITCA 3WUBA 1JG9A 8A3HA 3W6LA 4D6IA 3ARVA 3UESA 1R7AA 2WCSA 3VIKA 4B9YA 4PCTA 1V02E 3PBGA 1NOFA 4HZ7A 5A94A 4CN4A 2PWDA 1JXJA 3CZKA 3WH9A 4AISA 1KBBA 3PZMA 4CD7A 2PI6A 5CXPA 1EHAA 2FDMA 2WMIB 2XVLA 3LPOA 2DIEA 3VNZA 1GORA 3WF2A 2W91A 3AISA 1PX4A 3AXHA 2YIHA 3EMQA 2VUYA 4PUDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2MAN A;  2JNS A;  4UDY X;  1YEY A;  1CIU A;  1I75 A;  3DX2 A;  1ZAJ A;  2FHB A;  4PGL A;  3NGJ A;  4JKL A;  4A8I A;  2VD8 A;  1AJ2 A;  4L6H A;  1WOB A;  1TYG A;  1M7J A;  3ARR A;  4PCP A;  6ALD A;  2J4G A;  1PZ0 A;  3GXI A;  1CI1 A;  4PMQ A;  1SYT A;  3DEC A;  3NDO A;  3SJ3 A;  3M0I A;  1TWZ A;  4H9U A;  2W61 A;  2OXN A;  1RA5 A;  1OX6 A;  3THU A;  4QGC A;  1E9L A;  3GY1 A;  5HUO A;  4PFH A;  3KRS A;  5H1W A;  4UFK A;  2BGS A;  2X09 A;  4JN4 A;  5M1T A;  4QS6 A;  3EWY A;  2JK2 A;  5LNS A;  3H2F A;  1TWD A;  4RL3 A;  4AYG A;  4FLO A;  1B3W A;  2V5C A;  1J6O A;  3S1V A;  4KGJ A;  3PAO A;  9CGT A;  5I7G A;  3PN8 A;  4PMD A;  3RV0 A;  1TQT A;  4GUH A;  4A4A A;  2B31 A;  5DF0 A;  1W31 A;  3VD3 A;  3W7H A;  1V51 A;  4I6K A;  4I9A A;  1EUN A;  5EBA A;  2I5Q A;  3QZA A;  3WEO A;  2F7P A;  4UR7 A;  1E1E A;  3M44 A;  4UQE A;  2CZV A;  1VEM A;  4JN7 A;  3NL2 A;  3A3W A;  3L4Y A;  5CSR A;  2CBV A;  3IEB A;  3P3B A;  1JNE A;  2YOC A;  2GUU A;  3TC3 A;  4LXF A;  3CV1 A;  2YCE A;  5C0Q A;  4C6K A;  4INF A;  4AEO A;  2CW6 A;  4DWD A;  3CPU A;  4N9E A;  2DDX A;  3PJW A;  2ZUV A;  3BOL A;  4ALD A;  2WNN A;  4NZF A;  4ZEP A;  5E0K A;  4LAO A;  4J3V A;  2OBL A;  3IAQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3ALG A;  1GW1 A;  2OZN B;  1O7A A;  1ZBC A;  2ZUT A;  4HOX A;  1OSE A;  3NIY A;  1R7O A;  3ARU A;  3EMC A;  3NDZ A;  1B2Y A;  2VRJ A;  3GH4 A;  5DO8 A;  4MB4 A;  1NQ6 A;  5LYR A;  1UD6 A;  3UG5 A;  1HN1 A;  2O9T A;  3WF1 A;  1V6V A;  1BTC A;  1UD8 A;  2BVY A;  1W9V A;  2F8Q A;  4H04 A;  3PZV A;  3VGB A;  1NH6 A;  5IHR A;  3WD4 A;  2XII A;  1ZL1 A;  3WNN A;  4GXP A;  1P6W A;  1VFF A;  1V02 A;  1AMY A;  4FMV A;  3ZMR A;  2WSK A;  4LGX A;  3UR8 A;  3K4A A;  1OM0 A;  3A4A A;  4AEE A;  4GI9 A;  3VDA A;  1UOK A;  2G3I A;  2V38 A;  1JZ3 A;  1E4L A;  4AYS A;  2ZOX A;  4ACY A;  1FHL A;  1RD6 A;  3ZR5 A;  3ZSS A;  1KXH A;  2X05 A;  1ISV A;  4J3U A;  2VX5 A;  3OZO A;  4BF7 A;  2PMR A;  3EDJ A;  4AZH A;  4PMV A;  1J01 A;  1AQH A;  1W91 A;  3VD7 A;  1NOW A;  1J9Y A;  2V3D A;  2WMJ A;  2XUC A;  4F9D A;  3AQU A;  3WN6 A;  1WP6 A;  2EEX A;  2XGI A;  4AW7 A;  1JAE A;  2W4X A;  4JIE A;  3VUP A;  5EFD A;  4IPL A;  2GK1 A;  5E09 A;  1GNX A;  1BPL B;  3KL0 A;  1H49 A;  2DPE A;  5KEZ A;  4KRT A;  2E4T A;  3MUY 1; 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2YLLA

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