3RPMA

Crystal structure of the first gh20 domain of a novel beta-n-acetyl-hexosaminidase strh from streptococcus pneumoniae r6
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
450
structure length
450
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWCYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSHLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVAAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTPEAQKEEEAKREVEKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Structural basis for the substrate specificity of a novel beta-N-acetylhexosaminidase StrH protein from Streptococcus pneumoniae R6
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-N-acetyl-hexosaminidase
total genus 168
structure length 450
sequence length 450
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 3rpmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3rpmA01
5D9MA 4U5IA 4OOUA 4ACZB 2A3CA 1BFNA 1UR9A 2XIBA 3CZEA 5A6SA 1VAHA 4AZCB 2QMKA 1W1VA 3SCUA 5JBDA 4M82A 3CTTA 4FZPA 5C8BB 3EYPA 3DC0A 2UY4A 1GZJA 3WF2A 2BVDA 3PZMA 4RE3A 1GOOA 1H49A 1O7AA 4EKJA 4FK9A 3MUY1 4P8WA 2IXUA 1QI0A 1KGUA 2BHUA 3AS2A 2W91A 3G6LA 2FGZA 3BAIA 3VGHA 2PWGA 2E4TA 1LJYA 1KXQA 3PBGA 4PYSA 3A6OA 3VGEA 4M80A 4U3AA 3VDAA 1I1XA 3AIBA 4HZ7A 4HZ6A 5E09A 1HIZA 1GJWA 1ZB5A 3ZMRA 4AZGA 2E9MA 2GJXB 3VVGA 1NWUA 3BSGA 3L4UA 1G01A 1UKPA 2CBJA 2JALA 3CUGA 1PX8A 5CGMA 2FDMA 2BY1A 2XVPA 2DT2A 4CCCA 1CYGA 3MKKA 2Y2WA 5AY7A 2PF0A 3VIJA 4UZUA 1HJSA 3D3AA 1OD0A 3WKZA 3WH5A 2PMRA 3EMZA 4M8UA 5AYIA 3BAYA 4LX4A 1UOKA 1W2VA 4PMZA 1SYTA 2PWFA 4DUVA 2A3BA 4H2CA 1VF8A 1HN1A 1AVAA 3VO0A 4AZHA 2ZWZA 1DWFM 3FHAA 3DYMA 2XFRA 3BXWA 5A1AA 2F8QA 5F7UA 2OO2A 1VRXA 4JAWA 4D1IA 1C93A 2XPKA 3ZT5A 4W7WA 4UFLA 3CBWA 2OYMA 3TTOA 2ZX5A 1CECA 2Y24A 4JCLA 3VIIA 4CVUA 1EH9A 3SUUA 1CWYA 5ABFB 3ARRA 1V3KA 3NDZA 5A6KA 2YA1A 1W9UA 2CBVA 3OZPA 3WF4A 3VKKA 2BS9A 4W8BA 3IANA 2W62A 3MV11 1CGTA 2XTKA 5ECUA 2W92A 3VILA 1JAKA 1F4HA 3VGBA 1YQ2A 2VX6A 4PSPA 1ZBWA 1DWAM 1E1FA 4KMQA 5A6AA 4Z2KA 2VI0A 2YA0A 3VU2A 1GVYA 2JIWA 3KE0A 4HMCA 3WL0A 3UESA 1WO2A 1AQHA 1BLIA 3BAWA 4PTMA 1QNQA 2V38A 2DIJA 5FL0A 2WHJA 1MQQA 1WZKA 3EDKA 2YL8A 4QLLA 4NSBA 1J11A 4OBRA 1GQKA 3AJ7A 3K46A 1W1TA 4D6GA 1C3FA 2JFEX 2ZXQA 4MAZA 3FHQA 5EBAA 1OIFA 4PTVA 2EPOA 5I79A 4MJ4A 3PZ9A 4BA0A 4IM4A 1EXPA 3THCA 2CYGA 1R86A 1WNOA 1PIGA 2OYKA 1OB0A 3CHCA 4AMCA 5A8MA 4CUCA 3NYDA 1UD8A 4TX6A 1MW3A 3WQ8A 1LWHA 2VVNA 1JD9A 5E6YA 1X6LA 1XGZA 3NDYA 3ARZA 3HN3A 1JZ3A 2D0GA 3CHEA 4WKAA 1E5JA 1UQYA 4YN5A 1NOUA 3VD3A 3O2LA 4TX8A 4AD2A 2CHNA 1V0LA 3AS1A 3KL0A 4S3KA 4J28A 3AHTA 2JE8A 1E3XA 3PTQA 5DT7A 1C7SA 4ZE5A 1OD8A 3VNZA 1TFVA 4TVCA 2WCAA 5A94A 2VCAA 2VT0A 2JNKA 4P7QA 2XM1A 1EDGA 1U2YA 2WMFA 4Q7NA 5DT5A 1V0MA 4DM2A 5A6LA 5CG0A 1C8YA 3DHPA 2W67A 1PZ3A 4P7RA 2CETA 4WK9A 4BQ5A 7A3HA 1XD1A 4E4PA 1LF1A 3APGA 4JFSA 5D9NA 3AYRA 3AIRA 1ISVA 3NSXA 2VURA 2WM0A 2WXDM 4UQ9A 4TVUA 1QVBA 2OLHA 1R7AA 4JIEA 3I3BA 5E70A 1E73M 1TMQA 2VX4A 4PBGA 4PTWA 3LPOA 4XV0A 4D6FA 3QOKA 2WKGA 3UR7A 1SR0A 1MFVA 2VR4A 1Q6EA 5D8WA 2RGMA 3N1AA 3MU7A 3BH4A 4RE2A 4BZYA 5EFDA 2JF6A 2QMJA 4BQ3A 4GO9A 1FH9A 3I3DA 5IFTA 1C90A 2EO7A 2NT1A 2QF8A 2ZUSA 3THDA 2WCSA 1KB3A 3PZIA 1MVYA 2ZICA 4J3SA 2PWDA 3GNPA 3QHNA 4LXFA 3LPGA 3K8MA 3A4WA 4PMNA 1G5AA 3VDBA 2G8ZA 4ACYA 2V3GA 2ZXDA 1B3XA 4XX6A 5FOOA 2G41A 3MUZ1 2VMFA 2E3ZA 5AYBA 1KXTA 3GM8A 1A3HA 1ZBKA 1OBAA 2ESCA 3GBDA 2NSXA 4D72A 4GIAA 4MDPA 2VOTA 5E6ZA 1B90A 1B3VA 5TD4A 1KGXA 4W7UA 1XYFA 3VMOA 3W29A 1GQJA 3K8LA 2ZXAA 3T0AA 2BXYA 1E1EA 1JD7A 4QDMA 3SCRA 3WQVA 2BY3A 1VFFA 4F8XA 2WVVA 5A2BA 1EO5A 3OGRA 1EDTA 1HT6A 4NZCA 1W1PA 1QOXA 2D20A 5IHRA 2XVLA 4B9YA 3B9AA 4PMRA 3OZOA 3AMDA 2YL5A 1KGWA 3AYSA 4JHZA 1W3JA 3DHUA 1C92A 2WVSA 3ZR6A 2BVTA 3AMCA 3MSDA 1K9EA 2B31A 2XIIA 3RIKA 3IAQA 4HPHA 3S6TA 4MB4A 1JI1A 3WD2A 3UETA 4GO8A 3PZVA 3T2QA 3WIJA 5JUVA 3WENA 4AWEA 1SMAA 2BFGA 1JZ7A 4DUXA 3W26A 1M7XA 3CO4A 2D0HA 2WBGA 5GNXA 3OA5A 4GI8A 4UQEA 4LYQA 3N12A 4R27A 3CUFA 2A3AA 1UWIA 4YHGA 1E6NA 1GW1A 4GQRA 1MFUA 9CGTA 2JF7A 3WQ6A 3ARXA 4XZWA 2DSZA 4TOQA 3WNNA 1TVNA 2W4XA 1KXVA 2IXVA 1JNEA 5A6MA 3QHOA 2EPNA 4KGJA 1BHGA 3B8SA 1VEOA 1CXKA 3SIMA 1J12A 2V3FA 4CCDA 3VD4A 3MMDA 3RJYA 4TTGA 1CZ1A 3F5LA 1G94A 3SCWA 4QLJA 3AIWA 4PRWA 1AQ0A 3RILA 3BMVA 1MXDA 3ZQ9A 2VZVA 4J3WA 4D6IA 5LA0A 2YL9A 1JNDA 3ARVA 3T0DA 5HBFA 3VINA 1E6QM 3N15A 3WH8A 1CDGA 4QCFA 1MQRA 4W7VA 5BWFA 4GI9A 3KWXA 1QW9A 1I75A 2WMIA 1FP8A 3W37A 7CGTA 4MTVA 2EJ1A 4WIWA 2J7EA 4M81A 3UEQA 1G0CA 1NM9A 1RPKA 1XSIA 5CJ5A 4XB3A 3SUVA 3WD4A 1JG9A 2PWEA 4JFTA 4GZEA 2ZX8A 4XUYA 3TP4A 3WDIA 4W85A 3AI0A 3ZIZA 3AMGA 1XH1A 1PBGA 3L2MA 4P7NA 3SCQA 1ODZA 1HJVA 4AD5A 3FY1A 1IZJA 3VTRA 3AIQA 5A3HA 4ZENA 1PX4A 4HTYA 2Y8KA 1M03A 2WAGA 1PEZA 4MNMA 3AQUA 1CNVA 2MANA 2EPLX 5CGTA 1LQ0A 1CGVA 3ZSSA 1E71M 1E6RA 4TVDA 1WDQA 1XHGA 3CZKA 2VZOA 2ZUVA 1WP6A 4UFKA 5M17A 5CSUA 1EDQA 4W84A 1CGYA 3N9KA 2AAAA 1QI2A 1JDDA 2DSVA 2E40A 3OB8A 3B9DA 5GNZA 2WHMA 3N04A 4DM1A 1R85A 3L4WA 5I0DA 3VM7A 1CPUA 1UR8A 3TTYA 1U33A 3WMCA 2J7BA 2WMJA 3AHYA 1GCYA 3ARTA 2GSJA 3K4AA 4BQ4A 4Z2GA 1OGGA 4DWSA 2WSPA 1E9LA 3ZT6A 2WZHA 3GH4A 3GNRA 2FGLA 1V02E 2PBOA 3LPPA 4HMEA 3WEZA 3BC9A 5HOSA 3WNKA 4AC1X 4X0NA 1KCKA 1JDAA 1V3IA 5HPCA 1GOIA 2A3HA 4Q22A 1A47A 3W82A 1CBGA 3FAXA 3WUEA 3U5YA 2XYLA 4ATLA 1HJXA 1KQZA 1K9FA 1E4NA 3CUHA 1V0KA 5DMYA 5I5RA 5CXPA 2WZEA 2BNJA 3LMYA 4GQQA 2O9OA 5A2CA 2YL6A 1WE5A 1QHPA 3CZJA 2BY2A 1ZBVA 2UY2A 1GHRA 3WMSA 2VUYA 4UFIA 1IT0A 2CBIA 3UCQA 3AMKA 1SFSA 3OGSA 5AC4A 4FZOA 1E6ZA 1GVIA 2XJ7A 1E56A 3RM9A 1V3HA 5M5DA 2E8ZA 2OSYA 1X1NA 4MB3A 4AD1A 6A3HA 1H0GA 2X8RA 4CN1A 3GH5A 3AOFA 4P8VA 1RP9A 1OGBA 5LYRA 4CN6A 2WW5A 3ALFA 1UA7A 1RH9A 2GUYA 3J7HA 1XH2A 1CXLA 2DDXA 4JKKA 2BHZA 4JFWA 3VX1A 3SCSA 2VQTA 3VGDA 1B3WA 4CU7A 3BSHA 1Y7VA 5FL1A 3U5UA 1GQIA 4GZJA 1BVNP 5JBEA 1E0WA 3KZSA 1V3LA 4FLSA 4JFUA 4FLRA 4M24A 1W2PA 3QOMA 1CLVA 1EHNA 2JIEA 2VC9A 3S2CA 5FIPA 4AD4A 1HJUA 3UG4A 2DPEA 3MUAA 3AHVA 4AZ5A 2ZUWA 1UR2A 1GOWA 1NWRA 4W93A 1VEMA 1J0IA 4CD8A 1UKQA 1D7FA 2V3EA 2J7CA 4J27A 2G3IA 4FMVA 4Y7EA 3PZTA 2D23A 2DSUA 3A47A 1UWRA 5A69A 3GXFA 1QPKA 3VDCA 4DWSD 4EANA 1JYNA 1XD0A 1Q6DA 4MB5A 1TA3A 3CIVA 4J3UA 4P7LA 4E8DA 4AY1A 3GXIA 3L4YA 3WBEA 3FN9A 1J0HA 4UQDA 1FFRA 1ZS2A 3MMUA 3WH9A 2VL4A 8CGTA 2DSKA 2UWFA 2AOSA 4U2ZA 1JAEA 2W66A 1VFUA 1H4PA 3QR3A 4JKLA 5IFPA 2WB5A 1FOBA 5DEZA 5A8OA 3T0BA 3AXIA 3W6MA 3PZNA 2JEPA 4F9DA 2O9PA 1NH6A 2GFTA 4PUEA 1H1NA 1W9BM 2CBUA 3WH7A 4P8UA 4PMVA 1V0NA 3VIPA 3OLGA 1YHTA 4HPGA 2WMIB 2VZSA 4M56A 1Q6CA 3BMWA 4U33A 1RP8A 2CNCA 3PN8A 3UR8A 4V2XA 1H5VA 1UZ1A 2HISA 3WNPA 5CLTA 3L4XA 3VIHA 4OKDA 2V5DA 1W32A 3IK2A 5D9OA 4HA3A 4LGXA 1P6WA 4YHEA 3BGAA 3MMWA 1HKIA 2W63A 3OG2A 1UWQA 1VIWA 3NJ3A 2E8YA 3ZJKA 2XGBA 2OYLA 1HKMA 4UOJA 2QPSA 2WMGA 1TVPA 1VEPA 3ARSA 2CESA 3VIFA 2WZIA 1EO7A 1U30A 2DIEA 1Z32X 4LPCA 1CXFA 1EQPA 2W5FA 3F5KA 1KWGA 4Z2IA 5CPSA 2X1IA 4UTFA 3M46A 1UUQA 3KL3A 3VNYA 1SMDA 3WD1A 4C7GA 4J7RA 2RGLA 2OWXA 2D24A 1WDSA 3VMNA 4OUEA 1FHLA 2G4FA 3U7VA 1UZ4A 4JZ5A 3PZGA 4PMQA 2Y4SA 1JDCA 3DECA 1UR4A 5FCZA 2GJRA 2DH3A 5A8QA 3EBVA 1FP9A 4UQCA 1GHSA 2YBTA 2NT0A 4UZSA 1V6XA 3AXHA 1KBKA 3T2OA 1B9ZA 4DWSB 1GUVA 2JEQA 2DH2A 5AC5A 1UD4A 1VENA 2X05A 1QI5A 3GZAA 2Z1SA 2ZX9A 3U57A 3IJ8A 3WUGA 2VNCA 3N17A 1MXGA 3PZQA 1MYRA 3L4ZA 3WBAA 1VB9A 3AFBA 2VRQA 2W61A 1D3CA 2XHYA 1KR1A 1QNRA 3AISA 1W9PA 4CD5A 1W3LA 1EOKA 3RO8A 3VIGA 2CCRA 2VO5A 2ZOXA 4MADA 3BCFA 2V5CA 4WKFA 4CU8A 4H8UA 3WDHA 1HL9A 1JZ2A 1E72M 1QHZA 4EAMA 5HXMA 5FKYA 2X09A 2VR5A 4MDOA 3ARQA 1TUXA 4X0VA 3W6LA 1UQZA 1GONA 1H2JA 1EIBA 1NWSA 5GPRA 4NRSA 1JYVA 3BLPX 3WN6A 2WNWA 1ZBCA 4PTXA 2WHKA 1K6AA 4UQAA 1JZ5A 4ZXOA 2TAAA 5EFFA 4KRUA 4AIEA 4Z2LA 3WDPP 1DWGM 2J47A 1JXJA 1TR1A 3OLEA 1B0IA 4V28A 2OWCA 3ZR5A 1BF2A 1OINA 2PWHA 1PZ2A 1B3YA 3WNLA 3FAWA 2XM2A 4UFHA 2PI6A 4M1RA 1LL7A 4FLQA 3L4VA 4AYSA 5M03A 4AIOA 4D1JA 1TCMA 4AZ7A 2J7DA 4HA1A 2WMHA 1WZAA 4AW7A 1XSJA 1JFXA 3QGVA 4IPLA 3AMLA 3TOPA 3WF1A 2IUZA 4U3CA 3CZGA 1LWJA 4IUGA 5BXTA 1XYZA 3T09A 3K8KA 4MPKA 1BTCA 3TA9A 1JYXA 2J7GA 2WCGA 3F5JA 3HU7A 4KRTA 1K9TA 5BRPA 1J18A 1XCXA 2FHBA 1C8QA 2GDVA 1DWHM 3W38A 3SCTA 2QLYA 4PMYA 1EHAA 4B16A 5DF0A 1ZJAA 4W89A 1QHOA 1TA3B 4UCFA 2EBNA 1DTUA 1V02A 1E4IA 3HJEA 3ARYA 2QHAA 2VZUA 2EQDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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