3RPMA

Crystal structure of the first gh20 domain of a novel beta-n-acetyl-hexosaminidase strh from streptococcus pneumoniae r6
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
450
structure length
450
Chain Sequence
NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWCYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSHLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVAAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTPEAQKEEEAKREVEKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-N-acetyl-hexosaminidase
publication title Structural basis for the substrate specificity of a novel beta-N-acetylhexosaminidase StrH protein from Streptococcus pneumoniae R6
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 168
structure length 450
sequence length 450
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2011-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 3rpmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3rpmA01
4ATWA 3WD3A 1GHRA 2BHYA 3MUIA 2JNKA 1SFSA 1WKYA 1R8LA 1I75A 3BGAA 1VIWA 4PMRA 2OWCA 3WF2A 3CMGA 3PZQA 5CPTA 1SMAA 3WKZA 3CH9A 2WXDM 2F2HA 1JD9A 1XCXA 2WSPA 1HN1A 3N9KA 3GXIA 2FGZA 1QNOA 2V3FA 4OJYA 1JI1A 3QHNA 3VDCA 3VGFA 5M17A 2V5CA 3OLGA 5A8PA 3M7SA 3WH7A 1E4LA 1OGGA 3UR8A 4F9DA 3CZKA 4MJ4A 1E6NA 3MUZ1 2JF7A 1J10A 2GVYA 3E1F1 2ZUSA 1US2A 2WLZA 4PTXA 4YHEA 2GUYA 9CGTA 3VTRA 4UFIA 4AZ7A 2J7BA 1UH3A 2JIWA 3VD4A 4HA1A 1HJQA 4H8HA 5A6BA 2VVNA 2GK1A 3BAKA 5ABHA 3DC0A 4LQ1A 2DDXA 3ZT6A 5FKYA 1QPKA 3L4TA 1HJWA 5EFDA 3QHOA 3SCTA 4UFKA 1C8XA 3IJ7A 4PCTA 1OINA 4IPLA 1JAKA 2DT0A 2VQTA 1UKQA 3L4UA 4UQAA 3B9AA 1IT0A 2VL4A 1KXHA 3RILA 1TA3A 3W37A 3CUIA 4QLLA 5TD4A 1GOQA 3WH8A 3HN3A 4ZEPA 2BNJA 3VD5A 4LX4A 1VEPA 4ACYA 4ZFMA 3OLIA 4FMVA 2G3MA 2XVGA 3AHXA 4DUWA 1K6AA 4KRUA 1EH9A 1UA3A 1WB0A 2IXUA 3WNPA 1RPKA 1NOUA 3VGGA 3UETA 1KB3A 1JZ2A 2VURA 1C92A 4PUDA 1J18A 4A4AA 1C8YA 2J7FA 4AISA 1GHSA 1GQKA 1WDPA 5EMYA 3ALFA 4EKJA 1QOXA 4AZBA 4AD4A 1E1EA 1W91A 3MSGA 4GQRA 3WH6A 3VIJA 4AD3A 3ARXA 1G1YA 2MANA 4C7FA 3PN8A 1E72M 3AMDA 2EJ1A 5I78A 2BS9A 2VO5A 5CPQA 3VGHA 1ZB5A 2G8ZA 4MAVA 2PWEA 5IFPA 2VT0A 1ZU8A 3HJEA 4D71A 4BS0A 2ZXDA 2OYKA 4GI8A 1GQLA 3CHFA 3W25A 4FZOA 1VB9A 1UA7A 5BROA 2BY3A 3WQWA 3FXYA 5A1AA 1NWUA 5A94A 3CUFA 1UHVA 3M07A 1WNOA 4J28A 2BXYA 1B1YA 4CD7A 4AEEA 2EPLX 5A2AA 2O9PA 3ARVA 2WKLA 3VUPA 2YA2A 1QNSA 5DF0A 1KR0A 1QNQA 3VIPA 4GO8A 4LGXA 4DWSD 1UWTA 4QP0A 4GI9A 1V6VA 3AJ7A 3MMDA 2BVTA 4ACZA 1JZ6A 3S2CA 5BYWA 4U3AA 1OBAA 1DWHM 3PZGA 2PB1A 1M7XA 2FHBA 3WQVA 1GOIA 4KGLA 4IPNB 2BVYA 7TAAA 1Q6FA 3KL0A 4OOZA 4M80A 4UQEA 1H1NA 2CIPA 1ITXA 1LLOA 2DSWA 3SIMA 2O92A 4H8VA 3EMZA 3WDHA 2NT0A 1HKKA 3SUVA 3ZSSA 3BSHA 2D3LA 3AISA 3CZEA 1E1FA 5CQ1A 5IXEA 2GK1B 4Z2KA 3WMCA 3AIQA 1V02E 1PX8A 3DECA 3M46A 3OGSA 1SMDA 1C8QA 3WNMA 4GINA 1HKIA 3ARQA 1DWJM 2Y24A 1E43A 4W8AA 2WMFA 4CN4A 3VD7A 1JZ5A 1XGZA 3A47A 1V3HA 2W62A 2YKKA 1TA3B 1CEOA 3RDKA 1FA2A 4AEFA 4RE4A 3U5YA 1UKSA 1MQPA 2G3JA 2GFTA 3GXFA 2VX6A 1V3IA 5A2BA 4LYQA 4MNKA 2DQXA 2VCCA 4B15A 1J9YA 3TOPA 2XGBA 3AICA 4KH2A 4W5ZA 3T09A 3A4WA 5I77A 1XYFA 1H5VA 3I3EA 3RJXA 1W3JA 1EO5A 3VNYA 1BYAA 2QPSA 2WK2A 3VMNA 3BC9A 4WKHA 5CLTA 4AXNA 1KGWA 5GNYA 2O9TA 3W0KA 5BXPA 1BSIA 5AY7A 1KFWA 3VKKA 4D6HA 2VZSA 1VF8A 3ZSTA 1BG4A 3TONA 3TTQA 4AZHA 3SCUA 2D2OA 2E8YA 1UR1A 3UESA 4L4PA 1W3KA 4MB4A 4PEEA 1HVXA 4HA3A 2ZX5A 2YA1A 5D9MA 2WVSA 2OZNB 3SUSA 1C93A 4N0RA 2XG9A 2WZEA 3VMOA 6CGTA 2DSKA 1E0VA 2RGLA 1MWOA 3WNOA 3CGTA 3N18A 4UFLA 1UR4A 3L4VA 1VFFA 1C3FA 3GH5A 2Z1SA 1ISVA 2PBGA 2XJ7A 1NH6A 2GDVA 4NI3A 3N13A 4KMQA 2FHFA 3PZOA 1CGVA 1PAMA 2WHKA 4CUCA 4NZCA 2W63A 5A8QA 2ZOXA 4W85A 4R27A 3ARUA 1AVAA 4DWSB 5BRQA 1GVIA 1G5AA 4ACZB 1UKTA 1X6NA 1W9BM 5CJ5A 2D20A 4M56A 5M5DA 4J3SA 1HF6A 3WUFA 1JIBA 1L0PA 2DEPA 1YQ2A 1R85A 3N11A 3PZMA 2C0HA 3L2MA 4QCFA 3AIBA 4F66A 1HJSA 4RE3A 3WD1A 1B3YA 1LG1A 3FHAA 1QI2A 5JUVA 3WIJA 2J7DA 4GO9A 1CGWA 1CGUA 1EGZA 1J0HA 4AD0A 2J77A 2DT1A 3ZQ9A 1XH2A 1NWRA 2PWDA 1JFXA 2ZUUA 2OSWA 2WCAA 3W82A 4CCEA 4W7WA 1CXEA 1GJUA 3WN6A 2WMIA 4AC1X 1KQYA 1KBKA 5LA0A 1XV8A 3OZPA 4S3KA 3UCQA 4M24A 3UG4A 2WZIA 4ATDA 7A3HA 1O6IA 4UZUA 3ALGA 4TTGA 5D9NA 1PPIA 2E8ZA 3MS8A 4MB5A 2VX4A 2D0HA 3NDZA 4HOWA 3ZR5A 1ZBWA 2WANA 3BAWA 2VRKA 4JL2A 3WUGA 3OZOA 2B31A 3KL3A 3WQ6A 4HZ6A 4FLRA 4NF7A 3AXXA 1NARA 5CPSA 1GCYA 2OWXA 2ZWYA 2FDMA 4Q22A 1XC6A 5DEZA 4AD5A 2V3GA 3EMQA 4HOXA 2WC4A 3EMCA 4PMQA 3RCNA 2XYLA 5CG0A 3PZNA 1CLXA 1W9UA 1H3GA 2CBIA 3N1AA 1EOKA 2VZOA 1BFNA 3BMWA 1G01A 3L4ZA 4OKDA 1ZS2A 3CPUA 4W5UA 3EDKA 1E70M 3CHDA 1JGIA 4OZOA 1VFUA 4RE2A 3SCNA 1W1PA 1OIFA 2DIJA 1PEZA 3CUHA 4ZXOA 2W4XA 3MV11 1W9XA 4AW7A 1E3XA 2ZXBA 1KCKA 3GH4A 2PWHA 5HPOA 1BVNP 1V6WA 4WK9A 1E5NA 1GOMA 3WELA 3WMSA 1H11A 4D6IA 5ABGA 2YL9A 3NSNA 4JHZA 4PSPA 4F8XA 4P8UA 1KXQA 1V02A 4V28A 1V0NA 1V0KA 4PN2A 2VRQA 4B3LA 1VJSA 1CIUA 1A47A 1OD0A 3N12A 4U5IA 2WCGA 3ARZA 2ZX6A 1BGAA 1ESWA 2ZXAA 4L4OA 4XB3A 2GJRA 1H41A 1W9VA 4UFHA 2CKRA 2PWGA 4QDMA 1UWIA 1QW8A 2OYMA 1Q6GA 3ECQA 1HJXA 1O7AA 4WIWA 4M81A 4CU8A 4F9JA 3PZ9A 3MKKA 2BHZA 2O9OA 1E0XA 1SYTA 1ZJAA 3IAQA 1MVYA 1PIGA 4U3CA 2VR5A 1V03A 4GZIA 3MUY1 1EA9C 3WENA 4AZ6A 4E2OA 1E6XM 1ISYA 2EEXA 2FHCA 4JCLA 1LF1A 3UERA 3QR3A 2XVNA 5C8BB 1ZL1A 2E4TA 3AIVA 4RL3A 3G6MA 3NIYA 1TVNA 1V08A 3EDDA 4GPNA 1DWGM 1V3KA 1VBUA 2WYSA 1B3ZA 2JE8A 3GNPA 4JKLA 2ZXQA 1E6QM 5LYRA 3PZUA 1TUXA 2PF0A 2XWEA 5EFFA 1W32A 3F5LA 2YA0A 1UD2A 1DTUA 3W26A 1GVYA 2YDSA 4MNLA 4E4PA 3GBDA 3MO4A 5E0CA 1V6UA 5A2CA 4V27A 1E6SM 1QI3A 3KZSA 2X8RA 2ZUMA 2VR4A 4BF7A 2UY4A 4W84A 3IAPA 3ZM8A 3U7BA 1KWKA 3MANA 1WP6A 2DT3A 5A6BD 1G94A 2J8GA 4ZENA 1GORA 1EIBA 2YLAA 3PZIA 4KRTA 4M1RA 1W9PA 1W3LA 3CMJA 3CZ8A 4P8VA 3WDRA 1BVZA 2WKGA 4AMCA 5LA2A 1XH0A 2XIBA 3BAJA 1VENA 1XSIA 1TCMA 2A3EA 1QI5A 4M8UA 1F4AA 4Z2GA 1V0LA 3LPFA 4U5KA 4MADA 4P7NA 3CIVA 4CVUA 4M82A 1M04A 1BPLB 1OD8A 4X9YA 3W53A 5BXRA 2XVLA 5A3HA 2Y5EA 3ZMRA 1KXTA 1VFOA 4J7RA 3OA5A 3VIFA 1C7SA 5FCZA 4X0NA 3SUTA 4TVUA 3PZVA 2CBVA 3POCA 2X1IA 3APGA 2CESA 4X0VA 1XYZA 1YHTA 8A3HA 2WMJA 5IHRA 3NDYA 1UOKA 4LYRA 1HL9A 1V6XA 3BCDA 3CO4A 4FLSA 4DUVA 2WLYA 2ZUTA 2EO7A 1US3A 4J3WA 1WZKA 1V3LA 2JALA 1JXKA 2VX5A 5I6SA 1H4PA 2OO2A 1QNPA 5HPCA 4P8XA 5ABFA 1QNRA 1QBAA 1ZBKA 4TX8A 3UEQA 3THDA 1OGSA 1EQPA 3AS1A 4TUFA 3EDJA 2D0GA 5M3WA 4M29A 3VU2A 5ECUA 3WEZA 4AZ5A 1ODZA 3ZT5A 2Y8VA 1PIFA 2W91A 2ZWZA 2PMRA 3JUGA 2J25A 1G9HA 1LL7A 1A3HA 3VILA 3RIKA 2XPKA 2D3NA 4B16A 1BF2A 2D24A 1TG7A 3A3HA 2EXOA 1LL6A 1CGYA 1E0WA 2DGAA 1S46A 3TA9A 1WCGA 2VUYA 1W1YA 1H0GA 2J7HA 3WFZA 1FH9A 1C7TA 3B8SA 3GZAA 8CGTA 5DMYA 1JDCA 1B3XA 3AYRA 2D0FA 4HA4A 4PYSA 1EXPA 4OIFA 2V3EA 4PMOA 4LXFA 3U57A 2GDUA 4WSJA 1W1TA 4R5EA 4WLCA 3WF3A 4B3KA 1HKMA 4XX6A 2WB5A 3NCOA 3VDHA 1TR1A 1JF5A 2YDQA 3NYDA 4HPHA 1GQIA 2DSZA 4PMDA 1UUQA 1NQ6A 5HBFA 3TTSA 1KGUA 4TVCA 2D1ZA 4MPKA 4A3YA 3L2LA 5C70A 5JBEA 2WZHA 2C8NA 1HXJA 5FIPA 2ZUNA 1FP9A 1DWAM 1EOMA 4GI6A 1JFHA 1I1XA 1EDTA 1B31A 2XIIA 2XSAA 3VVGA 4D6DA 1C91A 2WWCA 5AYBA 1PX4A 2ZE0A 5E9AA 2XHYA 3RMEA 2WVTA 2UY3A 3MU7A 1JYVA 1GOKA 2BV9A 3FY1A 1OSEA 2RGMA 3ARWA 4PBGA 4Z2IA 3HMCA 1HNYA 4AIOA 1WZMA 4MNJA 4GIAA 3U7VA 3VX0A 4PSRA 1N82A 3FN9A 3AZRA 3W24A 3VD9A 1PZ2A 2J62A 3UG5A 3MMUA 1LWJA 1EHAA 3EDEA 4W86A 3W29A 4UFMA 3O6AA 3SCWA 4BQ5A 3AIWA 4HU0A 4A3HA 1B90A 3BCFA 1SR0A 1UD3A 2W61A 3WL1A 3DYPA 4AYSA 1KCLA 3IK2A 5A6LA 2QMJA 1GW1A 1NM9A 4YN5A 2DSVA 2AMGA 2QF8A 2GJXA 3UR7A 2VVSA 3GXDA 2DT2A 3WBAA 4AIUA 5GNZA 4AIEA 3MMWA 3SURA 5GQBA 2WC7A 5FL0A 3IANA 5KZ6A 4CD4A 3VDAA 3CHCA 3N17A 3SCQA 3PTQA 3K8KA 3OB8A 2BVDA 1X6LA 3BAXA 3WUBA 3AIEA 5JBFA 1CYGA 1TE1A 2A3BA 2V5DA 1OB0A 2WMHA 1MQRA 2XWDA 3WQ8A 1JYXA 2V3DA 1UQZA 5CLWA 2OSYA 2CCRA 1W2PA 5A6AA 1BAGA 2OSXA 4PMVA 2VCBA 5HXMA 3CBWA 2W5FA 1H09A 3IJ8A 4GZEA 1ITCA 1JDDA 1GQJA 5A95A 4UZSA 2YLLA 1B3WA 2CNCA 1JL8A 3DYOA 3AYSA 1ECEA 5E0FA 2Z1KA 4CGTA 2TAAA 1UR8A 4GQQA 1D7FA 1KXVA 2XM2A 3LPGA 3WD4A 2X05A 3W28A 1E4IA 2UY2A 1LL4A 4W88A 5A6SA 1Y7VA 1JG9A 3WEMA 3WL0A 3DYMA 4CCCA 3WEOA 2PWFA 3KWXA 5DT7A 3AHTA 5HNNA 3K1DA 1P6WA 1D2KA 1MW0A 2VZVA 4U2ZA 4C7DA 2XSBA 3NSXA 1Q4NX 5FD0A 1OCQA 4V2XA 3GM8A 2NSXA 3K8LA 1B2YA 2CKSA 1JI2A 5A8NA 4AZCA 3QHMA 1LQ0A 2WVVA 3BLPX 2ZUVA 3ARTA 3TP4A 1E73M 4JFSA 4GZJA 1VBRA 1ZJBA 1M01A 3BXWA 1XH1A 3CLWA 1CTNA 3SEPA 2J7CA 4JCMA 1V3JA 5C71A 2G41A 4QLJA 3WNKA 3KL5A 1J12A 3A4XA 4HU8A 4MDPA 2YDRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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