3RPMA

Crystal structure of the first gh20 domain of a novel beta-n-acetyl-hexosaminidase strh from streptococcus pneumoniae r6
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
450
structure length
450
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWCYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSHLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVAAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTPEAQKEEEAKREVEKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for the substrate specificity of a novel beta-N-acetylhexosaminidase StrH protein from Streptococcus pneumoniae R6
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-N-acetyl-hexosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 168
structure length 450
sequence length 450
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 3rpmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3rpmA01
4HA1A 1PX4A 4W85A 4UFKA 5CXPA 1JL8A 2VOTA 2DEPA 2OSWA 2QHAA 1V0LA 1WPCA 4FZOA 3WMSA 1C8QA 1G9HA 4U33A 3AIUA 1NM9A 1OB0A 3PTKA 2C7FA 1KXHA 2EPOA 1H3GA 2EBNA 1OWQA 4P7OA 3ALFA 4PMXA 1XH2A 1E5JA 4V2XA 4E8CA 1K9FA 1TCMA 2O9PA 3WNLA 1Y7VA 1RD6A 4MNJA 1HP4A 2A3BA 3IAPA 2VCBA 1HT6A 3BSHA 3EMZA 3OA5A 1WDSA 2W61A 4H41A 1DWHM 3QHOA 1DWAM 1ECEA 3VIIA 3SUUA 2IXVA 1BVNP 4UFLA 3AISA 3EDKA 4GINA 1XCWA 1LQ0A 4FLSA 1VJSA 1W3JA 4W86A 1E3XA 2E9MA 5IDIA 1KGWA 2XUCA 2XFRA 2A3AA 4GKLA 2WBKA 4J3UA 4OOUA 1ZBVA 4AZGA 1EH9A 1XH1A 2CBJA 2BVYA 3CHFA 1G1YA 1OD8A 1E73M 2JF7A 3RO8A 3N15A 1ISZA 1Q6CA 2BY1A 4W8AA 1XRVA 1PEZA 1CBGA 3OLGA 2DPEA 3AHYA 5A6SA 1ODUA 4ZE5A 3N13A 5A6MA 3WFLA 1OT1A 4D6DA 1ITCA 2J7CA 3BC9A 1GVIA 2J7EA 2WB5A 1W9VA 3RCNA 5BXRA 4HU0A 1Q6GA 3VIMA 1ISYA 1GHRA 1MQRA 3B9AA 1VRXA 3KL5A 3DYOA 4UFMA 3WUGA 4WKHA 5DF0A 2D0HA 4MNMA 1B3YA 5A2AA 1KCLA 3AHTA 1JD7A 4AIOA 2DSZA 1H4PA 1QPKA 1BPLB 1XC6A 3CBWA 2CBUA 4PMRA 3EDEA 5HDRA 5FCZA 3GBEA 2Y2WA 3VILA 4ZFMA 3HJEA 4QCEA 2ZUSA 4LX4A 2WVVA 1UKPA 7CGTA 3RPMA 4B9YA 5I23A 2WM0A 2ZX5A 4W7UA 3G6LA 2VZOA 4P8UA 2ZWZA 2G3JA 3A3HA 5E0FA 3ARWA 2VX5A 1B3ZA 4DM2A 4P7RA 2OWCA 5BXSA 4A3HA 2DT2A 2XIIA 2D23A 1OD0A 1J0IA 3WEZA 3WDIA 4H2CA 2XWEA 3N17A 1HVXA 2YA2A 3VIKA 2VTFA 1UKQA 1GOKA 3BXWA 1KB3A 5CSYA 1DHKA 3A6OA 1KGXA 4AWEA 3VO0A 4J7RA 3U57A 3WH8A 1VIWA 3ARPA 1HJQA 3AZSA 1HIZA 4W8LA 1H5VA 1KXQA 2XYLA 1HKKA 3I3BA 1EHAA 2YDRA 4AC1X 4PTXA 3ZJKA 2BY2A 5A3HA 3VM7A 3WH7A 3WELA 5BYWA 1E6SM 4F8XA 3MMWA 4PMQA 2GDVA 3WH9A 1W1VA 4PSRA 3GXFA 5FL0A 2GUYA 4W88A 4DM1A 2BNJA 1HL8A 2XVKA 1K6AA 2RGLA 3N1AA 5IFPA 4RE3A 3RJXA 2J8GA 1QNOA 3VGBA 5JUVA 2XSBA 4LGXA 3UCQA 4BQ3A 1BG4A 3BAWA 2WMIB 4H04A 3A4WA 4UFJA 2ZXAA 2QPUA 2CYGA 2FH6A 1UR8A 2GJXB 1NH6A 2GJXA 1MWOA 1ISVA 3UR7A 1E40A 1QHPA 3KL3A 4M29A 2WMGA 3RIKA 1J12A 1V6XA 1E5NA 2EEXA 4PUEA 5DO8A 3GXIA 4JKMA 4PRWA 4HP5A 2VCAA 3WFZA 1ITXA 5HOSA 4FK9A 1NOWA 1OGBA 1J0ZA 1VAHA 4D6GA 5D8WA 3WDRA 1J9YA 2PB1A 5JIPA 4XB3A 4F66A 2VVNA 1AMYA 2NW0A 3OGSA 3WQVA 1Q6FA 5CG0A 4GO9A 3AHVA 1UKSA 3WIJA 4B3KA 1UH4A 4DWSB 1C8XA 4ZXLA 1J11A 1PPIA 1FHLA 3AJ7A 2X0HA 4E4PA 4OZOA 3N18A 3QHMA 2OSXA 2X09A 3U7BA 1QNQA 1HL9A 4GXPA 1UD4A 2VCCA 1JG9A 4W5ZA 1D3CA 4GIAA 1JDDA 1QBBA 2WHMA 1GOMA 2AAAA 1K9DA 5CPTA 2Y24A 4GQQA 3VGFA 1H09A 4ATDA 3ZR6A 3DHUA 1JDAA 3THCA 3N9KA 3FW6A 1FP8A 1EXPA 3CZKA 1MXGA 2Z1KA 4F9DA 3WF0A 4TTUA 1QW9A 3AMDA 2GDUA 3SCTA 1VJZA 4NSBA 1IZJA 5I2UA 1GOQA 1JYWA 2YJQA 3CO4A 1FH7A 4ATLA 3TP4A 1KXTA 4YN5A 5A6BA 1JZ7A 3N04A 2OYKA 3SCQA 3PHAA 4KH2A 1XSJA 3WDQA 1ZB5A 4JKKA 4UFIA 4PMNA 2CESA 4YPJA 1H2JA 2WHKA 2ZE0A 3GH7A 2PWFA 3BLPX 3AXXA 3FN9A 1HN1A 1W9DM 1ISXA 4CU8A 4ATWA 4S3KA 2VX4A 4UR9A 4JFSA 2WLYA 2J7BA 4B9ZA 4RL3A 3AYSA 3SUSA 2A3HA 4AD0A 3CUGA 2J7GA 2E0PA 3W81A 4ACYA 3PZNA 2XVPA 4UQEA 2WSPA 3I3EA 5BWFA 2YDQA 4HOWA 5DEZA 1G0CA 3AI0A 2E40A 4M56A 1VEMA 3SCWA 3LPPA 1A47A 3M07A 4Y7EA 2VNCA 2WWDA 3NUKA 2Z1SA 2V38A 3ZQ9A 2D24A 4EK7A 1HJSA 3UG5A 1J0HA 4LQ1A 1RH9A 3AIQA 3UG4A 3LPGA 3AS1A 1E9LA 1EO7A 4ZXOA 5A8PA 4D6JA 5CJ5A 1AQ0A 4H8UA 2D3NA 3M7SA 4JFVA 3AFBA 2WC3A 1UR4A 3VMNA 1UR0A 2XHYA 1W9PA 1G01A 2UY2A 1GQLA 4FLRA 3QGVA 1XCXA 4KRUA 1BGAA 2W66A 1C8YA 4NI3A 3BAJA 5M3WA 2VRKA 2YA1A 2YL8A 2J4GA 4YHEA 2XJ7A 4WKAA 4IUGA 4UQCA 1UZ1A 1HKIA 1MW0A 2XM2A 3T0AA 2VJXA 3T0BA 1GUVA 2PWDA 2BV9A 4D6HA 1WZAA 5D8ZA 1CXKA 3ZJ7A 5CZKA 5BROA 1Q6DA 1V08A 3RMEA 3AS2A 4IPNB 3U5UA 3BAIA 1NOFA 2V5DA 1UQYA 2VC9A 4KWUA 5HPCA 3NYDA 4P8VA 3ARYA 1UR2A 4F79A 1TA3A 2Y8KA 3FY1A 3AMGA 1EOMA 3S2CA 1F4HA 2J8FA 4X9YA 3K4DA 3LPFA 3PZGA 5AYIA 3ZSSA 2W62A 2VMFA 3FAXA 3AHZA 3OLIA 1TMQA 3W28A 2J25A 3WQ6A 5JBDA 2VQTA 4AMCA 2DIEA 3W27A 1B9ZA 1O6IA 4NRRA 4Z2GA 2ZUTA 4U2YA 3K4AA 1E6NA 1US3A 4URIA 2C8NA 2FHCA 2QF8A 2D0FA 3W26A 4R5EA 1UR1A 1K9EA 3SCPA 1BLIA 1UWQA 3FNDA 4D1IA 1XSIA 1G94A 1HX0A 3SIMA 4TX8A 1KBBA 3ZSTA 2EPKX 2GVYA 2V5CA 2DH2A 2XVLA 3SCUA 3VUPA 1V6UA 1GQIA 1OGGA 2J78A 2WCSA 3II1A 4MAVA 4C7GA 3TOPA 5AC5A 2OLHA 4D71A 4DWSD 3B8SA 1XHGA 4WF7A 1KFWA 2VR4A 1XV8A 1MVYA 1PJ9A 4AIUA 3VIGA 1V03A 3TTYA 4CD7A 1V0NA 4XV0A 3GTNA 3ZT7A 1FFRA 1G5AA 3WNPA 1UWIA 2VI0A 4KGJA 1E4MM 4GO8A 1TVNA 5C70A 1DEDA 1CIUA 4BQ5A 2BS9A 1JD9A 3JUGA 4CCDA 1JAEA 3ZO9A 4QLJA 3AROA 3HU7A 4C7DA 3KEHA 3ZIZA 2ZUNA 1OT2A 3VKKA 4V27A 4BQ4A 4FF5A 3WH5A 3WF1A 2W5FA 4AD5A 3O6AA 2E9BA 2PWHA 4QLKA 1CGYA 2GFTA 3NSMA 1H0IA 1VFUA 1NARA 4HMEA 1HF6A 4AZBA 1QHZA 1EO5A 4JCLA 2DH3A 5I77A 3WD2A 4MB5A 3IJ7A 2WHJA 2YL9A 2YBUA 3KL0A 1VF8A 4JKLA 3EDDA 2VR5A 3SUTA 1TFVA 2WAGA 1H1NA 4MDOA 2G41A 2VVSA 4IM4A 7A3HA 2VZVA 3WBAA 3VX0A 5ABFB 5ABFA 4OOZA 2AMGA 3CMGA 5A8NA 1TG7A 1W32A 2XSAA 3DC0A 3F5JA 3MSGA 1ZJBA 4QLLA 4BF7A 1M7XA 4GZIA 2EJ1A 3CTTA 1Q6EA 4KRTA 5FKYA 3QOKA 1KQZA 2QMJA 3THDA 3CZEA 1J0KA 2FGLA 5C71A 4IPLA 2O9TA 2ZOXA 2V3EA 4BCEA 1OSEA 1UWTA 1D2KA 1LL4A 4M24A 3WDJA 4AIEA 1SMDA 1EGZA 3TTQA 2WK2A 2Y5EA 4U31A 2X1IA 5HBFA 3WEOA 1B31A 1JZ8A 1P6WA 4MDPA 3KWXA 2CNCA 2BXYA 1BFNA 2EPMX 3PZVA 4PMDA 5HPOA 1WAWA 3GXDA 2JALA 4U5KA 2PF0A 3B9DA 1CLVA 5CPQA 4U3AA 3GDBA 3IANA 2UY5A 3IJ9A 1W3KA 1WCGA 5I5RA 1W1YA 3AHXA 3N12A 1MW2A 3T0DA 3WNOA 3HN3A 1NQ6A 5GNYA 1DWJM 3VIHA 4UQ9A 2CHOA 1QNPA 3L4UA 1LG1A 2F2HA 4CN1A 1BVZA 4A3YA 2NSXA 4PCSA 3K1DA 3PTQA 2JEPA 1UKOA 3AMKA 3AIVA 4JFWA 1E0XA 4GQRA 3OIHA 4FMVA 5FOOA 2CEQA 2VX6A 3POCA 4LYRA 4QCFA 1PIGA 1QW8A 1B30A 1AVAA 1X1NA 3RILA 3W38A 3SUWA 2D1ZA 2WVVB 3W82A 4BS0A 1OINA 1QVBA 3PBGA 2BHYA 4OJYA 3HMCA 1X6LA 3IAQA 5GQBA 4CN4A 2J79A 1MFUA 3RM4A 3CHCA 1CXEA 3VDHA 1IT0A 5A6JA 3VGGA 4PTWA 4QP0A 2WPGA 4UTFA 4PYSA 1XD1A 1QI2A 1TR1A 1C3FA 3B9EA 4HPGA 5DT7A 5KEZA 2JNKA 3S6TA 3VINA 9CGTA 5AY7A 3LPOA 4AZHA 4LYPA 4D72A 1WZKA 1VFFA 3MO4A 4W7WA 4UCFA 2WZHA 1JI2A 3O2LA 5EFDA 2WVTA 4M80A 4L4OA 4C7FA 4AD1A 4AZ5A 4PEEA 1Q4NX 3TONA 4CU7A 3W4RA 3OLDA 4ZENA 4J28A 2OO2A 4UOJA 3WMCA 2VRJA 3KZSA 1BG9A 1DWGM 1BF2A 1JXKA 4Z2LA 3AIBA 2YLLA 3MV11 4MB4A 3VD5A 1E0VA 2YKKA 1PIFA 2FH8A 1V3MA 1CGUA 2NT0A 1CLXA 3VIJA 3UEQA 1XH0A 1KWGA 3VX1A 1ZBWA 4JL2A 1EQPA 1QI4A 2JE8A 1V0KA 3ARRA 4W84A 4UZSA 1W9BM 1R7OA 2D22A 4QDMA 4UOZA 4Z2IA 3VIFA 1I1XA 3W24A 2JFEX 1US2A 2BY3A 1A3HA 3ARTA 4CD5A 1MW3A 4Z2KA 1V6YA 3W37A 3WDHA 1B3VA 3VMOA 1E4IA 2YA0A 3AIWA 2WVSA 1GQJA 2CKSA 1HJWA 3ZJ8A 1NWSA 1TE1A 4W5UA 4CGTA 1KCKA 2BHZA 2XG9A 4J3XA 1NWTA 3CHEA 5CGTA 1GPFA 1W9UA 3GYCA 1CECA 1NWUA 4MAZA 2YL6A 3OZOA 1KWKA 3K8MA 2D20A 3NDZA 1OBAA 2DSKA 4BZYA 2UY3A 2CBVA 1WE5A 5M17A 3L4VA 3WQ4A 2NT1A 4CN6A 2CCRA 1JZ4A 2WMHA 1VFMA 1BTCA 4JCMA 4TOQA 1JAKA 1J0YA 4W87A 3WBEA 1AQMA 4XZWA 1ESWA 4HOZA 4PMVA 4BQ2A 2E8ZA 3CZLA 1H41A 2RGMA 3BGAA 4TVUA 1JZ6A 2D2OA 1NOUA 1PX8A 2QMKA 1XYZA 1V0MA 1EDGA 3BAKA 5FD0A 4WK9A 4J3SA 1NWRA 2W4XA 3VDCA 1GZJA 3ARXA 1UD2A 3WUFA 3VD4A 1E6PA 1HXJA 3CGTA 1XGZA 1C90A 1R85A 2WKGA 1BYBA 4YHGA 1PX3A 4MTVA 3PN8A 1EIBA 4WIWA 3VM5A 5F7UA 1V3LA 1E6XM 1GJUA 1WDRA 4JZ5A 2WSKA 2ZXQA 3NJ3A 2ZX8A 2ZUMA 2WYSA 2DSVA 1E43A 1HKJA 4PMZA 3MMDA 2XFYA 3ZT6A 5CQ1A 4AZ6A 1SYTA 2EO7A 3GH5A 4PTMA 1IZKA 5I78A 4QAWA 1QI3A 3N11A 1E4NA 1E71M 5FIPA 1UA7A 5BXTA 4EKJA 3F4VA 3VGHA 3L4XA 3AMLA 1B0IA 1E15A 6CGTA 4NF7A 5I0DA 1EQCA 4ZEPA 4PMOA 5ABEA 3M6DA 5AYBA 5A6AA 1BSIA 1W2VA 4DUWA 2J77A 5A6LA 3EDFA 2J62A 3T2QA 4U5IA 4AZCA 3CZGA 1H49A 3WDPP 2HVMA 3W6MA 1DTUA 3SCNA 1J10A 2EPLX 1H11A 3D5HA 4OUEA 2O9RA 5LYRA 3GNPA 3ARVA 2J7FA 4Q7NA 1JI1A 3RJYA 3EYPA 2PBGA 3DYPA 1JZ3A 4WSJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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